Enzim 1

Bab 4
Enzim
4.1 Enzim
Sel dapat berfungsi sebagai mesin kimia, karena adanya enzim, katalisator yang
mampu meningkatkan kecepatan reaksi-reaksi kimia spesifik tanpa ikut bereaksi.
Enzim merupakan molekul protein yang sangat spesifik, dibentuk oleh sel dari
unit-unit sederhana asam amino. Tiap jenis enzim umumnya hanya dapat
mengkatalisis satu jenis reaksi kimia spesifik; jadi diperlukan ratusan jenis enzim
yang berbeda untuk metabolisme tiap jenis sel. Enzim bersifat jauh lebih efisien
dibandingkan dengan katalisator reaksi kimia biasa, karena molekul enzim lebih
spesifik, daya katalisatornya jauh lebih efisien, dan dapat berfungsi pada kondisi
suhu dan konsentrasi ion hidrogen (pH) normal. Enzim dapat mengkatalisis dalam
waktu beberapa detik untuk urutan reaksi kompleks yang memerlukan beberapa
hari, minggu bahkan bulan, bila dikerjakan di laboratorium kimia. Reaksi-reaksi
yang dikatalisis oleh enzim berlangsung sempurna, dengan produk 100%, tanpa
produk samping. Sedangkan pada penggunaan katalisator reaksi kimia biasa,
hampir selalu terbentuk satu atau lebih produk samping. Oleh karena itu, sel hidup
dapat melangsungkan berbagai reaksi kimia secara serentak tanpa terhambat oleh
adanya produk samping yang tidak diinginkan.
Ratusan reaksi kimia enzimatis di dalam sel diatur menjadi banyak urutan
reaksi-reaksi bertahap yang berbeda. Urutan ini dapat terdiri dari 2 sampai 20
atau lebih tahapan reaksi. Beberapa diantara urutan reaksi enzimatis menguraikan
nutrisi organik menjadi produk akhir yang lebih sederhana untuk memperoleh
energi kimia. Proses lain yang membutuhkan energi adalah pembentukan
makromolekul kompleks secara bertahap dari molekul-molekul pemulanya yang
lebih kecil. Jalur-jalur enzimatis ini, yang mendasari metabolisme sel, dan bersifat
saling berhubungan.
Pada beberapa penyakit, terutama gangguan genetik yang menurun, mungkin
terdapat kekurangan atau bahkan kehilangan satu atau lebih enzim pada jaringan;
Pada keadaan abnormal lainnya, aktivitas yang berlebihan dari suatu enzim
tertentu, kadang-kadang dapat dikontrol oleh obat yang dibuat untuk menghambat
aktivitas katalitiknya; Selanjutnya, pengukuran aktivitas enzim tertentu pada
plasma darah, sel darah merah, atau contoh jaringan, penting bagi diagnosa
penyakit
Enzim telah menjadi alat praktis yang penting, bukan hanya dalam dunia
kesehatan, tetapi juga dalam industri kimia, dalam pengolahan pangan, dan
pertanian, bahkan pada aktivitas sehari-hari enzimpun memainkan peranannya

4.1.1 Klasifikasi dan Tata Nama Enzim

Seabad yang lalu hanya beberapa enzim yang dikenal, dan kebanyakan
diantaranya mengkatalisis reaksi hidrolisis ikatan kovalen, semua enzim dikenal
dengan penambahan akhiran –ase pada nama substrat yang dihidrolisisnya,
seperti; lipase yang menghidrolisis lemak, amilase menghidrolisis pati, urease yang

Materi Kuliah Biokimia – Jurusan Analis Kesehatan Poltekkes Kemenkes Bandung – Yeni Wahyuni – Feb 2021
 Enzim 2

menghidrolisis urea, dan protease menghidrolisis protein. Tetapi, banyak enzim

yang telah dinamakan dengan tidak menerangkan substratnya, seperti pepsin dan
tripsin
Peristilahan di atas, sampai sekarang masih tetap bertahan, namun
pemakaiannya sudah terbukti tidak memadai, karena ditemukan enzim yang
mengkatalisis reaksi yang berbeda dari substrat yang sama, misalnya oksidasi atau
reduksi fungsi alkohol suatu gula. Oleh karena itu, International Union of
Biochemistry (IUB) membuat sistem nomenklatur bagi enzim, berdasarkan tipe
reaksi yang dikatalisisnya
Garis besar kerangka klasifikasi enzim dalam sistem IUB, adalah sebagai
berikut:
 Reaksi dan enzim yang mengkatalisisnya membentuk enam kelas, dan masing-
masing kelas mempunyai 4 sampai 13 subkelas
 Nama enzim terdiri atas 2 bagian: nama pertama menunjukkan substratnya;
dan nama kedua yang diberi akhiran –ase, menyatakan tipe reaksi yang
dikatalisisnya.
 Informasi tambahan, bila diperlukan untuk menjelaskan reaksi, dapat
dituliskan dalam tanda kurung di bagian akhir.
 Setiap enzim mempunyai nomer kode sistematik (EC). Nomor ini menunjukkan
tipe reaksi sebagai kelas (digit pertama), sub-kelas (digit kedua), dan sub-sub
kelas (digit ketiga). Digit keempat adalah untuk nama enzim tertentu.
Klasifikasi enzim dalam sistem IUB, adalah sebagai berikut:
1. Kelas Oksidoreduktase
Enzim-enzim yang mengkatalisis reaksi oksidasi-reduksi antara dua substrat S
dan S’
Sred + S’oks Soks + S’red
Enzim-enzim yang termasuk ke dalam kelompok ini, adalah enzim-enzim yang
mengkatalisis reaksi oksidasi-reduksi dari gugus; CH-OH; CH-CH; CO; CH-NH2;
dan CHNH. Sub-kelas yang mewakilinya, adalah:
1.1 Enzim yang bekerja pada gugus CH-OH sebagai donor elektron, misalnya :
1.1.1.1. Alkohol : NAD oksidoreduktase (alkohol dehidrogenase)
Enzim
Alkohol + NAD+ Aldehida/Keton + NADH + H+
CH2OH CHO
+ Enzim +
CH2 + NAD CH2 + NADH + H
CH3 CH3
Etanol Etanal
CH3 CH3
+ Enzim +
CH - OH + NAD C O + NADH + H
CH3 CH3
Etanol Etanon
Gambar 4.1 Mekanisme Reaksi Alkohol : NAD oksidoreduktase

Materi Kuliah Biokimia – Jurusan Analis Kesehatan Poltekkes Kemenkes Bandung – Yeni Wahyuni – Feb 2021
 Enzim 3

1.4 Enzim yang bekerja pada gugus CH-NH2 sebagai elektron, misalnya:
1.4.1.3 L-Glutamat : NAD(P) oksidoreduktase (deaminasi) [glutamat
dehidrogenase dari hati binatang]. NAD(P) berarti bahwa baik NAD
maupun NADP bekerja sebagai akseptor elektron.
Enzim
L-Glutamat + H2O + NAD(P) -Ketoglutarat + NH4+ + NAD(P)H + H+

COOH COOH
CH NH2 C O
Enzim + +
CH2 + H2O + NAD(P) CH2 + NH4 + NAD(P)H + H
CH2 CH2
COOH COOH
L-Glutamat -Ketoglutarat

Gambar 4.2 Mekanisme Reaksi L-Glutamat : NAD(P)

oksidoreduktase

1.9 Enzim yang bekerja pada hem dari donor elektron, misalnya:
1.9.3.1 Sitokrom c : O2 oksidoreduktase [Sitokrom oksidase]
+ Enzim
4 Sitokrom c reduksi + O2 + 4 H 4 Sitokrom c teroksidasi + 2 H2O

1.11 Enzim yang bekerja pada H2O2 sebagai akseptor elektron, misalnya
1.11.1.6 H2O2 oksidoreduktase [katalase]
Enzim
H2O2 + H2O2 O2 + 2 H2O

Gambar 4.3 Mekanisme Reaksi H2O2 oksidoreduktase

2. Kelas Transferase
Enzim-enzim yang mengkatalisis pemindahan gugus G (bukan hidrogen) antara
sepasang substrat S dan S’.
S-G + S’ S’-G + S
Yang termasuk ke dalam kelas ini, adalah enzim-enzim yang mengkatalisis
pemindahan gugus satu karbon, residu aldehida atau keton, dan gugus yang
mengandung asil, alkil, glikosil, fosfor atau sulfur; Beberapa sub-kelas yang
penting, adalah:
2.3 Asiltransferase
2.3.1.6 Asetil Ko-A : Kolin O-asetiltransferase (kolin asiltransferase)
Enzim
Asetil-Ko-A + Kolin Ko-A + Asetilkolin

2.4 Glikosiltransferase
2.4.1.1  -1,4-glukan : ortofosfat glikosil transferase (fosforilase)
Enzim
( -1,4 -glukosil)n + ortofosfat ( -1,4 -glukosil)n-1 +  -D-glukosa-1-fosfat

Materi Kuliah Biokimia – Jurusan Analis Kesehatan Poltekkes Kemenkes Bandung – Yeni Wahyuni – Feb 2021
 Enzim 4

2.7 Enzim-enzim yang mengkatalisis pemindahan gugus yang mengandung

fosfat
2.7.1.1 ATP : D-heksosa-6-fosfotransferase (heksokinase)
Enzim
ATP + D-heksosa ADP + D-heksosa-6-fosfat
CHO CHO
HC OH HC OH
Enzim
ATP + HC OH ADP + HC OH
HC OH HC OH
HC OH HC OH
CH2OH CH2OPO 3H2
D-Glukosa D-Glukosa-6-fosfat
Gambar 4.4 Mekanisme Reaksi ATP : D-heksosa-6-fosfotransferase

3. Kelas Hidrolase
Enzim-enzim yang mengkatalisis hidrolisis ikatan-ikatan ester, eter, peptida,
glikosil, anhidrida asam, C-C, C-halida, atau P-N, misalnya:
3.1 Enzim-enzim yang bekerja pada ikatan ester, misalnya:
3.1.1.8 Asilkolin asil-hidrolase (pseudokolinesterase)
Enzim
Asilkolin + H2O Kolin + Asam

3.2 Enzim-enzim yang bekerja pada senyawa glikosil, misalnya:

3.2.1.23 -D-Galaktosida galaktohidrolase (-galaktosidase)
Enzim
 -D-Galaktosida + H2O Alkohol + D-Galaktosa

3.4 Enzim-enzim yang bekerja pada ikatan peptida. Nama-nama klasik (pepsin,
plasmin, rennin, kimotripsin) masih banyak dipakai. Karena overlapping
dan kespesifikan yang tidak menentu, membuat tata nama menurut sistem
tersebut tidak praktis pada dewasa ini.

4. Kelas Liase
Enzim-enzim yang mengkatalisis pembuangan gugus dari substrat dengan
mekanisme yang lain daripada hidrolisis, dan meninggalkan ikatan rangkap;
Yang termasuk golongan ini, adalah enzim yang bekerja pada ikatan C-C, C-O, C-
N, C-S, dan C-halida. Yang termasuk sub-kelasnya adalah:
4.1 Aldehida-liase, misalnya:
4.1.2.7 Ketosa-1-fosfat aldehidaliase (aldolase)

Materi Kuliah Biokimia – Jurusan Analis Kesehatan Poltekkes Kemenkes Bandung – Yeni Wahyuni – Feb 2021
 Enzim 5

Aldolase
Ketoheksosa-1-fosfat Dihidroksi aseton fosfat + Aldehida
CH2OPO 3H2
C O
CH2OPO 3H2 CHO
HC OH Enzim
C O + CHOH
HC OH
CH2OH CH2OH
HC OH
Dihidroksi Gliseraldehida
CH2OH aseton fosfat
Fruktosa-1-fosfat

Gambar 4.5 Mekanisme Reaksi Ketosa-1-fosfat aldehidaliase

4.2 Karboksi-oksigen liase, misalnya:

4.2.1.2 L-Malat hidroliase (Fumarase)
Enzim
L-Malat Fumarat + H2O

COOH COOH
CH-OH CH
Fumarase
+ H2 O
CH2 CH
COOH COOH
L-Malat Asam Fumarat
Gambar 4.6 Mekanisme Reaksi L-Malat hidroliase (Fumarase)

5. Kelas Isomerase
Enzim-enzim yang mengkatalisis interkonversi isomer-isomer optik,
geometrik, atau posisi; beberapa sub-kelasnya, adalah:
5.1 Rasemase dan epimerase
5.1.1.1 Alanin rasemase
Enzim
L-Alanin D-Alanin
O O
OHC C OH
Alanin rasemase
H2N CH CH NH2
CH3 CH3
L-Alanin D-Alanin
Gambar 4.7 Mekanisme Reaksi Alanin rasemase
5.2 Sis-trans isomerase
5.2.1.3 11-sis-trans-isomerase [retinen isomerase] (semua trans retinen)
Retinen isomerase
Semua trans retinen 11-sis-retinen
5.3 Enzim-enzim yang mengkatalisis interkonversi aldosa dan ketosa
5.3.1.1 D-Gliseraldehida-3-fosfat ketoisomerase (triosafosfat isomerase)

Materi Kuliah Biokimia – Jurusan Analis Kesehatan Poltekkes Kemenkes Bandung – Yeni Wahyuni – Feb 2021
 Enzim 6

Triosafosfat
isomerase
D-Gliseraldehida-3-fosfat dihidroksiaseton-fosfat
CHO Triosafosfat CH2OH
isomerase
CH-OH C O

CH2OPO 3H2 CH2OPO 3H2

D-Gliseraldehida-3-fosfat Dihidroksiaseton-fosfat

Gambar 4.8 Mekanisme Reaksi D-Gliseraldehida-3-fosfat

ketoisomerase

6. Kelas Ligase
Enzim-enzim yang mengkatalisis penggabungan dua senyawa diikuti oleh
pemecahan ikatan pirofosfat pada ATP atau senyawa yang sejenis. Yang
termasuk dalam golongan ini, adalah enzim-enzim yang mengkatalisis reaksi
pembentukan ikatan C-O, C-S, C-N, dan C-C. Sub-kelasnya diwakili oleh:
6.2 Enzim-enzim yang mengkatalisis pembentukan ikatan G-S, misalnya:
6.2.1.4 Suksinat : Ko-A Ligase (GDP) [suksinat tiokinase]
Suksinat
tiokinase
Suksinat + Ko-A Suksinil Ko-A

GTP GDP + Pi
COOH Suksinat COOH
tiokinase
CH2 + Ko-A-SH CH2 + H2O
CH2 CH2
GTP GDP + Pi
COOH CO S Ko-A
Suksinat Suksinil Ko-A
Gambar 4.9 Mekanisme Reaksi Suksinat : Ko-A Ligase (GDP)
[suksinat tiokinase]

6.3 Enzim-enzim yang mengkatalisis pembentukan ikatan C-N, misalnya:

6.3.1.2 L-Glutamat : Amonia ligase (ADP) [glutamin sintetase]

Materi Kuliah Biokimia – Jurusan Analis Kesehatan Poltekkes Kemenkes Bandung – Yeni Wahyuni – Feb 2021
 Enzim 7

Glutamin
sintetase
L-Glutamat + NH4+ L-Glutamin

ATP ADP + Pi
O O
H2N CH C OH H2N CH C OH
CH2 Glutamin CH2
sintetase
CH2 + NH4+ CH2 + H2O
C O C O
OH ATP ADP + Pi NH2
L-Glutamat L-Glutamin
Gambar 4.10 Mekanisme Reaksi L-Glutamat : Amonia ligase (ADP)
[glutamin sintetase]

6.4 Enzim-enzim yang mengkatalisis pembentukan ikatan C-C, misalnya: (Harper

– 1979; 1999)

6.4.1.2 Asetil Ko-A : CO2 ligase (ADP) [asetil Ko-A karboksilase]

asetil Ko-A
karboksilase
Asetil Ko-A + CO2 Malonil Ko-A

ATP ADP + Pi
4.1.2 Enzim memperlihatkan semua Sifat-sifat Protein
Semua enzim murni yang telah diamati sampai saat ini adalah protein; dan
aktivitas katalitiknya bergantung kepada integritas strukturnya sebagai protein.
Sebagai contoh, jika enzim dididihkan dengan asam kuat atau diinkubasi dengan
tripsin, yaitu perlakuan yang memotong rantai polipeptida, aktivitas katalitiknya
biasanya akan hancur; hal ini memperlihatkan bahwa struktur kerangka primer
protein enzim dibutuhkan untuk aktivitas katalitiknya. Selanjutnya, jika kita
mengubah perlipatan rantai protein yang khas dari suatu protein enzim utuh; oleh
panas, oleh perlakuan pH yang jauh menyimpang dari keadaan normal, atau oleh
perlakuan dengan senyawa perusak lainnya, aktivitas katalitik enzim akan hilang.
Jadi struktur primer, sekunder, dan tersier protein enzim, penting bagi aktivitas
katalitiknya.
Enzim, seperti protein lain, mempunyai berat molekul yang berkisar antara
12.000 sampai lebih dari satu juta. Oleh karena itu, enzim berukuran amat besar
bila dibandingkan dengan substrat atau gugus fungsional targetnya. Beberapa
enzim hanya terdiri dari polipeptida dan tidak mengandung gugus kimiawi selain
residu asam amino, seperti ribonuklease pankreas. Akan tetapi, enzim lain,
memerlukan tambahan komponen kimia bagi aktivitasnya; komponen ini disebut
ko-faktor. Ko-faktor bisa merupakan suatu molekul anorganik seperti ion Fe2+,
Mn2+, Mg2+, atau Zn2+; atau suatu molekul organik kompleks yang disebut ko-
enzim. Beberapa enzim membutuhkan baik ko-enzim maupun satu atau lebih ion
logam bagi aktivitasnya. Pada beberapa enzim, ko-enzim atau ion logam hanya

Materi Kuliah Biokimia – Jurusan Analis Kesehatan Poltekkes Kemenkes Bandung – Yeni Wahyuni – Feb 2021
 Enzim 8

terikat secara lemah atau dalam waktu sementara pada protein enzim; akan tetapi,
pada enzim lain, ko-enzim dan ion logam terikat kuat, atau terikat secara
permanen; ko-faktor ini disebut dengan gugus prostetik. Enzim yang strukturnya
sempurna dan aktif mengkatalisis, bersama-sama dengan ko-enzim atau gugus
logamnya, disebut holoenzim. Ko-enzim dan ion logam bersifat stabil sewaktu
pemanasan, sedangkan bagian protein enzim, yang disebut apoenzim,
terdenaturasi oleh pemanasan.

4.1.3 Situs Aktif Enzim

Situs aktif suatu enzim adalah tempat terikatnya substrat (dan gugus prostetik,
bila ada) dan mengandung residu-residu yang berperan dalam pembentukan dan
pemutusan ikatan kimia. Residu-residu ini dinamai gugus katalitik. Meskipun
enzim-enzim satu sama lain berbeda, ditinjau dari struktur, spesifitas, dan cara
katalitiknya, situs aktik mempunyai beberapa gambaran umum yang sama, yaitu:
1. Situs aktif hanyalah sebagian kecil dari seluruh molekul
Hampir semua enzim tersusun lebih dari 100 asam amino, mempunyai berat
molekul yang berkisar antara 12.000 sampai lebih dari satu juta dengan garis
tengah lebih dari 25 A. Oleh karena itu, enzim berukuran amat besar bila
dibandingkan dengan substrat atau gugus fungsional targetnya, seperti contoh
yang tertera dalam gambar 4.11

2. Situs aktif
Adalah suatu kesatuan tiga dimensi yang terbentuk oleh berbagai gugus yang
berasal dari berbagai bagian dari urutan asam amino. Berbagai residu asam
amino yang cukup jauh terpisah satu sama lain dalam urutan asam amino
mungkin berinteraksi lebih kuat dibandingkan dengan yang bersebelahan,
seperti dalam lisosom, gugus-gugus yang berperan dalam situs aktif berasal
dari residu 35, 52, 62, 63, 101 dan 106 (gambar 4.12)
Molekul substrat tidak bersentuhan dengan seluruh residu asam amino dalam
molekul enzim, tetapi hanya dengan sebagian kecil residu asam amino pada
permukaan suatu molekul enzim.
Molekul
Molekul
air
Substrat

Molekul Enzim

7 nm

Materi Kuliah Biokimia – Jurusan Analis Kesehatan Poltekkes Kemenkes Bandung – Yeni Wahyuni – Feb 2021
 Enzim 9

Gambar 4.11 Gambaran Molekul dan Situs Aktif Enzim

Besar relative molekul enzim berukuran medium (BM 100.000;
diameter 7 nm) dan molekul substratnya (BM 250; diameter 0,8
nm. Sisi aktif menempati sebagian kecil dari daerah permukaan
molekul enzim, juga diperlihatkan suatu molekul air sebagai
perbandingan

NH2 COO-
1 35 52 62, 63 101 106 129
Gambar 4.12 Situs Aktif dalam molekul Lisosom
(Sumber: Stryer, 2000; hal 190)

3. Substrat terikat ke enzim melalui sejumlah ikatan yang lemah. Interaksi

ireversibel dalam biomolekul diperantarai oleh ikatan elektrostatis, ikatan
hidrogen, interaksi van der Waals dan interaksi hidrofobik. Interaksi van der
Waals hanyalah penting bila banyak atom substrat dapat sekaligus berdekatan
dengan banyak atom enzim. Jadi, enzim dan subatrat haruslah mempunyai
bentuk yang sejodoh. Sifat ikatan hidrogen yang mengarahkan enzim dan
substrat kerapkali meningkatkan spesifitas enzim terhadap substrat (gambar
4.13).
Cincin Uridin
Substrat
R

N O H N
HC C
C Rantai samping

HC N Treonin dari enzim
C H O C

O H

H
O Rantai samping
Serin dari enzim
CH2

Materi Kuliah Biokimia – Jurusan Analis Kesehatan Poltekkes Kemenkes Bandung – Yeni Wahyuni – Feb 2021
 Enzim 10

Gambar 4.13 Interaksi berupa ikatan hidrogen dalam pengikatan

substrat uridin oleh suatu ribonuklease (Sumber: Stryer, 2000; halaman
191)

4. Situs aktif berupa celah atau retakan. Dalam semua enzim yang dikenal
strukturnya, molekul substrat terikat ke suatu celah atau retakan. Biasanya air
tidak ada di situs tersebut, kecuali bila molekul air berfungsi sebagai reaktan.
Sifat non polar sebagian celah meningkatkan pengikatan substrat. Akan tetapi,
celah tersebut mungkin juga mengandung residu polar. Dengan demikian
terbentuklah suatu lingkungan mikroyang menyebabkan residu-residu tertentu
mempunyai sifat khusus yang mutlak untuk katalisis. Kedudukan residu polar
di bagian dalam molekul protein enzim, merupakan kekecualian yang penting
terhadap asas umum, yaitu residu polar terpapar terhadap air.

5. Spesifitas pengikatan ditentukan oleh ketepatan duduknya atom-atom di situs

aktif. Supaya dapat mengikat dan duduk dengan tepat di situs aktif, suatu
substrat haruslah mempunyai bentuk yang sesuai dengan situs aktif. Sejak
tahun 1890, Emil Fischer memberi perumpamaan kunci dan anak kunci
(gambar 4.13), yang ternyata sangat bermanfaat. Akan tetapi, kini disadari
bahwa bentuk situs aktif banyak enzim berubah bila mengikat substrat, seperti
yang dipostulasikan oleh Daniel E. Koshland, Junior pada tahun 1958. Situs
aktif enzim-enzim hanya mengambil bentuk yang sesuai dengan substrat
”sesudah” mengikatkan substrat. Proses pengenalan dinamis ini dinamai
kesesuaian terinduksi (gambar 4.14)

Substrat

+ c
a b
Enzim

c Kompleks Enzim-Substrat
a b
Enzim

Gambar 4.14 Model interaksi Substrat-Enzim yang berupa kunci dan anak
kunci
Situs aktif enzim bebas sejodoh dengan bentuk substrat

Materi Kuliah Biokimia – Jurusan Analis Kesehatan Poltekkes Kemenkes Bandung – Yeni Wahyuni – Feb 2021
 Enzim 11

Substrat
+ c
a b
a
Enzim
c
Kompleks Enzim-Substrat
b
Enzim

Gambar 4.15 Model kesesuaian terinduksi pada interaksi Enzim-

Substrat; Enzim berubah bentuk ketika mengikat substrat; Situs aktif baru
mengambil bentuk yang sejodoh denganb substrat hanya setelah substrat
diikat

4.1.4 Faktor-Faktor Yang Mempengaruhi Kecepatan Reaksi Yang Dikatalisis

Enzim
1. Konsentrasi Enzim
Kecepatan reaksi yang dikatalisis oleh enzim berbanding lurus dengan
konsentrasi enzim. Kecepatan awal diukur bila tidak ada substrat yang
bereaksi.
Enzim adalah suatu pereaksi yang bergabung dengan substrat, membentuk
kompleks enzim substrat ES, ES kemudian terurai menjadiproduk P dan enzim
E bebas.
Kecepatan reaksi

Konsentrasi Enzim

Gambar 4.16 Hubungan Konsentrasi Enzim terhadap Aktivitas Enzim

2. Konsentrasi Subsrat
Pada konsentrasi substrat yang amat rendah, kecepatan reaksi (V) pun amat
rendah, tetapi, kecepatan akan meningkat dengan meningkatnya konsentrasi
substrat. Bila kecepatan reaksi terus diukur pada setiap penambahan
konsentrasi substrat, maka akan ditemukan bahwa kecepatan meningkat
dengan nilai yang semakin kecil. Pada akhirnya, akan tercapai titik batas, dan
setelah titik ini dilampaui, kecepatan reaksi hanya akan meningkat sedemikian
kecil dengan bertambahnya konsentrasi substrat. Bagaimana pun tingginya
konsentrasi substrat setelah titik ini tercapai, kecepatan reaksi akan
mendekati, tetapi tidak akan pernah mencapai garis maksimum, batas ini

Materi Kuliah Biokimia – Jurusan Analis Kesehatan Poltekkes Kemenkes Bandung – Yeni Wahyuni – Feb 2021
 Enzim 12

disebut kecepatan maksimum (V maks), enzim menjadi jenuh oleh substratnya,

dan tidak dapat berfungsi dengan cepat.
Pengaruh kejenuhan ini diperlihatkan oleh hampir semua enzim. Berdasarkan
hal tersebut, dapat dtarik kesimpulan bahwa enzim bergabung dengan molekul
substrat untuk membentuk kompleks enzim-substrat sebagai tahap yang harus
dilalui dalam suatu reaksi yang dikatalisis oleh enzim. Dalam reaksi enzim
dengan substrat, pertama-tama enzim bergabung dengan substrat dalam reaksi
dapat balik, membentuk kompleks enzim-substrat ES (reaksi 1 dari gambar
4.17). Reaksi ini berlangsung relatif cepat. Kemudian kompleks ES terurai
dalam reaksi dapat balik kedua (merupakan tahap yang membatasi kecepatan),
yang lebih lambat, menghasilkan produk P dan enzim E bebas (reaksi 2 dari
gambar 4.17). Dalam setiap reaksi enzimatik, enzim berada dalam dua bentuk;
bentuk bebas dan bentuk yang terikat dengan substrat ES. kecepatan reaksi
katalitik ini jelas menjadi maksimum jika semua enzim terdapat sebagai
kompleks ES dan konsentrasi enzim bebas menjadi sangat kecil. Keadaan ini
akan tercapai pada konsentrasi substrat tinggi, karena menurut hukum aksi
massa, kesetimbangan reaksi pertama akan digeser ke kanan bila konsentrasi
substrat dinaikkan (reaksi 3 dari gambar 4.17).
1 E+S ES
2 ES P+E
3 E+S ES
Gambar 4.17 Mekanisme reaksi enzim dengan substrat

V maks
Kecepatan reaksi

Konsentrasi Substrat

Gambar 4.18 Hubungan Konsentrasi Substrat terhadap Aktivitas Enzim

3. pH
Enzim memiliki pH optimum yang khas, yaitu pH yang menyebabkan aktivitas
maksimal. Profil aktivitas enzim menggambarkan pH pada saat gugus pemberi
atau penerima proton pada sisi katalitik enzim berada dalam tingkat ionisasi
yang diinginkan.

Materi Kuliah Biokimia – Jurusan Analis Kesehatan Poltekkes Kemenkes Bandung – Yeni Wahyuni – Feb 2021
 Enzim 13

Kecepatan reaksi
pH
optimum

pH

Gambar 4.19 Hubungan pH terhadap Aktivitas Enzim

pH optimum enzim tidak perlu sama dengan pH lingkungan normalnya, yang
mungkin sedikit berada di atas atau di bawah pH optimum. Aktivitas katalitik
enzim di dalam sel mungkin diatur sebagian oleh perubahan pada pH medium
lingkungan.

4. Temperatur
Dalam batas-batas temperatur tertentu, kecepatan reaksi yang dikatalisis
enzim naik bila temperatur naik.
Bila kecepatan reaksi yang dikatalisis enzim diukur pada beberapa temperatur,
hasilnya diperlihatkan pada gambar 4.20 adalah khas. Terlihat suatu
temperatur optimal, dimana reaksi adalah paling cepat. Di atas temperatur itu,
kecepatan reaksi menurun secara tajam, karena terjadi denaturasi enzim oleh
pemanasan. Untuk kebanyakan enzim, temperatur optimal adalah temperatur
sel, atau di atas temperatur sel dimana enzim-enzim berada.
Kenaikan kecepatan di bawah temperatur optimal disebabkan oleh kenaikan
energi kinetika molekul-molekul yang bereaksi. Akan tetapi bila temperatur
dinaikkan terus, maka energi kinetika molekul-molekul enzim menjadi lebih
besar. Energi kinetika yang lebih besar dapat memecahkan ikatan-ikatan
sekunder, dan sebagai akibatnya; struktur sekunder dan tersier hilang, disertai
dengan hilangnya aktivitas katalitik enzim.
Kecepatan reaksi

temperatur
optimum

Temperatur

Gambar 4.20 Hubungan Temperatur terhadap Aktivitas Enzim

4.1.5 Faktor yang mempengaruhi aktivitas enzim (=Penghambat/ Inhibitor)

Materi Kuliah Biokimia – Jurusan Analis Kesehatan Poltekkes Kemenkes Bandung – Yeni Wahyuni – Feb 2021
 Enzim 14

Hampir semua enzim dapat diracuni atau dihambat oleh senyawa kimiawi
tertentu. Senyawa penghambat enzimn juga amat berguna dalam menjelaskan
lintas metabolik di dalam sel. Lebih lanjut, beberapa obat yang bermanfaat dalam
dunia kedokteran dapat menghambat enzim-enzim tertentu yang mengganggu
kerja sel.
Terdapat dua jenis utama penghambat enzim, yaitu yang bekerja secara tak
dapat balik (irreversible) dan dapat balik (reversible).
1. Penghambat tak dapat balik (irreversible) adalah golongan yang bereaksi
dengan, atau merusak suatu gugus fungsional pada molekul enzim yang
penting bagi aktivitas katalitiknya. Suatu contoh senyawa penghambat tak
dapat balik adalah diisoprofil fluorofosfat (DFP), yang menghambat enzim
asetilkolinesterse. Penghambat DFP tak dapat balik amat reaktif dan bereaksi
dengan gugus hidroksil dari residu serin esensial pada situs aktif
asetilkolinesterase, membentuk turunan yang tidak aktif mengkatalisa (gambar
4.21). Sekali turunan ini terbentuk, molekul enzim tidak lagi dapat berfungsi.
DFP telah ditemukan menghambat semua jenis enzim, banyak diantaranya
yang mampu mengkatalisa hidrolisis ikatan peptida atau ester. Senyawa ini
tidak hanya menghambat asetilkolinesterase, tetapi juga tripsin, khimotripsin,
elastase, fosfoglukomutase, dan kokoonase. Semua enzim yang dihambat oleh
DFP memiliki residu serin esensial pada situs aktifnya, yang berpartisipasi
dalam aktivitas katalitiknya. Senyawa penghambat tak dapat balik lainnya, dari
beberapa enzim, adalah Iodoasetamida, yang dapat bereaksi dengan gugus
sulfidril (-SH) dari residu sistein esensial atau dengan gugus imidazol dari
residu histidin esensial. Gugus tiol sistein dan gugus imidazol histidin, telah
diidentifikasi sebagai gugus yang berpartisipasi di dalam aktivitas katalitik
berbagai golongan enzim (gambar 4.22)

Molekul Molekul
asetil- asetil-
kolinesterase kolinesterase

H2C CH2
OH H3C O CH3
+ + HF
F HC O P O CH
H3C CH3
H3C O CH3
HC O P O CH
H3C O CH3

Gambar 4.21 Reaksi penghambatan DFP terhadap enzim

asetilkolinesterase

Materi Kuliah Biokimia – Jurusan Analis Kesehatan Poltekkes Kemenkes Bandung – Yeni Wahyuni – Feb 2021
 Enzim 15

Enzim Enzim

CH2 CH2
SH S
+ + HI
CH2
I
C O
CH2
NH2
C O
NH2
Gambar 4.22 Penghambatan tak dapat balik suatu enzim yang
mengandung –SH oleh Iodoasetamida

2. Penghambat enzim dapat balik (reversible) juga telah memberikan banyak

informasi penting mengenai struktur situs aktif berbagai enzim. Terdapat dua
jenis penghambat enzim dapat balik, yaitu:
a. Penghambat (inhibitor) kompetitif
Suatu penghambat kompetitif berlomba dengan substrat untuk berikatan
dengan situs aktif enzim, tetapi, sekali terikat tidak dapat diubah oleh enzim
tersebut. Ciri penghambat kompetitif adalah penghambatan ini dapat
dibalikkan atau diatasi hanya dengan meningkatkan konsentrasi substrat.
Penghambat kompetitif biasanya menyerupai substrat normal pada
struktur tiga dimensinya. Karena persamaan ini, penghambat kompetitif
“menipu” enzim untuk berikatan dengannya. Penghambat kompetitif I
hanya berikatan secara dapat balik dengan enzim membentuk kompleks EI,
akan tetapi penghambat I tidak dapat dikatalisis oleh enzim untuk
menghasilkan produk reaksi yang baru.
Inhibitor
Substrat Substrat
kompetitif
Situs aktif

Enzim Enzim
Enzim
Enzim

(a) (b) (c) (d)

Inhibitor
non kompetitif

Gambar 4.23 Perbedaan model pengikatan Inhibitor kompetitif dan

nonkompetitif : (a) model situs aktif enzim, (b) kompleks enzim-
substrat, (c) suatu penghambat kompetitif mencegah substrat terikat
ke enzim, dan (d) suatu penghambat nonkompetitif tidak mencegah
substrat terikat ke enzim

Pada penghambatan kompetitif, enzim dapat mengikat substrat

(membentuk kompleks ES) atau inhibitor/penghambat (membentuk
kompleks EI), tetapi tidak dapat mengikat keduanya secara serentak
(membentuk kompleks ESI), karena inhibitor/penghambat kompetitif

Materi Kuliah Biokimia – Jurusan Analis Kesehatan Poltekkes Kemenkes Bandung – Yeni Wahyuni – Feb 2021
 Enzim 16

menyerupai substrat, dan mengikat situs aktif enzim (gambar 4.23),

akibatnya substrat tidak dapat berikatan dengan situs aktif yang sama.
Suatu penghambat kompetitif mengurangi kecepatan katalisis dengan cara
mengurangi jumlah molekul enzim yang mengikat substrat
O- O-

C O Suksinat C O Situs aktif

dehidrogenase
CH2 CH Suksinat dehidrogenase

CH2 2H CH
C O C O
O -
O- -
Suksinat Fumarat O
M
- - - C O
O O O o E
H2 C l n
C O C O Situs
C O e z
H2 C Aktif
k i
CH2 CH2 u m
C O
CH2 l
CH2 C O -
O
C O C O C O
O- O- O-
Suksinat Malonat Oksaloasetat

Penghambat kompetitif

Gambar 4.24 Reaksi Suksinat dehidrogenase dan penghambat

kompetitifnya; yaitu Malonat dan Oksaloasetat

Contoh klasik jenis ini, adalah penghambatan kompetitif suksinat

dehidrogenase oleh malonat (gambar 4.24); Enzim suksinat dehidrogenase
mengkatalisa pembebasan dua atom hidrogen dari suksinat menjadi
fumarat; Enzim ini dihambat oleh malonat, yang menyerupai suksinat,
karena sama-sama memiliki dua gugus karboksil yang mengion pada pH
7,0. Akan tetapi malonat tidak terhidrogenasi oleh suksinat dehidrogenase;
malonat hanya menempati situs aktif enzim dan menguncinya, sehingga
tidak dapat bekerja pada substrat normalnya; Peningkatan konsentrasi
suksinat akan menurunkan tingkat penghambatan oleh konsentrasi
malonat tertentu. Senyawa lain yang bekerja sebagai penghambat
kompetitif suksinat dehidrogenase adalah oksaloasetat

b. Penghambat (Inhibitor) non kompetitif

Pada penghambatan nonkompetitif, yang juga reversible, enzim dapat
mengikat substrat dan inhibitor secara serentak. Ini berarti, situs
pengikatan keduanya berbeda. Suatu penghambat nonkompetitif bekerja
dengan cara menurunkan bilangan pergantian, dan bukannya mengurangi
enzim yang dapat mengikat substrat. Berbeda dengan penghambatan
kompetitif, penghambatan nonkompetitif tidak dapat diatasi dengan
meningkatkan konsentrasi substrat. Suatu pola yang lebih rumit, yaitu

Materi Kuliah Biokimia – Jurusan Analis Kesehatan Poltekkes Kemenkes Bandung – Yeni Wahyuni – Feb 2021
 Enzim 17

penghambatan campuran, terjadi bila inhibitor mempengaruhi pengikatan

substrat dan mengubah bilangan pergantian enzim.

4.2 Ko-enzim
Banyak enzim yang mengkatalisis proses pemindahan gugus dan reaksi lainnya
memerlukan molekul organik sekunder yang dikenal dengan nama ko-enzim.
Untuk membedakan ko-enzim dengan aktivator ion logan dan dengan enzimnya
sendiri, ko-enzim diartikan sebagai senyawa organik yang berbobot molekul
rendah, stabil terhadap panas, dan dibutuhkan bagi aktivitas enzim. Sebagian besar
ko-enzim berikatan dengan enzim secara non kovalen. Jenis-jenis enzim yang
membutuhkan ko-enzim mencakup enzim yang mengkatalisis reaksi oksidasi-
reduksi, pemindahan gugus, isomerasi, serta reaksi yang membentuk ikatan
kovalen. Reaksi lisis termasuk hidrolisis, tidak memerlukan ko-enzim.

4.2.1 Ko-enzim Sebagai Substrat Sekunder

Ko-enzim dianggap sebagai substrat sekunder, berdasarkan pertimbangan:
1. Perubahan kimia dalam ko-enzim akan mengimbangi secara tepat perubahan
kimia yang berlangsung dalam substrat. Sebagai contoh, dalam reaksi oksidasi-
reduksi (yang dikatalisis oleh enzim oksidoreduktase), bila satu molekul
substrat dioksidasi, maka satu molekul ko-enzim (sebagai substrat kedua) akan
direduksi.
OH O
CH C
+ +
H3C C O- + NAD H3C
-
C O + NADH + H
O O
L-Laktat Piruvat
Gambar 4.25 Mekanisme reaksi oksidasi-reduksi yang melibatkan
Koenzim
2. Aspek reaksi (yang menyertakan ko-enzim) mempunyai makna fisiologik
fundamental yang lebih besar. Sebagai contoh, makna penting kemampuan otot
yang bekerja secara an-aerob untuk mengubah piruvat menjadi laktat, tidak
terletak pada piruvat ataupun laktat. Reaksi tersebut semata-mata bertujuan
untuk mengoksidasi ko-enzim NADH yang tereduksi menjadi NAD+. Tanpa
NAD+, glikolisis tidak dapat berlanjut dan sintesis ATP an-aerob (dan dengan
demikian, aktivitas kerjanya) akan berhenti.

4.2.2Fungsi Ko-Enzim Sebagai Reagensia Pemindah Gugus

Reaksi biokimia untuk memindahkan gugus (group transfer reaction), dengan
tipe:
D-G + A A-G + D

Materi Kuliah Biokimia – Jurusan Analis Kesehatan Poltekkes Kemenkes Bandung – Yeni Wahyuni – Feb 2021
 Enzim 18

Dimana gugus fungsional G, dipindahkan dari molekul donor D-G ke molekul

akseptor A; biasanya melibatkan suatu ko-enzim sebagai akseptor antara atau
sebagai pembawa gugus fungsional G yang dipindahkan (misalnya pada reaksi
transaminasi), yang dapat dilukiskan pada diagram berikut:
D-G CoE A-G

D CoE-G A
Gambar 4.26 Mekanisme pemindahan gugus fungsi G dari molekul donor ke
molekul akseptor

4.2.3Klasifikasi Ko-Enzim
1. Ko-enzim untuk pemindahan gugus bukan hidrogen (H)
a. Gula fosfat
b. Ko-A. SH
c. Tiamin pirofosfat
d. Piridoksal fosfat
e. Ko-enzim folat
f. Biotin
g. Ko-enzim kobamida
h. Asam lipoat

2. Ko-enzim untuk pemindahan gugus hidrogen (H)

a. NAD+, NADP+
b. FMN, FAD
c. Asam lipoat
d. Ko-enzim Q

4.2.4Ko-enzim merupakan derivat Vitamin B dan Adenosin Monofosfat

Vitamin B banyak membentuk bagian dalam struktur ko-enzim. Vitamin B-
nikotinamida, tiamin, riboflavin, dan asam pantotenat, merupakan unsur esensial
yang membentuk ko-enzim untuk oksidasi serta reduksi biologik, dan ko-enzim
kobamida (Vitamin B12) serta asam folat berfungsi dalam metabolisme 1-karbon.
Banyak ko-enzim mengandung adenin, ribosa serta fosfat, dan merupakan derivat
adenosin monofosfat (AMP), juga mencakup NAD+ dan NADP+.

Materi Kuliah Biokimia – Jurusan Analis Kesehatan Poltekkes Kemenkes Bandung – Yeni Wahyuni – Feb 2021