NAMA DAN FUNGSI BEBERAPA JENIS BAKTERI PROBIOTIK
Nama bakteri pH optimum
Bacillus subtilis
Bacillus licheniformis
Bacillus pumilus
Bacillus polymixa
Bacillus coagulans
Bacillus cereus
Bacillus megaterium
Bacillus alvei
Bacillus amyloliquefaciens
Bacillus brevis
Bacillus circulans
Bacillus firmus
Bacillus pumilus
Bacillus thuringiensis
Thiobacillus denitrificans
Thiobacillus ferrooxidans
Thiobacillus thiooxidans
Thiobacillus novellus
Lactobacillus bulgaricus
Lactobacillus lactis
Lactobacillus plantarum
Lactobacillus casei
Lactobacillus acidophilus
Lactobacillus rhamnosus
Lactobacillus brevis
Fungsi dan metabolisme
7,3-8,1 Menghasilkan enzim protease untuk menguraikan limbah protein sisa pakan dan kotoran.
7,3-8,8 Menghasilkan senyawa yang menghambat perkembangan bakteri merugikan (Vibrio spp.)
8,3-9,8 Membantu proses nitrifikasi pada proses detoksifikasi ammonia
6,0-7,2 Menghasilkan senyawa polymixin yang berperan untuk keseimbangan populasi plankton
7,5-9,0 Membentuk bio koagulan dan menstabilkan system bioflok dalam perairan tambak
Menghasilkan metabolt sekunder cerein yang mampu mencegah blooming plankton Blue Green Algae (BGA) dan
6,0-8,0
Dinoflagellate
7,0-7,5 Menghasilkan senyawa antibakteri megacin yang menghambat pertumbuhan mikroba pathogen
6,5-7,5 Membentuk biofilm untuk menstabilkan system heterotrof pada kolam budidaya
8,2-9,7 Menghasilkan enzim amylase dan lipase untuk menguraikan sisa karbohidrat dan lemak dari pakan
6,5-7,5 Menghasilkan enzim hidrolitik untuk menghidrolisis neurotoxin Vibrio spp.
Menyerap ammonia dan memperlancar siklus penguraian limbah protein dasar lumpur
Menghasilkan enzim hidrolitik untuk menghidrolisis racun geosmin dari BGA
Menghasilkan enzim proteolityc peptidase yang memutuskan ikatan peptida selubung virus, sehingga menghambat
perkembangan virus
6,5-7,5 Memproduksi kristal protein dalam sel selama fase sporulasi. Kristal toksin memegang peranan penting karena
aktivitasnya sebagai insektisida
Menetralkan racun H2S dan nitrit melalui reaksi denitrifikasi
Mentetralkan racun H2S dan mengoksidasi ion besi yang menghambat respirasi dan pertumbuhan udang
2,0-4,0 Mengoksidasi senyawa sulfur menjadi senyawa yang tidak beracun dan menstabilkan air
Menetralkan racun H2S dalam lingkungan dasar tambak yang sangat asam pada lahan gambut dan pirit
Menghasilkan enzim ekstra seluler seperti,endo amilase, mananase, selulase dan α-glaktosidase yang dapat memperbaiki
proses pencernaan
Membantu proses pencernaan, membentuk biofilm PHA, sebagai bioremediasi dan biokontrol terhadap pathogen.
Menghasilkan asam laktat dan katalase untuk memperbaiki system pencernaan udang, memperbaiki dasar tambak secara
anaerob, mencegah konsumsi oksigen berlebihan didasar kolam
Membentuk koloni-koloni bakteri menguntungkan pada dinding saluran pencernaan sehingga menghalangi infeksi
penyakit
4,6-6,8 Menghasilkan senyawa asam-asam organic yang mampu menghambat perkembangan bibit penyakit di saluran pencernaan
Menfermentasi bahan organik didasar tambak secara anaerob, sehingga mengurangi produksi gas-gas beracun dari dasar
tambak
Menghasilkan senyawa-senyawa adjuvant polisakarida yang mampu memicu system kekebalan tubuh udang.
 BAKTERIOLOGI PADA BUDIDAYA UDANG VANAME
Bakteriologi merupakan bidang ilmu pengetahuan yang khusus
mempelajari tentang bakteri, perkembangbiakan bakteri, pemurnian bakteri,
inovasi rekayasa metabolisme bakteri dan pemanfaatanya. Aplikasi
bakteriologi dalam budidaya udang diantaranya adalah untuk pengolahan air
dan lumpur, menguraikan sisa pakan dan kotoran, menghambat pertumbuhan
mikroba merugikan, meningkatkan imunitas dan membantu proses pencernaan
makanan. Secara alami bakteri dilingkungan tambak sudah ada, namun bakteri
yang ada dilingkungan sangat beragam dan pada kenyataanya tidak semua
bakteri dapat menguntungkan untuk budidaya udang.
Bakteri mempunyai karakter tertentu dan bekerja spesifik. Contohnya
bakteri nitrobacter yang bekerja untuk proses nitrifikasi (pengubahan nitrit
menjadi nitrat), bakteri polyphosphate accumulating yang bekerja untuk
mengikat phosphate, bakteri sulfur yang berperan dalam siklus sulfur dan
menetralkan H2S, dan bakteri-bakteri lainnya yang mempunyai peran masing-
masing dilingkungan.
Keberadaan bakteri-bakeri menguntungkan harus dijaga agar
populasinya cukup banyak untuk mengimbangi beban kepadatan tebar pada
budidaya dan pencemaran yang ditimbulkannya. Karena pada budidaya udang
modern pada dasarnya adalah memanipulasi cara hidup alami udang dengan
kepadatan dan beban pakan yang tinggi. Dalam hal kepadatan dan beban
pencemaran, hal ini merupakan suatu kondisi yang melebihi kondisi alaminya,
sehingga peran teknologi dan inovasi bakteriologi sangat berperan untuk
mengimbangi kondisi tersebut. Oleh karena itu, sangat diperlukan bakteri-
bakteri dengan varietas unggul yang diproduksi dengan teknologi tinggi
dengan proses G.I.S. (Genetic Improvement System).
Pada kondisi tertentu dimana bakteri biasa sudah tidak mampu lagi, maka
inovasi dalam bidang bakteriologi untuk menghasilkan bakteri-bakteri varietas
unggul harus dilakukan.
Aplikasi bakteri harus logis dan tepat sasaran. Logis, artinya bakteri
yang digunakan harus memenuhi kaidah-kaidah ilmiah bakteriologi. Dan tepat
sasaran artinya, pemakaian bakteri harus sesuai kondisi lingkungan dan fungsi
dari bakteri tersebut. Penggunaan bakteri yang tidak sesuai kaidah-kaidah
bakteriologi dan tidak sesuai dengan kondisi lingkungan yang terjadi, maka
yang terjadi adalah fungsi bakteri tidak akan optimal.
Syarat bakteri dapat digunakan sebagai probiotik tambak udang adalah sbb:
1. Stabil dalam penyimpanan dan distribusi, produk yang tidak stabil dapat
mengubah sifat dan fungsi bakteri.
2. Tidak terkontaminasi oleh bakteri pathogen, adanya kontaminasi
menunjukan tingkat hygienitas produk.
3. Tahan asam, sehingga probiotik dapat hidup dan melindungi saluran
pencernaan udang yang bersifat asam.
4. Sumber bakteri harus jelas dan ada nomor serial varietas bakteri yang
berlaku secara international. Pengambilan bakteri secara acak dari
lingkungan dapat mengakibatkan kontaminasi dan membawa bibit
penyakit.
Aplikasi bakteri harus tepat sasaran, artinya penggunaan bakteri harus
sesuai fungsi dan cara kerja bakteri tersebut. Aplikasi bakteri dilakukan sesuai
fase-fase dimana bakteri akan berfungsi optimal, misalnya bakteri denitrifikasi
atau bakteri sulfur akan lebih tepat diaplikasikan pada saat fase budidaya
menghasilkan nitrat dan H2S. Sehingga biaya dan tenaga kerja yang
dikeluarkan untuk pembelian produk dan aplikasi bakteri dapat tepat sasaran.
MEKANISME KERJA BAKTERI
1.Bacillus
Bacillus adalah golongan bakteri pengurai bahan organik (heterotrof)
dan penghasil senyawa antimikroba serta hasil metabolisme yang membantu
proses penguraian limbah. Cara kerja bakteri bacillus dalam menguraikan
limbah organik adalah dengan cara memotong ikatan polisakarida maupun
ikatan peptida menjadi senyawa yang lebih sederhana sehingga mudah
diuraikan oleh golongan bakteri sejenis yang strain nya berdekatan. Setiap
jenis bakteri bacillus bekerja dengan cara spesifik dalam memotong ikatan
senyawa organik ini. Limbah pakan mengandung protein dengan kandungan
asam amino yang komplek, oleh karena itu diperlukan kompleksitas spesies
bakteri yang beragam. Semakin banyak macam/jenis spesies bakteri bacillus
yang digunakan maka semakin efektif kerja bakteri tersebut dalam penguraian
limbah yang komplek
Protein tersebut mengandung 20 asam amino dengan berbagai macam
jenis ikatan kimia (peptide, beta, gamma, alfa, kovalen, primer, sekunder,
tertier, dll) yang harus dipecahkan oleh bakteri pengurai. Oleh karena itu
penambahan tiga jenis bakteri bacillus saja kadang tidak cukup memberikan
hasil yang diharapkan, karena untuk menguraikan ikatan kimia yang komplek
itu diperlukan kerja sinergis beberapa jenis bakteri.
Bakteri bacillus banyak digunakan sebagai probiotik karena
kemampuanya dalam menghasilkan senyawa antimikroba yang dapat
menghambat perkembangan mikroorganisme lain yang merugikan. Semua
jenis golongan bacillus akan menghasilkan senyawa antimikroba ini dalam
kondisi tertentu apabila ada senyawa inducer yang mampu menginduksi
biosintesis senyawa antimikroba ini dalam sel nya. Seperti halnya tiram dalam
memproduksi mutiara harus diinduksi oleh benda asing yang masuk dalam
cangkangnya. Begitu juga dengan biosintesis antimikroba ini akan terjadi
apabila diinduksi oleh senyawa-senyawa tertentu.
Kandungan senyawa inducer ini terdapat dalam PREBIOTIK yang
mengatur alur metabolisme bakteri melaui modifikasi nutrisi yang komplek.
Jadi agar probiotik berfungsi maksimal maka harus dilengkapi dengan
PREBIOTIK yang mengandung senyawa-senyawa inducer yang menginduksi
metabolisme bakteri supaya menghasilkan metabolit-metabolit yang
menguntungkan.Selain senyawa inducer, keberhasilan probiotik juga
tergantung dari pH optimum spesies bakteri yang terkandung dalam probiotik
tersebut. Masing-masing spesies bakteri tersebut punya karakter spesifik dan
dan punya daya kerja pH optimum.
Beberapa produk sediaan bakteri mengandung lebih dari tiga macam
bakteri dengan maksud untuk mengantisipasi fluktuasi parameter kimia
dilingkungan tersebut. Sehingga semakin beragam kandungan bakteri dalam
suatu produk maka semakin besar kemungkinan beberapa spesies dapat
bekerja optimum.
2. Thiobacillus
Thiobacillus adalah bakteri chemototroph yang mampu menguraikan
senyawa-senyawa kimia sederhana yang beracun menjadi senyawa-senyawa
kimia yang tidak beracun. Thiobacillus berperan penting dalam reaksi
penguraian sulfur (H2S). Ada beberapa macam spesies bakteri thiobacillus,
diantaranya T. denitrificans, T. thiooxidans, T. novellus dan T. ferooxidans.
Masing-masing spesies bakteri punya kerja yang spesifik, beberapa spesies
thiobacillus efektif pada pH rendah dan beberapa spesies efektif pada pH
tinggi. Selain itu masing-masing spesies punya fungsi tambahan yang
spesifik sbb: Thiobacillus denitrificans berfungsi menetralkan racun H2S dan
nitrit melalui reaksi denitrifikasi, Thiobacillus ferrooxidans dapat
mentetralkan racun H2S dan mengoksidasi ion besi yang menghambat respirasi
dan pertumbuhan udang, Thiobacillus thiooxidans berfungsi mengoksidasi
senyawa sulfur menjadi senyawa yang tidak beracun dan menstabilkan air dan
Thiobacillus novellus dapat menetralkan racun H2S dalam lingkungan dasar
tambak yang sangat asam pada lahan gambut dan pirit. Bakteri thiobacillus
bekerja dengan cara system reaksi oksidasi-reduksi pada senyawa-senyawa
sulfur (H2S).
Senyawa H2S terdapat di tambak sebagai hasil proses dekomposisi
bahan organik dan air laut yang banyak mengandung sulfat. Senyawa H2S ini
dapat dideteksi dengan jelas pada saat melakukan pengeringan dasar tambak.
Dasar tambak yang mengandung banyak sulfur (H2S) akan bewarna hitam dan
tercium bau belerang. Kadar senyawa H2S ditambak pembesaran sebaiknya di
bawah 0,1 mg/l. Senyawa H2S dapat menyebabkan pertumbuhan terhambat,
penurunan daya tahan terhadap penyakit dan meningkatnya kematian udang
dan ikan. Disamping mengkonsumsi H2S, Tiobacillus denitrificans juga
menguraikan nitrat (NO3) menjadi nitrogen (N2) yang dilepas ke udara
melalui proses denitrifikasi sesuai reaksi berikut: NO3 à NO2 à NO à
N2 (N2 dilepaskan ke udara). Sehingga dalam kondisi tertentu bakteri ini
mampu berkompetisi dengan plankton dalam memperebutkan nitrat, yang
berdampak pada reaksi kesetimbangan populasi plankton dan bakteri, sehingga
performa air lebih stabil.
3. Actinobacteria
Actinobacteria adalah bakteri yang bekerja dengan cara memblokir ion
phosphate, sehingga ion phosphate tersebut tidak dapat dimanfaatkan oleh
mikroorganisme lainnya, dalam hal ini plankton. Actinobacteria berfungsi
untuk memblokir ion phosphate dalam air budidaya aquaculture yang sering
bermasalah dengan blooming plankton dan serangan plankton merugikan,
seperti BGA dan Dinoflagellate. Actinobacteria secara mikrobiologi
digolongkan menjadi Polyphosphate-accumulating organisms (PAOs) yang
dalam kondisi tertentu mampu memblokir ion phosphate sehingga ion
phosphate tidak dapat digunakan oleh plankton merugikan.
Bakteri Actinobacteria di perairan mampu berkompetisi dengan
plankton dalam penyerapan phosphate, sehingga akan menjaga keseimbangan
populasi bakteri dan plankton dalam perairan. Walaupun secara pengukuran
kadar phosphate dalam air tinggi karena pelarutan phosphate dari sumber air,
namun dengan introduksi bakteri Actinobacteria secara rutin dapat menjaga
kestabilan mikroflora lingkungan tambak. Mekanisme kerja Actinobacteria
yaitu Ion phosphate dalam air diblokir oleh bacteri Actinobacteria menjadi
senyawa phosphate dalam bentuk polyphosphate yang stabil dan tidak dapat
digunakan oleh alga merugikan.
 Bacillus sp
Bacillus sp merupakan bakteri Gram positif, berbentuk batang, dapat
tumbuh pada kondisi aerob dan anaerob. Sporanya tahan terhadap panas (suhu
tinggi), mampu mendegradasi Xylandan karbohidrat (Cowandan Stell’s,
1973). Bacillus spp mempunyai sifat: (1) mampu tumbuh pada suhu lebih dari
50 oC dan suhu kurang dari 5 oC, (2) mampu bertahan terhadap pasteurisasi,
(3) mampu tumbuh pada konsentrasi garam tinggi (>10%), (4) mampu
menghasilkan spora dan (5) mempunyai daya proteolitik yang tinggi
dibandingkan mikroba lainnya. Bacillus adalah salah satu genus bakteri yang
berbentuk batang dan merupakan anggota dari divisi
Firmicutes. Bacillus merupakan bakteri yang bersifat aerob obligat atau
fakultatif, dan positif terhadap uji enzim katalase.
Bacillus secara alami terdapat dimana-mana, dan termasuk spesies yang
hidup bebas atau bersifat patogen. Beberapa spesies Bacillus menghasilkan
enzim ekstraseluler seperti protease, lipase, amilase, dan selulase yang bisa
membantu pencernaan dalam tubuh hewan (Wongsa dan Werukhamkul, 2007).
Jenis Bacillus (B. cereus, B. clausii dan B. pumilus) termasuk dalam lima
produk probiotik komersil terdiri dari spora bakteri yang telah dikarakterisasi
dan berpotensi untuk kolonisasi, immunostimulasi, dan aktivitas
antimikrobanya (Duc et al., 2004).
Beberapa penelitian telah berhasil mengisolasi dan memurnikan
bakteriosin Bacillus sp. Gram positif diantaranya yaitu subtilin yang dihasilkan
oleh Bacillus subtilis (Kleinetal.1993), megacin yang dihasilkan oleh B.
megaterium (Tagg et al., 1976), coagulin dihasilkan oleh B.
coagulans (Hyronimus, 1998), cerein dihasilkan oleh B. cereus (Oscariz dan
Pisabarro, 2000), dan tochicin yang dihasilkan oleh B. thuringiensis (Paik et
al., 1997).
Bakteriosin merupakan zat antimikroba berupa polipeptida, protein,
atau senyawa yang mirip protein. Bakteriosin disintesis diri bosom oleh bakteri
selama masa pertumbuhannya dan umumnya hanya menghambat pertumbuhan
galur-galur bakteri yang berkerabat dekat dengan bakteri penghasil bakteriosin
(Kone & Fung, 1992). Menurut Tagg et al., (1976), kriteria yang merupakan
ciri-ciri bakteriosin adalah sebagai berikut: (1) memiliki spektra aktivitas yang
lebih sempit, (2) senyawa aktif merupakan polipeptida atau protein, (3) bersifat
bakterisida, (4) mempunyai reseptor spesifik pada sel sasaran, 5) gen
determinan terdapat pada plasmid. Senyawa antibiotik yang
dihasilkan Bacillus sp adalah basitrasin, pumulin, laterosporin, gramisidin, dan
tirocidin yang efektif melawan bakteri Gram positif serta kolistin dan
polimiksin bersifat efektif melawan bakteri Gram negatif. Sedangkan difficidin
memilikis pektrum lebar, mikobacilin dan zwittermicin bersifat antijamur
(Todar, 2005).
Kelebihan dan Kekurangan Bakteri Bacillus sp
1. Kelebihan
 Bacillus sp memiliki kemampuan dalam menghasilkan antibiotik yang
berperan dalam nitrifikasi dan denitrifikasi
 Pengikat nitrogen, pengoksidasi selenium (Se), pengoksidasi dan
pereduksi mangan (Mn)
 Bersifat khemolitotrof, aerob dan fakultatif anaerob
 Dapat melarutkan karbonat
 Dapat melarutkan posfat, dan menurunkan pH substrat akibat asam
organik yang dihasilkannya
 Dapat melakukan mineralisasi terhadap bahan organik kompleks baik
berupa senyawa polisakarida, protein maupun selulosa
2. Kekurangan
Bacillus sp ini dapat dimanfaatkan pada tahap persiapan lahan tambak
dan pembentukan air pada masa awal budidaya ikan/ udang. Pembentukan
plankton, bakteri pembentuk flock, menurunkan pH dan stabilisasi alkalinitas
berupa pembentukan buffer (penyanggah) bikarbonat-asam karbonat dapat
terlaksana. Namun jika dilanjutkan terus dari masa pertengahan budidaya
hingga akhir (panen) maka eutrofikasi air dapat terjadi, konsentrasi posfat dan
nitrit dapat meningkat sebagai akibat pelarutan posfat dan degradasi protein
dari sisa pakan dan kotoran ikan/ udang serta produksi nitrit yang intens dari
hasil pernafasan denitrifikasi Bacillus sp. Rentang pH pagi – sore juga dapat
bergerak melebar, akibat daya larut terhadap karbonat yang bisa menyebabkan
ketidakseimbangan buffer bikarbonat-asam karbonat dan radikal karbonat
terbentuk (kalsinasi). Disamping itu, enzim protease dan chitinase yang
dihasilkan selama fermentasi Bacillus sp dapat secara ekstrim mengganggu
siklus dan kesempurnaan moulting bagi udang.
Secara individu, spesies-spesies Bacillus sp memiliki kemampuan khas
masing-masing sehingga dapat dimanfaatkan dalam kegiatan budidaya ikan/
udang, yaitu:
a) B. subtilis dan B. cereus memiliki kemampuan untuk melakukan lysis
terhadap cyanobacteria (BGA) pada konsentrasi 103 sel/ml di air kolam.
 Menghasilkan cyanobacteriocyde sehingga cocok untuk digunakan sebagai
kontrol biologi terhadap blooming blue green algae.
b) B. megaterium dan B. polymyxa mampu menghasilkan antibiotik berupa
megacin dan polymycin yang efektif untuk menekan pertumbuhbiakan
vibrio, Escherchia colli dan Aeromonas. B. Polymyxa memiliki berbagai
macam potensi termasuk antibiotik peptida, protease, dan berbagai macam
enzim carbohydrateutilizing, seperti P-amilase,,-D-xilanase, pullulanase,
glukosa isomerase, dan polygalacturonate liase.
c) B. coagulans dan B. lichenoformis mampu mensintesis secara cepat dan
massal lectin dan polyhydroxyalkanoat (PHA) untuk polimerisasi activated
sludge/bioflok, sehingga cocok untuk penebalan bioflok di air
kolam/tambak jika diperlukan.
d) B. subtilis dan B. coagulans mampu menghentikan diare/mencret pada
ikan/udang jika digunakan sebagai aditive pada pakan. B. subtilis memiliki
kemampuan memproduksi antibiotik dalam bentuk lipopeptida, salah
satunya adalah iturin. Iturin membantu B. subtilis berkompetisi dengan
mikroorganisme lain dengan cara membunuh mikroorganisme lain atau
menurunkan tingkat pertumbuhannya. Iturin juga memiliki aktivitas
fungisida terhadap pathogen. Serta menghasilkan subtilin sebagai antibiotik
yang digunakan untuk menekan populasi abkeri pathogen. B.
coagulans mampu menghasilkan enzim amilase dan lipase
e) B. lichenoformis mampu menghasilkan enzim protease yang dapat
meningkatkan daya cerna protein dari pakan sehingga mampu
meningkatkan protein efficiency ratio pakan (fermented feed). Bakteri ini
merupakan species bakteri yang mampu menghasilkan protease dalam
jumlah yang relatif tinggi. Jenis protease yang dihasilkan oleh bakteri ini
adalah enzim ekstraselular yang tergolong proteinase serin karena
mengandung serin pada sisi aktifnya.
f) B. subtilis dan B. lichenoformis dapat menghasilkan biosurfaktan yang
mampu memotong gugus peptida dari toksin blue green algae.
g) B. subtilis, B. cereus dan B. megaterium mampu mengoksidasi senyawa
hidrokarbon seperti minyak bumi dan fenol. B. megaterium merupakan
h) produser utama untuk vitamin B12 dan penicillin. Selain itu, juga dapat .
memproduksi enzim yang berfungsi untuk sintetik steroid dan stabilitas 5)
yang baik dari plasmid rekombinan (Vary, 2007).
i) B. subtilis dan B. lichenoformis penghasil biosurfactan dengan jenis
lipoprotein (biosurfactin).