12/6/2021

COVID-19 Update:
Kesiapan Dalam Menghadapi Omicron Sebagai Varian Baru

Pentingnya Surveilans Genomika Dalam Mitigasi

Kemunculan Varian Baru

Ludhang Pradipta Rizki

Departemen Mikrobiologi
Fakultas Kedokteran Kesehatan Masyarakat dan Keperawatan
Universitas Gadjah Mada Yogykarta

Pokok Bahasan

1
 12/6/2021

Epidemiologi Genomika
 Epidemiologi
Ilmu yang mempelajari pola penyebaran penyakit atau kejadian
masalah kesehatan terutama penyakit infeksi menular.
 Bermanfaat dalam memetakan pola penyebarannya pada suatu
populasi kurun waktu tertentu
 Pemilihan strategi dalam pengendalian wabah (masalah kesehatan)
 Epidemiologi Genomika
Penggunaan data genom patogen untuk memetakan penyebaran
penyakit menular pada populasi tertentu serta pemanfaatannya dalam
strategi pengendalian wabah (masalah kesehatan)
 Surveilans Genomika
Upaya pelacakan dan pemantauan bersumber data genom patogen
guna memberikan informasi dalam menentukan intervensi untuk
pengendalian dan penanggulangan meluasnya penyebaran penyakit

(CDC, 2021)

Kepentingan Surveilans Genomika SARS-CoV-2

 Memantau tren di tingkat nasional

• Memantau munculnya varian baru yang besifat emerging
• Memantau tren kasus pasca intervensi pengendalian
infeksi (vaksinasi)
 Memahami lebih jauh profil epidemiologi di tingkat lokal
• Menyelidiki kejadian penyebaran suatu kluster pada
populasi tertentu
• Memberikan data pendukung terhadap kemunculan
suatu kluster
• Mengungkap kluter tertentu dan kluster yang tidak
terduga
• Identifikasi spots penularan dan deteksi kasus baru
• Identifikasi suatu event superspreading (kluster)
• Mengukur dan memprediksi lonjakan kasus dan lama
outbreak berlangsung
• Mengkonfirmasi terjadinya re-infeksi (infeksi berulang)
(CDC, 2021)

2
 12/6/2021

Kepentingan Surveilans Genomika SARS-CoV-2

 Memahami lebih jauh profil epidemiologi di tingkat lokal

Identifikasi hotspot
Sumber Penularan

Kepentingan
Kontak Tracing

Identifikasi dan
Pelacakan Kasus Baru (CDC, 2021)

The spike protein (S) cover the surface of the

Genom SARS-CoV-2 SARS-CoV-2 and bind to the host cell receptor

angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2),
mediating viral cell entry, through fusing the viral S1/S2 in all-down
and host cell membranes.

L-down

Changes to the spike protein

(S protein) might result in
changes in virus transmissibility
and virulence.
The SARS-CoV-2 spike protein
is targeted by most vaccines R-down
currently approved or in
development. Therefore,
mutations of the spike protein
should be closely monitored.
paho.org

3
 12/6/2021

Variasi Genetika

• Mutasi pada genom

menghasilkan fingerprinting
yang dapat digunakan untuk
menyimpulkan hubungan galur
kekerabatan/asal usul dilihat
dari pohon filogenetik

Fingerprinting Genom dan Filogenetik SARS-CoV-2

 Bermanfaat dalam pengelompokan
SARS-CoV-2 berdasarkan garis
keturunan yang bersirkulasi menjadi
'clades' atau 'lineage' dengan
nomenklatur standar
 Identifikasi potensi wabah atau
pelacakan berbasis filogenetik
 Penamaan ‘clade’ atau ‘lineage’:
• Pangolin Lineages (cov-
lineages.org)
• Clades by Nextstrain
(nextstrain.org)
• Clades by GISAID (gisaid.org)

single nucleotide
polymorphism

(CDC, 2021)

4
 12/6/2021

Intepretasi Pohon Filogenetik dalam Memahami

Transmisi Penyakit

(CDC, 2021)

Intepretasi Pohon Filogenetik dalam Memahami

Transmisi Penyakit

Filogenetik
Studi tentang evolusi hubungan
kekerabatan secara biologis entitas
(populasi,organisme, gen)

(CDC, 2021)

5
 12/6/2021

Keterbatasan Penggunaan Pohon Filogenetik dalam

Memahami Transmisi Penyakit
 Strain yang secara filogenetis lebih
dekat lebih mungkin untuk berbagi
kedekatan epidemiologi, namun
 Jalur transmisi dan arah transmisi
penyebaran penyakit tidak dapat
langsung diasumsikan dengan filogeni
tanpa disertai data lain
 Hubungan sebab akibat (misalnya,
antara kasus dan paparan) tidak dapat
diasumsikan dari data urutan
sequencing saja
 Menafsirkan dengan hati-hati pohon
filogenetik karena topologi
tergantung pada pengambilan sampel
(berkelanjutan)

(CDC, 2021)

Pengertian Varian SARS-CoV-2

Semua varian berawal dari produk mutasi acak dikuti

peningkatan kelimpahan melalui transmisi menyebabkan
1. Mengubah epidemiologi global
 Menyebar di antara populasi tertentu B.1.1.7
 Superspreading (momentum)
2. Sifat virus yang berubah ('fenotipe’) dihubungkan
 Peningkatan penularan atau infektivitas
 Kemampuan menghindari daya tahan tubuh

nextstrain.org

6
 12/6/2021

Pengertian Varian SARS-CoV-2

paho.org

Surveilans Genomika Emerging Varian SARS-CoV-2

Mutasi pada Spike D614G (the original variant)

Muncul di awal pandemi, sebagai menyebar ke seluruh
Eropa dan Amerika Utara, menjadi dominan secara global
 Asam aspartat (D) -> Glisin (G)
• Diduga mengubah sifat dan karakter virus
Peningkatan viral load
• Transmisibilitas yang lebih tinggi?
Mutasi berulang (Homoplasy)
 Spike D614G
 Spike N501Y

nextstrain.org

7
 12/6/2021

Surveilans Genomika Emerging Varian SARS-CoV-2

(CDC, 2021)

Investigasi Emerging VOC Alpha

 Pertama kali dilaporkan pada Desember 2020
 Diklasifikasikan sebagai Variant of Concern
(VOC): Alpha
 Terdapat delesi dalam gen spike (S) (∆69-70)
 Menghasilkan (S gene target failure) pada Uji
ThermoFisher TaqPath RT-PCR

(CDC, 2021)

8
 12/6/2021

Investigasi Outbreak Varian SARS-CoV-2 dari Air

Limbah
 Pengambilan sampel strategis untuk target
patogen tertentu dalam air limbah untuk lebih
memahami ‘burden”penyakit di suatu
populasi/wilayah
 Keuntungan surveilans dengan air limbah:
• Sampel gabungan yang efisien yang
mewakili ratusan atau jutaan orang
• Independen dari perilaku dan intervensi
pengendalian infeksi
• Pengukuran “burden” infeksi tingkat
komunitas secara cepat
• Mengungkap dan memonitor infeksi
simtomatik dan asimtomatik pada suatu
populasi dan tempat
• Pooled Community sample

(CDC, 2021)

Investigasi Outbreak Varian SARS-CoV-2 dari Air

Limbah

(CDC, 2021)

9
 12/6/2021

Apa yang diketahui dari varian baru SARS-CoV-2

Investigasi Outbreak Varian SARS-CoV-2 dari Air

Limbah

https://biobot.io/biobots-wastewater-monitoring-the-omicron-variant/

10
 12/6/2021

Surveilans Genomika Studi Kasus Varian Omicron

nextstrain.org

Surveilans Genomika Studi Kasus Varian Omicron

nextstrain.org

11
 12/6/2021

Pengaruh Mutasi dalam Deteksi Varian Baru

nextstrain.org

Letak Mutasi pada Varian Omicron

outbreak.info

12
 12/6/2021

Penguatan Deteksi Dini Varian Baru

(Kemenkes RI, 2021)

Penguatan Deteksi Dini Varian Baru Multiplex RT-PCR

www.seegene.com

13
 12/6/2021

Penguatan Deteksi Dini Varian Baru

www.thermofisher.com

Penguatan Deteksi Dini Varian Baru (WGS)

(CDC, 2020)

14
 12/6/2021

Strategi Surveilans Genomika

https://nextstrain.org/

GISAID Genomika Database

(CDC, 2020)

15
 12/6/2021

GISAID Genomika Database

(CDC, 2020)

GISAID Genomika Database

(CDC, 2020)

16
 12/6/2021

GISAID Genomika Database

(CDC, 2020)

NCBI Genomika Database

(CDC, 2020)

17
 12/6/2021

NCBI Genomika Database

(CDC, 2020)

Strategi Surveilans Genomika

(CDC, 2020)

18
 12/6/2021

Strategi Surveilans Genomika

(CDC, 2020)

Strategi Surveilans Genomika

covariant.org

19