Modul Elektroforesis DNA
Modul Elektroforesis DNA
1.l Elektroforesis
Elektroforesis adalah migrasi ion-ion di bawah pengaruh medan listrik. Senyawa-
senyawa yang bermuatan listrik akan bergerak ke arah elektroda yang mempunyaimuatan yang
berlawanan.DNA mempunyai muatan negatif dan mempunyai rasiomuatan/massa yang konstan,
sehingga kecepatan migrasi DNA selama elektroforesistergantung pada berat molekul DNA
tersebut.Grafik log berat molekul DNAterhadap jarak migrasi untuk kisaran berat molekul
tertentu akan menghasilkan garis lurus. Untuk pemisahan DNA berukuran kecil (< 200 pasang
basa) digunakan gelpoliakrilamida sedangkan untuk pemisahan DNA berukuran besar digunakan
gelagarosa. DNA dalam gel agarosa dapat terlihat dengan penambahan red gel yang akan
berikatan dengan DNA dan akan bersifat fluorescens dibawah sinar UV. Penambahan loading
dye dilakukan bertujuan sebagai penanda pergerakan DNA dalam gel agarose.
Log BM
mm
Jarak migrasi
Gambar 1.1 Hubungan antara berat molekul DNA dengan jarak migrasi
padaelektroforesis
Kisaran berat molekul DNA yang akan menghasilkan garis yang linear pada grafik
logBM terhadap jarak migrasi DNA ditentukan oleh konsentrasi gel yang digunakan.
Untukelektroforesis gel agarosa, ukuran DNA yang dapat dipisahkan berkisar antara5 - 60
kilobasa untuk gel dengan konsentrasi agarosa 0,3 % dan 0,l - 3,0 kilobasauntuk gel dengan
konsentrasi agarosa 2,0 %. DNA yang berukuran satu kilobasaadalah DNA yang panjangnya
seribu pasang basa / nukleotida.
Perlengkapan alat elektroforesis terdiri dari:
1. Cetakan gel yang digunakan untuk membuat gel agarosa
2. Alat pencetak sumur yang digunakan untuk membuat sumur-sumur pada sisi atasdari gel
agarosa, yaitu tempatmemasukkan DNA ke dalam gel.
3. Tangki elektroforesis
4. Sumber arus.
1.3 Metode
Perhatian:
Jangan menyentuh gel/buffer dalain tangki elektrotoresis bila sumber arus sedang menyala.
1.4 Pustaka