Tim Pengusul
Anang Rohwiyono, M.Ag. (Ketua) (0305057101)
Hanifah Rahmi, S.Si, M.Biomed (Anggota) (0326098603)
Etin Diah Permanasari, PhD. ( - )
i
ii
iii
iv
ABSTRAK
Sosis merupakan salah satu produk olahan daging yang banyak dikonsumsi dan
tersedia di berbagai tempat baik pasar maupun supermarket. Sosis harus memenuhi
kriteria bahan agar dapat disertifikasi kehalalannya. Salah satu kriteria bahan untuk
sosis adalah tidak boleh bercampur dengan bahan haram yang berasal dari bahan
tambahan, bahan penolong, hingga fasilitas produksi. Bahan haram yang dilarang
antara lain cemaran babi, oleh karena itu perlu adanya deteksi terhadap gen DNA
babi. Metode yang digunakan untuk mendeteksi DNA babi adalah Polymerase
Chain Reaction (PCR). Metode ini terdiri atas beberapa langkah reaksi, yaitu
denaturasi, penempelan primer (annealing), amplifikasi, dan pemanjangan basa
nukleotida. Tahapan yang akan divalidasi yaitu perbedaan primer yang digunakan.
Primer yang digunakan adalah CytB dan SIMp. Validasi terhadap metode PCR
dibutuhkan agar diperoleh kondisi optimum dengan spesifisitas dan sensitivitas
terbaik yang dapat mendeterminasi cemaran gen babi. Analisis hasil PCR
menggunakan teknik elektroforesis agarosa dengan membandingkan pita DNA
yang terbentuk dari produk sosis dengan pita DNA Babi. CytB memiliki ukuran
basa nukleotida sebesar 359 bp sedangkan SIMp sebesar 398 bp.
v
DAFTAR ISI
1
DAFTAR TABEL
DAFTAR GAMBAR
2
BAB I
PENDAHULUAN
Kasus makanan mengandung bahan dari babi marak terjadi di Indonesia sejak tahun
1980-an sampai sekarang. Pada tahun 2009, beberapa jenis makanan olahan daging
seperti dendeng, abon, dan bakso terindikasi mengandung cemaran babi oleh
LPPOM MUI. Pencampuran produk olahan daging dengan daging babi bertujuan
untuk menurunkan harga produksi namun harga jual tetap tinggi, serta
meningkatkan cita rasa. Pencampuran ini tidak dibenarkan untuk dikonsumsi
masyarakat Indonesia yang sebagian besar merupakan muslim. Selain itu, untuk
memenuhi kriteria bahan yang akan disertifikasi halal, bahan makanan tidak boleh
berasal dan bebas dari kontaminasi bahan haram dan najis.
Keberadaan komponen bahan makanan yang mengandung babi dalam bahan dan
produk pangan dapat diidentifikasi melalui lemak, protein maupun DNA (Fibriana
F et al. 2010). Identifikasi DNA untuk mendeteksi adanya kandungan daging babi
pada produk pangan telah banyak dilakukan. Tanabe et al. (2007) menggunakan
teknik PCR untuk mendeteksi DNA babi dari sampel daging segar dan daging
olahan (sosis, salami, bakso, bacon, steak, dan gyoza). Hasil penelitian
menunjukkan bahwa teknik PCR mempunyai sensitivitas tinggi untuk mendeteksi
gen sitokrom-b babi (porcine cytochrome b gene). Singh et al. (2007) menggunakan
teknik PCR untuk mengidentifikasi jenis organisme pada daging mentah dan
matang berdasarkan famili gen aktin.
Sosis sebagai salah satu bahan makanan daging perlu mendapatkan sertifikat halal
agar dapat dikonsumsi masyarakat muslim. Deteksi cemaran gen babi pada produk
sosis perlu dilakukan dengan menggunakan teknik PCR, sehingga validasi tahapan
reaksi PCR dapat memberikan spesifisitas dan sensitivitas terhadap hasil analisis
DNA Babi.
3
dibutuhkan agar diperoleh kondisi optimum dengan spesifisitas dan sensitivitas
terbaik yang dapat mendeterminasi cemaran gen babi.
4
BAB II
KAJIAN PUSTAKA
5
Proses yang pertama diinisiasi dengan denaturasi DNA duplex ganda untuk
memisahkan dua untai yang saling berkomplemen. Proses yang kedua ditandai
dengan penempelan primer kepada masing-masing untai DNA yang sudah terpisah
tersebut. Proses yang terakhir merupakan proses sintesis DNA yang dibantu dengan
kerja enzim DNA Polymerase. Siklus tersebut akan berlangsung berulang-ulang.
Reaksi PCR menggunakan dua primer yang komplemen dan terhibridisasi dengan
untai yang berlawanan dari ujung 5’ ke ujung 3’. Apabila template dari reaksi PCR
adalah RNA sekuens, cDNA harus dibentuk terlebih dahulu dengan bantuan enzim
DNA transkripsi balik.
Roadmap Penelitian
Penelitian Penelitian yang akan Penelitian tindak
terdahulu (2019) dilakukan (2020) lanjut (2021)
Tahap
Hilir
(tahap Pengembangan metode analisis cemaran
lanjut) bahan haram seperti babi pada tingkat
molekuler dengan teknologi terkini
dengan hasil yang relatif singkat
menggunakan Real-Time PCR
Tahap
inisisasi Validasi metode analisis cemaran bahan haram
seperti babi dengan sampel produk sosis sapi pada
tingkat molekuler. Teknik yang digunakan PCR
konvensional
6
BAB III
METODOLOGI PENELITIAN
Bahan-bahan yang digunakan pada penelitian ini antara lain adalah berbagai produk
olahan daging sebagai sampel, phosphate buffer saline(PBS), DNA isolation kit,
dapar TAE, agarosa, GelRed, primer basa nukleotida, marker DNA dan reaction
mix PCR kit.
7
Larutan bufer pencuci I ditambahkan ke dalam tube sebanyak 500 μL dan
disentrifuse pada kecepatan 8000 xg selama 15 detik. Cairan yang mengalir ke
dalam tube koleksi dibuang. Larutan bufer pencuci II ditambahkan ke dalam tube
sebanyak 500 μL dan disentrifuse pada kecepatan 13000 xg selama 2 menit. Cairan
yang mengalir ke dalam tube koleksi dibuang. Larutan bufer elusi ditambahkan
sebanyak 100 μL dan disentrifuse pada kecepatan 8000 xg selama 1 menit. Tabung
mikro mengandung DNA, lalu aliquot menjadi 4 bagian. Sampel DNA dapat
disimpan dalam lemari pendingin suhu -80 ᴼC(Roche 2011).
8
BAB 4
HASIL DAN PEMBAHASAN
4.1 Pengumpulan Sampel
Sampel sosis diperoleh dari 4 pasar yang berbeda yaitu, Pasar Perumnas
Klender, Pasar Jaya Klender, Pasar Jaya Pondok Kelapa, dan Pasar Kramat Jati.
Jumlah sampel yang diperoleh yaitu sebanyak 11 (Tabel 1), lebih sedikit
dibandingkan dengan jumlah yang diajukan pada proposal. Hal ini dikarenakan
jenis produk yang dijual di pasar yang disebutkan memiliki merk yang sama. Selain
itu, jumlah sampel dibatasi mengingat semakin banyak jumlah sampel yang
digunakan maka semakin besar pula reagen atau kit yang dibutuhkan, hal ini
berpengaruh pada pendanaan dan waktu yang diperoleh.
Tabel 1. Jenis sampel sosis daging sapi.
No Inisial Nama Label Halal No.Sertifikat
Sosis
1 SHJ Ada 00010048090508
2 SBB Ada 00010060390212
3 SHS Ada 01011216461018
4 SBS Ada 01011025460607
5 SBG Ada 00010050740609
6 SDB Ada 00010041970906
7 SKS Ada 00010040730606
8 SEF Ada 00010025330603
9 SCS Ada 00010011101099
10 SFH Ada 00010003180698
11 SVS Ada 00010040730606
9
Tabel 2. Kadar dan kemurnian hasil isolasi DNA.
No Inisial TIANamp Genomic DNA Kit Wizard Genomic DNA
Sosis Purification Kit
Kadar Kemurnian Kadar Kemurnian
Rerata Rerata Rerata Rerata
(ug/mL) (ug/mL)
1 SHJ 2150 1.85 2250 1.80
2 SBB 2300 1.90 2400 1.81
3 SHS 2500 1.80 2500 1.81
4 SBS 2200 1.85 2600 1.80
5 SBG 2300 1.90 2550 1.83
6 SDB 2400 1.83 2350 1.83
7 SKS 2300 1.85 2200 1.85
8 SEF 2200 1.87 2400 1.83
9 SCS 2400 1.90 2700 1.85
10 SFH 2250 1.87 2750 1.83
11 SVS 2450 1.87 2500 1.85
4.3 PCR
Primer yang digunakan adalah CytB dan SIMp. Kedua pasangan primer ini
diperoleh dari artikel penelitian yang dilakukan oleh Ishak N & Muthalib SA, 2018.
Primer Forward CytB :
5’-CCATCCAACATCTCAGCATGAAA-3’
Primer Reverse CytB :
5’-GCCCCTCAGAATGATATTTGTCCTCA-3’
Primer Forward SIMp :
5' -GACCTCCCAGCTCCATCAAACATCTCATCTTGATGA- 3'
Primer Forward SIMp :
5' -GCTGATAGTAGATTTGTGATGACCGTA-3'
10
DNA hasil isolasi ditambahkan dengan reagen PCR dan pasangan primer
CytB dan SIMp. Selanjutnya produk PCR dilakukan analisis kualitatif dengan
elektroforesis agarosa.
M 1 2 3 4 5 6 7
359 bp
bp
M 8 9 10 11 12 13 13
359 bp
bp
11
gen SIMp juga terdapat pada daging sapi yang digunakan sebagai kontrol negatif.
Berdasarkan hasil tersebut, dapat dinyatakan bahwa gen SIMp bukanlah gen
spesifik sebagai penanda keberadaan campuran daging babi pada sampel daging
ataupun produk makanan olahan daging.
M 1 2 3 4 5 6 7
398 bp
bp
M 8 9 10 11 12 13
398 bp
bp
12
BAB 5
KESIMPULAN DAN SARAN
5.1. Simpulan
Sebelas sampel sosis yang diperoleh dari pasar di daerah Jakarta Timur
mengandung gen CytB mitokondria yang merupakan gen universal vertebrata.
Sembilan sampel sosis serta kontrol baik positif dan negatif memberikan hasil
positif terhadap gen spesifik porcine yaitu SIMp. Primer SIMp belum dapat
digunakan untuk mengidenifikasi gen Babi dengan teknik PCR.
5.2 Saran
Penelitian selanjutnya perlu dilakukan analisis kualitatif dengan teknik PCR-
RFLP serta analisis kuantitatif menggunakan metode Real Time PCR.
13
DAFTAR PUSTAKA
Fibriana F, Widianti T, Retnoningsih A. 2010. “Deteksi Kandungan Daging Babi
Pada Bakso yang Dijajakan di Pusat Kota Salatiga Menggunakan Teknik
Polymerase Chain Reaction”. Biosaintifika 2(1): 10-17.
FKUI, Bagian Biokimia. 2001. “Biokimia: Eksperimen Laboratorium.”
Forrest, J. C., E. D. Aberle, H. B. Hendrick, M. D. Judge and R. A. Merkel. 1975.
“Principles of Meat Science”. W. H. Freeman and Co., San Fransisco.
Ishak N dan Mutalib SA. 2018. “Extraction and detection of animal
deoxyribonucleic acid (DNA) species on lipsticks using Polymerase Chain
Reaction (PCR) assay”. International Journal of ChemTech Research 11(6):
250-254.
Singh Y, MN Brahmbhatt, CD Bhong, S Jain & CG Joshi. 2007. “Detection of meat
species by polymerase chain reaction of actin gene family”. Haryana Vet.
41:25-27.
Suparno. 1998. Ilmu dan Teknologi Daging. UGM Press, Yogyakarta.
Taherdoost H. 2016.”Sampling Methods in Research Methodology; How to Choose
a Sampling Technique for Research”. International Journal of Academic
Research in Management (IJARM) 5(2): 18-27.
Tanabe S, Miyauchi E, Muneshie A & Mio K. 2007. “PCR method of detecting
pork in foods for verifying allergen labeling and for identifying hidden pork
ingredients in processed foods”. Biosci. Biotechnol.Biochem. 71(7):1663-
1667.
14
Lampiran 1. Luaran Artikel
15
Lampiran 2. Biodata Ketua dan Anggota
Ketua
16
17
Anggota 1
18
19
Anggota 2
20
Lampiran 2.
21