Oseana, Volume XLI, Nomor 4 Tahun 2016 : 63 - 71 ISSN 0216-1877

BIOINDIKATOR PENCEMAR, BAKTERI Escherichia coli

Oleh

Lies Indah Sutiknowati1)

ABSTRACT

BIOINDICATOR OF CONTAMINANT, BACTERIA Escherichia coli.

Indicator organisms are used to measure potential fecal contamination of environmental
samples. The presence of coliform bacteria, such as Escherichia coli, in surface water
is a common indicator of fecal contamination. Coliform bacteria in water samples may
be quantified using the most probable number (MPN) method, a probabilistic test which
assumes cultivable bacteria meet certain growth and biochemical criteria. If preliminary
tests suggest that coliform bacteria are present at numbers in excess of an established
cut-off (the Coliform Index), fecal contamination is suspected and confirmatory assays
such are conducted. Coliform bacteria selected as indicators of fecal contamination
must not persist in the environment for long periods of time following efflux from the
intestine, and their presence must be closely correlated with contamination by other
fecal organisms.

PENDAHULUAN tentang E. coli walaupun terbatas bahwa

Pada umumnya jika kita
mendengar kata bakteri yang langsung
terbayang adalah makhluk amat kecil dan
sangat berbahaya karena menyebabkan
berbagai penyakit. Bakteri adalah
makhluk bersel tunggal yang tidak
mempunyai inti sel (Anonymous; Yalun,
2008), hidup di semua kolom air dan tanah,
beberapa bersifat aerobik (memerlukan
oksigen) dan ada yang anaerobik (tidak
memerlukan oksigen). Beberapa bakteri
hidup bebas sendiri (free living) dan ada
yang hidup bersama-sama (symbionts).
Bakteri E. coli adalah salah satu jenis
bakteri yang sering dibicarakan. Cukup
banyak masyarakat yang mengetahui
1)
Kelompok Penelitian Pencemaran dan Bioremediasi
bakteri ini adalah penyebab infeksi
saluran pencernaan.
Escherichia coli adalah salah satu
jenis spesies utama bakteri gram negatif.
Banyak industri kimia mengaplikasikan
teknologi fermentasi yang memanfaatkan
E. coli, misalnya dalam produksi obat-
obatan seperti insulin dan antiobiotik
(Dufour, 1984).  Secara teoritis, ribuan
jenis produk kimia bisa dihasilkan oleh
bakteri ini dengan syarat genetikanya
sudah direkayasa sedemikian rupa
sehingga dapat menghasilkan jenis produk
tertentu yang diinginkan. Mengingat
besarnya peranan ilmu bioteknologi
dalam aspek-aspek kehidupan manusia,

63
maka tidak bisa dipungkiri juga betapa
besar manfaat E. coli bagi kita.
E. coli di alam terbuka hidup
di dalam tanah. Jika terjadi pencemaran
(umumnya pencemar organik yang
ditandai dengan BOD tinggi), tanah
menjadi media pertumbuhan yang baik
untuk bakteri ini dan menyebabkan
peningkatan konsentrasi E. coli dalam
tanah. Saat hujan turun atau salju
mencair, semakin banyak bakteri ini yang
terbawa oleh air tanah masuk ke sungai.
Dengan demikian konsentrasi E. coli
akan terdeteksi tinggi di air tanah dan
sungai sehingga mengindikasikan adanya
pencemaran tanah.
E. coli tidak dapat dibunuh
dengan pendinginan maupun pembekuan,
Bakteri ini hanya bisa dibunuh oleh
antiobiotik, sinau Ultraviolet (UV),
atau suhu tinggi >1000 C. Suhu tinggi
akan merusak protein dalam sel dan
Gambar 1. Klasifikasi dan morfologi bakteri E. coli (Escherich, 1885).
64
membuatnya tidak dapat hidup kembali.
E.coli yang tidak direkayasa genetika
(wild type) umumnya tidak dapat hidup
jika ada antibiotik seperti amphicillin
dan kloramfenikol (Girard et al., 2003)
walaupun dengan antiobiotik seperti
Amoxicillin pun sudah cukup (derivat
dari amphicillin yang lebih rendah daya
bunuhnya).
KLASIFIKASI DAN MORFOLOGI
Bakteri E. coli ditemukan pada
tahun 1885 oleh Theodor Escherich
dan diberi nama sesuai dengan nama
penemunya. E. coli merupakan bakteri
berbentuk batang dengan panjang
sekitar 2 micrometer dan diamater 0.5
micrometer. Volume sel E. coli berkisar
0.6-0.7 m3. Bakteri ini dapat hidup pada
rentang suhu 20-40 0C dengan suhu
optimumnya pada 370 C dan tergolong
bakteri gram negatif.
Domain : Bacteria
Kingdom : Eubacteria
Phylum : Proteobacteria
Class : Gammaproteobacteria
Order : Enterobacteriales
Family : Enterobacteriaceae
Genus : Escherichia
Species : Escherichia coli
 Pada umumnya, bakteri ini
dapat ditemukan dalam usus besar
manusia. Kebanyakan E. Coli tidak
berbahaya, tetapi beberapa seperti E.
Coli tipe O157:H7 dapat mengakibatkan
keracunan makanan yang serius pada
manusia yaitu diare berdarah karena
eksotoksin yang dihasilkan bernama
verotoksin. Toksin ini bekerja dengan
cara menghilangkan satu basa adenin
dari unit 28S rRNA (Zhu et al., 1994)
sehingga menghentikan sintesis protein.
Sumber bakteri ini contohnya adalah
daging yang belum masak, seperti daging
hamburger yang belum matang.
MANFAAT E. Coli
Dari sekian ratus strain E. coli
yang teridentifikasi, hanya sebagian
kecil bersifat patogen, misalnya strain
O157:H7 (Gambar 2). Hampir semua
rekayasa genetika di dunia bioteknologi
selalu melibatkan E coli karena struktur
genetikanya yang sederhana dan mudah
untuk direkayasa. Riset E. coli menjadi
model untuk aplikasi ke bakteri jenis
lainnya. Bakteri ini juga merupakan
media kloning yang paling sering dipakai.
Teknik rekombinasi DNA tidak akan ada
tanpa bantuan bakteri ini (Olivier et al.,
2010).
Bakteri E. coli yang berada di
dalam usus besar manusia berfungsi
untuk menekan pertumbuhan bakteri
jahat, dan berperan sebagai mikrobiota
usus yang membantu proses pencernaan
termasuk pembusukan sisa-sisa makanan
dalam usus besar. Selain itu, bakteri ini
juga membantu produksi vitamin K.
65
Vitamin K berfungsi untuk pembekuan
darah saat terjadi perdarahan seperti pada
luka/mimisan. (Pourbakhsh et al., 1997).
Bakteri E. coli banyak digunakan
dalam teknologi rekayasa genetika.
Penggunaannya adalah sebagai vektor
untuk menyisipkan gen-gen tertentu yang
diinginkan untuk dikembangkan. E. coli
dipilih karena pertumbuhannya sangat
cepat dan mudah dalam penanganannya
(Fournout et al., 2000). Oleh sebab itu,
negara-negara di Eropa sekarang sangat
mewaspadai penyebaran bakteri E. coli
ini, dan bahkan melarang mengimpor
sayuran dari luar karena dikhawatirkan
dapat disalahgunakan dan menyebabkan
kematian.
Kebutuhan nutrisi E. coli tidak
jauh berbeda dengan nutrisi manusia,
yaitu gula, protein, dan lemak. E. coli
memiliki kemampuan lebih karena dapat
mencerna asam organik (asetat) dan garam
anorganik (amonium sulfat) sebagai
sumber nutrisi karbon dan nitrogen.
Bakteri ini tidak mampu mengkonsumsi
karbohidrat rantai panjang dan juga tidak
dapat melakukan fotosintesis. Bakteri E.
coli juga merupakan makhluk heterotrof
yang tergantung pada molekul-molekul
organik sederhana seperti gula, protein,
dan asam organik. Dengan demikian,
apabila E. coli bertahan hidup di tanah,
maka diperlukan adanya molekul-
molekul tersebut yang kemungkinan
dihasilkan oleh mikroorganisme lain
dalam tanah.
 BAHAYA E. Coli
Bakteri E. coli dalam jumlah
yang berlebihan dapat mengakibatkan
diare, dan bila bakteri ini menjalar ke
sistem/organ tubuh yang lain, maka akan
dapat menyebabkan infeksi. Jika bakteri
E. coli sampai masuk ke saluran kencing
maka dapat mengakibatkan infeksi pada
saluran kemih/kencing (ISK). Zhu et
al., 1994). Jenis berbahaya, E. coli tipe
Gambar 2. Contoh Strain bakteri E. coli type O157: H7 (Zhu et al., 1994).
METODE ANALISA BAKTERI E. coli.
Ada dua metode yang digunakan
untuk melakukan analisa bakteri E. coli.
Metode pertama adalah menggunakan
membran filter, dan metode kedua
menggunakan MPN. Kedua metode
tersebut dapat digunakan untuk indikasi
adanya pencemaran (EPA, 1980)
namun Kementerian Lingkungan Hidup
Indonesia memilih menggunakan metode
66
O157:H7 ini dapat bertahan hidup pada
suhu yang sangat rendah dan asam.
Salah satu contoh kasus adalah bakteri
E. coli yang pernah mewabah di Jerman
tahun 2013-2014, belum diketahui
jenisnya, namun diduga adalah tipe
O157:H7. Selain di usus besar bakteri
ini banyak terdapat di alam (Kaper et
al., 2004), sehingga memasak makanan
hingga matang dan menjaga kebersihan
merupakan upaya pencegahan dampak
buruk dari E. coli.
MPN. Berikut ini akan dijelaskan lebih
lanjut mengenai dua metode tersebut.
a. Metode membran filter
Langkah-langkah analisa dengan
metode membran filter adalah sebagai
berikut: analisa bakteri E. coli dimulai
dengan pengambilan contoh air atau
cairan. Contoh (sampel) diambil dengan
menggunakan botol sampel steril yang
volumenya 300 ml. Satu mL dan lima mL
sampel air disaring dengan menggunakan
membran filter selulosa nitrat (porositas
0,45 μm dan diameter 47 mm). Membran
filter kemudian diletakkan dalam cawan
petri compact dry yang telah berisi
media. Media dibasahi dengan akuades
steril terlebih dulu, kemudian membran
filter diletakkan di permukaan media
tersebut dan diinkubasikan dalam
inkubator dengan suhu 35oC selama 24
jam (Gambar 3). Koloni yang tumbuh
berwarna ungu/merah merupakan bakteri
coliform (Gambar 3A) dan berwarna biru
merupakan bakteri E. coli (Gambar 3B).
Koloni bakteri dihitung dan dikonversikan
ke dalam konsentrasi bakteri per 100 mL
(EPA, 2002):
E.coli/100 ml = Jumlah koloni E.coli x 100
Volume sampel (mL)

A . Koloni bakteri koliform B. Koloni bakteri E. coli

Gambar 3. Cawan petri berisi media selektif untuk pembiakan bakteri koliform dan E.
coli. Tampak beberapa koloni berwarna ungu/merah (A) dan biru (B) yang
akan dihitung dengan menggunakan cell counter.

67
 b. Metode MPN.
Analisa bakteri E. coli yang lain
adalah metode MPN (multiple probable
number) atau multiple tube fermentation
technique for members of the coliform
group (US EPA, 1978). Tiga macam
pengenceran dipilih untuk analisa bakteri
E. coli, yaitu 10, 1 dan 0.1 ml dengan tiga
kali ulangan. Sampel air pada masing-
masing pengenceran dimasukkan ke
dalam tabung berisi media LTB (Lauryl
Triptose Broth), kemudian diinkubasikan
pada suhu 37 ± 2°C di inkubator selama
24 jam (atau diperpanjang hingga
48 jam, jika bakteri belum tumbuh).
Bakteri yang tumbuh pada media LTB,
yang ditandai dengan perubahan warna
media, selanjutnya diinokulasikan
pada media BGLB dengan mengambil
sampel media sebanyak 5 ose. Media
BGLB (Brilliant Green Lactose bile
Gambar 4. Alur isolasi sampel dan analisa bakteri E. coli dengan metode MPN.
68
Broth) yang telah diberi sampel positif
dari media LTB diinkubasikan pada
inkubator pada suhu 37 ± 2°C selama 24
jam (atau diperpanjang hingga 48 jam,
jika bakteri belum tumbuh). Hasil positif
ditandai dengan perubahan warna media
BGLB dan adanya gelembung gas yang
terperangkap dalam tabung Durham.
Kombinasi jumlah tabung positif ini
kemudian digunakan untuk menghitung
kepadatan bakteri E. coli menurut
persamaan yang diusulkan oleh Thomas
(1942):
MPN/100 mL= (1/V)*(230.3*Log10(T/N))
V= Volume satuan sampel yang
memberikan hasil positif di semua
ulangan (mL)
N= Total volume sampel pada semua
hasil negatif (mL)
T= Total volume sampel pada
pengenceran yang digunakan
 KEPADATAN BAKTERI E. coli
Kepadatan bakteri indikator
pencemaran E. coli di negara berkembang
terutama negara tropik pada umumnya
jauh lebih tinggi daripada di perairan
subtropik. Konsentrasi bakteri bisa
berkisar antara 2x102 MPN/100 ml
sampai 19x103 MPN/100 ml. Kuatnya
pencemaran juga dipengaruhi oleh faktor
musim dan intensitas limbah kegiatan
di darat. Menurut Kuswandi (2001),
bakteri ‘fecal’ E. coli masuk ke perairan
melalui aliran sungai serta limpasan
air hujan sehingga kelimpahan bakteri
akan semakin tinggi pada saat hujan.
Keadaan yang demikian disebabkan oleh
konsentrasi materi organik (N dan P),
perubahan salinitas dan suhu maupun
intensitas cahaya yang meningkat.
Ruyitno (1980) menyatakan
bahwa derajat kematian kelompok
bakteri koliform seperti E.coli yang
berada di lingkungan laut maupun
estuari makin bertambah dengan naiknya
salinitas, suhu maupun intensitas cahaya
matahari. Ciri-ciri bakteri yang dijumpai
di estuari antara lain bersifat aerob/
anaerob fakultatif, termasuk ke dalam
bakteri gram negatif, tidak membentuk
spora, dan dapat memfermentasi laktosa
untuk menghasilkan asam dan gas pada
suhu 35 °C-37 °C.
Stasiun yang terletak jauh dari
daratan (yang berada di tengah laut atau
dekat dengan pulau terluar), umumnya
memiliki konsentrasi bakteri coliform
yang sangat kecil atau bahkan nihil,
sedangkan beberapa stasiun yang dekat
dengan daratan, umumnya ditemukan
bakteri coliform meskipun dalam jumlah
yang kecil. Adanya bakteri coliform
ini bisa menjadi indikasi masuknya
kontaminan fekal di lingkungan
(Kunarso, 1989). Kecilnya kepadatan
bakteri coliform di air laut wilayah pesisir,
bisa disebabkan karena sedikitnya limbah
fekal yang masuk ke perairan melalui
sungai-sungai yang ada atau bakteri
colifom yang masuk ke air laut tidak
bisa bertahan lama karena salinitas yang
cukup tinggi (> 30‰). Pada salinitas ini,
bakteri coliform hanya mampu bertahan
beberapa jam saja (Sutiknowati &
Ruyitno, 2008).
Pada penelitian pemanfaatan
perairan kolong bekas penambangan
timah untuk budidaya kepiting dan
rajungan menunjukkan rendahnya
kepadatan bakteri E.coli sehingga
perairan kolong dapat dikatakan tidak
tercemar dan dapat dimanfaatkan untuk
budidaya (Sutiknowati, 2015). Sedangkan
hasil penelitian pada perairan Pulau Pari
menunjukkan kepadatan bakteri E. coli
yang tinggi sehingga perairannya tidak
dapat dimanfaatkan untuk budidaya
(Sutiknowati, 2012).
PENUTUP
Habitat utama bakteri E.coli
adalah di dalam usus besar mahluk
berdarah panas. Bakteri ini merupakan
organisme dominan yang bersifat
aerobik dan bersimbiosis dengan
inangnya. Karakterisasi bakteri E. coli
diperlukan untuk memahami perilaku
menjadi bakteri yang pathogen dan
dapat dijadikan sebagai bioindikator

69
pencemar lingkungan. Banyak faktor
yang menyebabkan bakteri E. coli dapat
beradaptasi terhadap lingkungan yang
berbeda dan menjadi pathogen. Menurut
peraturan Menteri Negara Lingkungan
Hidup tahun 2004, untuk keperluan
budidaya dan wisata harus memiliki
konsentrasi bakteri coliform dibawah
100 MPN/100 ml termasuk didalamnya
bakteri E. coli.
DAFTAR PUSTAKA
Anonymous : http://en.wikipedia.org/
wiki/Escherichia_coli. Diakses
tanggal 10 Oktober 2016.
Dufour, A.P. 1984. Health Effects
Criteria for Fresh Recreational
Waters. Cincinnati, Ohio, U.S.
Environmental Protection
Agency, EPA-600/1-84-004,
33p.
EPA (Environmental Protection Agency).
2002. Total Coliforms and
Escherichia coli in Water by
Membrane Filtration Using
a Simultaneous Detection
Tehnique. Cincinnati, Ohio,
U.S. 14p.
EPA (Environmental Protection Agency).
1980. Standard Methods for
the Examination of Water and
Wastewater, 15ed. Cincinnati,
Ohio, U.S. 18p.
EPA (Environmental Protection Agency).
1978. Microbiological
Methods for Monitoring the
70
Environment. Total Coliform,
Multiple Tube Fermentation
Tehnique 9131. Cincinnati,
Ohio, U.S. 15p.
Escherich, T. 1885. Die Darmbakterien
des Neugeborenen und
Sauglings. Fortschr. Med. 3:
515-522; 547-554.
Fournout S., C. M. Dozois, M. Odin , C.
Desautels, S. Peres, F. Herault,
F. Daigle , C. Segafredo, J.
Laffitte, E. Oswald, J. M.
Fairbrother and I. P. Oswald.
2000. Lack of a Role of
Cytotoxic Necrotizing Factor
1 Toxin from Escherichia coli
in Bacterial Pathogenicity
and Host Cytokine Response
in Infected Germfree Piglets.
Infection and Immunity 68:
839-847.
Girard F, I. Batisson, J. Harel and
J.M. Fairbrother. 2003.
Use of Egg Yolk-Derived
Immunoglobulins as an
Alternative to Antibiotic
Treatment for Control of
Attaching and Effacing
Escherichia coli Infection.
103rd General Meeting
of American Society for
Microbiology, Washington
D.C. Virginie, USA.
(Abstract).
Kaper, J.B., J.P. Nataro and H.L. Mobley.
2004. Pathogenic E. coli.
Nature Reviews Microbiology
2 (2): 123-140.
Kunarso, D.H. 1989. Teknik Membran
Filter untuk Mendeteksi
Bakteri Pencemar. Oseana.
4:133-143.
Kuswandi, I. 2001. Kelimpahan Bakteri
Fecal di Perairan Pulau Bulan
Kotamadya Batam. Skripsi.
Fakultas Perikanan dan Ilmu
Kelautan. Universitas Riau,
Pekanbaru.
Olivier T, D. Skurnik, B. Picard and E.
Denamur, 2010. The Population
Genetics of Commensal E. coli.
Nature Reviews Microbiology
8: 207-217.
Thomas, H.A. Jr. 1942. Bacterial
Densities from Fermentation
tube tests. J. Amer. Water
Works Assn. 34: 572-576.
Oswald I.P., C. Desautels, J. Laffitte,
S. Fournout, S.Y. Péres, M.
Odin, P. Le Bars, J. Le Bars
and J.M. Fairbrother JM.
2003. Mycotoxin Fumonisin
B1 Increases Intestinal
Colonization by Pathogenic
E. coli in pigs. Applied
Environmental Microbiology
69: 5870-5874.
Pourbakhsh, S.A., M. Boulianne, B.
Martineau-Doizé, C. M.
Dozois, C. Desautels and J. M.
Fairbrother.1997. Dynamics
of Escherichia coli infection
in experimentally inoculated
chickens. Avian Diseases,
41:221-233
71
Ruyitno, N. 2008. Kualitas Teluk Jakarta:
Kajian Bakteriologis. Laporan
Pusat Penelitian Oseanografi.
10 hlm.
Sutiknowati, L.I. dan N. Ruyitno.
2008. Studi Bakteriologis
dan Peruntukannya Terhadap
Budidaya pada Perairan Teluk
Klabat, Kepulauan Propinsi
Bangka Belitung. Oseanologi
dan Limnologi di Indonesia,
34: 101-115.
Sutiknowati, L.I. 2012. Kualitas Air yang
Mendukung Potensi Budidaya
di Perairan Pesisir P. Pari:
Aspek Mikrobiologi. Jurnal
Segara 8, No.2: 65-75.
Sutiknowati, L.I. 2015. Kualitas Perairan
Kolong untuk Budidaya
Rajungan Portunus pelagicus
di Pulau Bangka. Oseanologi
Dan Limnologi Di Indonesia,
vol.41, No. 2: 217-231.
Yalun, 2008. http://yalun.wordpress.
com/2008/10/07/mengenal-
bakteri-escherichia-coli/.
Diakses tanggal 10 Oktober
2016.
Zhu, C., J. Harel, M. Jacques, C.
Desautels, M. S. Donnenberg,
M. Beaudry, and J. M.
Fairbrother. 1994. Virulence
properties and attaching-
effacing activity of E. coli O45
associated from swine post
weaning diarrhea. Infection
and Immunity 62: 4153-4159.