Rhizopus oryzae
Rhizopus oryzae merupakan jamur yang sering digunakan dalam pembuatan tempe. Jamur ini aman
dikonsumsi karena tidak menghasilkan toksin dan mampu menghasilkan asam laktat. Rhizopus oryzae
mempunyai kemampuan mengurai lemak kompleks menjadi trigliserida dan asam amino. Selain itu jamur
ini juga mampu menghasilkan protease. Menurut Sorenson dan Hesseltine (1986), Rhizopus oryzae
tumbuh baik pada kisaran pH 3,4-6. Pada penelitian, semakin lama waktu fermentasi, pH tempe semakin
meningkat sampai pH 8,4, sehingga jamur semakin menurun karena pH tinggi kurang sesuai untuk
pertumbuhan jamur. Secara umum jamur juga membutuhkan air untuk pertumbuhannya, tetapi kebutuhan
air untuk jamur lebih sedikit dibandingkan dengan bakteri. Selain pH dan kadar air, jumlah nutrien dalam
bahan juga dibutuhkan oleh jamur.
Ciri-ciri :
- Koloni berwarna putih berangsur-angsur menjadi abu-abu
- Stolon halus atau sedikit kasar dan tidak berwarna hingga kuning kecoklatan,
- Sporangiofora tumbuh dari stolon dan mengarah ke udara, baik tunggal atau dalam kelompok (hingga 5
sporangiofora)
- Rhizoid tumbuh berlawanan dan terletak pada posisi yang sama dengan sporangiofora sporangia globus
atau sub globus dengan dinding berspinulosa (duri-duri pendek), yang berwarna coklat gelap sampai
hitam bila telah masak
- Kolumela oval hingga bulat, dengan dinding halus atau sedikit kasar
- Spora bulat, oval atau berbentuk elips atau silinder.
Cara Reproduksi
Rhizopus bereproduksi secara aseksual dan seksual. Reproduksi secara aseksual adalah dengan spora
nonmotil yang dihasilkan oleh sporangium, sedangkan reproduksi seksualnya dengan konjugasi.
Klasifikasi
Kingdom : Fungi
Divisio : Zygomycota
Class : Zygomycetes
Ordo : Mucorales
Familia : Mucoraceae
Genus : Rhizopus
Species : Rhizopus oryzae
Azotobacter.
Saccharomyces cerevisia
Saccharomyces cerevisiae atau yang dikenal dengan khamir adalah yeast sel tunggal
eukaryotik berbentuk bulat atau oval atau silinder, dengan ukuran 5-10 µm, terdapat 2 gen yaitu
gen mitokondria dan gen nukleus dengan panjang gen nukleus 12,1 Mbp, jumlah kromosom 32
pasang, jumlah protein yang dikode sekitar 5800. S. cerevisiae membentuk filamen sebagai
respon dari kondisi lingkungan, bersifat fakultatif anaerob dan hidup pada daerah yang
mengandung gula. S. cerevisiae memiliki spora yang dibentuk didalam askus disebut askospora.
Perbanyakan sel dengan cara pertunasan, sel yang muda lebih kecil dibanding sel induk
Saccharomyces cerevisiae memiliki manfaat atau peran dalam fermentasi etanolis, produk
utamanya adalah etanol. S.cerevisiae digunakan dalam bidang fermentasi tradisional seperti
makanan dan minuman seperti tempe, tape, tuak, bahan-bahan kimia, protein terapi,
produk pharmaceutical agrikultur, biofuel, dan industri enzim. Karakteristik S. cerevisiae apabila
digunakan dalam fermentasi yaitu sebagai berikut:
- Mampu tumbuh dengan cepat pada suatu substrat, mudah dibiakkan dalam jumlah
besar dan mampu disimpan untuk jangka waktu yang lama.
- Kondisi lingkungan yang diperlukan bagi pertumbuhan dan produksi maksimum secara
komparatif sederhana.
- Stabil, dapat menghasilkan produk yang diinginkan dalam jangka waktu yang pendek
tanpa menghasilkan produk sampingan yang bersifat racun. Produk yang diinginkan
dapat dengan mudah dipisahkan dari senyawa atau bahan-bahan lainnya.
Acetobacter xylinum
Acetobacter xylinum adalah salah satu jenis bakteri yang banyak bermanfaat dalam dunia industri
seperti nata de coco, nata de cassava, nata de soya, tepung mocaf, dan lain-lain. Acetobacter xylinum
merupakan bakteri yang menguntungkan dan tidak berbahaya. Bakteri ini mampu memfermentasi bahan
menghasilkan bahan selulosa. Acetobacter xylinum telah banyak berjasa menghasilkan produk bernilai
ekonomis sehingga perlu dikembangkan terus pemanfaatannya dalam bioeteknologi diberbagai bidang.
Bakteri ini merupakan jenis bakteri asam yang mudah pertumbuhannya dan mudah
pengembangbiakannya.
Acetobacter xylinum merupakan bakteri berbentuk batang pendek, mempunyai panjang kurang
lebih 2 mikron dan permukaan dindingnya berlendir. Acetobacter xylinum mampu mengoksidasi glukosa
menjadi asam glukonat dan asam organik lain pada waktu yang sama, dan mempolimerisasi glukosa
sehingga terbentuk selulosa. Acetobacter xylinum memiliki ciri-ciri antara lain merupakan gram negatif
pada kultur yang masih muda, sedangkan pada kultur yang sudah tua merupakan gram positif, bersifat
obligat aerobic artinya membutuhkan oksigen untuk bernafas, membentuk batang dalam medium asam,
sedangkan dalam medium alkali berbentuk oval, bersifat non mortal dan tidak membentuk spora, tidak
mampu mencairkan gelatin, tidak memproduksi H2S, tidak mereduksi nitrat dantermal death point pada
suhu 65-70°C.
Acetobacter xylinum mengalami pertumbuhan sel secara teratur, mengalami beberapa fase
pertumbuhan sel yaitu fase adaptasi, fase pertumbuhan awal, fase pertumbuhan eksponensial, fase
pertumbuhan lambat, fase pertumbuhan tetap, fase menuju kematian, dan fase kematian. Acetobacter
xylinum akan mengalami fase adaptasi terlebih dahulu jika dipindahkan ke dalam media baru. Pada fase
ini terjadi aktivitas metabolisme dan pembesaran sel, meskipun belum mengalami pertumbuhan. Fase
pertumbuhan adaptasi dicapai pada 0-24 jam sejak inokulasi. Fase pertumbuhan awal dimulai dengan
pembelahan sel dengan kecepatan rendah. Fase ini berlangsung beberapa jam saja. Fase eksponensial
dicapai antara 1-5 hari.
Pada fase ini bakteri mengeluarkan enzim ektraseluler polimerase sebanyak-banyaknya untuk
menyusun polimer glukosa menjadi selulosa. Fase pertumbuhan lambat terjadi karena nutrisi telah
berkurang, terdapat metabolit yang bersifat racun yang menghambat pertumbuhan bakteri dan umur sel
sudah tua. Pada fase ini pertumbuhan tidak stabil, tetapi jumlah sel yang tumbuh masih lebih banyak
dibanding jumlah sel mati. Fase pertumbuhan tetap terjadi keseimbangan antara sel yang tumbuh dan
yang mati. Matrik nata lebih banyak diproduksi pada fase ini. Fase menuju kematian terjadi akibat nutrisi
dalam media sudah hampir habis. Setelah nutrisi habis, maka bakteri akan mengalami fase kematian. Pada
fase kematian, sel dengan cepat mengalami kematian tidak baik untuk dijadikan strain nata.
Pertumbuhan Acetobacter xylinum dipengaruhi oleh beberapa faktor antara lain adalah
kandungan nutrisi meliputi jumlah karbon dan nitrogen, tingkat keasaman media, pH, temperatur, dan
udara (oksigen). Suhu optimal pertumbuhan bakteri Acetobacter xylinum pada 28–31˚C, pH optimal 3-4,
memerlukan oksigen sehingga dalam fermentasi tidak ditutup dengan bahan kedap udara sehingga tidak
memungkinkan udara masuk sama sekali, tutup untuk mencegah kotoran masuk ke dalam media yang
dapat mengakibatkan kontaminasi.
Streptococcus lactis
Streptococcus lactis adalah salah satu bakteri yang terlibat dalam pembuatan yoghurt,
keju dan mentega. bahkan bakteri inilah yang membedakan yoghurt dengan produk olahan
susu jenis lain. bakteri ini akan bekerja sama dengan bakteri Lactobacillus bulgaricus dalam
memfermentasi susu segar untuk mengubahnya menjadi yoghurt. bakteri Lactobacillus
bulgaricus akan berperan dalam pembentukan aroma yoghurt, sedangkan Streptoccus lactis
berperan dalam pembentukan rasa dari yoghurt. Streptococcus lactis adalah termasuk bakteri
yang beberbentuk bulat (kokus), atau lebih jelasnya masuk ke dalam kelompok streptokokus
yaitu bakteri berbentuk bola yang berkelompok memanjang berbentuk rantai.
Lactococcus dan Streptococcus bersumber dari susu terfermentasi/susu asam.
Contohnya adalah Lactococcus lactis subspecies lactis NCDO 712, Lactococcus lactis,
Steptococcus thermophilus dan Streptococcus lactis. Dinding sel bakteri sangat tipis, tersusun
atas peptidoglikan, yakni polisakarida yang berikatan dengan protein. Fungsi dinding sel untuk
memberi bentuk tertentu pada sel, melindungi protoplasma sel, proses pembelahan sel.
Membran sel tersusun atas molekul lemak dan protein dan bersifat selektif permeabel.
Membran sel
berfungsi mengatur masuknya zat makanan dan keluarnya sisa metabolisme, berperan dalam
pembelahan sel.
Isi sel tersusun atas organel-organel seperti:
a) Inti, bersifat prokarion terdiri atas benang kromatin DNA dan RNA.
b) Mesosom, yang diduga berfungsi sebagai mitokondria
c) Volutin, yaitu zat yang banyak mengandung DNA
d) Ribosom, sebagai tempat sintesis protein
e) Lembar fotosintesis, khusus bakteri yang berfotosintesis (bakteri ungu), terdapat lipatan
ke arah sitoplasma yang berisi lembar fotosintesis
f) Plasmid, adalah DNA non kromosom, plasmid mengandung gen-gen seperti gen kebal
antibiotik, gen patogen. Dalam satu bakteri dapat terbentuk 10-20 plasmid. Ukuran
plasmid 1/1000 kali DNA kromosom. Flagel merupakan alat gerak bagi bakteri.
Corynebacterium diphtheriae
Corynebacterium diphtheriae adalah bakteri patogen yang
menyebabkan difteri. Bakteri ini dikenal juga sebagai basillus
Corynebacterium diphtheriae
Klebs-Löfflerkarena ditemukan pada 1884 oleh
bakteriolog Jerman, Edwin Klebs (1834-1912) dan Friedrich
Löffler (1852-1915).
C. diphtheriae adalah makhluk anaerobik fakultatif dan Gram positif,
ditandai dengan tidak berkapsul, tidak berspora, tak bergerak, dan
berbentuk batang 1 hingga 8 µm dan lebar 0,3 hingga 0,8 µm. Pada kultur Corynebacterium diphtheriae
kultur, kelompok bakteri ini akan berhubungan satu sama lain dan
membentuk seperti huruf Tionghoa.
Banyak strain C. diphtheriae yang memproduksi racun difteri, Klasifikasi ilmiah
sebuah eksotoksin protein, dengan berat molekul 62 kilodalton.
Ketidakaktifan racun dengan serum antiracun merupakan dasar Kingdom: Bacteria
dalam vaksinasi antidifteri. Tdiak semua strain berbahaya. Produksi
racun akan terjadi bila bakteri dinfeksi oleh sebuah bakteriofaga. Filum: Actinobacteria
Terdapat tiga subspesies yang dikenal yakni: C. diphtheriae Ordo: Actinomycetales
mitis, C. diphtheriae intermedius, dan C. diphtheriae gravis.
Ketiganya berbeda pada kemampuan untuk mengolah zat gizi Famili: Corynebacteriaceae
tertentu. Semuanya dapat menjadi berbahaya yang menyebabkan Genus: Corynebacterium
difteri atau tidak berbahaya sama sekali pada manusia.
Bakteri ini peka pada sebagian besar antibiotika, Spesies: C. diphtheriae
seperti penisilin, ampisilin, sefalosporin, kuinolon, kloramfenikol, tetr Nama binomial
asiklin, sefuroksim dan trimetrofim.
Corynebacterium diphtheriae
Kruse, 1886
Pseudomonas aeruginosa
Pseudomonas merupakan bakteri patogen yang terdapat pada daging, unggas, telur, aneka
makanan laut seperti kerang, ikan, kepiting. Pseudomonas, bersama dengan bakteri lain
seperti Aeromonas, Flavobacterium, Acinetobacter, Bacillus, Micrococcus, dan genus yang lain
merupakan bakteri psikrotropik, yaitu bakteri yang dapat tumbuh pada suhu rendah. Bakteri ini dapat
menyebabkan ke perubahan aroma dan kenampakkan keju. Bakteri Psikrotropik termasuk dapat tumbuh
relatif lebih cepat pada susu pada pemanasa pada suhu 78⁰C atau lebih rendah, oleh karena itu
memperpanjang umur simpan susu (lebih dari 48 jam) setelah dilakukan pasteurisasi atau pembuatan keju
sangat disarankan. Enzim yang diproduksi oleh psikrotrop, termasik enzim lipase dan proteinase
merupakan enzim yang tahan panas, dapat bekerja langsung pada lemak dan protein susu, mengurangi
hasil dan berkontribusi terhadap perkembangan penurunan kualitas pada keju yang dihasilkan (Hui.Ed.
2007).
Pseudomonas dan bakteri psikrotropik gram-negatif yang lain seperti Alcaligenes, Proteus,
Aerobacter, dan Aeromonas dapat mengkontaminasi keju Cottage akan mengarahkan ke rasa yang tidak
diinginkan dan slimy curds (Chen and Hotchkiss 1991). Masa simpan keju Cottage biasanya kira-kira 21–
28 hari pada suhu 78⁰C (Chen and Hotchkiss 1991). Musuh terbesar keterbatasan umur simpannya adalah
mikroorganisme termasuk coliform, yeast, jamur, dan psikrofil. Tingkat bakteri yang dapat diterima
adalah dari 0–10 per gram untuk coliform, yeast, dan jamur, dan sampai 100 per gram untuk psikrofil
(Potter 2004). Yeast dan jamur (Geotrichum, Penicillium, Mucor, Alternaria) dapat menuebabkan
kebusukan aroma, tekstur, dan kenampakan (Chen and Hotchkiss 1991). Sorbat dapat ditambahkan untuk
memperpanjang umur simpan keju pada konsentrasi 0.25% untuk menghambat yeast, mold, dan beberpa
mikroorganisme pembentuk spora, tetapi sorbat berkontribusi terhadap pembentukkan rasa pahit-
setelahnya pada keju cottage.
Bakteri Pseudomonas memproduksi enzim fosfolipase yang dapat beraksi selama MFGM.
Lipase dari bakteri psikrotropik lebih tahan panas daripada lipase asli yang terdapat pada susu, dan dapat
diserap ke dalam permukaan globula, membuat lipase dapat masuk ke dalam triasilglserida. Aktivitas
fosfolipase pada susu skim tidak berkurang sepenuhnya oleh pasterurisasi (Koka and Weimer 2001). Hal
ini menunjukkan bahwa bakteri psikrotrpik berpengaru pada kualitas produk susu Champagne and others
(1994), dan by Meer and others (1991).
Bakteria Pseudomonas syringae pv. Savastoni dapat menyebabkan penyakittuberculosis pada
tanaman zaitun (Buonaurio dkk., ). Penyakit ini terjadi pada cabang-cabang tanaman, menimbulkan tidak
hanya pada bagian ini cocok untuk nisia patogen tetapi juga untuk berbagai bakteri-berkaitan dengan
tanaman seperti Pantoea, Pectobacterium, Erwini,dan Curtobacterium menyebabkan gejala petumbuhan
berlebihan dan peradangan sehingga terbentuk tumor pada cabang, kemudian menyebar ke daun, dan
buah. Gejala peradangan ini semakin diperparah dengan serangan gabungan beberapa bakteri dan
terbentuk kuorum sensing.