PENGGUNAAN

TES CEPAT MOLEKULER

DALAM DIAGNOSIS TUBERKULOSIS
DR . d r. F R A N CI SCA S R I OETA MI TA N OE RAHAR DJO, S p P K ., M S i
Pu s at Bi o m e d ia & Te k no logi Da s ar Ke s e hatan, K E M E NK ES R I
Outline
Tuberkulosis di Indonesia

Program Nasional Penanggulangan Tuberkulosis

Diagnosis Tuberkulosis

Tes Cepat Molekuler TB

Estimated TB Incidence rate, 2015

WHO: Global TB report 2016

Tuberkulosis di Indonesia
Indonesia termasuk dalam 20 negara dengan beban TB terbanyak di dunia

WHO: Global TB report 2016

 Strategi
Penyebab
Masalah  Mandatory notification
 SPM
Under  Strategi DOTS
• Akreditasi RS dan
SPTB 2013- notification
PKM
2014: Estimasi
• Sertifikasi DPM
kasus baru 1
jt/tahun.
 Pelibatan layanan
Notifikasi kasus swasta
2013 327,103.  dll
Dua pertiga
pasien belum
ditemukan Under
diagnosis INTENSIFIKASI
PENEMUAN KASUS
 Strategi Nasional
NTP and its partners will achieve the following over the next five years to meet interim End TB targets:
1) Increase the case notification rate by 15% annually to achieve a minimum case detection rate of 70% by
2019, as compared to 33% in 2013 (baseline);
2) Achieve universal access to quality diagnosis and patient centred treatment services for DR-TB by 2018;
3) Scale up TB/HIV services to provide access to quality care for all co-infected patients by 2019; and
4) Maintain an annual treatment success rate above 90% for TB and above 75% for DR-TB by 2019.
Three priority strategies are required to achieve these milestones:
(1) Find more cases (all forms, including TB/HIV, MDR-TB, and TB in children), and find them earlier to interrupt
transmission and reduce mortality;
(2) Treat all cases effectively to reduce mortality, morbidity, and drug-resistance;
(3) Assure adequate financial and social support to those who face hardships to support equitable access to
services, successful diagnosis and treatment, and economic stability.
 BPN
Strategi penemuan

a.Penemuan pasien TB dilakukan secara intensif pada kelompok populasi terdampak TB dan populasi rentan.

b.Upaya penemuan secara intensif harus didukung dengan kegiatan promosi yang aktif, semua terduga TB dapat ditemukan secara
dini.

c.Penjaringan terduga pasien TB dilakukan di fasilitas kesehatan; didukung dengan promosi secara aktif oleh petugas kesehatan
bersama masyarakat.

d.Pelibatan semua fasilitas kesehatan dimaksudkan untuk mempercepat penemuan dan mengurangi keterlambatan pengobatan.

e.Penemuan secara aktif dapat dilakukan terhadap:

1) kelompok khusus yang rentan atau beresiko tinggi sakit TB seperti pada pasien dengan HIV, Diabetes mellitus dan malnutrisi.
2) kelompok yang rentan karena berada di lingkungan yang berisiko tinggi terjadinya penularan TB, seperti: Lapas/Rutan, tempat penampungan
pengungsi, daerah kumuh, tempat kerja, asrama dan panti jompo.

3) Anak dibawah umur lima tahun yang kontak dengan pasien TB.

4) Kontak erat dengan pasien TB dan pasien TB resistan obat.

f. Penerapan manajemen tatalaksana terpadu bagi pasien dengan gejala dan tanda yang sama dengan gejala TB, seperti
pendekatan praktis kesehatan paru (Practical Approach to Lung health = PAL), manajemen terpadu balita sakit (MTBS),
manajemen terpadu dewasa sakit (MTDS) akan membantu meningkatkan penemuan pasien TB di faskes, mengurangi terjadinya
misopportunity dan sekaligus dapat meningkatkan mutu layanan.

g.Tahap awal penemuan dilakukan dengan menjaring mereka yang memiliki gejala TB.
Dasar Diagnosis TB
Deteksi M.tuberculosis
◦ Bakteri mati atau hidup

Deteksi komponen M.tuberculosis

◦ Bagian dari dinding sel, protein yang disekresi, dll
◦ DNA

Respon tubuh
◦ Antibodi
◦ Respon imun seluler
Teknik diagnostik TB yang
sudah direkomendasikan oleh WHO

• Pemeriksaan mikroskopis
• Mikroskop cahaya konvensional
• Mikroskop LED FM (light-emitting diode fluorescence)

• Pemeriksaan biakan dan identifikasi spesies

• Uji kepekaan M. tuberculosis
• Uji kepekaan lini pertama
• Uji kepekaan lini kedua

• Molekuler
• Tes Cepat Molekuler (TCM)/Xpert MTB/RIF
• Line Probe Assay (LPA)
• Sekuensing
Tes Cepat Molekuler (TCM)

Xpert MTB/RIF

• Diagnosis TB dan Resisten rifampisin

• Real Time PCR
• Closed system
• Hasil cepat (2 jam)
 Perjalanan Implementasi TCM
di Indonesia

2012 9 201317 2014 41 2015 62 2016 83

• 5 Provinsi • 9 Provinsi • 31 Provinsi • 34 Provinsi • 34 Provinsi
• 5 RS MTPTRO • 11 RS MTPTRO • 35 RS MTPTRO • 56 RS • 76 RS
• 4 Lab • 6 Lab • 6 Lab • 6 Lab • 6 Lab
• Bantuan donor • Bantuan donor • Bantuan donor • Bantuan donor • APBN dan
• TB RO • TB RO & TB HIV • TB RO, TB HIV, TB • TB RO, TB HIV, TB Bantuan donor
• SPTB EP, TB Anak EP, TB anak • Algoritma
diagnosis TB 2016
• TB RO, TB HIV,
terduga TB

“TCM dapat digunakan untuk mendiagnosis terduga TB baru & dapat diletakkan
di faskes tingkat manapun (Puskesmas, RS pemerintah, RS swasta, Lab, dll.)”
SE 2013
Pemeriksaan TCM/Xpert MTB/RIF
sudah dijadikan pemeriksaan rutin
untuk diagnosis TB MDR sehingga
semua kriteria suspek TB resisten
obat dengan hasil pemeriksaan
resisten Rifampisin dapat di obati
dengan pengobatan TB MDR tanpa
harus menunggu biakan dan DST
 Surat Edaran Algoritma
Penemuan Kasus Terduga TB RO
SE 2014
PENGGUNAAN ALAT TCM TB :
1. TERDUGA TB RO
2. TERDUGA TB PADA ODHA
3. TERDUGA TB ANAK
4. TERDUGA TB BTA NEG
5. TERDUGA TB EKSTRA PARU
6. TERDUGA TB DENGAN KO-
MORBID
7. TERDUGA TB DI LAPAS/RUTAN
8. TERDUGA TB KASUS BARU
 Surat Edaran Direktur P2PML
No. TU 05.01/D3/III.1/2968.1/2016
Tanggal 7 November 2016

SE 2016
Tentang “Informasi Alur Diagnosis TB
dan TB Resisten Obat”

“ TCM juga digunakan untuk

penegakan TB kasus baru secara
umum”

“…….mempercepat penemuan kasus

TB diikuti dengan penguatan jejaring
transportasi spesimen dan percepatan
upaya pengobatan TB secara standar.”
 Xpert MTB/RIF ASSAY
Kelebihan:
• Mendeteksi M. tuberculosis dan resistensi
terhadap rifampicin resistance dalam waktu
lebih kurang 2 jam
• Sensitifitas Xpert MTB/RIF untuk mendeteksi TB
mirip dengan biakan dengan metode cair.
• Untuk smear negatif-biakan positif, sensitifitas
Xpert MTB/RIF mencapai 68%.
• Bermanfaat untuk penemuan kasus TB pada
ODHA.
• Tingkat biosafety Xpert MTB/RIF sama dengan
pemeriksaan mikroskopis dan kebutuhan akan
pelatihan juga mininal.
 Xpert MTB/RIF ASSAY
Kekurangan:
• Memerlukan suplai listrik yang tidak
terputus.
• Memerlukan suhu ruangan antara
15-30 °C ketika beroperasi.
• Cartridge dan reagen harus
disimpan pada suhu 2-28 °C.
• Masa berlaku/expired date
cartridge harus dimonitor.
• Tidak bisa digunakan untuk follow
up/menilai pengobatan.
 Xpert MTB/RIF ASSAY
Keterbatasan
• Harga alat cukup mahal begitu juga
dengan operasionalnya.
• Modul memerlukan kalibrasi tahunan.
• Xpert MTB/RIF tidak menghilangkan
kebutuhan terhadap pemeriksaan
biakan dan uji kepekaan
konvensional.
• Hasil tes Rif resisten pada
pasien/populasi resiko rendah TB MDR
harus diulang.
Contoh hasil negatif
Contoh hasil positif TB sensitif RIF
Contoh hasil positif TB Rif resisten
 Xpert MTB/ RIF ASSAY
Hal yang perlu diperhatikan sebelum implementasi Xpert

• Data epidemiologi
• Perubahan kebijakan diagnostik
• Jejaring Laboratorium
• Beban kerja Laboratorium
• Infrastruktur
• Biosafety
• Personil
• Kapasitas pengobatan
• Kalibrasi dan perawatan
• Pelaporan hasil
• Pemantapan mutu
 Hal yang perlu diperhatikan sebelum
implementasi Xpert (1)
Data epidemiologi:
• Tersedia data prevalensi TB MDR dan TB HIV untuk membuat
prioritasisasi penempatan alat dan optimalisasi penggunaan
Xpert untuk kelompok pasien yang ditargetkan

Perubahan kebijakan diagnostik:

• Rencana harus dibuat untuk merevisi algoritme diagnostik
sebagai bagian strategi NTP untuk penggunaan Xpert MTB/RIF

Jejaring Laboratorium
• Kapasitas dan jejaring rujukan yg memadai
- Fasilitas uji kepekaan untuk lini pertama dan kedua.
- Lab mikroskopis untuk memonitor respon pengobatan
- Lab biakan untuk memonitor respon pengobatan TB MDR
 Hal yang perlu diperhatikan sebelum
implementasi Xpert (2)
Beban kerja Laboratorium
• Potensi jumlah spesimen yang memadai untuk diperiksa dengan
Xpert di fasyankes dimana alat akan ditempatkan untuk
memastikan penggunaan alat dengan optimal.
• Idealnya untuk Xpert dengan 4 modul memeriksa 12-16 spesimen
per hari atau 3000-4000 per tahun.

Infrastruktur
• Suplai listrik yang stabil harus tersedia atau ada back up apabila
mati listrik.
• Harus aman dari tindakan pencurian
• Tempat penyimpanan cartridge yang memadai untuk cartridge
(2-28oC)
• Suhu ruangan tidak boleh lebih tinggi dari 30oC dan lebih rendah
dari 15oC
 Hal yang perlu diperhatikan sebelum
implementasi Xpert (3)
Biosafety:
• Tingkat biosafety Xpert sama dengan pemeriksaan mikroskopis TB

Personil:
• Setiap site Xpert akan membutuhkan 1-2 orang teknisi lab yang
memiliki pengetahuan/ketrampilan komputer dan register lab

Kapasitas pengobatan:
• Kapasitas pengobatan yang memadai untuk pasien yang nanti
terdiagnosis TB atau TB MDR yang sesuai rekomendasi WHO harus
tersedia.

Kalibrasi dan perawatan :

• Memerlukan kalibrasi tahunan, penggatian modul bila rusak dll
 Hal yang perlu diperhatikan sebelum
implementasi Xpert (4)
Pelaporan hasil:
• Pelaporan hasil menggunakan TB-05 dan hasil Xpert dapat
dilampirkan jika diperlukan oleh klinisi
• Sudah tersedia sistim pelaporan elektronik (e-TB Manager) dan
ke depannya akan dikembangkan pelaporan otomatis dari
alat Xpert yang berbasis SMS

Pemantapan Mutu:
• Saat ini belum ada konsensus tentang perlu atau tidaknya
melakukan PME menggunakan tes panel secara periodik.
 LINE PROBE ASSAY (LPA)

Kelebihan
• Uji cepat (kurang dari 48 jam)
untuk resistensi terhadap
rifampicin dan INH
• High throughput technology,
Memungkinkan untuk menguji 48
spesimen pada saat yang
bersamaan dan dapat
dikerjakan beberapa batch
setiap harinya.
 LINE PROBE ASSAY (LPA)
Kekurangan
• LPAs tidak menghilangkan kebutuhan terhadap biakan dan uji
kepekaan konvensional.
• LPA yang tersedia saat ini direkomendasikan hanya untuk spesimen
smear positif dan isolat M. tuberculosis
• LPA yang tersedia saat ini tidak bisa menggantikan uji kepekaan
fenotipik untuk OAT lini kedua.

Keterbatasan
• LPA lebih cocok diterapkan di laboratorium level pusat/LRN
• Sensitifitas LPA untuk mendeteksi resistensi terhadap INH masih rendah
(lebih kurang 85%)
Perbandingan antara LPA & Xpert MTB/RIF
LPA GeneXpert
Memerlukan 3 ruangan khusus Ya Tidak

Peralatan khusus Ya Ya

Kontrol stok kompleks sederhana

Memerlukan BSC Ya Tidak

TAT ≈ 1-2 hari ≈2 jam

Kompleksitas uji sangat sederhana

Memerlukan prosesing sputum Ya Tidak
Sensitifitas pada Sm-/Cult+ ≈20% ≈75%
Direkomendasikan u/ Sm- Tidak Iya
Resistensi INH Ya Tidak

2nd line DST (belum diendorse Yes Tidak

WHO)
Interpretasi hasil menantang Komputerisasi
LPA- Vs Xpert- & Biakan/DST cair
Diagnosis TB-MDR-TB menggunakan Xpert and DST metode cair

Waktu u/ diganosis TB
Xpert POS
MDR 2 jam
2 jam
Mikroskopis
24 jam
Xpert neg Biakan cair Subkultur FL/SL line DST
2 jam 2-4 minggu 1 minggu 1-2 minggu

Waktu u/ diganosis TB
MDR 3-7 minggu

Waktu u/ diganosis TB
MDR 2 -5 hari
LPA POS
1-5 hari
Mikroskopis Biakan cair Subkultur FL/SL DST
24 jam 2-4 minggu 2 minggu 1-2 minggu
LPA neg
1-5 hari Waktu u/ diganosis TB
MDR 3-7 minggu
Next Generation Sequencing
Sampel DNA Sekuensing Analisi data
 Next Generation Sequencing
Kelebihan
- Whole genome sequencing
- Cepat dan efisien
- Teknologi yang menjanjikan
untuk investigasi epidemiologi,
diagnosis dan uji kepekaan.
Kekurangan
- Harga alat sangat mahal
- Biaya operasional dan
perawatan mahal
- Kompleks dalam hal
teknologi dan analisis data
- Bermanfaat digunakan
pada daerah dengan
insiden ynag tinggi dimana
10.000 kasus diagnosis
setiap tahunnya.
33
Interpretasi terhadap uji Rifampisin
New research showing that rifampicin DST is much more
complicated than believed previously
Van Deun et al J. Clin. Microbiol. 2009;47:3501
Van Deun et al J. Clin. Microbiol. 2013;51:2633

◦
Interpretasi terhadap uji Rifampisin
•Uji kepekaan fenotipik salah mengidentifikasi isolat
dengan low-level rifampicin resistance sebagai sensitif
• Terdapat 10-20% isolat yang seperti itu dari semua strain yang
resisten terhadap rifampisin.
• Uji kepekaan dengan media cair lebih banyak yang salah
dalam mengidentifikasi.

•Uji molekuler seperti Xpert dan LPA dapat mendeteksi

hampir semua isolat dengan low-level rifampicin
resistance
•Sekuensing keseluruhan gene rpoB adalah yang
terbaik.
◦
Interpretasi terhadap uji Rifampisin
•Van Deun et al juga mereview data dari also reviewed
data paper Boehme et al yang melakukan penilaian
terhadap kinerja Xpert

•Boehme et al spesifisitas 98.1%

•9/9 hasil yg discordant mempunyai mutasi pada
daerah ‘hot spot’ rpoB
Sensitif secara fenotipik dan dilaporkan sebagai
sensitif
◦ 6/9 mutasi yang berasosiasi dengan low-level resistance
◦ 2/9 delesi/mutasi yang tidak biasa
◦ 1/9 ‘silent’ mutation (true false-resistance
‘hot spot’ rpoB
Teknik Diagnostik yang tidak
direkomendasikan WHO
Uji serodiagnostik komersil/uji serologis

•Direkomendasikan dengan kuat bahwa serodiagnostik komersil

tidak digunakan untuk diagnosis TB Paru dan TB Ekstraparu
•Uji serologis yang tersedia saat ini hasilnya tidak akurat dan tidak
konsisten
•Tingginya proporsi positif palsu dan negatif palsu yang akan
berdampak serius kepada pasien
Teknik Diagnostik yang tidak
direkomendasikan WHO
IGRA (Interferon-gamma release assay) untuk diagnostik TB aktif
•Tidak ada bukti yang konsisten bahwa IGRA lebih sensitif
dibanding TST/uji tuberkulin.
•Hasil evaluasi IGRA terhadap uji mikrobiologi konvensional
menunjukkan kontribusi yang tidak signifikan untuk diagnosis TB
aktif.
•IGRA tidak boleh digunakan untuk diagnosis TB aktif
Surat edaran BUK
Inovasi terbaru
GeneXpert Omni

Standard System Configuration

1 x GeneXpert Omni single module
1 x Mobile Device
1 x AC/DC Power cord (country specific)
1 x Supplemental Rechargeable Battery Power Supply
1 x User Guide
Availability
Emerging Markets: First Half 2016
Point of Care: Late 2016
OMNIgene SPUTUM
OMNIgene SPUTUM
•Reagennya bersifat non-toksik dan sangat stabil untuk
mengencerkan dahak sekaligus untuk proses dekontaminasi.
• Dapat digunakan ditempat pengumpulan dahak maupun di lab.
•Dapat menggantikan fungsi NaOH-NALC untuk dekontaminasi
sehingga akan menghemat waktu dan sumber daya karena tidak
perlu lagi menyiapkan reagen setiap hari di lab.
•Reagennya juga menjaga viabilitas kuman TB selama 8 hari pada
kisaran suhu 4-35oC
OMNIgene SPUTUM
•Sistim OMNIgene-SPUTUM ini juga bisa menggantikan sistim
pengiriman spesimen dengan cold chain sehingga akan
mengurangi biaya transportasi spesimen.
•Dapat digunakan untuk semua jenis pemeriksaan/diagnosis TB
mulai dari mikroskopis, C/DST termasuk MGIT sampai GeneXpert