WHOLE GENOM SEQUENCING COVID-19

(Situasi terkini dan teknis pemeriksaan laboratorium)

BADAN PENELITIAN DAN PENGEMBANGAN KESEHATAN

 VIRUS DAN VARIAN
SARS-COV-2

SISTEMATIKA
WHOLE GENOME SURVEILANS SARS-
COV-2 DI INDONESIA

2
VIRUS DAN VARIAN SARS-COV-2

3
GENOM VIRUS SARS-COV-2

• Single stranded RNA virus

• Genom Virus ± 30 kbp
• Protein aktif : S, N, E, M

Rastogi, et al. Respir Res 21, 318 (2020). 4

VIRUS DAN MUTASI SARS-CoV-2
Pentingnya Surveillans Whole Genome Sequencing

▪ Virus secara alamiah akan terus berubah melalui mekanisme mutasi

▪ Bagaimana dampak mutasi terhadap penularan, keparahan penyakit, vaksin,
pengobatan, dan penanganan kesehatan masyrakat ?
▪ Monitoring dan pengawasan harus terus dilakukan terhadap mutasi yang muncul
untuk :
1. Monitoring potensi mutasi menjadi varian baru
2. Identifikasi agen apakah bersumber binatang / zoonotic
3. Memahami hubungan host receptor dan fenotipik
4. Pengembangan kit diagnostik molekular, vaksin, antiviral
5. Investigasi transmisi virus dan penyebaran

https://www.who.int/en/activities/tracking-SARS-CoV-2-variants/ 5
PANDUAN SURVEILLANS
GENOME SARS-COV-2
World Health Organization (WHO) : Genomic sequencing of SARS-CoV-2
A guide to implementation for maximum impact on public health

• Operational considerations to expedite 8 January 2021

genomic sequencing component of GISRS

surveillance of SARS-CoV-2
• Genomic sequencing of SARS-CoV-2
European Centre for Disease Prevention and
Control (ECDC) :
• Guidance for representative and targeted
genomic SARS-CoV-2 monitoring
• Sequencing of SARS-Cov-2
Pan-American Health Organization (PAHO)
• Guidance for SARS-CoV-2 samples selection
for genomic characterization and surveillance
6
7
 KLASIFIKASI VARIAN SARS-COV-2
Variant under Monitoring (VuM) Varian SARS-CoV-2
dengan perubahan
genetik yang diduga :

• indikasi
menimbulkan risiko
di masa depan,
tetapi bukti dampak
fenotipik atau
epidemiologis saat
ini tidak jelas,

• memerlukan
pemantauan yang
ditingkatkan dan
penilaian ulang
sambil menunggu
bukti baru.

https://www.who.int/en/activities/tracking-SARS-CoV-2-variants/ 8
 KLASIFIKASI VARIAN SARS-COV-2
Variant of Interest (VOI)

Melalui penilaian
komparatif, diperkirakan
berpotensi :

• meningkatan
penularan antar
manusia

https://www.who.int/en/activities/tracking-SARS-CoV-2-variants/ • meningkatan virulensi

atau keparahan
penyakit

• menurunkan efektifitas
vaksin dan obat

Lambda, penyebaran ke 42 negara Mu, penyebaran ke 49 negara 9

KLASIFIKASI VARIAN SARS-COV-2
Variant of Concern (VOC)
Melalui penilaian
komparatif, terbukti:

• meningkatan penularan
antar manusia

• meningkatan virulensi
atau keparahan
penyakit

• menurunkan efektifitas
vaksin dan obat

https://www.who.int/en/activities/tracking-SARS-CoV-2-variants/ 10
DINAMIKA DAN PENYEBARAN VARIAN SARS-COV-2

11
Perkembangan Situasi Varian Omicron
Sudah ditemukan di 89 Negara, dengan kasus konfirmasi 65,611 (28 Desember 2021)

12
Varian Omicron
Memiliki mutasi yang sudah dimiliki oleh VoC lainnya

Mutasi Efek

Del 69/70, D796Y, K417N, del 144, E484A, N440K, del 144-145 Penurunan respon Imunitas
N501Y, P681H, D614G, Q493R, G333D Peurunan respon Imun dan kenaikan laju transmisi

Sumber : GISAID, outbreak.info 13

Indonesia masih didominasi oleh varian Delta (62%)
Paling banyak sub-varian AY.23 (23%), sudah ditemukan adanya varian Omicron

Lineages Jumlah
AY.23 4414
B.1.617.2 210

AY.121 62

AY lainnya 1945
Total 6631

*Data 60 hari terakhir

Sumber : GISAID, outbreak.info, ourworldindata.org 30 Desember 2021

WHOLE GENOME SURVEILANS SARS-COV-2
DI INDONESIA

15
SURVEILLANS WGS COVID-19 DI INDONESIA
Pada Juli 2021, diterbitkan Keputusan Menteri Kesehatan (KMK) dan Pedoman mengenai
Jejaring Laboratorium Genom Virus SARS-CoV-2

TARGET KASUS :

1. Pelaku perjalanan internasional atau pekerja migran yang tiba di Indonesia

2. Orang dari daerah perbatasan Indonesia dengan negara tetangga

3. Area dimana terjadi peningkatan kasus dan kluster/penularan yang cepat

4. Orang yang berpartisipasi dalam uji coba vaksin dan atau telah divaksinasi secara lengkap (full dose),

5. Orang dengan riwayat infeksi dan infeksi ulang

6. Orang dengan gangguan kekebalan tubuh (autoimmune disorder) dan penyakit komorbid (HIV, TB, dll)

7. Anak-anak dengan usia < 18 tahun pada daerah yang terjadi peningkatan kasus pada anak.

8. Orang yang berusia <60 tahun (gejalan klinis parah, tidak memiliki penyakit penyerta

9. Kasus positif SARS-CoV-2 yang kontak dengan kasus SARS-CoV-2 Varian of Concern dan Variant of Interest

REPRESENTATIF KASUS :

Mengirimkan rutin 5-10 spesimen/minggu setiap provinsi dengan mempertimbangkan :

1. proporsi dari insiden kasus positif Sars-Cov-2
2. kelompok umur yang berbeda;
3. periode waktu yang berbeda;
4. tingkat keparahan yang berbeda: kasus ringan, parah dan fatal
5. sebaran kab/kota
17
PENGERJAAN WGS DI LABORATORIUM BALITBANGKES

Tahap analisa data dan pelaporan

Tahap verifikasi dan Tahap WGS
hasil
persiapan

Validasi sampel, surat

pengantar, lampiran

Pelabelan spesimen

Alikuot spesimen

Data entry

Penyimpanan
spesimen

~ 1 hari ~ 2 hari ~ 1 hari

Gohl, et al. BMC Genomics 21, 863 (2020).

ALGORITMA PEMERIKSAAN SGTF

Pasien/Subjek : Pasien/Subjek :
1. Pasien datang dari luar 1. Pasien datang dari luar negeri/suspek
negeri/suspek 2. Kontak erat dengan kasus konfirmasi luar negeri/suspek
2. Kontak erat dengan kasus 3. Sampel positif SARS CoV-2 hasil pemeriksaan di lab
konfirmasi luar pemeriksa
negeri/suspek

PCR dengan Allplex SARS-CoV-2 Variants I PCR dengan

assay Taq Path COVID-19 Combo Kit (FAM-VIC-ABY-
(FAM-HEX-CalRed 610-Quasar 705-Quasar 670) JUN)
Kompatibel dengan mesin : Kompatibel dengan mesin :
Test PCR untuk deteksi virus 1. Biorad CFX96 1. AB7500*
SARS-CoV-2 dengan hasil positif 2. Rotor-Gene Q 2. AB7500 fast*
3. QIAquant 5plex 3. QuantStudio 5
4. dll 4. dll
1 hari

Test PCR varian Positif del 69-70 dan N501Y Positif (SGTF del69-70)
1 hari sejak spesimen diterima (Probable Omicron) (Probable Omicron)

Lab Pemeriksa
Lab Pembina
Whole Genome Sequencing (WGS) sebagai konfirmasi
Lab Jejaring WGS COVID-19

*Catatan :
• jenis dan merk reagensia bisa bertambah seiring dengan perkembangan metoda
• Hasil SGTF = 1 hari sejak spesimen diterima oleh lab 19
• Hasil WGS = 3 hari setelah spesimen diterima oleh lab
PEMERIKSAAN SGTF UNTUK DETEKSI VARIAN OMICRON

20
21
RANGKUMAN

1. Identifikasi munculnya mutasi, varian, lineage yang baru sangat penting

2. WGS dapat digunakan sebagai alat penyelidikan munculnya mutasi/varian untuk melihat
transmisi, penyebaran virus, diagnostic, dampak terapi/vaksin
3. Pemeriksaan SGTF dilakukan sebagai langkah pertama screening varian sebelum
konfirmasi WGS terutama untuk kasus PPLN
4. Adanya VOC,VOI, dan VUM tidak mengubah tindakan pengendalian dan pencegahan
(kesehatan masyarakat atau interaksi sosial) yang selama ini dilakukan.
TERIMA KASIH