1.

FAKTOR YANG MEMPENGARUHI PERTUMBUHAN BAKTERI (

FAKTOR FISIKA&KIMIA )
Faktor Fisika
Pengaruh suhu terhadap pertumbuhan mikroba adalah
mempengaruhi laju reaksi enzimatis dan kimia di dalam sel. Semakin
meningkat suhu, maka laju reaksi akan semakin cepat. Namun, pada taraf
suhu tertentu, komponen sel akan mengalami kerusakan. Suhu akan
meningkatkan metabolisme sampai pada titik terjadinya
denaturasi. Ketika mencapai titik tersebut, fungsi sel akan menurun
sampai ke titik nol. Berdasarkan hal tersebut, ada tiga tingkatan suhu
yang memengaruhi mikroorganisme. Suhu minimum adalah batas
terendah bagi suatu mikroba masih dapat hidup, suhu optimum adalah
suhu optimal bagi suatu mikroba untuk melakukan pertumbuhan, dan suhu
maksimum adalah batas tertinggi bagi suatu mikroba untuk dapat hidup
(Madigan dkk. 2011).
A. Suhu
Setiap bakteri memiliki temperatur optimal dimana mereka
dapat tumbuh sangat cepat dan memiliki rentang temperatur
dimana mereka dapat tumbuh. Pembelahan sel sangat sensitif
terhadap efek kerusakan yang disebabkan temperatur; betuk yang
besar dan aneh dapat diamati pada pertumbuhan kultur pada
temperatur yang lebih tinggi dari temperatur yang mendukung
tingkat pertumbuhan yang sangat cepat(Wibowo MS, 2012).
Menurut Wibowo MS (2012) Berdasarkan rentang
temperatur dimana dapat terjadi pertumbuhan, bakteri
dikelompokkan menjadi tiga:
1. Psikrofilik, -5oC sampai 30oC, optimum pada 10-20oC;
2. Mesofilik, 10-45oC, optimum pada 20-40oC;
3. Termofilik, 25-80oC, optimum pada 50-60oC.
Temperatur optimal biasanya mencerminkan lingkungan
normal mikroorganisme. Jadi, bakteri patogen pada manusia
biasanya tumbuh baik pada temperatur 37oC.
Menurut Fardiaz S,(1992) Suhu di mana suatu makanan
disimpan sangat besar pengaruhnya terhadap jenis jasad renik yang
dapat tumbuh serta kecepatan pertumbuhannya. Beberapa
ketentuan mengenai pengaruh suhu terhadap kecepatan
pertumbuhan sel, yaitu;
1. Pertumbuhan jasad renik terjadi pada suhu dengan kisaran
kira-kira 30°C.
2. Kecepatan pertumbuhan jasad renik meningkat lambat
dengan naiknya suhu sampai mencapai kecepatan pertumbuhan
maksimum.
3. Di atas suhu maksimum, kecepatan pertumbuhan menurun
dengan cepat dengan naiknya suhu.
Faktor temperatur merupakan faktor lingkungan terpenting
yang mempengaruhi peertumbuhan dan kehidupan mikroba karena
enzim yang menjalankan metabolisme sangat peka terhadap
temperatur. Berdasarkan temperatur minimum, optimum dan
maksimum yang dimiliki mikrobia digolongkan ke dalam tiga
kelompok yaitu mikrobia psikrofil, mikrobia mesofil, dan mikrobia
termofil (Suharni, 2008).

B. Keasaman Makanan (PH)

PH medium biakan juga mempengaruhi kecepatan
pertumbuhan, untuk pertumbuhan bakteri juga terdapat rentang pH
dan pH optimal. Pada bakteri patogen pH optimalnya 7,2 – 7,6.
Meskipun medium pada awalnya dikondisikan dengan pH yang
dibutuhkan untuk pertumbuhan tetapi, secara bertahap besarnya
pertumbuhan akan dibatasi oleh produk metabolit yang dihasilkan
mikroorganisme tersebut(Wibowo MS, 2012).
Bakteri memiliki mekanisme yang sangat efektif untuk
memelihara kontrol regulasi pH sitoplasmanya (pHi). Pada
sejumlah bakteri, pH berbeda dengan 0,1 unit per perubahan pH
pada pH eksternal. Hal ini disebabkan kontrol aktivitas sistem
transpor ion yang mempermudah masuknya proton. Bermacam-
macam sistem yang mencerminkan luas rentang nilai pHi
diperlihatkan oleh berbagai bakteri. Asidofil memiliki nilai rentang
pHi 6,5 – 7,0; neutrofil memiliki nilai rentang pHi 7,5 – 8,0, dan
alkalofil memiliki nilai rentang pHi 8,4 – 9,0. Mikroorganisme
fermentatif memperlihatkan rentang nilai pHi yang lebih tinggi
dibandingkan dengan mikroorganisme yang menggunakan jalur
respirasi. Pada mikroorganisme fermentatif , produksi produk
fermentatif yang bersifat asam dan akumulasinya mengakibatkan
gangguan keseimbangan pH dan pembatasan pertumbuhan.
Sejumlah mikroorganisme meningkatkan mekanisme kompensasi
untuk mencegah efek toksik dari akumulasi produk yang bersifat
asam dan berkonsentrasi tinggi tersebut(Wibowo MS, 2012).
Makanan yang mempunyai PH rendah (di bawah 4,5)
biasanya tidak dapat di tumbuhi oleh bakteri tetapi dapat menjadi
rusak karena pertumbuhan khamir dan kapang. Oleh karena itu,
makanan yang mempunyai PH rendah relatif lebih tahan selama
penyimpanan di bandinkan dengan makanan yang memiliki PH
netral atau mendekati netral (Fardiaz S,1992).

C. Kelembaban
Konsentrasi larutan yang aktif secara osmotik di dalam sel
bakteri, umumnya lebih tinggi dari konsentrasi di luar sel.
Sebagian besar bakteri, kecuali pada Mycoplasma dan bakteri yang
mengalami kerusakan dinging selnya, tidak toleran terhadap
perubahan osmotik dan akan mengembangkan sistem transpor
kompleks dan alat pengatur sensor-osmotik untuk memelihara
keadaan osmotik konstat dalam sel (Wibowo MS, 2012).
Membrane-derived Oligosaccharide (MDO), suatu unsur
sel yang terdapat pada E. coli. Pada E. coli dan bakteri Gram-
negatif lain, terdapat dua bagian cairan yang berbeda, sitoplasma
yang terdapat pada membran dalam, dan daerah periplasma yang
terdapat di antara membran luar dan membran dalam. Pada saar
bakteri ini tumbuh pada medium dengan osmolaritas rendah maka
membran sitoplasma yang sedikit kaku akan mengembang paling
tidak dapat mencegah perubahan osmolaritas daerah periplasma,
sama dengan pada sitoplasma.Pada sel yang tumbuh dalam
medium dengan osmolaritas rendah, MDO merupakan sumber
utama anion terfiksasi pada daerah periplasma dan berperan
memelihara tekanan osmotik tinggi dan potensial membran
Donnan pada bagian periplasma. Struktur oligosakarida ini sangat
layak untuk peran pengaturan tersebut. Oligosakarida ini memiliki
BM antara 2200-2600 dan bersifat impermeabel terhadap membran
luar, suatu komponen penting untuk fungsi spesifiknya.
Oligosakarida ini terdiri dari 8-10 unit glukosa. Pertumbuhan sel
pada medium dengan osmolaritas rendah mensintesis MDO pada
kecepatan maksimum, kecepatan sintesis nampaknya diatur secara
genetik untuk merespon perubahan osmolaritas medium (Wibowo
MS, 2012).

D. Tekanan osmotik dan kekuatan ionik

Faktor – faktor seperti tekanan osmotik dan konsentrasi

garam harus dikendalikan. Bakteri memperoleh semua nutrisi dari
cairan disekitarnya, bakteri membutuhkan air untuk pertumbuhan.
Tekanan osmotik yang tinggi dapat menyebabkan air keluar dari
dalam sel. Organisme yang memerlukan konsentrasi garam tinggi
disebut halofilik, organisme yang memerlukan tekanan osmotik
tinggi disebut osmofilik.

anan osmotik juga sangat berpengaruh terhadap

pertumbuhan bakteri karena merupakan faktor lingkungan yang
dapat mempengaruhi pertumbuhan mikroba. Faktor ini biasa
disebut dengan faktor-faktor kimia atau desinfektan. Dimana
desinfektan merupakan bahan kimia yang menyebabkan desinfeksi,
yaitu proses untuk membunuh atau menghambat pertumbuhan
mTekikroorganisme terutama yang bersifat patogen. Desinfektan
membunuh bakteri dengan tidak merusaknya sama sekali, tetapi
zat-zat kimia seperti basa dan asam organik menyebabkan
hancurnya bakteri. Pekat atau encernya konsentrasi pada bahan
kimia dan lamanya berada di bawah pengaruh desinfektan,
merupakan faktor-faktor yang diperhitungkan. Berdasarkan hasil
percobaan ini terlihat bahwa media semakin keruh setelah
penambahan bahan kimia yakni NaCl sebanyak 15 %. Berbeda
halnya dengan media yang ditambahkan dengan NaCl sebanyak
5%, media juga berubah menjadi keruh, hanya saja kekeruhannya
sangat sedikit atau bahkan tidak ada sama sekali. Jadi bakteri akan
lebih banyak tumbuh pada media apabila media tersebut di
tambahkan lebih banyak garam atau NaCl atau bahkan bahan-
bahan kimia lainnya.

E. Faktor Kimia
Faktor kimia yang memengaruhi mikroorganisme adalah
senyawa kimia yang berfungsi sebagai bahan makanan dan
senyawa kimia yang bersifat racun bagi mikroorganisme. Senyawa
kimia yang berfungsi sebagai bahan makanan bagi
mikroorganisme, misalnya karbon, nitrogen, sulfur, fosfor, trace
element, dan organic growth factor (Tortora dkk.
2010). Sementara itu, senyawa yang bersifat racun bagi mikroba
adalah zat desinfektan dan antiseptik. Zat desinfektan adalah zat
kimia yang dapat membunuh mikroorganisme, tetapi tidak perlu
endospora, dan digunakan pada objek yang mati. Zat antiseptik
adalah agen kimia yang dapat membunuh atau menghambat
pertumbuhan mikroba dan tidak toksik jika digunakan oleh
jaringan hidup. Contoh zat desinfektan adalah ethanol dan
detergen kationik yang digunakan untuk disinfeksi lantai, meja,
dinding, dan lain-lain. Contoh zat antiseptik adalah ethanol,
walaupun dapat juga berfungsi sebagai desinfektan (Madigan dkk.
2011).
 Ada dua metode yang dapat digunakan untuk mengevaluasi
dan membandingkan zat yang bersifat racun bagi mikroba, yaitu
metode paper disk assay dan metode cylinder plate assay. Metode
paper disk assay memiliki prinsip membandingkan zat kimia yang
beracun terhadap mikroba dengan cara mecelupkan paper disk
dalam zat kimia tersebut kemudian meletakkannya pada medium
yang telah ditumbuhkan bakteri. Jika agen kimia bersifat inhibitor,
akan terbentuk zona bening (clear zone) di sekitar disk. Ukuran
dari zona bening adalah ekspresi dari tingkat efektivitas agen kimia
tersebut dan dapat dibandingkan secara kuantitatif dengan efek dari
agen kimia yang lain (Benson 2001). Sementara itu, metode
cylinder plate assay memiliki prinsip yang sama seperti metode
paper disk assay, namun bedanya pada metode cylinder plate
assay menggunakan silinder kaca (Gandjar dkk. 1992).

F. Karbon
Telah lama dipenuhi dalam memenuhi kebutuhan karbon,
organisme itu dapat dibagi dalam dua golongan dengan alasan
sebagai berikut.
a. Organisme itu dapat semata-mata hidup dari diet bahan
anorganik (diet mineral) dengan menggunakan CO2 atau karbonat
sebagai satu-satunya sumber karbon. Golongan ini disebut autotrof
(Greek : auto = sendri ; trophe = memberi makanan).
b. Tidak menggunakan CO2 sebagai satu-satunya sumber
karbon, tetapi membutuhkan satu atau lebih zat organik (glucose,
asam amino) di samping mineral sebagai sumber karbon. Golongan
ini disebut heterotroph (Greek : hetero = lain). Pernah dianggap
bahwa karbon dapat dikombinasi dalam bentuk organik hanya oleh
organisme hidup lain (anggapan ini dibantah oleh Wohler, 1828).

G. Nitrogen dan Sulfur

Kedua unsur ini harus berada dalam bentuk reduksi untuk
kombinasi organic, misalnya nitrogen sebagai asam amino (R-
NH2) atau sulfur sebagai persenyawaan sulfhidril (R-SH).
Beberapa genus bakteri secara enzimatik (enzim nitrogenase) dapat
meredusi nitrogen atmosfer untuk sentesis persenyawaan organic
dalam sel, proses ini disebut fiksasi nitrogen biologis. Organisme
yang tidak memiliki enzim yang diperlukaan untuk mengkatalisasi
reduksi N dan S harus mendapatkan unsur-unsur ini didalam
reduksi, misalnya N sebagai garam ammonium atau sebagai
persenyawaan organik yang mengandung N seperti asam-asam
amino; S sebagai H2S atau sulfida lain atau persenyawaan organic
yang mengandung S seperti persenyawaan merkapto.

H. Oksigen
Kebutuhan oksigen pada bakteri tertentu mencerminkan
mekanisme yang digunakan untuk memenuhi kebutuhan energinya.
Berdasarkan kebutuhan oksigen tersebut, bakteri dapat dipisahkan
menjadi lima kelompok (Wibowo MS, 2012).:
1. Anaerob obligat yang tumbuh hanya dalam keadaan tekanan
oksigen yang sangat rendah dan oksigen bersifat toksik.
2. Anaerob aerotoleran yang tidak terbunuh dengan paparan
oksigen.
3. Anaerob fakultatif, dapat tumbuh dalam keadaan aerob dan
anaerob.
4. Aerob obligat, membutuhkan oksigen untuk pertumbuhannya.
5. Bakteri mikroaerofilik yang tumbuh baik pada tekanan oksigen
rendah,tekanan oksigen tinggi dapat menghambat pertumbuhan.
Bakteri anaerobik atau di sebut anaerob adalah kolompok bakteri
yang tidak dapat tumbuh dengan adanya oksigen. Bakteri
anaerobik yang bersifat aerotoleran dapat tumbuh dengan baik
pada permukaan yang mempunyai tekanan oksigen rendah. Tetapi
bakteri yang bersifat anaerobik obligan dapat seera mati jika
terkena oksigen (Fardiaz S,1993)..
Pada anaerob toleran dan obligat, metabolismenya bersifat
fermentatif kuat. Pada anaerob fakultatif, cara metabolisme
respirasi dilakukan jika tersedia oksigen, tetapi tidak terjadi
fermentasi. Pada saat bakteri tumbuh dalam keadaan terdapat
udara, terjadi sejumlah reaksi enzimatik dan mengakibatkan
produksi hidrogen peroksida dan radikal superoksida(Wibowo MS,
2012)
 I. Mikronutrin Organik
Contoh yang baik adalah vitamin. Banyak bakteri tidak
membutuhkannya, sedangkan ada pula yang hamper selalu
memerlukannya seperti halnya pada manusia.
Selain itu, beberapa asam amino seperti triptofrin
mempunyai kedudukan sebagai mekronutrin organic. Tampa asam
amino ini. Salmonella typhosa, Clostridium tetani,
Corynebacterium diphtheria, dan beberapa lainnya tidak tadap
tumbuh, meskipun zat-zat lainnya lengkap tersedia dan triptofan itu
hanya sedikit sekali dibutuhkan. Sebaliknya banyak spesies
mikroorganisme dapat membuat triptofan sendiri dank arena itu
tidak memerlukan penambahan dalam makanannya.
2. METABOLISME MIKROBA
A. Peran metabolisme dalam biosintesis & pertumbuhan

Pertumbuhan mikroba memerlukan polimerisasi blok pembangun

biokimiawi menjadi protein, asam nukleat, polisakarida, dan lipid. Blok-
blok pembangunb harus tersedia dalam bentuk jadi didalam medium
pertumbuhan atau harus disintesis oleh sel-sel yang sedang tumbuh.
Kebutuhan biosintesik tambahan diganti oleh keperluan koenzim yang
berpartisipasi dalam katalisis enzimatik. Reaksi polimerisasi biosintetik
memerlukan transfer ikatan anhidrida dari ATP.

Asal biosintetik blok pembangun dan koenzim dapat ditelusuri hingga ke

precursor yang berjumlah relatif sedikit, yang disebut metabolit fokal.
Metabolism mikroba dapat dibagi menjadi empat katagori umum: 1) jalur
untuk interkonversi metabolit fokal, (2) jalur asimilatorik untuk
pembentukan metabolit fokal, (3) rangkaian proses biosintetik untuk
mengubah metabolit fokal menjadi produk akhir, dan (4) jalur yang
menghasilkan energy metabolic untuk pertumbuhan dan pemeliharann.

Dalam asam nukleat dan protein, rangkaian ditentukan sesuai cetakan

DNA berperan sebagai cetakan untuk sintesis dirinya sendiri dan untuk
sintesis berbagai jenis RNA: messenger RNA berperan sebagai cetakan
untuk sintesis protein. , setelah makromolekul disintesis, makro molekul
tersebut akan merangkai strukturnya sendiri untuk membentuk struktur
supramolekuler sel, misalnya ribosom, membrane, dinding sel, flagella,
dan pili. Bab ini berisi ulusan mengenai metabolism mikroba dan
pengaturannya. Mikroorganisme , yang relative sederhana, benzoate, dan
sebuah jalur untuk asimilasi benzoate dapat diatur oleh salah satu di antara
lebih dari enam mekanisme. Tujuan bab ini adalah untuk mengilustrasikan
prinsip-prinsip yang mendasari jalur-jalur metabolik dan pengaturannya.
Prinsip utama jalur-jalur metabolik adalah bahwa jalur-jalur tersebut
dicapai dengan mengatur reaksi biokimia yang relative sedikit dalam
urutan yang spesifik, prinsip utama yang mendasari pengaturan metabolik
adalah enzim-enzim cenderung hanya diaktifkan jika aktivitas suatu enzim
dapat diubah dengan menggantikan jumlah enzim atau jumlah substrat.

B. METABOLIT-METABOLIT FOKAL& INTERKONVERSI

KARBOHIDRAT

Glucose 6-phosphate & Interkonversi karbohidrat

Karbohidrat memiliki formula empiris (CH2O)n3 , Tujuan utama

metabolism karbohidrat adalah mengubah panjang rantai karbon.
Mekanisme cara panjang rantai fosfat,reaksi oksidasi digunakan untuk
menghilangkan satu karbon dari glukosa 6- fosfat, menghasilkan turunan
pentosanuya, yaitu ribolosa 5-fosfat, robosa 5- fosfat, dan selulosa 5-
fosfat.

Reaksi-reaksi ini memungkinkan pentose mebentuk atau dibentuk

dari karbohidrat dengan panjang rantai yang bervariasi. Rantai heksosa
enam-karbon milik fruktosa 6-fosfar dapat diubah menajdi dua turuna
triosa tiga-karbon melalui kerja suatu kinase yang dilanjutkan dengan kerja
suatu aldolase pada fruktosa 6-fosfat, Triosa fosfar mebentuk fruktosa 6-
fosfat: sebuah triosa dan tetrosa 4-fosfat membentuk heptosa 7-fosfat.
Tahap akhir interkonversi panjang rantai karbohidrat adalah reaksi
transaldolase yang menginterkonversi heptosa 7-fosfat dan triosa 3-fosfat
dengan tetrosa 4-fosfat dan heksosa 6-fosfat.

Siklus metabolik ini digunakan oleh sianobakteri untuk mereduksi

NAD+ menjadi NADH, yang berperam sebagai reduktor untuk respirasi
dalam kondisi gelap. Reaksi penataan ulang karbohidrat mengubah
keenam molekul C menjadi lima molekul C6 sehingga siklus oksidatif
dapat belanjut.

Metabolik yang diambil,ditentukan oleh sumber karbon dan

kebuthan biosintetik sel tersebut sebagai contoh, sebuah sel yang diberikan
triosa fosfat sebagai sumber karbohidrat akan menggunakan kombinasi
aldolase-fosfatase untuk membentuk fruktosa 6-fosfat: kinase yang bekerja
pada fruktosa 6-fosfat dalam konversinya menjadi triosa fosfat tidak
diperkirankan akan aktif dalam kondisi ini.

Glucosa 6-fosfat itu sendiri dapat diperoleh dari karbohidrat

terfosforilasi lainnya melalui pemilihan jalur dari serangkaian reaksi untuk
interkonversi panjang rantai. Reaksi yang dipilih ditentukan oleh potensi
genetic sel, sumber karbon utama, dan kebutuhan biosintesik organisme.

C. Pembentukan & pemanfaatan fosfoenolpiruvat

Oksidasi gliseraldehid 3-fosfat oleh NAD+ disertai oleh

pembentukan ikatan anhidrida asam pada satu karbon 1,3-
difosfogliserat.Anhidrida fosfat ini ditransfer dalam suatu reaksi fosforilasi
substrat menajdi ADP, menghasilkan ikatan kaya-energi dalam ATP.

Proses konversi tersebut merupakan proses oksidatif, dan jika

terdapat akseptor electron eksogen, NADH yang dibentuk melalui oksidasi
gliseraldehid 3-fosfat harus dioksidasi menjadi NAD+ oleh piruvat atau
oleh metabolit turunan piruvat, pembentukan fosfoenolpiruvat dari piruvat
memerlukan energy metabolik yang banyak , dan dua ikatan ATP
anhidrida selalu dilibatkan dalam proses ini.
 Organisme lainnya menggunakan dua tahap metabolik: satu ikatan
ATP pirofosfat digunakan dalam karboksilasi piruvat menjadi
oksaloasetat, dan ikatan pirofosfat kedua (seringa kali dimiliki oleh GTP
dari pada ATP) digunakan untuk membentukan fosfoenoliruvat dari
oksaloasetat.

D. Pembentukan & Pemanfaatan Oksaloasetat

Organisme lainnya, seperti E. coli yang membuat

fosfoenolpiruvat secara langsung dari piruvat, menyintesis
oksaloasetat melalui karboksilasi fosfoenolpiruvat. Suksinil-KoA
merupakan precursor biosintesik yang diperlukan untuk sintesis
porfin dan senyawa esensial lain. Reaksi-ewaksi ini mencermikan
kebalikan alur metabolik yang tampak pada siklus asam
trikarboksilat konvensional.

E. Pembentukan a-ketoglutarat dari piruvat

Konversi piruvat menjadi a-ketoglutarat membutuhkan

jalur metabolik yang memisah kemudian menyatu, di cabang yang
lain, piruvat dioksida menjadi asetil-KoA. Asetil-KoA merupakan
hal yang penting sebagai efektor metabolik positif pada setiap
mekanisme enzimatis yang digunakan untuk menyitensis
oksaloasetat. Dengan demikian, sintesis oksaloasetat di imbangi
dengan produksi asetil-KoA menghasilkan sitrat. Isomerisasi
molekul sitrat menghasilkan isositrat yang secara oksidatif
didekarboksilasi menjadi a-ketoglutarat

F.JALUR-JALUR ASIMILATORIK

1. Pertumbuhan dengan Asetat

Asetat dimetabolsime melalui bentuk asetil-KoA, dan

banyak organisme memiliki kemampuan untuk menyitesis asetil-
 KoA. Asetil-KoA digunakan dalam biosintesis a-ketoglutarat, dan
pada sebagaian besar organisme respiratorik, fragmen asetil dan
asetil-KoA dioksidasi total menjadi karbon dioksida melalui siklus
asam trikarboksilat.

Suksinat dapat digunakan untuk tujuan biosintetik setalah

diubah menjadi oksloasetat, a-ketoglutarat, fosfoenolpiruvat atau
glukosa 6-fosfat.

Pertumbuhan dengan karbon dioksida : siklus calvin

Seperti tanaman dan alga, sejumlah sepsis mikroba dapat

menggunakan karbon dioksida sebagai satu-satunya sumber karbon pada
hamper semua organisme ini, jalurnutama asimlasi karbon adalah melalui
siklus Calvin yang mengabungkaan karbon dioksida dan ribulosa difosfat
menjadi dua molekul 3-fosfogliserat . 3-fosfogliserat difosforilasi menjadi
1,3-difosfogliserat, dan senyawa ini direduksi menjadi turunan triosa,
gliseraldehid 3-fosfat, karbon tereduksi tambahan yang dibentuk melalui
asimilasi reduktif karbon dioksida, diubah menjadi metabolit fokal untuk
jalur biosintetik.

Sel-sel yang dapat menggunakan karbon dioksida sebagai

satu-satunya sumber karbon dinamakan autotrofik dan kebutuhan untuk
pola asimalasi karbon ini dapat dirangkum secara singkat . Dengan
demikian , autotrofi memerlukan karbon dioksida, ATP, NADPH, dan
serangkaian enzim spesifik.

Depolimerase

Banyak substrat pertumbuhan yang potensial terdapat sebagai blok

pembangun dalam struktur polimer biologis. Molekul-molekul besar ini
tidak mudah dipindahkan menembus membran sel, dan sering kali terikat
pada stuktur sel yang bahkan lebih besar. Banyak mikroorganisme
memproduksi depolimerase ekstraseluler yang menghidrolisis protein,
asam nukleat, polisakarida, dan lipid. Pola akttivatas depolimerase dapat
bermanffat untuk mengidentifikasi mikroorganisme.

Oksigenase

Banyak senjawa dalam lingkungan bersifat relatif ressten terhadap

modifikasi enzimatik, dan penggunaan senjawa-senjawa ini sebagai
substrat pertumbuhan memerlukan kelas enzim khusus, yaitu oksigenase.
Enzim-enzim ini secara langsung menggunakan oksigen molekuler
oksidator poten sebagai substrat dalam reaksi yang mengubah senjawa
yang relative sulit diolah menjadi bentuk yang dapat diasimilasi melalui
reaksi yang sesuai secara termodinamis.

Jalur-jalur pereduksi

Berapa mikroorganisme hidup dalam lingkungan yang sangat

reduktif yang mempermudah terjadinya reaksi-reaksi kimia yang tidak
akan terjadi dalam organisme yang mengunakan oksigen sebagai akseptor
electron. Salah satu contohnya adalah asimilasi reduktifbenzot,suatu
proses yang mereduksi cincin aromatic dan membuka cincin tersebut
untuk membentuk asam dikarboksil.

Asimilasi Nitrogen

Asimilasi reduktif nitrogen melekuler, yang dikenal juga sebagai

fikasi nitrogen,diperlukan untuk keseimbagan kehidupan dipelanet kita.
Fikasi nitrogen berhasil dilakukan oleh berbagai bakteri dan sianobakteri
dengan menggunakan kompleks enzim nitrogenase multikomponen.
Nitrogenase merupakan kompleks dua enzim-satu enzim (dinitrogenase
reduktase) mengandung besi dan enzim satunya (dinitrogenase) yang
mengandung besi dan molybdenum. Karena tingginya energy aktivitas
untuk memutuskan ikatan kovalen tiga yang sangat kuat yang
menghubungkan kedua atom nitrogen, asimilasi reduktif nitrogen ini
memerlukan sejumlah besar energy metabolik.
 Jumlah melekul ATP yang diperlukan untuk reduksi satu melekul nitrogen
menjadi anomia tidaklah pasti, jumlah ini tampakanya berkisaran antara 12
dan 16.

Organisme aerobic yang menggunakan nitrogen setelah mengembangkan

mekanisme rumit untuk melindungi enzim tersebut terhadap inakvisitas.
Jalan masuk utama nitrogen kedalam metabolism karbon adalah melalui
glutamate yang dibentuk dengan aminasi reduktif. Mekanisme kedua,
suatu proses dua langkah yang menggunakan glutamine sebagai zat antara
digunakan dalam lingkungan yang memiliki jumlah ammonia sedikit.

Nitrogen amida glutamin, suatu zat antara dalam asimilasi dua langkah
ammonia menjadi glutamate juga ditransfer secara langsung kedalam
nitrogen organic yang ditemukan dalam struktur-struktur purin,
pirimidin,arginine,triptofan dan glukosamin.

JALUR-JALUR BIOSINTETIK

Penelusuran Struktur Prekursor

Biosintetik: Glutamat Dan Aspartat

Rangka glutamate dalam struktur arginin dan prolin ,kurang begitu

jelas, tetapi dapat dikenali serupa dengan hal ini, rangka karbon
aspartate,secara langsung diturnkan dari metabolit fokal
oksaloasetat,tampak struktur asparangin, treonin, metionin, dan pirimidin.
Pada sebagian kasus, rangka karbon yang berbeda berkombinasi dalam
jalur biosinetik.

Kedua senyawa yang terakhir disebut hanya ditemukan dalam

prokariota. Asam diaminopimelat acid merupakan komponen
peptidoglikan dalam dingding sel, dan asam dipikolinat merupakan
komponen penting endospore.
 Sintesis peptidoglikan dinding sel

Sintesis peptidoglikan dimulai sebagai sintesis bertahap di dalam

sitoplasma UDP-N-asetilmuramat asam-pentapeptida. ,pertama N-
asetilglukosamin dilekatkan ke UDP, kemudian diubah menjadi UDP-N
asam asetilmuramat melalui penggabungan dengan fosfoenolpiruvat dan
reduksi. UDP-N asetilmuramat asam-pentapeptida dilekatkan ke
baktoprentol(suatu lipid pada membran sel) dan menerima sebuah milekul
N-asetilglukosamin dari UDP. Beberapa bakteri (misalnya, staphylococcus
aureus) membentuk turunan pentaglisin dalam serangkaian reaksi yang
mengunakan glisil-tRNA sebagai donor; disakarida yang telah lengkap
kemudian dipolimerisasi menjadi zat antara oligometik sebelum
dipindahkan ke ujung polimer glikopetida yang sedang dibentuk didalam
dinding sel.Transpeptidasi dikatalisis oleh satu diantara serangkaian enzim
yang disebut protein-pengikat-penisilian(penicillin-binding proteins-
PBPs).Sebagian PBPs memiliki aktivitas transpeptidase atau
karbosipeptidase, laju relative aktivitas-aktivitas tersebut mungkin
mengendalikan derajat pengikatan-silang dalam peptidoglikan 9sebuah
factor yang penting dalam pembentukan sekat sel).Bakteri tidak bersifat
isotonic terhadap cairan tubuh, tidak seperti sel pejamu bakteri tersebut.
Kandungan bakteri terdapat dalam kondisi tekanan osmotic yang tinggi
,dan viabilitas bakteri bergantung pada keutuhan anyaman peptidoglikan
dalam dinding sel yang terus dipertahankan sepanjang siklus pertumbuhan.

JALUR-JALUR FERMENTASI

A. Strategi untuk fosforilasi substrat

Pembentukan ATP harus digabung ke penataan-ulang kimiawi

senyawa-senyawa organik, jalur-jalur ini memiliki tiga tahap umum
sebagai berikut: (1) Konversi senyawa yang dapat difermentasi menjadi
donor fosfat untuk fosforilasi substrat. Tahap ini sering mencakup reaksi-
reaksi metabolik yang memastikan keseimbangan kimiawi antara produk
fermentasi dan materi awal.

Kebutuhan yang paling lazim dalam tahap terakhir ini adalah suatu
mekanisme untuk mengoksidasi NADH yang dibentuk dalam tahap
pertama fermentasi, menjadi NAD+ sehingga fermentasi dapat berlanjut .

B. Fermentasi glukosa

Mekanisme biokimiawi yang memungkinkan tercepainnya

transformasi tersebut sangat bervariasi. Secara umum, fermentasi glukosa
dimulai dengan fosforilasinya menjadi glukosa 6-fosfat. Fosforilasi ini
dapat dicapai melalui dua mekanisme: (1) Glukosa ekstraseluler dapat
diangkut melewati membran sitoplasma ke dalam sel, kemudian
difosforilasi oleh ATP untuk menghasilkan glukosa 6-fosfat dan ADP. (2)
pada banyak mikroorganisme, glukosa eksraseluler difosiorilasi saat
diangkut melewati membran sitoplasma yang memfosforilasi glukosa
ekstraseluler dengan menggunakan fosfoenolpiruvat, menghasilkan
glukosa 6-fosfat intraseluler dan piruvat.

Fotosintesis Bakteri

Organisme fotosintetik menggunakan energy cahaya untuk

memisahkan muatan elektronik,, untuk membentuk reduktor dan oksidator
terkait-membran sebagai hasil proses foto kimiawi. Cahya digunakan
sebagai sumber energy metabolik dan karbon untuk pertumbuhan diambil
dari senyawa organic (fotoheterotrof) atau dari kombinasi reduktor
anorganik (misalnya, tiosulfat) dengan karbon dioksida (fotolitotrof),
bakteri-bakteri ini memiliki fotosistem tunggal yang tidak memungkinkan
reduksi NADP+ yang sangat eksergonik dengan menggunakan air,
meskipun cukup untuk menyediakan energi bagi sintensis ATP dan bagi
pembentukan gradient ionic transmembran yang esensial.

Antara prokariota, sifat ini hanya ditemukan pada sianobakteri

(bakteri biru-hijau). Di antara organisme eukariota,sifat ini dimiliki
 bersama oleh alga dan tanaman yang dimiliki organel esensial penyedia
energi berupa kloroplas.

Pengaturan Jalur-jalur metabolik

Sel-sel mikroba umumnya mengatur jalur-jalur metaboliknya

sehingga tidak ada zat antara yang diproduksi berlebihan, enzim-enzim
yang diperlukan untuk katabolisme zat tersebut akan meningkat baik
dalam jumlah maupun aktivitas, sebaliknya jika blok pembangun
(misalnya, asam amino) tiba-tiba menjadi berkelimpahan, enzim-enzim
yang dibutuhkan untuk biosintensis blok pembangun tersebut akan
menurun dalam hal jumlah dan aktivitas.

Pengaturan aktivitas enzim maupun sintensis enzim menyediakan

kendali halus (fine control) sekaligus kendali kasar (coarse control) bagi
jalur metabolik. Sebagai contoh pengahambatan aktivitas enzim oleh
produk akhir suatu jalur merupakan mekanisme kendali halus karena aliran
karbon melalui jalur tersebut diatur secara akurat dan segera, disisi lain,
penghambatan sintensis enzim oleh produk akhir yang sama merupakan
mekanisme kendali kasar.

Pengaturan Aktivitas Enzim

A. Enzim-enzim sebagai protein alosterik

Aktivitas suatu enzim yang mengatalisis langkah dini dalam suatu

jalur metabolik dihambat oleh produk akhir jalur tersebut. Namun,inhibisi
semacam ini tidak boleh bergantung pada kompetisi memperebutkan
lokasi pengkaitan substrat enzim karena stuktur produk akhir dan zat
antara awal (substrat) biasanya cukup berbeda.

Tiap enzim bukan hanya memiliki satu tempat katalitik yang

mengikat substrat, melainkan juga satu atau lebih tempat lain yang
mengikat molekul-molekul pengatur kecil, atau efektor pengikat suatu
efektor ke tempatnya menyebabkan perubahan konformasi dalam enzim
sedemikian rupa sehingga afinitas tempat katalik terhadap substrat
menurunn (inhibisi alosterik).

Protein-protein alosterik biasanya oligometik, pada sebagian

kondisi,subunit-subunit protein tersebut bersifat identic,tiap subunit
memiliki tempat katalitik sekaligus tempat efektor; pada kasus lain,
subunit-subunit tersebut berbeda-berbeda,satu jenis subunit hanya
memiliki satu tempat kataliti,dan jenis subunit lain hanya memiliki satu
tempat efektorr.

B. Inhibisi umpan balik

Mekanisme umum yang telah berkembang dalam mikrorganisme

untuk mengatur aliran karbon melalui jalur-jalur biosintetik merupakan
mekanisme paling efisien yang dapat dibayangkan , sebagai contoh,
langkah pertama dalam biosintensis isoleusin, yang tidak melibatkan jalur
lain,adalah konversi L-treonin menjadi a-asam ketobutirat, yang dikatalisis
oleh alosterik dan spesifik oleh L-isoleusin dan bukan oleh senyawa lain,
lalu enzim lain pada jalur ini tidak perpengaruh (meskipun sintensis
keempat enzim tersebut tertekan).

C. Aktivasi Alosterik

Pada sebagian keadaan ,sel akan mendapat manfaat jika suatu

produk akhir atau zat antara mengaktifkan, bukan menghambat enzim
tertentu. Pada pemecahan glukosa oleh E. coll, misalnya, produksi
berlebihan zat antara glukosa 6-fosfat dan fosfoenolpiruvat akan
memberikan sinyal untuk pengalihan sebagian glukosa ke jalur sintesis
glikogen.

D. Kooperativitas

Banyak enzim oligomerik, yang memiliki lebih dari satu tempat

pengikatan substrat, menunjukkan interaksi kooperatif antaramolekul
substrat. Pengikatan suatu substrat oleh satu tempat katalitik meningkatkan
afinitas tempat-tempat lain terhadap molekul substrat tambahan. Hasil
bersih interaksi ini adalah untuk menghasilkan pertambahan eksponensial
dalam aktivitas katalik sebagai respons terhadap pertambahan aritmetika
dalam konsetrasi substrat.

E. Modifikasi kovalen enzim-enzim

Sifat regulatorik beberapa enzim diubah oleh modifikasi kovalen

protein . sebagai contoh, respon glutamin sintetase terhadap efektor
metabolik diubah oleh adenililasi, yaitu pelekatan ADP ke rantai
samping spesifik tirosil dalam tiap subunit enzim secara kovalen.
Enzim-enzim yang mengendalikan adenililasi juga dikendalikan
melalui modifikasi kovalen. Aktivitas enzim-enzim yang
mengendalikan adenililasi juga dikendalikan melalui fosforilasi
struktur enzim-enzim tersebut.

F. Inaktivasi enzim

Aktivitas sebagian enzim dihilangka melalui hidrolisis. Proses

ini dapat diatur dan kadang-kadang ditandai dengan modifikasi
kovalen enzim yang menjadi ta
3. GENETIKA BAKTERI
SUSUNAN GEN

Struktur DNA & RNA

Informasi genetik pada bakteri disimpan dalam bentuk sekuens basa

DNA. Pada bakteriofaga dan virus, informasi genetik disimpan dalam
bentuk sekuens asam ribinukleat.sebagian besar molekul DNA beruoa
untaian ganda, dengan basa komplementer (A-T;G-C) dipasangkan melalui
ikatan hidrogen pada bagian pusat moleku. Orientasi dua untaian DNA
adalah antiparelel: satu untaian secara kimia berorientasi dalam arah 5’→3;
dan untaian komplemennya dalam arah 3’→5’. Sifat komplementer basa ini
memungkinkan untaian yang satu (untaian penyandi).Banyak protein
dengan kapasitas unyuk mengikat DNA dan mengatur ekspresi gen
berinteraksi terutama dengan lekukan mayor, tempat atom yang berisi basa
lebih terpapar. Sumbu utama fosfodiester bermuatan negatif DNA
menghadap ke pelarut. Panjang suatu molekul DNA biasanya diekspresikan
dalam ribuan pasang basa, atau pasangan kilobasa (kilobase pairs, kbp).
Suatu virus kecil mungkin mengandung suatu molekul DNA tunggal yang
kurang dari 0,5 kbp, sedangkan genom DNA tunggal yang menyandi
Escherichia coli lebih besar dari 4.000 kbp. Pada kedua keadaan tersebut,
setiap pasang basa dipisahkan dari pasangan selanjutnya dengan jarak kira-
kir 0,34 nm, atau 3,4x 10-7 mm sehingga panjang total kromoso E. coli lebih
kurang 1 mm. Karena dimensi keseluruhan sel bakteri kira-kira 1.000-kali
lipat lebih kecil dari pada panjangnnya, sejumlah dasar lipatan, atau
supercoiling, terbukti berperan atas

RNA paling sering terdapat dalam bentuk untaian tunggal. Basa

urasil (U) menggatikan timin (T) dalam DNA sehingga basa komplementer
yang menentukan struktur RNA adalah A-U dan C-G. Struktur keseluruhan
molekul RNA untai tunggal ditentukan oleh pasangan basa di dalam lup
yang membentuk untaian, dengan hasil molekul RNA untai tunggal
diasumsikan suatu struktur padat yang mampu mengekspresikan informasi
genetik yang terdapat didalam DNA.

Fungsi paling umum RNA adalah komunikasi sekuens gen DNA dalam
bentuk messengerRNA (mRNA) ke ribosom. Proses ini dikenal sebagai
transkripsi dan translasi mRNA ditranskripsikan sebagai komplemen
RNA ke untaian DNA pengkode. mRNA ini kemudian ditranslasi oleh
ribosomal RNA (rRNA) dan protein, mentranslasikan perintah ini ke
dalam struktur primer protein melalui aminoasil-transferRNA (tRNA).
Molekul RNA bervariasi dalam ukurannya, dari tRNA kecil, yang
mengandung kurang dari 100 basa sampai mRNA yang mungkin membawa
perintah genetik hingga beberapa ribu basa. Ribosom bakteri mengandung
tiga jenis tRNA, dengan ukuran berturut-turut 120, 1540, dan 2900 basa dan
sejumlah protein. Molekul Rrna yang setara pada ribosom eukariota
biasanya lebih besar. Kepentingan ekspresi gen individual berubah sesuai
tuntutan fisiologis, dan kebutuhan akan ekspresi gen yang fleksibel
tercermin dalam perputaran metabolisme yang cepat pada sebagian besar
mRNA. Di lain pihak, tRNA dan rRNA yang berkaitan dengan fungsi
sintetis protein yang diperlakukan secara universal cenderung stabil dan
bersamaan mencakup lebih dari 95% total RNA pada sel bakteri. Sebagian
kecil molekul RNA tampak berfungsi sebagai enzim (ribozim). misalnya
RNA 23S pada subunit ribosom 50S mengatalisis pembentukan ikatan
peptide selama sistesis protein akhir-akhir ini suatu golongan baru molekul
RNA yang dinamakan small interfering RNA (siRNA) didapatkan pada
tanaman. SiRNA merupakan molekul RNA untai-ganda, dengan panjang
20-25 nukleotida yang mempunyai beberapa peran dalam fungsi biologi.

GENOM EUKARIOTIK

Genom adalah keseluruhan informasi genetic pada suatu makhluk

hidup. Hamper semua genom eukariotik dibawakan oleh dua atau lebih
kromosom linier yang dipisahkan dari sitoplasma didalam membrane
nucleus. Sel eukariotik diploid terdiri dari dua homolog (salinan evalusioner
 divergen) pada setiap kromosom. Mutasi atau perubahan genetic, sering
tidak dapat dideteksi pada sel diploid karena peranan satu salinan gen
mengompensasi perubahan fungsi hemolognya. Suatu gen yang tidak
mencapai ekspresi fenotipik dengan keberadaan hemolognya disebut
resesif. Sedangkan suatu gen yang menutupi efek hemolognya disebut
dominan. Sel eukariota mempunyai mitokondria dan pada beberapa kasus
mempunyai kloroplas. Didalam setiap organel-organel ini terdapat molekul
sirkuler DNA yang mengandung beberapa gen yang fungsinya berkaitan
dengan organel. DNA refetitif yang terdapat jalam jumlah besar pada sel
eukariota, makin bnayak ditemukan pada prokariota. Pada genom
eukariota, makin banyak ditemukan pada prokariota.

GENOM PROKARIOTA

Sebagian besar gen prokariota diteruskan oleh kromosom bakteri.

Terdapat sedikit pengecualian, gen bakteri memiliki sipat haploid. Dapa
sekuens genom lebih dari 340 genom prokariota (lebih dari 90%) terdiri dari
suatu molekul DNA sirkuler tunggal yang mengandung DNA sebanyak 580
kbp hingga lebih dari 5220 kbp. Gen yang penting untuk pertumbuhan
bakteri yang disebut sebagai “housekeeping genes” diteruskanoleh
kromosom dan plasmid yang membawa gen yang berkaitan dengan fungsi
khusus. Banyak plasmid menyandi gen yang memperantarai perppindahan
dari satu organism ke yang lainnya, seperti juga gen lainnya yang berkaitan
dengan perolehan genetic atau pengaturan kembali DNA. Oleh sebab itu,
gen dengan asal usul evolusi yang endependen dapat diterima oleh plamid
yang tersebar luas di antara populasi bakteri. Konsekuensi kejadian genetic
seperti ini tampak pada penyebaran cepat pada populasi bakteri resisten
terhadap antibiotic yang diperantarai oleh plasmid setelah penggunaan
bebas antibiotic dirumah sakit.
Genom virus

Virus mampu bertahan hidup,tetapi tidak tumbuh tanpa adanya sel

pejamu.replika genom virus terhangantungdari energi metabolic dan perlengkapan
sistetik makromolekul. Sering kali bentuk parasitisme genetic ini mengakibatkan
kematian sel pejamu. Pembedaan sering kali dibuat antara virus yang berkaitan
dengan eukariota dan virus yang berkaitan dengan prokariota yang selanjutnya
disebut bakteriofaga atau faga. Dengan lebih dari 5.000 isolat morfologi yang
dikenal, faga merupakan kelompok terbesar diantara semua kelompok
virus.Bakteriologi terdapat pada lebih dari 140 genus bakteri dan pada banyak
habitat yang berlainan. Faga dapat dibedakan berdasarkan cara perkembangan
biakkan .faga litik menghasilkan banyak Salinan dirinya dengan cara membunuh
sel pejamunya, waktu yang tepat untuk ekspresi gen virus, dengan tujuan
mengoordinasi kejadian yang berkaitan dengan pembentukan faga. Faga
temperature dapat memasukan keadaan profaga non- litik, yaitu ketika replica dari
asam nukleatnya dihubungkan dengan replica DNA sel pejamu.bakteri yang
membawa profaga dinamakan lisogenetik karena sinyal fisiologis dapat
mencetuskan siklus litik yang berakibat pada kematian,faga filamentosa contohnya
faga M13 E. coli yang telah diteliti hingga mendalam memiliki pengecualian pada
beberapa hal,filamennya mengandung DNA untai tunggal yang terdiri dari banyak
protein dan menonjol dari pejamunya dan menyebabkan pejamunya lemah,tetapi
tidak mati oleh infeksi faga.Rekayasa DNA faga M13 menghasilkan untaian
tunggal yang merupakan sumber berharga untuk analisis dan mempulasi DNA.

DNA EUKARIOTA

Replikasi DNA eukariota dimulai pada beberapa titik pertumbuhan

sepanjang kromosom .replika ujung akhir kromosom linier yang akurat
membutuhkan aktivitas yang berbeda dari fungsi normal yang
berkaitan dengan replica DNA yang khusus (terdapat pada ujung akhir )
mempertahan kan struktur kromosom suatu spesies, sering kali sel haploid
adalah gamet. Pembentukan gamet yang diikuti oleh membentuka
 zigot diploid adalah sumber primer dari variabilitas genetic melalui
rekobinasi pada eukariota.

DNA BAKTERI

Bakteri kekurangan segala sesuatu yang menyerupai struktur

kompleks yang berkaitan dengan permisahan kromosom eukariota menjadi
nucleus anak berbeda.replika DNA bakteri dimulai dari satu titik dan
bergerak kedua arah (yaitu replikasi bidireksional)pada proses ini kedua
untaian DNA yang lama terpisah dan digunakan sebagai menyintersis
untaian baru (replikasi semikonservatif)struktur ketika kedua untain
terpisah dan digunakan sebagai garpu replikasi replikasikromosom bakteri
dikontrol secara tepat.

TRANSPOSON

Transposon tidak membawa informasi genetik yang dibutuhkan

untuk menggadakan replikasinya sendiri hingga pembelahan sel, dan oleh
sebab itu pertambahan jumlahnya tergantung dari penggabungan fisiknya
dengan replikasi bakteri, penggabungan ini dibantu perkembangan nya
oleh enzim yang memberiakn kemampuan kepada transposon untuk
membentuk Salinan dirinya .

FAGA

Bakteriofaga memperlihatkan keanekaragaman yang tinggi pada

sifat nukleatnya dan keanekanragaman ini tercermin pada cara replika yang
berbeda, strategis pertambahan jumlah yang berbeda secara mendasar
diperlihatkan oleh faga litik dan faga temperate menetapkan diri mereka
sendiri dalam suatu lonjakan tunggal pertumbuhan.fage
temperatemenetapkan diri mereka sebagai profaga,baik dengan cara
menjadi bagian dari replicon yang sudah adakromosom atau pun dengan
membentuk replicon yang indnpenden.pada faga llirik berbentuk lineardan
 tahap pertama replikasinya adalah pembentukan DNA sirkuler proses ini
tergantung dari ujung kohesif,ujung untai tunggal komplemen pada DNA
yang berhibrisasi.beberapa bakteriofaga temperate, dicontohkan oleh faga
PI.E. coli dapat bertahan dalam suatu keadaan profaga sebagai plasmid,
dsDNA bakteriologi temperate lainnya bertahan sebagai suatu profaga
melalui insertasinya kedalam kromosom pejamu,tempat insersi dapat cukup
spesifik, seperti dicontohkan pada penggabungan faga A E. coli dilokus
ketunggal kromosom bakteri.

TRANSFER DNA

Sifat haploid genom bakteri kemungkinan membatas plastiastas

genomic bakteri. Namun keberadaan berbagai macam bakteri dialam
menyediakan penampukan gen subur yang berperan dalam keanekaaan
ragamaan genetic yang luar biasa melalui mekanisme pertukaran
genetic,peertukaran genetic bakteri dicirikan olehtransfer fragman yang
kecil padagenom, gedom donor kepada sel resipen diikuti oleh rekombinasi
genetic bakteri agak berbeda dengan fusi gamet yang terlihat pada eukariota
di sini ada syarat bahwa DNA donor direplikasi pada organisme
rekominan,replikasi dapat diperoleh,baik melalui integrase DNA donor
kedalam kromosom resipen atau pun melalui pematapan DNA donor
sebagai replicon yang independen

RESTRISI & PEMBATASAN LAINNYA PADA TRANSFER GEN

Enzim restriksi (endonuclease restriksi) memperlengkapi bakteri

dengan suatu mekanisme untuk membedakan antara DNA nya sendiri
dengan DNA dari sumber biologis lainnya enzim ini menghidrolisis
(memecah )DNA pada tempat restriksi yang ditentukan oleh sekuen DNA
spesifik berkisar antara 4 hingga 13 basa,beberapa plasmid memperlihatkan
suatu kisaran pejamu yang sempit dan hanya dapat bereplikasi didalam
kumpulan bakteri yang berkerabat dekat, plasmind lainnya contohnya
 beberapa plasmind resisten obat,bereplikasi dalam kisaran luar rekobinan
bakteri.

MEKANISME REKOMBINASI

DNA donor yang tidak membawa informasiyang diperlukan untuk

replikasi dirinya sendiri harus melakukan rekobinasi dengan DNA resipen
supaya stabil didalam galur resipien ,dengan DNA resipien supaya stabil
didalam galur resipen rekobinasinya dapat homolog.suatu hasil dari
kemiripan yangsangat dalam sukens DNA donordan resipen,atau pun
nonhomolog.

MEKANISME TRANSFER GEN

Komposisi DNA mikroorganisme dapat cair , DNA dapat di transfer

dari organismeke organisme lain,dan DNA dapat digabungkan secara stabil
ke dalam resipen secara permanen mengubah komposisi genetiknya.

A. KONJUGASI

Plasmind adalah elemen genetic yang paling sering ditransfer

melalui konjugasi,fungsi genetic yang dibutuhkan untuk transfer disandi
oleh gen tra yang dibawa oleh plasmid yang dapat bertransmisi
sendiri.beberapa transmisi yang dapat bertransmisi-sendiri dapat
memobilisasi plasmid atau bagian dari kromosom lainnya untuk memindah.

Genetika mikroorganisme

Mekanisme transfer DNA selama konjugasi. Sel donor

memproduksi plus yang dikodekan oleh plasmid dan mengontak suatu sel
resipen yang potensial yang tidak mengandung plasmid. Reaksi dari plus
membawa sel dalam yang berdampingan. Pembentukan pasangan memberi
tanda pada plasmid untuk mulai mentransfer dari torehan umtain tunggal
pada ont Mekanisme dari mobilisasi plasmid. Sel donor membawa dua
plasmid, suatu plasmid yang dapat bertransmisasi sendiri, F yang mengode
fungsi tra yang mempromosi kontak dan transfer plasmid yang dapat
dimobilisasikan. Fungsi mob yang dikodekan oleh plasmid yang dapat
dimobilisasikan membuat sebuah torehan untau tunggal pada orit di regic.

a.Plasmid

plasmid memberikan sifat donor tertentu pada sel,sifat ini

meliputi pula seks, suatu penijolan protein ekstraseluler multinserik
yang menempelkan sel donor ke organisme respien yang
kekurangan faktor fertilitas, jembatan antara sel memungkinkan
galut plasmid F2 yang disintesis oleh donor, berpindah ke respien,
tempat galur komplemen DNA di bentuk. Faktor fertilisasi F2-4yang
disintetis oleh donor, berpindah ke respien, tempat galur komplemen
DNA dibentuk. Kecepatan tranfer kromosom dari sel hir bersifat
konstan, dan kumpulan hasil dari berbagai eksperimen konjugasi
memungkinkan persiapan pemetaan genetik E. Coli yaitu jarak antar
lokus diukur dalam menit yang dibutuhkan untuk transfer pada
konjugasi. Pemetaan yang serupa telah dibuat untuk salmonelia
typlimurium bakteri coliform (serupa E, coli) yang berkaitan dan
perbandingan, dan perbandingan kedua pemetaan memperlihatkan
pola pengorganisasian gen yan berhubungan. Prosedur serupa
dengan plasmid lain memungkinkan peneliti memetakan kromosom
sirkuler milik anggota genus disebut faktor R, dapat membantu
transfer kromosom dari bakteri yang berbda, termasuk pseudomas
spp.Intergasi DNA kromosom ke dalam suatu plasmid konjugal
dapat menghasilkan replikoan rekobinan- suatuprima F (fertilitas)
atau prima R(resistensi).
 b.Transduksi

transduksi adalah rekombinasi genetika yang diperan oleh faga pada

bakteri. Dalam istilah yang paling sederhana, pertikel transduksi dapat
dianggap sebagai asam nukleat bakteri di dalam mantel faga. Bahkan pada
suatu populasi faga litik dapat mengandung beberapa partikel dengan cara
mantel faga mengelilingi DNA yang yang diturunkan dari bakteri bukan
diturunkan dari faga. Populasi ini telah digunakan untuk mentransfer gen
dari satu bakteri ke bakteri lainnya. Faga temperate adalah sarana pilihan
untuk transfer gen kareba infeksi pada bakteri respien berada dalam kondisi
yang membantu lisogenik meminilisasi lisis sel dan karenanya membantu
pertahanan galur rekombinam. Ukuran DNA pada partikel transduksi
biasanya tidak lebih dari beberapa persen kromosom bakteri, dan oleh sebab
itu ko-transduksi-transfer lebih dari satu gen pada suatu waktu-terbatas
pada gen bakteri yang terkait. Proses ini terutama penting dalam pemataan
gen yang letaknya terlalu berdekatan satu sama lain untuk diletakkan pada
urutan pemetaan menggunakan metode keseluruhan dari transfer konjugal.
Faga mutan dapat diidefikasi atas dasar morfologis plak yang terbentuk
melalui bakteri tumbuh pada medium agar yang dipadatkan.

Pulau patogenitas sering dipindahkan oleh faga. Contohnya, dua

faga memindahkan pulau patogenisitas yang menyebabkan perubahan
bentuk benigna vibrio choerea menjadi vbentuk patogen yang menyebabkan
epidemi kolera. Faga ini menjadi gen untuki toksin kolera dan pili
pembentuk berkas serabut yang berfungsi dalam pelekatan.

c.Transformasi

ambilan langsung DNA donor oleh bakteri respiens tergantung pada

kemampuan untuk bertransformasi. Bakteri jarang memiliki kemampuan
alamiah dan beberapa galur bakteri ini dapat ditranformasi hanya jika
terdapat faktor kompetensi yang dihasilkan hanya pada suatu titik spesifik
selama siklus pertumbuhan. Galur lain siap mengalami transformasi alami,
dan organisme ini menjanjikan bagi rekayasa genetika karena kemudahan
mereka menggabungkan DNA modifikasi ke dalam kromosom mereka.
Bakteri yang dapat ditransformasi secara alami dijumpai pada beberapa gen
dan meliputi Bacillus subtills.

Mutasi & Pengaturan Ulang Gen

 Mutasi Spontan
Mutasi adalah perubahan dalam sekuens DNA. Mutasi
spontan pada gen tertentu dengan latar belakang tipe-liar biasanya
terjadi dengan frekuensi sebesar 106-104 dalam suatu populasi yang
berasal dari bakteri tunggal (tergantung dari spesies bakteri dan
kondisi yang digunakan untuk mengindetifkasi mutasi). Mutasi
meliputi subtitusi basa, delesi,inserasi dan pengaturan ulang.
Subtansi basa dapat terjadi sebagai konsekuensi dari pembentukan
pasangan yang salah antara basa komplementer selama replikasi.
Rerspon SOS adalah sistem perbaikan DNA pasca replikasi yang
memungkinkan replikasi DNA meminta jeni atau kesalahan pada
DNA. Banyak subtitusi basa luput dari proses deteksi pada tingkat
lenotip karenamereka tidak mengganggu fungsi produk gen secara
bermakna. Contohnya,mutasi missense,yang mengakibatkan
subtsubtitusi dari satu asam amino dengan yang lainnya.

 Mutagen
Frekuenwsi mutasi bertambah besar dengan adanya
pemaparan sel terhadap mutagen sinar ultraviolet (UV) adalah
mutagen fisik yang merusak DNA dengan menghubungkan basa
timin yang berseblahan sehingga membentuk dimer. Kesalahan
urutan dapat terjadi selama perbaikan enzimatik pada kerusakan
genetik ini. Mutagen kimia dapat bekerja dengan cara mengubah
struktur fisik ataupun struktur kimiawi DNA.

Pemisahan evolusioner yang luar biasa dari genom eukariota

dan prokariota diperlihatkan dengan membandingkan mekanisme
ekspresi gen mereka yang hanya merupakan sebagian kecil dari
sifat-sifatnya. Mekanisme tempat urutan nukleotida pada gen
menentukan urutan amino dalam protein sebagian besar berupa pada
prokarioda dan eukarioda dan mekanisme sebagai berikut:

1. RNA polimerase membentuk untaian poliribonakleotida

tunggal,yang disebut”menenger RNA”
2. Asam amino diaktivasi secara enzimatis dan ditransfer ke
molekuladapter khusus RNA disebut “transfer RNA”.
3. mRNA dan tRNA bersama sama menuju ke permukaan ribosom

Pada prokariota ,yang berhubungan dengan fungsi terkait

dikelompokkan secara khusus atau ditemukan pada operon.

Pada eukariota,pengelompokan gen yang terbaik tidak lazim

dilakukan ,sekues penambahan adalah regio pada DNA eukariota
yang meningkatkan transkripsi yang bisa terletak jauh diatas dari
gen yang ditranskripsi.

Ribosom eukariota dan prokariota berbeda dalam banyak

hal. Ribosom eukariota lebih besar dan mempunyai koifialem
sedimentasi,yaitu 80S sedangkan koefisien sedimentasi ribosom
prokariota sebesar 70S.
Pengaturan Ekspresi Gen Prokariota

Protein spesifik produk dari gen regulator,memerintahkan ekspresi gen

struktural yang menyandi enzim . Transkripsi DNA menjadi mRNA dimulai dari
promotor.

REKAYASA GENETIK

Rekayasa merupakan penerapan ilmu pengetahuan ke dalam bidang

kebutuhan sosial. Fragmen DNA khusus dapat diisolasi dan diamplifikasdan gen
mereka dapat diekspesikan pada tingkat tinggi.

Gen yang disolasi dapat digunakan untuk berbagai tujuan. Mutagenesis

yang berdasarkan tempat dapat mengidentifikasi dan mengubah sekueos DNA
suatu gen.

Penyedian Fragme DNA dengan Enzim Restriksi

Keanekargaman genetika bakteri tercermin dari kisaran enzim restriksi yang

luas, yang mempunyai selektivitas luar biasaa sehingga memungkinkan mereka
mengenali daerah spesifik pada DNA untuk pembelahan. Sekuens DNA yang di
kenali oleh enzim restriksi sebagian besar adalah palindrom (pengulangan sekuns
yang terbaik). Panjang fragmen DNA yang dihasilkan oleh enzim restriksi sangat
bervariasi, karena ciri khas setiap sekuens DNA. Panjang rata-rata fragmen DNA
ditentukan terutama oleh jumlah basa spesifik yang dikenali oleh enzim.

Pemisahan Fisis Fragmen DNA yang Berbeda Ukuran

Banyak kesederhanan yang mendasari teknik rekayasa genetika terletak

pada kenyatan bahwa elektroforesis gel genetika memungkinkan fragmen DNA
dipisahkan menurut ukuranya. Makin kecil fragmennya makin cepat kecepatan
migrasinya. Kecepatan keseluruhan migrasi dan kisaran optimal ukuran untuk
proses pemisahan di tentukan sifat alami kiamiawi gel dan oleh tingkatan hubungan
silangnya. Gel hubungan silang yang tinggi mengoptimalkan pemisahan fragmen
DNA yang kecil.

Kloning Fragmen Restriksi DNA

Banyak enzim restriksi memecahkan secara asimetri dan menghasilkan

fragmen DNA dan ujung kohesif (lekat) yang berhibridisasi satu dengan yang
lainnya. DNA ini dapat digunakan sebagai donor dengan resipen plasmid untuk
membentuk plasmid rekombinaan yang direkayasa secara genetis. Plasmid
rekombinan dapat dimasukan kedalam perjamu bakteri, seringkali E,coli, dengan
cara transformasi sebagai alternatif. Elektroporasi merupakan prosedur yang
dikembangkan baru-baru ini yang memasukan DNA kedalam bakteri dengan
menggunakan gradien elektris. Sel yang mengalami transformasi dapat di pilih atas
dasar satu atau lebih faktor resistensi obat yang disandi oleh plasmid. Populasi
bakteri yang dihasilkan mengandung satu perpustakan plasmid rekombinan yang
membawa berbagai fragmen restriksi insersi yang di klon, yang diturunkan dari
DNA donor.

KARAKTERISSASI DNA HASIL KLON

Pemetaan Restriksi

Manipulasi DNA yang diklon memerlukan pengertian akan sekuns asam

nuekleatnya. Persiapan peta restriksi adalah langkah pertama untuk dapat
memahami hal ini peta restriksi disusun seperti menyusun puzzle dari ukuran
fragmen yang di hasil kan oleh proses tunggal yang di peroleh dari enzim restriksi
individual,dan melalui proses ganda yang di bentuk dengan pasangan enzim
restriksi. Peta restriksi juga merupakan langkah awal menuju pengurutan DNA
,karena proses inimengidentifikasi fragmen yang akan menghasilkan fragmen DNA
yang relatif kecil yang dapat menjadi subjek analisis yang lebih mendalam yang
dapat melibatkan proses pengurutan DNA.
Pengurutan

Pengurutan DNA memperlihatkan struktur gen memungkinkan

peneliti untuk mengambil kesimpulan atas struktur produk gen. Selanjutnya
informasi ini memungkinkan manipulasi gen dengan tujuan untuk dapat
pengertian atau melakukan perubahan atas fungsinya. Pengurutan DNA
sangat dimudahkan oleh manipulasi genetika bakteriofoga M13 E, coli yang
mengandung DNA untai tunggal. Bentuk replikatif DNA faga adalah suatu
lingkaran tertutup kovalen pada DNA untai ganda yang telah di rekayasa
sedemikian rupa sehingga mempunyai beragam lokasi kloning yang
memungkinkan integrasi fragmen DNA spesifik yang telah diidentifikasi
sebelumnya melalui pemertaan DNA. Bakteri yang terinfeksi dengan
bentuk reflikatif menyekresi DNA untai tunggal termodifikasi yang
mengandung faga didalam selubung protein nya yang mencakup sekuens
yang dimasukan. DNA ini berperan sebagain cetakan untuk reaksi
pemanjangan. Asal muasal untung pemanjangan ditentukan oleh primer
DNA ini dapat disintesis oleh mesin yang sangat otomatis untuk sintesis
oligonukleotida secara kimia. Mesin ini yang dapat menghasilkan untaian
DNA yang mengandung 75 atau lebih oligonukleotida dalam suatu urutan
yang belum ditentukan. Sangat pentimh untuk proses pengurutan dan untuk
modifikasi DNA melalui mutagenesi yang berdasarkan lokasi.

Studi biologi mengalami prubahan revolusioner dngan

adanya perkembangan teknologi yang memungkinkan pengurutan dan
analisis genom secara keseluruhan, mulai dari virus hingga mikroorganisme
uniseluluer prokariota dan eukariota hingga manusia. Hal ini difasilitasi
oleh pengunaan prosedur yang dikenal dengan shetgunning.
Dalam prosedur ini, DNA dipecah-pecah menjadi fragmen random yang
lebih kecil untuk menciptakan perpustakaan fragmen. Fragmen yang tidak
berarturan ini diurutkan dengan pengurut DNA otomatis dan disusun
kembali dalam susunan yang benar menggunakan perangkat lunak
komputer yang sangat canggih. Sejumlah fragmen yang cukup
diurutkan untuk memastikan cakupan yng adekuat dari genom
sehingga ketika mereka di susun kemvbali, sebagian besar genom
terwakilkan tanpa menyiksakan terlalu bnayak celah (untuk mencapaii hal
ini , seluruh genom biasanya mencakup 5 hingga 8 kali lipat, menyisakan
sekitar 0,1% dari total DNA yang tidak terurut). Susadah frakmen acak d
susun berdasarkan area sekuens yang tumpah tindih, setiap celah yang ada
dapat di indetifikasi. Pemrosesan data lanjut memungkinkan pemberian
keterangan data sekuens tempat dugaan regio penyandi,operon dan sekuens
regulator di identifikasi sampai saat ini sudah di lakukan pengurutan genom
dari sejumlah mikro organisme yang penting. Analisis lanjutan data skuens
sari patogen manusia yang penting yang di gabungkan dengan studi
patogenesis molekuler akan membantu kita memahami bagaimana
organisme ini menimbilkan penyakit dan pada akhirnya akan membantu
dalam menemukan faksin dan strategi pengobatan yang lebih.

MUTAGENESIS TERARAH – TEMPAT

Sintesis oligonukloetida secara kimiawi membuat penelitian mampu

melakukan introduksi substitusi basa terkontrol kedalam skuens DNA.
Substitusi dapat di gunakan untuk mengekplorasi efek mutasi yang sudah di
rancang sebelumnya pada ekspresigen, untuk memeriksa kontribusi asam
amino yang di substitusi terhadap fungsi protein , atau atas dasar informasi
sebelumnya tentang residu yang esensial untuk fungsi – untuk
mennonaktifkan suatu gen. DNA ini yang mengandung sekuens tipe liar
pada satu untaian dan skuens mutan pada untaian lainnya, di gunakan untuk
menginfeksi pejamu bakteri melalui proses transformasi. Replikasi yang
berakibat pada sekregasi DNA tipe-liar dan mutan, dan gen mutan untai-
ganda dapat di isolasi dan selanjutnya di-klon dari bentu replikatif faga.

ANALISIS DENGAN DNA YANG DI-KLON ALAT

PEMERIKSA HIBRIDISASI
 Alat pemeriksa hibridasi (southern blotting) digunakan secara rutin
dalam klon DNA. Urutan asam amino suatu protein dapat digunakan untuk
menyimpulkan urutsn DNA, tempat alat pemeriksa dapat dibuat dan dipakai
untuk mendeteksi suatu koloni bakteri yang mengandung gen yang di-
klon.DNA Komplementer atau Cdna, disandi oleh Mrna, dapat digunakan
untuk mendeteksi gen yang menyandi Mrna. Sekuens DNA spesifik dalam
fragmen restriksi yang dipisahkan diatas gel, dapat diperlihatkan oleh
southern blots, suati metode yang menggunakan hibridasi DNA ke DNA.
Kedua blot ini dapat digunakan untuk mendeteksi fragmen restriksi yang
tumpang tindih.

Alat pemeriksa DNA menjanjikan teknik pemeriksaan untuk

identifikasi cepat organisme tertentu dari spesimen klinis yang sulit dikultur
dilaboratorium mikrobiologi . selanjtunya pengembangan teknik
memberikan kesempatan untuk mengidentifikasi agen patogen dengan
cepat dan langsung di jaringan yang terinfeksi. Perlengkapan untuk
identifikasi berbagai patogen bakteri dan virus tersedia secara komersial.
Ajur yang lebih besar memberikan ketelitian yang lebih besar karena ajur
ini kurang sensitif terhadap perubahan basa tunggal pada DNA target. Di
lain pihak, reaksi hibridasi terjadi lebih cepat dengan ajur kecil, dan alat ini
dapat dirancang dalam menghadapi daerah terlindung pada DNA tempat
subtitusi basa jarang terjadi.

Akhir-akhir ini metode percobaan diagnostikmolekuler mengalami

kemajuan pesat, terutama teknologi amplifikasi yang menginkorporsial
asam nukleat seperti PCR. Beberapa instrumen komersial telah tersedia
dalam bentuk kombinasi amplifikasi PCR DNA target dengan pendeteksian
amplicon dalam saluran tertutup yang sama. Teknologi ini dikenal sebagai
PCR waktu-nyata, menunjukkan bahwa amplicon PCR dapat dideteksi
dalam waktu nyata. Pada keadaan yang sebenarnya, “waktu nyata” merujuk
pada deteksi amplicon sesudah tiap siklus PCR. Format deteksi ajur
melibatkan pendeteksian fluorofor. Hasilnya bersifat semi-kuantitatif dan
 dapat diperoleh dalam waktu yang jauh lebih singkat dibandingkan jika
menggunakan pemeriksaan PCR konvesional.

MANIPULASI KLON DNA

Teknik rekaya genetik memungkinkan pemisahan dan ekspresi yang

sepenuhnya bebas pada gen yang berkaitan dengan patogen. Vaksin yang
dibuat dengan gen yng direkayasa memberikan tindakan keamanan yang
itdak dapat dicapai sebelumnya. Contohnya vaksin dapat dibuat terhadap
protein mantel virus yang diproduksi dalam keadaan tanpa adanya gen yang
berkaitan dengan fungsi replikatif virus inokulasi dalam mengembangkan
vaksin seperti ini berasal dari mudahnya terjadi mutasi virus yang akan
menghasilkan varian genetik yang tidak dikenal oleh sistem pertahanan
imun individu yang telah divaksinasi. Pada akhirnya, vaksin sekarang (dan
pada masa yang akan datang) mengandung sejumlah kisaran protein yang
mengantisipasi respon genetik patogen.

Galur Rekombinan di dalam Lingkungan

Sebagian besar kemajuan ilmiah kadang-kadang mendatangkan

reaksi publik yang berlawanan, karena itu adalah bijaksana untuk
mempertimbangkan konsekuensi potensial dari rekayasa genetik.Yang
akhir-akhir ini paling dikhawatirkan adalah patogen yang dikenal
mengalami relatif sedikit modifikasi genetik. Hal ini telah dan harus
diinvestigasi di laboratorium yang khusus dibuat untuk itu. Pengecualian
menarik dari aturan umum ini adalah organisme hasil rekayasa yang
memberikan keuntungan sosial jika berada dalam lingkungan. Banyak
organisme tersebut diturunkan dari bakteri non patogen yang ada dialam
dengan frekuensi hngga sebesar 105g tanah. Bakteri mutan yang tidak
membentuk kristal es didesain oleh ahli mikrobiologi yang berhaarap bahwa
organisme mutan ini dapat melindungin hasil panen selada dengan cara
mempergunakan sementara limgkungan yang normalnya dihuni oleh galur
pembentuk-es, tetapi usaha menggunakan organisme mutan dalam studi
lapangan yang menuai banyak protes, dan studi baru hanya dilanjutkan
setelah suatu penundaan hukum yang panjang dengan biaya besar.
Presedensi hukum yang timbul dari masalah ini dan peggunaan yang
progresif dan menguntungkan dari teknik rekayasa genetik dan
memfasilitasi penentuan situasi ketika kewaspadaan ekstrem dibenarkan.
4. Peranan Bakteri Yang Menguntungkan Dan Yang Merugikan

1. Peranan Bakteri Yang Menguntungkan Dalam Bidang:

A. Bidang Pertanian
BAKTERI RHIZOBIUM LEGUMINOSARUM
Bakteri Rhizobium adalah salah satu kelompok bakteri
yang berkemampuan sebagai penyedia hara bagi tanaman.
Peran : Peranan rhizobium terhadap pertumbuhan tanaman
khususnya berkaitan dengan masalah ketersediaan nitrogen bagi
tanaman inangnya. Pada tanaman legum, Rhizobium mampu
mencukupi 80% kebutuhan nitrogen tanaman legum dan
meningkatkan produksi antara 10% - 25%. Tanggapan tanaman
sangat bervariasi tergantung pada kondisi tanah dan efektivitas
populasi asli.
Proses : Bila bersimbiosis dengan tanaman legum, kelompok
bakteri ini akan menginfeksi akar tanaman dan membentuk bintil
akar di dalamnya. Akar tanaman tersebut menyediakan karbohidrat
dan senyawa lain bagi bakteri melalui kemampuannya mengikat
nitrogen bagi akar. Jika bakteri dipisahkan dari inangnya (akar),
maka tidak dapat mengikat nitrogen sama sekali atau hanya dapat
mengikat nitrogen sedikit sekali. Bintil-bintil akar melepaskan
senyawa nitrogen organik ke dalam tanah tempat tanaman polong
hidup. Dengan demikian terjadi penambahan nitrogen yang dapat
menambah kesuburan tanah.
BAKTERI PASTEURIA PENETRANS
Peran : Bakteri Pasteuria penetrans sangat potensial untuk
dikembangkan sebagai salah satu komponen pengendalian
nematoda pada tanaman lada. Pengendalian hayati ini diharapkan
dapat mengurangi penggunaan pestisida kimia (nematisida) yang
berdampak negatif terhadap lingkungan. Penyakit kuning
merupakan salah satu kendala produksi lada di Bangka-Belitung
dan Kalimantan. Penyakit tersebut disebabkan oleh nematoda
parasit terutama Radopholus similis dan Meloidogyne incognita.
Akibat serangan nematoda tersebut, pertumbuhan tanaman menjadi
terhambat serta warna daun dan dahan menjadi kuning. Daun-daun
yang menguning tidak menjadi layu, tetapi tergantung kaku dan
sangat rapuh sehingga secara bertahap akan gugur. Untuk
mengendalikan penyakit kuning, para petani lada biasanya
 menggunakan bahan kimia. Namun, penggunaan bahan kimia
secara terus menerus dapat mencemari lingkungan, menimbulkan
resurjensi dan resistensi nematoda serta terbunuhnya musuh-musuh
alami yang mempunyai peranan dalam menjaga keseimbangan
hayati.
Proses : Nematoda parasit dapat dikendalikan dengan
menggunakan agen hayati yang merupakan musuh alaminya,
misalnya bakteri Pasteuria penetrans. Bakteri ini tersebar luas di
berbagai daerah serta dapat bertahan hidup lama di dalam tanah
karena mampu membentuk spora yang tahan terhadap kekeringan
dan input pertanian. Dilaporkan bahwa P. penetrans mampu
menekan populasi M. incognita pada tanaman tembakau, kacang
tanah, dan tomat.

B. Bidang Industri
Di dalam bidang industri juga terdapat bakteri yang menguntungkan dalam
bidang ini. Terutama dalam bidang industri pangan. Terdapat beberapa kelompok
bakteri yang mampu melakukan proses fermentasi dan hal ini telah banyak
diterapkan pada pengolahan berbagi jenis makanan. Bahan pangan yang telah
difermentasi pada umumnya akan memiliki masa simpan yang lebih lama, juga
dapat meningkatkan atau bahkan memberikan cita rasa baru dan unik pada
makanan tersebut. Beberapa makanan hasil fermentasi dan mikroorganisme yang
berperan

C. Bidang Kesehatan
Tidak hanya di bidang lingkungan dan pangan, bakteri juga dapat
memberikan manfaat dibidang kesehatan. Antibotik merupakan zat yang
dihasilkan oleh mikroorganisme dan mempunyai daya hambat terhadap kegiatan
mikroorganisme lain dan senyawa ini banyak digunakan dalam menyembuhkan
suatu penyakit. Beberapa bakteri yang menghasilkan antibiotik adalah:
§ Streptomyces griseus ® menghasilkan antibiotik streptomycin
§ Streptomyces aureofaciens ® menghasilkan antibiotik tetracycline
§ Streptomyces venezuelae ® menghasilkan antibiotik chloramphenicol
§ Penicillium ® menghasilkan antibiotik penisilin
§ Bacillus polymyxa ® menghasilkan antibiotik polymixi
2. Peranan Bakteri Yang Merugikan Dalam Bidang:
A. Tumbuhan
Bakteri penyebab penyakit pada tumbuhan:
1. Xanthomonas oryzae = Menyerang pucuk batang padi
2. Xanthomonas campestris = Menyerang tanaman kubis
3. Pseudomonas solanacaerum = Penyakit layu pada famili terung-
terungan
4. Erwinia amylovora = Penyakit bonyok pada buah-buahan
B. Hewan
Bakteri penyebab penyakit pada hewan:
1. Brucella abortus = Brucellosis pada sapi
2. Streptococcus agalactia = Mastitis pada sapi
3. Bacillus anthracis = Antraks
4. Actinomyces bovis = Bengkak rahang pada sapi
5. Cytophaga columnaris = Penyakit pada ikan
C. Manusia
Bakteri penyebab penyakit pada manusia:
1. Salmonella typhosa = Tifus
2. Shigella dysenteriae = Disentri basiler
3. Vibrio comma = Kolera
4. Haemophilus influenza = Influensa
5. Diplococcus pneumoniae = Pneumonia
6. Mycobacterium tuberculosis = TBC paru-paru
7. Clostridium tetani = Tetanus
8. Neiseria meningitis = Meningitis (radang selaput otak)
9. Neiseria gonorrhoeae = Gonorrhaeae (kencing nanah)
10. Treponema pallidum = Sifilis atau Lues atau raja singa
11. Mycobacterium leprae = Lepra (kusta)
12. Treponema pertenue = Puru atau patek
13. Corinebacterium diphteriae = Dipteri
14. Pasteurella pestis = Pes
15. Staphylococcus = Bisul