MIKROBIOLOGI PERTANIAN
PENGKARAKTERAN KOLONI
Oleh:
Ivo Ragil Priyatno
A1D020094
i
PRAKATA
Segala puji kehadirat Tuhan Yang Maha Esa. Atas segala rahmat dan karunia-
Nya sehingga penulis dapat menyelesaikan laporan praktikum Mikrobiologi
Pertanian. Laporan ini disusun untuk memenuhi salah satu syarat menyelesaikan
Mata Kuliah Mikrobiologi Pertanian pendidikan Strata Satu (S1) pada jurusan
Agroteknologi, Fakultas Pertanian, Universitas Jenderal Soedirman.
Penyusunan laporan ini tidak lepas dari bantuan berbagai pihak. Oleh karena
itu, penulis mengucapkan terimakasih kepada:
1. Tuhan Yang Maha Esa.
2. Segenap dosen pengampu mata kuliah Mikrobilogi Pertanian yang telah
memberikan pengetahuan terkait ilmu mata kuliah ini.
3. Saudara Alda Syahfrizal selaku asisten praktikum mata kuliah Mikrobiologi
Pertanian yang telah memberikan arahan dan bimbingan sehingga penulis
dapat menyelesaikan laporan dengan baik.
4. Semua pihak yang telah memberikan bantuan dalam penyusunan laporan
praktikum, kususnya teman-teman kelompok
Penulis sangat menyadari bahwa dalam penyusunan laporan ini masih jauh dari
sempurna karena banyak kekurangan dan kesalahan-kesalahan, maka dari itu
penulis sangat mengharap saran dan masukan dari berbagai pihak agar penulis dapat
memperbaiki laporan ini.
Purwokerto, 5 September 2021
ii
DAFTAR ISI
iii
DAFTAR GAMBAR
iv
DAFTAR TABEL
v
I. PENDAHULUAN
A. Latar Belakang
Bakteri merupakan organisme dengan sel tunggal yang tidak termasuk hewan
maupun tumbuhan. Bakteri hidup secara independen maupun menjadi parasit
dengan hinggap mengambil manfaat dari induknya. Struktur sel bakteri relatif
sederhana yaitu tanpa nukleus/inti sel, kerangka sel, dan organel-organel lain
seperti mitokondria dan kloroplas.
Cara hidup bakteri ada yang dapat hidup bebas, parasitik, saprofitik, patogen
pada manusia, hewan dan tumbuhan. Habitatnya tersebar luas di alam, dalam tanah,
atmosfer (sampai 10 km diatas bumi), di dalam lumpur, dan di laut. Bakteri
mempunyai bentuk dasar bulat, batang, dan lengkung. Umumnya bakteri berukuran
0,5-10 µm. Para ahli menggolongkan struktur bakteri menjadi dinding luar,
sitoplasma, dan bahan inti. Bakteri memiliki flagel atau bulu cambuk, pili atau
fimbriae, kapsula atau lapisan lendir, dinding sel dimana ada yang struktur dinding
sel bakteri gram negatif yaitu merupakan struktur yang berlapis, sedangkan bakteri
gram positif mempunyai satu lapis yang tebal.
Bakteri hidup sukar untuk dilihat dengan mikroskop cahaya biasa karena
bakteri itu tampak tidak berwarna jika diamati secara sendiri-sendiri, walaupun
biakannya secara keseluruhan mungkin berwarna. Bakteri lebih sering diamati
dalam olesan terwarnai daripada dalam keadaan hidup. Bakteri terwarnai adalah
organisme yang telah diwarnai dengan zat pewarna kimia agar mudah dilihat dan
dipelajari. Umumnya, olesan bakteri terwarnai mengungkapkan ukuran, bentuk,
susunan dan adanya struktur internal seperti spora dan butiran (Volk, 1993). Bakteri
memiliki manfaat dibidang pertanian diantaranya Bidang pertanian Rhizobium,
kelompok bakteri yang berkemampuan sebagai penyedia hara bagi tanaman,
Pasteuria penetrans, salah satu komponen pengendalian nematoda pada tanaman
lada, Pseudomonas fluorescens, dapat mengeluarkan senyawa antibiotik, siderofor,
dan metabolit sekunder lainnya yang dapat menghambat aktivitas jamur Fusarium
1
oxysporum, Bacillus thuringiensis sebagai biopeptisida, menghasilkan kristal
protein yang bersifat membunuh serangga (insektisidal).
Koloni bakteri adalah kumpulan dari bakteri yang membentuk suatu
kelompok. Bentuk koloni berbeda-beda tiap spesies dan merupakan ciri khas bagi
suatu spesies tertentu. Sifat-sifat yang diperlukan dalam menentukan identifikasi
suatu spesies misalnya seperti besar kecilnya koloni, mengkilat tidaknya, halus
kasarnya permukaan, dan warna koloni. Kebanyakan bakteri mempunyai warna
yang keputih-putihan, kelabu, kekuning-kuningan, atau hampir bening, tetapi ada
juga spesies yang mempunyai pigmen warna yang lebih tegas. Keberadaan warna
dipengaruhi oleh faktor-faktor luar seperti temperatur, pH, dan oksigen bebas. Ada
beberapa spesies yang memerlukan fosfat, ada juga yang memerlukan sulfat untuk
menimbulkan pigmentasi.
B. Tujuan
Tujuan praktikum acara 3 ini yaitu dapat mengenali karakter koloni mikroba
dilihat dari bentuk.
2
II. TINJAUAN PUSTAKA
3
dalam koloni atau kelompok. Morfologi sendiri dapat dilihat dari ciri-ciri fisik
mikroorganisme tersebut (Hibbett, et al., 2007).
Pengenalan bentuk mikroba (morfologi), kecuali mikroalgae harus
dilakukan pewarnaan terlebih dahulu agar dapat diamati dengan jelas. Pada
umumnya bakteri bersifat tembus cahaya, hal ini disebabkan karena banyak bakteri
yang tidak mempunyai zat warna. Tujuan dari pewarnaan adalah untuk
mempermudah pengamatan bentuk sel bakteri, memperluas ukuran jazad,
mengamati struktur dalam dan luar sel bakteri, dan melihat reaksi jazad terhadap
pewarna yang diberikan sehingga sifat fisik atau kimia jazad dapat diketahui
(Waluyo, 2004).
Parameter yang diamati pada uji sterilisasi berupa kemungkinan adanya
kontaminasi yang diamati secara langsung dengan melihat ciri-ciri umum koloni
mikroorganisme. Tahap pembentukan kalus parameter yang diamati meliputi saat
muncul kalus, tekstur dan warna kalus, serta pertambahan berat basah kalus,
sedangkan pada tahap pertumbuhan kalus parameter yang diamati meliputi berat
basah dan berat kering kalus, tekstur dan warna kalus, kandungan klorofil dan
kandungan flavonoid (Solichatun, 2002).
4
III. METODE PRAKTIKUM
B. Prosedur Kerja
Cara kerja:
1. Tumbuhkan biakan pada media NA cawan dengan streak kuadran.
2. Tumbuhkan biakan pada media NA miring dengan pola inokulasidengan tegak
lurus.
3. Tumbuhkan biakan pada media NA tegak dengan stabinoculation.
4. Tumbuhkan biakan pada media.
5
IV. HASIL DAN PEMBAHASAN
A. Hasil
15 menit Circulari
6
2. Media 1 hari Irregular
NA
isolasi
mikroba
tanah
2 hari Circulari
7
15 menit Rhizoid
2 hari Rhizoid
8
B. Pembahasan
Mikroba adalah organisme yang mampu beradaptasi dan hidup pada berbagai
jenis lingkungan. Salah satu tempat lingkungan hidup mikroba adalah air. Banyak
faktor yang mempengaruhi mikroba di dalam air. Secara umum ada dua faktor yang
mempengaruhi kehidupan mikroba di dalam air yaitu faktor biotik dan faktor
abiotik.
Media pertumbuhan mikroorganisme adalah suatu bahan yang terdiri atas
campuran nutrisi (nutrient) yang digunakan oleh suatu mikroorganisme untuk
tumbuh dan berkembangbiak pada media tersebut. Mikroorganisme memanfaatkan
nutrisi pada media berupa molekul-molekul kecil yang dirakit untuk menyusun
komponen sel-nya. Dengan media pertumbuhan juga bisa digunakan untuk
mengisolasi mikroorganisme, identifikasi dan membuat kultur murni.
Bakteri merupakan organisme dengan sel tunggal yang tidak termasuk hewan
maupun tumbuhan. Bakteri hidup secara independen maupun menjadi parasit
dengan hinggap mengambil manfaat dari induknya. Struktur sel bakteri relatif
sederhana yaitu tanpa nukleus/inti sel, kerangka sel, dan organel-organel lain
seperti mitokondria dan kloroplas.
Koloni bakteri adalah kumpulan dari bakteri yang membentuk suatu
kelompok. Bentuk koloni berbeda-beda tiap spesies dan merupakan ciri khas bagi
suatu spesies tertentu. Sifat-sifat yang diperlukan dalam menentukan identifikasi
suatu spesies misalnya seperti besar kecilnya koloni, mengkilat tidaknya, halus
kasarnya permukaan, dan warna koloni. Kebanyakan bakteri mempunyai warna
yang keputih-putihan, kelabu, kekuning-kuningan, atau hampir bening, tetapi ada
juga spesies yang mempunyai pigmen warna yang lebih tegas. Keberadaan warna
dipengaruhi oleh faktor-faktor luar seperti temperatur, pH, dan oksigen bebas. Ada
beberapa spesies yang memerlukan fosfat, ada juga yang memerlukan sulfat untuk
menimbulkan pigmentasi.
Koloni bakteri tiap spesies berbeda, koloni bakteri sendiri merupakan
kumpulan bakteri sehingga terbentuk suatu kelompok. Dewasa ini, bakteri sering
digunakan sehingga penting untuk mempelajari morfologi koloni bakteri, karena
9
bila bakteri dinokulasikan dan ditumbuhkan pada suatu media maka bakteri itu akan
menunjukkan sifat-sifatnya. Sehingga bila sudah diketahui morfologi bakteri maka
sel-sel bakteri dapt dipisahkan sehingga sel tumbuh menjadi koloni pada
mediumnya masing-masing.
Menurut Tarigan (1988), ciri-ciri koloni mikrobia dapat dijelaskan sebagai
berikut:
1. Ukuran
Ukuran koloni bervariasi, mulai dari sebesar ujung jarum, yaitu kira-kira
pecahan mm (diameternya) sampai 5-10 mm. Walaupun koloni suatu mikrobia
mempunyai ciri-ciri diameter, kiranya perlu diingat, bahwa ada beberapa faktor
yang mempengaruhi besarnya diameter tersebut. Misalnya hanya koloni-koloni
yang menyebar saja yang dapat diukur, karena koloni-koloni ini cenderung memilki
diameter yang lebih besar daripada koloni yang bertumpuk-tumpuk. Hal ini
disebabkan karena persaingan pada koloni yang menyebar lebih kecil dari
persaingan yang terjadi pada koloni yang bertumpuk-tumpuk dan kurang mendapat
hambatan dari zat-zat hasil sampingan.
2. Margin
Bagian tepi koloni bakteri bervariasi, tergantung kepada spesiesnya.
Bentuknya dapat melingkar rata seperti tepi (pinggir) suatu tetesan, atau tidak
baraturan seperti tonjolan yang melengkung, seperti benang atau seperti akar.
3. Tekstur Permukaan
Permukaan koloni juga bervariasi, tergantung kepada spesiesnya dan tekstur
permukaan ini ada yang licin (smooth), kasar (rough), granuler, atau mukoid
(berlendir). Koloni spesies tertentu ada permukaanya yang keriput (wrinkled).
Semua koloni-koloni kultur murni pada piring petri, mempunyai persamaan jenis
permukaan, akan tetapi kita harus mengingat bahwa beberapa kultur murni dapat
menunjukkan variasi permukaan. Pada umumnya prmukaan koloni memiliki 3
macam bentuk yaitu: S (smooth), licin, bundar, konveks; R (rough), kasar, datar,
bergerigi; dan M (Mucoid), berlendir, basah, kadang-kadang bersatu, lembut, dan
tebal.
10
4. Elevasi (elevation)
Elevasi koloni juga bervariasi, tergantung pada spesiesnya, bisa tipis sampai
tebal. Permukaannya dapat merata atau bisa menunjukkan adanya variasi
kesinambungan.
5. Konsistensi
Konsistensi koloni dapat diketahui dengan menyentuhkan jarum ose ke
permukaan koloni. Beberapa spesies bakteri dapat membentuk koloni yang bersifat
viscous, ada juga spesies bakteri yang membentuk koloni yang kering, atau
berbetuk seperti tepung yang akan terpecah bila tersentuh jarum.
6. Pigmentasi
Beberapa spesies bakteri dapat menghasilkan zat warna di dalam sel yang
tidak larut dalam air, sehingga menyebabkan koloninya berwarna, contoh :
Flectobacillus major berwarna merah muda.
Menurut Leboffe (2012) pada umumnya bentuk koloni bakteri berbentuk
round, irregular, filamenthous, dan rhizoid. Elevasi berbentuk raised,covex, flat,
umbonate, plateau, spreading edge, raised margin, dan growth into medium.
Sedangkan tepian memiliki bentuk smooth, rhizoid, irregular, lobate, dan
filamenthous.
11
berdasarkan bentuk, tepian, warna, elevasi, diameter, dan jumlah koloni dengan
bantuan colony counter.
12
Gambar 5. Hasil pengamatan media PDA perlakuan 5 menit
PDA 5 menit terdapat banyak koloni jamur, yang terlihat jelas yaitu pada
tengah gelas. Ukuran bakteri pada media ini termasuk besar, berbentuk Rhizoid dan
menampilkan elevasi raised dan Transculent (dapat ditembus cahaya). Dari
pengecekan morfologi koloni ini dapat disimpulkan bahwa koloni tersebut adalah
koloni jamur.
Pada perlakuan PDA 10 menit terdapat banyak sekali koloni jamur, yang
terlihat jelas pada setiap bagian. Ukuran jamur pada media ini cukup besar,
13
berbentuk Rhizoid dan menampilkan elevasi raised. Dari pengecekan morfologi
koloni ini dapat disimpulkan bahwa koloni tersebut adalah koloni jamur.
14
V. KESIMPULAN DAN SARAN
A. Kesimpulan
B. Saran
15
DAFTAR PUSTAKA
16
LAMPIRAN
Dokumentasi Praktikum
17
BIODATA
18