CRITICAL JOURNAL REVIEW

Taxonomy Status of "Melem Biru" Fish (Osteochilus spp.) from Ketro River,
Ponorogo based on DNA Barcode Cytochrome-C Oxidase Sub Unit I (COI) Gene

Dosen Pangampu : Prof. Dr. rer. Nat. Binari Manurung

Disusun Oleh :
Monica Junita Pangaibuan
4203141046
PSPB 20 B

PROGRAM STUDI PENDIDIKAN BIOLOGI

FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
UNIVERSITAS NEGERI MEDAN
2022
 BAB I

PENDAHULUAN

A. Latar Belakang

Perkembangan ilmu pengetahuan yang minim disebabkan karena rendahnya minat baca
mahasiswa/i pada saat ini. Mengkritik jurnal merupakan salah satu cara yang dapat dilakukan
untuk menaikkan keterkaitan minat membaca.

Mengkritik Jurnal (Critical Journal Review) merupakan kegiatan mengulas suatujurnal

agar dapat mengetahui dan memahami apa yang disajikan dalam suatu jurnal. Pada dasarnya re-
view jurnal menitik beratkan pada evaluasi (penjelasan, interpretasi dan analisis) mengenai ke-
unggulan dan kelemahan, apa yang menarik, dan bagaimana jurnal tersebut bisa merubah
persepsi dan cara berpikir serta menjadi pertimbangan apakah dari pengetahuan yang didapat
mampu menambah pemahaman terhadap suatu bidang kajian tertentu. Selain itu, mengkritik jur-
nal juga dapat melatih kemampuan kita dalam menganalisis dan mengevaluasi pembahasan yang
disajikan penulis. Sehingga menjadi masukan berharga bagi proses kreatif kepenulisan lainnya.
Mengkritik jurnal tidak dapat dilakukan apabila pengkritik tidak membaca ke -
seluruhan jurnal tersebut. Dengan melakukan review tersebut pembaca dapat mengetahui kualitas
jurnal dengan membandingkan terhadap karya dari penulis yang sama atau penulis lainnya serta
dapat memberikan masukan kepada penulis jurnal berupa kritik dan saran terhadap
sistematika penulisan, isi, dan subtansi jurnal.

B. Tujuan
Adapun tujuan dalam pembuatan Critical Journal Review, yaitu :
1. Memenuhi salah satu tugas wajib yang diberikan oleh dosen pengampu pada matakuliah
Taksonomi Hewan Vertebrata
2. Memberikan gambaran kepada pembaca mengenai jurnal yang di review
3. Menambah wawasan para pengkritik karena didalam jurnal disajikan masalah serta solusi
yang akan menambah ilmu pengetahuan kita.

C. Manfaat
Adapun manfaat dalam pembuatan Critical Journal Review, yaitu :
1. Sebagai mahasiswa yang bergerak dalam dunia Pendidikan. Jurnal-jurnal ini perlu un-
tuk dikritik sebab dapat meningkatkan keterampilan mahasiswa/i dalam membuat la-
poran penelitian yang baik dan benar.
2. Meningkatkan pengetahuan mahasiswa/i dari teori dan aplikasi hasil
gagasan peneliti sehingga dengan pengetahuan tersebut dapat menjadi inspirasi baru
bagi mahasiswa sebagai calon guru dalam menyusun atau mendesaian pembelajaran
yang efektif. Meningkatkan hasil analisa pada setiap jurnal yang akan dikritik.

BAB II
 RINGKASAN JURNAL

Judul Taxonomy Status of "Melem Biru" Fish (Osteochilus spp.) from Ketro River,
Ponorogo based on DNA Barcode Cytochrome-C Oxidase Sub Unit I (COI) Gene
Latar be- Sungai Ketro adalah sungai alami di desa Ketro di Kabupaten Keanekaragaman
lakang ikan yang ditemukan di sungai Ponorogo, Jawa Timur. Diantara banyak ikan, ada
ikan yang disebut secara lokal sebagai Blue Melem karena warna sisik ikannya
yang mengkilap Warnanya menjadi biru saat terkena sinar matahari, di bagian
atas oksiput ikan tersebut juga terdapat pigmen berwarna kebiruan. Ikan Melem
Biru termasuk dalam genus Osteochilus. Ikan nilem atau Melem Biru bisa di-
jadikan bahan olahan dan berperan sebagai biocleaning agent karena sifatnya
yang suka memakan dentritus, perifiton dan alga sehingga ikan ini bisa digu-
nakan sebagai pembersih danau. Berdasarkan data di Gene Bank dan The Bar-
code of Life Data System (BOLD System) ikan Melem Biru dari Kabupaten
Ponorogo belum terdaftar, maka dari itu perlu dilakukan barcode dengan gen mi-
tokondria yaitu cytochrome-c oxidase I (COI).
Tujuan Untuk menentukan status taksonomi spesies ikan Melem Biru yang ditemukan di
aliran Sungai Ketro, Kabupaten Ponorogo berdasarkan sekuen barcode gen COI
dan menemukan hubungan kekerabatan genetic (filogenetic relationship) ikan
genus Osteochilus yang ditemukan di aliran Sungai Ketro, Kabupaten Ponorogo
dengan ikan dalam satu genus dari data yang tersedia di Gene Bank.
Jenis Deskriptif eksploratif
Penelitian
Metode Waktu dan Tempat Penelitian
Penelitian Dilakukan selama bulan Agustus-Desember 2015. Isolasi DNA dilakukan di Lab-
oratorium Bioteknologi Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam
(FMIPA), Universitas Negeri Malang, dan visualisasi DNA dilakukan di Labora-
torium Biologi Molekuler Universitas Islam Negeri Maulana Malik Ibrahim,
Malang. Tahap sekuensing dilakukan di First BASE Laboratories Sdn Bhd,
Malaysia.
 Teknik Pengambilan Sampel Ikan
Sampel ikan Melem Biru (Osteochilus spp.) diambil dari aliran sungai Ketro,
Kabupaten Ponorogo, Jawa Timur. Pengambilan sampel menggunakan jaring dan
alat pancing penyetrum (backpack electro fishing) 12 volt.
Pengambilan Data Sekuen Gen COI
Amplifikasi gen target dilakukan dengan teknik PCR (Polymerase Chain Reac-
tion) menggunakan sepasang primer universal yaitu, primer Forward FishF1: (5’-
TCAACCAACCACAAAGACATTGGCAC-3’) dan Reverse FishR1: (5’-
TAGACTTCTGGGTGGCCAAAGAATCA-3’). Siklus PCR yang digunakan se-
banyak 35 siklus, meliputi predenaturasi pada suhu 940C selama 2 menit, denat-
urasi pada suhu 940C selama 20 detik, annealing pada suhu 540C selama 10 de-
tik, ekstensi pada suhu 720C selama 50 detik, kemudian ekstensi akhir pada suhu
720C selama 5 menit. Hasil PCR diperiksa melalui elektroforesis dengan gel
agarose 1%. Hasil dari elektroforesis diperiksa dengan menggunakan UV Transi-
luminator. Hasil amplifikasi gen COI disekuensing di First BASE Laboratories,
Malaysia. Analisis sekuen barcode COI dilakukan dengan software: Sequence
scanner, DNA Baser, Basic Local Alignment Search Tool (BLAST), BioEdit, dan
MEGA 6.
Hasil dan Pengecekan Hasil Amplifikasi Gen COI Ikan Melem Biru(Osteochilus sp.)
Pemba- dengan Menggunakan UV Transiluminator, M = DNA ladder 1kb, 1 = Sam-
hasan pel Ikan Melem Biru. Panjang gen COI yang berhasil diamplifikasi sebesar
± 700 bp.

Panjang Sekuen Gen COI Ikan Melem Biru (Osteochilus spp.) dari Sungai
Ketro, Kabupaten Ponorogo ± 564 bp (base pairs)
Sekuensing memberikan hasil fragmen COI sepanjang ±564 bp. Hasil analisis
consensus sequence menggunakan BLAST menunjukkan bahwa sekuen yang
diperoleh adalah benar sekuen gen COI, dibuktikan dari tingkat homologi sekuen
sampel dengan sekuen gen COI Osteochilus hasseltii isolate A483a asal Indone-
sia yang diperoleh dari Gene Bank sebesar 100%. Hasil multiple alignment antara
sekuen gen COI sampel dengan sekuen gen COI anggota dari genus Osteochilus
menunjukkan bahwa sekuen gen COI sampel ikan yang diteliti memiliki sekuen
yang relatif conserved pada basa 181 sampai dengan 690. Hasil analisis ini me-
nunjukkan adanya tingkat mutasi yang cukup tinggi dengan ditemukannya basa-
basa yang mengalami transisi atau transversi dan insersi atau delesi.

Hasil Multiple Alignment gen COI Ikan Melem Biru dengan Ikan Genus Os-
teochilus lainnya dan Spesies Ikan Pembanding.
Hasil alignment tersebut kemudian digunakan untuk membuat rekonstruksi
topologi pohon filogenetik dengan menggunakan program komputer MEGA 6.
Topologi pohon filogenetik dibuat dengan menggunakan metode NJ (Neighbor
Joining) dengan perhitungan Kimura 2 Parameter.Penggunaan model perhitungan
algoritmik Kimura 2 Parameter dikarenakan efektif untuk analisis DNA Barcod-
ing dengan mempertimbangkan titik substitusi transisi dan transversi. Hasil
rekonstruksi topologi pohon filogenetik dengan menggunakan metode NJ menun-
jukkan bahwa sampel Melem Biru (Osteochilus spp.) membentuk satu clade
monofiletik dengan Osteochilus hasseltiiisolate A483a yang didukung dengan ni-
lai boostrap 99%. Posisi taksonomi ikan Osteochilus spp. isolate JX074151 Su-
matera Selatan, Osteochilus kahajanensis isolate HM345044 Indonesia, ikan
Melem Biru (Osteochilus spp. PNRG), dan Osteochilus hasseltii isolate A483a
Indonesia berada satu cluster dengan Osteochilus vittatus isolate HM156365
Malaysia dan Osteochilus hasseltii isolate JQ346168 Laos.

Topologi Pohon Filogenetik Berdasarkan Metode Neighbor Joining (NJ)

dengan Nilai Boostrap 1000 Kali. Angka Pada Cabang Menunjukkan Nilai
Boostrap.

Jarak genetik yang tinggi mengindikasikan telah terjadi mutasi. Ada banyak
perbedaan basa nukleotida antara sampel semakin besar jarak genetik antar sam-
pel, maka kesamaan basa nukleotida semakin kecil atau dapat dikatakan hubun-
gan kekerabatan semakin jauh. Jarak genetik ikan Melem Biru (Osteochilus spp.
PNRG) menunjukkan ikan tersebut diduga interspesies (berbeda spesies) dengan
Osteochilus spp. isolate JX074151 Sumatera Selatan Osteochilus kahajanensis
isolate HM345044 Indonesia, dan Osteochilus hasseltii isolate A483a Indonesia

Persentase Jarak Genetik Ikan Melem Biru (Osteochilus spp.) dengan Ikan
Genus Osteochilus Lainnya
Hasil rekonstruksi topologi pohon filogenetik berdasarkan BOLD system menun-
jukkan ikan Melem Biru berada dalam clade yang sama dengan Osteochilus vitta-
tus dari Jawa Tengah. Berdasarkan indeks similaritas BOLD system ikan Melem
Biru diduga spesies Osteochilus vittatus Jawa Tengah ditunjukkan dengan nilai
similaritas 99,81%.

Rekonstruksi Topologi Pohon Filogenetik Berdasarkan BOLDSystem,

Kolom merah merupakan cluster yang membentuclade yaitu sampel Ikan
Melem Biru dan Osteochilus vittatus Jawa Tengah

Identifikasi spesies menggunakan sekuen barcode gen COI berdasarkan BOLD

system menunjukkan hasil rekonstruksi topologi pohon filogenetik yang berbeda
 dengan hasil rekonstruksi topologi filogenetik berdasarkan Gene Bank. Hasil
analisis berdasarkan BOLD system menunjukkan ikan Melem Biru berada satu
clade dengan Osteochilus vittatus Jawa Tengah. Hal ini didukung dengan indeks
similaritas antara ikan Melem Biru dengan Osteochilus vittatus Jawa Tengah
sebesar 99,81%. Indeks similaritas yang tinggi menunjukkan tingkat kekerabatan
yang dekat. Berdasarkan tingginya indeks similaritas pada BOLD system ikan
Melem Biru diduga merupakan spesies Osteochilus vitttus Jawa Tengah.
Data mengenai Osteochilus vittatus Jawa Tengah belum dipublikasikan pada
Gene Bank. Hasil analisis topologi pohon filogenetik menurut Gene Bank menun-
jukkan bahwa ikan Melem Biru berada satu clade dengan Osteochilus hasseltii
A483a Indonesia dengan nilai boostrap 99% bisa dinyatakan belum bisa hasil
topologi tersebut benar untuk menentukan spesies. Hal ini juga didukung dari
hasil analisis jarak genetik (pairwise distance) antara ikan Melem Biru dengan
spesies Ostochilus hasseltii isolate A483ayang dilaporkan di Gene Bank menun-
jukkan angka yang cukup tinggi yaitu 96%. Dari hasil tersebut diketahui jarak
genetik lebih dari 3% (interspesies).
Kedekatan antara ikan Melem Biru dengan Osteochilus vittatus Jawa Tengah da-
pat dihubungkan dengan sejarah Pulau Jawa yaitu adanya aliran sungai purba
di dasar laut, 17.000 sampai 20.000 tahun lalu pada Era Pleistocene. Aliran sun-
gai purba ini menghubungkan antara Jawa Tengah dan Jawa Timur. Adanya
aliran sungai purba ini memungkinkan ikan dapat berenang menuju aliran sungai
yang terhubung dengan sungai purba menuju ke lokasi lain. Sehingga ikan
Melem Biru dengan Osteochilus vittatus Jawa Tengahdiduga merupakan satu
spesies dan berkerabat dekat.
Kesimpu- Berdasarkan hasil penelitian ini dapat disimpulkan bahwa status taksonomi ikan
lan Melem Biru yang ditemukan dari Sungai Ketro, Kabupaten Ponorogo
berdasarkan sekuen barcode gen COI diduga merupakan spesies Osteochilus has-
seltii. Hubungan kekerabatan ikan Melem Biru berdasarkan BOLD system berk-
erabat dekat dengan Osteochilus vittatus dari Jawa Tengah, sedangkan
berdasarkan Gene Bank berkerabat dekat dengan Osteochilus hasseltii isolate
A483a dari Indonesia.
 BAB III
PENUTUP

1 Belakang
2 Perkembangan ilmu penge-
tahuan yang minim dise-
babkan karena rendahnya mi-
nat
3 baca mahasiswa/i pada saat
ini. Mengkritik jurnal meru-
pakan salah satu cara yang da-
pat
4 dilakukan untuk menaikkan
keterkaitan minat membaca.
5 Mengkritik Jurnal ( Critical
Journal Review) merupakan
kegiatan mengulas suatu
6 jurnal agar dapat mengetahui
dan memahami apa yang dis-
ajikan dalam suatu jurnal.
Pada
7 dasarnya review jurnal meni-
tikberatkan pada evaluasi
(penjelasan, interpretasi dan
analisis)
8 mengenai keunggulan dan
kelemahan, apa yang menarik,
dan bagaimana jurnal tersebut
bisa
9 merubah persepsi dan cara
berpikir serta menjadi pertim-
bangan apakah dari penge-
tahuan
10 yang didapat mampu
menambah pemahaman ter-
hadap suatu bidang kajian ter-
tentu. Selain itu
11 mengkritik jurnal juga da-
pat melatih kemampuan kita
dalam menganalisis dan
mengevaluasi
12 pembahasan yang disajikan
penulis. Sehingga menjadi ma-
 sukan berharga bagi proses
kreatif
13 kepenulisan lainnya.
14 Mengkritik jurnal tidak
dapat dilakukan apabila
pengkritik tidak membaca
15 keseluruhan jurnal terse-
but. Dengan melakukan review
tersebut pembaca dapat
mengetahui
16 kualitas jurnal dengan
membandingkan terhadap
karya dari penulis yang sama
atau penulis
17 lainnya serta dapat
memberikan masukan
kepada penulis jurnal
berupa kritik dan saran
18 terhadap sistematika
penulisan, isi, dan subtansi jur-
nal.