KEBERADAAN Escherichia coli PENGHASIL EXTENDED SPECTRUM

β-LACTAMASE DI LINGKUNGAN SENTRA PEMOTONGAN AYAM

PONDOK RUMPUT KOTA BOGOR

WORO WULANDARI KALANJATI

SEKOLAH PASCASARJANA
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
BOGOR
2017
 PERNYATAAN MENGENAI TESIS DAN
SUMBER INFORMASI SERTA PELIMPAHAN HAK CIPTA*

Dengan ini saya menyatakan bahwa tesis berjudul Keberadaan Escherichia

coli Penghasil Extended Spectrum β-Lactamase (ESBL) di Lingkungan Sentra
Pemotongan Ayam Pondok Rumput Kota Bogor adalah benar karya saya dengan
arahan dari komisi pembimbing dan belum diajukan dalam bentuk apa pun kepada
perguruan tinggi mana pun. Sumber informasi yang berasal atau dikutip dari karya
yang diterbitkan maupun tidak diterbitkan dari penulis lain telah disebutkan dalam
teks dan dicantumkan dalam Daftar Pustaka di bagian akhir tesis ini.
Dengan ini saya melimpahkan hak cipta dari karya tulis saya kepada Institut
Pertanian Bogor.
Bogor, Juli 2017

Woro Wulandari Kalanjati

NIM B251150021

* Pelimpahan hak cipta atas karya tulis dari penelitian kerja sama dengan pihak luar IPB
harus didasarkan pada perjanjian kerja sama yang terkait.
 RINGKASAN

WORO WULANDARI KALANJATI. Keberadaan Escherichia coli Penghasil

Extended Spectrum β-Lactamase (ESBL) di Lingkungan Sentra Pemotongan
Ayam Pondok Rumput Kota Bogor. Dibimbing oleh DENNY WIDAYA
LUKMAN dan MIRNAWATI B. SUDARWANTO.

Rumah potong hewan unggas (RPHU) memiliki peran penting dalam

penyebaran bakteri E. coli penghasil ESBL ke dalam rantai pasokan daging bagi
konsumen. Tujuan penelitian ini adalah untuk mendeteksi E. coli penghasil ESBL
di lingkungan rumah pemotongan unggas di Bogor. Isolat E. coli penghasil ESBL
(n=20) dikumpulkan dari 84 sampel lingkungan. Isolat yang diperoleh
diidentifikasi menggunakan kit API 20E™. Sampel berasal dari tujuh titik
pengambilan sampel yang berbeda dengan jangka waktu seminggu. ESBL dalam
penelitian ini dikonfirmasi menggunakan kit MAST® D68C. Sebanyak 20 isolat
E. coli penghasil ESBL diuji terhadap 18 agen antimikroba dengan metode disc
diffussion dan interpretasi resistensi dilakukan sesuai pedoman Clinical and
Laboratory Standards Institute (CLSI 2014). Isolat E. coli penghasil ESBL
menunjukkan resistensi terhadap 18 agen antimikroba dan 100% isolat
menunjukkan resistensi terhadap lebih dari 9 antibiotik (multiple-drug resistance).
Isolat yang resisten pada antibiotik penisilin (100%), amoksisilin (100%),
ampisilin (100%), sefotaksim (100%), sefpodosim (100%), seftazidim (100%),
streptomisin (95%), gentamisin (85%), trimetoprim-sulfametoksazol (85%),
tetrasiklin (70%), kanamisin (65%), siprofloksasin (60%), norfloksasin (55%),
doksisiklin (45%), kolistin sulfat (45%), sefalotin (30%), neomisin (15%), dan
polimiksin B (15%).
Bakteri E. coli penghasil ESBL yang berasal dari lingkungan RPHU (n=20)
ditemukan pada wadah karkas (20%), wadah jeroan (10%), lantai area
penanganan karkas dan jeroan (25%), pisau (15%), air di bak penampungan (5%)
dan mesin pencabut bulu (25%). Dengan ditemukannya bakteri resisten di
lingkungan RPHU dapat menyebabkan terjadinya transmisi gen resistensi ke
bakteri lain yang bisa menyebar ke karkas sehingga akan menimbulkan resistensi
antibiotik yang berpotensi bahaya bagi manusia.

Kata kunci: Resistensi antimikroba, lingkungan, E. coli penghasil ESBL

 SUMMARY

WORO WULANDARI KALANJATI. The Occurence of ESBL-Producing E. coli

in the Environment of Chicken Slaughterhouses of Pondok Rumput Kota Bogor
Supervised by DENNY WIDAYA LUKMAN AND MIRNAWATI B
SUDARWANTO.

Chicken slaughterhouses play an important role in the spread of ESBL-

producing E. coli into the meat supply chain for the consumers. The aim of the
study was to detect the occurrence of ESBL-producing E. coli in the environment
of the chicken slaughterhouses in Bogor. ESBL-producing E. coli isolates (n=20)
were collected from 84 samples of the environment. Isolates obtained were
identified using API 20E™ kit. Samples were collected from seven different
locations for a period time of a week. ESBL in this study was confirmed using
MAST® D68C kit. A total of 20 ESBL-producing E. coli isolates were tested
against 18 antimicrobial agents using the disc diffussion method and the
interpretation of resistance was conducted according to Clinical and Laboratory
Standards Institute (CLSI) guidelines. ESBL-producing E. coli isolates showed
resistance against all of 18 antimicrobial agents and 100% of the isolates showed
resistance against more than 9 antibiotics (multidrug resistance). The isolates were
resistant to penicilin (100%), amoxicillin (100%), ampicillin (100%), cefotaxim
(100%), cefpodozime (100%), ceftazidim (100%), streptomycin (95%),
gentamycin (85%), trimetoprim-sulphamethoxazole (85%), tetracycline (70%),
kanamycin (65%), ciprofloxacine (60%), norfloxacine (55%), doxycycline (45%),
colistin sulfate (45%), cephalothin (30%), neomycin (15%), and polymyxin B
(15%).
ESBL-producing E. coli bacteria derived from environment of chicken
slaughterhouses (n=20) were found on the carcasses containers (20%), offal
containers (10%), floor of carcasses and offal handling area (25%), knives (15%),
tank water (5%) and feathers puller machine (25%). The existence of resistant
bacteria in the environment of chicken slaughterhouses could lead to transmission
of resistance genes to other bacteria that could spread to the carcass that was
potentially harmful to humans.

Key words: antimicrobial resistance, environment, ESBL-producing E. coli

 © Hak Cipta Milik IPB, Tahun 2017
Hak Cipta Dilindungi Undang-Undang

Dilarang mengutip sebagian atau seluruh karya tulis ini tanpa mencantumkan atau
menyebutkan sumbernya. Pengutipan hanya untuk kepentingan pendidikan, penelitian,
penulisan karya ilmiah, penyusunan laporan, penulisan kritik, atau tinjauan suatu
masalah; dan pengutipan tersebut tidak merugikan kepentingan IPB

Dilarang mengumumkan dan memperbanyak sebagian atau seluruh karya tulis ini dalam
bentuk apa pun tanpa izin IPB
KEBERADAAN Escherichia coli PENGHASIL EXTENDED SPECTRUM
β-LACTAMASE DI LINGKUNGAN SENTRA PEMOTONGAN AYAM
PONDOK RUMPUT KOTA BOGOR
KEBERADAAN Escherichia coli PENGHASIL EXTENDED SPECTRUM
β-LACTAMASE DI LINGKUNGAN SENTRA PEMOTONGAN AYAM
PONDOK RUMPUT KOTA BOGOR

WORO WULANDARI KALANJATI

Tesis
sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar
Magister Sains
pada
Program Studi Kesehatan Masyarakat Veteriner

SEKOLAH PASCASARJANA
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
BOGOR
2017
Penguji Luar Komisi pada Ujian Tesis: Dr Drh Trioso Purnawarman, MSi
 Judul Tesis : Keberadaan Escherichia coli Penghasil Extended Spectrum
B-
Lactamase (ESBL) di Lingkungan Sentra pemotongan Ayam
Pondok Rumput Kota Bogor
Nama Woro Wulandari Kalanjati
NIM 8251 150021

Disetujui oleh

Komisi Pembimbing

Prof Dr drh Mirnawati B Sudarwanto

Ketua Anggota

Diketahui oleh

ffi
Ketua Program Studi
Kesehatan Masyarakat Veteriner

enny Widaya Lukman, MSi

("w Dr.Ir. Dahrul Syah, MScAgr

Tanggal Ujian: 10 Juli 2017 ranggallulus: 04 AUG 21fi

 Judul Tesis : Keberadaan Escherichia coli Penghasil Extended Spectrum β-
Lactamase (ESBL) di Lingkungan Sentra Pemotongan Ayam
Pondok Rumput Kota Bogor
Nama : Woro Wulandari Kalanjati
NIM : B251150021

Disetujui oleh

Komisi Pembimbing

Dr med vet drh Denny Widaya Lukman, MSi Prof Dr drh Mirnawati B Sudarwanto
Ketua Anggota

Diketahui oleh

Ketua Program Studi Dekan Sekolah Pascasarjana

Kesehatan Masyarakat Veteriner

Dr med vet Drh Denny Widaya Lukman, MSi Dr. Ir. Dahrul Syah, MScAgr

Tanggal Ujian: 10 Juli 2017 Tanggal Lulus:

 PRAKATA

Alhamdulillah, puji dan syukur penulis panjatkan kepada Allah SWT atas
segala karunia-Nya sehingga karya ilmiah ini berhasil diselesaikan. Shalawat dan
salam semoga selalu tercurahkan kepada Nabi Muhammad SAW. Tema yang
dipilih dalam penelitian yang dilaksanakan sejak bulan Mei 2016 ini ialah
resistensi antibiotik, dengan judul Keberadaan Escherichia coli Penghasil
Extended Spectrum β-Lactamase (ESBL) di Lingkungan Sentra Pemotongan
Ayam Pondok Rumput Kota Bogor.
Terima kasih penulis ucapkan kepada Bapak Dr med vet Drh Denny Widaya
Lukman, MSi dan Prof Dr Drh Mirnawati B. Sudarwanto selaku pembimbing,
yang telah bersedia dengan tulus membimbing, menuntun, memberi masukan
berharga, memberi dorongan semangat, serta meluangkan waktu selama penulis
melakukan penelitian, pembimbingan, penulisan karya ilmiah, dan menyelesaikan
studi. Di samping itu, penghargaan penulis sampaikan pada Kantor Balai Besar
Karantina Pertanian Tanjung Priok (BBKP Tanjung Priok) dan tenaga
kependidikan (tendik) Program Studi Kesehatan Mayarakat Veteriner Fakultas
Kedokteran Hewan IPB yang telah membantu selama penelitian dan pengumpulan
data.
Ucapan terima kasih juga penulis sampaikan untuk rekan-rekan mahasiswa
pascasarjana S2 KMV angkatan 2015 yang telah bersama-sama dalam menempuh
pendidikan di kampus FKH IPB yang selalu memberi semangat dan dorongan
sehingga studi ini dapat diselesaikan. Terimakasih juga disampaikan kepada
beasiswa SEAMEO SEARCA Graduate Scholarship 2015-2017, suami tercinta,
Salam ST, anak tersayang, Helgarosa Bilqis Salam, semoga karya mama
menginspirasimu meraih cita yang lebih tinggi, mama, papa, mbak Devi, mbak
Ayik atas segala doa dan kasih sayangnya.
Semoga karya ilmiah ini bermanfaat.

Bogor, Juli 2017

Woro Wulandari Kalanjati

 DAFTAR ISI
DAFTAR TABEL x
DAFTAR GAMBAR x

1 PENDAHULUAN 1
Latar Belakang 1
Perumusan Masalah 1
Tujuan Penelitian 2
Manfaat Penelitian 2
2 TINJAUAN PUSTAKA 2
Bakteri Escherichia coli 2
Extended Spectrum β-lactamase (ESBL) 3
Epidemiologi Bakteri Penghasil ESBL di Berbagai Negara 3
3 METODE 4
Besaran dan Pengambilan Sampel 4
Waktu dan Tempat 5
Analisis Laboratorium 5
Bahan dan Alat 5
Isolasi dan Identifikasi Escherichia coli 6
Konfirmasi ESBL dan Uji Kepekaan Isolat terhadap Antibiotik 6
Analisis Data 7
4 HASIL DAN PEMBAHASAN 7
Hasil 7
Isolasi Escherichia coli dari Sampel Lingkungan 7
Uji Fenotipe Escherichia coli Penghasil ESBL 8
Pengujian Kepekaan Escherichia coli Penghasil ESBL terhadap
Antibiotik 9
Pembahasan 11
Isolasi Escherichia coli dari Sampel Lingkungan 11
Uji Fenotipe Escherichia coli Penghasil ESBL 11
Pengujian Kepekaan Escherichia coli Penghasil ESBL terhadap
Antibiotik 12
5 SIMPULAN DAN SARAN 14
Simpulan 14
Saran 14
DAFTAR PUSTAKA 14
RIWAYAT HIDUP 19
 DAFTAR TABEL
1 Titik pengambilan sampel lingkungan di Sentra Pemotongan Ayam 5
Pondok Rumput, Kebon Pedes di Kota Bogor
2 Jenis bakteri yang diisolasi dari lingkungan di Sentra Pemotongan Ayam 7
Pondok Rumput, Kebon Pedes, Kota Bogor, Jawa Barat
3 Jumlah sampel dan hasil pengujian terhadap E. coli 8
4 Jumlah sampel dan hasil pengujian terhadap E. coli penghasil ESBL 9
5 Hasil pengujian resistensi antibiotik terhadap beberapa jenis golongan 10
antibiotik

DAFTAR GAMBAR

1 Uji fenotipe dengan MAST® D68C 8

 1 PENDAHULUAN

Latar Belakang

Selama satu dekade terakhir, resistensi antibiotik pada bakteri golongan

Enterobacteriaceae telah meningkat secara dramatis di seluruh dunia. Peningkatan
ini disebabkan terutama oleh penggunaan obat antimikroba pada hewan yang
tidak diawasi dan tidak tepat guna. Infeksi Escherichia coli penghasil extended
spectrum β-lactamase (E. coli penghasil ESBL) dikaitkan dengan tingkat kejadian
penyakit gangguan pencernaan dan infeksi saluran kemih yang tinggi disertai
kematian. Bakteri ini resisten terhadap antibiotik beta laktam seperti penisilin dan
generasi baru sefalosporin generasi ke-3 dan ke-4. Resistensi terhadap antibiotik
ini dapat menghambat pengobatan antibakterial dan membatasi pilihan obat yang
tepat. Studi terhadap terhadap E. coli penghasil ESBL ini penting dilaksanakan.
Rumah potong hewan unggas (RPHU) berperan penting dalam penyebaran
E. coli penghasil ESBL ke dalam rantai penyediaan daging bagi masyarakat.
Beberapa penelitian yang dilakukan pada umumnya melakukan identifikasi E. coli
penghasil ESBL di tingkat pasar dan peternakan pada karkas dan feses
(Krisnaningsih et al. 2005; Blaak et al. 2015; Rasmussen et al. 2015; Lukman et
al. 2016). Identifikasi yang dilakukan tersebut tidak dapat menjelaskan apakah E.
coli penghasil ESBL yang ditemukan di pasar merupakan kontaminasi di tingkat
peternakan atau merupakan kontaminasi silang dari lingkungan ke karkas di
tingkat RPHU. Salah satu sumber E. coli penghasil ESBL di RPHU adalah
lingkungan RPHU, antara lain lantai, wadah karkas, wadah jeroan, dan air. Untuk
itu penting dilakukan studi terhadap keberadaan E. coli penghasil ESBL di
lingkungan Sentra Pemotongan Ayam Pondok Rumput, Kebon Pedes di Kota
Bogor. Keberadaan bakteri resisten pada lingkungan RPHU sebelum produksi
dapat menjadi faktor risiko terjadinya kontaminasi bakteri resisten kepada karkas
ayam saat produksi.
Indonesia sebagai negara dengan kebutuhan daging ayam yang tinggi masih
jarang dilaporkan data kasus tentang kejadian cemaran E. coli penghasil ESBL
pada lingkungan RPHU sehingga penelitian ini bertujuan untuk mengetahui dan
mengidentifikasi keberadaan distribusi bakteri E. coli penghasil ESBL pada
sampel lingkungan sebelum pemotongan (praproduksi) di Sentra Pemotongan
Ayam Pondok Rumput, Kebon Pedes, Kota Bogor, Jawa Barat.

Perumusan Masalah

Lingkungan sekitar pemotongan karkas unggas seperti permukaan dan air

sangat mudah terkontaminasi oleh bakteri sehingga berpotensi membawa bahaya
resistensi ke karkas yang akan dikonsumsi masyarakat. Kecepatan penemuan jenis
antibiotik baru yang lebih lambat daripada kecepatan timbulnya resistensi
menimbulkan kekhawatiran bahwa suatu saat tidak lagi tersedia antibiotik yang
masih peka untuk infeksi oleh bakteri resisten (Shamnas et al. 2013). Potensi
inilah yang patut diwaspadai bagi masa depan kehidupan manusia.
2

Keberadaan bakteri Enterobacteriaceae penghasil ESBL dalam feses dan

karkas telah ditemukan pada kebanyakan penelitian (Börjesson et al. 2013;
Paholewicz et al. 2015; Koga et al. 2015). Kemampuan bakteri resisten yang
dapat mentransfer materi genetiknya ke bakteri lain secara langsung maupun tidak
langsung perlu diberi perhatian khusus. Kontaminasi pada karkas dan lingkungan
yang kontak dengan karkas pada saat pemotongan dapat terjadi sehingga dapat
menimbulkan dampak langsung terhadap peternakan dan kesehatan masyarakat
(Mirelis et al. 2013; Lukman et al. 2016).
Penelitian terhadap lingkungan sekitar peternakan dan RPHU jarang
dilakukan. Kontaminasi praproduksi dapat menjadi faktor risiko yang
mengkontaminasi karkas pada saat produksi batch selanjutnya sehingga karkas
yang dihasilkan akan membawa bakteri resisten tersebut ke lingkungan sekitar
dan masyarakat.

Tujuan Penelitian

Penelitian bertujuan untuk mengidentifikasi dan mengetahui keberadaan

distribusi bakteri E. coli penghasil ESBL dari sampel lingkungan sebelum
pemotongan (praproduksi) di Sentra Pemotongan Ayam Pondok Rumput, Kebon
Pedes, Kota Bogor, Jawa Barat.

Manfaat Penelitian

Penelitian ini diharapkan dapat memberikan informasi ilmiah tentang

keberadaan bakteri E. coli penghasil ESBL sebelum produksi, khususnya yang
berasal dari sampel lingkungan di Sentra Pemotongan Ayam Pondok Rumput,
Kebon Pedes dan informasi tersebut dapat menjadi evaluasi tindakan higiene dan
sanitasi yang telah dilakukan. Informasi tersebut dapat menjadi referensi bagi
pemerintah dalam menekan penyebaran bakteri penghasil ESBL, khususnya E.
coli penghasil ESBL.

2 TINJAUAN PUSTAKA

Bakteri Escherichia coli

Bakteri E. coli termasuk dalam famili Enterobacteriaceae berbentuk batang

bulat walaupun kenyataannya bakteri ini bervariasi bentuknya dari bulat hingga
batang panjang atau batang filamen, Gram negatif, berukuran 0.4-0.7 x 1.0-3.0
μm, dapat hidup soliter maupun berkelompok, umumnya motil, tidak membentuk
spora, serta fakultatif anaerob. Bakteri E. coli dapat dibedakan antar galur dengan
cara serologis dari antigen somatik (O), flagellar (H), dan kapsular (K). Ada
beberapa golongan E. coli yang dikenal bersifat patogen. Golongan E. coli
tersebut adalah Enteropathogenic E. coli (EPEC), Enteroaggregative E. coli
(EAEC), Enterotoxigenic E. coli (ETEC), Enteroinvasive E. coli (EIEC) dan
 3
Enterohaemorrhagic E. coli (EHEC). Masing-masing tipe spesifik tersebut
menyebabkan penyakit diare dengan mekanisme yang berbeda dan tiap penyakit
menunjukkan perbedaan gejala klinis (CDC 2015; ECDC 2015).
Menurut Djaafar et al. (2007) pencemaran E. coli yang tinggi di RPHU
terutamanya pada sistem tradisional sangat dimungkinkan karena sebagian besar
kondisi RPHU yang ada tidak memenuhi persyaratan higiene dan sanitasi
lingkungan. Pekerja yang terlibat dalam proses pemotongan kurang peduli
terhadap kebersihan dirinya maupun alat dan tempat pemotongan ayam tersebut.
Bakteri E. coli yang mencemari karkas ayam umumnya berasal dari ruangan,
peralatan maupun meja tempat pemotongan ayam, serta air yang digunakan
selama proses pemotongan hingga pengolahan karkas ayam.

Extended Spectrum β-lactamase (ESBL)

ESBL adalah enzim yang mempunyai kemampuan untuk menghidrolisis

antibiotik golongan penisillin, sefalosporin generasi satu, dua, dan tiga, serta
golongan aztreonam kecuali sefamisin dan karbapenem. Enzim ini paling banyak
dihasilkan oleh Enterobacteriaceae (terutama E. coli) dan Klebsiella pneumoniae
(PHAC 2014).
ESBL berasal dari β-laktamase yang bermutasi. Mutasi ini menyebabkan
peningkatan aktivitas enzimatik β-laktamase sehingga enzim ini dapat
menghidrolisis sefalosporin generasi ke-3 dan aztreonam (Been et al. 2014). Gen
yang bertanggung jawab terhadap produksi enzim ESBL berpusat pada plasmid
dan berkembang menjadi titik mutasi, sehingga terjadi perubahan konfigurasi
bagian aktif dari gen yang asli dan dikenal sebagai β-laktamase (Umadevi et al.
2011).
Umumnya ESBL berasal dari gen TEM-1, TEM-2 dan SHV-1 yang
mengalami mutasi dan mengubah susunan asam amino disekitar β-laktamase
sehingga membuat spekrum antibiotik β-laktam rentan oleh reaksi hidrolisis
enzim ini. Jenis ESBL yang sering ditemukan adalah SHV β-laktamases (kelas
A), TEM β-laktamases (kelas A), CTX-M β-laktamases (kelas A), OXA β-
laktamases (kelas D) (Been et al. 2014).

Epidemiologi Bakteri Penghasil ESBL di Berbagai Negara

Penelitian terhadap bakteri E. coli penghasil ESBL pada unggas dan hewan
lainnya terutama ruminansia telah banyak dilakukan di sebagian besar negara. Di
Eropa sebanyak 17 dari 22 negara dilaporkan sebanyak 85 dari 100 persen E. coli
adalah penghasil ESBL. Di Amerika dilaporkan prevalensi sebanyak 14% untuk
E. coli penghasil ESBL dan sebanyak 23% untuk K. pneumoniae (CDC 2013).
Heffernan et al. (2014) menyebutkan bahwa di New Zealand famili
Enterobacteriaceae penghasil ESBL dilaporkan mengalami peningkatan dari 10
orang per 100.000 populasi pada tahun 2000 naik menjadi 213 per 100.000 pada
tahun 2013. Isolat E. coli dari peternakan unggas di Nigeria yang dideteksi oleh
Carissa et al. (2013) yang positif sebagai penghasil ESBL sebanyak 22.2%.
Menurut Parasakthi et al. (2001), prevalensi E. coli penghasil ESBL di Taiwan
16.7%, Filipina 13.3%, Jepang adalah 8.1%, disusul Malaysia 5.6%, dan
Indonesia 23%.
4

Bakteri penghasil ESBL juga dilaporkan oleh Reich et al. (2013) terdapat
pada karkas ayam potong sebesar 88.6% dan di kloaka ayam potong sebesar
72.5%. Sebagian besar bakteri tersebut merupakan E. coli. Penelitian yang
dilakukan Salviati et al. (2014) bahwa hasil isolasi E. coli penghasil ESBL dari
lingkungan menunjukkan prevalensi sebesar 47.6% dari penampungan limbah
feses dan usapan sepatu bot, serta 5.9% dari usapan tempat ternak babi. Bakteri
resisten ada di lingkungan menyebar ke manusia melalui makanan dan air yang
terkontaminasi atau melalui kontak langsung dengan hewan atau manusia.
Tempat-tempat yang beresiko menjadi sumber penularan diantaranya
adalah rumah sakit (Rath et al. 2014), sistem pembuangan limbah (Mesa et al.
2006), tempat produksi pangan asal hewan baik di agrikultur dan aquakultur
(Berendonk et al. 2015) dan lingkungan baik pada air disekitar area pemotongan
hewan (Iroha et al. 2016), air limbah dan air permukaan (Blaak et al. 2015; Diallo
et al. 2013). Wellington et al. (2013) juga melaporkan bahwa kehidupan hewan
liar juga turut menjadi salah satu sumber penularan di lingkungan. Feses dan
limbah hewan yang digunakan sebagai pupuk juga dapat menyebarkan bakteri dan
gen resisten ke tanah dan air tanah (Sarmah et al. 2006).
Di Indonesia, penelitian terbaru Sukmawinata (2015) menyatakan
prevalensi E. coli penghasil ESBL dari feses sapi potong di Kota Bogor adalah
15.8% dan pada penelitian Masruroh (2016) menyatakan prevalensi E. coli
penghasil ESBL pada feses ras ayam pedaging sebesar 25% di kota yang sama.
Gregova et al. (2012) melakukan penelitian terhadap keberadaan E. coli penghasil
ESBL yang diisolasi dari rumah potong unggas di Slovakia. Penelitian tersebut
menunjukkan sebesar 43% (E. coli penghasil ESBL). Isolat E. coli yang terdeteksi
merupakan E. coli yang resisten terhadap ampisilin, seftiofur, sefquinom,
seftriakson, streptomisin, gentamisin, kloramfenikol, tetrasiklin, dan florfenikol.

3 METODE

Besaran dan Pengambilan Sampel

Metode penelitian yang digunakan adalah penelitian kualitatif untuk

mengetahui keberadaan bakteri E. coli penghasil ESBL di lingkungan di Sentra
Pemotongan Ayam Pondok Rumput, Kebon Pedes di Kota Bogor.
Berdasarkan data yang dihimpun dari observasi, dokumentasi, wawancara
dan berdasarkan tujuan dan keperluan pengambilan sampel, jumlah pemotong
skala besar di Sentra Pemotongan Ayam Pondok Rumput, Kebon Pedes di Kota
Bogor sebesar 4 pemotong. Sampel yang diambil dalam studi ini adalah swab dari
permukaan lantai penanganan karkas dan jeroan, permukaan bagian dalam mesin
pencabut bulu, permukaan bagian dalam wadah jeroan, permukaan bagian dalam
wadah karkas, permukaan mata pisau, serta sampel air (10 mL) dari bak
penampungan dan air kran. Titik pengambilan sampel ditentukan berdasarkan
tujuan dan keperluan pengambilan sampel. Titik pengambilan sampel lingkungan
dapat dilihat pada Tabel 1.
 5
Tabel 1 Titik pengambilan sampel lingkungan di Sentra Pemotongan Ayam
Pondok Rumput, Kebon Pedes di Kota Bogor
Besaran Total
No Titik pengambilan Ulangan
sampel sampel
1 Swab lantai penanganan karkas dan 4 3 12
jeroan yang diambil praproduksi
2 Swab mesin pencabut bulu yang 4 3 12
diambil praproduksi
3 Swab wadah jeroan yang diambil 4 3 12
praproduksi
4 Swab wadah karkas yang diambil 4 3 12
praproduksi
5 Swab pisau yang diambil praproduksi 4 3 12
6 Air di bak penampungan yang diambil 4 3 12
praproduksi
7 Air kran 4 3 12
Total sampel 84

Waktu dan Tempat

Penelitian dilaksanakan pada bulan Juni 2016 sampai Maret 2017.

Pengambilan sampel lingkungan sebelum produksi dilakukan di Sentra
Pemotongan Ayam Pondok Rumput, Kebon Pedes di Kota Bogor, Jawa Barat.
Analisis sampel dilakukan di Laboratorium Kesehatan Masyarakat Veteriner,
Departemen Ilmu Penyakit Hewan dan Kesehatan Masyarakat Veteriner, Fakultas
Kedokteran Hewan, Institut Pertanian Bogor.

Analisis Laboratorium

Bahan dan Alat

Bahan-bahan yang akan digunakan antara lain sampel lingkungan, buffered
peptone water (BPW) 0.1% (Oxoid CM1049, Inggris), sefotaksim 1 mg/L,
MacConkey agar (Merck 1.05465.0500, Jerman), Brilliance ESBL™ agar (Oxoid,
Inggris), tryptone soy broth (Oxoid LP0042, Inggris), Mueller Hinton agar
(Merck 1.05437.0500, Jerman), tripton soy agar (Merck 1.05458.0500, Jerman),
larutan kristal violet, larutan lugol, larutan aseton, reagen kovacs, larutan α-
naphtol, larutan safranin, larutan KOH 3%, gliserol 85%, tes strip oksidase (Oxoid
MB0266A, Inggris), MR-VP medium (Oxoid CM0043, Inggris), kertas cakram
antibiotik, isolat E. coli strain ATCC 25922, Klebsiella pneumonia strain ATCC
700603, alkohol, MAST® D68C (Mastgroup, Jerman) dan kit API 20E™
(BioMerieux, Amerika Serikat).
Peralatan yang akan digunakan dalam penelitian adalah cool box, tabung
reaksi steril, tube shaker, vortex, cawan petri steril (diameter 10 mm dan tinggi 15
mm), api bunsen, refrigerator, öse, inkubator 35 ºC, dan inkubator 37 ºC.
6

Isolasi dan Identifikasi Escherichia coli

Sampel swab dimasukkan ke dalam 10 mL larutan buffered peptone water
(BPW) dan sampel air dimasukkan ke dalam tabung reaksi steril, selanjutnya
semua sampel dimasukkan ke dalam cool box berisi es dan dibawa ke
laboratorium. Di laboratorium setiap tabung sampel dihomogenkan dengan vortex
kemudian ditambahkan 20 µL sefotaksim (1 mg/L) lalu diinkubasi selama 24 jam
pada suhu 37 ºC. Langkah selanjutnya sampel diambil 1 öse lalu digoreskan pada
agar MacConkey yang mengandung sefotaksim 1 µg/mL dan diinkubasi pada
suhu 37 ºC selama 24 jam.
Koloni yang diduga E. coli (koloni berwarna merah dan dikelilingi zona
terang) disubkultur pada media agar MacConkey-sefotaksim 1 µg/mL dan
diinkubasi selama 24 jam pada suhu 37 ºC. Proses subkultur diulangi menurut
kebutuhan hingga didapat koloni terduga yang homogen. Koloni-koloni terduga
yang homogen kemudian diuji pewarnaan Gram, uji KOH, oksidase, dan uji
biokimia (indol, methyl red, Voges-Proskauer, sitrat indole motility/SIM, dan
sitrat). Subkultur dilakukan menggunakan media tryptic soy agar dan diinkubasi
pada suhu 37 ºC selama 24 jam. Isolat tersebut kemudian diidentifikasi ke tingkat
spesies menggunakan kit API 20E™ (Sudarwanto et al. 2015; Lukman et al.
2016).
Sampel juga dilakukan identifikasi E. coli penghasil ESBL pada media
Brilliance ESBL™ agar untuk screening bakteri penghasil ESBL dan pengujian
konfirmasi identifikasi E. coli di Balai Besar Karantina Pertanian Tanjung Priok
dengan menggunakan metode SNI 2897:2008 tentang Metode Pengujian Cemaran
Mikroba dalam Daging, Telur dan Susu serta Hasil Olahannya.

Konfirmasi ESBL dan Uji Kepekaan Isolat terhadap Antibiotik

Konfirmasi ESBL dilakukan menggunakan kit komersial MAST® D68C
secara paralel bersama kontrol, yaitu E. coli ATCC 25922 sebagai kontrol negatif
dan K. pneumonia ATCC 700603 sebagai kontrol positif. Pembacaan hasil akan
dibaca sesuai interpretasi dengan membandingkan diameter zona inhibisi antara
cakram A, B, C dan D yang kemudian akan dihitung dengan program pengitungan
dari rekomendasi manufaktur.
Pengujian kepekaan bakteri E. coli penghasil ESBL diuji terhadap antibiotik
dilakukan dengan metode difusi cakram (disc diffusion method) dan interpretasi
hasil mengacu pada Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI 2014). Uji
kepekaan terhadap antibiotik menggunakan biakan murni yang disiapkan dalam
bentuk suspensi setara dengan kekeruhan 0.5 McFarland (1-2x108 cfu/mL).
Biakan tersebut diambil menggunakan cotton swab steril dan disebarkan pada
permukaan Mueller Hinton Agar (MHA), dan didiamkan selama ±5 menit.
Selanjutnya dengan metode Kirby-Bauer, kertas cakram komersial yang berisi
antibiotik diletakkan di atas MHA, yang telah disebar dengan biakan murni,
dengan jarak antara 25-30 mm. Selanjutnya biakan tersebut diinkubasi pada suhu
35 ºC selama 24 jam. Kertas cakram komersial antibiotik yang digunakan terdiri
atas 18 jenis antibiotik yaitu penisilin, amoksisilin, ampisilin, tetrasiklin,
trimetoprim-sulfametoksazol, streptomisin, siprofloksasin, norfloksasin,
gentamisin, neomisin, kanamisin, doksisiklin, polimiksin B, kolistin sulfat,
seftazidim, sefalotin, sefpodoksim, sefotaksim. Penentuan kategori sensitif,
 7
intermediet, dan resisten ditentukan melalui ukuran zona hambat yang terbentuk
berdasarkan standar Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI 2014).

Analisis Data

Data resistensi antibiotik E. coli penghasil ESBL dianalisis secara deskriptif

menggunakan Microsoft Excel 2010 dan disajikan berupa tabel dan grafik untuk
menggambarkan keberadaan E. coli penghasil ESBL pada sampel lingkungan
praproduksi di Sentra Pemotongan Ayam Pondok Rumput, Kebon Pedes, Kota
Bogor, Jawa Barat.

4 HASIL DAN PEMBAHASAN

Hasil

Isolasi Escherichia coli dari Sampel Lingkungan

Hasil konfirmasi menggunakan kit API 20E™ dengan mengambil koloni
tunggal dari masing-masing 30 isolat E. coli diperoleh sebanyak 24 dari 30 isolat
E. coli (80%). Selain E. coli, bakteri gram negatif famili Enterobacteriaceae
lainnya yang ditemukan dengan pengujian kit API 20E™ (dengan tingkat % ID di
atas 95%) adalah Klebsiella oxytoca sebanyak 5 isolat (16.66%) dan Kluyvera
spp. sebanyak 1 isolat (1.19%). Ringkasan hasil pengujian yang ditemukan dalam
pengujian dengan kit API 20E™ disajikan dalam Tabel 2.
Total sampel sebanyak 84 sampel lingkungan diperoleh dengan komposisi
12 sampel swab lantai penanganan karkas dan jeroan yang diambil praproduksi,
12 sampel swab mesin pencabut bulu yang diambil praproduksi, 12 sampel swab
wadah jeroan yang diambil praproduksi, 12 sampel swab wadah karkas yang
diambil praproduksi, 12 sampel swab pisau yang diambil praproduksi, 12 sampel
air di bak penampungan yang diambil praproduksi, 12 sampel air kran yang
keseluruhannya diambil dari lingkungan praproduksi sentra pemotongan ayam
Pondok Rumput, Bogor, Indonesia kemudian dilakukan pengujian dan identifikasi
E. coli. Hasil pengujian terhadap 84 sampel lingkungan sampai tahapan uji
IMVIC diperoleh 30 isolat E. coli (35.7%) dapat dilihat pada Tabel 3.

Tabel 2 Jenis bakteri yang diisolasi dari lingkungan di Sentra Pemotongan Ayam
Pondok Rumput, Kebon Pedes, Kota Bogor, Jawa Barat
Bakteri Jumlah isolat positif
E. coli 24
Klebsiella oxytoca 5
Kluyvera spp. 1
Total 30
8

Tabel 3 Jumlah sampel dan hasil pengujian terhadap E. coli

Titik pengambilan sampel Jumlah Jumlah
sampel isolat positif
diambil E. coli
Swab lantai penanganan karkas dan jeroan yang 12 7
diambil praproduksi
Swab mesin pencabut bulu yang diambil 12 6
praproduksi
Swab wadah jeroan yang diambil praproduksi 12 3
Swab wadah karkas yang diambil praproduksi 12 4
Swab pisau yang diambil praproduksi 12 3
Air di bak penampungan yang diambil 12 1
praproduksi
Air kran 12 0

Uji Fenotipe Escherichia coli Penghasil ESBL

Deteksi E. coli penghasil ESBL sangat penting dilakukan untuk mencegah
penyebarannya. Berbagai tes telah dikembangkan untuk mendeteksi ESBL, yang
semuanya didasarkan pada aktivitas ESBL melawan oxyimino-β-lactams pada
sefotaksim, seftazidim, aztreonam, sefepim dan kerentanannya terhadap inhibitor
seperti klavulanat serta respon inaktif terhadap sefamisin dan karbapenem.
Alat uji yang dikembangkan salah satunya adalah kit MAST® D68C. Kit
tersebut digunakan untuk mendeteksi 24 isolat E. coli yang telah diidentifikasi
menggunakan kit API 20E™ yang prinsip kerjanya sama dengan CLSI (2014)
yaitu metode kombinasi cakram yang menggunakan klavulanat dan kloksasilin
yang selain dapat mendeteksi ESBL dapat juga digunakan untuk mendeteksi
AmpC sefalosporinase pada isolat yang sama (Gambar 1).
Berdasarkan hasil pengujian laboratorium terhadap sampel lingkungan di
sentra pemotongan ayam Pondok Rumput, Kota Bogor ditemukan E. coli
penghasil ESBL sebanyak 20 sampel dari 30 sampel yang diperiksa (66.7%).
Sedangkan 4 sampel lainnya adalah E. coli non-ESBL (13.3%).

Gambar 1 Uji fenotipe dengan MAST® D68C. Cakram A mengandung 10 μg

sefpodoksim, cakram B 10 μg mengandung sefpodoksim dan
klavulanat, cakram C 10 μg mengandung sefpodoksim dan
kloksasilin, dan cakram D 10 μg mengandung sefpodoksim
kombinasi dengan klavulanat dan kloksasilin. Skala 1:1.
 9
Jumlah isolat yang menunjukkan positif E. coli penghasil ESBL pada swab
lantai penanganan karkas dan jeroan sebanyak 5 isolat, swab mesin pencabut bulu
5 isolat, swab wadah karkas 4 isolat, swab wadah jeroan 2 isolat, swab pisau 3
isolat dan air di bak penampungan 1 isolat sedangkan jumlah isolat positif E. coli
non-ESBL (AmpC) ditemukan pada swab lantai penanganan karkas dan jeroan
sebanyak 2 isolat, swab mesin pencabut bulu 1 isolat, swab wadah jeroan 1 isolat.
Untuk swab wadah karkas, pisau dan air di bak penampungan tidak ditemukan
bakteri positif E. coli non-ESBL (AmpC).
Proporsi tertinggi bakteri E. coli penghasil ESBL yang ditemukan pada
sampel lingkungan adalah pada lantai penanganan karkas dan jeroan 5/20 (25%),
wadah karkas 4/20 (20%) dan pada mesin pencabut bulu 5/20 (25%). Hasil uji
konfirmasi E. coli penghasil ESBL sampel lingkungan di tempat pemotongan
ayam Pondok Rumput, Kota Bogor disajikan pada Tabel 4.

Tabel 4 Jumlah sampel dan hasil pengujian terhadap E. coli penghasil ESBL
Jumlah
Jumlah
Jumlah isolat
isolat
isolat positif
Titik pengambilan sampel positif
positif E. coli
E. coli
E. coli penghasil
Non-ESBL
ESBL
Swab lantai penanganan karkas dan jeroan yang
7 5 2
diambil praproduksi
Swab mesin pencabut bulu yang diambil
6 5 1
praproduksi
Swab wadah jeroan yang diambil praproduksi 3 2 1
Swab wadah karkas yang diambil praproduksi 4 4 0
Swab pisau yang diambil praproduksi 3 3 0
Air di bak penampungan yang diambil
1 1 0
praproduksi
Air kran 0 0 0
Total 24 20 4

Pengujian Kepekaan Escherichia coli Penghasil ESBL terhadap Antibiotik

Pengujian terhadap kepekaan antibiotik pada 20 isolat E. coli penghasil
ESBL dengan cakram antibiotik menunjukkan resistensi terhadap penisilin 20
isolat (100%), amoksisilin 20 isolat (100%), ampisilin 20 isolat (100%),
sefotaksim 20 isolat (100%), sefpodoksim 20 isolat (100%), seftazidim 20 isolat
(100%), sefalotin 20 isolat (100%), streptomisin 19 isolat (95%), gentamisin 17
isolat (85%), trimetoprim-sulphametoksasol 17 isolat (85%), tetrasiklin 14 isolat
(70%), siprofloksasin 12 isolat (60%), norfloksasin 11 isolat (55%), doksisiklin 9
isolat (45%), kolistin sulfat 9 isolat (45%), kanamisin 6 isolat (30%), neomisin 3
isolat (15%) polimiksin B 3 isolat (15%).
Hasil uji yang bersifat intermediet juga ditemukan terhadap antibiotik
kolistin sulfat 11 isolat (55%), kanamisin 4 isolat (20%), doksisiklin 4 isolat
(20%), neomisin 3 isolat (15%), siprofloksasin 2 isolat (10%), norfloksasin 2
isolat (10%), streptomisin 1 isolat(5%), polimiksin B 1 isolat (5%). Pada
antibiotik penisilin, amoksisilin, ampisilin, tetrasiklin, gentamisin, trimetoprim-
sulphametoksasol, sefpodoksim, seftazidim, sefalotin, sefotaksim tidak ditemukan
hasil kategori intermediet.
10

Hasil uji yang bersifat sensitif tinggi ditemukan terhadap antibiotik

polimiksin B 16 isolat (80%), neomisin 14 isolat (70%), kanamisin 10 isolat
(50%), doksisiklin 7 isolat (23%), norfloksasin 7 isolat (23%), tetrasiklin 6 isolat
(30%), siprofloksasin (30%), gentamisin 3 isolat (15%), trimetoprim-
sulphametoksasol 3 isolat (15%). Pada antibiotik penisilin, amoksisilin, ampisilin,
sefpodoksim, seftazidim, sefalotin, sefotaksim, streptomisin, kolistin sulfat tidak
ditemukan hasil kategori sensitif.
Hasil pengujian terhadap resistensi menunjukkan tidak ada isolat yang
masih sensitif terhadap semua antibiotik yang diujikan. Dalam penelitian ini
keseluruhan isolat E. coli penghasil ESBL menunjukkan hasil resistensi antibiotik
terhadap minimal 9 jenis antibiotik dan paling tinggi resisten terhadap maksimal
18 jenis antibiotik (Tabel 5).

Tabel 5 Hasil pengujian resistensi antibiotik terhadap beberapa jenis golongan

antibiotik
Titik
Jenis antibiotik
No peng
iso- Jml ambi
lat A A C N S C C C MDR lan
T D C P C K
E. P M M
E O
S
N
N K
B T
I O X P A
F
T (n) sam
coli L P P R T D Z X pel

1a1 R R R S S R R S S S I R R R R R R R 12 MP
1b1 R R R R R R R R R S R R R R R R R R 17 PI
1a2 R R R S S R R S S S I S S R R R R R 10 MP
1c2 R R R S S R R S S S I R R R R R R R 12 WL
1a3 R R R R I R R S I S R S S R R R R R 12 MP
1c3 R R R S S R R I I S R S S R R R R R 11 WL
1b3 R R R R I R R S S S I R I R R R R R 12 PI
1d3 R R R S S R R R R S I S S R R R R R 12 KR
1e3 R R R R R R R S I S I R R R R R R R 14 WA
2d1 R R R R R R R S R R R I S R R R R R 15 KR
2a3 R R R R R R R S S S I R R R R R R R 14 MP
2d3 R R R R S R S S S S I R R R R R R R 12 KR
3c1 R R R R R I S I I S I S S S R R R R 9 WL
3f1 R R R R R R R S S S R R R R R R R R 15 WJ
3d3 R R R R I R R S S S I R R R R R R R 13 KR
3f3 R R R R R R R S R I R S S S R R R R 13 WJ
3c3 R R R S S R S I S S I R R S R R R R 10 WL
4a1 R R R R I R R S S R R I I R R R R R 13 MP
4b2 R R R R R R R S R S R R R R R R R R 16 PI
4c3 R R R R R R R R R R R R R R R R R R 18 WL
MDR: multiple-drug resistance; P: penisilin, AMP: ampisilin, AML: amoksisilin, T: tetrasiklin,
DO: doksisiklin, S: streptomisin, CN: gentamisin, N: neomisin, K: kanamisin, CTX: sefotaksim,
CPD: sefpodoksim, KF: sefalotin, CAZ: seftazidim, PB: polimiksin B, CT: kolistin sulfat, CIP:
siprofloksasin, NOR: norfloksasin, SXT: trimetoprim-sulphametoksasol, MP: mesin pencabut
bulu, PI: pisau pemotong, WL: lantai penanganan karkas dan jeroan, KR: wadah karkas, WJ:
wadah jeroan, WA: air di bak penampungan
 11
Pembahasan

Isolasi Escherichia coli dari Sampel Lingkungan

Bakteri E. coli berhasil diisolasi dari sebagian besar sampel lingkungan
yang diuji. E. coli merupakan bakteri yang mudah ditemukan dalam lingkungan
yang telah tercemar feses karena bakteri ini bersifat komensal pada hewan dan
manusia. E. coli merupakan mikroflora yang paling mendominasi saluran
pencernaan manusia dan hewan (Ariyanti et al. 2007). Bakteri Enterobacteriaceae
lainnya yang juga ditemukan pada sampel lingkungan yang diambil adalah bakteri
Klebsiella oxytoca dan Kluyvera spp. Klebsiella oxytoca dapat ditemukan pada
saluran pencernaan hewan dan manusia, orofaring, membran mukus, dan kulit,
serta dikenal sebagai patogen oportunis yang menjadi salah satu penyebab infeksi
nosokomial pada anak-anak dan bayi. Bakteri ini banyak dilaporkan sebagai
penyebab infeksi saluran kemih, artritis septik, bakterimia, dan septikemia
(Heffernan et al. 2014; Trivedi et al. 2016). Bakteri Kluyvera spp. yang
ditemukan di lingkungan dapat berasal dari sumber hewan maupun lingkungan
(Farmer et al. 1981).
Sebagai bakteri komensal bakteri E. coli adalah bakteri yang umum
dipergunakan sebagai indikator dalam program surveilan dan monitoring
resistensi antibiotik. E. coli sebagai reservoir gen yang telah resisten terhadap
antibiotik yang dapat dipindahkan ke bakteri lain yang patogen (OIE 2013). E.
coli dipilih karena merupakan indikator bakteri gram negatif yang sering dijumpai
pada feses hewan dan berkaitan dengan pengobatan pada manusia serta sering
ditemukan plasmid konjugasi yang bisa berpindah diantara bakteri enterik.
Keberadaan E. coli komensal pada usus hewan ternak bertindak sebagai reservoir
gen resisten yang dapat memindahkan secara horisontal ke E. coli yang patogen
dan bakteri lain pada rantai makanan.
Hasil penelitian ini membuktikan bahwa bakteri Enterobacteriaceae,
terutama E. coli mampu bertahan hidup baik pada permukaan dan air. Selama
proses pemisahan jeroan, kontaminasi dapat terjadi dari organ jeroan ayam ras
pedaging (Koga et al. 2015; Paholewicz et al. 2015). Berdasarkan penelitian
Fernandez-Lopez et al. (2009), bakteri dapat ditransferkan dari karkas ke karkas
saat pencucian dalam air. Bakteri ini juga mudah menyebar dari karkas satu ke
karkas lain pada saat proses pencabutan bulu dan pemisahan jeroan (Gregova et
al. 2012). Belum terpenuhinya persyaratan sanitasi dan higiene pada usaha
pemotongan ayam tradisional disebabkan oleh beberapa faktor antara lain
keterbatasan modal usaha untuk pengadaan sarana produksi dan sarana
pendukung sanitasi yang memadai, keterbatasan pengetahuan tentang sanitasi dan
higiene yang dimiliki oleh pengelolanya, serta masih sangat rendahnya perhatian
dari pemerintah terhadap usaha ini.

Uji Fenotipe Escherichia coli Penghasil ESBL

Kit komersial MAST® D68C yang digunakan untuk menguji keberadaan
ESBL dan sekaligus AmpC merupakan alat uji yang mudah digunakan dan
memiliki tingkat sensitifitas deteksi ESBL hingga 92% (46 dari 50 isolat yang
diuji) sedangkan sensitifitas deteksi AmpC sebesar 100% dan spesifitas sebesar
95.9% pada penelitan Nourisson et al. (2015) dibandingkan dengan uji double
disk synergy dan uji konfirmasi metode CLSI sehingga dapat digunakan dalam uji
rutin di laboratorium klinis terhadap strain penghasil ESBL dan penghasil AmpC.
12

Proporsi tertinggi bakteri ESBL yang diketemukan pada sampel lingkungan

adalah pada lantai penanganan karkas 5/20 (25%), wadah karkas 4/20 (20%) dan
pada mesin pemotong 5/20 (25%).
Hal menarik lainnya bahwa keberadaan E. coli penghasil ESBL pada
wadah karkas lebih tinggi dibanding dengan pada wadah jeroan menunjukkan
masih ada bulu ayam yang terkena feses yang menempel pada wadah karkas. Bulu
ayam yang terkena feses meningkatkan risiko adanya bakteri E. coli penghasil
ESBL.
Keberadaan E. coli penghasil ESBL dalam air di bak penampungan
sedangkan pada air kran tidak ditemukan bakteri E. coli penghasil ESBL
menunjukkan bahwa air tersebut pernah terkontaminasi kotoran ayam atau
manusia dan mungkin dapat mengandung patogen usus mungkin saja berasal dari
feses yang terbawa dari peternakan.
Tingkat resistensi antibiotik E. coli penghasil ESBL yang diisolasi dari feses
ayam ras pedaging pada penelitian yang dilakukan oleh Masruroh (2016) adalah
sebesar 25% (4/16), bakteri yang sama juga ditemukan pada penelitian ini. Data
menunjukkan bahwa E. coli merupakan bakteri penghasil ESBL yang terbanyak
yang diisolasi dari sampel lingkungan sentra pemotongan unggas Pondok Rumput
di Kebun Pedes Kota Bogor. Secara keseluruhan isolat yang ditemukan pada
sampel lingkungan memiliki tipe varian yang sama dengan yang ditemukan pada
feses unggas yaitu E. coli, Klebsiella oxytoca, Kluyvera spp. penghasil ESBL
(Masruroh 2016).
Butaye et al. (2014) menegaskan bahwa rumah potong hewan merupakan
reservoir tempat terjadinya pencemaran E. coli penghasil ESBL pada pangan asal
hewan. Selain RPH, bakteri resisten antibiotik juga telah banyak dilaporkan pada
peternakan dan produk daging ayam (Alexander et al. 2010).
Dari hasil pengamatan, wadah karkas dan wadah jeroan penggunaanya
adalah untuk beberapa keperluan sekaligus sehingga sangat berpotensi terjadinya
kontaminasi silang. Penelitian yang dipaparkan oleh Starlander et al. (2013)
menunjukkan kemampuan bakteri E. coli penghasil ESBL bertahan hidup hingga
28 hari di berbagai jenis permukaan yaitu meja stainless steel, kaca, kayu,
porselen, dan sarung tangan karet. Untuk itu proses pembersihan dan desinfeksi
tempat produksi dan peralatan mutlak harus dilakukan secara teratur setiap hari.
Pembersihan harus dilakukan dengan benar, yaitu menggunakan air yang
memenuhi syarat air minum dengan jumlah yang mencukupi ditambah dengan
deterjen. Selain pembersihan dilakukan pula suci hama menggunakan desinfektan
karena sisa-sisa materi karkas ayam merupakan media yang baik bagi
pertumbuhan bakteri.

Pengujian Kepekaan Escherichia coli Penghasil ESBL terhadap Antibiotik

Resistensi terhadap antibiotik yang didapatkan dari penelitian ini adalah
penisilin, amoksisilin, ampisilin, tetrasiklin, trimetoprim-sulfametoksazol,
streptomisin, siprofloksasin, norfloksasin, gentamisin, neomisin, kanamisin,
doksisiklin, polimiksin B, kolistin sulfat, seftazidim, sefalotin, sefpodoksim,
sefotaksim. Hasil ini menunjukkan peningkatan hasil resistensi dengan penelitian
Susanto (2014) pada ayam broiler di Kabupaten Bogor yang menunjukkan
resistensi terhadap ampisilin (89.5%), tetrasiklin (89.5%), streptomisin (84.2%),
trimetoprim-sulfametoksasol (76.3%), gentamisin (26.3%). Pola resistensi yang
 13
diperoleh tersebut menunjukkan peningkatan kepekaan terhadap beberapa
antibiotik hanya dalam kurun waktu dua tahun. Hal ini merupakan waktu yang
relatif singkat sehingga perlu kita waspadai dan perlu untuk memberikan edukasi
kepada masyarakat akan potensi bahaya resistensi antibiotik ini.
Hasil pengujian mendapatkan interprestasi yang bersifat intermediet yang
cukup tinggi pada beberapa jenis antibiotik. Tingkat kepekaan bakteri yang
mempunyai tingkat intermediet yang cukup tinggi merupakan tanda bahaya untuk
waspada karena tidak butuh waktu lama untuk naik ke tingkat resisten.
Interpretasi intermediet menggambarkan aktivitas yang tidak optimal oleh
antibiotik tersebut dalam penggunaan klinis terhadap infeksi E. coli, sehingga
akan diambil kebijakan untuk menaikkan dosis antibiotik yang dapat menjadi
penyebab berkembangnya sifat resistensi bakteri terhadap antibiotik
(Krisnaningsih et al. 2005).
Hasil penelitian ini juga memberikan gambaran E. coli sebagai penghasil
ESBL yang dikaitkan dengan resistensi terhadap antibiotik jenis lain.
Permasalahan resistensi obat berganda atau multiple-drug resistance (MDR)
diperburuk dengan kemampuan bakteri untuk memindahkan materi genetik yang
membawa sifat resistensi dari satu bakteri kepada bakteri yang lainnya baik secara
vertikal melalui mutasi genetik dan secara horisontal melalui konjugasi,
transduksi dan transformasi. Menurut Gregova et al. (2012) multiple-drug
resistance terjadi jika ada penggunaan antibiotik yang semakin tinggi maka
semakin tinggi pula tekanan selektif terhadap proses evolusi dan poliferasi strain
bakteri yang bersifat resisten untuk mempertahankan diri sehingga muncul
resistensi secara vertikal dari mutasi genetik dan resistensi secara horisontal dari
pertukaran materi gen resisten terhadap berbagai jenis mekanisme perlawanan
antibiotik yang berbeda. Selain itu menurut Smith et al. (2007), transfer resistensi
juga dapat terjadi akibat faktor-faktor ekologi seperti dari hewan ternak lain,
rodensia, hewan kesayangan atau dari pekerja kandang. Guenther et al. (2010)
menyatakan bahwa burung liar juga bisa menyebarkan bakteri E. coli yang telah
resistensi dari dan ke hewan lainnya. Heuer et al. (2011) juga menyatakan bahwa
30-90% antibiotik akan dikeluarkan melalui urin dan feses hewan dan menjadi
sumber terjadinya resistensi antibiotik terhadap bakteri yang ada di lingkungan.
Bakteri E. coli penghasil ESBL berisiko menyebarkan gen resisten terutama
pada individu yang rentan seperti wanita hamil, bayi, anak-anak, orang lanjut usia,
dan penderita immunosupresi serta pada pasien pasca operasi dan kemoterapi
(Franz et al. 2015). WHO, OIE, dan FAO telah menyepakati untuk bersama-sama
membangun komitmen secara global dalam memerangi laju resistensi
antimikroba. Hal ini tertuang dalam rekomendasi global action plan bahwa setiap
negara anggota akan membangun rencana aksi nasional yang ditargetkan di tahun
2017 dengan memfokuskan rencana aksi terhadap 5 (lima) tujuan strategik, yaitu:
1) meningkatkan kepedulian dan pemahaman terkait resistensi antimikroba; 2)
memperkuat pengetahuan melalui surveillans dan penelitian; 3) mengurangi
insidensi infeksi; 4) mengoptimalkan penggunaan antimikrobial secara bijaksana;
dan 5) menjamin keberlangsungan sumber daya nasional dalam menghambat laju
resistensi antimikroba (WHO 2015).
14

5 SIMPULAN DAN SARAN

Simpulan

Berdasarkan hasil pengujian pada sampel lingkungan praproduksi yaitu di

Sentra Pemotongan Ayam Pondok Rumput, Kebon Pedes, Kota Bogor, Jawa
Barat ditemukan keberadaan bakteri Bakteri E. coli penghasil ESBL. Bakteri E.
coli penghasil ESBL yang dapat diisolasi sebanyak 67% (20/30) dari 30 sampel
isolat Enterobacteriaceae.
Semua isolat E. coli penghasil ESBL menunjukkan resistensi terhadap
minimal sebanyak 9 jenis antibiotik (multiple-drug resistance). Keberadaan
bakteri E. coli yang resisten ini dapat menjadi ancaman kesehatan masyarakat.

Saran

Hasil penelitian dapat menjadi edukasi dalam bentuk bahan penyuluhan

kepada pemotong, instansi terkait dan masyarakat luas agar meningkatkan
kewaspadaan terhadap bahaya resistensi antibiotik.

DAFTAR PUSTAKA

Alexander TW, Inglis GD, Yanke LJ, Topp E, Read RR, Reuter T, McAllister
TA. 2010. Farm-to-fork characterization of Escherichia coli associated with
feedlot cattle with a known history of antimicrobial use. Int J Food
Microbiol. 137:40-48. doi:10.1016/j.ijfoodmicro.2009.11.008
Ariyanti T, Supar, Kusumaningsih A. 2007. Cemaran Eschericia coli pada bahan
pangan asal ternak periode 2000-2004 dan resistensinya terhadap antibiotik.
Prosiding seminar nasional hari pangan sedunia XXVII. Dukungan
teknologi untuk meningkatkan produk pangan hewani dalam rangka
pemenuhan gizi masyarakat. Bogor (ID): Badan Litbang Pertanian. 207-
211.
Been MD, Lanza FV, Toro HMD, Scharringa J, Dohmen W, Du Y, Hu J, Lei Y,
Li N. 2014. Dissemination of cephalosporin resistance genes between
Escherichia coli strains from farm animals and humans by spesific plasmid
lineages. PloS Genet. 10:1-17.
Berendonk TU, Manaia CM, Merlin C, Fatta-Kassinos D, Cytryn E, Walsh F,
Bürgmann H, Sørum H, Norström M, Pons MN, et al. 2015. Tackling
antibiotic resistance: the environmental framework. Nat Rev Microbiol.
13(5):310-317.doi:10.1038/nrmicro3439.
Blaak H, van Hoek AHAM, Hamidjaja RA, van der Plaats RQJ, Kerkhof-de Heer
L, de Roda Husman AM, Schets FM. 2015. Distribution, numbers, and
diversity of ESBL-producing E. coli in the poultry farm environment. PLoS
ONE. 10(8):1-23.
Börjesson S, Egervärn M, Lindblad M, Englund S. 2013. Frequent occurrence of
extended-spectrum beta-lactamase- and transferable AMPC beta-lactamase-
 15
producing escherichia coli on domestic chicken meat in Sweden. J Appl
Environ Microbiol. 79(7):2463-2466. doi:10.1128/AEM.03893-12.
[BSN] Badan Standardisasi Nasional. 2008. SNI 2897:2008 Tentang Metode
Pengujian Cemaran Mikrobia dalam Daging, Telur, dan Susu Serta Hasil
Olahannya. Jakarta (ID): Badan Standardisasi Nasional.
Butaye P, van Duijkeren E, Prescott JF, Schwarz S. 2014. Antimicrobial
resistance in bacteria from animals and the environment. Vet Microbiol.
171:269-272. doi:10.1016/j.vetmic.2014.04.009.
Carissa D, Edward N, Michael A, Chika E, Charles E. 2013. Extended-spectrum
β-laktamase-producing Escherichia coli strains of poultry origin in Owerri,
Nigeria. World J Med Sci. 8(4):349-354.
doi:10.5829/idosi.wjms.2013.8.4.7443.
[CDC] Centers for Disease Control and Prevention (CDC). 2013. Antibiotic
Resistance Threats in the United States. Artikel [Internet]. [diunduh 2016
Nov 22]. Tersedia pada: http://www.cdc.gov.
[CDC] Centers for Disease Control and Prevention. 2015. E. coli (Escherichia
coli). Artikel [Internet]. [diunduh 2016 Mar 02]. Tersedia pada:
http://www.cdc.gov/ecoli.
[CLSI] Clinical and Laboratory Standards Institute. 2014. Performance Standards
for Antimicrobial Susceptibility Testing: Twenty-Second Informational
Supplement. Wayne (US): Clinical and Laboratory Standards Institute.
Diallo AA, Brugere H, Kerouredan M, Dupouy V, Toutain PL, Bousquet-Melou
A, Oswald E, Bibbal D. 2013. Persistance and prevalence of pathogenic and
extended-spectrum β-lactamases- producing Escherichia coli in municipal
wastewater treatment plant receiving slaughterhouse wastewater. Water Res.
47(13):19-29. doi:10.1016/j.watres.2013.04.047.
Djaafar TF, Rahayu S. 2007. Cemaran mikroba pada produk pertanian, penyakit
yang ditimbulkan dan pencegahannya. J Pert Indo. 26(2):67-75
[ECDC] European Centre for Disease Prevention and Control. 2015. Escherichia
coli (E. coli): Factsheet [Internet]. [diunduh 2016 Mar 02]. Tersedia pada:
http://ecdc.europa.eu/en/healthtopics/escherichia_coli/basic_facts/Pages/bas
ic_facts.aspx.
Farmer JJ, Fanning GR, Huntley-Carter GP, Holmes B, Hickman FW, Richard C,
Brenner DJ. 1981. Kluyvera, a new (redefined) genus in the family
Enterobacteriaceae: Identification of Kluyvera ascorbata sp. nov. and
Kluyvera cryocrescens sp.nov. in clinical specimens. J Clin Microbiol.
13:919–933.
Fernandez-Lopez J, Sendra NE, Sayas BE. 2009. Slaughtering equipment and
operations. New Jersey (US): John Wiley & Sons, Inc.
Franz E, Veenman C, van Hoek AHAM, Husman A de R, Blaak H. 2015.
Pathogenic Escherichia coli producing extended-spectrum β-lactamases
isolated from surface water and wastewater. Sci Rep. 5:1-9.
doi:10.1038/srep14372.
Gregova G, Kmetova M, Kmet V, Venglovsky J, Feher A. 2012. Antibiotic
resistance of Escherichia coli isolated from poultry a slaughterhouse. Ann
Agric Environ Med. 19(1):75-77.
Guenther S, Grobbel M, Lubke-Becker A, Goedcke A, Friedrich ND, Wieler LH,
Ewers C. 2010. Antimicrobial resistance profiles of Escherichia coli from
common European wildbird species. Vet Microbiol. 144:219-225.
16

Heffernan H, Woodhouse R. 2014. Annual Survey of Extended-Spectrum Beta-

Lactamase (ESBL)-Producing Enterobacteriaceae. Porirua (NZ): Institute
of Environmental Science and Research Limited.
Heuer H, Schmitt H, Smalla K. 2011. Antibiotic resistance gene spread due to
manure application on agricultural fields. Curr Opin Microbiol. 14:236-243.
Iroha IR, Eromonsole OB, Moses IB, Afiukwa FN, Nwakaeze AE, Ejikeugwu PC.
2016. In vitro antibiogram of multidrug resistant bacteria isolated from
Ogbete abattoir effluent in Enugu State, Nigeria. Int res J Pub Environ H.
3(1):1-6.
Koga VL, Scandorieiro S, Vespero EC, Oba A, de Brito BG, de Brito KCT,
Kobayashi RKT. 2015. Comparison of antibiotic resistance and virulence
factors among Escherichia coli isolated from conventional and free-range
poultry. BioMed Res Int. 2(3):1-8. doi:10.1155/2015/618752.
Krisnaningsih MMF, Asmara W, Wibowo MH. 2005. Uji sensitivitas isolat
Escherichia coli patogen pada ayam terhadap beberapa jenis antibiotik. J
Sain Vet. 1:13-18.
Lukman DW, Sudarwanto MB, Purnawarman T, Latif H, Pisestyani H,
Sukmawinata E, Akineden O. 2016. CTX-M-1 and CTX-M-55 producing
escherichia coli isolated from broiler feces in poultry slaughterhouses,
Bogor, West Java Province. Glo Adv Res J Med Med Sci. 5(12):287-291.
Masruroh CA. 2016. Tingkat kejadian Escherichia coli penghasil extended
spectrum β-lactamase pada feses ayam ras pedaging di Kota Bogor. [tesis].
Bogor (ID): Program Pascasarjana, Institut Pertanian Bogor.
Mesa RJ, Blanc V, Blanch AR, Cortés P, González JJ, Lavilla S, Miró E, Muniesa
M, Saco M, Tórtola MT, et al. 2006. Extended-spectrum beta-lactamase
producing Enterobacteriaceae in different environments (human, food,
animal farms and sewage). J Antimicrob Chemother. 58:211-
215.doi:10.1093/jac/dkl211.
Mirelis B, Navarro F, Miró E, Mesa RJ, Coll P, Prats G. 2013. Community
transmission of extended-spectrum β-lactamase. Emerg Infect Dis.
9(8):1024-1025.doi:10.3201/eid0908.030094.
Nourisson C, Tan RN, Hennequin C, Gibold L, Bonnet R, Robin F. 2015. The
Mast® D68C test: an interesting tool for detecting extended-spectrum β-
lactamase (ESBL)- producing Enterobacteriaceae. Eur J Clin Microbiol
Infect Dis. 34(5):975-983.doi:10.1007/s10096014-2305-6.
[OIE] Office Internationale des Epizooties. 2013. Harmonisation of national
antimicrobial resistance surveillance and monitoring programmes chapter
6.7. [Internet]. [diunduh 2016 September 3]. Tersedia pada:
www.oie.int/fileadmin/Home/eng/Health_standards/tahc/2010/en_chaptire_
1.6.7.htm.
Paholewicz E, Liakopoulos A, Swart A, Gortemaker B, Dierikx C, Havellar A,
Schmitt H. 2015. Reduction of extended-sepctrum-β-lactamase- and ampc-
β-lactamase- producing Escherichia coli through processing in two broiler
chicken slaughterhouses. Int J Food Microbiol. 215:57-63.
doi:10.1016/j.ijfoodmicro.2015.08.010.
Parasakthi N, Arrifin H, Kamarulzaman A, Ibrahim HSM, Adnan A, Choeng I.
2001. Consensus Guidelines For The Management Of Infections By ESBL-
 17
Producing Bacteria. Kuala Lumpur (MY): Malaysian Society of Infectious
Disease and Chemotherapy.
[PHAC] Public Health Agency of Canada. 2014. E. coli. Artikel [Internet].
[diunduh 2016 Nov 23]. Tersedia pada: http://www.phac-aspc.gc.ca/fs-sa/fs-
fi/ecoli-eng.php.
Rasmussen MM, Opintan JA, Frimodt-Møller N, Styrishave B. 2015. Beta-
Lactamase producing Escherichia coli isolates in imported and locally
produced chicken meat from Ghana. PLoS ONE. 10(10):1-15.
Rath S, Dubey D, Sahu MC, Padhy RN. 2014. Surveillance of ESBL producing
multidrug resistant Escherichia coli in a teaching hospital in India. Asian
Pac J Trop Dis. 4(2):140-149.doi:10.1016/S2222-1808(14)60331-5.
Reich F, Atanassova V, Klein G. 2013. Extended-spectrum β-lactamase and
ampc-producing enterobacteria in healthy broiler chickens, Germany.
Emerg Infect Dis. 19(8):1253-1259.
Salviati C, Friese A, Roschanski N, Laube H, Guerra B, Käsbohrer A,
Kreienbrock L, Roesler U. 2014. Extended-spectrum beta-lactamases
(ESBL)/AmpC beta-lactamases-producing Escherichia coli in German
fattening pig farms: a longitudinal study. Berl Münch Tierärztl Wochenschr.
127(10):412-419.
Sarmah AK, Meyer MT, Boxall AB. 2006. A global perspective on the use, sales,
exposure pathways, occurrence, fate and effects of veterinary antibiotics
(vas) in the environment. Chemosphr. 65(5):725–59.
Shamnas M, Arya PS, Deepak MG. 2013. Optimization of antibiotic
chemotherapy: A Review. Phar Inn J. 2(3):122-132.
Smith JL, Drum DJ, Dai Y, Kim JM, Sanchez S, Maurer JJ, Hofacre CL, Lee MD.
2007. Impact of antimicrobial usage on antimicrobial resistance in
commensal Escherichia coli strains colonizing broiler chickens. Appl
Environ Microbiol. 73:1404-1414.
Starlander G, Hong Y, Edquist P, Melhus A. 2013. Survival in the environment is
a possible key factor for the expansion of Escherichia coli strains producing
extended-spectrum β-lactamase. Act Pathog Microbiol Imm Scand. 122:59-
67. doi 10.1111/apm.12102.
Sudarwanto M, Akineden Ö, Odenthal S, Gross M, Usleber E. 2015. Extended-
spectrum β-lactamase (ESBL)-producing Klebsiella pneumoniae in bulk
tank milk from dairy farms in Indonesia. J Food Pathog Dis. 12(7):585-
590.doi:10.1089/fpd.2014.1895.
Sukmawinata E. 2015. Tingkat kejadian Escherichia coli penghasil Extended
spectrum β-lactamase di feses sapi di rumah potong hewan ruminansia Kota
Bogor [tesis]. Bogor (ID): Program Pascasarjana. Institut Pertanian Bogor.
Susanto E. 2014. Escherichia coli yang resisten terhadap antibiotik yang diisolasi
dari ayam broiler dan ayam lokal di Kabupaten Bogor [tesis]. Bogor (ID):
Program Pascasarjana. Institut Pertanian Bogor.
Trivedi MK, Branton A, Trivedi D, Nayak G, Shettigar H, Gangwar M. 2016.
Characterization of antimicrobial susceptibility profile of biofield treated
multidrug-resistant Klebsiella oxytoca. Appl Microbiol. 11(1):1-6.
doi:10.4172/2471-9315.1000101.
Umadevi S, Kandhakumari G, Joseph NM, Kumar S, Easow JM, Stephen S,
Singh UK. 2011. Prevalence and antimicrobial susceptibility pattern of
ESBL producing gram negative Bacilli. J Clin Diagn Res. 5:236–9.
18

Wellington EM, Boxall AB, Cross P, Feil EJ, Gaze WH, Hawkey PM, Johnson-
Rollings AS, Jones DL, Lee NM, Otten W, Thomas CM, Williams AP.
2013. The role of the natural environment in the emergence of antibiotic
resistance in gram-negative bacteria. Lancet Infect Dis. 13(2):155-
65.doi:10.1016/S1473-3099(12)70317-1.
[WHO] World Health Organization. 2015. Global Action Plan on Antimicrobial
Resistance.Artikel [Internet].[diunduh 2017 Jan 14]. Tersedia pada:
http://www.who.int/drugresistance/global_action_plan/en/.
 19
RIWAYAT HIDUP

Penulis dilahirkan di Surabaya-Jawa Timur pada tanggal 13 Juni 1984

sebagai anak keempat dari empat bersaudara dari pasangan Bapak H. Drs.
Soeronto Maksum dan Ibu Hj. Siti Chamdiah Iskandar. Penulis lulus dari SMU
Negeri 07 Surabaya pada tahun 2001 dan pada tahun yang sama diterima di
Fakultas Kedokteran Hewan (FKH), Universitas Airlangga (Unair) Surabaya dan
lulus pada tahun 2007 serta di penghujung tahun kelulusan berkesempatan
mengikuti pertukaran pelajar di Universiti Putra Malaysia (UPM).
Penulis telah berpartisipasi dalam presentasi poster yang berjudul In vitro
antifungal properties of Cinnamommum zeylanicum against Malassezia
pachydermatis dalam 30th Symposium of Malaysian society for Microbiology,
Kuantan, Pahang Darul Makmur, Malaysia pada tahun 2008. Pada tahun 2009
penulis berpartisipasi dalam presentasi oral dan conference proceeding Bandung
International Conference on Medicinal Chemistry, Fakultas Farmasi ITB,
Bandung dengan judul Determination of the antimicrobial constituents of the
essential oil from Cinnamommum zeylanicum against Malassezia pachydermatis.
Sejak tahun 2009, penulis bekerja sebagai medik veteriner di Badan
Karantina Pertanian Kementerian Pertanian dan pada tahun 2014 penulis menjadi
pengurus Ikatan Dokter Hewan Karantina (IDHKI) periode 2014-2018. Pada
tahun 2015 penulis memperoleh kesempatan untuk melanjutkan studi S-2 Mayor
Kesehatan Masyarakat Veteriner Sekolah Pascasarjana Institut Pertanian Bogor,
dengan beasiswa yang berasal dari Southeast Asian Ministers of Education
Organization (SEAMEO) - The Southeast Asian Regional Center for Graduate
Study and Research in Agriculture (SEARCA) Graduate Scholarship.