Klasifikasi bakteri dilakukan berdasarkan identifikasi terhadap persamaan dan perbedaan ciri sel

tubuh, yang menunjukkan adanya hubungan filogenetik atau evolusioner. Bakteri

diklasifikasikan menjadi dua kelompok besar (kingdom), yaitu Archaebacteria dan Eubacteria.
A. Archaebacteria
Archaebacteria adalah bakteri yang dinding selnya tidak mengandung peptidoglikan.
Archaebacteria memiliki RNA dan protein penyusun ribosom yang sangat berbeda dengan
bakteri pada umumnya, dan lebih mirip dengan RNA dan protein yang terdapat pada sel eukariot.
Sebagian besar Archaebacteria hidup pada habitat yang ekstrem, misalnya di mata air panas, air
laut yang terlalu asin, kawah, lumpur, dan gambut. Berdasarkan habitatnya yang ekstrem,
Archaebacteria dibagi menjadi tiga kelompok, yaitu bakteri metanogen, bakteri halofil, dan
bakteri termofil.
1. Bakteri Metanogen
Bakteri metanogen adalah bakteri yang menghasilkan metana (CH4) dengan cara mereduksi
CO2 dengan H2. Bakteri metanogen termasuk bakteri anaerob yang paling tidak toleran terhadap
oksigen, atau akan teracuni bila ada oksigen. Sebagian besar bakteri ini hidup di lumpur atau di
rawa-rawa yang miskin oksigen. Gas metana yang dihasilkan keluar sebagai gelembung
gelembung yang disebut gas rawa. Selain itu, ada pula yang hidup di dalam saluran pencernaan
hewan pencerna selulosa, misalnya pada sapi, kambing, dan rayap. Spesies bakteri metanogen
saat ini dikomersialkan sebagai strain bakteri dalam pembuatan biogas dan bahan sampah dan
kotoran hewan. Contoh bakteri metanogen antara lain Methanomonas dan Methano bacterium.
2. Bakteri Halofil
Bakteri halofil (Yunani, halo = garam, philos = pencinta) adalah bakteri yang hidup di
lingkungan dengan kadar garam tinggi. Kondisi optimum untuk pertumbuhan bakteri ini
berkadar garam sekitar 20%, namun ada pula yang hidup pada lingkungan dengan kadar sepuluh
kali keasinan air laut. Contoh bakteri halofil antara lain Halo bacterium.
3. Bakteri Termofil atau Termoasidofil
Bakteri termofil adalah bakteri yang hidup pada lingkungan bersuhu panas. Lingkungan yang
bersuhu panas cenderung bersifat asam karena mengandung sulfur. Bakteri yang hidup di
lingkungan bersuhu panas dan asam disebut bakteri termoasidofil. Kondisi optimum untuk
pertumbuhan bakteri ini sekitar 60°C — 80°C dengan pH sekitar 2 — 4. Contoh bakteri termofil
atau termoasidofil antara lain Sulfolo bus, Thermus aquati cus, Bacillus
caldolyticus, dan Bacillus caldotenax. Sulfolobus hidup di mata air panas sulfur di Yellowstone
National Park. Bakteri Sulfolobus memperoleh energi dengan cara mengoksidasi sulfur. James
Lake dari University of California, Los Angeles, mengajukan hipotesis bahwa organisme
eukariot (organisme bermembran inti) berasal dan prokariot termofil yang disebut eosit (eocyte),
yang berarti “sel-sel permulaan”.
B. Eubacteria
Eubacteria adalah bakteri yang memiliki dinding sel yang mengandung peptidoglikan.
Eubacteria meliputi sebagian besar jenis bakteri yang dapat hidup di manapun (kosmopolit) baik
yang secara saproba, parasit, maupun simbiosis mutualisme. Terdapat ribuan spesies Eubacteria
yang sudah diketahui. Eubacteria dapat diklasiflkasikan berdasarkan perbandingan signature
sequence (urutan basa khas) pada RNA ribosom. Berdasarkan perbedaan urutan basa khas pada
RNA ribosom tersebut, Eubacteria dibagi menjadi lima kelompok utama, yaitu Proteobacteria,
bakteri Gram, Cyanobacteria, Spirochaeta, dan Chlamydia.
1. Proteobacteria
Proteobacteria merupakan kelompok Eubacteria yang beragam, dan dapat dibedakan lagi
menjadi tiga subkelompok, yaitu sebagai berikut.

a. Bakteri ungu
Bakteri ungu memiliki bakterioklorofil yang tersimpan di dalam membran plasma sel, sehingga
dapat melakukan fotosintesis. Bakteri ini tidak menghasilkan oksigen karena tidak menggunakan
air (H2O) sebagai agen pereduksi (donor elektron) dalam proses fotosintesis tetapi menggunakan
zat selain air, misalnya H2S. Bakteri ungu ada yang hidup secara fotoautotrof, yaitu
berfotosintesis dengan menggunakan cahaya untuk menyintesis senyawa organik, dengan sumber
karbon dalam bentuk senyawa anorganik (CO2). Namun, ada pula yang hidup dengan cara
fotoheterotrof, yaitu menggunakan cahaya untuk berfotosintesis, tetapi sumber karbon dalam
bentuk senyawa organik. Bakteri ungu sebagian besar anaerob obligat (tidak membutuhkan
oksigen), dan hidup di lumpur, kolam, atau danau. Bakteri ini ada juga yang memiliki flagela,
contohnya Chromatium.
b. Proteobacteria kemoautotrof
Proteobacteria kemoautotrof dapat menyintesis makanannya sendiri dengan menggunakan energi
kimia. Ada yang hidup bebas, dan ada pula yang hidup bersimbiosis dengan organisme lain
(misalnya dalam bintil akar tanaman kacang-kacangan). Contohnya Rhizobium
leguminosarum yang dapat mengikat N2 bebas.
c. Proteobacteria kemoheterotrof
Proteobacteria kemoheterotrofik membutuhkan zat organik sebagai sumber kàrbon dan energi.
Sebagian besar hidup disaluran usus hewan, bersifat anaerob fakultatif (dapat hidup dengan
oksigen maupun tidak), berbentuk batang, dan tidak berbahaya. Namun ada pula yang bersifat
patogen (menyebabkan penyakit), contohnyaSalmonella sp. dan Escherichia coli.
2. Bakteri Gram Positif
Nama kelompok ini sebenarnya membingungkan, karena sebagian besar memang bersifat Gram
positif tetapi ada pula yang bersifat Gram negatif. Oleh karena bakteri yang bersifat Gram
negatif tersebut memiliki sistematika molekul yang menunjukkan suatu hubungan dengan bakteri
Gram positif, maka akhirnya dimasukkan pada kelompok bakteri Gram positif. Banyak jenisnya
yang bersifat kemoheterotrof dan beberapa hidup secara fotoautotrof. Bakteri Gram positif dapat
membentuk endospora yang resisten, contohnya Bacillus sp. danClostridium sp. Namun, ada
pula yang tidak membentuk endospora, misalnya Mycoplasma sp. yang hidup di tanah dan
menyebabkan penyakit paru-paru “walking pneumonia” pada manusia. Mycoplasma sp.
merupakan bakteri Gram negatif, tetapi susunan genetiknya mirip dengan Clostridium sp.,
sehingga tetap dimasukkan dalam golongan ini. Bakteri Gram positif lainnya, kelompok
Actinomycetes, berbentuk koloni bercabang menyerupai jamur dan hidup di tanah,
contohnya Streiptomyces sp. (penghasil antibiotik).
3. Cyanobacteria
Cyanobacteria akan dibahas lebih khusus artikel Ciri-ciri Cyanobacteria.

4. Spirochaeta
Spirochaeta berbentuk heliks panjang (hingga 0,25 mm) dan dapat bergerak. Spirochaeta ada
yang hidup bebas, dan ada pula yang parasit. Contohnya Treponema pallidum, Leptospira
interrogans (penyebab penyakit leptospirosis), dan Borrelia burgdorferi (penyebb
penyakit lyme atau lepuh kulit).
5. Chlamydia
Chlamydia ini berbeda dengan Eubacteria lainnya karena tidak memiliki peptidoglikan pada
dinding selnya. Chlamydia bersifat Gram negatif dan hidup parasit obligat (parasit penuh) di
dalam sel hewan atau manusia. Contohnya Chlamydia trachomatis.