Mitsuha Miyamizu, seorang siswi sekolah menengah atas yang tinggal di desa fiktif bernama Itomori di

daerah pegunungan Hida Prefektur Gifu, mulai bosan dengan kehidupannya di pedesaan tempat dia
lahir dan berharap dapat terlahir menjadi pemuda tampan yang hidup di Tokyo pada kehidupan
selanjutnya. Kemudian, Taki Tachibana, seorang siswa sekolah menengah atas yang tinggal di Tokyo,
terbangun dari tidurnya dan menyadari bahwa dirinya adalah Mitsuha, yang entah bagaimana bisa
masuk ke dalam tubuh Taki.

Taki dan Mitsuha menyadari bahwa mereka berdua saling memasuki tubuh satu sama lain. Mereka
mulai berkomunikasi satu sama lain dengan saling meninggalkan catatan di kertas maupun melalui
memo di ponsel mereka. Seiring dengan berjalannya waktu, mereka semakin terbiasa dengan
pertukaran tubuh ini serta mulai mencampuri kehidupan satu sama lain. Mitsuha membantu Taki untuk
menjalin hubungan dengan seorang wanita rekan kerjanya yang bernama Miki Okudera, sehingga
akhirnya Taki dapat berkencan dengan Miki. Sementara itu, Taki membantu Mitsuha agar lebih dikenal
di sekolahnya. Mitsuha kemudian memberitahu Taki mengenai sebuah komet yang diramalkan akan
melintas dekat Bumi dalam beberapa hari mendatang, dan betapa tertariknya dirinya untuk dapat
melihatnya, karena waktunya bertepatan dengan festival di desa Itomori.

Pada suatu saat, nenek dari Mitsuha bertanya kepada Taki yang berada di dalam tubuh Mitsuha, "Kamu
masih bermimpi, kan?", dan bercerita bahwa keturunan Miyamizu terkadang mengalami mimpi tentang
kehidupan orang lain. Keesokannya, Taki tiba-tiba kembali terbangun di tubuhnya sendiri. Saat bertemu
dengan Miki, kencannya berakhir gagal. Miki meninggalkan Taki, mengatakan bahwa dirinya menyadari
bahwa ada orang lain yang dipikirkan oleh Taki. Semenjak itu, Taki dan Mitsuha tidak pernah bertukar
tubuh lagi. Taki kemudian mencoba menghubungi Mitsuha, namun tidak berhasil. Dia akhirnya
memutuskan untuk menemui Mitsuha secara langsung dengan mengunjungi tempat kelahirannya.

Tanpa mengetahui apa nama desa Mitsuha dan di mana lokasinya, Taki melakukan perjalanan ke
berbagai daerah di Hida, dengan hanya mengandalkan sketsa pemandangan desa yang dia lukis
berdasarkan ingatannya. Akhirnya, di sebuah restoran yang dia kunjungi bersama Miki dan teman
sekolahnya Tsukasa Fujii, seorang pelayan mengenali sketsa Taki sebagai desa Itomori, dan mengatakan
bahwa desa tersebut dahulunya sangat indah. Namun kini desa tersebut dan wilayah di sekitarnya telah
hancur serta menjadi kawah raksasa karena dihantam pecahan komet Tiamat yang jatuh tiga tahun lalu.
Saat membaca catatan kejadian, Taki menyadari bahwa kejadian ini telah menewaskan sepertiga
penduduk. Taki juga menemukan nama Mitsuha dan juga kedua temannya, Katsuhiko Teshigawara dan
Sayaka Natori, yang tertera dalam daftar korban. Taki kemudian diantarkan oleh pelayan tersebut
menuju lokasi kawah. Di sana, Taki mencari memo yang pernah Mitsuha buat pada ponselnya untuk
memastikan bahwa dirinya tidak sedang bermimpi. Namun ternyata semuanya telah menghilang.

Berusaha agar dapat terhubung kembali dengan Mitsuha, Taki kemudian memberanikan dirinya untuk
pergi seorang diri ke kuil keluarga Mitsuha yang terletak di sebuah gunung dekat Itomori. Menyadari
bahwa linimasa dirinya dan Mitsuha sebenarnya terpaut beberapa tahun selama ini, Taki meminum
kuchikami-zake, sejenis arak beras yang dibuat dengan cara mengunyah nasi di dalam mulut, yang
pernah dibuat oleh Mitsuha saat menjalani tradisi gadis kuil dan ditinggalkan di dalam kuil tersebut
sebagai persembahan. Dia berharap dapat terhubung kembali dengan tubuh Mitsuha sebelum komet
menghantam. Taki berhasil terbangun di tubuh Mitsuha pada pagi hari sebelum festival, dan menyadari
bahwa dia masih punya waktu untuk menyelamatkan desa tersebut. Dia meyakinkan teman-teman
Mitsuha perihal komet tersebut dan meminta bantuan mereka untuk mengevakuasi desa. Sambil
menjalani rencananya, Taki menyadari bahwa Mitsuha juga berusaha mencarinya dengan menaiki
kereta api ke Tokyo, dan mungkin kini Mitsuha sedang berada di tubuhnya di dalam kuil. Taki kemudian
mengunjungi kembali gunung tempat kuil tersebut berada untuk menemui Mitsuha.

Sebelumnya, Mitsuha tidak dapat menemukan Taki di Tokyo dan kembali ke desanya dengan perasaan
sedih. Dalam perjalanan, Mitsuha kemudian bertemu dan mengenali Taki. Namun karena linimasa
dirinya sebenarnya berada di masa lampau, Taki tidak dapat mengenalinya. Kini Mitsuha terbangun
kembali dalam tubuh Taki yang berada di dalam kuil keluarganya, lalu naik ke puncak gunung. Taki pun
sudah tiba di puncak gunung. Meskipun mereka dapat merasakan keberadaan satu sama lain, mereka
tidak dapat saling melihat satu sama lain karena berada di masa yang berbeda. Saat matahari mulai
terbenam, baik Taki dan Mitsuha menyadari bahwa ini adalah waktunya kataware,[a] sehingga mereka
kembali ke tubuh masing-masing, dan dapat saling melihat satu sama lain. Taki mengingatkan Mitsuha
untuk meyakinkan ayahnya yang merupakan wali kota Itomori untuk mengevakuasi seluruh desa.
Mereka juga memutuskan untuk saling menuliskan nama mereka di tangan mereka agar mereka tidak
melupakannya ketika kembali ke linimasa asli mereka masing-masing setelah matahari terbenam.
Sebelum Mitsuha sempat menuliskan namanya, matahari sudah terbenam, dan mereka kembali
terpisah. Seiring dengan berjalannya waktu, ingatan mereka perlahan mulai menghilang, dan pada
akhirnya mereka tidak dapat lagi mengingat nama satu sama lain serta peristiwa-peristiwa yang telah
mereka alami. Dalam upaya terakhirnya, Mitsuha membuka telapak tangannya, dan menyadari yang
Taki tuliskan bukanlah namanya, tapi "Aku cinta kamu". Dengan penuh keyakinan dan semangat baru,
Mitsuha kembali menemui ayahnya sebelum pecahan komet jatuh dan menghantam Itomori.

Tangga Kuil Suga

Delapan tahun kemudian, terungkap bahwa Mitsuha berhasil membujuk ayahnya untuk melakukan
evakuasi terhadap penduduk di distrik sekitarnya sehingga penduduk desa Itomori berhasil diselamatkan
tepat waktu. Sementara itu, Taki yang telah lulus dari universitas dan sedang mencari pekerjaan,
memiliki perasaan bahwa ada sesuatu yang hilang pada dirinya. Dia menemukan bahwa dirinya tertarik
dengan hal-hal yang berkaitan dengan Itomori, seperti majalah dan penduduk yang dirasanya familiar,
yang sebenarnya pernah dia temui saat berada di tubuh Mitsuha. Saat bepergian dengan kereta api yang
terpisah, Taki dan Mitsuha saling tertegun melihat satu sama lain ketika kedua kereta tersebut
berpapasan. Mereka kemudian turun di pemberhentian selanjutnya untuk saling mencari satu sama lain.
Akhirnya mereka saling bertemu di sebuah tangga, dan karena mereka merasa sepertinya saling
mengenal, mereka saling menanyakan nama.