SKENARIO PEMBELAJARAN IX

Mata Kuliah :Genetika

Pertemuan : Ke-11
Waktu :3 X 50 menit

TOPIK BAHASAN : DASAR GENETIKA MOLEKULER

Sub Bahasan: Transkripsi dan Prosesing RNA; Translasi dan
Kode Genetika

KEGIATAN MAHASISWA

A. Capaian Pembelajaran Mata Kuliah (CPMK)

1. Menjelaskan proses replikasi DNA dan kromosom

B. Indikator Kegiatan (Sub-CPMK) :

Pada akhir perkuliahan mahasiswa mampu:
1. Menjelaskan definisi transkripsi, prosesing RNA dan translasi
2. Menjelaskan mekanisme inisiasi, elongasi dan terminasi pada transkripsi
3. Menjelaskan perbedaan proses transkripsi yang terjadi pada prokariotik dengan
eukariotik
4. Menjelaskan 3 mekanisme terjadinya prosesing RNA
5. Menjelaskanmekanismeinisiasi, elongasi dan terminasi pada translasi

C. Bahan Bacaan Rujukan : 1. Hartwell et al., (2017). Genetics: From Genes to Genomes
Chapter 8 pages 280-297

D. Langkah Kegiatan
1. Prakuliah :
a. Masing-masing mahasiswa mempelajari LKM dan membaca bahan bacaan
rujukan
2. Perkuliahan
a. Masing-masing mahasiswa berdiskusi secara online dengan anggota
kelompoknya untuk mempelajari dan menjawab pertanyaan di LKM.
b. Dosen memandu jalannnya diskusi
c. Diskusi kelas hingga akhir perkuliahan

3. Pasca Perkuliahan:
a. Mahasiswa mengunggah LKM (seluruh mahasiswa)
b. Dosen mengevaluasi ketercapaian perkuliahan.
 LKM 10
(GENETIKA)
TRANSKRIPSI DAN PROSESING RNA; TRANSLASI DAN KODE GENETIKA

NAMA : Syharizal Reza Fadhillah Pohan, Dinda Triana, Noor Ilmah, Vika Maulida
Kelompok : 10

A. BahanDiskusi
Tugas Diskusi (Hasil diskusi dapat berupa narasi yang dilengkapi gambar)
1. Jelaskan pengertian dari transkripsi, prosesing  Transkripsi merupakan proses pembentukan RNA dari salah satu pita cetakan
RNA, dan translasi? DNA (DNA sense). Pada tahap ini, akan menghasilkan 3 jenis RNA, yaitu
mRNA, tRNA dan rRNA.

Tahap ini dapat berlangsung di dalam sitoplasma dengan diawali proses

pembukaan rantai ganda yang dimiliki oleh DNA dengan bantuan enzim RNA
polimerase. Pada tahap ini, ada rantai tunggal yang bertugas sebagai rantai
sense, sedangkan rantai lain yang berasal dari pasangan DNA dinamakan rantai
anti sense.

Tahap transkripsi sendiri dibagi menjadi 3 : tahap inisiasi, elongasi dan

terminasi.

- Inisiasi
RNA polymerase terikat pada untaian DNA, yang disebut promoter,
yang ditemukan didekat awal dari suatu gen. Setiap gen mempunyai
promoternya tersendiri. Setelah terikat, RNA polymerase memisahkan
untaian ganda DNA, menyediakan template atau cetakan untaian
tunggal yang siap untuk ditranskripsi.
- Elongasi
Satu untaian DNA, untaian cetakan, bertindak sebagai cetakan untuk
digunakan oleh enzim RNA polimerase. Sambil ‘membaca’ cetakan ini,
RNA polymerase membentuk molekul RNA keluar dari nukleotida,
membuat sebuah rantai yang tumbuh dari 5′ ke 3′. RNA transkripsi
membawa informasi yang sama dari untaian DNA non-template
(coding).
- Terminasi
Urutan ini memberikan sinyal bahwa transkripsi RNA telah selesai.
Setelah ditranskripsi, RNA polymerase melepaskan hasil transkripsi
RNA.

 Translasi merupakan proses urutan nukleotida dalam mRNA yang

diterjemahkan kedalam urutan asam amino dari rantai polipeptida. Selama
proses ini, sel ‘membaca’ informasi pada messenger RNA (mRNA) dan
menggunakannya untuk membuat sebuah protein.
Proses translasi sendiri terbagi atas 3 tahap:
- Tahap awal atau inisiasi
Pada tahap ini ribosom merakit di sekitar mRNA untuk dibaca dan
tRNA pertama yang membawa asam amino metionin (yang cocok
dengan start kodon, AUG). Bagian ini diperlukan agar tahap translasi
bisa dimulai.
- Elongasi atau Memperpanjang Rantai

2. Jelaskan mekanisme inisiasi, elongasi, dan
terminasi pada prokariotik?
Ini adalah tahap di mana rantai asam amino diperpanjang. Disini mRNA
dibaca satu kodon sekali, dan asam amino yang sesuai dengan kodon
ditambahkan kerantai protein. Selama elongasi, tRNA bergerak
melewati situs A, P, dan E dari ribosom. Proses ini diulang terus-
menerus saat kodon baru dibaca dan asam amino baru ditambahkan
kerantai.
- Terminasi
Ini adalah tahap dimana rantai polipeptida dilepaskan. Proses ini
dimulai ketika stop kodon (UAG, UAA atau UGA) memasuki ribosom,
membuat rantai polipeptida terpisah dari tRNA dan lepas keluar dari
ribosom.
 Pemrosesan RNA (RNA Processing) adalah suatu proses menjadikan pre
mRNA menjadi mRNA yang fungsional sehingga dapat melanjutkan tahap
sintesa protein yaitu translasi
- Komponen pada tahap inisiasi organism prokariot meliputi :
 kodoninsiasi (AUG)
 tiga factor insiasi (IF1, IF2 dan IF3)
 tRNA inisiator (fMet-tRNA)
 ribosom subunit 30S dan 50S, dan GTP
Mekanisme inisiasi
1. diaktifasi oleh faktor inisiasi
2. tRNA inisiator membawa anti kodon UAC menempati situs P pada ribosom
3. mulai pembacaan kode genetik
4. inisiator amin oasil-tRNA (transfer RNA) mengenali kodon start AUG yang
membawa metionin dan berikatan dengan sub unit kecil dari ribosomyaitu sub
unit 30 S
5. komplek samin oasil-tRNA dengan sub unit 30 S ini kemudian bergabung
dengan mRNA
6. Faktor inisiasi kemudian dilepas sehingga memungkinkan sub unit besar
ribosom 50S terikat ke sub unit kecil
7. unit ribosom fungsional telah terbentuk
8. aminoasil-tRNA ke -2 mengikat pada A-site ribosom
9. berbagai faktor inisiasi dan GTP dilepas
10. proses inisiasi selesai
Proses Elongasi
1. Terjadinya ikatan molekul amin sintesis protein memasuki tahap terminasi
2. Oasil-tRNA di A-site
3. Ujung karboksil dari rantai polipeptida yang terikat di amin oasil-tRNA P-site
dilepas
4. Membentuk ikatan dengan peptida yang dibawa amin oasil-tRNA A-site
(dibantu enzim transferase dan enzim peptidiltranferase)
5. Molekul tRNA dilepaskan dari ribosom untuk kembali ke sitoplasma tRNA
6. Terjadi translokasi peptidil-tRNA di A-site ke P-site (bersamaan dengan
bergeraknya ribosom per-3 nukleotida di sepanjang rantai mRNA)
7. A-site yang kosong sekarang siap untuk ditempati amin oasil-tRNA yang baru
8. Proses ini berlangsung terus sampai molekul mRNA mengandung triplet
kodon stop (UAA, UAG atau UGA)
9. Sintesis protein memasuki tahap terminasi
10. Rantai polipeptida lepas (protein) dilepaskan ke sitoplasma
11. Ribosom disosiasi menjadi sub unit 50S dan 30S
12. Kembali lagi ketahap awal

Terminasi (pengakhiran)
Translasi berhenti dengan adanya protein yang disebut Release Factor (RF) yang
mengenali kodon terminasi.
Pada prokariot terdapat tiga faktor terminasi yaitu :
 RF1 yang mengenali kodon UAA dan UAG
 RF2 yang mengenali kodon UGA
- Pengikatan RF ini memberikan sinyal bahwa proses translasi telah berhenti.
Kedua sub unit ribosom akan berdisosiasi dari mRNA dan polipeptida
dibebaskan dari tRNAnya.
Translasi pada prokariot. (a) Inisiasi, (b) Elongasi, (c) Translokasi
 Terminasi translasi pada prokariot
3. Jelaskan perbedaan transkripsi prokariotik PROKARIOTIK EUKARIOTIK
dengan eukariotik Transkripsi dan terjemahan terjadi Transkripsi dan terjemahan tidak
serentak terjadiserentak.
Transkripsi prokariotik terjadi di Transkripsi eukariotik terjadi di
sitoplasma dalam nukleusdan translasi terjadi
di sitoplasma.
RNA dilepaskan dan diproses di RNA dilepaskan dan diproses di
sitoplasma inti
RNA polimerase adalah kompleks RNA polimerase adalah kompleks
dari limapolipeptida. 10 -15polipeptida.
Tidak membutuhkan protein atau Membutuhkan protein yang
faktor lainuntuk memulai disebut transkripsifaktor untuk
transkripsi inisiasi.
4. Jelaskan alasan mengapa prosesing RNA Prosesing RNA terdiri dari 3 tahap, yaitu: capping, poliadenilasi, dan RNA
terjadi? splicing.

Capping:
Metilasi (penambahan gugus metil), yang sebagian besar terakumulasi pada
ujung 5’ mRNA. Struktur ini kemudian dikenal sebagai tudung mRNA (mRNA
cap), berupa molekul 7-metil guanosin.
Fungsi mRNA cap:
1. Melindungi mRNA dari degradasi
2. Meningkatkan efisiensi translasi mRNA
3. Meningkatkan pengangkutan mRNA dari nucleus ke sitoplasma
4. Meningkatkan efisiensi proses splicing mRNA.

Poliadenilasi
▪ Rantai poli-A ditambahka npasca-transkripsi pada ujung 3’ karena tidak ada
bagian gen yang mengkode rangkaian A atau T semacam ini
▪ Penambahan dilakukan dengan menggunakan aktivitas enzim poli(A)-

5. Jelaskan 3 mekanisme prosesing RNA?
polimerase
▪ Fungsi poli adenilasi adalah meningkatkan stabilitas mRNA sehingga mRNA
mempunyai umur yang lebih panjang dibandingkan dengan mRNA
yang tidak memiliki poli-A
RNA splicing
▪ Merupakan proses pemotongan daerah intron-intron pada pre mRNA,
kemudian daerah ekson-ekson disambung menghasilkan mRNA matang yang
siap mengalami proses translasidi ribosom.
RNA ialah materi genetik yang berasal dari transkripsi oleh DNA, yang ketika
itu belum dapat berfungsi sebagaimanamestinya. Sehingga sebelum bergerak
ke ribosom, setiap RNA yang dihasilkan harus melaluibeberapa proses (RNA
Processing). Adapun poses tersebut antara lain yaitu capping, polideanilasi, dan
splicing.Salah satu istilah yang akrab dengan pemrosesan RNA adalah intron
danekson. Ekson adalah bagian yang akan mengkode protein (disebut open
readingframe/ ORF) dan bagian yang tidak ditranslasi menjadi protein tetapi
berperan dalam proses transkripsi (non translated 5’ atau 3’ region). Hasil
transkripsi sering kali juga membawa sekuensi yang disebut sebagai intron,
yang bisa ada dibagian ORF atau dibagian non translated 5’ atau 3’ region.
Gambar serta mekanisme terjadinya RNA prosesing ialah sebagai berikut :
 1. Capping (penutupan)
Capping adalah suatu tahap penambahan kelompok guanin (residu 7-metil
guanosin) pada ujung 5’. Cappingterjadi ketika rantai RNA telah mencapai
panjang 30 nukleotida. Fungsi daricapping ini adalah untuk melindungi pre-
mRNA dari degradasi eksonuklease, dan terlibat dalam pelekatan ke sub unit
ribosom 40S.Proses capping terjadi ketika transkripsi belum selesai.
Penambahan kelompok metil ini mengakibatkan terjadinya perbanyakan jumlah
nukleotida. Pada bagian tutup (cap) disebut dengan mesin translasi, yang
berfungsi untuk melindungi pertumbuhan rantai RNA dari degradasi inti.Proses
capping melibatkan penambahan 7-metilguanosin, oleh suatu kondensasi ke
gugusan trifosfat dari nukleotida pada terminal 5’ dari pre mRNA yang
berdekatan. Menurut Brown (2002) proses capping sendiri mencakup
penambahan suatu nukleotida berbasa guanin (biasanya 7-methyl guanosine )
pada nukleotida di ujung 5′. Penambahan itu terjadi berupa terbentuknya ikatan
tak lazim antara 5′ dan 5′ (ikatan yang lazim adalah antara karbon 5′ dan 3′).
Proses 5’capping itu juga dilengkapi dengan penambahan dua gugus CH3 pada
duanukleotida pertama dari rantai RNA. Tahapan lebih lanjut yaitu enzim RNA
polymerase II memulai translasi padanukleotida yang memiliki basa tempat
penambahan penutup atau cap, tapak DNA itu disebut sebagai tapak penutup
atau cap site. Dalam hubungan ini tidak ada template DNA untuk menutup
(cap) di ujung 5′ tersebut. Akan tetapi jika hasiltranskripsi mula-mula
(transkripsi primer) sudah sepanjang sekitar 20 hingga 30nukleotida, suatu
struktur penutup (yang telah mengalami metilasi) di tambahkan pada ujung 5′
dari hasil transkripsi tersebut. Penutup atau cap itulah yang merupakan tempat
ujung 5′ dari RNA-d berikatan dengan robosom.

2. Polideanilation (Poliadenilasi)
Polideanilasi adalah suatu peristiwa penambahan residu adenosin atau poly (A)
ke ujung 3’ dari hnRNA. Ujung poly (A) berfungsi utk melindungi pre-mRNA
daridegradasi ribonuklease (RNase), dan berfungsi untuk transpor mRNA dari
inti ke  sitoplasma. Enzim poly (A) polymerase akan menambahkan adenin
ribonukleotida hingga sekitar 200 pasang basa pada ujung rantai 3’ dari RNA.
Peranan ekor poly (A) di pandang sangat penting dalam hubungannya dengan
stabilitas RNA-m. Sebagai contoh, RNA-m protein globin yang masih memiliki
ekor poly (A) normal yang disuntikan ke dalam oosit katak, akan tetapi aktif
(ditranslasikan) selama suatu jangka yang cukup lama. Sebaliknya jika
yangdimasukkan ke dalam oosit katak adalah RNA-m globin tanpa ekor poly
(A), makaRNA-m tersebut tidak lama bertahan aktif karena segera mangalami
degradasi.Penambahan ekor poly (A) merupakan suatu mekanisme yang
memberi sinyalujung akhir dari RNA-m eukariotik. Pada eukariotik, tidak ada
urutan nukleotidaterminasi transkripsi di dekat ujung akhir dari sesuatu
molekul RNA-m. Kenyataanitu berbeda dengan yang dijumpai pada
prokariotik, seperti yang diketahui pada prokariotik ada urutan nukleotida
terminasi transkripsi spesifik yang menadai akhir suatu molekulRNA-m. Oleh
karena itu, seperti yang terungkap pada beberapa kasus, transkripsi (untuk
RNA-m) berlangsung terus hingga mencapai ratusan bahkan ribuan nukleotida
melalui tapak penambahan poly (A). Pada waktunya terjadi pemutusan ditapak
itu (dengan bantuan suatu enzim endonuklease yang khas RNA) sehingga
dihasilkan suatu ujung 3′ OH, dan selanjutnya pada ujung itu di tambahkan
ekor poly (A) seperti yang telah disebutkan.

3. Splicing (Penyambungan)
Pada proses ini, terjadi mekanisme dimana intron menghilang dan bagian
eksontetap. Intron merupakan urutan campuran nukleotida yang tidak
mengekspresikan protein. Sedangkan ekson adalah bagian yang menahan
molekul RNA dewasa dan dapat mengekspresikan protein. Kejadian awal
pemotongan intron dari pre mRNAmelibatkan ribonukleoprotein. Pemotongan
berlangsung dalam 2 tahap yaitu, 1) Pre mRNA dipotong pada ujung 5’ dari
intron dan, 2) ikatan 5’-2 fosfodiester dibentuk antara ujung 5’ intron yg bebas
dg 2-OH dari residu intron, dekat tempat pemotongan 3’ intron. Ujung 3’ intron
dipotong dan dilepaskan, selanjutnya dua intron dihancurkan. Ekson akan
ditransfer ke sitoplasma, sedangkan intron tetap tinggal di dalam nukleoplasma
yang kemudian akan didegradasi oleh RNAse.Mekanisme dari splicing yaitu,
pada awalnya terdapat intranuklear protein atau komplek RNA yang disebut
splicosome yang memastikan ketepatan splicing . Tiga tipe sekuen pendek
membaca pemotongan yang tepat dari batas-batas ekson atau intron (disebut
splice junction), yaitu splice donor (dimulai dari ujung 5’ dan intron yaitu
ekson-G-U), splice acceptor (dimulai dari ujung 3’ dan intron yaitu A-G-
ekson), dan brachsite dalam intron, sekitar 30 nukleotid dari splicing
accetror dan memiliki banyak daerah AT dengan hanya satu A. Kemudian
terjadi pemotongan 2
sekuen/urutan yaitu bagian splice donor (akan membelah) dan bagian atas

6. Jelaskan mekanisme inisiasi, elongasi, dan
terminasi pada translasi?
brachsite. Setelah itu, bagian splice acceptor akan membelah, intron akan
terdegradasi dan dua bagian akson akan menyatu. Menurut Russel (1992), pada
tahap pertama terjadi pemutusan pada sambungan di ujung 5′ yang memisahkan
hasil transkripsi ekson 1 dari bagian molekul RNA lain. Selanjutnya ujung 5′
yang bebas dari hasil transkripsi intron melengkung dan berhubungan dengan
suatu nukleotida berbasa A (nukleotida tersebut merupakan bagian dari suatu
urut-urutan yang disebut urut-urutan titik cabang atau branch point sequence)
yang terletak di hulu ujung sambungan 3.Terbentuknya struktur lengkung
keluar (atau ke belakang) oleh ujung 5′ hasil transkripsi intron itu merupakan
tahap ke dua dari mRNA splicing , dan struktur lengkung tersebut disebut
sebagai "struktur lariat” atau lariat structure. Tahap terakhir atau tahap ke tiga
dari mRNA splicing adalah pemutusan hubungan hasil transkripsi intron-ekson
di ujung 3′ dan penyambungan kedua ekson. Pada tahap terakhir inilah hasil
transkripsi intron, dan terbentuklah RNA-m tanpa hasil transkripsi intron.
Setelah mRNA melalui seluruh proses di atas, maka mRNA akan
ditransportasikan
menuju sitoplasma melalui pori inti untuk selanjutnya melakukan translasi.
Inisiasi diawali dengan menempelnya ribosom subunit kecil pada mRNA. Pada
ribosom terdapat 3 ruang yaitu E, P, dan A. Ribosom subunit kecil akan
menempel pada mRNA dengan bagian P tepat pada kodon start (AUG) dari
mRNA. Kemudian datang tRNA yang memiliki antikodon UAC yang akan
berpasangan dengan kodon AUG pada mRNA. tRNA ini membawa serta aam
amino metionin yang merupakan asam amino pertama untuk translasi.
 Berikutnya akan datang ribosom subunit besar yang menyatu dengan ribosom
kecil tadi sehingga terbentuk kompleks ribosom aktif yang dapat bekerja
menghasilkan protein. Subunit yang telah menyatu akan menempatkan tRNA
tepat di ruang P pada ribosom aktif tersebut.
Elongasi terminasi merupakan proses penambahan asam amino baru terhadap
rantai asam amino yang telah sebelumnya terbentuk. Ini diawali dengan
datangnya tRNA yang memiliki antikodon yang bersesuaian dengan kodon
dalam ruang A ribosom. tRNA tersebut juga datang dengan membawa asam
amino tertentu yang sesuai dengan kodon pada mRNA.
Terminasi atau akhir dari translasi terjadi saat ruang A sampai pada kodon stop
atau kodon akhir. Kodon ini tidak akan memanggil tRNA tertentu, tapi akan
mengaktifkan faktor pelepas yang menyebabkan ditambahkannya molekul air
pada rantai asam amino yang telah terbentuk. Penambahan molekul air ini
menyebabkan rantai asam amino lepas dari ribosom dan siap dimodifikasi
sehingga menjadi protein yang fungsional. Setelah itu kompleks ribosom dan
mRNA akan terpisah dan proses translasi berakhir. Ribosom subunit kecil,
subunit besar, dan mRNA akan berpisah sebagai akhir dari proses translasi.
mRNA tersebut dapat mengalami translasi berulang kali oleh banyak ribosom
yang berbeda.

7. Terjemahkan DNA template di bawah ini 1. DNA :

menjadi mRNA: 5’-GCTAATCTTGGATGCGTCAAGTCCCTAGCT-3’ (Sense)
5’-GCTAATCTTGGATGCGTCAAGTCCCTAGCT-3’ 3’-CGATTAGAACCTACGCAGTTCAGGGATCGA5’ (Antisanse)
3’-CGATTAGAACCTACGCAGTTCAGGGATCGA-5’ mRNA :
5’-TCGTGCTGATAGCTAAGGCTCGGTATATCCG-3’
5’-GCU AAU CUU GGA UGCGUCAAG UCCCUAGCU-3’ (Kodon)
3’-AGCACGACTATCGATTCCGAGCCATATAGGC-5’ 2. DNA :
5’-TCGTGCTGATAGCTAAGGCTCGGTATATCCG-3’ (Sense)
3’-AGCACGACTATCGATTCCGAGCCATATAGGC-5’ (Antisanse)
mRNA :
5’-UCG UGC UGA UAGCUAAGGCUCGGU AUA UCCG-3’ (Kodon)
8. Diketahuiuntai mRNA:
5’-
AUGCCCACGACUGCGAGCGUUCCGCUAAGGUAG-3’
Pertanyaan:
a. Identifikasi start kodondan stop kodonpada mRNA
tersebut?
b. Buatlahuntai DNA sebagaicetakannya?
c. Buatlahasam amino hasilterjemahannya?

5’-AUGCCCACGACUGCGAGCGUUCCGCUAAGGUAG-3’
Pertanyaan:
a. Identifikasi start kodon dan stop kodon pada mRNA tersebut?
5’-AUG CCC ACG ACU GCG AGC GUU CCG CUA AGG UAG-3’
 Start kodon adalah AUG
 Stop kodon adalah UAG
b. Buatlah untai DNA sebagai cetakannya?
 Sense :
5’-ATG CCC ACG ACT GCG AGC GTT CCG CTA AGG TAG-3’
  Jadi, antisense atau untai DNA sebagai cetakannya adalah :
3’-TAC GGG TGC TGA CGC TCG CAA GGC GAT TCC ATC-5’
c. Buatlah asam amino hasil terjemahannya?
Methionin - Proline - Threonine - Threonin - Alanine - Serine - Valine –
Proline - Leucine - Arginine - Stop