T ia BARU ENGL DAN JOUR NAL dari OBAT

LAPORAN SINGKAT

Novel Coronavirus dari Pasien

dengan
Pneumonia di Tiongkok, 2019
Na Zhu, Ph.D., Dingyu Zhang, MD, Wenling Wang, Ph.D., Xinwang Li, MD, Bo
Yang, MS, Lagu Jingdong, Ph.D., Xiang Zhao, Ph.D., Baoying Huang, Ph.D.,
Weifeng Shi, Ph.D., Roujian Lu, MD, Peihua Niu, Ph.D., Faxian Zhan, Ph.D.,
Xuejun Ma, Ph.D., Dayan Wang, Ph.D., Wenbo Xu, MD, Guizhen Wu, MD,
George F. Gao, D.Phil., Dan Wenjie Tan, MD, Ph.D., untuk Tim Investigasi dan
Penelitian Novel Coronavirus Tiongkok
SUMM ARY
Pada Desember 2019, sekelompok pasien dengan pneumonia yang
penyebabnya tidak diketahui dikaitkan dengan pasar grosir makanan
laut di Wuhan, Cina. Betacoronavirus yang sebelumnya tidak diketahui
ditemukan melalui penggunaan sekuensing tidak bias dalam sampel
dari pasien dengan pneumonia. Sel epitel saluran napas manusia
digunakan untuk mengisolasi virus corona baru, bernama 2019-nCoV,
yang membentuk clade lain dalam subgenus sarbecovirus, subfamili
Orthocoronavirinae. Berbeda dari MERS-CoV dan SARS-CoV,
2019-nCoVadalah anggota ketujuh dari keluarga coronavirus yang
menginfeksi manusia. Pengawasan yang ditingkatkan dan penyelidikan
lebih lanjut sedang berlangsung. (Didanai oleh Program Penelitian dan
Pengembangan Kunci Nasional Tiongkok dan Proyek Utama Nasional
untuk Pengendalian dan Pencegahan Penyakit Menular di Tiongkok.)
Dari Laboratorium Kunci MHC Bio-safety, Institut
Nasional untuk Pengendalian dan Pencegahan
Penyakit Viral, Pusat Pengendalian dan
Pencegahan Penyakit Cina (NZ, WW, JS, XZ, BH,
RL, PN, XM, DW, WX , GW, GFG, WT), dan
Departemen Penyakit Menular, Rumah Sakit Ditan
Beijing, Universitas Kedokteran Modal (XL) -
keduanya di Beijing; Rumah Sakit Jinyintan
Wuhan (DZ), Divisi Deteksi Penyakit Viral, Pusat
Kontrol dan Pencegahan Penyakit Provinsi Hubei
(BY, FZ), dan Pusat Ilmu Pengetahuan Keamanan
Hayati Mega, Akademi Ilmu Pengetahuan
Tiongkok (WT) - semua di Wuhan; dan Universitas
Kedokteran Pertama Shandong dan Akademi Ilmu
Pengetahuan Medis Shandong, Jinan, Tiongkok
(WS). Alamat permintaan cetak ulang untuk Dr.
Tan di Laboratorium Kunci NHC Biosafety, Institut
Nasional untuk Pengendalian dan Pencegahan
Penyakit Viral, CDC Cina, 155 Changbai Road,
Distrik Changping, Beijing 102206, Cina; atau di
tanwj@ivdc.chinacdc.cn, Dr. Gao di Institut

E
PATGENSI PENGGABUNGAN DAN REEMERING ADALAH
TANTANGAN GLOBAL UNTUK KESEHATAN MASYARAKAT 1 Virus
korona adalah virus RNA yang diselimuti yang didistribusikan secara
Nasional untuk Pengendalian dan Pencegahan
Penyakit Viral, CDC Cina, Beijing 102206, Cina,
atau di gaof @ im .ac .cn, atau Dr. Wu di
Laboratorium Kunci NHC Biosafety, Institut
Nasional untuk Pengendalian dan Pencegahan
Penyakit Viral, CDC Cina, Beijing 102206, Cina,
atau di wugz@ivdc.chinacdc.cn.

luas di antara manusia, mamalia lain, dan burung dan yang

menyebabkan penyakit pernapasan, enterik, hati, dan neurologis. 2,3
Enam spesies virus korona diketahui
menyebabkan penyakit manusia. 4 Empat virus - 229E, OC43, NL63, dan
Drs. Zhu, Zhang, W. Wang, Li, dan Yang
HKU1 - lazim dan biasanya menyebabkan gejala flu biasa pada individu memberikan kontribusi yang sama untuk
yang imunokompeten. 4 Dua jenis lainnya - coronavirus sindrom artikel ini.
pernafasan akut yang parah (SARS-CoV) dan coronavirus sindrom
Artikel ini diterbitkan pada 24 Januari
pernafasan Timur Tengah (MERS-CoV) - berasal dari zoonosis dan telah 2020, di NEJM.org.
dikaitkan dengan penyakit yang terkadang fatal. 5 SARS-CoV adalah DOI: 10.1056 / NEJMoa2001017
agen penyebab dari wabah sindrom pernafasan akut yang parah pada Hak Cipta © 2020 Massachusetts Medical Society.
tahun 2002 dan 2003 di Provinsi Guangdong, Cina. 6-8 MERS-CoV adalah
patogen yang bertanggung jawab atas wabah penyakit pernapasan
parah pada 2012 di Timur Tengah. 9 Mengingat tingginya prevalensi dan
distribusi luas coronavirus, keragaman genetik yang besar dan
rekombinasi genom mereka yang sering, dan peningkatan aktivitas
antarmuka manusia-hewan , coronavirus novel cenderung muncul
secara berkala pada manusia karena infeksi lintas spesies yang sering
terjadi dan kejadian spillover yang sesekali terjadi. . 5,10
Pada akhir Desember 2019, beberapa fasilitas kesehatan setempat
melaporkan sekelompok pasien dengan pneumonia yang tidak
diketahui penyebabnya yang secara epidemiologis terkait dengan pasar
grosir makanan laut dan hewan basah di Wuhan, Provinsi Hubei, Cina.
11 Pada tanggal 31 Desember 2019, Pusat Pengendalian dan Pencegahan
Penyakit Tiongkok (CDC Cina) mengirim tim tanggapan cepat untuk
menemani otoritas kesehatan provinsi dan kota Wuhan Hubei dan
untuk melakukan penyelidikan epidemiologis dan etiologi.
 N INGGRIS J NEJM MED . ORG  1
Jurnal Kedokteran New England
Diunduh dari nejm.org pada 24 Januari 2020. Hanya untuk penggunaan pribadi. Tidak ada kegunaan lain tanpa
izin.
Hak Cipta © 2020 Massachusetts Medical Society. Seluruh hak cipta.
T ia BARU ENGL A ND JOUR NA L dari OBAT
Kami melaporkan hasil penyelidikan ini,
mengidentifikasi sumber cluster
pneumonia, dan menggambarkan
coronavirus baru yang terdeteksi pada
pasien dengan pneumonia yang
spesimennya diuji oleh CDC China pada
tahap awal wabah. Kami juga
menggambarkan gambaran klinis
pneumonia pada dua pasien ini.
METODE
METODE DIAGNOSTIK VIRAL
Empat sampel saluran pernapasan bawah,
termasuk cairan bronchoalveolar-lavage ,
dikumpulkan dari pasien dengan pneumonia
yang tidak diketahui penyebabnya yang
diidentifikasi di Wuhan pada 21 Desember
2019, atau lebih baru dan yang telah hadir di
Pasar Makanan Laut Huanan dekat dengan
waktu mereka. presentasi klinis. Tujuh
spesimen cairan bronchoalveolar-lavage
dikumpulkan dari pasien di rumah sakit
Beijing dengan pneumonia yang diketahui
sebagai sampel kontrol. Ekstraksi asam
nukleat dari sampel klinis (termasuk kultur
yang tidak terinfeksi yang berfungsi sebagai
kontrol negatif) dilakukan dengan Kit Asam
Nukleat Viral Murni Tinggi, seperti yang
dijelaskan oleh pabrikan (Roche). Sampel
asam nukleat yang diekstraksi diuji untuk
virus dan bakteri dengan reaksi berantai
polimerase (PCR), menggunakan
RespiFinderSmart22kit (PathoFinder BV) dan
sistem PCR LightCycler 480 real-time, sesuai
dengan instruksi pabrikan. 12 Sampel
dianalisis untuk 22 patogen (18 virus dan 4
bakteri) sebagaimana dijelaskan dalam
Lampiran Tambahan. Selain itu, sekuens
tidak berpihak, throughput tinggi , yang
dijelaskan sebelumnya, 13 digunakan untuk
menemukan urutan mikroba yang tidak
dapat diidentifikasi dengan cara yang
dijelaskan di atas. Uji PCR (RT-PCR)
transkripsi waktu-nyata digunakan untuk
mendeteksi viral load dengan menargetkan
wilayah RdRp konsensus pada pan β-CoV,
seperti yang dijelaskan dalam Lampiran
Tambahan.
ISOLASI VIRUS
Sampel cairan bronchoalveolar-lavage
dikumpulkan dalam cangkir steril yang
ditambahkan media pembawa virus.
Sampel kemudian disentrifugasi untuk
menghilangkan puing seluler. Supernatan
Sel-sel epitel saluran napas manusia
diperluas pada substrat plastik untuk
menghasilkan sel - sel 1 dan kemudian
dilapisi pada kepadatan 2,5 × 10 5 sel per
sumur pada dukungan Transwell-COL (
diameter 12-mm ) yang permeabel .
Manusia napas kultur sel epitel yang
dihasilkan dalam udara-cairan antarmuka
selama 4 sampai 6 minggu untuk
membentuk baik dibedakan, budaya
terpolarisasi resem- bling in vivo
pseudostratified mucociliary epi- thelium.
13
Sebelum infeksi, permukaan apikal sel
epitel saluran napas manusia dicuci tiga
kali dengan larutan salin fosfat ; 150 μl
supernatan dari sampel cairan
bronchoalveolar-lavage diinokulasi ke
permukaan apikal kultur sel. Setelah
inkubasi 2 jam pada suhu 37 ° C, virus
yang tidak terikat dihilangkan dengan
cara mencuci dengan 500 μl larutan salin
fosfat selama 10 menit; sel epitel saluran
napas manusia dipertahankan dalam
antarmuka udara-cair yang diinkubasi
pada suhu 37 ° C dengan 5% karbon
dioksida. Setiap 48 jam, 150 μl larutan
salin fosfat diaplikasikan pada
permukaan apikal sel epitel saluran napas
manusia, dan setelah 10 menit inkubasi
pada suhu 37 ° C sampel dipanen. Sel
epitel mukosiliar pseudostrat
dipertahankan dalam lingkungan ini;
sampel apikal disalurkan dalam stok vial
1: 3 untuk sel-sel baru. Sel-sel dipantau
setiap hari dengan mikroskop cahaya,
untuk efek sitopatik, dan dengan RT-PCR,
untuk keberadaan asam nukleat virus di
supernatan. Setelah tiga bagian, sampel
apikal dan sel epitel saluran napas
manusia dipersiapkan untuk mikroskop
elektron transmisi.
MIKROSKOP ELEKTRON TRANSMISI
Supernatan dari kultur sel epitel saluran
napas manusia yang menunjukkan efek
sitopatik dikumpulkan, dinonaktifkan
dengan paraformaldehyde 2% selama
setidaknya 2 jam, dan ultrasentrifugasi ke
partikel virus sedimen. Supernan yang
diperkaya diwarnai negatif pada kisi-kisi
berlapis film untuk diperiksa. Sel-sel
epitel saluran napas manusia yang
menunjukkan efek sitopatik dikumpulkan
dan difiksasi dengan paraformaldehyde
2% -2,5% glutaral-dehyde dan kemudian
difiksasi dengan 1% osmium tetroxide
didehidrasi dengan grade ethanol yang
disematkan dengan resin PON812. Bagian
 diinokulasi pada sel epitel saluran napas
manusia, 14 yang telah diperoleh dari
spesimen jalan nafas yang direseksi dari
pasien yang menjalani pembedahan
untuk kanker paru-paru dan dikonfirmasi
bebas patogen- khusus oleh NGS. 13
(80 nm) dipotong dari blok resin dan
diwarnai dengan uranyl asetat dan timbal
sitrat, secara terpisah. Kisi-kisi bernoda
negatif dan bagian ultrathin diamati di
bawah mikroskop elektron transmisi.

2 N INGGRIS J NEJM MED . ORG 

Jurnal Kedokteran New England

Diunduh dari nejm.org pada 24 Januari 2020. Hanya untuk penggunaan pribadi. Tidak ada kegunaan lain tanpa
izin.
Hak Cipta © 2020 Massachusetts Medical Society. Seluruh hak cipta.

LAPORAN SINGKAT

SEQUENCING GENOME VIRAL rumah sakit pada 16 Januari 2020. Pasien

RNA diekstraksi dari 2 meninggal pada 9 Januari 2020. Tidak
cairan bronchoalveolar-lavage dan ada spesimen biopsi yang diperoleh.
supernatan kultur digunakan sebagai templat
untuk mengkloning dan mengurutkan genom.
Kami menggunakan kombinasi sequencing SEBUAH
Illumina dan sequencing nanopore untuk
mengkarakterisasi genom virus. Pembacaan
sekuens dikumpulkan menjadi peta contig
(satu set segmen DNA yang tumpang tindih)
dengan menggunakan perangkat lunak CLC
Genomics, versi
4.6.1 (CLC Bio). Primer spesifik
selanjutnya dirancang untuk PCR, dan 5′
atau 3′-RACE (amplifikasi cepat ujung
cDNA) digunakan untuk mengisi celah
genom dari sekuensing Sanger
konvensional. Produk PCR ini dimurnikan
dari gel dan diurutkan dengan BigDye
Teratorator v3.1 Cycle Sequencing Kit dan
3130XL Genetic Analyzer, sesuai dengan
instruksi pabrikan.
Penyelarasan multi-urutan 2019-nCoV
dan urutan referensi dilakukan dengan
B
menggunakan Muscle. Analisis filogenetik
dari genom lengkap dilakukan dengan
RAxML (13) dengan 1000 ulangan
bootstrap dan model
pembalikan waktu yang umum digunakan
sebagai model substitusi nukleotida.

HASIL
PASIEN
Tiga pasien dewasa mengalami
pneumonia berat dan dirawat di rumah
sakit di Taiwan pada 27 Desember 2019.
Pasien 1 adalah wanita berusia 49 tahun ,
Pasien 2 adalah pria berusia 61 tahun ,
dan Pasien 3 adalah seorang pria
berusia 32 tahun . Profil klinis tersedia
untuk Pasien 1 dan
2. Pasien 1 melaporkan tidak memiliki
kondisi medis kronis yang mendasari
tetapi melaporkan demam (suhu, 37 ° C
hingga 38 ° C) dan batuk dengan
ketidaknyamanan dada pada 23
Desember 2019. Empat hari setelah Gambar 1. Radiografi Dada.
Ditampilkan adalah foto rontgen dada dari Pasien 2
timbulnya penyakit, batuk dan pada hari ke 8 dan 11 setelah timbulnya penyakit.
ketidaknyamanan dadanya memburuk. , Trakea diintubasi dan ventilasi mekanis
tapi demamnya berkurang; diagnosis dilembagakan dalam periode antara akuisisi dua
gambar. Kekeruhan halus bilateral hadir di kedua
pneumonia didasarkan pada pemindaian gambar tetapi meningkat dalam kepadatan,
computed tomographic (CT). kelimpahan, dan pertemuan di gambar kedua;
perubahan ini paling ditandai di bidang paru-paru
Pekerjaannya adalah pengecer di pasar bagian bawah. Perubahan yang konsisten dengan
grosir makanan laut. Pasien 2 awalnya akumulasi cairan pleura juga terlihat pada gambar
melaporkan demam dan batuk pada 20 kedua.
Desember 2019; gangguan pernapasan
berkembang 7 hari setelah timbulnya
penyakit dan memburuk selama 2 hari
berikutnya (lihat foto rontgen dada, Gbr.
1), saat ventilasi mekanik dimulai. Dia
telah sering berkunjung ke pasar grosir
makanan laut. Pasien
1 dan 3 pulih dan dikeluarkan dari Internet

N INGGRIS J NEJM MED . ORG 3

Jurnal Kedokteran New England
Diunduh dari nejm.org pada 24 Januari 2020. Hanya untuk penggunaan pribadi. Tidak ada kegunaan lain tanpa
izin.
Hak Cipta © 2020 Massachusetts Medical Society. Seluruh hak cipta.

T ia BARU ENGL A ND JOUR NA L dari OBAT

 

   
A Mock B HAE-CPE

100 μm

Gambar 2. Efek Sitopatik pada Kultur Sel Epitel Airway Manusia setelah Inokulasi dengan 2019-nCoV.

DETEKSI DAN ISOLASI sel epitel saluran napas pria; kurangnya

CORONAVIRUS NOVEL
Tiga sampel bronchoalveolar-lavage
dikumpulkan dari Rumah Sakit Wuhan
Jinyintan pada tanggal 30 Desember 2019.
Tidak ada patogen spesifik (termasuk
HCoV-229E, HCoV-NL63, HCoV-OC43, dan
HCoV-HKU1) yang terdeteksi dalam
spesimen klinis dari pasien ini oleh
RespiFinderSmart-22kit. RNA diekstraksi
dari cairan bronchoalveolar dari pasien
digunakan sebagai sampel untuk
mengkloning dan mengurutkan genom
menggunakan kombinasi sequencing
Illumina dan sequencing nano-pori. Lebih
dari 20.000 pembacaan virus dari masing-
masing spesimen diperoleh, dan sebagian
besar pencocokan cocok dengan genom
dari garis B dari genus betacoronavirus -
menunjukkan lebih dari 85% identitas
dengan kelelawar seperti SARS CoV
(kelelawar-SL-CoVZC45, MG772933). 1)
genom yang diterbitkan sebelumnya.
Hasil positif juga diperoleh dengan
menggunakan uji RT-PCR real-time untuk
penargetan RNA ke wilayah konsensus
RdRp dari pan β-CoV (meskipun nilai
pemukulan cilium terlihat dengan
mikroskop cahaya di tengah fokus (Gbr.
2). Tidak ada efek sitopat spesifik yang
diamati pada garis sel Vero E6 dan Huh-7
sampai 6 hari setelah inokulasi.
Mikrograf elektron partikel
bernoda negatif 2019-nCoV umumnya
bulat dengan beberapa pleomorfisme
(Gbr. 3). Diameter bervariasi dari sekitar
60 hingga 140 nm. Partikel virus memiliki
lonjakan yang cukup khas, sekitar 9
hingga 12 nm, dan memberikan virion
penampakan korona matahari. Partikel-
partikel virus bebas ekstraseluler dan
badan-badan inklusi yang diisi dengan
partikel-partikel virus dalam vesikula
yang terikat membran dalam sitoplasma
ditemukan di bagian ultrathin epitel
saluran napas manusia. Morfologi yang
diamati ini konsisten dengan keluarga
Coronaviridae.
Untuk lebih mengkarakterisasi virus,
urutan nova gen 2019-nCoV dari spesimen
klinis (cairan bronchoalveolar-lavage ) dan
isolat virus sel epitel saluran napas manusia
diperoleh oleh Illumina dan sekuensing
 ambang batas siklus lebih tinggi dari 34
untuk sampel yang terdeteksi). Isolasi
virus dari spesimen klinis dilakukan
dengan sel epitel saluran napas manusia
dan garis sel Vero E6 dan Huh-7 . Virus
yang diisolasi bernama 2019-nCoV.
Untuk menentukan apakah partikel
virus dapat divisualisasikan dalam
2019-nCoV-terinfeksi sel epitel saluran
napas manusia, mock-terinfeksi dan
2019-nCoV- terinfeksi saluran pernafasan
manusia budaya epitel diperiksa dengan
mikroskop cahaya sehari-hari dan dengan
mikroskop elektron transmisi 6 hari
setelah inokulasi. Efek sitopatik diamati
96 jam setelah inokulasi pada lapisan
permukaan hu
nanopore. Virus corona baru diidentifikasi
dari ketiga pasien. Dua hampir full-length
urutan coronavirus diperoleh dari
bronchoalveolar-lavage fluid
(BetaCoV / Wuhan / IVDC-HB-04/2020, BetaCoV
/ Wuhan / IVDC-HB-05/2020 | EPI_ISL_402121),
dan satu full-length urutan diperoleh dari
virus yang diisolasi dari pasien (BetaCoV /
Wuhan /
IVDC-HB-01/2020 | EPI_ISL_402119). Urutan
geografis lengkap dari tiga novel coronavirus
dikirimkan ke GASAID (BetaCoV / Wuhan /
IVDC-HB-01/2019, ID aksesi: EPI_ISL_402119;
BetaCoV / Wuhan / IVDC-HB-04/2020, accession
ID: EPI_ISL_402120;
BetaCoV / Wuhan / IVDC-HB-05/2019,

4 N INGGRIS J NEJM MED . ORG

Jurnal Kedokteran New England

Diunduh dari nejm.org pada 24 Januari 2020. Hanya untuk penggunaan pribadi. Tidak ada kegunaan lain tanpa
izin.
Hak Cipta © 2020 Massachusetts Medical Society. Seluruh hak cipta.

LAPORAN SINGKAT

A B

100 nm 1 μm

Gambar 3. Visualisasi 2019-nCoV dengan Transmission Electron Microscopy.

Partikel 2019-nCoV bernoda negatif diperlihatkan di Panel A, dan 2019-nCoV partikel di saluran ultrathin
sel epitel saluran napas manusia diperlihatkan di Panel B.

ID aksesi: EPI_ISL_402121) dan memiliki agen penyebab kemungkinan pneumonia

86.9% identitas urutan nukleotida untuk
kelelawar yang sebelumnya diterbitkan
SARS seperti CoV (bat-SL-CoVZC45,
MG772933.1) genom. Tiga geen 2019-nCoV
berkerumun bersama dan membentuk
subclade independen dalam subbine
sarbecovirus, yang menunjukkan
organisasi betacoronavirus khas: 5 ′
wilayah yang tidak diterjemahkan (UTR),
kompleks replase (orf1ab), gen S, E gen,
gen M, gen N, 3 ′ UTR, dan beberapa
virus di Wuhan - adalah betacoronavirus
novel milik sarbecovirus subgenus dari
keluarga Coronaviridae.
DISKUSI
Kami melaporkan CoV baru (2019-nCoV)
yang diidentifikasi pada pasien yang
dirawat di rumah sakit di Wuhan, Cina,
pada bulan Desember 2019 dan Januari
2020. Bukti keberadaan virus ini termasuk
identifikasi dalam
 kerangka bacaan terbuka nonstruktural cairan bronchoalveolar-lavage pada tiga
yang tidak dikenal. pasien secara keseluruhan. sekuensing
Meskipun 2019-nCoV mirip dengan genom , PCR langsung, dan kultur.
beberapa beta -koronavirus yang Penyakit yang kemungkinan disebabkan
terdeteksi pada kelelawar (Gbr. 4), ini oleh CoV ini dinamai “novel
berbeda dari SARS-CoV dan pneumonia-terinfeksi pneumonia” (NCIP).
MERS-CoV. Tiga coronavirus 2019-nCoV Genom lengkap dikirim ke GASAID.
dari Wuhan, bersama dengan dua Analisis filogenetik mengungkapkan
turunan mirip SARS kelelawar , ZC45 dan bahwa 2019-nCoV masuk ke dalam genus
ZXC21, membentuk clade berbeda dalam betacoronavirus, yang meliputi
garis keturunan B dari subgenus coronavirus (SARS-CoV, kelelawar CoV
sarbecovirus. Strain SARS-CoV dari seperti SARS , dan lainnya) yang
manusia dan coronavirus mirip ditemukan pada manusia, kelelawar, dan
SARS yang mirip secara genetik dari hewan liar lainnya. 15 Kami melaporkan
kelelawar yang dikumpulkan dari Cina isolasi virus dan deskripsi awal tentang
barat daya membentuk clade lain dalam efek sitopatik spesifik dan morfologi.
subgenus sarbecovirus. Karena identitas Teknik molekuler telah digunakan secara sukses
urutan dalam domain replikasi yang
dikonservasi (ORF 1ab) kurang dari 90%
antara 2019-nCoV dan anggota lain dari
betacoronavirus, 2019-nCoV -

N INGGRIS J NEJM MED . ORG 5

Jurnal Kedokteran New England
Diunduh dari nejm.org pada 24 Januari 2020. Hanya untuk penggunaan pribadi. Tidak ada kegunaan lain tanpa
izin.
Hak Cipta © 2020 Massachusetts Medical Society. Seluruh hak cipta.

T ia BARU ENGL A ND JOUR NA L dari OBAT

 

     

100 AY508724 ??? SARS_coronavirus_NS-1

 
100 AY485277 ??? SARS_coronavirus_Sino1-11
  AY390556 ??? SARS_coronavirus_GZ02 SARS-CoV
   
100 AY278489 ??? SARS_coronavirus_GD01
KT444582 ??? SARS-like_coronavirus_WIV16
     
    100 KY417146 ??? Bat_SARS-like_coronavirus_Rs4231  
KY417151 ??? Bat_SARS-like_coronavirus_Rs7327
          
    KY417152 ??? Bat_SARS-like_coronavirus_Rs9401  
    83  
         MK211376 ??? Coronavirus_BtRs-BetaCoV / YN2018B  
KY770859 ??? Bat_coronavirus ??? Anlong-112
     
    66 KJ473816 ??? BtRs_BetaCoV / YN2013  
         KY417145 ??? Bat_SARS-like_coronavirus_Rf4092  
84 MK211377 ??? Coronavirus_BtRs-BetaCoV / YN2018C
       
    60 KY417142 ??? Bat_SARS-like_coronavirus ??? As6526  
     
    94 KY417148 ??? Bat_SARS-like_coronavirus ??? Rs4247  
    KJ473815 ??? BtRs_BetaCoV / GX2013 ??? BtRs-GX2013  
    100    
      JX993988 ??? Bat_coronavirus_Cp / Yunnan2011  
          
  MK211374 ??? Coronavirus_BtRl-BetaCoV / SC2018  
  Sarbecovirus   BetaCoV-Wuhan-IVDC-HB-04-2020  
    100   100 BetaCoV / Wuhan / IVDC-HB-01/2019 ??? EPI_ISL_402119  
          
  100 100    BetaCoV-WuhanI-VDC-HB-05-2019EPI_ISL_402121  
   
         MG772934 ??? Bat_SARS-like_coronavirus ??? bat-SL-CoVZXC21  
90 MG772933 ??? Bat_SARS-like_coronavirus ??? bat-SL-CoVZC45
Hibecovirus  
      KF636752 ??? Bat_Hp-betacoronavirus / Zhejiang2013  
              
Nobecovirus 100 EF065513 ??? Bat_coronavirus_HKU9-1 ??? BF_005I
         
             KU762338 ??? Rousettus_bat_coronavirus ??? GCCDC1_356  
100 EF065505 ??? Bat_coronavirus_HKU4-1 ??? B04f
           
100       EF065509 ??? Bat_coronavirus_HKU5-1 ??? LMH03f  
Merbecovirus        JX869059 ??? Human_betacoronavirus_2c_EMC / 2012 ??? HCoV-EMC MERS-CoV
        
           KC545386 ??? Betacoronavirus_Erinaceus / VMC / DEU / 2012 ??? ErinaceusCoV / 2012-216 / GER / 2012
96 KM349744 ??? Betacoronavirus_HKU24 ??? HKU24-R05010l
        
  Embevovirus 100    AY391777 ??? Human_coronavirus_OC43 ??? ATCC_VR-759
         99 MK167038 ??? Human_coronavirus_HKU1 ??? SC2521
             FJ647223 ??? Murine_coronavirus_MHV-1 ??? MHV-1  
           
    0,2          

Gambar 4. Analisis filogenetik 2019-nCoV dan Genome Betacoronavirus Lainnya dalam Subfamili Orthocoronavirinae.

untuk mengidentifikasi agen infeksi supernatan, berhasil digunakan untuk

selama bertahun-tahun. Urutan tinggi , visualisasi dan deteksi human
throughput tinggi , adalah alat yang coronavirus baru yang mungkin dapat
ampuh untuk menemukan patogen. 14,16 menghindari identifikasi dengan
Generasi berikutnya dan bioinformatika pendekatan tradisional.
mengubah cara kita menanggapi wabah
 penyakit menular, meningkatkan
pemahaman kita tentang kejadian dan
transmisi penyakit, mempercepat
identifikasi patogen, dan mempromosikan
berbagi data. Kami menjelaskan dalam
laporan ini penggunaan teknik molekuler
dan sekuensing DNA yang tidak bias
untuk menemukan betacoronavirus novel
yang kemungkinan menjadi penyebab
pneumonia berat pada tiga pasien di
Wuhan, Cina.
Meskipun membangun kultur sel epitel
saluran napas manusia bersifat padat
karya, mereka tampaknya menjadi alat
penelitian yang berharga untuk analisis
patogen pernapasan manusia. 14 Studi
kami menunjukkan bahwa propagasi
awal cretions se pernapasan manusia ke
membangun struktur cul sel epitel
saluran napas manusia, diikuti oleh
elektron transmisi micros- copy dan
seluruh sekuensing genom budaya
Pengembangan lebih lanjut dari
metode yang akurat dan cepat untuk
mengidentifikasi patogen pernapasan
yang tidak diketahui masih diperlukan.
Atas dasar analisis dari tiga genom
lengkap yang diperoleh dalam penelitian
ini, kami merancang beberapa tes spesifik
dan sensitif yang menargetkan wilayah
ORF1ab, N, dan E dari genom 2019-nCoV
untuk mendeteksi viral load dalam
spesimen klinis. Perangkat primer dan
prosedur operasi standar telah dibagikan
dengan Organisasi Kesehatan Dunia dan
dimaksudkan untuk pengawasan dan
deteksi infeksi 2019-nCoV secara global
dan di Cina. Data terbaru menunjukkan
deteksi 2019-nCoV di 830 orang di Cina. 17
Meskipun penelitian kami tidak
memenuhi postulat Koch, analisis kami
memberikan bukti yang
mengimplikasikan 2019-nCoV dalam
wabah Wuhan. Bukti tambahan untuk
mengkonfirmasi sinyal etiologi

6 N INGGRIS J NEJM MED . ORG

Jurnal Kedokteran New England

Diunduh dari nejm.org pada 24 Januari 2020. Hanya untuk penggunaan pribadi. Tidak ada kegunaan lain tanpa
izin.
Hak Cipta © 2020 Massachusetts Medical Society. Seluruh hak cipta.

LAPORAN SINGKAT

Manfaat 2019-nCoV dalam wabah Wuhan untuk menginformasikan dan

termasuk identifikasi antigen 2019-nCoV
dalam jaringan paru-paru pasien dengan
analisis imunohistokimia, deteksi antibodi
anti-virus IgM dan IgG dalam sampel
serum dari seorang pasien pada dua titik
waktu untuk menunjukkan - percobaan
roconversion, dan hewan (monyet) untuk
memberikan bukti patogenisitas. Yang
sangat penting adalah investigasi
epidemiologis untuk mengkarakterisasi
mode transmisi, interval reproduksi, dan
spektrum klinis yang dihasilkan dari
infeksi.
memperbaiki strategi yang dapat
mencegah, mengendalikan, dan
menghentikan penyebaran 2019-nCoV.
Pekerjaan ini didukung oleh dana dari Program
Penelitian dan Pengembangan Kunci Nasional Tiongkok
(2016YFD0500301) dan Proyek Utama Nasional untuk
Pengendalian dan Pencegahan Penyakit Menular di
Tiongkok (2018ZX10101002).
Formulir pengungkapan yang disediakan oleh
penulis tersedia dengan teks lengkap dari artikel ini di
NEJM.org.
Kami berterima kasih kepada Dr. Zhongjie Li, Dr.
Guangxue He, Dr. Lance Rodewald, Yu Li, Fei Ye, Li
Zhao, Weimin Zhou, Jun Liu, Yao Meng, Huijuan Wang,
dan banyak anggota staf di CDC China karena mereka
kontribusi dan bantuan dalam persiapan dan
penyerahan naskah versi sebelumnya.

REFERENSI
1. Gao GF. Dari "A" IV ke "Z" IKV:
serangan dari patogen yang
muncul dan muncul kembali . Sel
2018; 172: 1157-9.
2. Weiss SR, Leibowitz JL.
Patogenesis coronavirus. Adv Virus
Res 2011; 81: 85-
3. Master PS, Perlman S.
Coronaviridae. Dalam: Knipe DM,
Howley PM, eds. Bidang viologi. Edisi
ke-6. Lippincott Williams & Wilkins,
2013: 825-58.
4. Su S, Wong G, Shi W, et al.
Epidemiologi, rekombinasi genetik,
dan patogenesis virus korona. Tren
Mikrobiol 2016; 24: 490-502.
5. Cui J, Li F, Shi ZL. Asal dan
evolusi coronavirus patogen. Nat
Rev Microbiol 2019; 17: 181-92.
6. Zhong NS, Zheng BJ, Li YM, dkk. Epi-
demiologi dan penyebab sindrom
dengan sindrom pernapasan akut
berat. N Engl J Med
2003; 348: 1953-66.
8. Drosten C, Günther S, Preiser W,
dkk. Identifikasi coronavirus baru
pada pasien dengan sindrom
pernapasan akut berat. N Engl J
Med 2003; 348: 1967-
9. Zaki AM, van Boheemen S,
Bestebroer TM, Osterhaus AD,
Fouchier RA. Isolasi coronavirus
baru dari seorang pria dengan
pneumonia di Arab Saudi. N Engl J
Med 2012; 367: 1814-20.
10. Wong G, Liu W, Liu Y, Zhou B, Bi Y,
Gao GF. MERS, SARS, dan Ebola: peran
penyebar super dalam penyakit
menular. Cell Host Microbe
2015; 18: 398-401.
11.Laporan pengelompokan
pneumonia etiologi yang tidak
pasien di Qinghai, Cina. Envirom
Biomed Sci 2019; 32: 438-45.
13. Jonsdottir HR, Dijkman R.
Coronavic dan jalan napas
manusia: sistem universal untuk
studi interaksi host-virus . Virol J
2016; 13: 24.
14. Palacios G, Druce J, Du L, dkk.
Arenavirus baru dalam sekelompok
penyakit terkait transplantasi yang
fatal. N Engl J Med 2008; 358: 991-8.
15. Tan WJ, Zhao X, Ma XJ, dkk.
Genom koronavirus baru yang
diidentifikasi dalam sekelompok
kasus pneumonia - Wuhan, Cina
2019-2020. China CDC Weekly 2020;
2: 61-2.
16. Armstrong GL, MacCannell DR,
Tayor J, et al. Genomik patogen
dalam kesehatan masyarakat. N
Engl J Med 2019; 381: 2569-80.
pernafasan akut yang parah (SARS) di diketahui di Kota Wuhan. Komisi 17. Laporan pneumonia yang
Guangdong, Republik Rakyat Cina, pada Kesehatan Kotamadya Wuhan, 2019 terinfeksi coronavirus baru di
bulan Februari, 2003. Lancet (http://wjw.wuhan.gov.cn/front/web/ Kota Wuhan. Komisi Kesehatan
2003; 362: 1353-8. showDetail / 2019123108989). Masyarakat Wuhan, 2020 (http: //
7. Ksiazek TG, Erdman D, 12. Liu GS, Li H, Zhao SC, Lu RJ, Niu PH, wjw.wuhan.gov.cn/front/web/showDetail/
Goldsmith CS, et al. Sebuah Tan WJ. Etiologi virus dan bakteri dari 2020012009077).
coronavirus baru yang terkait sindrom pernapasan demam akut di Hak Cipta © 2020 Massachusetts Medical Society.
antaranya

N INGGRIS J NEJM MED . ORG  7

Jurnal Kedokteran New England
Diunduh dari nejm.org pada 24 Januari 2020. Hanya untuk penggunaan pribadi. Tidak ada kegunaan lain tanpa
izin.
Hak Cipta © 2020 Massachusetts Medical Society. Seluruh hak cipta.