Sampai saat itu, belum ada keterkaitnnya dengan PJB. PJB baru masuk
pada desember 2003, setelah RUPS PT. PLN (Persero) menetapkan PJB
sebagai salah satu pemegang saham S2P, menggantikan GDE yang
mengundurkan diri karena setelah Pertamina berubah menjadi Perseroan
Terbatas (PT), yang akan fokus pada core business-nya. PLTU Cilacap 2x300
MW mulai dibangun 29 Desember 2003, ditandai dengan pemasangan tiang
pertama oleh Menteri Energi dan Sumber Daya Mineral (ESDM), Purnomo
Yusgiantoro. Dua tahun kemudian, tepatnya 26 Desember 2005 dilakukan
Initial Firing of Boiler, untuk Unit 1 dan tanggal 17 Januari 2006 dilakukan
sinkronisasi Unit 1 dengan sistem JAMALI dan menjalankan serangkaian tes
elektrikal, mekanikal dan sistem kontrol. Akhir April 2006 PLTU Cilacap
Unit 1 (300 MW) beroperasi secara komersial, sedangkan Unit II (300 MW)
beroperasi komersial pada September 2006.
Jadi, pada tahun 2006 sistem ketenagalistrikan Jawa, Madiun, dan Bali
(JAMALI) menerima tambahan pasokan daya sebesar 2.660 MW, berasal
dari PLTU Cilacap 2x300 MW, PLTU Tanjung Jati B sebesar 2x660 MW dan
PLTGU Cilegon sebesar 740 MW. PLTU Cilacap memproduksi pasokan
listrik sebesar masing -masing 2x300 MW yang terbagi menjadi unit 1 dan 2
yang mulai beroperasi pada tahun 2003, 1x660 MW di unit 3 yang mulai
beroperasi tahun 2016. Untuk mendukung program infrastruktur
ketenagalistrikan 35.000 MW pemerintah, serta pembangunan Unit Ekspansi
1x1000 MW yang dijadwalkan dapat beroperasi secara komersial pada tahun
2019. Perbedaan yang paling mendasar diantara keempat unit tersebut yaitu
pada Unit 1 dan 2 menggunakan boiler subcritical, Unit 3 menggunakan
boiler supercritical, serta Unit Ekspansi menggunakan boiler ultra
supercritical.