Department of Biology

Bioprospeksi: Katabolisme Seluler

PERTEMUAN KE- 5
BIO102 PPKU TAHUN AJARAN 2021/2022
 Pokok Bahasan
Katabolisme seluler dan metabolitnya:
1. Mekanisme sintesis ATP
2. Respirasi aerob
3. Respirasi anaerob
4. Fermentasi
5. Metabolomik

2 - 38
 Tugas Bahan Kuliah ke 5
Silakan kerjakan tugas berikut ini, namun tugas yang dikerjakan tidak perlu diunggah
pada course.ipb.ac.id
1. Senyawa kelompok polifenol, yaitu flavonoid, antosianin, atau amida polifenol merupakan metabolit
yang di antaranya dihasilkan oleh tumbuhan dan bermanfaat dalam bidang kesehatan, berperan
sebagai antioksidan dalam tubuh manusia sehingga mampu menurunkan risiko terkena berbagai
penyakit. Manfaat senyawa bisa diperoleh dengan mengkonsumsi makanan sehat.
2. Sebutkan senyawa-senyawa intermediate yang berasal dari jalur glikolisis ataupun siklus asam sitrat
(siklus krebs) yang terlibat dalam jalur biosintesis flavonoid, antosianin, atau amida polifenol
3. Bagian dari tugas ini akan dikeluarkan sebagai soal ujian bersamaan dengan pelaksanaan UTS
sebagai bahan tugas

3 - 38
 Capaian Pembelajaran

Mahasiswa dapat menyebutkan beberapa manfaat senyawa metabolit

dan dapat menjelaskan kaitan proses katabolisme selulernya dalam
pembentukan metabolit tersebut

KATABOLISME SELULAR:

4 - 38
 Pernah Merasakan Sedap & Gurihnya?

Kenapa bisa lebih

sedap dan gurih
Bakso Mie Ayam ???

Mie Instan
5 - 38
 Pernah Merasakan Segar/enaknya rasa jeruk?

Sirup rasa jeruk Ice cream rasa jeruk

Darimana asal
rasa jeruk itu
Kue rasa jeruk ???

Produk farmasi rasa jeruk

6 - 38
Makanan dan minuman aroma/rasa yang khas seperti ini

Darimana asal
aroma/ rasa
Wine khas seperti itu
???

7 - 38
Sudah sering/familiar menikmati rasa bbrp contoh
makanan/minuman tsb.
Senyawa apa itu ???

Glutamat

Darimana asal
Asam Sitrat senyawa itu
???

Etanol

Asam Laktat

8 - 38
 Asal senyawa metabolit

KATABOLISME SELULAR:
Glutamat -Respirasi

Asam Sitrat
-Fermentasi

Etanol

Asam Laktat

Fungsi bagi sel/organismenya

→ Menghasilkan energi !!!
9 - 38
 Beberapa Tipe Katabolisme selular:
1. Respirasi Aerob
2. Respirasi Anaerob
3. Fermentasi
Respirasi Aerob Respirasi anaerob Fermentasi
perlu O2 ya tidak tidak
Tipe fosforilasi 1. tingkat tingkat substrat tingkat substrat
substrat dan oksidatif
dan oksidatif
Penerima elektron O2 NO3, SO42-, CO32- molekul organik
(H+) terakhir (acetaldehyde
atau piruvat)
Potensi produksi 36-38 ±36 2
ATP

10 - 38
 Energi selular yang dihasilkan berupa ATP
3 Mekanisme Produksi ATP :
1. fosforilasi tingkat substrat
2. fosforilasi oksidatif (kemiosmosis)
3. foto fosforilasi (reaksi terang fotosintesis, topik pertemuan 4)
Adenin
Gugus fosfat

+ Energi
Ribosa
untuk kerja
Adenosin trifosfat Adenosin difosfat selular
(ADP)

• Pemecahan ATP mensuplai energi untuk kerja selular

11 - 38
 Dua Mekanisme Pembentukan ATP
1. Fosforilasi Kemiosmotik
High H+
H+
Gradient [H+ ]
concentration
H+ (=energi potensial)
H+
digunakan untuk
H+ membuat ATP
H+
H+ secara kemiosmosis
H+
Rantai

Membrane
H+
Transport H+
Elekctron H+
H+
Low H+ H+
From
concentration H+
NADH H+
H+ H+ ATP sintase
H+
Energi yang dilepaskan oleh
elektron saat berpindah H+
H+
dipakai untuk memompa H+ H+
melintasi membran

12 - 38
 Dua Mekanisme Pembentukan ATP

2. Fosforilasi Tingkat Substrat

Dengan mentransfer Enzim

gugus fosfat dari molekul
organik ke ADP Adenosine

Molekul Organik
(substrat)

Adenosine

Molekul Organik baru

(produk)

13 - 38
 Bernafas untuk Respirasi Selular
• Hampir semua sel pada kebanyakan organisme
menghasilkan ATP secara aerobik (respirasi selular)
O2 CO2

• Bernafas
mensuplai O2 ke
CO2
sel dan membuang
CO2

O2
CO2

Respirasi Selular
Glukosa + 6O2 → ATP + 6CO2 + 6H2O

14 - 38
 Mekanisme Dasar
Pelepasan dan Penyimpanan Energi

• Energi (ATP) yang dihasilkan setelah elektron ditransfer dari

senyawa organik ke O2, digunakan oleh sel

Ter-Oksidasi
Kehilangan atom hidrogen
dan elektron

Energi
(ATP)
Glukosa
Ter-Reduksi
Mendapatkan atom
hidrogen dan elektron

15 - 38
 Pembawa Hidrogen (spt. NAD+ & FAD+)
Mengangkut Elektron juga

• Enzim melepaskan e- dari bahan bakar (senyawa) organik

dan mentransfernya ke NAD

OKSIDASI

Dehydrogenase
dan NAD+

16 - 38
 Energi Dilepaskan Seiring dengan Pengaliran Elektron dari
Pembawa Hidrogen ke O2
• NADH mengirimkan elektrons ke rangkaian pembawa
elektron pada Rantai Transport Elektron
• Dengan berpindahnya
elektron dari satu pembawa
ke pembawa berikutnya,
energi dilepaskan dalam
jumlah kecil

Aliran Electron

17 - 38
 Mitokondria : Generator utama ATP

2 6

3
4

18 - 38
 Tiga Tahapan Utama Respirasi Selular
NADH
NADH & FADH2 membawa elektron berenergi tinggi

NADH & FADH2

Mitokondria
1 3 3
2
GLIKOLISIS RANTAI TRANSPORT
Asam KREBS ELEKTRON
Glukosa Piruvat CYCLE DAN KEMIOSMOSIS

Cairan
Sitoplasma

Dengan fosforilasi Dengan fosforilasi

tingka substrat kemiosmosis

19 - 38
 Glikolisis
Glucose FASE PERSIAPAN
Steps 1– 3 Step (Investasi energi)
Glukosa mendapat
1
energi ATP. Glucose-6-phosphate
2
Fructose-6-phosphate
3
Step 4
Senyawa intermediet berkarbon-6 Fructose-1,6-diphosphate
4
terurai menjadi dua molekul 4
berkarbon-3 Glyceraldehyde-3-phosphate
(G3P)
5 FASE HASILKAN
Step 5Reaksi redoks ENERGI
5
menghasilkan NADH. 1,3-Diphosphoglyceric acid
66 (2 molecules)

3-Phosphoglyceric acid
Steps 6– 9 77 (2 molecules)
ATP and asam pruvat
dihasilkan. 2-Phosphoglyceric acid
8
8
(2 molecules)

2-Phosphoglyceric acid
(2 molecules)
99
Pyruvic acid
(2 molecules
per glucose molecule)

20 - 38
 Asam Piruvat dipersiapkan secara kimiawi
untuk Siklus Krebs
Pemecahan setiap molekul asam piruvat menghasilkan:
1. Asetil CoA (senyawa berkarbon 2) yang akan masuk Siklus Krebs
2. NADH (elektron berenergi tinggi yang ditangkap oleh NAD+)
3. CO2 (dekarboksilasi)

Asam Acetyl CoA

Piruvat (Asetil Koenzim A)

CO2

21 - 38
 2. Siklus Krebs
- menuntaskan pemindahan elektron dari bahan organik
Serangkaian reaksi yang
dikatalisis enzim melepaskan
elektron dan H+ (yang
ditangkap oleh NAD+ dan FAD+
→dihasilkan ATP dan CO2

Lemon → kandungan nya 7 –9 %

Sekarang 99 % di produksi Mikroba:
→Aspergillus niger
→Penicillium citricum

Glutamat

Di produksi Mikroba:
Corinebacterium glutamicum
Brevibacterium

22 - 38
 3. Rantai Transport Elektron
Kompleks H+ c. Pada kemiosmosis, H+ difusi
H+ H+
Protein balik → terbentuk ATP
Ruang Pembawa
Intermembran Elektron
H+
H+
H+
Membrane H+
dalam H+
mitokondria Aliran H+
Elektron H+ ATP
Matriks H+ Sintase
mitokondria
H+
H+
H+ H+ H+

a. Elektron dari NADH and b. Energi yang dilepas

elektron digunakan H+ H+
FADH2 mengalir melintasi H+
Rantai Transport Elektron untuk memompa H+ ke
ke O2 ruang intermembran

23 - 38
 Membuat ATP dengan Fosforilasi Kemiosmotik
H+
Ruang intermembran
• Ada gradien proton (H+) antara Stator
ruang intermembran dan Rotor
matriks mitokondria

Batang
internal
• Energi potensial karena Knob
katalitik
adanya gradien proton
digunakan untuk membuat
ATP ADP ATP
Matriks mitokondria

24 - 38
 Pernah tahu/mendengar tentang ini? Apa dan Kenapa?

25 - 38
 Racun tertentu mengganggu proses respirasi selular
Rotenon Sianida, dan CO Oligomisin

DNP

• Rotenon: insektisida,
• Sianida dan CO : racun
• Oligomisin: antibiotik untuk memerangi infeksi cendawan,
• Dinitrophenol (DNP) : untuk menurunkan bobot badan,
tetapi berbahaya untuk kesehatan

26 - 38
 Review:
Setiap molekul glukosa → hingga 38 molekul ATP
Cytoplasmic fluid

Electron shuttle
across membranes

GLYCOLYSIS
KREBS ELECTRON
glukosa 2 Pyruvic 2 Acetyl CYCLE TRANSPORT CHAIN
acid CoA AND CHEMIOSMOSIS

+ 2 ATP - about 0 - 2 ATP + 2 ATP + about 34 ATP

by substrate-level used for shuttling by substrate-level by chemiosmotic
phosphorylation electrons from NADH phosphorylation phosphorylation
made in glycolysis
About
38 ATP
Maximum per 1 molekul glukosa

27 - 38
 Fermentasi
Pada kondisi anaerobik ( tanpa O2)
• Sel menggunakan glikolisis saja untuk menghasilkan sejumlah kecil ATP
• Tetap sel harus memiliki cara mendaur ulang NAD+

a. Fermentasi alkohol :
- asam piruvat diubah menjadi etanol and CO2
dilepaskan

GLYCOLYSIS 2 Acetaldehyde 2 Etanol

2
Pyruvic
acid

28 - 38
 Fermentasi
b. Fermentasi asam laktat :
• Asam piruvat diubah
menjadi asam laktat
• Digunakan untuk GLYCOLYSIS

membuat keju dan

2
yoghurt glukosa Pyruvic
2 Lactic
acid
acid
mis. Lactobacillus

29 - 38
 Anaerob Fakultatif dan Anaerob Obligat

• Sel otot hewan dan manusia dapat bertindak anaerob fakultatif

- sel otot yang digunakan dengan kuat dan cepat dapat kekurangan
suplai O2 → fermentasi asam laktat (menghasilkan asam laktat)
- ketika tersedia O2 lagi, asam laktat → menjadi asam piruvat di hati

Organisme tidak dapat survive jika terdapat O2: anaerob obligat

Produksi ATP melalui fermentasi

atau respirasi anaerob

30 - 38
 Sel menggunakan banyak macam molekul organik
sebagai bahan bakar respirasi selular

Makanan,
seperti kacang

Polisakarida Lemak Protein

Monosakarida Gliserol Asam lemak Asam amino

Gugus
mino

Glukosa G3P Asam Asetil SIKLUS RANTAI TRANSPORT

Piruvat CoA KREBS ELEKTRON
GLIKOLISIS DAN KEMIOSMOSIS

ATP

31 - 38
 Makanan, seperti
Metabolisme selular
kacang Katabolisme
- Katabolisme: (Respirasi selular)
Polisakarida Lemak Protein
• Menghasilkan energi
Monosakarida Gliserol Asam lemak Asam amino
Gugus
mino
- Anabolisme:
• Biosintesis makromolekul dari senyawa
Glukosa G3P Asam Asetil SIKLUS RANTAI TRANSPORT intermediat untuk pertumbuhan dan
Piruvat CoA KREBS ELEKTRON
GLIKOLISIS DAN KEMIOSMOSIS perbaikan
• Memerlukan energi
ATP

Anabolisme
KREBS Acetyl Asam
piruvat
Sintesis glukosa
G3P Gukosa Beragam jenis senyawa
CYCLE CoA

Amino
metabolit di dalam sel, biofluida,
groups
Asam Amino Asam lemak Gliserol Monosakarida
jaringan atau organisme
Protein Lemak Polisakarida

METABOLOMIK
Sel, Jaringan, Organisms

32 - 38
 Apa itu Metabolomik ?
Metabolomik adalah
studi secara
menyeluruh senyawa
senyawa metabolit di
dalam sel, biofluida,
jaringan atau organisme
yang dipengaruhi oleh
faktor genetik dan
lingkungan

Secara kolektif, molekul

kecil ini dan
interaksinya dalam
sistem biologis dikenal
sebagai Metabolom.
Link video: https://www.youtube.com/watch?v=eCNyj5PzJQU
33 - 38
 Bagaimana studi Metabolomik ?

34 - 38
 Aplikasi Metabolomik

Diego F. Gomez-Casati, Maria I. Zanor, María V. Busi, "Metabolomics in Plants and Humans: Applications in the Prevention and Diagnosis of Diseases", BioMed Research
International, vol. 2013, Article ID 792527, 11 pages, 2013. https://doi.org/10.1155/2013/792527

35 - 38
 Metabolit yang digunakan sebagai Biomarker penyakit

Diego F. Gomez-Casati, Maria I. Zanor, María V. Busi, "Metabolomics in Plants and Humans: Applications in the Prevention and Diagnosis of Diseases", BioMed Research
International, vol. 2013, Article ID 792527, 11 pages, 2013. https://doi.org/10.1155/2013/792527

36 - 38
 Aplikasi Metabolomik pada Bioteknologi Tanaman

Diego F. Gomez-Casati, Maria I. Zanor, María V. Busi, "Metabolomics in Plants and Humans: Applications in the Prevention and Diagnosis of Diseases", BioMed Research
International, vol. 2013, Article ID 792527, 11 pages, 2013. https://doi.org/10.1155/2013/792527

37 - 38
 • All organisms have the ability to
harvest energy from
methabolism processes of
organic molecules. Some
methabolites of the
methabolism processes have
economic value of their
applications.

Thank You
38 - 38
Preface Slide