LAPORAN PRAKTIKUM BIOKIMIA

ISOLASI DNA
BAB I
PENDAHULUAN
A. LATAR BELAKANG
Pada saat ini banyak dilakukan isolasi DNA untuk mengembangkan ilmu
pengetahuan terutama dalam ilmu genetika. Ketika mendengar kata DNA, seolah
dihadapkan dengan sesuatu yang abstrak dan sangat kecil. Untuk mengisolasinya saja
sepertinya dilakukan dengan alat-alat yang canggih, namun kenyataannya isolasi dapat
dilakukan dengan cara yang sederhana dan bahan yang sederhana pula dapat didapatkan
dilingkungan sekitar. Isolasi DNA dapat dilakukan dengan berbagai cara dan bahan
seperti, organ manusia, darah, daun, daging buah, akar batang, daging dan sisik ikan.
Namun isolasi yang paling banyak digunakan pada sekarang ini adalah isolasi yang
berasal dari tumbuhan. Isolasi DNA dilakukan terutama utuk lebih mengenal DNA
secara lebih jelas, karena isolasinya dapat memisahkan DNA dari kumpulannya yaitu
kromosom.
Deoxyribonucleic acid atau DNA adalah senyawa yang paling penting dalam
makhluk hidup. DNA merupakan senyawa yang mengandung informasi genetik
makhluk hidup dari satu generasi ke generasi selanjutnya. DNA terdapat pada nukleus,
mitokondria, dan kloroplas. Perbedaan ketiganya adalah DNA nukleus berbentuk linier
dan berasosiasi sangat erat dengan protein histon, sedangkan mitokondria dan kloroplas
berbentuk sirkular dan tidak berasosiasi dengan protein histon. DNA mitokondria dan
kloroplas memiliki ciri khas, yaitu mewariskan sifat-sifat yang berasal dari ibu.
Sedangkan DNA nukleus mewariskan sifat dari kedua orangtua.

B. TUJUAN
- Mengetahui prosedur isolasi DNA pada buah
 BAB II
DASAR TEORI

Asam nukleat adalah suatu polimer yang terdiri atas banyak molekul nukleotida.
Molekul nukleotida terdiri atas nukleosida yang mengikat asam fosfat. Molekul
nukleosida terdiri dari pentosen (deoksiribosa atau ribosa) yang mengikat suatu basa
(purin atau pirimidin) (Poedjiadi dan Supriyanti 2012).
Ada dua jenis asam nukleat yaitu DNA dan RNA. Asam deoksiribosa (DNA)
adalah polimer yang terdiri atas molekul-molekul deoksiribonukleotida yang terikat
satu dengan lainnya, sehingga membentuk rantai polinukleotida yang panjang. Basa
purin pada DNA adalah adenin dan guanin, sedangkan basa pirimidinnya adalah sitosin
dan timin (Poedjiadi dan Supriyanti, 2012). Asam deoksiribosa (DNA) terdiri dari
heliks ganda yang mengandung informasi genetik yang menentukan perkembangan
biologis dan seluruh bentuk kehidupan sel.
Asam ribonukleat (RNA) adalah suatu polimer yang terdiri atas molekul-
molekul ribonukleotida. Bagian pentosa RNA adalah ribosa. RNA ini juga memiliki
bahasa purin adenine dan guanine, sedangkan basa pirimidinnya adalah sitosin dan
urasil (Poedjiadi dan Supriyanti, 2012).
DNA adalah molekul utama yang mengkode semua informasi genetik dalam
proses metabolisme tubuh. DNA tersusun oleh 3 komponen utama yaitu, gula
deoksiribosa, basa nitrogen, dan fosfat yang tergabung membentuk nukleotida. Ada tiga
langkah utama dalam ekstraksi DNA yaitu dengan perusakan dinding sel (lisis),
pemisahan DNA dari bahan padat seperti selulosa dan protein, dan pemurnian DNA.
DNA pada makhluk hidup dapat diisolasi secara sederhana. Pengisolasian tersebut
dapat dilakukan dengan memecahkan dinding sel, membran plasma dan membran inti
baik secara mekanik maupun secara kimiawi. Isolasi DNA merupakan suatu teknik
yang digunakan untuk memperoleh DNA murni, yaitu tanpa protein dan RNA dari
suatu sel dalam jaringan. Pemecahan dinding sel secara mekanik dapat dilakukan
dengan pemblenderan atau penggerusan dengan menggunakan mortar, sedangkan
secara kimiawi dapat dilakukan dengan pemberian detergen. Penambahan sabun cair
dan garam dapur adalah untuk meliliskan membran inti untuk mengeluarkan isi inti sel
yang berisi DNA.
Isolasi DNA adalah proses pemisahan molekul DNA dari molekul-molekul lain
di initi sel. Prosedur ini bertujuan visualisasi DNA, peninjauan pola fragmentasi DNA,
pembuatan pustaka genomik, rekayasa gen, dan amplifikasi DNA. Kualitas DNA
ditentukan oleh kemurnian DNA, panjang DNA, kemampuan dipotong oleh sembarang
enzim, tidak mengalami modifikasi selama proses isolasi berlangsung. Reagen-reagen
yang digunakan dalam teknik isolasi adalah Nitrogen cair, Polyvinyl pyrrolidone
(PVP), Bufer CTAB, Mercaptoethanol, CHISAM, isopropanol dingin, bufer Tris-
EDTA (TE), RNAse, dan Ethanol 70%.
Isolasi DNA dapat dilakukan melalui tahapan-tahapan antara lain, preparasi
ekstra sel, pemurnian DNA dari ekstraksi sel dan prestisipasi DNA. Meskipun dapat
dilakukan dengan berbagai cara, tetapi pada setiap jenis atau bagian tanaman dapat
memberikan hasil yang berbeda, hal ini dikarenakan adanya senyawa polifenol dan
polisakarisa dalam konsentrasi tinggi yang dapat menghambat pemurnian DNA. Jika
isolasi DNA dilakukan dengan menggunakan buah, maka kadar air pada masing-
masing buah berbeda, dapat memberikan hasil yangberbeda-beda pula. Semakin tinggi
kadar air, maka sel yang terlarut dalam ekstrak akan semakin sedikit, sehingga DNA
yang terpretisipasi juga akan sedikit.
Prinsip-prinsip dalam mengisolasi DNA :
1. Melisis sel secara fisik dengan cara penggerusan
2. Pemecahan dinding sel
3. Pemecahan membran sel
4. Pemecahan DNA dari bahan yang lain
Ada beberapa bahan pelarut yang digunakan dalam proses isolasi ini yaitu:
1) Etanol/alkohol dingin dengan konsentrasi 90-96%. Etanol ini tidak
melarutkan DNA dan berat jenis alkohol yang lebih ringan dari air
membuat DNA naik dan melayang-layang di permukaan.
2) CTAB atau Cetyl Trimethylammonium Bromide merupakan sejenis
detergen yang dapat menggradasi dinding sel, denaturasi protein,
memisahkan karbohidrat, merusak membran sel dan melarutkan DNA.
Apabila dinding sel tergradasi maka semua isi sel dapat keluar termasuk
DNA dan dilepaskan kedalam buffer ekstraksi.
3) Klorofrom dan isoamiloalkohol (CIAA) berfungsi untuk mengekstrak
dan mengendapkan komponen polisakarida di dalam buffer ekstraksi
yang mengkontaminasi larutan DNA. Pemberian isopropanol dan etanol
dilakukan agar terjadi dehidrasi DNA sehingga terjadi prestipitasi.
Setelah pemberian etanol, pellet yang diperoleh dikeringkan. Tujuannya
untuk mengeringkan pellet sisa-sisa buffer maupun etanol.
4) Penambahan buffer TE. Buffer TE tris electrophoresis berfungsi untuk
melarutkan DNA yang dihasilkan dan menjaga DNA agar tidak mudah
rusak. Buffer TE mengandung EDTA atau Ethylene Diamine Tetra Acid
yang berfungsi sebagai senyawa pengkelat yang mengikat ion
magnesium, yaitu kofaktor yang diperlukan untuk aktifitas berbagai
enzim nuklease.
Ekstraksi DNA dengan CTAB akan menghasilkan pita DNA yang berukuran
tebal dan memisahkan DNA dari polisakarida karena adanya perbedaan karekteristik
kelarutan. Metode CTAB juga menghasilkan RNA dengan pita tipis terletak jauh
dibawah pita DNA.
 BAB III
METODE PEKERJAAN
A. ALAT DAN BAHAN
1. ALAT
 Pisau
 Mortar
 Spatula
 Gelas arloji
 Timbangan analitik
 Gelas ukur
 Tanung reaksi
2. BAHAN
 Pisang
 Mangga
 Detergen
 Garam dapur
 Kertas saring
 Etanol 96%
B. CARA KERJA
 Buah pisang dan mangga masing-masing di potong menjadi ukuran yang lebih
kecil.
 Buah yang telah di potong-potong kemudian ditimbang sampai beratnya 100
gr.
 Diambil 100 gr buah kemudian dihaluskan dengan mortar.
 Larutkan buah tersebut ke dalam 100 ml aquades, diaduk sampai homogen.
 Empat ml jus buah masing-masing dimasukkan kedalam tabung reaksi yang
berbeda.
 Detergen dilarutkan dengan 60 ml aquades.
 Empat ml larutan deergen emudian dimasukkan kedalam tabung reaksi yang
telah berisi jus buah.
 Tambahkan 1 spatula garam dapur ke dalam masing-masing tabung reaksi,
kemudian aduk hingga larut.
 Campurkan kemudian disaring sebanyak 2 kali dengan kertas saring.
 Lalu tambahkan 5 ml etanol 96% ke dalam masing-masing campuran.
 Larutkan kemudian homogenkan dengan menggunakan mesin vortex.
  Amati dan catat hasil yang tampak dari keseluruhan proses, meliputi warna,
serta sedikit banyaknya DNA yang terbentuk.

BAB IV
HASIL DAN PEMBAHASAN
A. HASIL
Dalam isolasi DNA bahan yang digunakan biasanya berupa jaringan tumbuhan
atau jaringan hewan, langkah pertama adalah memecahkan jaringan menjadi sel-sel
yang mandiri. Proses dilakukan secara mekanik atau fisik dengan menumbuk atau
menggerus bahan yang akan digunakan dengan mortar atau blender. Langkah kedua
adalah memecahkan dinding sel dan membran sel lapisan pembungkus DNA. Struktur
utama pembentuk membran dan dinding sel adalah lemak, untuk itu digunakan detergen
dan garam dapur. Kedua bahan inilah yang digunakan untuk melubangi dan merusak
sel sehingga isi inti sel (DNA) bisa keluar. Tahap selanjutnya adalah pemisahan DNA
dari bahan yang lain. Pemecahan dilakukan dengan menggunakan etanol yang
berkonsentrasi 96%. Etanol tidak melarutkan DNA dan berat jenis alkohol yang lebih
ringan dari air membuat DNA naik dan melayang-layang di permukaan.
Isolasi DNA pada pengujian kali ini dilakukan dengan menggunakan bahan
yang berasal dari tumbuhan yaitu buah pisang dan buah mangga. Isolasi dengan prinsip
metode pemecahan secara mekanik dilakukan dengan penggerusan menggunakan
mortar. Penambahan sabun cair dan garam dapur adalah untuk melisiskan membran
initi untuk mengeluarkan isi inti sel yang berisi DNA. Setelah menunggu beberapa saat
terjadi presitipasi pada lapisan atas bukan lapisan bawah, yang menunjukkan bahwa
DNA tidak larut dalam etanol tetapi larut dalam air. Ketika molekul DNA terlarut,
mereka tersebar dalam larutan sehingga tidak terlihat. Ketika molekul tersebut
berpindah kedalam larutan yang bukan pelarut mereka akan berkumpul/menggumpal
sehingga dapat dilihat. Presipitat DNA terlihat seperti serabut-serabut putih yang
terkumpul diatas permukaan larutan karena massa jenis etanol lebih kecil daripada masa
jenis air.

NO SAMPEL HASIL
1. Pisang setelah diberikan larutan
detergen sebanyak 4 ml dan
garam 1 spatula, kemudian
diaduk sampai homogen, maka
warna yang akan terbentuk
adalah coklat keruh.

sampel yang telah disaring

kemudian ditambahkan etanol
96% sebanyak 5 ml sebelum di
homogenkan. Hasil yang
terbentuk adalah fasa bawah
berupa filtrasi buah sedangkan
etanol berada berada dibagian
atas.

setelah di vortex, sampel

menghasilkan endapan DNA
berwarna putih seperti awan
yang menggumpal. Fasa diatas
bening dan fasa dibawah kabut.

2. Mangga
setelah diberikan larutan
detergen sebanyak 4 ml dan
garam 1 spatula, kemidian di
homogenkan, maka warna
yang akan terbentuk adalah
kuning terang.

Sampel yang telah disaring, kemudian

ditambahkan etanol 96% sebanyak 5
ml, sebelum dihomogenkan. Hasil
yang terbentuk adalah fasa bawah
berupa filtrasi buah, sedangkan etanol
berada di bagian atas.
 Setelah divortex, sampel
menghasilkan endapan DNA
berwarna putih seperti awan
yang menggumpal. Fasa
diatas bening dan fasa
dibawah kabut.

B. PEMBAHASAN

1. Fungsi penggunaan detergen dalam proses isolasi DNA

Fungsi penggunaan detergen dalam proses isolasi DNA dapat menyebabkan
rusaknya membran sel, melalui ikatan yang dibentuk melalui sisi hidrofobik
detergen dengan protein dan lemak pada membran membentuk senyawa “lipid
protein-detergen kompleks”. Senyawa tersebut dapat terbentuk karena protein
dan lipid memiliki ujung hidrofilik dan hidrofobik, demikian pula dengan
detergen, sehingga dapat membentuk suatu ikatan kimia.
Detergen disini juga berfungsi untuk melisiskan barier (penghalang) sel
karena senyawa kimianya mampu merusak dinding dan membran sel antara lain
lisozim yang dapat mendegesti senyawa polimerik yang menyebabkan
kekakuan sel dan etil endiamintetra asetat (EDTA) berfungsi untuk
menghilangkan ion Mg2+ yang penting untuk mempertahankan keseluruhan
struktur selubung sel, serta menghambat enzim-enzim seluler yang dapat
merusak DNA.

2. Fungsi penggunaan garam dapur dalam proses isolasi DNA

Fungsi penambahan garam dapur bertujuan untuk memudahkan pemisahan
benang-benang DNA dari larutan dan untuk mengendapkan kotoran-kotorannya
sehingga benang-benang DNA tersebut akan mudah diamati.
Garam digunakan untuk melarutkan DNA karena ion Na+ yang dikandung
oleh garam dapat memblokir (membentuk ikatan) dengan kutub negatif fosfat
DNA, yaitu kutub yang bisa menyebabkan molekul-molekul saling tolak-
menolak satu sama lain sehingga pada saat ion Na+ membentuk ikatan dengan
kutub negatif fosfat DNA, DNA akan terkumpul.

3. Fungsi etanol dalam proses isolasi DNA

Fungsi penambahan etanol adalah untuk memprespitasikan asam nukleat
poliasetat dengan baik untuk meningkatkan konsentrasi DNA.
Etanol digunakan untuk pengikatan strand DNA yang telah terkumpul
karena pemekatan oleh garam, karena kerapatan etanol lebih kecil dibandingkan
kerapatan air maka etanol akan berada dibagian atas larutan pada tabung reaksi.
Strand-strand DNA yang terikat oleh etanol akan nampak sebagai benang-
benang putih yang terapung diatas filtrat.
 4. Faktor-faktor yang mempengaruhi keberhasilan isolasi DNA
Faktor-faktor yang mempengaruhi isolasi DNA adalah:
1) Suhu
2) Sumber bahan
3) Konsentrasi bahan
4) Stabilitas
5) Kadar kemurnian produk akhir

BAB V
KESIMPULAN
1. Isolasi DNA pada dasarnya dapat dilakukan dengan merusak dinding dan membran
sel dan juga membran inti. Perusakan ini dapat dilakukan degan pemblenderan atau
penggerusan. Namun dalam praktikum kali ini dilakukan dengan cara penggerusan.
2. DNA dapat diisolasikan dari sumber DNA berupa buah dengan penambahan larutan
detergen, etanol serta garam untuk membantu prestisipasi DNA.
3. Fungsi detergen dalam isolasi digunakan untuk merusak membran sel, karena
detergen dapat menghilangkan molekul lipid pada membran sel, sehingga dapat
merusak membran.
4. Fungsi penambahan garam dapur bertujuan untuk memudahkan pemisahan benang-
benang DNA dari larutan dan untuk mengendapkan kotoran-kotorannya sehingga
benang-benang DNA tersebut akan mudah diamati.
5. Fungsi penambahan etanol adalah untuk memprespitasikan asam nukleat poliasetat
dengan baik untuk meningkatkan konsentrasi DNA.
6.
7. Hasil isolasi DNA sangat dipengaruhi oleh jenis buah. Terbukti dari hasil
pengamatan pada masing-masing buah didapatkan hasil yang berbeda.

BABVI
DAFTAR PUSTAKA

1. Lab Biomol. “ISOLASI DNA”. Diakses 1 November 2015 22.30.

http://labbiomol.blogspot.co.id/2012/12/v-behaviorurldefaultvmlo_17.html.
2. Kurniawan Anis. “Isolasi DNA”. Diakses 1 November 2015 22.30.
http://anieez87.blogspot.co.id/2008/04/isolasi-dna.html.
3. Dyana Nana. “Isolasi DNA”. Diakses 2 November 2015.
https://www.academia.edu/6514656/ISOLASI_DNA
4. Mulyani Yuniar. PERBANDINGAN BEBERAPA METODE ISOLASI DNA
UNTUK DETEKSI DINI KOI HERPES VIRUS (KHV) PADA IKAN MAS
(Cyprinus carpio L.). Diakses pada 2 November 2015 20.30.
Https://cdn.fbsbx.com/hphotos-xpt1/v/t59.2708-
21/11354183_997346996951102_1456166502_n.pdf/jurnal-metode-isolasi-
DNA.pdf?oh=a424352066c6ebdaec9c88c8be47c9bc&oe=563C6665&dl=1