Di balik kelebihan sebuah film, ada kekurangan dalam film “Boboiboy: The Movie”. Salah
satu kekurangan yang ada di film ini adalah pada efek visualnya pada saat kekuatan Boboiboy
mengenai musuhnya dengan percikan yang terlihat biasa saja. Efek hancur yang disajikan juga
belum terasa ‘wah’ dibandingkan dengan efek perubahan Boboiboy. Lagu-lagu yang bagus pada
film sayangnya harus kalah dengan kualitas suaranya yang terdengar sangat stereo. Di awal
film, banyak sekali product placement sponsor dan salah satu yang paling terlihat adalah Choki-
choki yang sedikit mengganggu.