Perubahan system anggaran traisional menjadi system anggaran berbasis prestasi kerja. Perubahan
system penganggaran ini meliputi perubahan dalam proses penganggaran dan perubahan struktur
anggaran. Perubahan system ini tidak hanya menyangkut proses penganggarannya saja, tapi juga
perubahan struktur anggaran. Struktur anggaran dirubah dari struktur anggaran tradisional menjadi
penganggaran berbasis kinerja.
Penggunaan system penganggaran kinerja di pemerintah daerah telah membawa perubahan yang
radikal terkait dengan perubahan dalam perencanaan anggaran, pengisian anggaran, dan pelaporan
anggaran. Secara manajerial perubahan struktur ini berpengaruh terhadap perubahan paradigma
anggaran, sedangkan secara teknis berpengaruh pada kode rekening anggaran dan tata cara
pencatatannya.
Pada anggaran tradisional, kinerja anggaran diukur dari sisi inputnya, yakni dilihat dari kemampuannya
dalam penyerapan anggaran. Anggaran yang tidak terserap (sisa anggaran) harus dikembalikan lagi ke
rekening kas Negara dan sebagai konsekuensinya anggaran satuan kerja tersebut untuk tahun
berikutnya terancam tidak akan ditambah bahkan bisa dikurangi.
Penataan ulang kelembagaan pengelolaan keuangan daerah itu bukan saja untuk menyesuaikan system
anggaran yang baru, tapi juga dimaksudkan untuk mendukung tercapainya tujuan desntralisasi fiscal.
Beberapa perubahan kelembagaan pengelolaan keuangan daerah tersebut antara lain:
a. Perubahan pengelolaan keuangan di pemerintah daerah dari system sentralisasi pada Bagian Keuangan
Sekretariat Daerah menjadi system desentralisasi ke masing-masing satuan kerja. Konsekuensinya setiap
Satuan Kerja Perangkat Daerah harus menyelenggarakan akuntansi dan menyusun laporan keuangan
satuan kerja bersangkutan yaitu Laporan Realisasi Anggaran, Neraca, dan Catatan Atas Laporan
Keuangan. Bagian Keuangan (BPKD) selanjutnya bertugas mengkonsolidasikan laporan keuangan seluruh
satuan kerja yang ada menjadi Laporan Keuangan Pemerintah Daerah.
Basis Akrual mengakui transaksi keuangan pada saat terjadinya, yaitu ketika sudah menjadi hak atau
kewajibannya meskipun belum diterima/ dikeluarkan kasnya. Dengan basis akrual organisasi akan
mengakui adanya utang, piutang dan asset.
Perubahan secara langsung dari basis kas menjadi basis akrual akan bersifat radikal, padahal selama
bertahun-tahun basis kas telah mendarah daging bagi pegawai keuangan pemerintah daerah.
Penerapan secara langsung basis akrual membutuhkan daya dukung teknologi serta sumber daya
manusia yang memiliki latar belakang pendidikan akuntansi yang memadai. Permasalahan penerapan
basis akuntansi bukan sekedar masalah teknis akuntansi, yaitu bagaimana mencatat transaksi dan
menyajikan laporan keuangan, tapi yang lebih penting adalah bagaimana menentukan kebijakan
akuntansi (accounting policy), perlakuan akuntansi untuk suatu transaksi (accounting treatment), pilihan
akuntansi (accounting choice) dan mendesain/ menganalisis sistem akuntansi yang ada