Dalam sejarah, Danau Toba sebelumnya adalah gunung berapi yang disebut gunung
Toba. Gunung ini memiliki kantong magma sangat besar yang jika meletus akan menghasilkan
daya ledak yang sangat tinggi. Kantong Magma Gunung Toba disuplai oleh banyaknya lelehan
sediman lempeng benua yang saling bergesek secara hiperaktif, yaitu lempeng Indo-Australia
yang mengandung banyak sedimen, dan lempeng Eurasia yang menjadi tempat duduknya Pulau
Sumatera. Letak kedua lempeng itu berada di kedalaman 150 km di bawah bumi.
Dari beberapa literatur, tercatat bahwa gunung Toba pernah meletus tiga kali
1. Letusan pertama gunung Toba terjadi sekitar 800 ribu tahun yang lalu dan membentuk
kaldera di selatan Danau Toba, meliputi daerah Porsea dan Prapat.
2. Letusan kedua terjadi sekitar 500 ribu tahun yang lalu dan menghasilkan kaldera di utara
Danau Toba, yaitu daerah antara Haranggaol dengan Silalahi.
3. Gunung Toba terakhir meletus pada 74.000 tahun lalu. Letusan terakhir ini disebut-sebut
sebagai letusan paling dahsyat dalam sejarah Dunia. Meskipun sama sekali tidak tercatat di
dalam buku, namun bukti-bukti ilmiahnya bisa ditemukan di masa kini.
Letusan terakhir gunung Toba memuntahkan lebih dari 1000 kilometer kubik material
letusan. Ketinggian letusannya mencapai 50 km. Material abunya menyebar ke seluruh atmosfer
bumi hingga menutupi cahaya matahari yang masuk ke bumi selama beberapa tahun. Akibatnya
temperatur bumi saat itu menjadi turun sampai 3-5 derajat celcius.
Di samping menghasilkan tsunami yang besar, letusan gunung Toba juga mengakibatkan
kematian masal manusia dan beberapa spesies mahluk hidup lainnya. Dari beberapa hasil
penelitian yang telah dilakukan, letusan gunung ini diduga menyusutkan lebih dari 60% populasi
manusia saat itu, yaitu sekitar 60 juta jiwa.
Dugaan ini didasarkan atas dua hal. Pertama, material abu yang jatuh ke seluruh dunia
telah menimbun sebagian habitat manusia. Kedua, tidak adanya cahaya yang masuk
menyebabkan tidak terjadinya fotosintesis tumbuhan. Hal ini berimbas pada langkanya bahan
makanan sehingga mengakibatkan kelaparan dahsyat yang berujung pada kematian masal.
Setelah meletus, gunung ini membentuk kaldera yang kemudian terisi air dan akhirnya
menjadi danau terbesar di dunia. Danau inilah yang kenal dengan nama Danau Toba.