HASIL

Hasil isolasi dan pemurnian DNA plasmid dari bakteri E.coli dapat dilihat pada
Tabel 1 dibawah ini.
Tabel 1 Kuantifikasi DNA plasmid E. coli
Kemurnian Konsentrasi
No Sampel A230 A260 A280
A260/A280 (ng/µL)
1 Meja 1 32.658 2.251 37.340 0.040 112.57
2 Meja 2 0.447 0.764 0.472 1.918 38.22
3 Meja 3 0.044 0.034 0.043 1.979 1.749
4 Meja 4 26.912 1.933 20.744 0.054 96.655
5 Meja 5 6.805 3.999 0.653 10.713 199.964
6 Meja 6 23.356 43.517 25.585 1.706 2175.854
7 Meja 7 0.561 1.034 0.613 1.808 51.739
8 Meja 8 2.863 5.644 2.800 2.021 282.241
Isolasi DNA plasmid merupakan metode pemisahan plasmid dari DNA
kromosom, RNA, protein-protein, dan materi-materi kontaminan lainnya (Fauziah
2012). Metode isolasi plasmid yang digunakan pada percobaan ini yaitu dengan
menggunakan metode lisis alkali. Proses isolasi dan pemurnian DNA plasmid
berlangsung dalam tiga tahapan yaitu tahap pemecahan sel, tahap penghilangan protein
(deproteinasi), dan tahap pemekatan DNA (Bisen dan Sharma 2013). DNA plasmid
yang didapatkan berasal dari kultur bakteri E. coli.
Hasil pengamatan yang didapatkan pada Tabel 1 tentang kuantifikasi DNA
plasmid E.coli menunjukkan bahwa sampel meja 6 pada panjang gelombang 230 nm
didapatkan absorbansi DNA plasmidnya sebesar 23.356. Panjang gelombang 260 nm
didapatkan absorbansi DNA plasmidnya sebesar 43.517 dan pada panjang gelombang
280 nm didapatkan absorbansinya sebesar 25.585. Kemurnian DNA plasmid
(A260/A280) didapatkan sebesar 1.706 dan konsentrasi DNA plasmid yang didapatkan
dari kultur bakteri E.coli yaitu sebesar 2175.854 ng/µL.

PEMBAHASAN

Banyak metode yang telah dikembangkan untuk meingisolasi DNA plasmid

sejak ditemukannya plasmid. Beberapa metode isolasi plasmid yaitu lisis alkali, lisis
dengan pemanasan, menggunakan bahan kimia sesium klorida, metode dengan
menggunakan microwave (Hardianto et al. 2015). Metode isolasi DNA plasmid yang
digunakan pada percobaan ini yaitu metode lisis alkali. Prinsip dari isolasi DNA
plasmid dengan menggunakan metode lisis alkali atau lisis basa yaitu perusakan sel
pada pH tinggi dengan NaOH dan SDS, kemudian diikuti dengan pelepasan dan
denaturasi DNA genomik, material dinding sel, dan kebanyakan protein seluler
(Rachmawati et al. 2013). Metode lisis dengan pemanasan ada beberapa kelemahan
yaitu beberapa E.coli seperti HB101t selnya tidak dapat dilisis dengan pemanasan.
Metode isolasi plasmid dengan menggunakan sesium klorida sangat jarang digunakan
karena sangat mahal, korosif, toksik, dan memerlukan waktu yang sangat lama
(Hardianto et al. 2015). Ada lima tahap dalam melakukan isolasi DNA yaitu isolasi sel,
pelisisan dinding dan membran sel, pengekstraksian dalam larutan, purifikasi, dan
presipitasi (Rachmawati et al. 2013).
Pemurnian DNA plasmid dapat dilakukan dengan menggunakan berbagai
macam metode, seperti pemurnian DNA plasmid berbasis silika yang banyak
digunakan saat ini dan juga ada metode ekstraksi fenol:kloroform-isoamil alkohol.
Prinsip pemurnian DNA plasmid berbasis silika adalah pengikatan molekul air oleh
denaturan dan terdapat interaksi hidrogen antara permukaan silika dengan DNA
sehingga menyebabkan DNA tertarik pada permukaan silika. Adanya interaksi
hidrogen tersebut menyebabkan protein dan pengotor lain tidak terikat sehingga dapat
dihilangkan melalui proses pencucian dengan larutan yang sesuai. Metode ini sangat
mudah dan cepat dilakukan, selain itu juga dapat menghasilkan kemurnian DNA yang
lebih tinggi. Prinsip metode pemurnian DNA plasmid menggunakan ekstraksi
fenol;kloroform-isoamil alkohol didasarkan pada perbedaan kelarutan DNA dan
protein dalam pelarut organik. DNA plasmid akan terlarut pada lapisan yang lebih
polar, sedangkan protein berada diantara lapisan atas dan bawah. Lapisan bawah
merupakan fase organik (Aini et al. 2011).
Hasil pengamatan pada Tabel 1 tentang kuantifikasi DNA plasmid E.coli
menunjukkan bahwa kemurnian DNA plasmid (A260/A280) didapatkan sebesar 1.706.
Menurut Fitriya et al (2015), DNA dikatakan memiliki tingkat kemurnian yang tinggi
jika rasio absorbansi DNA yang diukur pada (A260/280) menunjukkan nilai 1.8-2.0.
Hasil yang didapatkan tidak sesuai dengan literatur. Menurut Fauziah (2012), rasio
diatas 2.0 menunjukkan terjadinya kontaminasi sampel dengan RNA, sedangkan rasio
dibawah 1.8 menunjukkan kontaminasi sampel dengan protein. Hal ini menunjukkan
bahwa DNA plasmid E.coli yang didapatkan mengalami kontaminasi dengan protein,
sehingga kemurnian yang didapatkan berada dibawah 1.8 yaitu sebesar 1.706. Panjang
gelombang 260 nm menunjukkan absorbansi maksimal dari nukleotida, sedangkan
pada panjang gelombang 280 nm menunjukkan absorbansi maksimal dari kontaminan
protein (Widiarthi et al. 2014).

SIMPULAN

Sifat dan struktur DNA plasmid dapat dilihat dari proses isolasi dan pemurnian
DNA plasmid dari bakteri E. coli. Kemurnian DNA plasmid (A260/A280) didapatkan
sebesar 1.706. Konsentrasi DNA plasmid yang didapatkan dari kultur bakteri E.coli
yaitu sebesar 2175.854 ng/µL.
 DAFTAR PUSTAKA

Aini AN, Ria P, Aminin ALN. 2011. Pemurnian DNA plasmid Puc19 menggunakan
kolom silika dengan denaturan urea. Jurnal Sains dan Matematika. 19(2): 47-
53.
Bisen PS, Sharma A. 2013. Introduction to Instrumental in Life Sciences. Bocaraton
(US): CRC Press.
Fauziah A. 2012. Subkloning dan ekspresi gen L-asparaginase dari Bacillus circulans
ke Escherichia coli DH5α dibawah kontrol promoter xyn AQ1 [skripsi].
Depok (ID): Universitas Indonesia.
Fitriya RT, Ibrahim M, Lisdiana L. 2015. Keefektifan metode isolasi DNA kit dan
CTAB/NaCl yang dimodifikasi pada Staphylococcus aureus dan Shigella
dysentriae. LenteraBio. 4(1): 87-92.
Hardianto D, Indarto A, Sasongko ND. 2015. Optimasi metode lisis alkali untuk
meningkatkan konsentrasi plasmid. Jurnal Bioteknologi dan Biosains
Indonesia. 2(2): 60-65.
Rachmawati R, Susilowati PE, Raharjo S. 2013. Analisis gen merkuri reduktase (merA)
pada isolat bakteri dari tambang emas Kabupaten Bombana Sulawesi
Tenggara. Jurnal Progres Kimia Sains. 3(2): 108-123.
Widiarthi NPF, Ratnayani K, Wirajana IN. 2014. Pengaruh penambahan susu skim
terhadap hasil DNA metagenomik diisolasi dari tanah hutan mangrove. Jurnal
Kimia. 8(1): 17-22.