METODOLOGI MIKROBIOLOGI KELAUTAN

ARNIATI MASSINAI
• Sampling , Penanganan
dan Penyimpanan
sampel
• Isolasi mikroba laut
• Pewarnaan Gram
Sampling, Penanganan dan Penyimpanan
Sampel
Sampling
• Sistem pengambilan contoh memegang peranan sangat
penting dalam analisis mikrobiologis.
• Ketelitian analisis dan ketepatan sistem pengambilan
contoh akan mempengaruhi data hasil analisis.
• Apabila terdapat kesalahan dalam pengambilan
contoh, maka contoh yang diambil tidak representatif.
• Sampel harus diambil dengan cara yang tepat, volume
yang cukup, teknik aseptik yang baik, perulangan yang
memenuhi syarat
 Ketentuan
• Pengambilan sampel air menggunakan botol terbuat dari bahan gelas dan
plastik.
• Botol sampel plastik yang digunakan yang terbuat dari high-density
polyethylene (HDPE), polypropylene, polycarbonate atau fluoropolymer
(misalnya teflon
• Semua peralatan pengambilan sampel harus steril dan dilindungi dari
kontaminasi sebelum dan sesudah pengambilan sampel dilakukan.
• Dikerjakan dengan prosedur kerja aseptik yang baik dan dengan senyawa
desinfektan yang sesuai.
• Dipilih peralatan atau wadah sampel yang cocok dan metode pengambilan
yang sesuai dengan jenis sampel.
• Sebaiknya dilaksanakan pencegahan kontaminasi dari operator dengan
memakai sarung tangan dan masker.
• Setelah diambil, sampel langsung dianalisa. Pencegahan pertumbuhan mikroba
dapat disimpan pada suhu dingin. Jika perlu dapat ditambahkan suatu zat ke
dalam sampel dengan tujuan melindungi mikroba dari kerusakan.
• Pelabelan sampel harus mengandung nama sampel, waktu pengambilan,
tempat pengambilan, nama operator dan keterangan lain yang mendukung
 1. Apa yang harus dipersiapan untuk pengambilan
sampel mikrobiologi?
Peralatan
• Pencucian
• menggunakan sabun cair
• Pembilasan dengan air steril 2-3 kali
• Sterilisasi
• Autoclave
• pemanasan kering
• Filtrasi
• kimia (alkohol 50-70% (bakteri dan jamur), sodium
hypochlorite 0.1% (virus), hypochlorite 12 %
(protozoa)
• Ionisasi (Sinar ultraviolet) 254 nm
• Clean-up (menghilangkan zat kimia)
• sodium tiosulfat (residu klorin atau halogen lain)
• EDTA (residu logam))
• Medium tumbuh untuk pertumbuhan
• Autoclave : Medium umum
• Nutrient Agar (NA)
• Potato dextrose Agar (PDA)
• Zobell Marine Agar 2216
• Trypticase Soy Agar (TSA) : patogen
• Non autoclave : medium selektive
• Salmonella Shigella
• Slanetz and Bartley
• Brilliance E. coli/coliform Selective Agar
• LYI Entamoeba Medium (ATCC® PRA-2154™)
• Kultur sel (virus)
• Eagle’s Minimal Esential Medium (MEM) : kultur sel
 2. Bagaimana cara pengambilan
sampel mikroba

• Penetapan titik sampling (muara

dan laut)
• Pengambilan Sampel Air
• Pengambilan Sampel sedimen
• Pengambilan sampel pada
organisme
1. Sampel tanah
• Rhizozfer
(sekitar Pengambilan Sampel
perakaran dekat
permukaan)
• Tanah dan dasar
perairan
• Volume sampel
paling sedikit 10
gram
Impingiment
sampler

Menggunakan cairan
(untuk bakteri
larutan NaCl)
 Impinger Air Sampler method
• Menyiapkan larutan penangkap mikroba yaitu NaCl fisiologis
0,85% dalam aquadest, kemudian dimasukkan dalam tabung
impinger sebanyak 25 ml
• Tabung impinger dan selang penyambung, tutup dengan kapas
atau aluminium foil di autoclave pada suhu 121 ˚C selama 15
menit
• Pompa Impinger dengan laju alir udara yang sudah dikalibrasi
(2-10lpm) kemudian disiapkan sesaat sebelum pengukuran
dilakukan
• Alat sampling diletakkan pada lokasi yang sudah diperhitungkan
mewakili lokasi secara proporsional
• Seting tabung impinger yang sudah steril pada alat sampling
yang sudah disiapkan, selama 30-60 menit
• Selesai sampling, tutup kembali tabung impinger untuk
kemudian ditumbuhkan pada media pertumbuhan
Andersen Sampler
 Pengambilan sampel
3. Sampel air
• Pengambilan sampel air bergantung
kepada keadaan air itu sendiri. Jika
beerasal dari air sungai yang
mengalir maka botol dicelupkan
miring dengan bibir botol melawan
arus air. Bila pengambilan sampel
dilakukan pada air yang tenang,
botol dapat dicelupkan dengan tali,
dan dapat juga langsung
memasukkan botol ke dalam air.
jika ingin mengambil sampel dari air
keran maka sebelumya keran
dialirkan dulu beberapa saat dan
mulut kran dibakar.

• 6-12 inci dari permukaan

• Always leave 2.5 - 5 cm of headspace in the sample bottle
Microbiological analyses
• For example, total plate count, total coliforms, faecal coliforms (or
thermotolerant coliforms), E. coli. (Escherichia coli), Entercocci).
4. Sampel pada organimme
• a. Pengambilan sampel dilakukan
dengan mengambil cuplikan karang yang
terinfeksi penyakit sepanjang 2 cm dengan
menggunakan pahat atau palu untuk
karang masif dan kliper untuk karang
bercabang.
• b. Pengambilan mukus pada polip
dengan menggunakan pipektor kemudian
dimasukkan dalam kantong sampel yang
berisi air laut steril
Pengangkutan
3. Penangan sampel saat pengangkutan
penyimpanan dalam cool box berisi es batu
Holding Times

Gw: Ground water

SW: surface water
•Preparasi Suspensi
 Swab (ulas)
mengusapkan cotton bud memutar sehingga
seluruh permukaan kapas dari cotton bud
kontak dengan permukaan sampel. Swab akan
lebih baik jika cotton bud dicelupkan terlebih
dahulu ke dalam larutan atraktan semisal
pepton water.
 Rinse (bilas)
merupakan prosedur kerja
dengan mencelupkan sampel ke
dalam akuades dengan
perbandingan 1 : 9 (w/v).
 Maseration (pengancuran)
sampel yang berbentuk padat
dapat
• ditumbuk dengan mortar dan
pestle, sehingga mikroba yang
ada dipermukaan atau di dalam
dapat terlepas kemudian
dilarutkan ke dalam air.
• belender dengan air steril
 Autoclave

• Glassware and other dry

materials—15 min.
• Contaminated and discarded
materials— 30 min.
• Liquids, total volumes
• Up to 250 mL—15 min.
• 500 to 1,000 mL—30 min.
• > 2,000 mL—45 min. or more
Oven
Ultraviolet