LAPORAN PRAKTIKUM

MIKROBIOLOGI PERTANIAN

ACARA V
PERHITUNGAN MIKROORGANISME DENGAN HAEMOCYTOMETER

Oleh:
Imam Rajuna
A1D022027
Rombongan 1

KEMENTERIAN PENDIDIKAN, KEBUDAYAAN, RISET, DAN

TEKNOLOGI
UNIVERSITAS JENDERAL SOEDIRMAN
FAKULTAS PERTANIAN
PURWOKERTO
2023
 I. PENDAHULUAN

A. Latar Belakang

Mikroorganisme atau biasa dikenal dengan mikroba merupakan makhluk

hidup yang ukurannya sangat kecil atau mikroskopis yang umumnya tidak dapat
dilihat dengan indra penglihatan secara langsung tanpa alat bantu tertentu.
Mikroorganisme meliputi bakteri, jamur, protozoa, dan ganggang mikroskopis.
Virus juga termasuk ke dalam mikroorganisme, walaupun bukan merupakan
makhluk hidup karena tidak mempunyai struktur sel. Mikroorganisme di bidang
pertanian memiliki berbagai peran yang beragam tergantung dengan sifat
mikroorganisme tersebut. Secara umum, terdapat dua macam mikroba di bidang
pertanian, yaitu mikroba penyebab penyakit atau patogen dan mikroba
menguntungkan pemacu pertumbuhan tanaman. Mikroorganisme dapat
ditumbuhkan di dalam suatu lingkungan atau media yang mengandung nutrisi
(Hidayat, 2018).
Mikroorganisme yang ditumbuhkan di dalam suatu media dapat tumbuh dan
berkembang biak membentuk koloni dengan cepat. Koloni suatu mikroorganisme
tersebut terdiri dari banyak mikroorganisme. Untuk menentukan jumlah
mikroorganisme diperlukan metode perhitungan yang memadai. Perhitungan
jumlah mikroorganisme umumnya dapat dibedakan menjadi dua, yaitu
perhitungan secara langsung dan tidak langsung. Perhitungan secara langsung
dilakukan secara mikroskopis dengan menghitung jumlah mikroorganisme dalam
suatu satuan isi yang sangat kecil atau mikroskopis.
Yeast merupakan salah satu mikroorganisme yang tergolong ke dalam
kingdom fungi dan terdiri dari satu sel atau uniseluler. Yeast umumnya memiliki
partikel yang ukurannya lebih besar dibandingkan partikel bakteri. Jumlah sel
yeast dapat dihitung dengan menggunakan alat Haemocytometer atau Petroff-
Hauser Counting Chamber. Pada mulanya, Haemocytometer difungsikan untuk
menghitung sel darah merah, tetapi alat ini terus dikembangkan hingga dapat

1
digunakan untuk menghitung jumlah sel mikroorganisme. Jumlah sel yeast dapat
diamati dan dihitung melalui ruang hitung yang terdiri dari banyak kotak dengan
ukuran yang bervariasi (Zunaidah & Alami, 2014). Oleh karena itu, pada
praktikum kali ini dilakukan perhitungan jumlah sel yeast menggunakan
perangkat Haemocytometer.

B. Tujuan

Praktikum ini bertujuan untuk:

1. Mengetahui dan memahami teknik menghitung mikroorganisme.
2. Mampu melakukan perhitungan mikroorganisme dengan perangkat
Haemocytometer.

2
 II. TINJAUAN PUSTAKA

A. Yeast

Yeast atau ragi adalah jamur uniseluler yang tidak membentuk filamen atau
hifa. Yeast umumnya berbentuk oval atau membulat. Pada umumnya, yeast
bereproduksi dengan mitosis. Mitosis merupakan proses pembelahan yang
menghasilkan sel anak identik (Santana-Sosa et al., 2023) . Yeast umumnya
bersifat anaerob fakultatif yang memungkinkan yeast dapat tumbuh di beragam
kondisi lingkungan. Pada lingkungan yang mengandung oksigen yang cukup,
yeast melakukan respirasi aerob. Sementara itu, pada keadaan lingkungan
anaerob, yeast melakukan fermentasi karbohidrat dan memproduksi alkohol serta
karbondioksida (Usdar et al., 2021).
Devi et al. (2018) menyatakan bahwa yeast memiliki partikel yang
berukuran lebih besar daripada partikel bakteri. Yeast mempunyai potensi untuk
menghambat pertumbuhan dan perkembangbiakan bakteri serta tahan terhadap
antibiotik dan sulfamid karena faktor genetik. Menurut Zunaidah & Alami (2014),
yeast dapat diklasifikasikan menjadi dua golongan, yaitu yeast yang sifatnya
fermentatif dan oksidatif. Yeast golongan fermentatif umumnya digunakan untuk
fermentasi alkohol dengan mekanisme pemecahan glukosa menjadi alkohol dan
gas, sedangkan yeast golongan oksidatif mampu memproduksi karbon dioksida
dan air.

B. Metode Perhitungan Mikroorganisme

Salah satu metode untuk mengetahui jumlah koloni bakteri yang ada pada
suatu media, baik koloni sel yang masih hidup maupun yang sudah mati adalah
dengan metode perhitungan jumlah bakteri secara langsung dan secara tidak
langsung. Perhitungan jumlah koloni bakteri secara langsung dilakukan untuk

3
menghitung jumlah bakteri secara keseluruhan, baik yang hidup ataupun yang
telah mati. Sementara itu, perhitungan jumlah bakteri secara tidak langsung
dilakukan untuk menghitung jumlah bakteri yang masih hidup saja (Rosmania &
Yanti, 2020).
Wibowo & Andrivani (2016) menjelaskan bahwa perhitungan jumlah
bakteri baik secara langsung ataupun tidak langsung mempunyai kelemahan.
Perhitungan jumlah koloni bakteri umumnya belum mampu mendekati hasil yang
maksimal akibat metode perhitungan yang menggabungkan sel hidup dan sel mati
bakteri, keterbatasan alat dan bahan ketika perhitungan, kebutuhan waktu yang
lama untuk mempersiapkan alat dan bahan, serta faktor ketelitian peneliti.
Terdapat beberapa metode perhitungan bakteri yang umum digunakan, yaitu
metode thresholding dan counting morphology.
Metode thresholding adalah metode yang dilakukan melalui tahap
pemisahan suatu objek dengan latar belakang objek tersebut. Thresholding
menjadi metode yang cukup efektif dalam tahap segmentasi citra karena dapat
membaca banyak jumlah sel. Sementara itu, counting morphology merupakan
metode perhitungan melalui perbedaan morfologi. Dalam prosesnya, setiap objek
bakteri yang diamati dan muncul pada jangka waktu tertentu akan terdeteksi dan
diakumulasikan setelah proses deteksi selesai. Sistem kemudian akan menjumlah
objek yang terhitung. Sementara itu, metode perhitungan jumlah mikroba secara
langsung yang biasanya digunakan adalah metode pengecatan dan pengamatan
mikroskopis, filter membran, serta bilik hitung dengan menggunakan
Haemocytometer (Wibowo & Andrivani, 2016).

C. Haemocytometer

Haemocytometer merupakan alat yang telah digunakan secara luas untuk

perhitungan sel. Haemocytometer pertama kali diciptakan pada akhir abad
kesembilan belas dan awalnya difungsikan untuk menganalisis sampel darah.
Haemocytometer kemudian berevolusi dari alat yang hanya digunakan untuk

4
menganalisis sampel darah menjadi alat yang umum digunakan untuk perhitungan
sel karena biayanya yang relatif rendah dan alat ini sangat fleksibel (Vembadi et
al., 2019).
Vembadi et al. (2019) menyatakan bahwa Louis Charles Malassez
menemukan haemocytometer modern pada tahun 1874, yang kemudian diikuti
beberapa modifikasi. Louis Charles Malassez membuat ruang hitung dengan
menambahkan tanda pada kaca objek untuk menghubungkan panjang dan volume
sampel. Karl Burker menyempurnakan Haemocytometer dengan menambahkan
slide kaca tebal dan tiga platform kaca yang dipasang di permukaan bersama
dengan gridding. Seiring dengan perkembangan zaman, Haemocytometer telah
berkembang untuk memenuhi kebutuhan yang lebih luas. Pada awalnya,
Haemocytometer dirancang untuk menghitung sel yang lebih kecil, seperti sel
darah merah dan tidak dapat menghitung jenis sel lainnya.

5
 III. METODE PRAKTIKUM

A. Bahan dan Alat

Bahan yang digunakan dalam praktikum acara lima adalah yeast, air steril,
dan alkohol 70%. Sementara itu, alat yang digunakan meliputi pipet ukur, rubber
bulb, mikroskop cahaya, gelas objek, cover glass, dan haemocytometer.

B. Prosedur Kerja

Praktikum acara lima ini dilakukan dengan prosedur, sebagai berikut:

1. Bahan dan alat yang dibutuhkan disiapkan terlebih dahulu.
2. Petroff-Hauser Counting Chamber atau Haemocytometer dibersihkan dengan
alkohol 70%, kemudian dikeringkan dengan tisu.
3. Cover glass diletakkan di atas alat hitung.
4. Suspensi sel yeast dengan volume kurang lebih 50 µl ditambahkan dengan
diteteskan pada parit kaca alat hitung. Suspensi alat akan menyebar karena
daya kapilaritas.
5. Cover glass dibiarkan sejenak sehingga sel diam di tempat (tidak terkena
aliran
air dari efek kapilaritas).
6. Alat hitung diletakkan pada meja benda, kemudian lensa diatur dan
difokuskan pada pembesaran 40 × 10.
7. Perhitungan dilakukan secara kasar untuk menentukan diperlukannya
pengenceran atau tidak. Apabila di dalam satu kotak sedang terdapat sel-sel
yang banyak dan bertumpuk, maka perhitungan akan tidak akurat dan
diperlukan pengenceran dengan perbandingan 1:5 atau 1:10.
8. Sampel dihitung paling tidak sebanyak 5 kotak sedang (lebih banyak lebih
baik). Hasil perhitungan dirata-rata, kemudian hasil rataan dimasukkan rumus

6
untuk kotak sedang. Jika dilakukan pengenceran maka jumlah sel/ml,
dikalikan
faktor pengenceran.

7
 IV. HASIL DAN PEMBAHASAN

A. Hasil

Tabel 5.1 Perhitungan Mikroorganisme dengan Haemocytometer

Gambar Keterangan
1. Data 1
Kotak 1 = 22
Kotak 2 = 23
Kotak 3 = 11
Kotak 4 = 9
Kotak 5 = 10
Total = 75

2. Volume total = Jumlah kotak X volume 1 kotak

= 5 x (P.L.t)
= 5 x (2.10-2 cm x 2.10-2 x 1.10-2 cm
= 5 x (4.10-6 cm3)
= 20. 10-6 cm3
∑ spora terhitung
3. Kepadatan =
Volume total
75
=
20. 10 -6 cm 3
= 3,75. 10-6 konidia/cm3

4. Data 2
Kotak 1 = 12
Kotak 2 = 15
Kotak 3 = 12
Kotak 4 = 10
Kotak 5 = 14
Total = 63

∑ spora terhitung
5. Kepadatan =
Volume total
63
=
20. 10 -6 cm 3
= 3,15. 10-6 konidia/cm3

8
 B. Pembahasan

Penghitungan sel sudah menjadi metode yang sangat penting untuk

pengamatan kelangsungan hidup dan proliferasi suatu sel. Perhitungan sel juga
digunakan untuk mengetahui dan menentukan konsentrasi sel dalam volume
sampel tertentu. Haemocytometer merupakan peralatan standar yang umumnya
dipakai untuk mengukur atau menghitung jumlah sel di sebagian besar
laboratorium yang umumnya diotomatisasi untuk meningkatkan hasil
(Thunyaporn et al., 2021) . Haemocytometer yang ditemukan pada abad ke-19
pada mulanya didesain untuk perhitungan sel darah. Dalam perkembangannya,
Haemocytometer masa kini dapat digunakan oleh sebagian besar laboratorium
untuk perhitungan jumlah total sel dan partikel berukuran sangat kecil atau
mikroskopis lainnya karena harganya relatif murah dan fungsinya yang serbaguna
(Cadena-Herrera et al., 2015).
Prinsip kerja Haemocytometer baik manual dan otomatis adalah dengan
menghitung jumlah sel pada volume tetap dalam rentang atau jangka pengukuran
yang telah ditetapkan, yaitu 105 -106sel/ml. Apabila konsentrasi sel sampel yang
digunakan tidak dapat ditentukan atau diketahui berada di luar rentang
Haemocytometer, maka sampel harus disiapkan kembali dengan cara menambah
atau mengurangi konsentrasi sel sampel. Haemocytometer didesain dengan cermat
agar luas yang dibatasi oleh garis dapat terbaca dan diketahui kedalaman
ruangannya (Thunyaporn et al., 2021).
Haemocytometer merupakan perangkat yang dibuat oleh Louis-Charles
Malassez yang dibuat dari slide mikroskop kaca tebal khusus dengan lekukan
persegi panjang yang membentuk suatu ruang. Ruang tersebut dikenal sebagai
ruang hitung yang terukir oleh kisi-kisi garis tegak lurus yang digores dengan
laser. Hal tersebut sesuai dengan Thunyaporn et al. (2021) yang menyatakan
bahwa Haemocytometer tersusun atas kaca optik yang digunakan di bawah
mikroskop dan terdiri dari dua bagian, yaitu kaca objek tebal dan kaca penutup

9
(cover glass) dengan celah kecil yang berperan untuk menyimpan suspensi sel
dalam area kotak kecil berukuran 0,1 μl 1 × 1 mm. Menurut
Vembadi et al. (2019)
, suatu sampel suspensi sel sulit dihitung dan tidak dapat diukur dengan
akurat apabila berada dalam konsentrasi yang tinggi. Oleh karena itu, sel harus
melalui proses pengenceran dan dihitung kembali.
Perhitungan sel dapat diklasifikasikan menjadi dua, yaitu secara langsung
dan tidak langsung. Perhitungan secara langsung mengukur jumlah mikroba
secara keseluruhan baik mikroba yang hidup ataupun yang telah mati, sedangkan
perhitungan secara tidak langsung hanya menghitung jumlah mikroba yang hidup.
Metode perhitungan secara langsung dilakukan dengan menggunakan
Haemocytometer atau Petroff-Hauser Counting Chamber. Jumlah suspensi cairan
dan yang ada pada cover glass dan Haemocytometer memiliki volume tertentu
sehingga satuan isi ada di dalam satu bujur sangkar tertentu.
Ruang atau kamar hitung yang umumnya digunakan adalah kamar hitung
improve neubauer karena pengoperasiannya yang cenderung mudah dan cepat.
Ruang hitung improve neubauer memunyai luas 9 mm2 dan tersusun dari 9 kotak
besar dengan luas kotak masing-masing 1 mm 2. Dari satu kotak besar akan dibagi
lagi menjadi 16 kotak sedang dengan luas masing-masing 0,25 x 0,25 mm 2. Satu
kotak besar yang terletak di bagian tengah terbagi menjadi 25 kotak sedang
dengan panjang 0,2 mm2. Sementara itu, satu kotak sedang berisi 16 kotak kecil
sehingga dalam satu kotak besar yang terletak di bagian tengah akan memiliki 400
kotak kecil yang memiliki luas 0,05 x 0,05 mm 2 (Mahardika et al., 2018). Ruang
hitung mempunyai ketebalan 0,1 mm dan sel bakteri yang telah tersuspensi akan
menyebar ke dalam volume ruang hitung sehingga jumlah total sel bakteri per
satuan volume dapat diketahui.

Gambar 5.1 Ruang Hitung Haemocytometer

10
 Mikroorganisme yang digunakan pada praktikum acara lima adalah yeast.
Yeast atau yang lebih dikenal dengan sebutan ragi merupakan jamur uniseluler
yang tidak membentuk hifa atau filamen. Sebagian besar yeast berbentuk oval
atau membulat. Yeast biasanya anaerob fakultatif, yang memungkinkannya
tumbuh di berbagai lingkungan. Dalam lingkungan yang mengandung oksigen
yang cukup, ragi melakukan respirasi aerob. Sementara itu, pada lingkungan
anaerob, ragi melakukan fermentasi karbohidrat dan menghasilkan
karbondioksida atau alkohol. Perhitungan jumlah sel yeast pada praktikum acara
lima ini dilakukan dengan metode perhitungan langsung menggunakan perangkat
Haemocytometer atau Petroff-Hauser Counting Chamber.
Perhitungan dimulai dengan menyiapkan bahan dan alat yang dibutuhkan
terlebih dahulu. Bahan yang digunakan adalah yeast, air steril, dan alkohol 70.
Sementara itu, alat yang digunakan meliputi pipet ukur, rubber bulb, mikroskop,
gelas objek, cover glass, dan Haemocytometer. Haemocytometer kemudian
dibersihkan dengan alkohol 70% dan dikeringkan dengan tisu. Setelah itu, cover
glass diletakkan di atas alat hitung dan suspensi sel yeast dengan volume kurang
lebih 50 µl ditambahkan dengan diteteskan pada parit kaca alat hitung. Suspensi
alat kemudian akan menyebar karena daya kapilaritas. Cover glass kemudian
harus dibiarkan sejenak sehingga sel diam di tempat atau tidak terkena aliran air
dari efek kapilaritas. Setelah itu, alat hitung diletakkan pada meja benda,
kemudian lensa diatur dan difokuskan pada pembesaran 40 × 10.
Perhitungan dilakukan secara kasar untuk menentukan diperlukannya
pengenceran atau tidak. Apabila di dalam satu kotak sedang terdapat sel-sel yang
banyak dan bertumpuk, maka perhitungan akan tidak akurat dan diperlukan
pengenceran dengan perbandingan 1:5 atau 1:10. Sampel kemudian dihitung
paling tidak sebanyak 5 kotak sedang. Hasil perhitungan dirata-rata, kemudian
hasil rataan dimasukkan rumus untuk kotak sedang. Apabila dilakukan
pengenceran, maka jumlah sel/ml dikalikan faktor pengenceran.
Perhitungan yeast pada praktikum ini dilakukan dengan dua kali percobaan.
Hasil yang didapatkan pada data satu adalah 22 pada kotak 1, 23 pada kotak 2, 11
pada kotak 3, 9 pada kotak 4, dan 10 pada kotak 5 sehingga apabila dijumlah

11
terdapat 75 sel yeast. Sementara itu, data dua menghasilkan 12 sel pada kotak 1,
15 sel pada kotak 2, 12 sel pada kotak 3, 10 sel pada kotak 4, dan 14 sel pada
kotak 5 sehingga apabila dijumlah terdapat 63 sel yeast. Perhitungan volume total
kemudian dilakukan dengan mengalikan jumlah kotak dengan volume 1 kotak
sedang dan didapatkan hasil sebesar 20 x 10-6 cm3. Setelah itu, perhitungan
kepadatan setiap data dihitung dilakukan dengan membagi jumlah total yeast
dengan volume total. Oleh karena itu, kepadatan data 1 adalah 3,75 x 10 -6
konidia/cm3, sedangkan kepadatan data 2 adalah 3,15 x 10-6 konidia/cm3.

12
 V. KESIMPULAN DAN SARAN

A. Kesimpulan

Kesimpulan yang diperoleh dari praktikum acara lima ini adalah sebagai
berikut:\
1. Perhitungan jumlah mikroorganisme umumnya dibedakan menjadi dua
metode, yaitu secara langsung dan tidak langsung. Perhitungan secara
langsung dilakukan untuk menghitung jumlah mikroorganisme secara
keseluruhan, baik yang hidup ataupun yang telah mati. Sementara itu,
perhitungan jumlah bakteri secara tidak langsung dilakukan untuk menghitung
jumlah bakteri yang masih hidup saja.
2. Metode perhitungan secara langsung dilakukan dengan menggunakan
perangkat Haemocytometer. Pada data 1 terdapat 75 sel yeast, sedangkan total
sel yeast pada data 2 adalah 63. Volume total yang diketahui adalah 20 x 10-6
cm3. Oleh karena itu, kepadatan data 1 adalah 3,75 x 10-6 konidia/cm3,
sedangkan kepadatan data 2 adalah 3,15 x 10-6 konidia/cm3.

B. Saran

Saran untuk praktikum periode selanjutnya adalah sebaiknya praktikan lebih

tertib selama melakukan kegiatan praktikum di laboratorium untuk mencegah
kecelakaan kerja.

13
 DAFTAR PUSTAKA

Andani, R. 2016. Pengaruh Jarak Sumur dengan Septic Tank terhadap Populasi
Escherichia coli di Lingkungan Jempong Timur dan Jempong Barat sebagai
Kajian Mata Kuliah Mikrobiologi. Skripsi. Fakultas Ilmu Tarbiyah dan
Keguruan, Institut Agama Islam Negeri Mataram, Mataram.

Cadena-Herrera, D., Esparza-De Lara, J. E., Ramírez-Ibañez, N. D., López-Morales, C.

A., Pérez, N. O., Flores-Ortiz, L. F., & Medina-Rivero, E. 2015. Validation of
three viable-cell counting methods: Manual, semi-automated, and automated.
Biotechnology Reports, 7(1): 9–16.

Devi, S. A., Setyati, W. A., Wulandary, D. A., Saputra, E., & Muchlissin, S. I. 2018.
Bioaktivitas antivibrosis dan identifikasi golongan senyawa pada ekstrak yeast
dari sedimen ekosistem mangrove Karimunjawa. Jurnal Enggano, 3(2): 156-
163.

Hidayat, N., Meitiniarti, I., & Yuliana, N. 2018. Mikroorganisme dan

Pemanfaatannya. Malang: Universitas Brawijaya Press.

Mahardika, G. R., Pratikno, H., & Titah, H. S. 2018. Analisis ketahanan microalga
pada material baja ah 36 dengan menggunakan metode Impressed Current
Anti Fouling (ICAF). Jurnal Teknik ITS, 7(2): 145-149

Rosmania, R., & Yanti, F. 2020. Perhitungan jumlah bakteri di laboratorium

mikrobiologi menggunakan pengembangan metode spektrofotometri. Jurnal
Penelitian Sains, 22(2): 76-86.

Santana-Sosa, S., Matos-Perdomo, E., Ayra-Plasencia, J., & Machín, F. 2023. A yeast
mitotic tale for the nucleus and the vacuoles to embrace. International Journal
of Molecular Sciences, 24(12).

Thunyaporn, R., Doh, I., & Lee, D. W. 2021. Multi-volume hemacytometer. Scientific
Reports, 11(1).

Usdar, F. R., Jamilah, & Ali, A. 2021. Isolasi dan identifikasi mikroorganisme lokal
pupuk organik cair kombinasi rebung bambu dan kulit pisang. In Prosiding
Seminar Nasional Biologi, 1: pp. 526–538.

Vembadi, A., Menachery, A., & Qasaimeh, M. A. 2019. Cell cytometry: review and
perspective on biotechnological advances. Frontiers in Bioengineering and
Biotechnology, 7(147): 1–20.

Wibowo, A.P.W., & Andrivani, R. 2016. Perhitungan jumlah bakteri Escherichia coli
dengan pengolahan citra melalui metode thresholding dan counting
morphology. Jurnal Ilmiah Teknologi Informasi Terapan, 2(3): 235-243.

14
Zunaidah, S., & Alami, N. H. 2014. Isolasi dan karakterisasi yeast dari rhizosphere
avicennia marina Wonorejo. Jurnal Sains dan Seni Pomits, 3(1): 7–10.

LAMPIRAN

Lampiran 5.1 ACC Praktikum Acara V

15
Lampiran 5.2 Dokumentasi Praktikum Acara V

Pengamatan Jumlah Sel Yeast Penetesan Suspensi Yeast

16