DOA SEBELUM BELAJAR

K13
ENZIM

ERTATI SUARNI
Ssi.M.Farm.,Apt
Fakultas Kedokteran UMP
2014
 Tujuan pembelajaran
 Mahasiswa mengetahui apa enzim ?
 Mahasiswa memahami struktur dasar enzim
 Mahasiswa memahami klasifikasi enzim dan
dapat mencari nama-nama dalam IUMB
 Mahasiswa mengetahui bagaimana sifat dan
mekanisme kerja enzim
 Mahasiswa mengetahui bagaimana peranan
enzim
 Mahasiswa memahami faktor-faktor yang
mempengaruhi Aktivitas Enzim , Kontrol kerja
Enzim, Feedback Inhibisi, Aktivitas Inhibitor
Enzim serta regulasi Allosterik

KMA CETRAL DOGMA BLOK V FK 3

UMP
 Materi
• Materi (“Silabus..)

• Pendahuluan (sejarah singkat, Apa Itu enzim)

• Struktur dan klasifikasi Enzim
• Mekanisme Kerja Enzim
• Contoh Reaksi enzimatik
• Faktor-faktor yang mempengaruhi Aktivitas Enzim
• Kontrol kerja Enzim, Feedback Inhibisi
• Aktivitas Inhibitor Enzim
• Regulasi Allosterik
 Ingat lagi
• Ikatan peptida
H R O H R O H R O H R O

N C C N C C N C C N C C
H H H H

NH3+ bebas (sebelah kiri) dan as. Amino dg gugus COO- bebas (sebelah
kanan)
O O
+H3N CH2 C O- + +H3N CH C
O
CH3
glysin alanin O
O
H
+H3N C C N C C O- + H2O
H2
CH3 C-terminal
N-terminal ikatan peptida
gly - ala
(glysinalanin)

• Protein ??
 Ingat lagi
• Struktur AA basa

asam
NH 2 NH 3

R CH COOH R CH COO-


asam -amino ion switter pH : 7,4

(Amfoter)
HO HO
RCHCOOH RCHCOO RCHCOO
H  H
NH 3+ NH 3+ NH 2

pH rendah pH netral pH tinggi

• AA Polar= Asp, Glu Tyr (asam) ;
= Asn, Ser, Cys, Gln, Thr (netral)
= His, Arg, Lys (Basa)
AA. Non Polar = Ala, Val, Ile, Leu , Met, Phe, Trp, Pro
Ingat lagi
 APA ITU ENZIM
• Enzim adalah (senyawa kimiawi) protein.
• Biomolekul bertindak sebagai katalis ...(apa?)
• memungkinkan reaksi kimia berlangsung cepat
dengan menurunkan jumlah energi yang
dibutuhkan.
• mempercepat reaksi atau memungkinkan
terjadi reaksi pada suhu rendah.
• Enzim tidak mengubah kesetimbangan kimia
atau hukum termodinamika
Sejarah Enzim sebagai suatu katalis biologis:

• Ilmu = enzimologi
• Awal 1800an – pencernaan daging (protein) oleh cairan
lambung ; amilum didegradasi menjadi gula oleh ludah
• Berzelius pada tahun 1837. Ia mengusulkan nama
"katalis”
• 1850an - Louis Pasteur mendefiniskan “fermentasi”
untuk menjelaskan perubahan gula menjadi etanol
(hanya saja masih dipercayainya bahwa kehadiran sel
hidup ragi yang bertanggungjawab dalam fermentasi)
• 1878, Wilhelm Kuhne ahli fisiologi Jerman pertama kali
menggunakan istilah "enzyme", yang berarti "dalam
bahan pengembang" (ragi),
• 1897 – Eduard & Hans Büchner menggunakan ekstrak
Ragi (yeast) untuk memfermentasi gula.
Sejarah Enzim sebagai suatu katalis biologis:

• 1926 - James Sumner (Cornell Univ.) mengisolasi dan

mengkristalisasi protein baru: enzim urease dari kacang : dg
kemampuan untuk menguraikan urea menjadi amonium karbonat
• Sampai 2010 --riset Protein Data Bank (PDB): > 30000 struktur
protein enzim diketahui http://www.rcsb.org/pdb
 APA ITU ENZIM
• Ilustrasi Enzim 2. EnzymeKScience.htm
• Dimana kerjanya?

DNA
DNA
5’ mRNA
process 3’
ribosome
mature
mRNA
mRNA
cap
5’ 3’
proteins tail

proteins
Prokaryote Eukaryote
 LOKASI ENZIM

• Ditemui di seluruh bagian tubuh

• Dalam sel hati:
Enzim-enzim glikolisis terletak dlm
sitoplasma
• Enzim-enzim siklus asam sitrat terdapat
dalam mitokondria
• Dalam sel pankreas, lambung dan saliva
• Isozim : enzim yg mengkatalisa reaksi yg
sama
tetapi sifat fisika dan kimia protein
menunjukkan perbedaan yg bermakna
 APA ITU ENZIM Dimana kerja enzim

• Dalam transportasi oksigen darah.... Ada

kerja enzim?
• Gbr Struktur Heme:
• Bgm kerjanya sbg “kendaraan” Oksigen?
• oksigen sementara diubah menjadi
SUPEROKSIDA , sehingga besi harus ada
dalam keadaan oksidasi +2 untuk dpt
mengikat oksigen. Tetapi jika ion
superoksida terkait dng Fe 3 + terprotonasi,
besi hemoglobin akan tetap teroksidasi dan
tidak mampu mengikat oksigen.
Dalam kasus tersebut, enzim REDUKTASE
METHEMOGLOBIN akan dapat akhirnya
mengaktifkan methemoglobin dengan
mengurangi pusat besi. Dng reaksi katalisa
berikut
NADH + H + + 2 ferricytochrome b 5 = NAD + +
2 ferrocytochrome b 5
 APA ITU ENZIM Dimana kerja enzim
CONTOH kelas protease (peptidases) (enzim pencernaan)

Trypsin Chymotrypsin Elastase

Potong pada Lys, Arg pada Trp, Phe, Tyr Pada Ala, Gly

O O
O O O O
–C–N–C–C–N–
–C–N–C–C–N– –C–N–C–C–N–
C
C
C CH3
C
Deep and negatively

C
charged pocket

Shallow and
non-polar
NH3 pocket
+
COO- Non-polar Elastase memecah elastin ,
pocket sebuah elastis serat yang,
C bersama-sama dengan
kolagen , menentukan sifat
Asp mekanik dari jaringan ikat

Active Site
 APA ITU ENZIM Dimana kerja enzim

Kerja enzim pada metabolisme

• KATABOLISME : pemecahan enzimatik dari
bahan-bahan yang bermolekul besar (bahan
makanan : karbohidrat, lemak dan protein)
menjadi senyawa bermolekul kecil/sederhana,
seperti : glukosa, laktat, asetat, asam urat,
amoniak, CO2 dan urea, sehingga terbebaskan
energi.
• ANABOLISME : sintesis enzimatik senyawa
molekul besar dari senyawa yang lebih sederhana,
pada umumnya diperlukan energi.
 Struktur enzim

• Enzim adalah protein

• Memiliki bentuk Globular
• Sebuah struktur komplek 3-
Dimensi
• Satu bagian/sisi pada enzim
mrp active site, sangat
penting pd fungsi enzim
• Bentuk dan chemical
environment dalam sisi
aktif menentukan aktivitas
biokatalis enzim

Gbr: Human pancreatic © 2007 Paul Billiet ODWS

amylase
 Klasifikasi Enzim
• Enzim diklasifikasikan berdasarkan reaksi katalisasi yg terjadi
• Ada 6 klas diklasifikasi oleh “the International Union of
Biochemistry and Molecular Biology (IUBMB).
• 6 Kelas enzim:
1. Oxidoreductases - oxidation-reduction reactions
2. Transferases - Transfer of functional groups
3. Hydrolases - Hydrolysis reactions
4. Lyases - group elimination to form double bonds
5. Isomerases - Isomerizations (bond rearrangements)
6. Ligases - bond formation coupled with ATP hydrolysis
• Setiap enzim diberi nomor klasifikasi empat-digit dan nama
sistematis, yang mengidentifikasi reaksi dikatalisis. Urutan
nomor diatas adalah tetap
 Klasifikasi Enzim
EC 1. Oksidoreduktase : mengkatalisis reaksi oksidasi/reduksi.
EC 2. Transferase : mentransfer gugus fungsi seperti methyl, acyl,
amino, Phosphate atau glycosyl dari molekul donor ke molekul
akseptor.
EC 3. Hidrolase : mengkatalisis hidrolisis berbagai ikatan seperti C-C,
C-O, C-N, P-O, dan ikatan tertentu lain (acid anhydride)
EC 4. Liase : memutus berbagai ikatan (selain cara Hidrolisis) dari
C-C,
C-O, C-N, dan ikatan lain dng eliminasi, penambahan gugus ke ikatan
rangkap
EC 5. Isomerases : katalisasi struktur atau geometrik mengubah
molekul tunggal
EC 6. Ligase: katalisis dng menggabungkan (dg ikatan kovalen) dua
molekul (misal hydrolysis gugus pyrophosphoryl pd ATP atau
 Klasifikasi Enzim
EC 3.4.21.4
4 because it is
3 describes 4 is for the 21 denotes the 4th entry in
the enzyme subclass (acts its sub- this subclass
class on peptide subclass as
(hydrolase)- bonds, so it is a serine
hydrolysis a peptide peptidase
reaction hydrolase)

• EC 3.4.21.4 Trypsin
Enzyme Nomenclature Database - http://expasy.org/enzyme

• Enzyme Nomenclature.htm
Klasifikasi Enzim
 Klasifikasi Enzim
• Database enzim lebih lanjut
 Klasifikasi Enzim
• Apabila ingin mencari nama atau klasifikasi suatu enzim yg
bekerja katalis pada biomolekul tubuh --- lebih jauh
• RCSB Protein Data Bank - RCSB PDB.htm
 Contoh reaksi
1. Oxidoreductases - oxidation-reduction reactions
Lactate-dehydrogenase:
1- Lactic acid + NAD+ Pyruvic acid + NADH+H+

2. Transferases - Transfer of functional groups

Gugus phosphorus: ATP: D-hexose-6 phosphotransferase
(Hexokinase)
ATP+D-Hexose ADP+D-hexose-6-phosphate
Acetyl-CoA: Choline D-acyltransferase (Choline Acyltransferase)

3. Hydrolase : hidrolisis menggunakan air pada ester, ether,

peptido, glycosyl, acid-anhydride, C-C, C-halide, ikatan P-N
syw Glycosyl: β-D- Galactoside galactohydrolase (β -
Galactosidase)
α β -D- Galactoside+H2O alcohol +D-Galactose
 Contoh reaksi
4. Lyases - memutus berbagai ikatan (selain cara Hidrolisis) dari C-C, C-O,
C-N,
C-S & ikatan C-halide
contoh: Carbon-Oxygen lyases dari Enzim Malate hydrolyase (Fumarase)

5. Isomerases - Isomerizations (bond rearrangements) interconversion

aldosa & ketosa
D - Glyceraldehyde-3- phosphate ketoisomerase (triosephosphate
isomerase)
D - Glyceraldehyde-3phosphate Dihydroxyacetone
phosphate.
 Contoh reaksi
• 6. Ligases –(atau synthetases) bond formation coupled with
ATP hydrolysis
dua senyawa digabungkan dari pemecahan suatu
ikatan pirofosfat ATP atau trinucleotida (GTP, UTP,
TTP,CTP), pembentukan ikatan C-O, C-S, C-N, C-C
Contoh ikatan C-N-bonds
L- Glutamine: ammonia ligase (ADP) [Glutamine Synthetase]
• ATP + L-Glutamate + NH4 = ADP + orthophosphate +
L-Glutamine
Contoh formasi C-C bonds
• Acetyl-CoA: CO2 ligase (ADP) [acetyl-CoA carboxylase]
ATP+ Acetyl-COA-CO2 Malonyl- CoA+ADP+pi.
 Ilustrasi reaksi katalis enzim

1. Oxidoreductases: A- + B  A + B-

2. Transferases: A-B + C  A + B-C

3. Hydrolase: A-B + H2O  A-H + B-OH

XY
4. Lyases: A-B  A=B + X-Y
XY YX
5. Isomerases: A-B  A-B

6. Ligases (synthases) A + B  A-B

 Contoh reaksi
• Reaksi phosphorilasi oleh enzim
• Enzyme animation_files\Enz12
phosphorylation.pptx
• Reaksi Carboxypeptidase A Enzyme
animation.htm
 Contoh reaksi

• Kerja enzim asetilkolinesterase

 Peranan Enzim secara umum
• 1. Penyelidikan reaksi-reaksi metabolik dan
pengaturannya
• 2. Sebagai katalisator dalam industri yg
mensintesis hormon/antibiotik
• 3. Membantu dlm menegakkan diagnosa
krn kadar enzim pd keadaan patologik
tertentu dpt mengalami perubahan yg nyata
dlm darah ataupun jaringan, penyakit genetik
(endonuklease retriksi)
*. 4. Dalam pengolahan pangan, pertanian,
peternakan
 Contoh Peranan Enzim pada teknologi
DNA polymerase enzymes are only able to join the
phosphate group at the 5' carbon of a new nucleotide
to the hydroxyl (OH) group of the 3' carbon of a
nucleotide already in the chain
Misalnya enzim restriksi = endonuklease restriksi suatu
protein yang dihasilkan oleh bakteri yang memotong
DNA pada tempat spesifik sepanjang molekul.
Di dalam sel bakteri, enzim restriksi memotong DNA
asing.
Enzim restriksi dipisahkan dari sel bakteri dan digunakan
di laboratorium untuk mengontrol fragmen DNA,
seperti fragmen yang mengandung
gen. Dengan demikian enzim merupakan alat yang
sangat dibutuhkan dalam teknologi rekombinan
DNA atau teknik mesin genetik.
 One gen – one enzyme hypothesis
1. Satu gen produkisinya dikontrol oleh enzim tunggal
2. Reaksi biokimia dikatalisis oleh satu enzim
3. Proses terjadi berupa rangkaian reaksi yg masing2 dikatalisis dan
diatur oleh gen berbeda

31
Pembagian Enzim berdasarkan lokasinya
• Enzim plasma fungsional:
Enzim atau proenzim tertentu terdapat sepanjang waktu dlm
sirkulasi individu normal, substrat juga terdapat dlm sirkulasi
dan melakukan fungsi fisiologis dlm darah
Contoh: Lipoprotein lipase, pseudokolinesterse, proenzim
bekuan darah dan lisis bekuan darah
umumnya disintesis dlm hati, konsentrasi dlm darah sama atau
lebih tinggi dibandingkan dlm jaringan
• Enzim plasma non fungsional:
• Tidak melakukan fungsi fisiologis dlm darah
• Substrat sering tdk ada dlm plasma
• Konsentrasi dlm darah individu normal berjutakali lebih
rendah dibanding dlm jaringan
 Bagian enzim

Enzim sederhana/simpel (co. Pancreatic

Ribonuclease.
Enzim ApoEnzim
HoloEnzim
Kofaktor, koenzim

• Holoenzim  enzim aktif; terdiri dari Protein

(=Apoenzim) + komponen non-protein/ggs
prostetik (koenzim bila organik ; kofaktor bila
syw.anorganik)
 Bagian dan daya kerja enzim

Protein Enzim protein

sederhana

Enzim Enzim
Konjugasi

Protein +
Bukan Protein

Bukan protein =
Protein = apoenzim Gugus prostetik
Holo Enzim

Gugus Organik Koenzim logam

=Koenzim (Anorganik = kofaktor
 Bagian enzim
• Coenzyme:
• Derivatif vitamin . tanpa coenzim maka enzim tidak dapat
breaksi. Satu molekul coenzyme dapat mengubah sejumlah
molekul substrat
• Coenzyme menerima /memberi kan gugus substrat
• Coenzyme disebut juga co-substrat sebab adakalanya mengganti
posisis ikat substrat pada enzim
• Koenzim dapat berpartisipasi dalam membentuk perantara enzim-
substrat kompleks
Contoh: NAD, FAD, Koenzim A
 Coenzymes
• Cofactor umum dan guna (Table :
• Biotin : carboxylation reactions
(CO2 fixation)
• Cobalamine (B12) coenzymes- :
alkylation reactions (methylation)
• Coenzyme A - acyl transfer (TCA
cycle)
• Flavin (vitamin B2) : oxidation
reduction reactions (nitrate
reductase)
• Lipoic acid - acyl transfers via
oxidation reduction processes
• Nicotinamide coenzymes - NAD+
independent co-substrates for redox
reactions
• Pyridoxal (B6) : amino group
transfers (provides aldehyde
functional group)
• Tetrahydrofolate- one carbon
transfers
• Thiamine pyrophosphate (B1)- :
aldehyde transfers and alpha-keto
Bagian enzim
 sifat enzim

enzyme
A+B
Biological C
catalyst

pH Specificity
 sifat enzim
Sifat enzim = sebagai protein
Terdiri dari ikatan primer (rantai peptida),
sekunder (terbentuk heliks); tersier (terbentuk
konfigurasi protein); kuarterner (kompleks
protein utuh)
Denaturasi protein akibatkan:
•Perubahan kimia (misalnya hidrolisis
memutus ikatan sampai ikatan peptida atau
AA putus)
•Perubahan faal ( misalnya atau perubahan
fisik dan fungsi biokatalis enzim, regulator
hormon hilang)
•Perubahan sifat fisik (misal ukuran molekul,
 Sifat sifat enzim
• Enzim merupakan biokatalisator yang mempercepat
jalannya reaksi tanpa ikut bereaksi
• Thermolabil. Mudah rusak bila dipanaskan lebih dari
60˚C
• Dibutuhkan dalam jumlah sedikit, sbg biokatalisator
, reaksinya menjadi sangat cepat dan berulang ulang
• Enzim beraktifitas di dalam sel tempat sintesisnya
(disebut endoenzim) maupun di tempat yang lain
diluar tempat sintesisnya (disebut eksoenzim)
• Sebagian besar enzim bersifat endoenzim
• Dapat bereaksi dengan senyawa asam maupun basa,
kation maupun anion
 Sifat sifat enzim
1. Enzim bersifat koloid, luas permukaan besar, bersifat hidrofil
2. merupakan biokatalisator yang dalam jumlah sedikit memacu
laju reaksi tanpa merubah keseimbangan reaksi
3. tidak ikut terlibat dalam reaksi, struktur enzim tetap baik
sebelum maupun setelah reaksi berlangsung
4. bermolekul besar
5. bersifat spesifik  [glucose oxidase catalyzes the oxidation of
β-D-glucose but not α-Dglucose, and arginase catalyzes the
hydrolysis of L-arginine but not D-arginine. *Maltase
catalyzes the hydrolysis of α- but not β –glycosides. ]
• - Suhu: optimum 300C, minimum 0 0C, maksimum 400C
• -Logam, memacu aktifitas enzim: Mg, Mn, Co, Fe
• - Logam berat, menghambat aktivitas enzim: Pb, Cu, Zn, Cd,
Ag
 Sifat sifat enzim
 pH, tergantung pada jenis enzimnya (pepsin
aktif kondisi asam, amilase kondisi netral,
tripsin kondisi basa)
 Konsentrasi substrat, substrat yang banyak
mula-mula memacu aktifitas enzim, tetapi
kemudian menghambat karena: penumpukan
produk (feed back effect)
 Konsentrasi enzim, peningkatan konsentrasi
enzim memacu aktifitasnya
 Air, memacu aktifitas enzim
 Vitamin, memacu aktifitas enzim
 MEKANISME KERJA ENZIM

• Enzim mengkatalisis reaksi sama dg reaksi kimia organik

umumnya
– Katalisis asam –basa ( kerja enzim Lysozyme)
– Katalisis ion logam (Carbon anhydrase)
– Katalisis kovalen, nukleofilik( Protease/zymogens)
• Chymotrypsin, trypsin, elastase (nucleofilik)
• Enzim Penggumpalan darah (hemostatic) (e.g.
thrombin)
lebih lengkap : K13 Mekanisme ENZIM.pptx
• Bagaimana mekanisme kerja katalisis enzim diketahui?
• Identik dgn reaksi kimia organik: studi X-ray dan penentuan
strutur dgn tehnik NMR kerja enzim pd substrat dan
modifikasi kimiawi
 Bagaimana Mekanisme Kerja enzim
• Substrat : Substrat (molekul yang akan dikerjakan
enzim) adl reaktan
• Enzim sangat spesifik untuk substrat tertentu nya
saja
• Spesifisitas ditentukan oelh the active site
• Enzim menyesuaikan diri dg substrat utnuk
membentuk komplek enzim-substrat
• Ikatan-ikatan substrat menjadi tegang oleh gaya tarik
komplek, ikatan tegang memiliki energi tinggi dan
lebih mudah terpatah shg reaksi yg diinginkan lebih
mudah dan menghasilkan produk.
 MEKANISME KERJA ENZIM

Model Interaksi Enzim-Substrat

1. 1890 - Emil Fisher model ES-kompleks: “lock and key”

• Enzim bersifat kaku, tidak fleksibel.
• Hanya sesuai untuk satu substrat.
2. 1958 - Daniel Koshland: “induced fit model”
• Asumsi perubahan pada struktur enzim dan binding
site substrat.
• Percobaan dg X-ray crystallographic.
3. Saat ini, transition-state analog model
• Penyesuaian aktif-site dengan “kedekatan dan
penyesuaian” substrat sehingga terjadi reaksi
Emil Fisher model ES-kompleks: “lock and key”
daniel Koshland: “induced fit model”
Transition-state analog.
 MEKANISME KERJA ENZIM

• Mekanisme berdasar ikatan kimiawi

• 1. Katalisis dngan Bond Strain: menghasilkan ikatan substrat
tegang, yang lebih mudah mencapai keadaan transisi. Konformasi
baru sering memaksa atom substrat dan kelompok katalitik besar,
seperti aspartat dan glutamat, dalam konformasi yang tegang
• 2. Katalisis dgn pendekatan dan orientasi: interaksi berorientasi
pada grup reaktif dan mengarahkan tejadinya reaksi satu dan yg lain
• 3. Katalisis melibatkan Proton donor (asam) dan akseptor
(basa): misalnya penggunaan glutamate sebagai katalis asam (proton
donor).
• 4. Katalisis kovalen : Substrat mengarah ke sisi aktif enzim dgn
reaksi Kovalen antara enzim atau koenzim dan substrat.
• Contoh : mekanisme proteolysis oleh serine protease, digestive
enzymes (trypsin, chymotrypsin, and elastase)
MEKANISME KERJA ENZIM

Contoh mekanisme
Chymotrypsin
 Mekanisme Kerja enzim
• Meski Enzim menyesuaikan diri dg substrat untuk
membentuk komplek enzim-substrat; setelah reaksi
katalis selesai terjadi komplek enzim-produk dg
konformasi yang tidak sama dan harus terjadi
penyesuaian,
• Bentuk yg diubah produk itu mnyebabkan komplek
berdisosiasi, produk selesai dan permukaan enzim siap
menerima substrat lain  disebut teori kesesuaian
terimbas ( induced-fit theory)
• Enzim juga spesifik pada konfigurasi sterik tertentu
(isomer optik), stereosterik substrat, enzim yang
bekerja pd D-asam amino tidak akan aktif pd isomer L-
asam amino ;
• Meskipun dmk juga terdapat enzim rasemasi yang
menyerang kedua isomer optik substrat
 Mekanisme Kerja enzim
• Meski enzim sangat spesifik untuk substrat tertentu saja,
tetapi enzim juga dapat menyerang substrat lain: sbg
misal
dehidrogenase suksinat (SDH) selalu mengkatalisis reaksi
oksidasi-reduksi dg substrat selalu asam suksinat, Tetapi
alkohol dehidrogenase (ADH) selain spesifik etanol ,
menyerang juga sejumlah alkohol yang berbeda, mulai
dari metanol untuk butanol
• Enzim dg sifat lebih luas ini, adalah enzim yang berbeda
dalam urutan asam amino tetapi mengkatalisis reaksi
kimia yang sama disebut : Isoenzim
• Enzim ini biasanya menampilkan parameter kinetik yang
berbeda (misalnya berbeda KM nilai), atau sifat khas
yang berbeda; merupakan produk duplikasi gen
 Mekanisme Kerja enzim
• Contoh Isoenzim adalah glukokinase, suatu varian dari
heksokinase tetapi tidak dihambat oleh glukosa 6-fosfatase
• Enzim Laktat Dehidrogenase Laktat terdiri dari dua (bentuk
Hdan M) sub unit yang berbeda, berfungsi pada Permutasi dan
Kombinasi tergantung pada jaringan di mana ia hadir seperti
pada tabel:

enis Komposisi Tempat

LDH 1 Hhhh Jantung dan eritrosit

LDH 2 HHHM Jantung dan eritrosit

LDH 3 Hhmm Otak dan Ginjal

LDH 4 HMMM Skeletal Otot dan Hati

LDH 5 MMMM Skeletal Otot dan Hat

 Pengaturan Aktivitas enzim
• Aktifitas katalisis enzim diatur dua cara:
1. Kontrol ketersediaan enzim. Tergantung pada kecepatan
sintesa dan degradasi enzim
2. Kontrol pada aktivitas enzim. Aktivitas enzim diatur langsung
oleh konformasi atau struktur enzim
Interaksi Allostrik:
• Cooperative binding- sebagai ligands atau substrat diikat oleh
enzim, meniingkatkan ikatan untuk ligand berikutnya atau
substrat selanjutnya
• Afinitas Substrat-binding : juga perubahan pada small
molecules -binding (pada hemoglobin, H+)
 Pengaturan Aktivitas enzim
• Enzim alosterik adalah enzim yang merubah
konformasinya saat berikatan dengan efektor. Suatu enzim
alosterik merupakan oligomer dimana aktivitas biologiknya
dipengaruhi dengan merubah konformasi pada struktur
tersiernya. Enzim alosterik mempunyai beberapa subunit
• Enzim alosterik memiliki beberapa tempat aktif dan
memperlihatkan ikatan kooperatif
• Enzim allosterik mengalami perubahan konformasi 
sebagai respon terhadap pengikatan modulator efektor
• Memiliki satu atau lebih sisi allosterik / regulator untuk
mengikat modulator.
• Seperti halnya substrat, setiap regulator memiliki sisi
pengikatan yang berbeda
• Untuk enzim homotropik  sisi aktif dan sisi regulator
sama
Pengaturan Aktivitas enzim
Kontrol aktivitas enzim - allosterik effectors

• Contoh kontrol alostrik pada aktivitas enzim aspartate

transcarbamoylase (ATCase).

NH2 O O-
O O-
ATCase C
C C
NH2
OPO32- + CH2
O CH2
C
Carbamoyl N COO-
phosphat H3 N+ COO- O
H
Aspartat
N-carbamoylaspartat

• Katalisis formasi N-carbamoylaspartat, merupakan tahap

awal biosintesa dari pyrimidine (asam nukleat)
• Contoh kontrol alostrik pada aktivitas enzim aspartate
transcarbamoylse (ATCase). Feedback inhibition pada
ATCase
Page 466
Faktor berpengaruh pada aktivitas enzim
• 3 faktor:
1. Environmental Conditions :
Suhu = Suhu ekstrim  denaturasi enzim
pH = 6-8
Kadar Ion (misal ion garam NaCl)

2. Kofaktor dan koenzim

• Substansi anorganik Zink, Fe , Vitamin dibutuhkan
untuk aktifitas enzim
• Contoh: Besi harus ada pada struktur kuarterner
hemoglobin untuk menangkap Oksigen

3. Enzyme Inhibitors

59
 Pengaruh Hambatan

• Enzim inhibitor adalah molekul yang

mengurangi efektivitas aktivasi enzim
• Hambatan terbentuknya kompleks substrat
enzim merupakan hasil yang tidak diinginkan
dalam reaksi yang dikatalisis oleh enzim
• Hambatan tidak reversibel
• Hambatan reversibel
– Hambatan bersaing
– Hambatan tidak bersaing
Penghambatan enzim kompetitif
 Mempunyai struktur stereokimia yang sama dengan susbstrat
 Apa yang dipersaingkan
 Menduduki sisi aktif dan waktu yang sama
 Persamaan dengan kompetitor lain
 Kekerapan yang dipersaingkan

Hambatan tidak reversibel

• Inhibitor tidak bereaksi reversibel dengan bagian
tertentu dari enzim sehingga enzim berubah
• Substart tidak dapat memasuki bagian aktif dari
enzim
• Enzim tidak dapat berfungsi sebagai katalitik
 Hambatan bersaing
• Dikarenakan adanya molekul yang mirip
dengan substrat sehingga membentuk
kompleks enzim substart yang inhibitor
• Asam malonat,oksalat, dan oksaloasetat
 Hambatan tidak bersaing

 Inhibitor memenpati
bagian dari enzim
diluar dari bagian
aktif
 Inhibitor membentuk
kompleks enzim
inhibitor maupun
kompeks enzim
substart inhibitor
 Cu, Ag. Hg
 Faktor mempengaruhi aktivitas enzim

• substrate concentration
• pH
• temperature
• Inhibitors
• 2. Enzyme KScience.htm
• LAKUKAN percobaan kita
 Aktivitas enzim
• Aktivitas awal enzim merupakan bagian linear kemiringan
(slope) dari kurva progresif v = a/b
Perubahan substrat (s)

• Waktu (t)
•

• Aktivitas awal enzim tidak ada produk, makin banyak substrat

maka enzim akan jenuh, enzim dihambat aktivitas lambat.
• Aktivitas enzim (v) ditentukan oleh reaksi awalnya v= a/b
• In K13 ENZIME KINETIK.pptx
• Untuk Bahan Praktikum :
• Buku Biokimia teknik penelitian oleh Maria Bintang Bab5 hal 49
 Aktivitas enzim
• Aktivitas enzim dinyatakan dalam Unit
(U) ; satuan Internasional SI = katal
(kat)
• 1 U artinya: sejumlah enzim yg
mengkatalisis konversi 1 mikromol
substrat per unit dlm kondisi normal
• Kadang digunakan= nmol/menit atau
ρmol/menit
• 1 U = 1 µmol/menit; 1 katal= 1 mol/detik
; 1 U= µkat/60detik
 Kinetika enzim
• energi tambahan yang cukup untuk
melakukan tumbukan efektif,
dinamakan energi aktivasi.
Membuat reaksi lebih cepat:
 Meningkatkan suhu
mempercepat gerakan molekul
 Sistem biologi sensitif thd
perubahan suhu.
 Enzim dapat mempercepat
rreaksi tanpa meningkatkan
suhu.
 Enzim dapat menurunkan
energi aktivasi
 Enzim membuat jalur reaksi
baru yang pendek
Kinetika enzim

• Jika dalam tumbukan

• A‐‐‐B mempunyai energi
yang cukup untuk
melampaui energi aktivasi
(melampaui puncak pada
gambar grafik di bawah),
maka selanjutnya dengan
serta merta (spontan)
reaksi terus berlanjut
menghasilkan AB dengan
tingkat energi yang lebih
rendah dari A + B
(sebelum reaksi). Reaksi
ini melepaskan energi
sebesar
DE = Ei –Ef (eksotermis).
 Kinetika MM enzim
• konstanta Michaelis-Menten
(Km), yang merupakan
konsentrasi substrat yang
diperlukan oleh suatu enzim
untuk mencapai setengah
kelajuan maksimumnya
Kurva kejenuhan suatu
reaksi enzim yang
• Setiap enzim memiliki nilai menunjukkan relasi
Km yang berbeda-beda untuk antara konsentrasi
substrat (S) dengan
suatu subtrat, dan ini dapat
kelajuan (v)
menunjukkan seberapa
kuatnya pengikatan substrat ke
enzim. Konstanta lainnya yang
juga berguna adalah kcat, yang
merupakan jumlah molekul
substrat yang dapat ditangani
oleh satu site-aktif per detik.
• Efisiensi suatu enzim
diekspresikan oleh kcat/Km.
Kinetik Michaelis-Menten.htm
 Efek suhu dan pH
Optimum pH values

Enzyme
activity
Enzyme
activity

Q10 Denatur Trypsin

ation

Pepsin

1 3 5 7 9 11
pH
0 1 2 3 4 5
0 0 0 /0°C 0
Temperature
© 2007 Paul Billiet ODWS
 Enzyme Inhibition (Mechanism)

I Competitive I Non-competitive I Uncompetitive

Substrate E
E S
Cartoon Guide

S S I
E I
S I
I
Compete for S I
Inhibitor active site Different site

E + S→
←ES → E + P E + S→ ←ES → E + P E + S→
←ES → E + P
Equation and Description

+ + + +
I I I I
↓↑ ↓↑ ↓ ↑ ↓↑
EI EI + S →EIS EIS

[I] binds to free [E] only,
and competes with [S];
increasing [S] overcomes
Inhibition by [I].
[I] binds to free [E] or [ES] [I] binds to [ES] complex
complex; Increasing [S] can only, increasing [S] favors
not overcome [I] inhibition. the inhibition by [I].

Juang RH (2004) BCbasics

 Enzyme Inhibition (Plots)

I Competitive I Non-competitive I Uncompetitive

Vmax Vmax Vmax
vo vo
Vmax’ Vmax’
Direct Plots

I I I

Km Km’ [S], mM Km = Km’ [S], mM Km’ Km [S], mM

Vmax unchanged Vmax decreased
Km increased Km unchanged Both Vmax & Km decreased
Double Reciprocal

1/vo I 1/vo I 1/vo

I

Two parallel
Intersect lines
at Y axis 1/ Vmax Intersect 1/ Vmax 1/ Vmax
at X axis

1/Km 1/[S] 1/Km 1/[S] 1/Km 1/[S]

Juang RH (2004) BCbasics

 Inhibitor kompetitif = Obat Sulfa
Domagk (1939)

Para-aminobenzoic acid (PABA)

Bacteria needs PABA for

H2N- -COOH the biosynthesis of folic acid

Folic Tetrahydro-
Precursor acid folic acid

Sulfa drugs has similar

H2N- -SONH2 structure with PABA, and
inhibit bacteria growth.

Sulfanilamide
Sulfa drug (anti-inflammation)

Adapted from Bohinski (1987) Modern Concepts in Biochemistry (5e) p.197

 Contoh Inhibitor enzim

Penghambatan kerja enzim MAO (monoamin

oksidase) bermanfaat meningkatkkan jumlah
senyawa neurotransmiter ssp
Untuk pengobatan Depresi, parkinson
 Analisis enzim
• Harper’s Illustrated Biochemistry, Twenty-Sixth Edition
• Copyright © 2003 by The McGraw-Hill Companies,
 Untuk Penelitian lanjut

• A Flow Chart
Illustrating the
Integrated, Stepwise
Approach Used in the
TM0006
• Function Annotation
• Reported by
Kalyanaraman et al.
(2008).
• Maria Bintang, biokimia Teknik Penelitian
• Harper’s Illustrated Biochemistry, Twenty-Sixth Edition
Copyright © 2003 by The McGraw-Hill Companies, Inc
• Solomon Adugna, Lakshmi Ahuja Mekonnen Alemu, dkk 2004, Medical
Biochemistry Funded under USAID Cooperative Agreement