JOURNAL READING

"Comparison of GeneXpert MTB to Mycobacterium tuberculosis

culture in children with tuberculosis"

Pembimbing :

dr. Argo Pribadi, Sp.A, M.Kes

Disusun oleh :

Really Mal Karamah

1102015192

Kepaniteraan Klinik Ilmu Kesehatan Anak

RS Umum dr. Dradjat Prawiranegara Serang

Periode November 2019 - Januari 2020

 KATA PENGANTAR

Assalamu’alaikum Wr.Wb.

Alhamdulillah, Puji dan syukur senantiasa saya panjatkan kehadirat Allah SWT yang telah
melimpahkan rahmat dan karunia-Nya, serta shalawat dan salam kepada Nabi Muhammad
SAW, dan para sahabat serta pengikutnya hingga akhir zaman. Karena atas rahmat dan ridha-
Nya, penulis dapat menyelesaikan Journal Reading yang berjudul ” Comparison of
GeneXpert MTB to Mycobacterium tuberculosis culture in children with tuberculosis”
Penulisan journal reading ini dimaksudkan untuk memenuhi tugas dalam menempuh
kepanitraan klinik di bagian departemen ilmu kesehatan anak di RSUD dr. Drajat
Prawiranegara.

Penulis menyadari bahwa terselesaikannya penulisan Journal Reading ini tidak

terlepas dari bantuan dan dorongan banyak pihak. Maka dari itu, perkenankanlah penulis
menyampaikan rasa terima kasih yang sebesar-besarnya kepada semua pihak yang membantu,
terutama kepada dr. Argo Pribadi, Sp.A, M.Kes yang telah memberikan arahan serta
bimbingan ditengah kesibukan dan padatnya aktivitas beliau.

Penulis menyadari penulisan Journal Reading ini masih jauh dari sempurna mengingat
keterbatasan ilmu yang penulis miliki. Oleh karena itu penulis mengharapkan saran dan kritik
yang bersifat membangun demi perbaikan penulisan presentasi Journal ini. Akhir kata penulis
berharap penulisan presentasi jurnal ini dapat bermanfaat bagi semua pihak yang
membacanya.

Wassalamu’alaikum Wr.Wb.

Serang, Oktober 2019

Penulis
 “Perbandingan GeneXpert MTB dengan kultur Mycobacterium tuberkulosis pada
anak dengan tuberculosis”

ABSTRAK
Latar Belakang
Sulit untuk mendiagnosis TB pada anak. Metode yang biasa digunakan membutuhkan
waktu lama untuk mencapai hasil, atau miliki sensitivitas rendah. GeneXpert adalah
tes amplifikasi asam nukleat digunakan untuk mengidentifikasi bakteri Mycobacterium
tuberculosis (MTB) di Indonesia hanya dengan 2 jam.

Tujuan
Untuk membandingkan sensitivitas dan spesifisitas GeneXpert MTB dan kultur MTB
pada anak-anak dengan TB, dan untuk menilai faktor terkait dengan tes GeneXpert
MTB dalam memprediksi anak mana yang kemungkinan memiliki hasil positif.

Metode Penelitian
Metode deskriptif analitis ini dilakukan pada anak-anak dengan dugaan TB, berusia 1
bulan hingga 18 tahun di Rumah Sakit Hasan Sadikin Bandung, Jawa Barat, dari
Januari 2016 hingga Desember 2017. Data diambil dari rekam medis dan dimasukkan
usia, jenis kelamin, status gizi, gejala TB, rontgen thorax, dan hasil tes tuberkulin. Tes
GeneXpert MTB dibandingkan untuk kultur dari pasien yang sama, berkenaan dengan
sensitivitas, spesifisitas, dan kesepakatan menggunakan indeks Kappa. Penelitian ini
menganalisis faktor yang terkait dengan uji GeneXpert MTB menggunakan analisis
regresi logistik.

Hasil
Dari 454 pasien rawat inap dan 1.750 pasien rawat jalan dengan dugaan TB, terdapat
251 anak yang dites dengan kultur MTB dan 722 anak-anak diuji oleh GeneXpert
MTB. Dari 70 kasus yang memenuhi kriteria inklusi dan menjalani tes, faktor terkait
dengan hasil MTB GeneXpert positif adalah usia 10 hingga 18 tahun, jenis kelamin
perempuan, dan tes kulit tuberkulin positif (TST). Uji GeneXpert MTB menunjukkan
sensitivitas 78,9% (95% CI 56,7 hingga 91,5) dan spesifisitas 86,3% (95% CI 74,3
hingga 93,2), dengan akurasi 84,3% (95% CI 74 hingga 91), dan nilai perjanjian κ =
0,62 (95% CI 41,6 hingga 82,7).

Kesimpulan
Spesifisitas GeneXpert MTB lebih tinggi dari sensitivitasnya dibandingkan dengan
budaya TB pada anak-anak. Tes dalam persetujuan yang baik. Usia 10 hingga 18 tahun
memiliki yang terkuat hubungan dengan hasil GeneXpert MTB yang positif.
PENDAHULUAN

Tuberculosis tetap menjadi masalah besar di seluruh dunia. Pada 2013, 9 juta
orang mendertita TB dan 1,5 juta orang meninggal karena penyakit. Setiap tahun, TB
masuk anak-anak menyumbang setidaknya 6% dari beban global penyakit. Jumlah ini
(530.000-999.792 kasus) meremehkan beban TB anak, yang lebih tinggi karena
kesulitan dalam mendiagnosis TBC pada anak, menekankan perlunya ditingkatkan
diagnostik.
TBC pada anak bermanifestasi dengan penyebaran yang berat dan presentasi
klinis. Di usia ini penyebaran kelompok, hematogen dan limfatik infeksi primer
menyebabkan gejala ekstrapulmoner seperti penyakit milier dan meningitik. Anak
muda dengan penyakit berat dan dengan komplikasi sudah banyak tingkat kematian
yang lebih tinggi daripada orang dewasa. TBC merupakan 1 di antara 10 penyebab
utama kematian pada anak-anak, dengan perkiraan global 130.000 kematian per tahun.
Pada anak-anak, metode kultur memiliki sensitivitas yang lebih besar dan
sangat bervariasi daripada metode diagnostik tipikal lainnya. Untuk alasan ini,
konfirmasi mikrobiologis TBC anak jarang dilakukan, dan diagnosis klinis bergantung
pada kombinasi tanda-tanda, gejala, temuan radiologis, dan identifikasi kontak
tuberkulosis. Alat baru seperti tes amplifikasi asam nukleat
memiliki sensitivitas yang sedikit lebih tinggi 40-60%. Tes diagnostik lainnya,
termasuk Tes kulit tuberkulin dan uji pelepasan gamma interferon, terbatas dalam
membedakan antara infeksi laten
dan penyakit aktif. Ada kebutuhan mendesak untuk tes cepat, sensitif, dan spesifik
untuk TBC pada anak-anak dan untuk identifikasi penyakit yang resistan terhadap obat
di Indonesia. Inovasi terbaru dari Uji Xpert MTB / RIF test oleh Cephedi (Sunnyvale,
CA, USA) telah sangat mengubah bidang diagnosis TB. Tes Xpert MTB / RIF secara
bersamaan mendeteksi Mycobacterium tuberculosis (MTB) dan resistensi terhadap
rifampisin menggunakan reaksi berantai polimerase waktu-nyata
(PCR) analisis, dan menghasilkan hasil dalam 2 jam. Keunggulan utama lain dari
Xpert MTB / RIF
dibandingkan dengan metode PCR tradisional adalah bahwa sepenuhnya otomatis.
Dalam pernyataan kebijakan 2011 tentang Xpert MTB / Tes RIF, Organisasi
Kesehatan Dunia (WHO) merekomendasikan tes ini sebagai alat diagnostik awal di
antara anak-anak dengan dugaan TB terkait HIV atau multi-drug resistant (MDR) TB,
berdasarkan keberhasilan data pada orang dewasa. Sudah ada publikasi terbatas data
tentang utilitas tes Xpert MTB / RIF di populasi anak dengan TBC. Nicol et
Al. menemukan sensitivitas keseluruhan 100% untuk smear-positif / kultur-positif,
61,1% untuk BTA negatif / kultur-positif, dan spesifisitas 98,8% ketika dua sampel
dahak yang diinduksi dinilai pada anak usia kurang dari 15 tahun dengan dugaan TB
paru di Cape Town, Afrika Selatan. Pedoman statistik tentang hasil pelaporan dari
studi yang mengevaluasi tes diagnostik digunakan untuk menghitung sensitivitas dan
spesifisitas pengujian dan nilai kesepakatan dengan skor Kappa. 9 Sekadde et al. di
Uganda menggambarkan karakteristik klinis
terkait dengan tes MTB Xpert positif. Karakteristik klinis yang independen terkait
dengan tes Xpert MTB positif termasuk usia> 5 tahun, riwayat kontak TB yang positif,
dan tes tuberkulin positif.
Tujuan dari penelitian ini adalah untuk menilai sensitivitas, spesifisitas, dan
persetujuan dari GeneXpert MTB tes untuk kultur MTB sebagai standar emas untuk
diagnosis tuberkulosis anak di Rumah sakit Hasan Sadikin dan menjelaskan faktor-
faktor yang berhubungan dengan hasil GeneXpert MTB yang positif.

Metode
Penelitian ini menggunakan desain deskriptif, analitik dengan cross-sectional
yang dilakukan dengan data yang dikumpulkan dari catatan medis anak-anak dengan
TB dari Januari 2016 hingga
Desember 2017 di Rumah Sakit Hasan Sadikin, Bandung, Jawa Barat, Indonesia.
Kriteria inklusi penelitian adalah pasien rawat inap dan rawat jalan di Rumah sakit
Hasan Sadikin
berusia 1 bulan hingga 18 tahun, didiagnosis diduga menderita TB berdasarkan
definisi kasus WHO untuk tersangka TB , yang menjalani kultur MTB dan pengujian
GeneXpert, dan memiliki catatan medis lengkap. Kriteria eksklusi antara lain pasien
dengan rekam medis tidak lengkap. Formulir penelitian diisi berdasarkan pada data
sekunder dari catatan medis.
Semua analisis statistik dilakukan dengan menggunakan Perangkat lunak SPSS
(versi 15.0 ). Tes chi-square dilakukan untuk menganalisis hubungan dengan
GeneXpert positif hasil tes. Hasil dengan nilai P kurang dari 0,25 adalah dianalisis
dengan regresi logistic multivariat; dan P value kurang dari 0,05 dianggap secara
statistic penting. Sensitivitas dan spesifisitas dihitung untuk tes diagnostik. Analisis
Kappa digunakan untuk menentukan kesepakatan antara GeneXpert MTB dan kultur
MTB sebagai standar emas. Berikut konversi dari empat tingkat perjanjian untuk
Kappa adalah: <0,40 (buruk), 0,40-0,59 (adil), 0,60-0,80 (baik), dan> 0,80 (sangat
baik). Penelitian ini disetujui oleh Komite Etika Penelitian Rumah Sakit Umum Hasan
Sadikin, Bandung.

Hasil

Selama masa studi dua tahun, ada 454 rawat inap dan 1.750 pasien rawat jalan
dengan diagnosis TB. Data laboratorium menunjukkan 251 kultur MTB dan 722 hasil
GeneXpert MTB positif. Hanya 70 anak yang menjalani kedua GeneXpert MTB dan
tes kultur MTB. Karakteristik umum subyek ditunjukkan pada Tabel 1 . Kelompok umur
dengan kebanyakan kasus TB adalah 10 hingga 18 tahun, dan kebanyakan dari mereka
adalah perempuan (61,4%). Dari 70 mata pelajaran, sebagian besar memiliki status
gizi bergizi baik (64,3%).

Faktor-faktor yang dikaitkan dengan Hasil GeneXpert MTB positif tercantum

pada Tabel 2 . Faktor-faktor dengan nilai P kurang dari 0,25 dimasukkan ke dalam
model regresi logistik ditunjukkan pada Tabel 3 . Dari tiga faktor yang terkait dengan
uji GeneXpert, usia 10 hingga 18 tahun tahun memiliki hubungan terkuat. Ada 22 hasil
GeneXpert positif dan 19 hasil kultur positif ( Tabel 4 ). Gene Xpert MTB test
mengidentifikasi MTB dalam 15 dari 22 kultur yang dikonfirmasi kasus, dengan
spesifisitas lebih tinggi 86,3% (95% CI 74,3 hingga 93,2) dibandingkan sensitivitas
78,9% (95% CI 56,7 hingga 91,5%). Nilai perjanjian diukur dengan indeks Kappa κ =
0,62 (95% CI 41,6 hingga 82,7), dengan persetujuan yang baik.
Diskusi

Konfirmasi mikrobiologis TB anak dengan kultur jarang dilakukan dan

diagnosis klinis tergantung pada kombinasi tanda, gejala, hasil radiologis, dan
identifikasi kontak TB. kultur adalah standar emas untuk mikrobiologis konfirmasi,
tetapi butuh 2 hingga 8 minggu untuk menghasilkan hasil. Dalam penelitian ini
dilakukan perbandingan antara uji kultur sebagai standar emas untuk mendeteksi MTB
dengan pemeriksaan GeneXpert MTB dari spesimen pernapasan.

Terdapat 251 anak yang menjalani kultur MTB dan 722 anak-anak yang
menjalani pengujian GeneXpert MTB menurut Laboratorium Patologi Klinik dan data
rawat jalan pasien TB MDR. Namun, hanya 70 anak yang menjalani kedua
tes. Proporsi tes GeneXpert positif (31,4%) lebih tinggi daripada di Afrika Selatan
sebelumnya. Hasil tes GeneXpert negatif tidak harus mengecualikan diagnosis TB,
mengingat fakta tes tersebut tidak dapat mengidentifikasi 27% anak-anak dengan TBC
yang dikonfirmasi dengan kultur. Keputusan klinis dalam konteks pasien, oleh karena
itu, penting dalam memulai terapi anti-TB bahkan untuk anak-anak dengan hasil tes
GeneXpert MTB negatif.
 Kinerja pengujian GeneXpert MTB telah sebelumnya telah dievaluasi sebagian
besar pada sampel dahak dikumpulkan dari pasien TB dewasa, menunjukkan tinggi
sensitivitas pada apusan dan spesimen kultur-positif (98-100%), tetapi sensitivitas
yang jauh lebih rendah pada apusan spesimen dahak negatif (43-70%). Beberapa
penelitian telah dilakukan pada anak-anak. Nicol et Al. menunjukkan peningkatan
sensitivitas 27,8% untuk GeneXpert MTB, dengan spesifisitas 98,8%. Bunyasi et
al. menunjukkan sensitivitas rendah (26,7% untuk sampel dahak yang diinduksi dan
22,6% untuk sampel lambung lavage) dan spesifisitas tinggi (100% untuk sampel
dahak yang diinduksi dan 99,6% untuk sampel lavage lambung). Penelitian ini
menunjukkan bahwa Uji MTB GeneXpert memiliki sensitivitas 78,9% (95% CI 56,7
hingga 91,5) dan spesifisitas 86,3% (95% CI 74,3 hingga 93,2). Nilai Kappa adalah κ
= 0,62, menunjukkan tingkat persetujuan yang baik.

Studi lain juga melaporkan kesepakatan yang baik antara GeneXpert MTB dan
kultur. Tang et Al. menunjukkan nilai Kappa 0,73, dalam studi mereka baik pada
orang dewasa maupun anak-anak. Hasan et al. menunjukkan persetujuan yang sangat
baik (nilai Kappa> 0,8), tetapi dengan spesimen feses, dan Li et al. menunjukkan nilai
Kappa 0,6 untuk TB luar paru.

Penelitian ini menilai faktor apa yang dikaitkan pada pengujian GeneXpert
MTB dalam memprediksi anak-anak yang mana cenderung memiliki hasil positif. Usia
(10 hingga 18 tahun) jenis kelamin perempuan, dan tes kulit tuberkulin positif (TST)
dikaitkan dengan hasil GeneXpert MTB yang positif. Infeksi primer selama masa
remaja dikaitkan dengan risiko tinggi terkena penyakit tipe dewasa. Penyakit tipe
dewasa dihasilkan dari infeksi primer, reaktivasi endogen, atau reinfeksi
eksogen. Penyakit tipe dewasa ini paling umum terjadi setelah adanya infeksi primer
yang baru pada anak di atas 10 tahun. Sekadde et al. melaporkan bahwa usia > 5 tahun,
TST positif, dan positif riwayat kontak TB dikaitkan secara independen dengan hasil
tes Xpert MTB / RIF positif.
 Remaja, terutama perempuan di masa menarche, memiliki risiko tertinggi
menderita TBC setelah infeksi primer selama masa remaja. Marais et al. menunjukkan
bahwa remaja remaja berisiko lebih tinggi mengembangkan TBC setelah infeksi
primer baru-baru ini daripada anak laki-laki. Juga, tidak seperti anak kecil yang
mendapatkan penyakit primer paucibacillary, anak-anak yang lebih tua,terutama yang
berusia di atas 10 tahun, lebih banyak cenderung mendapatkan reaktivasi / penyakit
kavitasi, dengan demikian meningkatkan kemungkinan uji GeneXpert MTB
positif. Selain itu, respons TST positif adalah penanda pajanan TB dan meningkatkan
kemungkinan TB dalam seorang anak dengan dugaan TB paru.

Penelitian ini memiliki beberapa keterbatasan. Data diambil dari catatan medis,
tetapi beberapa catatan medis tidak lengkap, sehingga dieksklusikan. Juga, Penelitian
ini dilakukan hanya pada 3 tingkat rujukan rumah sakit, jadi pada penelitian ini tidak
bisa menggeneralisasi ke level layanan kesehatan yang lebih rendah.

Kesimpulan
Spesifisitas (86,3%) dari GeneXpert MTB lebih tinggi dari sensitivitas
(78,9%), dibandingkan dengan hasil kultur TB pada anak-anak. GeneXpert MTB dan
budaya memiliki akurasi dan persetujuan yang baik. Faktor yang paling kuat
berkorelasi dengan GeneXpert MTB - positif hasil adalah usia 10 hingga 18 tahun