BAB I

PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang

Mikrobiologi adalah ilmu yang mempelajari jasad hidup yang berukuran

mikroskopis. Jasad hidup yang mikroskopis itu disebut dengan mikrobia,
mikroorganisme atau jasad renik.

Mikrobiologi sendiri memiliki beberapa cabang ilmu lain seperti

bakteriologi yang khusus mempelajari bakteri, virologi yang khusus mempelajari
virus, patologi dan lain-lain. Dalam kurikulum mata kuliah di Jurusan Biologi
Universitas Negeri Surabaya, mata kuliah mikrobiologi mempelajari bakteriologi,
virologi dan mikologi.

Mikroba terdapat dalam jumlah yang besar dan beranekaragam serta

kosmopolit di alam ini. Mikroba redapat paling banyak di tempat – tempat yang
mengandung nutrisi, kelembaban dan suhu yang sesuai dengan pertumbuhan dan
reproduksinya. Mikroba ada yang menguntungkan dan ada yang merugikan bagi
manusia. Banyak mikroba seperti baketri yang dapat mengakibatkan penyakit
apabila masuk kedalam tubuh mahluk hidup lain. Selain itu, ada juga bakteri yang
dapat menguntungkan manusia, seperti bakteri laktobasilus yang membantu
dalam proses pencernaan.

Oleh karena itu, pada praktikum mikrobiologi ini kami akan mempelajari
berbagai jenis bakteri. Kami dapat memperoleh bakteri dengan mengisolasi
bakteri dengan teknik aseptic. Kemudian melakukan enumerasi terhadap jumlah
bakteri yang telah kami isolasi dan memurnikan koloni bakteri tersebut menjadi
biakan murni sehingga kami dapat memperoleh koloni tunggal dari bakteri yang
telah kami isolasi.
1.2 Rumusan Masalah

1. Bagaimanakah prosedur isolasi dan pemurnian mikroorganisme dari

lingkungan ?
2. Bagaimanakah cara mengetahui karakterisasi morfologi koloni
mikroorganisme ?
3. Bagaimanakah cara menentukan jumlah mikroorganisme dalam suatu
sampel ?
4. Bagaimanakah cara penanaman mikroorganisme dari sampel uji ?
1.3 Tujuan Praktikum
1. Untuk mengetahui prosedur isolasi dan pemurnian mikroorganisme
dari lingkungan.
2. Untuk mengetahui karakterisasi morfologi koloni mikroorganisme
3. Untuk mengetahui cara menentukan jumlah mikroorganisme dalam
suatu sampel
4. Untuk mengetahui cara penanaman mikroorganisme dari sampel uji

1.4 Manfaat Praktikum

1. Mahasiswa dapat mengetahui prosedur isolasi dan pemurnian

mikroorganisme dari lingkungan.
2. Mahasiswa dapat mengetahui karakterisasi morfologi koloni
mikroorganisme
3. Mahasiswa dapat mengetahui cara menentukan jumlah
mikroorganisme dalam suatu sampel
4. Mahasiswa dapat mengetahui cara penanaman mikroorganisme dari
sampel uji
 BAB II

TINJAUAN PUSTAKA

Isolasi merupakan suatu cara untuk untuk memisahkan mikroorganisme

tertentu dari lingkunganya, sehingga diperoleh biakan yang yang tidak tercampur
dengan jenis yang lain atau biakan murni. (Ibrahim, 2007).

Hal-hal penting yang perlu diperhatikan dalam melakukan isolasi yaitu (Asri,
2015):

1. Sifat-sifat spesies mikroorganisme yang akan diisolasi.

2. Tempat hidup atau asal mikroorganisme tersebut.
3. Media pertumbuhan yang sesuai.
4. Cara menanam mikroorganisme tersebut.
5. Cara inkubasi mikroorganisme tersebut.
6. Cara menguji bahwa mikroorganisme yang diisolasi telah berupa biakan
murni dan sesuai dengan yang dimaksud.
7. Cara memelihara agar mikroorganisme yang telah diisolasi tetap merupakan
biakan murni.
Terdapat 3 metode/ prosedur isolasi kultur mikroorganisme campuran
sehingga diperoleh koloni-koloni terpisah (discrete colonies) yang selanjutnya dapat
diisolasi sebagai biakan murni. Ke 3 metode tersebut adalah (Rakhmawati, 2013):

1. Metode streak plate

Merupakan metode isolasi qualitative yang hemat waktu dan bahan/
alat. Padaprinsipnya metode ini merupakan teknik pengenceran dengan
goresan dari satu ose biakan campuran yang diinokulasikan pada permukaan
agar plate. Berbagai model penggoresan dapat dilakukan untuk mendapatkan
koloni-koloni yang terpisah. Koloni-koloni yang saling terpisah dari yang lain
hanya tumbuh pada permukaan medium agar plate.

2. Metode pour plate

Metode isolasi ini memerlukan suatu serial pengenceran dari kultur
campuran dengan menggunakan jarum ose (loop): the loop-dilution
procedure. Koloni-koloni yang saling terpisah dari yang lain akan tumbuh
pada seluruh medium agar plate dan tidak hanya tumbuh pada permukaan
medium agar plate. Prosedur isolasi ini dapat pula digunakan untuk
menghitung secara kuantitatif jumlah sel viable dari suatu kultur bakteri
apabila inokulum dan serial pengenceran dibuat dengan volume terukur.
 3. Metode spread plate
Metode isolasi ini menggunakan campuran mikroorganisme yang
sudah diencerkan terlebih dahulu (media agar diganti dengan aquadest steril),
kemudian sebanyak satu ose penuh (loopful) inokulum yang sudah
diencerkan, diinokulasikan secara aseptik di bagian tengah medium agar dan
diratakan dengan menggunakan batang drigalsky steril. Dengan metode ini
koloni-koloni akan tumbuh hanya di permukaan medium agar plate saja.
Prosedur isolasi ini dapat pula digunakan untuk menghitung secara kuantitatif
jumlah sel viable dari suatu kultur bakteri apabila inokulum dan serial
pengenceran dibuat dengan volume terukur.

Enumerasi (perhitungan) jumlah mikroorganisme yang terdapat pada suatu

bahan dapat dilakukan dengan beberapa cara, yaitu: (Asri, 2015)

1. Hitungan langsung
Perhitungan sel mikroorganisme secara langsung dapat dilakukan
menggunakan Haemocytometer. Metode ini proses pengerjaannya cepat akan
tetapi memiliki kekurangan tidak dapat membedakan antara sel hidup dan sel
mati.

2. Hitungan tidak langsung

Metode ini dapat digunakan untuk menghitung total sel baik yang
hidup maupun yang mati atau dengan metode tertentu hanya menghitung sel
yang hidup saja. Metode yang dapat digunakan antara lain:
a. Menghitung kekeruhan sel
Metode ini dilakukan dengan melihat kekeruhan(turbiditas) sel
dengan mengukur persentase cahaya yang melewati larutan kultur
mikroorganisme. Alat yang digunakan pada metode ini disebut sebagai
spektrofotometer.
b. Menghitung berat kering sel
Pada metode ini, kultur mikroorganisme yang akan diukur
terlebih dahulu disentrifuse dengan kecepatan tertentu. Endapan yang
diperoleh selanjutnya dikeringkan dan ditimbang.
c. Hitungan cawan
Teknik yang harus dikuasai dalam metode ini adalah teknik
pengenceran sampel dan menanamkan pada cawan hasil pengenceran
tersebut. Pada metode ini, sampel yang akan diteliti jumlah
mikroorganismenya diencerkan sampai konsentrasi tertentu, kemudian
diambil sejumlah volemu tertentu dari setiap seri pengenceran tersebut
dan ditanam pada media pertumbuhan yang sesuai. Setelah diinkubasi,
jumlah koloni yang tumbuh pada cawan petri diamati. Untuk
memenuhi persyaratan statistik, cawan yang dipilih untuk
penghitungan koloni adalah yang mengandung 30 sampai 300 koloni.
 BAB III

METODE PENELITIAN

3.1 Alat dan Bahan

3.1.1 Isolasi Mikroorganisme
a. Alat
1. Timbangan
2. 7 buah tabung reaksi
3. Vortex
4. 6 buah cawan petri
5. Incubator
6. Spet
7. Laminar
8. Pembakar spiritus
9. Tissue
b. Bahan
1. Alcohol
2. Aquades steril
3. Media taoge agar
4. Sampel tana

3.1.2 Pemurnian Mikroorganisme

a. Alat
1. Jarum ose
2. Cawan petri
3. Laminar
4. Incubator
5. Pembakar spiritus
6. Tissue

b. Bahan
1. Alcohol
2. Biakan bakteri
3.2 Cara Kerja
3.2.1 Isolasi Mikroorganisme
1. Menimbang tanah sebanyak 1 gram.
2. Memasukkan ke dalam tabung reaksi berisi 9 mL aquades steril
( pengenceran 10-1 ).
3. Menghomogenkan larutan.
4. Mengambil 1 mL dari suspense pengenceran 10-1.
5. Memasukkan ke dalam tabung reaksi berisi 9 mL aquades steril.
6. Menghomogenkan larutan ( pengenceran 10-2).
7. Mengambil 1 mL dari suspense pengenceran 10-2.
8. Memasukkan ke dalam tabung reaksi berisi 9 mL aquades steril.
9. Menghomogenkan larutan ( pengenceran 10-3).
10. Mengambil 1 mL dari suspense pengenceran 10-3.
11. Memasukkan ke dalam tabung reaksi berisi 9 mL aquades steril.
12. Menghomogenkan larutan ( pengenceran 10-4).
13. Mengambil 1 mL dari suspense pengenceran 10-4.
14. Memasukkan ke dalam tabung reaksi berisi 9 mL aquades steril.
15. Menghomogenkan larutan ( pengenceran 10-5).
16. Mengambil 1 mL dari suspense pengenceran 10-5.
17. Memasukkan ke dalam tabung reaksi berisi 9 mL aquades steril.
18. Menghomogenkan larutan ( pengenceran 10-6).
19. Mengambil 1 mL dari suspense pengenceran 10-6.
20. Memasukkan ke dalam tabung reaksi berisi 9 mL aquades steril.
21. Menghomogenkan larutan ( pengenceran 10-7).
22. Mengambil 2 mL masing-masing dari suspense 10-5, 10-6 dan 10-7.
23. Menuangkan masing-masing 1 mL dari suspense ke dalam cawan
petri 1,2,3,4,5 dan 6 yang telah berisi taoge agar yang telah di
cairkan.
24. Menghomogenkan campuran tersebut.
25. Menginkubasi biakan dengan posisi cawan petri terbalikpada suhu
28-30C selama 1 hari.
26. Mengamati dan mencatat karakteristik koloni-koloni bakteri yang
terbentuk.
3.2.2 Pemurnian Mikroorganisme
1. Menandai koloni yang akan di murnikan.
2. Mengambil koloni dengan menggunakan jarum ose secara aseptis.
3. Menggoreskan dengan metode cawan gores secara kuadran pada
media cawan petri baru.
4. Menginkubasi biakan pada suhu 28-30C selama 1 hari.
5. Mengamati dan menentukan koloni tunggal yang terbentuk.
 6. Mengambil koloni tersebut dan menanam pada media agar miring
di tabung reaksi.
7. Menginkubasi biakan pada suhu 28-30C selama 1 hari.
8. Menamati koloni murni yang terbentuk.
9. Menyimpan biakan dalam kulkas.

BAB IV

HASIL DAN PEMBAHASAN

4.1 Hasil Pengamatan

Dalam praktikum isolasi mikroorganisme, kami menggunakan metode

cawan tuang ( Pour Plate method ) dengan mengguanakan sampel tanah
rhizofor tanaman terung di sekitar halaman samping masjid Baitul Makmur 1,
Unesa Ketintang. Dari isolasi mikroorganisme, maka kami memperoleh
koloni-koloni yang kami karakterisasi pada tabel berikut. ( Tabel 1 )

Koloni Cawan Karakterisasi Karakteristik Pigmentasi Ukuran Bentuk Elevas

ke - ke - optik Permukaan (diameter)
1 10-6 (2) Translucent Berkerut Non ± 5 cm Irregular Umban
10-5 (1) pigmentasi ate
2 10-6 (1) Transparant Halus Non ± 6 cm Circular Raised
10-7 (2) mengkilap pigmentasi
3 10-5 (2) Translucent Halus Non ± 1 cm Irregular Convex
mengkilap pigmentasi
4 10-5 (2) Opaque Halus Non ± 1-5 mm Circular Convex
10-6 (2) mengkilap pigmentasi
10-5 (1)
10-7 (1)
5 10-5 (2) Opaque Halus Non ± 0,5 – 1 Irregular Convex
mengkilap pigmentasi cm
6 10-5 (1) Transparant Halus Non ± 1 cm Irregular Flat
mengkilap pigmentasi
7 10-6 (2) Opaque Halus Non ± 2 cm Rhizoid Flat
mengkilap pigmentasi
 8 10-7 (1) Opaque Halus Non ± 0,5 cm Circular Raised
mengkilap pigmentasi
∑ 8
koloni

Setelah kami melakukan karakterisasi, maka kami dapat memperoleh

dan menghitung jumlah koloni bakteri yang telah kami temukan. Data
perhitungan koloni bakteri kami sajikan dalam tabel berikut. ( Tabel 2 )

Jumlah Koloni
Kelompok / Sampel Standart Plate
No Pengenceran Keterangan
Tanah Count
10-5 10-6 10-7
1. Kelompok 1 / 133 46 27 1,2 x 107 3,8 ˃ 2
sampel tanah litosfer 113 48 24 CFU/ml
depan food court
2. Kelompok 2 / 150 81 27 1,3 x 107 5,4 ˃ 2
sampel tanah 113 61 16 CFU/ml
belakang C10
3. Kelompok 3/ sampel 85 36 10 7,6 x 106 4,67 > 2
tanah dari tanaman 66 35 7 CFU/ml
terung dekat masjid
4. Kelompok 4/ sampel 111 62 26 9,5 x 106 6,387 ˃ 2
tanah ubi jalar unesa 80 60 28 CFU/ml
ketintang
5. Kelompok 5/ sampel 102 35 19 9,2 x 107 3,53 > 2
Tanah akar wali 82 30 18 CFU/ml
songo
6. Kelompok 6/ sampel 55 41 4 4,3 x 106 8,1 ˃ 2
tanah 31 29 5 CFU/ml
7. Kelompok 7 / 128 10 2 7,3x106 CFU/ml -
sampel tanah akar 18 4 1
lidah buaya depan
C10
8. Kelompok 9 / 110 84 7 1,7x107 CFU/ml 2,8 ˃ 2
sampel tanah sawah 237 13 6
Tabel 4.1.2 Perhitungan koloni bakteri
4.2 Pembahasan

Isolasi merupakan suatu cara yang penting dilakukan untuk

memisahkan mikroorganisme tertentu dari lingkungannya, sehingga diperoleh
biakan murni. Sebelum melakukan isolasi, terlebih dahulu dilakukan
pengenceran sampel dan penanaman mikroorganisme. Pada praktikum kali ini
penanaman mikroorganisme dilakukan dengan metode cawan tuang ( Pour
Plate Method).
Pada praktikum kali ini kita juga dapat melakukan pengamatan
morfologi pada masing-masing koloni. Karakteristik yang dapat diamati
tersebut meliputi karakteristik optik, karakteristik permukaan, pigmentasi,
ukuran, bentuk, elevasi, dan bentuk tepian. Berdasarkan tabel 4.1.1 dapat
diketahui terdapat total 8 koloni yang kami temukan. Setiap cawan memiliki
jenis koloni yang berbeda-beda dan jenis koloni yang tumbuh hampir pada
semua cawan (4 cawan) yaitu mikroorganisme yang memiliki karakteristik
optik opaque, karakteristik permukaan halus mengkilap, non pigmentasi,
ukuran ± 1-5 ml, bentuk circular, elevasi convex dan bentuk lapisan entire.
Data pada tabel 4.1.1, dapat diketahui bahwasanya dalam suatu sampel
dapat ditemukan berbagai macam bakteri dengan karakteristik yang berbeda-
beda. Pada cawan dengan pengenceran 10-5 dapat ditemukan jenis koloni
bakteri yang paling banyak. Hal ini dikarenakan pengenceran 10 -5 merupakan
pengenceran terendah sehingga masih ditemukan bakteri dengan berbagai
karakterisasi.
 Data tabel 4.1.2 dapat diketahui bahwa semakin rendah faktor
pengenceran, maka semakin banyak mikroorganisme yang tumbuh, sebaliknya
jika faktor pengencerannya semakin tinggi, maka semakin sedikit
mikroorganisme yang tumbuh. Hal ini dikarenakan semakin tinggi tingkat
pengenceran maka semakin sedikit prosentase sampel yang terlarut sehingga
jumlah mikroorganisme dalam larutan pun turut berkurang.
Setelah melakukan hitungan jumlah koloni mikroorganisme pada setiap
cawan, maka kita dapat melakukan penghitungan jumlah mikroorganisme
sesuai dengan SPC (Standart Plate Count). Berdasarkan data tabel 4.1.2, dapat
diketahui bahwa SPC terbesar terdapat pada sampel tanah kelompok 5 yang
diambil di dekat akar wali songo yaitu sebesar 9,2 x 107 CFU/ml, sedangkan
SPC terkecil terdapat pada sampel tanah yang dimiliki oleh kelompok 6 yaitu
sebesar 4,3 x 106 CFU/ml. Perbedaan besar SPC tersebut tergantung pada
komposisi bahan dan faktor lingkungan pada tempat hidup atau asal
mikroorganisme tersebut. Selain itu bisa juga dikarenakan kesesuaian media
pertumbuhan yang digunakan yaitu media taoge agar padat, karena tidak
semua mikroorganisme dapat tumbuh dengan baik pada media tersebut.
 BAB V
PENUTUP
5.1 Simpulan
 Faktor pengenceran mempengaruhi jumlah mikroorganisme yang
tumbuh, semakin tinggi faktor pengenceran, maka semakin banyak
mikroorganisme yang tumbuh, sebaliknya jika faktor pengencerannya
semakin rendah, maka semakin sedikit mikroorganisme yang tumbuh.
 Hasil perhitungan SPC terbesar terdapat pada sampel tanah kelompok 5
yang diambil di dekat akar wali songo yaitu sebesar 3,25 x 10 7 CFU/ml,
sedangkan SPC terkecil terdapat pada sampel tanah yang dimiliki oleh
kelompok 6 yaitu sebesar 4,3 x 106 CFU/ml.
 Koloni yang paling banyak ditemukan yaitu yang memiliki karakteristik
optik opaque, karakteristik permukaan halus mengkilap, non pigmentasi,
ukuran ± 1-5 ml, bentuk circular, elevasi convex dan bentuk lapisan
entire.

5.2 Saran
Sebaiknya mahasiswa selalu memperhatikan kesterilan alat-alat dan
bahan-bahan yang akan digunakan untuk praktikum. Selain itu mahasiswa juga
harus selalu menggunakan teknik aseptik ketika melakukan isolasi, enumerasi,
dan pemurnian mikroorganisme agar mendapat biakan murni sesuai dengan
yang diharapkan.
 DAFTAR PUSTAKA

Asri, Mahanani Tri, Guntur Trimulyono, dan Lisa Lisdiana. 2015. Petunjuk
Praktikum Mikrobiologi Dasar. Surabaya : FMIPA Unesa
Ibrahim, Muslimin. 2007. Mikrobiologi, Prinsip dan Aplikasi. Surabaya: Unesa
Press.

Saraswati, Rasti, Edi Husen, dan R.D.M Simanungkalit. 2007. Metode Analisis
Biologi Tanah. Balai Besar Penelitian dan Pengembangan Sumberdaya Lahan
Pertanian: Bogor.
Rao, N.S. Subba. 2007. Mikroorganisme Tanah dan Pertumbuhan Tanaman.
Terjemahan Soil Organism and Gwowth, oleh: Herawati Susilo. Jakarta. UI-
PRESS.
Ramona, dkk. 2007. Enumerasi Mikroorganisme. PT Gramedia :Jakarta.