ENZIM
Disadur
Ada dua kondisi mendasar untuk hidup. Pertama,
organisme harus dapat mereplikasi diri dan kedua,
harus mampu mengkatalisasi reaksi kimia secara
efisien dan selektif. Sistem hidup memanfaatkan
energi dari lingkungan. Misalnya kita mengkonsumsi
sejumlah besar gula (sukrosa) sebagai semacam
bahan bakar, biasanya gula dalam bentuk makanan
dan minuman. Konversi sukrosa menjadi CO 2 dan H2O
dengan adanya oksigen adalah proses yang sangat
eksergonik, melepaskan energi bebas yang dapat kita
gunakan untuk berpikir, bergerak, merasakan, dan
melihat. Sekantong gula dapat tetap di rak selama
bertahun-tahun tanpa konversi menjadi CO2 dan H2O
walaupun secara termodinamika memungkinkan
namun prosesnya sangat lambat. Namun ketika
sukrosa dikonsumsi oleh manusia (atau hampir semua
organisme lain), maka sukrosa diuraikan menjadi CO2
dan H2O dan melepaskan energi kimia dalam
hitungan detik. Perbedaannya dari kedua fenomena
tersebut adalah adanya adalah biokatalisis. Tanpa
biokatalisis, reaksi kimia seperti oksidasi sukrosa tidak
dapat terjadi pada skala waktu yang sangat singkat
dan bermanfaat untuk pertahankan kehidupan. Reaksi
biokatalisis dalam makhluk hidup dilakukan oleh
katalis yang disebut enzim, yaitu suatu protein yang
luar biasa yang memungkinkan reaksi-reaksi dapat
terjadi dengan sangat cepat dalam sistem biologi
Enzim memiliki kekuatan katalitik yang luar
biasa, sering kali jauh lebih besar daripada katalis
sintetis atau anorganik. Reaktan dari suatu reaksi
yang dikatalisis oleh enzim pad umumnya disebut
substrat. Enzim memiliki tingkat spesifisitas yang
tinggi terhadap substrat mereka, mmempercepat
reaksi sangat cepat, dan mereka berfungsi dalam
larutan berair di bawah kondisi suhu dan pH tertentu.
Enzim adalah pusat dari setiap proses
biokimia yang bekerja dalam urutan yang terorganisir,
mengatalisis ratusan reaksi secara bertahap dalam
mendegradasi molekul dari makanan yang
menurunkan molekul nutrisi dan menyimpan energi
yang berasal dari hasil degradasi dan mengubahnya
menjadi energi kimia serta membuat makromolekul
dari prekursor sederhana. Studi tentang enzim
memiliki kepentingan praktis yang sangat besar.
Dalam beberapa penyakit, terutama penyakit kelainan
genetik, mungkin disebabkan karena kekurangan atau
bahkan tidak adanya satu atau lebih enzim. Kondisi
penyakit lain dapat disebabkan oleh aktivitas enzim
yang berlebihan. Pengukuran aktivitas enzim dalam
dari
Principle of
Biochemist
plasma darah, eritrosit, atau jaringan sangat penting
dalam mendiagnosis penyakit tertentu. Banyak obat
bekerja melalui interaksinya dengan enzim. Enzim
juga merupakan alat praktis penting dalam teknik
kimia, teknologi pangan, dan pertanian.
Pada kegiatan belajar ini akan dideskripsikan
sifat-sifat enzim dan prinsip-prinsip yang mendasari
kekuatan katalitiknya, kemudian membahas enzim
kinetika. disiplin yang menyediakan banyak kerangka
kerja untuk setiap diskusi enzim.
1. Pengantar tentang enzim
Sebagian besar sejarah biokimia adalah
sejarah penelitian enzim. Biokatalis dikenal
pertamakali pada akhir 1700-an, dalam studi tentang
pencernaan daging oleh sesuatu zat yang
disekresikan perut. Penelitian berlanjut pada tahun
1800-an dengan memeriksa konversi pati menjadi
gula oleh air liur dan berbagai ekstrak tanaman. Pada
tahun 1850-an, Louis Pasteur menyimpulkan bahwa
fermentasi gula menjadi alkohol oleh ragi dikatalisis
oleh sesuatu yang disebut "ferment" Dia
mempostulatkan bahwa ferment ini tidak terpisahkan
dari struktur sel ragi hidup; pandangan ini, yang
disebut vitalisme, berlaku selama beberapa dekade.
Kemudian pada tahun 1897 Eduard Buchner
menemukan bahwa ekstrak ragi dapat
memfermentasi gula menjadi alkohol, membuktikan
bahwa fermentasi dilakukan oleh molekul dan molekul
ini masih terus s berfungsi jika dipisahkan dari sell.
Percobaan Buchner sekaligus menandai akhir dari
gagasan vitalistik dan lahirnya ilmu biokimia.
Frederick W. Kühne kemudian memberikan nama
enzim (dari enzymos Yunani,"berseni") ke molekul
yang terdeteksi oleh Buchner
Eduard Buchner, 1860–1917 James Sumner, 1887–1955 J. B. S. Haldane, 1892–1964
Isolasi dan kristalisasi urease oleh James Sumner
pada tahun 1926 adalah sebuah terobosan dalam
studi enzim awal. Sumner menemukan bahwa kristal
urease seluruhnya terdiri dari protein, dan ia
mempostulatkan bahwa semua enzim adalah protein.
Dengan tidak adanya contoh lain, ide ini tetap
kontroversial untuk beberapa waktu. Pada tahun1930-
an kesimpulan Sumner diterima secara luas, setelah
John Northrop dan Moses Kunitz mengkristal pepsin,
trypsin, dan enzim pencernaan lainnya dan
menemukan bahwa enzim-enzim tersebut juga
menjadi protein. Selama periode ini, J. B. S. Haldane
menulis risalah berjudul Enzim. Haldane membuat
usulan yang luar biasa bahwa interaksi ikatan yang
lemah terjadi antara enzim dan substrat nya dapat
digunakan untuk mengkatalisasi reaksi. Wawasan
ini merupakan intisari dari pemahaman kita saat ini
tentang katalisis enzimatik. Sejak akhir abad kedua
puluh, ribuan enzim telah dimurnikan, struktur mereka
dijelaskan, dan mekanisme mereka menjelaskan
Hampir semua enzim yang telah ditemukan adalah
protein. Aktivitas katalitik mereka tergantung pada
integritas konformasi protein asli mereka. Jika enzim
didenaturasi atau mengalami disosiasi ke dalam
subunit, aktivitas katalitiknya biasanya hilang. Jika
enzim dipecah menjadi asam amino komponennya,
aktivitas katalitiknya selalu hilang. Dengan demikian
struktur primer, sekunder, tersier, dan quaternary
enzim protein sangat penting untuk aktivitas katalitik
mereka.
Enzim, seperti halnya protein lainnya, memiliki bobot
molekuler mulai dari sekitar 12.000 hingga lebih dari 1
juta. Sebagian enzim tidak memerlukan senyawa
kimia non protein untuk aktivitas, komponen
penyusunnya hanya residu asam amino. amino
mereka. Sebagian enzim lainnya memerlukan
komponen kimia tambahan yang disebut
kofaktor, yaitu ion-ion anorganik, seperti Fe2,
Mg2, Mn2, atau Zn2 (Tabel 1), atau molekul
organik atau metallo-organik yang disebut
koenzim. Koenzim bertindak sebagai molekul
karier sementara dari gugus-gugus fungsional.
Tabel 1. Beberapa ion yang ada dalam enzim
Ion Enzim
Cu2+ Sitokrom oksidase
2+ 3+
Fe atau Fe Sitokrom oksdase, catalase, peroksidase
K+ Piruvat kinase
2+
Mg Hexokinase, glukosa 6-fosfatase,
piruvatkinase
Mn2+ Arginase, ribonukleotida reduktase
Mo2+ Dinitrogenase
Ni 2+
Urease
2+
Zn Karbonat, anhydrase, alkohol dehidrogenase,
carboxypeptidases A dan B
Kebanyakan koenzim berasal dari vitamin yaitu nutrisi
yang dibutuhkan dalam jumlah kecil dalam makanan.
Beberapa enzim membutuhkan kedua koenzim dan
satu atau lebih logam ion untuk aktivitas. Koenzim atau
ion logam yang terikat sangat kuat atau bahkan terikat
secara kovalen pada enzim protein disebut gugus
prostetik. Enzim aktif mengkatalitik dan secara
lengkap berupa protein yang mengikat koenzim dan /
atau ion logam disebut dengan holoenzim.
Sedangkan bagian protein dari enzim yang belum
mengikat kofaktor maupun koenzim disebut apoenzim
atau apoprotein. Beberapa protein enzim dimodifikasi
secara kovalen oleh fosforilasi, glikosilasi, dan proses
lainnya.
2. Klasifikasi enzim
Banyak enzim telah diberi nama dengan
menambahkan akhiran "-ase" dibelakang nama
substratnya atau pada kata./ frasa yang
menggambarkan aktivitasnya. Dengan demikian
urease mengkatalisasi hidrolisis urea, dan DNA
polimerase mengkatalisasi polimerisasi nukleotida
membentuk DNA. Enzim lain dinamai oleh penemu
mereka untuk fungsi yang luas, sebelum reaksi
spesifik katalis dikenal. Sebagai contoh, enzim yang
dikenal untuk bertindak dalam pencernaan makanan
bernama pepsin, dari pepsis (Yunani ,"pencernaan”),
dan lysozyme dinamai karena kemampuannya untuk
lyse (memecah) dinding sel bakteri. Masih ada yang
dinamai untuk sumber mereka: trypsin, dinamai dari
trye (Yunani, "untuk memakai ke bawah), " diperoleh
dengan menggosok jaringan pankreas dengan
gliserin. Kadang-kadang enzim yang sama memiliki
dua nama atau lebih, atau dua enzim yang berbeda
memiliki nama yang sama. Karena ambiguitas
tersebut, dan semakin meningkatnya jumlah enzim
yang baru ditemukan, biokimiawan, dengan perjanjian
internasional, telah mengadopsi sistem untuk
penamaan dan mengklasifikasikan enzim. Sistem ini
membagi enzim menjadi enam kelas, dan masing-
masing memiliki subkelas, berdasarkan jenis reaksi
yang dikatalisis (Tabel 3). Setiap enzim diberi nomor
klasifikasi empat angka dan nama sistematis, yang
mengidentifikasi reaksi yang dikatalisisnya. Sebagai
contoh nama sistematis enzim yang mengkatalis
reaksi :
ATP + D-glukosa  ADP + D-glukosa 6-fosfat
disebut dengan ATP : glukosa fosfortransferase, yang
menunjukkan bahwa enzim tersebut mengkatalisasi
transfer gugus fosforil dari ATP ke glukosa. Nomor
Komisi Enzim (nomor E.C. adalah 2.7.1.1. Number
pertama (2) menunjukkan nama kelas (transferase);
nomor kedua (7) untuk subkelas (fosfortransferase);
nomor ketiga (1) untuk fosfortransferase dengan
kelompok hidroksil sebagai akseptor. Namun orang
seringkali menggunakan nama trivialnya yaitu
heksokinase. Daftar lengkap dan deskripsi ribuan
enzim yang diketahui dikelola oleh Komite
Nomenklatur International dari Union of Biochemistry
and Molecular Biology (www.chem.qmul.ac.uk/
iubmb/enzyme).
Tugas 1. Akseslah link Union of Biochemistry and
Molecular Biology tersebut di atas, ambillah masing-masing
kelas satu enzim, dan jelaskan secara detail tentang reaksi
yangdi katalisis dan makna dari keempat nomor pada nama
enzim tersebut.
3. Bagaimanakah enzim bekerja
Reaksi katalisis enzimatik sangat penting untuk
sistem hidup. Dalam kondisi biologis yang
relevan, reaksi yang tidak dikatalisis cenderung
lambat — sebagian besar molekul biologis cukup
stabil di lingkungan pH netral, suhu badan, dandi
lingkungan berair di dalam sel. Selain itu, banyak
proses kimia tidak mungkin di lingkungan seluler,
seperti pembentukan senyawa antara yang tidak
stabil atau tumbukan dua atau lebih molekul
dalam orientasi yang tepat yang diperlukan untuk
reaksi. Reaksi yang diperlukan untuk mencerna
makanan, mengirim sinyal saraf, atau kontrak
otot tidak terjadi tanpa katalisis. Enzim
menghindari masalah umum pada reaksi kimia
yang biasa terjadi di bejana reaksi kimia
misalnya tabung reaksi dengan menyediakan
lingkungan tertentu di mana reaksi tertentu dapat
terjadi lebih cepat. Fitur istimewa dari reaksi yang
dikatalisis enzim terjadi pada suatu daerah
diprotein yang disebut sisi aktif (active site)
(Gambar 1). Molekul yang terikat di sisi aktif dan
dan akan direaksikan oleh enzim disebut
substrat. Permukaan sisi aktif dilapisi oleh
residu asam amino dengan gugus substituen
yang mengikat substrat (membentuk kompleks
enzim-substrat) dan mengkatalisasi transformasi
kimianya. Seringkali, sisi aktif menutup substrat,
memisahkan sepenuhnya dari dari larutan.
Kompleks enzim-substrat, pertama kali diusulkan
oleh Charles-Adolphe Wurtz pada tahun 1880,
adalah landasan teoritis yang tetap digunakan
sekarang. Ide kompleks enzim-subatrat ini juga
merupakan titik awal untuk penurunan
persamaan matematika yang mendefinisikan
perilaku kinetik reaksi katalisis enzimatik dan
untuk menggambarkan secara teroritis
mekanisme enzim.
Gambar 1. Pengikatan substrat pada enzim disisi
aktif.
3.a. Enzim mempengaruhi kecepat reaksi bukan
mempengaruhi kesetimbangan.
Reaksi enzimatik sederhana mungkin ditulis
sebagai berikut :
dimana E, S, dan P mewakili enzim, substrat,
dan produk; ES dan EP adalah kompleks
sementara enzim dengan substrat dan dengan
produk. Untuk memahami katalisis, pertama-
pertama kita harus memahami perbedaan
penting antara kesetimbang reaksi dan
kecepatan reaksi. Fungsi katalis adalah untuk
meningkatkan kecepatan reaksi. Katalis tidak
mempengaruhi kesetimbangan reaksi. (Ingat
bahwa reaksi berada pada keseimbangan ketika
tidak ada perubahan bersih dalam konsentrasi
reactant atau produk.) Reaksi apa pun, seperti
S↔P, dapat dijelaskan oleh diagram koordinat
reaksi (Gambar 2) yaitu gambar perubahan
energi selama reaksi. Energi dalam sistem
biologis dijelaskan dalam hal energi bebas, G.
Dalam koordinat diagram, energi bebas dari
sistem diplot terhadap kemajuan reaksi
(koordinat reaksi). Titik awal untuk reaksi kek
kanan atau kekiri disebut keadaan dasar (ground
state).
Status transisi (‡)
Energi Minuman
G‡
G
S P
G‡
P S
S G
Ground P peristiwa seperti kerusakan ikatan, pembentukan
state Ground
state
Gambar 2. Diagram koordinat reaksi.
KONVENSI KUNCI: Untuk menggambarkan
perubahan energi bebas untuk reaksi, ahli kimia
mendefinisikan kondisi standar (suhu 298 K;
tekanan parsial setiap gas 1 atm, atau 101,3
kPa; konsentrasi masing-masing 1M) dan
mengekspresikan perubahan energi bebas untuk
sistem yang bereaksi di bawah kondisi ini
sebagai ΔG, perubahan energi bebas standar.
Karena sistem biokimia umumnya melibatkan
konsentrasi H+ jauh di bawah 1M, maka ahli
biokimia mendefinisikan perubahan energi bebas
standar biokimia, ΔG0,perubahan energi bebas
standar pada pH 7.0;
Keseimbangan antara S dan P mencerminkan
perbedaan dalam energi bebas dari keadaan
standarnya. Dalam contoh yang ditunjukkan
pada Gambar 2, energivbebas dari keadaan
tanah P lebih rendah daripada S, jadi ΔG0 untuk
reaksi negatif (reaksi eksergonik) dan pada
keseimbangan ada lebih P daripada S
(keseimbangan favors P). Posisi dan arah
keseimbangan tidak dipengaruhi oleh katalis apa
pun. Keseimbangan yang menguntungkan tidak
berarti bahwa konversi S menjadi P terjadi pada
kecepatan yang terdeteksi. Kecepatan reaksi
tergantung pada parameter yang sama sekali
berbeda. Ada energi penghalang antara S dan P:
energi yang diperlukan untuk penyelarasan
posisi gugus-gugus yang bereaksi, pembentukan
muatan tidak stabil sementara, pengaturan ulang
ikatan, dan transformasi lainnya memerlukan d
untuk reaksi untuk terjadinya reaksi ke kedua
arah. Haldiilustrasikan oleh energi "bukit" dalam
Gambar 2 dan 3. Untuk terjadinya reaksi,
molekul harus mengatasi energi penghalang ini
dan karena itu harus dinaikkan ke tingkat energi
yang lebih tinggi. Di bagian atas puncak energi
adalah titik di mana perubahan dapat terjadi ke
ke keadaan dasar S atau P sama-sama mungkin
terjadi, keadaan ini disebut keadaan transisi.
Keadaan transisi bukanlah spesies kimia dengan
stabilitas yang signifikan dan tidak boleh
disamakan dengan ion intermediate yang
bereaksi (seperti ES atau EP). Keadaan ini
hanyalah momen molekuler sekilas di mana
ikatan, dan pembentukan muatan yang dapat
berlanjut ke ke titik yang tepat di mana
perubahan ke arah substrat atau produk sama-
sama mungkin terjadi. Perbedaan antara tingkat
keadaan dasar dan keadaan transisi disebut
energi aktivasi (activation energy, ΔG‡.
Kecepatan reaksi mencerminkan energi aktivasi
ini: energi aktivasi yang lebih tinggi artinya
dengan reaksi yang lebih lambat. Kecepatan
reaksi dapat ditingkatkan dengan meningkatkan
suhu dan / atau tekanan, sehingga
meningkatkan jumlah molekul dengan energi
yang cukup untuk mengatasi energi penghalang.
Energi aktivasi dapat diturunkan dengan
menambahkan katalis (Gbr. 3). Katalis
meningkatkan kecepatan dengan menurunkan
energi aktivasi. Enzim memiliki sifat yang sama
dengan katalis yaitu tidak mempengaruhi
kesetimbangan reaksi. Peran enzim adalah
untuk mempercepat konversi S menjadi P atau
sebaliknya. Enzim tidak digunakan dalam
proses, dan titik keseimbangan tidak
terpengaruh. Namun, reaksi mencapai
keseimbangan jauh lebih cepat ketika ada enzim
yang tepat, karena kecepatan reaksi meningkat.
Status transisi (‡)
Energi Minuman
G‡uncat
G
‡ (Kucing
)
G‡
Kuci
Itu Ep
S
ng
P
Gambar 3. Perbedaan koordinat reaksi antara reaksi
enzimatik dengan reaksitanpa enzim.
Prinsip umum ini diilustrasikan dalam konversi
sukrosa dan oksigen menjadi karbon dioksida
dan air:
 C12H22O11 + 12O2  12CO2 + 11H2O keseimbangan, Keq.. Di bawah kondisi standar
yang digunakan untuk membandingkan proses
Konversi ini terjadi melalui serangkaian reaksi
biokimia, konstanta keseimbangan
terpisah, memiliki ΔG0 yang sangat besar dan
dilambangkan Keq :
negatif, dan pada keseimbangan jumlah sukrosa
yang ada diabaikan. Sukrosa adalah senyawa
yang stabil, karena energi penghalang aktivasi
yang harus diatasi sebelum sukrosa bereaksi Dari termodinamika, hubungan antara Keq dan
dengan oksigen cukup tinggi. Sukrosa dapat ΔG dapat dijelaskan oleh persamaan:
disimpan dalam wadah dengan oksigen hampir
tanpa batas tanpa bereaksi. Dalam sel, sukrosa
mudah dipecah menjadi CO2 dan H2O dalam
di mana R adalah konstanta gas, 8,315 J/mol K,
serangkaian reaksi yang dikatalisis oleh enzim-
dan T adalah suhu absolut, 298 K (250C).. Poin
enzim. Enzim-enzim ini tidak hanya
penting di sini adalah bahwa konstanta
mempercepat reaksi, mereka mengatur dan
keseimbangan secara langsung terkait dengan
mengendalikan reaksi sehingga banyak energi
perubahan energi bebas standar untuk reaksi
dilepaskan dan disimpan dalam bentuk energi
(Tabel 6-4). Nilai negatif yang besar untuk ΔG’0
kimia lainnya dan tersedia untuk aktivitas sel.
mencerminkan keseimbangan reaksi yang
Jalur reaksi yang sukrosa (dan gula lainnya)
menguntungkan kearah pembentukan produk.
dipecah adalah jalur utama penghasil energi
Tabel 4 menunjukkan hubungan antara
untuk sel, dan enzim-enzim ini memungkinkan
konstanta kesetimbangan dan perubahan energi
reaksi secara berurutan yang berguna secara
bebas standar
biologis.

Setiap reaksi mungkin memiliki beberapa

langkah, yang melibatkan pembentukan dan
hilangnya spesies kimia sementara (transient
intermediate). Pereaksi antara (intermediate)
adalah spesies memiliki masa waktu hidup yang
terbatas (lebih lama dari getaran molekuler, 10-13
detik). Ketika reaksi S ↔P dikatalisis oleh enzim,
kompleks ES dan EP dapat dianggap perantara,
meskipun S dan P adalah spesies kimia yang
stabil Kompleks ES dan EP menempati lembah
dalam diagram koordinat reaksi (Gbr. 3).
Interkonversi dari dua pereaksi antara terjadi
beruruta dalam tahapan reaksi. Ketika beberapa
langkah terjadi dalam reaksi, tingkat keseluruhan
ditentukan oleh langkah-langkah dengan energi
aktivasi tertinggi; ini disebut langkah tahap Enzim adalah katalis yang luar biasa.
pembatas. Dalam kasus sederhana, langkah Peningkatan kecepatan reaksi meningkat
pembatasan adalah titik energi tertinggi dalam kisaran 105 hingga 1017 (Tabel 5). Enzim juga
diagram interkonversi S dan P. Dalam sangat spesifik, mampu membedakan antara
prakteknya, langkah pembatasan tingkat dapat substrat dengan struktur yang sangat mirip.
bervariasi dengan kondisi reaksi, dan bagi Bagaimana peningkatan kecepatan reaksi yang
banyak enzim beberapa langkah mungkin sangat besar dan sangat selektif ini dapat
memiliki energi aktivasi yang sama, yang berarti dijelaskan? Apa sumber energi untuk
mereka semua membatasi tingkat sebagian. menurunkan dramatis energi aktivasi untuk
reaksi tertentu?
Keseimbangan reaksi terkait erat dengan
perubahan energi bebas standar untuk reaksi, Jawaban atas pertanyaan-pertanyaan ini
ΔG0, dan kecepatan reaksi terkait dengan energi memiliki dua bagian yang berbeda tetapi tetapi
aktivasi, ΔG‡. Kesetimbangan reaksi, seperti berhbungan. Yang pertama terletak pada
S↔P digambarkan oleh konstanta
penataan ulang ikatan kovalen selama reaksi menurunkan energi aktivasi reaksi. Dua prinsip
terjadi. dasar dan saling terkait memberikan penjelasan
umum tentang bagaimana enzim menggunakan
energi pengikat noncovalent:

1. Sebagian besar kekuatan katalitik enzim pada

akhirnya berasal dari energi bebas yang
dilepaskan dalam membentuk banyak ikatan
lemah dan interaksi antara enzim dan
substratnya. Energi mengikat ini berkontribusi
pada kekhususan substrat serta katalisis.
2. Interaksi yang lemah dioptimalkan dalam
keadaan transisi reaksi; sisi aktif site
komplementer bukan untuk substrat per se
tetapi untuk keadaan transisi dimana substrat
mampu mengatasi keadaan transisi substrat
Terjadi banyak reaksi antara substrat dan gugus- dan dikonversi ke produk selama reaksi
gugus fungsional enzim (rantai samping asam enzimatik.
amino tertentu, ion logam, dan koenzim). Gugus
fungsional dari enzim membentuk ikatan kovalen
sementara dengan substrat dan
mengaktifkannya untuk reaksi, atau gugus fungsi
dapat ditransfer sementara dari substrat ke
enzim. Dalam banyak kasus, reaksi ini terjadi
hanya di sisi aktif enzim. Interaksi kovalen antara
enzim dan substrat menurunkan energi aktivasi
(dan dengan demikian mempercepat reaksi)
dengan menyediakan jalur alternatif yaitu, jalur
reaksi dengan energi yang lebih rendah.

Penjelasa pertanyaan kedua adalah adanya

interaksi noncovalent antara enzim dan substrat.
Ingat bahwa interaksi lemah, interaksi non-
kovalen membantu menstabilkan struktur protein
dan interaksi protein-protein. Interaksi yang Gambar 4. Bentuk yang komplementer antara substrat dan
sama ini sangat penting untuk pembentukan sisi aktif.
kompleks antara protein dan molekul kecil,
Bagaimana enzim menggunakan energi pengikat
termasuk substrat enzim. Sebagian besar energi
untuk menurunkan energi aktivasi untuk reaksi?
yang diperlukan untuk menurunkan energi
Emil Fischer membuatnya usulan tentang
aktivasi berasal dari lemah, interaksi noncovalent
mekanisme reaksi enzimatik pada tahun 1894,
antara substrat dan enzim. Apa yang benar-
bahwa enzim secara struktural komplementer
benar membedakan enzim dari kebanyakan
dengan substratnya, sehingga keduanya saling
katalis lainnya adalah pembentukan kompleks
sesuai secara struktur seperti gembok dan kunci
ES tertentu. Interaksi antara substrat dimediasi
(lock and key) (Gambar. 64).
oleh kekuatan yang sama yang menstabilkan
struktur protein, termasuk ikatan hidrogen dan Tugas 2. Tampilkan visualisasi dihidrofolat
interaksi hidrofobik dan ionik. Pembentukan reductase (PDB ID: 1RA2) dengan tampilan mirip
setiap interaksi yang lemah di kompleks ES Gambar 4. Identifikasi protein, koenzim dan
disertai dengan pelepasan sejumlah kecil energi kofaktonya bila ada dan deskripsikan bagaimana
bebas yang menstabilkan interaksi. Energi yang sisi aktif dari enzim tersebut.
berasal dari interaksi enzim-substrat disebut
energi mengikat, ΔGB, binding energy (energi Ide ini menggambarkan bahwa interaksi spesifik
pengikat). Energi pengikat adalah sumber energi (eksklusif) antara dua molekul biologis dimediasi
bebas utama yang digunakan oleh enzim untuk oleh permukaan molekuler dengan bentuk yang
komplementer. Namun, hipotesis "gembok dan
kunci" tidak sesuai ketika diterapkan pada
katalisis enzimatik. Bila enzim benar-benar
komplementer untuk substratnya, maka reaksi
enzimatik tidak dapat terjadi. Perumpamaannya
reaksi imajiner, pemecahan tongkat logam
magnet. Reaksi tidak dapat dikatalisis seperti
pada gambar Gambar 5a. Mari kita periksa dua
enzim sebagai pembungkus atau kantong
tongkat dan substrat berupa tongkat imajiner
yang keduanya menggunakan gaya magnetik
sebagai paradigma untuk energi pengikat yang
digunakan oleh enzim pada kondisi riil. Pada
Gambar 5b enzim dan substrat saling
komplementer secara sempurna. Sisi aktif enzim
(dalam hal ini dimisalkan kantong tongkat)
dilapisi oleh magnet yang bentuknya komplemen
dengan tongkat (substrat). Untuk dapat bereaksi
(putus), tongkat harus mencapai keadaan transisi
reaksi, tetapi tongkat yang posisinya tepat sekali
dan terikat kuat pada sisi aktif tidak dapat
dibengkokkan, karena saat membengkok akan
menghilangkan beberapa interaksi magnetik
antara tongkat dan enzim. Kondisi ini pada
enzyme akan menghambat reaksi dan berakibat
menstabilkan substrat sehingga reaksi tidak
terjadi. Dalam diagram koordinat reaksi (5b),
kompleks ES semacam ini akan berada dengan
palung energi dimana substrat akan mengalami
kesulitan untuk lepas dari enzim, dan reaksi tidak
terjadi.
Gambar 5. Enzim imaginer yang mengkatalisis pemutusan
tongkat (substrat)
Gagasan yang baru tentang mekanisme katalisis
enzimatik, pertama kali diusulkan oleh Michael
Polanyi (1921) dan Haldane yang dielaborasi
oleh Linus Pauling pada tahun 1946 dan William
P. Jencks pada tahun 1970-an dimana untuk
mengkatalisasi reaksi, enzim harus
komplementer dengan keadaan transisi reaksi.
Ini berarti bahwa interaksi optimal antara
substrat dan enzim hanya terjadi dalam keadaan
transisi. Gambar 5c menunjukkan bagaimana
enzim seperti itu dapat bekerja. Tongkat logam
mengikat ke kantong tongkat, tetapi hanya
keadaan dari kemungkinan interaksi magnetik
yang ada dalam membentuk kompleks ES.
Substrat yang terikat masih harus mengalami
peningkatan energi bebas yang diperlukan untuk
mencapai keadaan transisi. Bagaimanapun,
peningkatan energi bebas yang diperlukan untuk
menarik tongkat ke dalam konformasi bengkok
dan sebagian rusak akibat oleh interaksi
magnetik (energi mengikat) yang terbentuk
antara enzim dan substrat dalam keadaan
transisi. Banyak dari interaksi ini melibatkan
bagian-bagian tongkat yang jauh dari titik
pemutusan; sehingga interaksi antara kantong
tingkat dan bagian-bagian yang tidak bereaksi
dari tongkat memberikan beberapa energi yang
diperlukan untuk mengkatalisasi kerusakan
tongkat. Hail ini yang menjelaskan energi
aktivasi bersih yang lebih rendah dan kecepatan
reaksi yang lebih cepat.
Enzim pada kondisi riil bekerja dengann prinsip
analog. Beberapa interaksi yang lemah terbentuk
di kompleks ES, tetapi komplemen penuh
interaksi tersebut antara substrat dan enzim
terbentuk hanya ketika substrat mencapai
keadaan transisi. Energi bebas (energi mengikat)
yang dilepaskan oleh pembentukan interaksi ini
sebagian mengimbangi energi yang diperlukan
untuk mencapai puncak bukit energi.
Penjumlahan energi aktivasi yang tidak
menguntungkan (positif) ΔG‡ dan energi mengikat
ΔGB yang menguntungkan (negatif)
menghasilkan energi aktivasi yang lebih rendah
(Gambar. 6). Bahkan pada enzim, keadaan
transisi bukanlah spesies yang stabil tetapi pada
titik tersebut terjadi pada waktu singkat. Reaksi
katalisis enzimatik jauh lebih cepat daripada
proses katalis. Prinsip penting adalah bahwa
interaksi/pengikatan yang lemah antara enzim
dan substrat memberikan kekuatan pendorong
yang substansial untuk reaksi enzimatik. Gugus-
gugus pada substrat yang terlibat dalam interaksi
yang lemah ini dapat berada pada jarak tertentu
dari ikatan yang rusak atau berubah. Interaksi
lemah dibentuk hanya dalam keadaan transisi
dan kontributor utama untuk katalisis.
Adanya interaksi yang lemah merupakan suatu
persyaratan untuk mendorong katalisis h salah
satu alasan mengapa enzim (dan beberapa
koenzim) berukuran besar. Enzim harus
menyediakan kelompok fungsional untuk
interaksi ionik, hidrogen, dan interaksi lainnya,
dan gugus-gugus tersebut harus berada pada
posisi yang tepat sehingga energi mengikat
dioptimalkan dalam keadaan transisi. Ikatan
yang memadai dilakukan paling mudah dengan
memposisikan substrate dalam rongga (sisi aktif)
di mana secara efektif dipisahkan dari air.
Ukuran protein mencerminkan kebutuhan
superstruktur untuk menjaga gugus-gugus
berinteraksi diposisikan dengan benar dan untuk
menjaga rongga sisi reaksi pada struktur yang
tepat.
Gambar 6. Peran energi pengikatan dalam katalisis.
4. Energi Pengikatan berkontribusi dalam
spesifisitas substrat dan reaksi katalisis
Energi yang dibutuhkan untuk pembentukan satu
interaksi yang lemah (non kovalen) umumnya
memiliki nila antara 4 hingga 30 kJ / mol, sedangkan
energi yang dibutuhkan untuk menurunkan energi
aktivasi umumnya sekitar 60 untuk 100 kJ / mol,
sehingga total energi yang dari interaksi lemah
tersebut mencukupi untuk menurunkan energi
aktivitas.
Energi pengikatan juga digunakan untuk katalisis
dan specifisitas untuk membedakan antara
substrat dan molekul lain non substrat yang
bersaing dalam memperebutkan sisi aktif.
Secara konseptual, kekhususan substrat mudah
dibedakan, tetapi hal ini jauh lebih sulit untuk
dibuat secara eksperimental, karena katalisis
dan kekhususan merupakan fenomena yang
sama. Jika sisi aktif enzim memiliki gugus-gugus
fungsi yang secara optimal berinteraksi dengan
substrat tertentu untuk membentuk keadaan
transisi, enzim tidak akan dapat berinteraksi
dengan cara yang sema dengan molekul lainnya.
Misalnya, jika substrat memiliki gugus hidroksil
yang membentuk ikatan hidrogen dengan residu
Glu tertentu pada enzim, molekul apa pun yang
tidak memiliki gugus hidroksil pada posisi
tertentu tidak dapat menjadi substrat (tidak dapat
terikat). Demikian pula sebaliknya, jika suatu
molekul dengan gugus fungsi tertentu namun
enzim tidak menyediakan residu asam amino
yang dapat berinteraksi dengan molekul
tersebut. Secara umum, spesifitas berkaitan
dengan pembentukan banyak interaksi yang
lemah antara gugus-gugus pada enzim dan
molekul substrat spesifik. Pentingnya energi
untuk katalisis dapat dengan mudah ditunjukkan.
Setelah terbentuk kompleks ES, gugus-gugus
fungsi yang berperan dalam reaksi katalitik
diposisikan dengan benar untuk membantu
dalam pemutusan dan pembentukan ikatan
dengan berbagai mekanisme, termasuk ysis
katalis asam-dasarumum, katalisis kovalen, dan
katalisis ion logam. Ini berbeda dari mekanisme
berdasarkan energi pengikat, karena mereka
umumnya melibatkan interaksi kovalen
sementara dengan substrat atau transfer
kelompok ke atau dari substrat.
Faktor fisik dan termodinamika yang
‡
berkontribusi terhadap ΔG , penghalang reaksi,
termasuk: (1) entropi (kebebasan bergerak)
molekul dalam larutan, yang mengurangi
kemungkinan bahwa reaksi-reaksi berjalan
secara serenta, (2) Ikatan hidrogen dengan
pelarut mengelilingi dan membantu menstabilkan
sebagian besar biomolekul dalam larutan berair,
(3) distorsi substrat yang harus terjadi dalam
banyak reaksi, dan (4) kebutuhan untuk
penyelarasan posisi gugus fungsi yang terlibat
pada enzim. Energi pengikat dapat digunakan
untuk mengatasi semua hambatan ini.
Enzim biasanya mengalami perubahan
konformasi ketika mengikat substrat, disebabkan
sebagai efek dari interaksi lemah dengan
substrat. Hail ini dikenal dengan mekanisme
induced fit yang diusulkan oleh Daniel Koshland
pada tahun 1958. Pengikatan substrat dapat
menyebabkan perubahan konformasi pada
daerah sekitar sisi aktif atau mempengaruhi
seluruh domain dari enzim. Biasanya,
pergerakan atau perubahan erjadi di seluruh
enzim diarahkan untuk mengubah struktur di
pusat aktif. Induced fit berfungsi untuk
menempatkan gugus fungsi dari enzim tertentu
ke posisi yang tepat untuk mengkatalisasi reaksi.
Perubahan konformasi juga memungkinkan
pembentukan interaksi atau ikatan lemah
tambahan dalam keadaan transisi. Konformasi
enzim baru telah meningkatkan sifat katalitik dari
enzim. Induced fit merupakan fitur umum dari
pengikatan secara reversibel ligand antara ligan
seperti oksigen dengan hemoglobin dan
merupakan hal yang terjadi hampir pada semua
interaksi enzim dengan substratnya.
Bagaimanakah kontribusi gugus-gugus
fungsi pada enzim dalam proses katalisis?
Pada mekanisme enzimatik, gugus fungsion
membantu terjadinya pemutusan dan
pembentukan ikatan pada mekanisme katalitik
yang bervariasi seperti pada katalis berbasis
reaksi asam-basa, katalisis berbasis
pembentukan ikatan kovalen, atau katalisis
berdasarkan pembentukan ion logam.
a. Katalisis asam-basa umum. Transfer
proton merupakan areaksi paling umum dalam
biokimia. Banyak reaksi dalam biokimia
melibatkan pembentukan senyawa antara yang
tidak yang cenderung terurai dengan cepat
menjadi konstituen mereka. sehingga
menghambat reaksi. Enzim menstabilkan muatan
senyawa antara melalui transfer proton dari atau
ke substrat untuk membentuk spesies yang dapat
diubah menjadi produk dengan kecepatan yang
lebih tinggi. Pada reaksi dalam pelarut air
transfer proton umumnya berasa dari atau ke air.
Katalisis yang melibatkan transfer proton dari
dan ke air disebut dengan katalisis asam-basa
spesifik. Sedangan reaksi katalisis yang
melibatkan asam-basa lemah selain air disebut
dengan katalisis asam-basa umum. Pada reaksi
non enzimatik hal ini bisa dilakukan dengan
menambahkan asam atau basa lemah. Di sisi aktif
enzim dimana tidak ada air, rantai samping
residu asam amino berperan dalam transfer
proton. Gugus fungsi dari rantai samping residu
asam amini ini dapat dengan tepat diposisikan di
sisi aktif enzim untuk memungkinkan transfer
proton, memberikan peningkatan kecepatan
antara 102 hingga 105.
Tugas 3: analisislah rantai samping dari
ke-20 asam amino, asam amino manakah
yang dapat berpartisipasi dalam transfer
proton?
b. Katalisis kovalen. Dalam katalisis kovalen
ikatan kovalen sementara terbentuk antara
enzim dan substrat. Misal pada reaksi
hidrolisi berikut:
Adanya ikatan kovalen antara katalis kovalen
(ikatan kovalen antara enzim dengan gugus
nukleofilik X:), reaksi berubah menjadi:
Ikatan kovalen Ini mengubah jalur reaksi, dan
reaksi katalisis hanya terjadi ketika jalur baru
memiliki energi aktivasi yang lebih rendah
daripada jalur yang tidak dikatalisis. Jalur reaksi
yang dikatalisis meningkatkan kecepatan reaksi.
Dalam hal ini beberapa gugus-gugus fungsi rantai
samping asam amino tertentu serta beberapa
kofaktor enzim dapat berfungsi sebagai nukleofil
dalam pembentukan ikatan kovalen dengan
substrat. Kompleks kovalen enzim-substrat ini
akan mengalami reaksi lebih lanjut untuk
meregenerasi enzim bebas. Ikatan kovalen yang
terbentuk antara enzim dan substrat dapat
mengaktifkan substrat untuk reaksi lebih lanjut.
Tugas 4. analisislah rantai samping dari ke-
20 asam amino, asam amino manakah
yang dapat berpartisipasi sebagai
nukleofil?
c. Katalisis ion logam. Ion logam, baik yang
terikat pada enzim maupun yang terlarut
apakah erat terikat enzim atau diambil dari
larutan dan terika bersama dengan substrat,
dapat berpartisipasi dalam katalisis.. Interaksi
ionik antara logam terikat enzim dan substrat
dapat membantu mengarahkan substrat
untuk bereaksi atau menstabilkan keadaan
 transisi reaksi bermuatan. Interaksi ikatan
yang lemah antara logam dan substrat mirip
dengan beberapa penggunaan energi
pengikat enzim-substrat yang dijelaskan
sebelumnya. Ion logam juga dapat
memediasi reaksi pengurangan reduksi-
oksidasi melalui perubahan keadaan redoks
ion logam. Hampir sepertiga dari semua
enzim yang diketahui memerlukan satu atau
lebih ion logam untuk aktivitas katalitik.
5. Kinetika Enzim sebagai suatu pendekatan
untuk mempelajari enzim
Faktor kunci yang mempengaruhi kecepatan
reaksi yang dikatalisis oleh enzim adalah
konsentrasi substrat, [S]. Namun, mempelajari
efek konsentrasi substrat sangat rumit karena
oleh fakta bahwa [S] berubah selama reaksi in
vitro karena substrat dikonversi menjadi produk.
Salah satu pendekatan penyederhanaan dalam
eksperimen kinetika adalah mengukur
kecepatan awal (V0) (Gambar. 6). Dalam reaksi
khas, enzim mungkin ada dalam jumlah
nanomolar, sedangkan [S] mungkin 105 atau 106
besarnya lebih tinggi. Jika hanya keadaan awal
reaksi yang dipantau (sering kali pada 60 detik
pertama atau kurang), perubahan [S] dapat
terjadi hanya beberapa persen, dan [S] dapat
dianggap sebagai tetapan. V0 kemudian dapat
dieksplorasi sebagai fungsi [S].
Gambar 6. Kecapatan awal dari reaksi enzimatik
Efek pada V0 dari berbagai [S] ketika
konsentrasi enzim tetap ditunjukkan pada
Gambar 7. Pada konsentrasi substrat yang relatif
rendah, V0 meningkat hampir secara linier
dengan peningkatan [S]. Pada konsentrasi
substrat yang semakin lebih tinggi, peningkatan
V0 semakin rendah. dengan menjadi tetap.
Pada area V0 yang berbentuk plateau memiliki
nilai yang mendekati nilai kecepatan
maksimum, Vmax.
Perilaku enzim seperti Gambar 7 dipelajari
dengan mempertimbangkan pembentukan
kompleks ES. Pola kinetik dalam Gambar 7
dikemukakan oleh Victor Henri, yang mengikuti
usulan Wurtz, dengan memodelkan kompleks
ES dalam mekanisme reaksi. Ide ini diperluas
menjadi teori umum aksi enzim, terutama oleh
Leonor Michaelis dan Maud Menten pada tahun
1913. Mereka mengusulkan bahwa enzim
pertama bergabung secara reversibel dengan
substrat untuk membentuk kompleks enzim-
substrat (ES) dengan tahapan yang sangat
cepat:
Kompleks ES kemudian rusak padalangkah
kedua yang lebih lambat untuk menghasilkan
enzim bebas dan produk reaksi P:
Karena reaksi kedua merupakan reaksi
pembatas untuk keseluruhan reaksi, maka
kecepatan reaksi sebanding dengan konsentrasi
spesies yang bereaksi pada langkah kedua,
yaitu ES. Pada tahapan reaksi enzimatik, enzim
dapat berada ada dalam dua bentuk, yaitu
bentuk bebas (E) dana bentuk enzim yang
mengikat substrat ES. Pada konsentrasi substrat
rendah hampir semua enzim dalam bentuk
enzim bebas E, sehingga kecepatan reaksi
proporsional dengan dengan [S] karena
kesetimbangan mengarah ke kanan ke arah
pembentukan ES seiring dengan peningkatan [S]
meningkat. Kecepatan reaksi akan mencapai
maksimum ketika semua enzim telah
membentuk kompleks ES, dan pada keadaan ini
konsentrasi Enzim, E, sangat kecil. Pada kondisi
ini, enzim telah "jenuh" dengan substratnya,
sehingga peningkatan konsentrasi S tidak
berpengaruh pada kecepatan. Setelah kompleks
ES rusak untuk menghasilkan produk P, enzim
bebas untuk mengkatalisasis reaksi dengan
cepat di bawah keadaan jenuh. Efek saturasi
adalah karakteristik yang membedakan katalis
enzimatik dan memberikan bentuk platau
padaGambar 7. Pola yang terlihat dalam
Gambar 7 kadang-kadang disebut sebagai
kinetika saturasi. Ketika enzim pertama kali
dicampur konsentrasi substrat yang tinggi, maka
sistem berada pada kondisi awal atau pre steady
state, dimana terjadi pembentukan ES. Periode
ini biasanya terjadi wada waktu yang sangat
singkat untuk mudah diamati secara eksperimen
(berlangsung hanya dalam mikrodetik) dan
segera mencapai keadaan dimna [ES} konstan.
Konsep keadaan stabil diperkenalkan oleh G. E.
Briggs dan Haldane pada tahun 1925.
Pengukuran V0 yang umumnya dilakukan pada
kondisi [ES] konstan, yang dikenal dengan
kinetika steady-state.
Double reciprocal dari persamaan Michalesi-
Menten menghasilkan persamaan linear :
Persamaan ini menjadi lebih sederhana untuk
perhitungan hasil eksperimen, dan dihasilkan
kurva linear seperti pada Gambar. 10 yang
dikenal dengan kurva Lineweaver-Burk.
Konsentrasi substrat yang memberikan nilai V0
setengah dari Vmax disebut dengan Km. Dua
parameter ini, Vmax dan Km merupakan parameter
penting untuk enzim.

Gambar 7. Pengaruh konsentrasi substrat terhadap

kecepatan awal reaksi

Hubungan kuantitatif antara [S] dengan Gambar 9. Pengaruh konsentrasi substrat terhadap
kecepatan awal reaksi
kecepatan awal reaksi digambarkan melalui
persamaan Michaelis-Menten:

Persamaan tersebut diturunkan oleh Michalis

dan Menten (Gambar. 8.) untuk reaksi enzimatik
dengan satu jenis substrat. Persamaan tersebut
merepresentasikan hubungan [S] dan V0 seperti
pada gambar 9.

Gambar 10. Pengaruh konsentrasi substrat terhadap

kecepatan awal reaksi

Tugas 5. Bila anda ditunjuk untuk

mengembangkan enzim yang akan
Gambar 8. Michalesi-Menten dikembangkan untuk kepentingan industri,
bagaimana kan nilaiVmax dan Km yang akan anda
pilih? Jelaskan!
6. Inhibitor Enzim menyebabkan perubahan kemiringan
pada kurva hubungan linear antar [S] dan
V0, sedangkan Vmax tetap (Gambar 11
Inhibitor enzim adalah molekul yang paling kiri). Perubahan kemiringan kurva
mengganggu katalisis, memperlambat atau mengindikasikan perubahan nilai Km dari
menghentikan reakienzimatik . Enzim enzim (meningkat).
mengkatalisasi hampir semua proses dalam sel,
inhibitor sangat penting dalam bidang farmasi.
Misalnya, aspirin (asetilsalisilat) menghambat
enzim yang mengkatalisasis tahap pertama
dalam sintesis prostaglandin, senyawa yang
terlibat dalam banyak proses, termasuk proses
yang menghasilkan rasa sakit, sehingga aspirin
digunakan untuk obar anti rasa sakit. Studi
inhibitor enzim juga telah memberikan informasi
berharga tentang mekanisme enzim dan telah
membantu menemukan beberapa jalur
metabolisme. Terdapat dua kelas inhibitor enzim
yaitu inhibitor reversibel dan ireversibel, dan
inhibisi (penghambatan) juga dikelompokkan
menjadi dua yaitu inhibisi reversibel dan
ireversibel

a. Inhibisi reversibel
Inhibisi reversibel dikelompokkan menjadi
inhibisi kompetitif, inhibisi unkompetitif, dan
inhibisi non-kompetitif atau inhibisi campuran.
1) Inhibisi komptetitif. Pada tipe Inhibisi
kompetitif, inhibitor bersaing dengan
substrat untuk untuk menempati sisi aktif
enzim (Gambanr 11. a). Terikatnya
inhibitor (I) pada pusat aktif akan
mencegah pengikatan substrat enzim.
Banyak inhibitor kompetitif memiliki
struktur yang mirip dengan substrat dan
sehingga dapat bergabung dengan enzim
membentuk kompleks EI, tetapi tidak
dapat terjadi reaksi untuk menghasilkan
produk. Adanya inhibitor akan mengubah Gambar 11. Tiga tipe inhibisi reversibel.
persamaan Michaelis-Menten dan
Gambar 12. Kurva hubungan konsentrasi substrat dan kecepatan awal yang dapat digunakan untuk menentukan
jenis inhibisi reversibel (dari kiri ke kanan: kompeititif, unkompetitif, dan non-komptetitif
Obat seringkali dibuat dengan
mekanisme kerja berdasarkan kompetisi
di sisi aktif digunakan. Misalnya pada
pasien pasien yang telah menelan
metanol, yaitu pelarut yang ditemukan
dalam antibeku pada benzin. Enzim yang
berada di hati alkohol dehidrogenase
mengkonversi metanol menjadi
formaldehida, yang merusak banyak
jaringan, misalnya kebutaan. Mata sangat
sensitif terhadap formaldehid. Etanol
bersaing secara komptetif dengan
metanol sebagai substrat alternatif
alkohol dehidrogenase. Efek etanol sama
seperti inhibitor kompetitif, dengan
perbedaan bahwa etanol juga merupakan
substrat untuk alkohol dehidrasinase dan
konsentrasinya akan menurun dari waktu
ke waktu sebagai enzim mengubahnya
menjadi asetaldehida. Pada kasus
keracunan keracunan metanol, pasien
diberi infus intravena etanol secara
lambat untuk mengontrol konsentrasi
dalam darah selama beberapa jam.
Proses ini akan memperlambat
pembentukan formaldehida dan
mengurangi bahaya, sementara itu ginjal
menyaring metanol untuk diekskresikan
secara tidak berbahaya dalam urin.
2) Inhibisi unkompetetitif. Pada inhibisi
unkompetitif, inhibitor terikat pada sisi
pengikatan yang berbeda pada
pengikatan substrat. Inhibitor hanya
dapat terikat pada kompleks ES (Gambar
11. b). Pengikatan inhibitor pada
kompleks ES menyebabkan tidak
terjadinya proses katalis untuk mengubah
substrat menjadi produk. Adanya inhibitor
unkompetitif menyebabkan berubahnya
nilai Vmax dan Km (menurun).
3) Inhibisi nonkompetitif. Seperti halnya
inhibisi unkompetitif inhibitor, pada
inhibisi non-kompetitif, inhibitor terikat
pada sisi yang berbeda dengan sisi
pengikatan substrat, namun pada jenis
inhibisi ini inhibitor dapat terikat pada
enzim bebas maupun pada kompleks ES
(Gambar 11.c). Inhibisi ini dapat diamati
dengan pola kurva yang mengalami
perubahan Vmax (menurun) dan nilai Km
tetap pada kurva hubungan linear antara
[S] dan V0.
Tugas 6.
Seorang mahasiswa mempelajari pengaruh
konsentrasi substrat terhadap kecepatan reaksi,
sejumlah enzim yang sama ditambahkan ke
dalam satu seri campuran reaksi yang
mengandung konsentrasi substrat yang berbeda.
Kecepatan awal reaksi ditentukan dengan
mengukur jumlah substrat yang bereaksi per
menit. Data hasil pengukuran tersebut adalah
sebagai berikut:
[S} (mol/L) V (μmol/min)
2,0 x 10-1 60
2,0 x 10-2 60
2,0 x 10-3 60
2,0x 10-4 48
1,5 x 10-4 45
1,3 x 10-5 12
Pertanyaan:
a. Berapakan nilai Vmax?
b. Mengapa V tetap pada konsentrasi substrat di
ats 2,0 x 10-3?
c. Berapakah konsentrasi enzim bebas pada
konsentrasi substrat 2,0 x 10-2?

Tugas 7. Sebanyak lima campuran reaksi

mengandung konsentrasi enzim yang sama dan
memiliki variasi konsentrasi substrat yang
berbeda, dan kecepatan awal reaksi diukur
sehngga dihasilkan data di bawah ini.
Eksperimen selanjutnya diulangi dengan
Gambar 13. Contohinhibisi irrreversibel
menambahkan inhibitor dengan konsentrasi2,2 x
10-4. Dengan membust plot Lineweaver-Burk Tugas 8. Jelaskan apa yang dideskripisan pada
tentukan nilai Km dari substrat da KI dari box 6.3 pada buku karangan Lehninger hal 211
inhibitor, serta Vmax pada kondisi tanpa dan yaitu pengobatan penyakit tidur di Afrika dengan
dengan inhibitor. Tentukan jenis inhibisi enzim menggunakan inhibitor bunuh diri.
pada sistem ini.
7. Aktivitas Enzim dipengaruhi oleh pH

[S} (mol/L V (μmol/min V (μmol/min Enzim memiliki pH optimal (atau rentang pH)
Tanpa inhibitor Dengan inhibitor di mana aktivitas mereka maksimal (Gambar
1,0 x 10-4 28 17
13); pada pH yang lebih tinggi atau lebih rendah,
1,5 x 10-4 36 23
2,0 x 10-4 43 29 aktivitas menurun. Hal ini disebabkan enzim
5,0 x 10-4 65 50 adalah protein, dimana rantai samping asam
7,5 x 10-4 74 61 amino di siisi aktif dapat bertindak sebagai asam
d. Inhibisi irreversible
lemah atau basa lemah dan fungsinya
Pada inhibisi, inhibitor ireversibel terikat secara
tergantung pada keadaan ionisasinya. Di sisi lain
kovalen dengan gugus fungsi rantai samping
dari enzim yang tidak bertindak sebagai sisi aktif
residu asam amino yang terlibat dalam aktivitas
ionisasi dari rantai samping resisu asam amino
katalisis atau merusak gugus fungsi tersebut
memainkan peran penting dalam interaksiuntuk
melalui membentuk ikatan noncovalent sangat
mempertahankan struktur 3D protein. Misalanya,
stabil dengan gugus fungsi tersebut. Pembentukan
pelepasan proton dari rantai samping residunya
ikatan kovalen antara inhibitor ireversibel dan
mungkin menghilangkan interaksi ionik yang
enzim adalah salah satu pendekatan dalam
penting untuk menstabilkan konformasi aktif
mempelajari enzim. Inhibitor ireversibel adalah
enzim. pok pada substrat.
senyawa yang berguna untuk mempelajari
mekanisme reaksi. Asam amino dengan fungsi Kisaran pH di mana enzim mengalami
katalitik kunci di sisi aktif kadang-kadang dapat perubahan aktivitas dapat memberikan petunjuk
diidentifikasi dengan menentukan residu mana untuk jenis residu asam amino yang terlibat
yang secara kovalen terkait dengan inhibitor dan (lingat tabel pKa dari asam amino). Namun
menyebabkan enzim is tidak aktif (Gambar 13). demikian nilai pKarantai dapat sangat
berbedadengan nilai pKarantai dari asam amino
bebas. samping asam amino dapat diubah
secara signifikan. Misalnya, muatan positif di
dekat Lys dapat menurunkan pKa residu Lys,
dan muatan negatif di dekatnya dapat
meningkatkannya nilai pKa.
Gambar 13. Erbedaan profil aktivitas dua enzim .