TUGAS TERSTRUKTUR 2 BIOLOGI MOLEKULER

Oleh:
Berliana Ameylia B1A019082
Angelina Mariani B1A019083
Cris Gaby Sepanya B1A019084
Laelatul Mutmainah B1A019085
Dinaranda Ayudia M. B1A019086
Kelas :B
Kelompok       :7

KEMENTERIAN PENDIDIKAN DAN KEBUDAYAAN

UNIVERSITAS JENDERAL SOEDIRMAN
FAKULTAS BIOLOGI
PURWOKERTO
2020
A. Cara Kerja Menggunakan Blast
1. Buka website https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi, kemudian klik “Nucleotide
BLAST”.

2. Copy sekuens dari file PDF yang diberikan oleh Dosen. Copy sekuens kelompok
7 karena kami kelompok 7.
3. Paste sekuens ke dalam “Enter accession number(s), gi(s) or FASTA
sequence(s)”, lalu isi Job title sesuai dengan Kelas dan Kelompok.

4. Klik “BLAST”
5. Blast akan mencari data similaritas. Proses ini tergantung pada kecepatan jaringan
internet.

6. Berikut laman apabila sudah berhasil di Blast, kemudian scroll ke bawah untuk
melihat spesiesnya.
 7. Pilih 10 spesies teratas untuk diidentifikasi.

B. Hasil
1. Sulfolobus acidocaldarius strain DG1, complete genome

Sulfolobus acidocaldarius strain DG1, complete genome merupakan spesies

referensi (subjek) pertama yang memiliki kemiripan tinggi dengan sekuen query
(sekuen yang diinput) dan memiliki accession number CP020364.1. Spesies referensi
ini memiliki query cover sebesar 100% yang berarti sekuen referensi ini dapat
mengcover seluruh sekuen query. Spesies referensi ini memiliki nilai expect 2e-55
yang menunjukkan bahwa kemungkinan besar spesies ini memiliki kemiripan yang
tinggi dengan query. Nilai identity atau similarity sebesar 100% (122 dari 122)
dengan gap 0 dari 122 yang persentasenya sebesar 0%. Hal tersebut menunjukkan
bahwa urutan nukleotidanya sama sehingga sekuen referensi ini identik dengan
sekuen query. Strand pada subjek maupun query merupakan strand positif. Number of
matches atau jumlah kecocokan sebanyak 1. 
2. Sulfolobus acidocaldarius strain Y14 13-1, complete genome

Sulfolobus acidocaldarius strain Y14 13-1, complete genome merupakan

spesies referensi (subjek) kedua yang memiliki kemiripan tinggi dengan sekuen query
(sekuen yang diinput) dan memiliki accession number CP020363.1. Spesies referensi
ini memiliki query cover sebesar 100% yang berarti sekuen referensi ini dapat
mengcover seluruh sekuen query. Spesies referensi ini memiliki nilai expect 2e-55
yang menunjukkan bahwa kemungkinan besar spesies ini memiliki kemiripan yang
tinggi dengan query. Nilai identity atau similarity sebesar 100% (122 dari 122)
dengan gap 0 dari 122 yang persentasenya sebesar 0%. Hal tersebut menunjukkan
bahwa urutan nukleotidanya sama sehingga sekuen referensi ini identik dengan
sekuen query. Strand pada subjek maupun query merupakan strand positif. Number of
matches atau jumlah kecocokan sebanyak 1. 

3. Sulfolobus acidocaldarius strain Y14 16-22, complete genome

Sulfolobus acidocaldarius strain Y14 16-22, complete genome merupakan

spesies referensi (subjek) ketiga yang memiliki kemiripan yang tinggi dengan sekuen
query (sekuen yang diinput). Spesies referensi ini memiliki accession number
CP020362.1. Spesies referensi ini memiliki query cover sebesar 100% yang berarti
sekuen referensi ini dapat mengcover seluruh sekuen query. Nilai expect 2e-55
menunjukkan besarnya kemungkinan bahwa spesies ini sangat mirip dengan query.
Nilai identity atau similarity sebesar 100% (122 dari 122) dengan gap 0 dari 122 yang
persentasenya sebesar 0% yang artinya bahwa susunan nukleotida pada sekuen
referensi dengan sekuen query tidak terdapat gap atau dengan kata lain susunannya
sama persis sehingga sekuen referensi dan sekuen query identik. Strand pada subjek
merupakan strand jenis yang sama seperti query yaitu strand positif. Number of
matches atau jumlah kecocokan sebanyak 1. 
4. Sulfolobus acidocaldarius strain Y14 20-20, complete genome

Sulfolobus acidocaldarius strain Y14 20-20, complete genome merupakan

spesies referensi (subjek) keempat yang memiliki kemiripan yang tinggi dengan
sekuen query (sekuen yang diinput). Sekuen referensi ini memiliki accession number
CP020361.1. Spesies referensi ini memiliki query cover sebesar 100% yang berarti
sekuen referensi ini dapat mengcover seluruh sekuen query. Nilai expect 2e-55
menunjukkan besarnya kemungkinan bahwa spesies ini sangat mirip dengan query.
Nilai identity atau similarity sebesar 100% (122 dari 122) dengan gap 0 dari 122 yang
persentasenya sebesar 0% yang artinya bahwa susunan nukleotida pada sekuen
referensi dengan sekuen query tidak terdapat gap atau dengan kata lain susunannya
sama persis sehingga sekuen referensi dan sekuen query identik. Strand pada subjek
merupakan strand jenis yang sama seperti sekuen query yaitu strand positif. Number
of matches atau jumlah kecocokan sebanyak 1. 

5. Sulfolobus acidocaldarius strain Y14 18-5, complete genome

Sulfolobus acidocaldarius strain Y14 18-5, complete genome merupakan

spesies referensi (subjek) kelima yang memiliki kemiripan yang tinggi dengan sekuen
query (sekuen yang diinput) dan memiliki accession number CP020360.1. Spesies
referensi ini memiliki query cover sebesar 100% yang berarti sekuen referensi ini
dapat mengcover seluruh sekuen query. Nilai expect yang didapat adalah 2e-55 yang
menunjukkan tingkat kemiripan yang tinggi dengan query. Kemudian, persentase
identity yang didapatkan sebesar 100% dengan rincian 122/122 yang membuktikan
bahwa sekuen referensi ini identik dengan sekuen query. Hal tersebut didukung
dengan tidak adanya gap yaitu 0 dari 122 atau sebesar 0%. Strand pada subjek dan
query merupakan strand positif. Number of matches atau jumlah kecocokan sebanyak
1.
6. Sulfolobus acidocaldarius strain NG05B_CO5_07 genome

Sulfolobus acidocaldarius strain NG05B_CO5_07 genome merupakan spesies

referensi (subjek) keenam yang memiliki kemiripan yang tinggi dengan sekuen query
(sekuen yang diinput) dan memiliki accession number CP013695.1. Spesies referensi
ini memiliki query cover sebesar 100% yang berarti sekuen referensi ini dapat
mengcover seluruh sekuen query. Nilai expect yang didapat adalah 2e-55 yang
menunjukkan tingkat kemiripan yang tinggi dengan query. Kemudian, persentase
identity yang didapatkan sebesar 100% dengan rincian 122/122 yang membuktikan
bahwa sekuen referensi ini identik dengan sekuen query. Hal tersebut didukung
dengan tidak adanya gap yaitu 0 dari 122 atau sebesar 0%. Strand pada subjek
merupakan strand negatif, sedangkan pada query jenis strandnya adalah
positif. Number of matches atau jumlah kecocokan sebanyak 1. 

7. Sulfolobus acidocaldarius strain GG12-C01-09 genome

Sulfolobus acidocaldarius strain GC12-C01-09, complete genome merupakan

spesies referensi (subjek) ketujuh yang memiliki kemiripan tinggi dengan sekuen
query (sekuen yang diinput) dan memiliki accession number CP013694.1. Spesies
referensi ini memiliki query cover sebesar 100% yang berarti sekuen referensi ini
dapat mengcover seluruh sekuen query. Nilai expect yang diperoleh adalah 2e-55
yang menunjukkan tingkat kemiripan yang tinggi dengan query dengan persentase
yang didapatkan sebesar 100% yaitu rinciannya sebesar 122/122 yang juga
membuktikan bahwa sekuen referensi ini identik dengan sekuen query. Hal tersebut
juga didukung dengan tidak adanya gap atau celah perbedaan yaitu dengan hasil
sebesar 0 dari 122 (0%) yang menunjukkan bahwa sekuennya sama atau tidak
memiliki perbedaan. Strand pada subjek tersebut adalah strand negatif dan strand
querynya positif. Number of matches atau jumlah kecocokan sebanyak 1. 
8. Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 strain DSM 639 5S ribosomal RNA, complete
sequence

Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 strain DSM 639 5S ribosomal RNA,

complete genome merupakan spesies referensi (subjek) kedelapan yang memiliki
kemiripan tinggi dengan sekuen query (sekuen yang diinput) dan memiliki accession
number NR_075329.1. Spesies referensi ini memiliki query cover sebesar 100% yang
berarti sekuen referensi ini dapat mengcover seluruh sekuen query. Nilai expect yang
diperoleh adalah 2e-55 yang menunjukkan tingkat kemiripan yang tinggi dengan
query dan persentase yang diperoleh sebesar 100% dengan rincian 122/122 yang juga
membuktikan bahwa sekuen referensi ini identik/mirip dengan sekuen query. Hal ini
juga didukung oleh adanya bukti yaitu dengan tidak adanya gap atau celah perbedaan
sebesar 0 dari 122 (0%) yang artinya sama atau tidak memiliki perbedaan.  Strand
pada subjek merupakan strand positif begitu pula dengan strand querynya yaitu
strand positif. Number of matches atau jumlah kecocokan sebanyak 1. 

9. Sulfolobus acidocaldarius Ron12/I, complete genome

Spesies ke-9 adalah Sulfolobus acidocairus Ron 12/I, complete genome yang
memiliki kemiripan tinggi dengan sequens query dan memiliki accesion number
CP002818.1. Spesies referensi ini memiliki query cover sebesar 100% yang berarti
sekuen referensi ini dapat mengcover seluruh sekuen query. Nilai expect yang didapat
adalah 2e-55 yang menunjukkan kemiripan tinggi dengan sekuen query dan
menunjukkan gaps sebesar 0%. Gap 0% artinya celah atau perbedaan sebesar 0 %
berarti sekuen query dengan sekuen subjeknya sama. Presentase identities
menunjukkan 122/122 berarti 100% yang menunjukkan sekuen referensi identik
dengan sekuen query. Strand subjek positif dan strand query positif. Number of
matches atau jumlah kecocokan sebanyak 1. 
10. Sulfolobus acidocaldarius N8, complete genome

Spesies ke-10 adalah Sulfobus acidocaidarius N8 complete genome yang

memiliki kemiripan tinggi dengan sekuen query dan memiliki accesion number
CP002817.1. Spesies referensi ini memiliki query cover sebesar 100% yang berarti
sekuen referensi ini dapat mengcover seluruh sekuen query. Nilai expect yang didapat
adalah 2e-55 yang menunjukkan kemiripan tinggi dengan query dan menunjukkan
gap sebesar 0%. Gap 0% artinya celah atau perbedaan sebesar 0 % berarti sekuen
query dengan sekuen subjeknya sama. Presentase identities menunjukkan 122/122
berarti 100% yang menunjukkan sekuen referensi identik dengan sekuen query.
Strand subjek positif dan strand query positif. Number of matches atau jumlah
kecocokan sebanyak 1.