Machine Translated by Google

agronomi

Artikel
Isolasi dan Karakterisasi Pertumbuhan Tanaman
Mempromosikan Bakteri Endofit dari Tanaman
Gurun dan Aplikasinya sebagai Bioinokulan untuk
Pertanian Berkelanjutan
Muneera DF ALKahtani , Amr Fouda 2, Kotb A. Attia 3 , Fahad Al-Otaibi 4,5, Ahmed M. Idul
Satu 2
,
Emad El-Din Ewais 2, Mohamed Hijri Yaser 4,6 , Marc St-Arnaud 4 , Fitri 2 Saad El-Din Hassan
,
Naeem Khan 7 , M. Hafez 8 dan Khaled AA Abdelaal 8,*
Satu

Departemen Biologi, Fakultas Sains, Universitas Putri Nourah Bint Abdulrahman, Riyadh
POX 102275-11675, Arab Saudi; mdfkahtani@gmail.com
2
Departemen Botani dan Mikrobiologi, Fakultas Sains, Universitas AL-Azhar, Kota Nasr, Kairo
11884, Mesir; amr_fh83@azhar.edu.eg (AF); aeidmicrobiology@azhar.edu.eg (AME);
ewais_e@yahoo.com (EE-DE); saad.el-din.hassan@umontreal.ca (SE-DH)
3
Pusat Keunggulan dalam Penelitian Bioteknologi, Universitas King Saud,
Riyadh POX 2455-11451, Arab Saudi; kattia1.c@ksu.edu.sa
4
Pusat Keanekaragaman Hayati, Institut de Recherche en Biologie Végétale, Université de Montréal dan Jardin
botanique de Montréal, Montréal, QC 22001, Kanada; fahad.alotaibi@umontreal.ca
(FA-O.); mohamed.hijri@umontreal.ca (MH); marc.st-arnaud@umontreal.ca (MS-A.)
5
Departemen Ilmu Tanah, Universitas King Saud, Riyadh 11564, Arab Saudi
6
AgroBioSciences, Universitas Politeknik Mohammed VI (UM6P), 43150 Ben Guerir, Maroko
7
Departemen Agronomi, Institut Ilmu Pangan dan Pertanian, Universitas Florida, Gainesville,
FL 32611, AS ; naeemkhan@ufl.edu
8 Excellence Center (EPCRS), Laboratorium Patologi Tumbuhan dan Bioteknologi, Fakultas Pertanian,
Universitas Kafrelsheikh, Kafr El Sheikh 33516, Mesir; hafezyasser@gmail.com
* Korespondensi: khaled.elhaies@gmail.com

Diterima: 29 Juli 2020; Diterima: 26 Agustus 2020; Diterbitkan: 4 September 2020

Abstrak: Tumbuhan gurun mampu bertahan hidup di bawah tekanan lingkungan yang keras yang melekat
pada daerah kering dan semi kering karena hubungannya dengan bakteri endofit. Namun, identitas, fungsi,
dan faktor-faktor yang mempengaruhi asosiasi bakteri endofit dengan tanaman gurun belum banyak
diketahui. Endofit bakteri ini dapat digunakan sebagai sumber daya yang belum dimanfaatkan untuk
mendukung pertumbuhan dan perkembangan tanaman di agroekosistem daerah kering. Oleh karena itu
penelitian ini difokuskan pada isolasi dan identifikasi bakteri endofit dari dua tanaman obat asli (Fagonia
mollis Delile dan Achillea fragranceissima (Forssk) Sch. Bip.) yang tumbuh secara spontan di daerah
gersang di Sinai Selatan (Mesir), dan karakterisasi sifat pemacu pertumbuhan tanaman (PGP) mereka.
Tiga belas endofit bakteri diduga diisolasi dari daun kedua spesies tanaman dan dikarakterisasi untuk
kemampuan mempromosikan pertumbuhan tanaman menggunakan pendekatan molekuler dan biokimia,
serta percobaan rumah kaca. Strain bakteri endofit terpilih diaplikasikan pada tanaman jagung (Zea mays
L. var. Single cross Pioneer 30K08) untuk mengevaluasi lebih lanjut kemampuan PGP mereka dalam
kondisi rumah kaca. Strain bakteri yang diisolasi memiliki aktivitas pemacu pertumbuhan tanaman yang
bervariasi. Di antara aktivitas tersebut, endofit bakteri yang diisolasi memiliki kemanjuran pelarut fosfat
dengan zona bening mulai dari 7,6 ± 0,3 hingga 9,6 ± 0,3 mm. Selain itu, endofit bakteri yang diperoleh
meningkatkan produktivitas indole acetic acid (IAA) dalam media kaldu dari 10 menjadi 60 µg mLÿ1 dengan
peningkatan konsentrasi triptofan dari 1 menjadi 5 mg mLÿ1 . Strain Bacillus dan Brevibacillus sering
diisolasi dari daun kedua spesies tanaman, dan memiliki efek positif yang signifikan terhadap pertumbuhan
tanaman dan kandungan fosfor (P) dan nitrogen (N) pucuk. Hasil menunjukkan bahwa endofit ini adalah
kandidat yang baik sebagai inokulan pemacu pertumbuhan tanaman untuk membantu mengurangi input
kimia dalam praktik pertanian konvensional dan meningkatkan serapan nutrisi dan ketahanan stres pada spesies tanaman.

Agronomi 2020, 10, 1325; doi:10.3390/agronomy10091325 www.mdpi.com/journal/agronomy

Machine Translated by Google

Agronomi 2020, 10, 1325 2 dari 18

Kata kunci: Zea mays L.; tekanan lingkungan; bakteri endofit; kemampuan memacu pertumbuhan tanaman

1. Perkenalan

Peningkatan produktivitas tanaman diperlukan untuk memberi makan populasi yang meningkat di
negara-negara berkembang dan seringkali bergantung pada penggunaan pupuk kimia. Namun, penggunaan
pupuk ini dalam jangka panjang terbukti menurunkan keragaman bakteri dalam tanah [1,2] dan juga dapat
memiliki efek berbahaya pada lingkungan, seperti pencucian fosfor dan nitrogen ke dalam air tanah, dan
meningkatkan polusi tanah dan air tanah [3 ]. Salah satu cara untuk meningkatkan keberlanjutan praktik
pertanian adalah penggunaan mikroorganisme penggerak hara yang efisien untuk mengurangi kebutuhan
dan ketergantungan pada pupuk kimia [4,5]. Bakteri pemacu tumbuh tanaman (PGPB) yang membentuk
interaksi simbiosis dengan tanaman inangnya sangat penting untuk meningkatkan produktivitas dan
kesehatan tanaman pada berbagai kondisi lingkungan [4,6–8]. Endofit bakteri mengkolonisasi jaringan
tanaman tanpa gejala patogenik yang jelas dan membentuk hubungan yang menguntungkan dengan
ÿ3
tanaman inangnya melalui sintesis fitohormon, produksi enzim, dan mobilisasi dan translokasi nutrisi, )
seperti fosfat ( pelarutan PO4, fiksasi nitrogen, dan produksi amonia (NH3) [9– 11] Selain itu, banyak endofit
menampilkan berbagai aplikasi seperti mekanisme antimikroba, yang mengurangi kehilangan tanaman yang
disebabkan oleh patogen [12-16], dan metabolitnya diintegrasikan ke dalam aplikasi bioteknologi yang berbeda [17-20].
Semenanjung Sinai terletak di gurun Sahara-Arab dan mewakili sekitar 6% dari total luas daratan
Mesir. Iklim semi-kering hingga gersang dan presipitasi musim dingin adalah karakteristik utama gurun
Semenanjung Sinai. Tumbuhan yang tumbuh dalam kondisi gurun ditemukan memiliki mikrobioma yang
meningkatkan biomassa selama periode cekaman kekeringan [21]. Tumbuhan obat dari pertanian gurun di
Sekem (Mesir) menunjukkan bahwa akarnya sangat terkait dengan bakteri [22-24].
Meskipun gurun Sinai memiliki tanaman obat yang beragam, sangat sedikit penelitian yang berfokus pada
endofit bakteri terkait dan aktivitas PGP mereka. Hana et al. [25] mengumpulkan 43 spesies tumbuhan
berbeda dari gurun Sinai Utara, dan melaporkan bahwa Fagonia mollis adalah spesies tumbuhan tertinggi
yang menyimpan bakteri yang dapat dibudidayakan. Di antara bakteri ini, Gluconacetobacter diazotrophicus
adalah spesies endofit terendah yang menunjukkan aktivitas pengikatan N2. Dalam hal yang sama, 132
strain endofit diisolasi dari 18 tanaman obat Mesir, termasuk sembilan strain jamur yang diisolasi dari
Achillea fragranceissima dan menunjukkan aktivitas penghambatan terhadap berbagai bakteri patogen dan
ragi [26]. Aplikasi bakteri endofit (Bacillus thuringiensis) menyebabkan peningkatan pertumbuhan tanaman
dan peningkatan kadar air relatif, kandungan klorofil, parameter fluoresensi klorofil (rasio Fv/Fm), dan hasil
buah tanaman paprika [27].
Jagung telah menjadi makanan pokok di banyak bagian dunia, dengan total produksi jagung melebihi
gandum atau beras. Tanaman jagung memiliki beberapa kegunaan, antara lain sebagai bahan makanan
manusia atau sebagai pakan ternak karena nilai gizinya yang tinggi. Jagung juga telah digunakan untuk
etanol jagung dan produk jagung lainnya, seperti fruktosa, pati jagung, minyak jagung, dan sirup jagung
[28]. Republik Arab Mesir merupakan negara pengkonsumsi jagung terbesar di tingkat benua Afrika. Namun,
produksi Republik Arab Mesir mencapai sekitar 1% dari total produksi global selama (2005-2013), sedangkan
Mesir merupakan tempat ketiga di tingkat benua Afrika [29]. Oleh karena itu, penelitian ini bertujuan untuk
meningkatkan kinerja pertumbuhan jagung pada kondisi optimal dan pada habitat normal.

Fagonia mollis dan Achillea fragranceissima adalah tanaman obat yang sering ditemukan di
Semenanjung Sinai, dan endofit bakteri mereka sebagian dapat bertanggung jawab untuk produksi
berbagai senyawa bioaktif [30], dan kemampuan tanaman ini untuk menahan kondisi kekeringan
Sinai yang keras. Semenanjung. Oleh karena itu, penelitian ini berfokus pada isolasi dan karakterisasi
endofit bakteri putatif dari F. mollis dan A. fragranceissima, yang merupakan penghuni asli gurun
Sinai yang kondisinya gersang dan sangat keras. Sifat pemacu pertumbuhan tanaman (PGP) dari
bakteri endofit yang melibatkan enzim ekstraseluler (amilase, selulase, protease, pektinase, dan xilanase)
 , ,
Machine Translated by Google
kondisi Semenanjung Sinai. Oleh karena itu, penelitian ini berfokus pada isolasi dan
karakterisasi endofit bakteri putatif dari F. mollis dan A. fragranceissima, yang merupakan
penghuni asli gurun Sinai yang kondisinya gersang dan sangat keras. Promosi pertumbuhan tanaman (PGP)
Agronomi 2020, 10, 1325 3 dari 18
sifat endofit bakteri yang melibatkan produksi enzim ekstraseluler (amilase, selulase, protease, pektinase, dan xilanase), aktivitas antimikroba terhadap

bakteri dan jamur patogen terpilih, asam indole-3-asetat (IAA) dan produksi NH3 , dan kemampuan P-pelarutan dievaluasi. Dalam produksi, aktivitas

antimikroba terhadap bakteri dan jamur patogen terpilih, penambahan asam indole-3-asetat, pengaruhnya terhadap pertumbuhan jagung, produksi

biomassa tanaman, dan kandungan nutrisi dalam tanaman (IAA) dan produksi NH3, dan kemampuan pelarutan P dievaluasi. Selain itu, pengaruhnya

terhadap pucuk juga diselidiki untuk mengevaluasi potensinya sebagai bioinokulan untuk pertumbuhan jagung berkelanjutan, produksi biomassa

tanaman,
dalam dantanaman
pucuk kandungan
juganutrisi
diselidiki praktik pertanian. untuk mengevaluasi potensi mereka sebagai bioinokulan untuk praktik pertanian berkelanjutan.

2. Bahan dan Metode 2. Bahan dan Metode

2.1. Pengambilan Sampel Tumbuhan dan Area Studi 2.1.Pengambilan Sampel Tanaman dan Area Studi

Fagonia mollis Delile (famili Zygophyllaceae) dan Achillea fragranceissima (Forssk.) Sch.Bip. Fagonia mollis Delile (famili Zygophyllaceae) dan Achillea fragranceissima (Forssk.) Sch.Bip. (famili (famili Asteraceae)

dikumpulkan dari dua lokasi, Wadi al-Zwatin (lintang 28.539290ÿ hingga 28.53919ÿ LU, Asteraceae) dikumpulkan dari dua lokasi, Wadi al-Zwatin (lintang 28.539290° hingga 28.53919° LU, bujur 33.930784ÿ hingga 33.92044ÿ E) dan

wadi selebat (lintang 28.545493 hingga 28.5433339 N, bujur 33.930784 ° hingga 33.92044 ° E) dan wadi selebat (lintang 283.93.93 ° TO 283.93.93.93 ° TO 283.93.93.93.9.93.93 ° TO 283.93.93.93.93.93 o 28.93.93.93.93.93.93.93

o 28.93.93.93.93.93.93.93.93.99 TO 28.543.99.93.93.93.93.99 TO 28.5433339 N, LANDIDE 24333333333333 , gambar bujur Selatan 33.933707 hingga 28.543339 N , Gambar Saint Katherine Protector, Mesir, Saint Katherine E

Protector) 1) .33.933707 hingga 33.932984 E), Saint Katherine Protektorat, Sinai Selatan, Mesir (Gambar 1). Empat Empat tanaman individu dari setiap spesies dikumpulkan per lokasi. Sampel tanaman adalah individu tanaman dari

masing-masing spesies yang dikumpulkan secara hati-hati per lokasi. Sampel tanaman ditempatkan dengan hati-hati dalam kantong polietilen steril dan dibawa kembali ke laboratorium dalam pendingin portabel yang disimpan dalam

kantong polietilen steril dan dibawa kembali ke laboratorium dalam pendingin portabel yang dipertahankan pada suhu 4 4 ÿC menggunakan paket es. Identifikasi formal spesimen tanaman dilakukan di herbarium °C menggunakan

kompres es. Identifikasi formal spesimen tumbuhan dilakukan di herbarium Jurusan Botani dan Mikrobiologi Universitas Al-Azhar, dimana spesimen herbarium tumbuhan Jurusan Botani dan Mikrobiologi Universitas Al-Azhar, juga

diendapkan spesimen herbarium tumbuhan. juga diendapkan.

Gambar 1. (A) Fagonia mollis Delile. dan (B) Achillea fragranceissima Forssk. Gambar 1. (A) Fagonia mollis Delile. dan (B) Achillea fragranceissima Forssk.

2.2. Isolasi Bakteri Endofit 2.2.

Isolasi Bakteri Endofit
Pada
dan
keran
merendam setiap
dicuci tanaman,
yangdengan
jaringan
mengalir.air lima rangkaian
dalam
Pada
keran daun
yangpertama
setiap mengalir.
tanaman, dari
rendaman ujung pucuk
Sterilisasi
lima air
daun
suling dipotong
permukaan
pertama
steril. dari
daundandilakukan
ujung dicuci
pucukdengan
dipotong
dengan air
Sterilisasi
etanol
dalam
terakhir
air steril
natrium air
70% permukaan
dilapiskan
hipoklorit
pembilasan
selama
suling
selamasteril
1 2,5% daun
menit,
ke
30
tiga
dalam
piring
detik,
selama
kalidilakukan
etanol
agar
tiga
dalam
dan470%
wadah dengan
nutrisi
air
menit,
air
suling
selama
suling
untuk
berbeda.
etanol merendam
selama
1
steril
memastikan
menit,
70%Alikuot
dalam
1untuk
menit.jaringan
natrium
0,1
tiga
seri dalam
keberhasilan
menit,
mL
wadah
hipoklorit
terakhir
selama
etanol rangkaian
berbeda.
pembilasan
2,5%
sterilisasi
30
70%detik,
selama
selamarendaman:
Air dan
bilasan
permukaan.
tiga
4rangkaian
1menit,
kali
menit,
0,1
dua mL
kemudian
g·Lÿ1; alikuot
keberhasilan
cawan
dan puluh
1 Ldan
petri dari
disdipotong
segmen
1L
._
(9Daun
dis.
_cm; air
_ (LB)
daun
limabilasan
tanaman
menjadi
media akhir
ruas/piring)
per ruas
permukaan
yang
(triptondisepuh
5 disterilkan
mm,
berisi
10 dan ke
g·Lÿ1; piring
sterilisasi.
luria
dua
kemudian
broth
ekstrak
puluh agar
individu
(LB)
ruas
ragi nutrisi
dipotong
Daun
tanaman
5daun untuk
g ·Lÿ1;
tanaman
menjadimengkonfirmasi
perditempatkan
NaCl
mediayang
segmen
10(tripton
g·Lÿ1;
telah
dalam
5 disterilkan
10
mm,
agarg empat
L
dan
15;

ÿ1 ÿ1 ÿ1 ÿ1
; Ekstrak ragi 5 g L ; NaCl 10 g L ; agar-agar 15 g L

H2O, gelap pada 35 ± 2 °C. Dua puluh ruas daun yang disterilkan per individu tanaman diatur
bersama
steril
suspensi
disebarkan
danhingga
jamur,(PRO25D,
daun
larutansteril
saline pHper
diencerkan
lainnya 7)
dihancurkan
kesteril ditambah
masing-masing
Pro menggunakan
Scentific,
secara
tanaman
dalam dengan
berurutan
diinkubasi
dari
10
individu
mL nistatin
homogenizer
tigalarutan
hingga
cawan
120
dalam
V, (25
salin
10ÿ3
Petri µg mL-1)
Willenbrock,
gelap
digital
steril
yang
dari
pada
steril untuk
35 ±menekan
menggunakan
dihancurkan
berisi
suhu
(PRO25D,
Oxford,
media CT,
bersama
LB
2dimanapertumbuhan
homogenizer
°USA),
dan
C. Dua
dalam
alikuot
danpuluh
1digital
10
mL
0,1
segmen
mLmL

3
diinkubasi dalam gelap pada suhu 35 ± 2 °C [31]. Kultur secara teratur diamati untuk pertumbuhan bakteri, untuk jangka
waktu 96 jam. Bakteri yang tumbuh dari langkah sebelumnya digoreskan pada pelat LB segar untuk mendapatkan koloni
tunggal, yang diambil dan diinokulasi pada kemiringan LB dan disimpan pada suhu 4 ÿC hingga penelitian lebih lanjut.
Machine Translated by Google

Agronomi 2020, 10, 1325 4 dari 18

2.3. Identifikasi Molekuler Endofit Bakteri

Identifikasi bakteri didasarkan pada analisis urutan gen 16S rRNA. DNA genom masing-masing
isolat diekstraksi mengikuti metode Miller et al. [32], dengan beberapa modifikasi. Secara singkat,
masing-masing koloni dari lempeng agar diambil baik menggunakan tusuk gigi steril atau loop inokulasi
dan disuspensikan kembali dalam 50 µL air deionisasi steril. Suspensi sel ditempatkan dalam penangas
air pada 97 ° C dan dipanaskan selama 10 menit, lisat sel disentrifugasi (15.000 × g, 10 menit), dan
supernatan yang mengandung DNA diperoleh kembali. Konsentrasi DNA ditentukan dengan mengukur
absorbansinya pada spektrum UV 260 nm menggunakan spektrofotometer (JENWAY 6350, 230 V/50
Hz, Staffordshire, UK). Fragmen 16S rDNA parsial diamplifikasi dengan PCR menggunakan primer
universal bakteri 27f (5-AGAGTTTGATCCTGGCTCAG-3) dan 1492r (5-GGTTACCTTGTTACGACTT-3) [33].
Reaksi PCR mengandung: 1 × buffer PCR, 0,5 mM MgCl2, 2,5 U Taq DNA polimerase (QIAGEN), 0,25
mM dNTP, 0,5 µM dari setiap primer, dan sekitar 5 ng DNA genomik bakteri. Kondisi bersepeda PCR
adalah 94 ÿC selama 3 menit, diikuti oleh 30 siklus 94 ÿC selama 0,5 menit, 55 ÿC selama 0,5 menit,
dan 72 ÿC selama 1 menit, diikuti dengan perpanjangan akhir yang dilakukan pada 72 ÿC selama 10
menit. Produk PCR diurutkan maju dan mundur menggunakan teknologi Applied Biosystems 3730xl
DNA Analyzer di Genome Quebec Innovation Center (Montreal, QC, Kanada). Urutan yang dihasilkan
dalam penelitian ini disimpan di GenBank dengan nomor tambahan KY555785 hingga KY555797.
Urutan 16S rRNA kemudian dibandingkan dengan basis data GenBank menggunakan pencarian nukleotida NCBI BLAST.
Penyelarasan urutan ganda dibangun pada sekitar 1200 bp fragmen gen 16S rRNA menggunakan paket perangkat lunak ClustalX
1.8 (//www.clustal.org/clustal2) dan pohon filogenetik dibangun menggunakan metode penggabungan tetangga dalam perangkat
lunak MEGA v6.1 (www.megasoftware.net), dengan keyakinan diuji oleh analisis bootstrap (1000 pengulangan).

2.4. Skrining Aktivitas Enzimatik Ekstraseluler Bakteri Endofit

Produksi dan aktivitas enzim ekstraseluler (amilase, selulase, protease, pektinase, dan xilanase)
endofit bakteri yang diisolasi dinilai dengan menumbuhkan isolat dalam garam mineral.
ÿ1 ÿ1 ÿ1 ÿ1
(MS) media (NaNO3 5 g L ; KH2PO4 1 g L ; K2HPO4 2 g L ; MgSO4.7H2O 0,5 g L-1 ; KCl 0,1 g L ÿ1 ;
ÿ1 ÿ1 ÿ1
Aditif CaCl2 ; FeSO4.7H2O 0,02 g L- ; agar-agar 15 g L ; dan 1 L dis. H2O) dilengkapi dengan berbagai
0,01 g L , tergantung pada enzim yang diuji, seperti dirinci di bawah ini. Perlakuan kontrol terdiri dari
media yang sama tanpa inokulasi bakteri. Setelah inkubasi selama 24-48 jam tergantung pada tingkat
pertumbuhan endofit bakteri pada 35 ± 2 ÿC, reagen spesifik ditambahkan (lihat paragraf di bawah), dan
ukuran zona bening di sekitar koloni bakteri diukur, menunjukkan enzimatik ekstraseluler. kegiatan.
Semua tes dilakukan dalam rangkap tiga.
Aktivitas amilolitik dan selulase dinilai dengan menumbuhkan isolat bakteri endofit pada media
agar MS yang dilengkapi dengan pati larut 1% dan selulosa 1% atau karboksi-metilselulosa (CMC).
Setelah inkubasi, piring dibanjiri dengan 1% yodium. Media MS agar yang mengandung 1% gelatin
digunakan untuk menentukan aktivitas proteolitik bakteri. Setelah inkubasi, degradasi gelatin disorot
menggunakan asam merkuri klorida sebagai indikator. Aktivitas pektinolitik ditentukan dengan
menumbuhkan bakteri dalam media MS yang mengandung pektin 1%. Setelah masa inkubasi , pelat
dibanjiri dengan larutan encer 1% dari heksadesil trimetil amonium bromida.
Media MS agar yang dilengkapi dengan xilan 1% dari tongkol jagung digunakan untuk mengukur
aktivitas xilanolitik bakteri. Setelah masa inkubasi, aktivitas xilanase dinilai setelah dibanjiri dengan etil
alkohol absolut untuk menunjukkan biodegradasi [34].

2.5. Aktivitas Antimikroba Bakteri Endofit

Untuk menguji aktivitas antimikroba dari bakteri endofit, strain yang diisolasi dibiakkan dalam media
kaldu nutrisi selama 6 hari pada suhu 35 ± 2 ÿC pada shaker (LABOAO, LH-2102C, Zhengzhou, China) pada
180 rpm. Kaldu fermentasi mentah dicampur secara menyeluruh dan disentrifugasi pada 4000 rpm selama 5 menit.
Supernatan cair diekstraksi dua kali dengan volume etil asetat yang sama. Pelarut organik
Machine Translated by Google

Agronomi 2020, 10, 1325 5 dari 18

Ekstrak kemudian diuapkan dengan tekanan rendah menggunakan rotary evaporator (RE-801, penangas
air BM-500 (4 L), perangkat gelas C, ilmiah Yamato, Tokyo, Jepang). Ekstrak mentah dilarutkan dalam
dimetil sulfoksida (DMSO) dan digunakan untuk skrining antimikroba menggunakan metode difusi sumur [35].
Media kaldu nutrisi tanpa inokulasi bakteri diekstraksi dan dilarutkan dalam DMSO dan
digunakan sebagai kontrol.

Strain mikroba yang digunakan untuk uji antimikroba adalah: Staphylococcus aureus ATCC 6538 dan
Bacillus subtilis ATCC 6633 (bakteri Gram-positif), Escherichia coli ATCC 8739, Pseudomonas aeruginosa
ATCC 9027 dan Salmonella typhimurium ATCC 14028 (bakteri Gram-negatif), dan Candida albicans ATCC
10231 (ragi). Organisme uji diinokulasi dalam cawan Petri yang mengandung media agar Muller-Hinton
(Sigma-Aldrich) untuk bakteri atau media agar Sabouraud (Sigma-Aldrich) untuk ragi [19,36,37].
Tiga sumur berdiameter 1 cm dipotong pada koloni organisme yang diuji menggunakan penggerek gabus steril dan
diisi dengan 40 µL ekstrak bakteri endofit. Sumur kontrol negatif diisi dengan 40 µL ekstrak kontrol. Pelat disimpan
pada 4 ÿC selama 4 jam untuk memungkinkan difusi senyawa antimikroba, dan kemudian diinkubasi pada 35 ± 2 ÿC
untuk bakteri dan 28 ± 2 ÿC untuk C. albicans selama 24 jam [38,39]. Zona hambat di sekitar sumur diukur untuk
menilai aktivitas antimikroba dari ekstrak bakteri.
Semua tes aktivitas antimikroba dilakukan dalam rangkap tiga.

2.6. Skrining untuk In Vitro Plant Growth Promotion (PGP) Sifat

2.6.1. Pelarutan Fosfat

Isolat endofit bakteri disaring untuk P-solubilisasi sebagai berikut.

ÿ1 ÿ1 ÿ1
Media Pikovskaya (glukosa 10 g L ; Ca3(PO4) 2,5 g L ; (NH4)2SO4 0,5 g L-1 ; NaCl 0,2 g L ÿ1 ;
ÿ1 ÿ1 ÿ1 ÿ1
MgSO4 7H2O 0,1 g L- 1 ; KCl 0,2 g L ; FeSO4 7H2O 0,002 g L- ; ekstrak ragi 0,5 g L ; MnSO4 · 2H2O
ÿ1 ÿ1
Indikator ; agar-agar 15 g L ; dan 1 L dis. H2O) disiapkan dan bromophenol blue ditambahkan sebagai
0,002 g·L . Media diinokulasi dengan isolat endofit dan diinkubasi selama 48 jam. Media Pikovskaya tanpa
pertumbuhan bakteri digunakan sebagai kontrol. Pembentukan zona bening di sekitar koloni, karena pemanfaatan
trikalsium fosfat, diukur untuk menilai kemampuan endofit untuk melarutkan fosfat [40].

2.6.2. Produksi Amonia

Kemampuan strain bakteri endofit yang diisolasi untuk menghasilkan NH3 dinilai setelah tumbuh ; dan 1
ÿ1 ÿ1
strain bakteri dalam air pepton (pepton 10 g L 35 ± 2 ÿC. Air ; NaCl 5 g L L dis. H2O) selama 72 jam pada
pepton tanpa inokulasi bakteri digunakan sebagai kontrol. Penambahan 1 mL reagen Nessler dalam media cair
pepton digunakan untuk menilai produksi amonia. A perubahan warna menjadi kuning pucat menunjukkan produksi
amoniak yang minimal sedangkan warna kuning tua hingga kecoklatan menunjukkan produksi amoniak yang
maksimal [41].

2.7. Skrining Kuantitatif untuk Produksi Indole-3-acetic acid (IAA).

Kemampuan bakteri endofit untuk menghasilkan IAA ditentukan dalam kaldu nutrisi pada suhu 35 ± 2
°C selama 24 jam. Satu mililiter dari setiap suspensi bakteri ditambahkan ke dalam 20 mL medium kaldu
nutrisi yang mengandung 0, 1, 2, atau 5 mg·mLÿ1 triptofan, dan diinkubasi selama 14 hari. Kontrol terdiri dari
media kaldu nutrisi yang mengandung 0, 1, 2, atau 5 mg·mLÿ1 triptofan tetapi tanpa inokulasi bakteri.
Lima mililiter dari setiap biakan dikumpulkan dari kaldu inkubasi setelah 14 hari dan disentrifugasi pada 6000 rpm
selama 30 menit. Satu mililiter supernatan dicampur dengan 1 tetes asam ortofosfat dan 2 mL reagen Salkowski (300
mL asam sulfat pekat, 500 mL air suling, dan 15 mL 0,5 M FeCl3). Pengembangan warna pink menunjukkan produksi
IAA. Kepadatan optik pada 530 nm diukur menggunakan spektrofotometer (spektrofotometer Jenway 6305 UV, 230 V/
50 Hz, Staffordshire, UK), dan jumlah IAA yang dihasilkan diperkirakan menggunakan kurva standar untuk IAA asli [42].

Lima isolat dipilih berdasarkan kemampuannya dalam menghasilkan IAA untuk dianalisis lebih lanjut. Jumlah
yang sama dari setiap inokulum ditambahkan ke media kaldu nutrisi yang mengandung 5 mg mLÿ1 triptofan dan diinkubasi
Machine Translated by Google

Agronomi 2020, 10, 1325 6 dari 18

selama 14 hari pada suhu 35 ± 2 °C. Konsentrasi IAA ditentukan pada interval 2 hari hingga hari ke-14
setelah inokulasi. Sampel disentrifugasi pada 6000 rpm selama 30 menit dan produksi IAA ditentukan
seperti yang disebutkan di atas. Semua tes produksi IAA dilakukan dalam rangkap tiga.

2.8. Pengaruh Isolat Bakteri Terhadap Pertumbuhan Zea mays L

2.8.1. Desain eksperimental

Percobaan pot dilakukan dalam rancangan acak lengkap dengan lima ulangan dari setiap perlakuan.
Tanaman diinokulasi dengan salah satu dari lima isolat bakteri individu (Brevibacillus spp. Af.13, dan
Af.14, Bacillus spp. Fm.3, Fm.4, dan Fm.6) atau dengan konsorsium bakteri yang dibentuk dari jumlah
yang sama lima isolat bakteri. Perlakuan kontrol terdiri dari tanaman yang tidak diinokulasi.

2.8.2. Kondisi Budaya

Tanah lempung dikumpulkan dari ladang pertanian di kegubernuran El-Menoufia. Sifat fisik dan kimia tanah
ditunjukkan pada Tabel 1. Tanah dikeringkan dengan udara, diayak dengan saringan berukuran 2 mm, dicampur
dengan pasir kuarsa dengan perbandingan tanah:pasir 3:1 dan diautoklaf dua kali selama satu jam pada suhu
121 ÿ C. Lima isolat bakteri penghasil IAA yang paling kuat (seperti yang tercantum di atas) diinokulasi dalam
kaldu nutrisi dan diinkubasi pada 35 ± 2 ÿC selama 24 jam pada shaker (LABOAO, LH-2102C, Zhingzhou, China)
pada 180 rpm. Benih jagung (Zea mays, Kultivar Giza 9) disterilkan permukaannya dengan cara direndam dalam
natrium hipoklorit 2,5% selama 3 menit kemudian dicuci 5 kali dengan akuades steril. Enam kelompok benih yang
sudah berkecambah secara terpisah diinkubasi dalam 50 mL alikuot dari media kultur yang masing-masing
diinokulasi dengan salah satu dari lima strain bakteri atau dengan konsorsium bakteri, dan diinkubasi pada suhu
kamar selama 4 jam di atas pengocok pada 180 rpm. Setelah inkubasi, benih yang telah direndam ditabur dalam
pot plastik 1 L yang diisi dengan 900 g campuran tanah-pasir yang telah disterilkan. Setiap pot menerima tiga benih berkecambah.
Tanaman ditanam di rumah kaca dengan suhu 25–30 °C dan diairi dengan air ledeng sesuai
kebutuhan tanpa pemupukan.

Tabel 1. Sifat fisik dan kimia tanah yang digunakan dalam percobaan rumah kaca.

Parameter Analisis Tanah

Tekstur Tanah Pasir Lempung

Karakter fisik (%)

Pasir 76.8
Lanau 10.9
Tanah liat
12.2
Karakter kimia (mg kgÿ1 )
P 24
K 14.075
Na 186.44
Ca 27,25
Kl 134,35

2.9. Analisis Jaringan Tumbuhan

Setelah 30 hari, tanaman dipanen, pucuk dan sistem akar dipisahkan, dan akar dicuci dengan hati-hati
dengan air ledeng untuk menghilangkan partikel tanah yang menempel. Berat kering pucuk dan akar diukur
setelah dikeringkan selama 48 jam pada suhu 60 ÿC. Kandungan fosfor, nitrogen, dan kalium ditentukan menurut
metode yang dijelaskan oleh AOAC internasional [43] dan Rice et al. [44].

2.10. Analisis statistik

Data dianalisis secara statistik menggunakan SPSS v17 (SPSS Inc., Chicago, IL, USA). Ketika
normalitas dan homogenitas hipotesis varians terpenuhi, analisis varians satu arah (ANOVA) adalah
Machine Translated by Google

Agronomi 2020, 10, 1325 7 dari 18

digunakan untuk membandingkan isolat bakteri untuk produksi enzim ekstraseluler, aktivitas antimikroba,
produksi IAA dan amonia, kemampuan pelarutan P, dan pengaruh endofit tersebut terhadap kinerja
pertumbuhan jagung. Perbandingan multipel posteriori dilakukan dengan menggunakan uji rentang Tukey
pada p <0,05. Semua hasil adalah rata-rata dari tiga sampai lima ulangan independen, sebagaimana ditentukan di atas.

3. Hasil

Tiga belas strain bakteri endofit diisolasi dari daun kedua tanaman obat tersebut (Tabel 2). Sembilan
strain diisolasi dari tanaman F. mollis dan diidentifikasi sebagai Bacillus spp. (delapan strain), dan Paenibacillus
sp. (satu strain), sedangkan empat strain bakteri diisolasi dari tanaman A. fragranceissima dan diidentifikasi
sebagai Paenibacillus sp. (satu galur) dan Brevibacillus sp. (tiga strain). Urutan gen 16S rRNA dari strain Fm.2
hingga Fm.9 menunjukkan kesamaan urutan 96-99% dengan urutan Bacillus amyloliquefaciens, Bacillus
thuringiensis, dan Bacillus cereus (Gambar 2 dan Tabel 2). Urutan gen 16S rRNA dari strain Fm.1 dan Af.12
menunjukkan 99% kesamaan urutan dengan Paenibacillus barengoltzii. Isolat Af.13 hingga Af.15 menunjukkan
kesamaan urutan 16S rRNA antara 93 dan 99% dengan Brevibacillus agri.

Semua endofit bakteri yang diisolasi dari F. mollis positif untuk amilase, pektinase, karboksimetil selulase,
selulosa, xilanase, dan gelatinase, sedangkan yang diisolasi dari A. fragranceissima hanya menunjukkan
aktivitas satu hingga empat enzim (Tabel 3). Aktivitas selulase dan karboksimetil selulase tertinggi diamati
dengan Bacillus sp. Fm.5 (masing-masing 22,0 ± 1,1 dan 21,3 ± 1,2 mm), sedangkan Bacillus sp.
Fm.2 menunjukkan aktivitas enzim pektinase, xilanase, dan gelatinase tertinggi dengan zona bening
masing- masing 17,6 ± 0,6, 19,6 ± 0,3, dan 22,0 ± 0,5 mm. Aktivitas gelatinase tertinggi (22,3 ± 1,4
mm) diukur untuk Bacillus sp. Fm.3.
Aktivitas antimikroba dari bakteri endofit terhadap strain bakteri dan ragi patogen terpilih diberikan pada
Tabel 4. Ekstrak kasar Brevibacillus sp. Af.13 menekan pertumbuhan lima mikroorganisme patogen yang diuji,
sedangkan Bacillus sp. Fm.8 menghambat pertumbuhan P. aeruginosa, S. typhi, dan E. coli. Strain endofit
Bacillus sp. Fm.2 dan Brevibacillus sp. Af.13 adalah satu-satunya endofit yang ekstrak kasarnya menunjukkan
efek penghambatan terhadap ragi patogen C. albicans ATCC 10231 dengan zona bening masing-masing 15
dan 18 mm. Sementara filtrat yang diekstraksi dari semua galur menunjukkan beberapa penghambatan P.
aeruginosa ATCC 9027, penghambatan pertumbuhan tertinggi tercatat dari galur Fm.6, Fm.7, Fm.8, Fm.9,
dan Af.14 dengan zona penghambatan berkisar antara 15 hingga 30 mm.

Tabel 2 Identifikasi urutan 16S rRNA strain bakteri endofit dari dua tanaman obat yang berbeda.

Barisan Homolog Aksesi NCBI

Spesies Tumbuhan Kode Strain Bakteri
(Identitas Urutan %) Angka

FM.1 Paenibacillus barengoltzii (99%) NR_042756

FM.2 Bacillus amyloliquefaciens (98%) NR_117946
FM.3 Bacillus thuringiensis (97%) NR_043403
Fm.4 Bacillus cereus (98%) NR_115526
Fagonia mollis FM.5 Bacillus cereus (99%) NR_115526
FM.6 Bacillus thuringiensis (98%) NR_114581
FM.7 Bacillus amyloliquefaciens (97%) NR_117946
Fm.8 Bacillus cereus (97%) NR_115526
Fm.9 Bacillus cereus (96%) NR_115526
Af.12 Paenibacillus barengoltzii (99%) NR_113988
Af.13 Brevibacillus agri (95%) NR_113767
Achillea fragranceissima
Af.14 Brevibacillus agri (93%) NR_113767
AF.15 Brevibacillus agri (99%) NR_113767
Machine Translated by Google

Agronomi 2020, 10, 1325 8 dari 18

Agronomi 2020, 10, x UNTUK PEER REVIEW 8 dari 18

Gambar 2. Analisis filogenetik urutan 16S rRNA strain bakteri dengan urutan referensi Gambar 2. Analisis filogenetik urutan 16S
rRNA strain bakteri dengan urutan referensi dari NCBI. Fm.1–Fm.9 mengacu pada urutan 16S rRNA bakteri yang diisolasi dari
tanaman
merupakan Fagonia
mollis , sedangkanmollis,
sekuens dari dari
isolatNCBI.
Af.13–Af.15 Fm.1-Fm.9
Achillea
merupakan mengacu
fragranceissima.
sekuen padaAchillea
dari isolat sekuen
Identitas 16S rRNA bakteri
isolatfragranceissima.
dapat dilihat pada yang
Tabeldiisolasi
Identitas 2.
bakteridari
Analisis tanamanAf.13-Af.15
sedangkan
dilakukan Fagonia
pada MEGA
6 dengan menggunakan metode neighbor-joining. Isolat bakteri tersedia pada Tabel 2. Analisis dilakukan pada MEGA 6 dengan

menggunakan metode neighbor-joining.

8
Machine Translated by Google

Agronomi 2020, 10, 1325 9 dari 18

Tabel 3. Aktivitas enzimatik ekstraseluler endofit bakteri.

2
Bakteri Diameter Zona Bening (mm)
Satu

strain 3
Amilase Pektinase CMCase Selulase Xilanase Gelatinase

d e d
C d 0 0 0 f0 f
A A
FM.1 0 17,6 ± 1,2 b 16,3 ± 0,3 b 18,6 ± 0,6 b 20,0 ± 1,7 b 17.0 ± 1.0 0 21,0 ± 0,5
FM.2 a 17,3 ± 0,8 a 17,6 ± 0,6 a 20,6 ± 0,6 c 18,6 ± 0,8 a 19,6 ± 0,3 a 22,0 ± 0,5
A A C A
FM.3 17,0±1,5 17,0 ± 0,5 b 18.0 ± 1.0 18,6±1,2 b 16.0 ± 00.0 22,3 ± 1,4
Fm.4 a 17,6 ± 0,8 a 17,0 ± 0,5 b 19,0 ± 0,5 b 19,6 ± 1,7 c 14,6 ± 0,3 b 20,6 ± 0,6
A A A A A
FM.5 17,6 ± 0,8 b 16,3 ± 0,8 21,3 ± 1,2 22,0 ± 1,1 18,6 ± 0,3 21,6 ± 0,8
FM.6 a 17,0 ± 1,1 c 15,6 ± 0,3 b 18,3 ± 0,8 16,3 ± 0,3d 16,3 ± 0,8b d 17.0 ± 1.5
A A C C e
FM.7 17,3 ± 0,6 17,0 ± 0,5 15,6 ± 0,8 d 16,6 ± 1,2 14,3 ± 0,6 15,0±1,5
Fm.8 a 17,6 ± 0,6 c 14,6 ± 0,3 b 18,0 ± 1,15 b c 18,3 ± 0,3 c 14,3 ± 0,6 c 18.3 ± 1.6
b C C e C
FM.9 15,3 ± 1,7 15,6 ± 0,3 18,6 ± 0,3 17,6 ± 0,8 9.0 ± 1.1 18,0±1,5
d
Af.12 c 9,3 ± 0,3 0 b 19,3 ± 0,3 b 20,6 ± 0,6 d 13,6 ± f0
d e C
AF.13 d0 0 0 d0 0,3 f 0 19,0±1,5
d d
AF.14 0 d 14,0 ± 0,2 e0 0 f0 f0
d A
17,33 ± 1,76 C
AF.15 0 17,6 ± 0,3 d 11.0 ± 1.0 f0 b 20,3 ± 2,3
2
C: kontrol tanpa inokulasi bakteri. Identitas isolat bakteri tersedia pada Tabel 2. Huruf yang
Satu

berbeda antar baris menunjukkan bahwa nilai rata-rata berbeda secara signifikan (p ÿ 0,05) dengan uji Tukey, berarti ± Standard
3
Error (SE) (n = 3).
karboksimetil selulase.

Tabel 4. Aktivitas antimikroba bakteri endofit.

Diameter Zona Bening (mm)

Satu

Strain Bakteri
P.aeruginosa S. typhi E.coli S.aureus B.subtilis C.albicans

C ÿ ÿ ÿ ÿ ÿ ÿ

FM.1 17 ÿ ÿ ÿ ÿ ÿ

FM.2 15 ÿ ÿ ÿ ÿ

15
FM.3 15 ÿ ÿ ÿ ÿ ÿ

Fm.4 15 ÿ ÿ ÿ ÿ ÿ

FM.5 17 ÿ ÿ ÿ ÿ ÿ

Fm.6 20 ÿ ÿ ÿ ÿ ÿ

Fm.7 22 ÿ

18 ÿ ÿ ÿ

Fm.8 30 15 18 ÿ ÿ ÿ

FM.9 25 ÿ

20 ÿ ÿ ÿ

Af.12 15 ÿ ÿ ÿ ÿ ÿ

Af.13 15 11 11 ÿ

17 18
Af.14 20 ÿ ÿ ÿ ÿ ÿ

Af.15 15 ÿ ÿ ÿ ÿ ÿ

Satu

C: kontrol tanpa inokulasi bakteri. Identitas isolat bakteri tersedia pada Tabel 2.

Semua endofit diidentifikasi sebagai Brevibacillus sp. Jumlah amoniak yang dihasilkan paling tinggi
dibandingkan dengan Bacillus spp. strain (Tabel 5). Selain itu, sembilan endofit (Fm.2 hingga Fm.9 dan Af.12)
menunjukkan kemampuan yang signifikan untuk melarutkan fosfat anorganik dengan zona bening pada media
Pikovskaya mulai dari 7,6 ± 0,3 hingga 9,6 ± 0,3 mm. Hasil menunjukkan bahwa semua galur yang diisolasi
merupakan penghasil IAA, dengan atau tanpa triptofan (Gambar 3). Namun, peningkatan konsentrasi triptofan dari
1 menjadi 5 mg mLÿ1 menghasilkan peningkatan kemampuan bakteri untuk menghasilkan IAA dari 10 menjadi 60 µg mLÿ1 . Strain Brevi
Af.14, Af.13, Bacillus sp. Fm.6, Bacillus sp. Fm.4, dan Bacillus sp. Fm.3 menghasilkan jumlah IAA
tertinggi, dan dipilih untuk analisis lebih lanjut untuk mengukur produksi IAA pada interval 2 hari dalam
perjalanan waktu selama 14 hari. Hasilnya menunjukkan bahwa produksi IAA maksimum dengan triptofan
adalah 5 mg mLÿ1 setelah 10 hari. Hasil penelitian menunjukkan bahwa Brevibacillus sp. Af.14
menghasilkan jumlah IAA tertinggi 59,7 µg mLÿ1 (p ÿ 0,05; Gambar 4).
Machine Translated by Google

Agronomi 2020, 10, 1325 10 dari 18

Tabel 5. Produksi Amoniak dan Pelarutan Fosfat Strain Bakteri Endofit

2 kelarutan P
Strain Bakteri Satu

Produksi Amonia 3
Diameter Zona Bening (mm)
Agronomi 2020, 10, x UNTUK PEER REVIEW 10 dari 18
- d
C 0
d
FM.1 diidentifikasi sebagai Brevibacillus sp. Jumlah amoniak
Semua endofit 0 yang dihasilkan paling tinggi
ÿ

FM.2 + b 8,6 ± 0,3

dibandingkan dengan Bacillus spp. strain (Tabel 5). Selain itu, sembilan endofit (Fm.2 hingga Fm.9 dan Af.12)
FM.3 ++ a 9,0 ± 0
menunjukkan kemampuan
Fm.4
yang signifikan-untuk melarutkan fosfat anorganik dengan zona bening pada media
c 7,6 ± 0,3
Pikovskaya mulai
FM.5dari 7,6 ± 0,3 hingga 9,6
++± 0,3 mm. Hasil menunjukkan
9,6 ±bahwa
0,3 A semua galur yang diisolasi
merupakan penghasil
FM.6 IAA, dengan atau tanpa
+ triptofan (Gambar 3). Namun,
b 8,6 ± peningkatan konsentrasi triptofan
0,3
dari 1 menjadi FM.7 +
5 mg mLÿ1 menghasilkan peningkatan b 8,3 untuk
kemampuan bakteri ± memproduksi IAA dari 10 menjadi 60 µg mLÿ
Fm.8 - 0,3 9,3 ± A
Strain Brevibacillus spp. Af.14, Af.13, Bacillus sp. Fm.6, Bacillus sp. Fm.4, dan Bacillus
A
sp. Fm.3 menghasilkan
Fm.9 ++ 0,3 9,3 ± 0,3
jumlah IAA tertinggi,
Af.12
dan dipilih untuk analisis
++
lebih lanjut untuk mengukur produksi IAA pada interval 2 hari
a 9,3 ± 0,3
dalam perjalanan waktu selama 14 hari. Hasilnya
AF.13 ++ menunjukkan bahwa produksi
d0 IAA maksimum dengan triptofan
adalah 5 mg mLÿ1 d
AF.14 setelah 10 hari. Hasil penelitian
++ menunjukkan bahwa Brevibacillus
0 sp. Af.14 menghasilkan
++ Gambar 4). d
AF.15 59,7 µg mLÿ1 (p ÿ 0,05;
jumlah IAA tertinggi 0
2
Satu

C: kontrol tanpa inokulasi bakteri. Identitas isolat bakteri tersedia pada Tabel 2. -, +, dan ++ 3
amonia tidak ada, rendah, dan tinggi. nilai berbeda nyata (p ÿ 0,05) dengan Huruf yang berbeda antar kolom menunjukkan rata-rata produksi
uji Tukey, berarti ± SE (n = 3).

70

kesepakatan IAA tanpa trip.

kesepakatan IAA pada 1 mg/mL trip. AA
60
kesepakatan IAA pada 2 mg/mL trip.
kesepakatan IAA pada 5 mg/mL trip. A

50 B

A A
A
40 A
AA bb
A
A A
Konsentrasi
mL)
(µg/
IAA A B

B
B B
B B C
30
A
A
B
C C B B C
bb b
cc cc
C cc cc
20 cc
D C cc
CD
D
10 A
A
bb

0
C Fm.1 Fm.2 Fm.3 Fm.4 Fm.5 Fm.6 Fm.7 Fm.8 Fm.9 Af.12 Af.13 Af.14 Af.15

isolat bakteri endofit

Gambar 3. Produksi kuantitatif IAA oleh strain bakteri endofit dengan dan tanpa triptofan.
C, kontrol tanpa inokulasi bakteri. Identitas isolat bakteri tersedia pada Tabel 2.
Gambar
Data berbeda secara3.statistik
Produksipada pkuantitatif IAA
ÿ 0,05 dengan uji oleh
Tukey,strain
(n = 3);bakteri endofitberarti
bilah kesalahan dengan± SE. dan tanpa
Batang dengantriptofan.
huruf C,
kontrol
yang sama untuk tanpa inokulasi
setiap isolat bakteri.
endofit tidak Identitas
berbeda isolat bakteri
nyata, perbedaan tersedia
huruf pada pada Tabel
batang menunjukkan 2. Data
bahwa secara
nilai rata-rata
berbedastatistik
nyata padaberbeda
taraf nyatapada p ÿ 0,05
(P ÿ 0,05), batangdengan uji rata-rata
galat adalah Tukey,±(n SE.= 3); bilah kesalahan berarti ± SE.
Batang dengan huruf yang sama untuk setiap isolat endofit tidak berbeda nyata,
huruf berbeda
berbeda
dengan
tanaman
pucuk
diinokulasi
nyata pada
rata-rata
kontrol,
kering
pada Pada
bakteri
±tetapi
(F6,28
SE.
taraf percobaan
tanaman
perbedaannya
endofit
=
nyata
11,09 dan rumah
menghasilkan
(P
kontrol
ÿ 0,05),
10,33
tidak
yangkaca,
bar
nyata semua
yang=tanaman
masing-masing;
batang
berat
tidak
galat
(F6,28
diinokulasi
kering
secara akar p =jagung
menunjukkan
1,51;
signifikan
p(Tabel
ÿlebih
0,001)
tinggi
0,21).
6).
lebih yang
dibandingkan
Tanaman
nilai
dibandingkan
tinggi
rata-rata
bobot
yang
 bobot pucuk kering yang jauh lebih tinggi (F6,28 = 11,09 dan 10,33 berturut-turut; p ÿ 0,001) dibandingkan
Machine Translated by Google
dengan tanaman kontrol yang tidak diinokulasi (Tabel 6). Tanaman yang diinokulasi bakteri endofit
menghasilkan berat kering akar lebih tinggi dibandingkan tanaman kontrol, tetapi perbedaannya tidak
nyata (F6,28 = 1,51; p = 0,21).
Agronomi 2020, 10, 1325 11 dari 18

70
C
FM.3
60
Fm.4
Fm.6
50 Af.13
Af.14

40
Konsentrasi
mL)
(µg/
IAA

30

20

10

0
2 4 6 8 10 12 14

Waktu (hari)

Gambar 4. Produksi IAA oleh strain bakteri paling kuat dengan adanya triptofan 5 mg mLÿ1 selama lebih dari
14 hari. C, kontrol tanpa inokulasi bakteri. Identitas isolat bakteri tersedia pada Tabel 2. Pada setiap titik
waktu, bar dengan huruf yang sama tidak berbeda secara signifikan pada Gambar 4. Produksi IAA oleh strain
bakteri paling
signifikan darikuat
(p ÿdengan adanyauji
0,05) dengan 5 Tukey,
mg mLÿ1
(n tingkat
= 3). triptofan dan lebih dari 14 hari. C, kontrol tanpa inokulasi
bakteri. Identitas isolat bakteri dapat dilihat pada Tabel 2. Pada setiap titik waktu batang dengan huruf yang
sama tidak berbeda Tabel 6. Pengaruh inokulasi bakteri terhadap sifat pertumbuhan
tanaman jagung. signifikan pada tingkat signifikan (p ÿ 0,05) dengan uji Tukey, (n = 3).
2
Berat Kering (mg) Menembak Konten Nutrisi (mg)
Strain Bakteri Satu

Menembak Akar P N K
C A C C
11
C 82 ± 3,56 252,8 ± 19,5 0,42 ± 0,01 2,2 ± 0,17 b 8,70 ± 0,03
FM.3 110,3 ± 5,5 A
322,64 ± 16,0 A
1,05 ± 0,07 A
3,9 ± 0,19 b 11,35 ± 0,92 A

Fm.4 81,8±4 C
315,8 ± 27,9 A
b 0,72 ± 0,03 c 3,1 ± 0,60b 8,80 ± 0,62 b
A A A
FM.6 103,2 ± 1,8 295,66 ± 30,1 b 0,76 ± b 4,4 ± 11,11 ± 0,31
A A C A
AF.13 108,2 ± 1,05 286,86 ± 19,3 0,02 0,44 ± 0,01 0,18 7,1 ± 0,18 ab 10,57 ±
AF.14 b 90,78 ± 4,55 303,8 ± 27,3 A
0,40 ± 0,02 C
7,2 ± 0,43 A 0,60
ab 9,97 ± 0,13
Mencampur b 95,2 ± 2,8 249,6 ± 19,7 A
0,40 ± 0,01 C
3,4 ± 0,27 bc AB 10,45 ± 0,36

C: kontrol tanpa inokulasi bakteri. Identitas isolat bakteri terdapat pada Tabel 2. Campuran, konsorsium bakteri
Satu

terdiri dari Fm.3, Fm.4, Fm.6, Af.13, dan Af.14. 2 Huruf yang berbeda antar kolom menunjukkan bahwa nilai rata-
rata berbeda secara signifikan (p ÿ 0,05) dengan uji Tukey, berarti ± SE (n = 5).

Inokulasi tanaman jagung dengan Bacillus spp. Fm.3, Fm.4, dan Fm.6 secara signifikan (F6,14 = 49.07; p ÿ
0.001) meningkatkan kandungan pucuk P (masing-masing 1.05 ± 0.07, 0.72 ± 0.03, dan 0.76 ± 0.02 mg)
dibandingkan dengan un- tanaman kontrol yang diinokulasi (0,42 ± 0,01 mg), sedangkan Brevibacillus spp. Af.13,
Af.14, dan konsorsium bakteri yang terbentuk dari campuran kelima isolat tersebut tidak mempengaruhi kandungan
P pucuk dibandingkan tanaman kontrol (Tabel 6). Analisis menunjukkan bahwa inokulasi bakteri meningkatkan
kandungan N pucuk secara signifikan dibandingkan tanaman kontrol (F6,14 = 35,76, p ÿ 0,001; Tabel 6). Tanaman
diinokulasi dengan Bacillus spp. Fm.3, dan Fm.6, Brevibacillus spp. Af.13, dan Af.14 secara signifikan lebih tinggi (p ÿ 0,05)
Kandungan N (kisaran 3,9 ± 0,19 hingga 7,2 ± 0,43 mg) dibandingkan dengan yang diobati dengan strain lain atau tidak diinokulasi.
Strain bakteri Bacillus spp. Fm.3 dan Fm.6 secara signifikan (F6,14 = 4,15; p = 0,013) meningkatkan
kandungan K pucuk (11,35 ± 0,92 dan 11,11 ± 0,31 mg) dibandingkan dengan tanaman kontrol yang tidak
diinokulasi (8,70 ± 0,03 mg).

4. Diskusi
Dalam penelitian ini, 13 galur bakteri endofit diduga diisolasi dari dua tanaman obat yang tumbuh di
bawah kondisi buruk gurun Sinai. Sembilan bakteri endofit diisolasi
Machine Translated by Google

Agronomi 2020, 10, 1325 12 dari 18

dari F. mollis dan diidentifikasi sebagai spesies Bacillus, dan Paenibacillus yang berbeda, dan empat bakteri
endofit diisolasi dari A. fragranceissima dan diidentifikasi sebagai Paenibacillus spp. dan Brevibacillus spp.
(Tabel 2). Aktivitas pemacu pertumbuhan tanaman (PGP) dari strain bakteri ini dikarakterisasi, termasuk
produksi enzim ekstraseluler, aksi antimikroba, produksi IAA dan amonia, dan pelarutan P. Dalam hal yang
sama, Eida et al. [45] melaporkan isolasi kelompok bakteri endosfer dan rizosfer yang terkait dengan empat
tanaman asli gurun Saudi dan membuktikan potensi promosi pertumbuhan tanaman mereka termasuk
pelarutan fosfat dan produksi IAA. Berdasarkan karakteristik PGP, lima strain bakteri endofit dipilih untuk
mengevaluasi pengaruhnya terhadap pertumbuhan dan perkembangan tanaman. Hasil menunjukkan
bahwa endofit terpilih memiliki sifat PGP kunci, dan secara signifikan meningkatkan berat kering jaringan,
dan konsentrasi P dalam pucuk tanaman jagung dibandingkan dengan kontrol yang tidak diinokulasi.
Sesuai dengan hasil kami, Marag dan Suman [42] mengisolasi enam bakteri endofit termasuk Bacillus
cereus dari dua kultivar jagung, dan percobaan pot menunjukkan kemanjuran isolat dalam meningkatkan
parameter biomassa tanaman jagung yang diinokulasi, selain kompensasi sekitar 25 % input pupuk NPK.

Endofit bakteri menunjukkan aktivitas enzimatik yang berbeda yang melibatkan produksi selulase,
pektinase, xilanase, amilase, dan gelatinase [46,47]. Aktivitas selulolitik dan pektinolitik diketahui
memungkinkan mikroorganisme menembus jaringan tanaman dan menjalin hubungan simbiosis dengan
tanaman inangnya. Bacillus spp. galur yang diisolasi dalam penelitian ini menunjukkan aktivitas hidrolitik
yang tinggi untuk selulosa dan pektin, serta aktivitas proteolitik. Demikian pula, strain endofit yang
berbeda dari Bacillus terbukti menjadi produsen selulase dan pektinase yang kuat [48]. Enzim hidrolitik
ekstraseluler yang diproduksi oleh endofit berkontribusi secara tidak langsung untuk promosi pertumbuhan
tanaman dan perlindungan terhadap patogen [49,50]. Endofit dapat digambarkan sebagai bioproduser
untuk amilase dan xilanase berdasarkan aktivitas amilolitik dan xilanolitiknya. Demikian pula, endofit
bakteri yang diisolasi dari tanaman mangrove memiliki aktivitas yang terkait dengan amilase [50]. Aktivitas
enzimatik yang beragam dari endofit yang diisolasi menunjukkan kemampuannya untuk mengkatalisasi
reaksi biokimia yang berbeda dan potensinya untuk aplikasi pertanian dan industri. Demikian pula, Castro
et al (2014) mengisolasi Bacillus endofit dari dua spesies bakau Brasil, isolat menunjukkan aktivitas
amilase, esterase, lipase, protease, dan endoglukanase ekstraseluler dan dengan demikian dapat
digunakan dalam aplikasi industri [50]. Selain itu, enzim ini memungkinkan endofit menembus jaringan
tanaman dan membangun hubungan simbiosis dengan tanaman inangnya, selain melindungi inang dari
patogen melalui hidrolisis dinding sel patogen [ 10].
Aktivitas antimikroba dari endofit yang diisolasi dievaluasi berdasarkan penekanan pertumbuhan
mikroba yang disebabkan oleh ekstrak kasar. Estimasi aktivitas antimikroba ekstrak kasar merupakan
langkah awal yang diperlukan untuk penemuan senyawa antimikroba baru. Pemilihan isolat bakteri
sebagai inokulan berdasarkan sifat PGP mereka, dan efek penghambatannya terhadap patogen yang
berbeda, telah mendapat perhatian dan diusulkan sebagai pendekatan untuk meningkatkan pertumbuhan
tanaman dan melindungi tanaman terhadap penyakit [51] . Dalam studi saat ini, endofit yang diisolasi
menunjukkan efek antagonis yang signifikan terhadap mikroorganisme patogen yang berbeda. Bakteri
endofit secara tidak langsung dapat membantu pertumbuhan tanaman melalui produksi zat-zat yang
menghambat patogen tanaman [52,53]. Endofit yang diisolasi dari tanaman obat lain juga menghasilkan
senyawa bioaktif baru [49,54]. Hassan [10] mengisolasi enam bakteri endofit termasuk Bacillus cereus
dan Bacillus subtilis dari tanaman obat gurun asli Teucrium porium L., isolat tersebut memanifestasikan
aktivitas spektrum luas variabel terhadap Pseudomonas aeruginosa, Salmonella typhimurium, Escherichia
coli, Staphylococcus aureus, Bacillus subtilis, dan kandida albikan. Sejalan dengan itu, menyarankan
aplikasi mereka sebagai agen biokontrol [10].
Matahari dkk. [55] menunjukkan bahwa 10 strain bakteri endofit Bacillus dan Streptomyces diisolasi
dari Polygonum cuspidatum menunjukkan efek antagonis terhadap patogen tanaman yang berbeda.
Isolat Bacillus licheniformis dan Bacillus pumilus endofit dari akar Platycodon grandiflorum juga menunjukkan
tindakan antijamur yang signifikan terhadap Phytophthora capsici, Fusarium oxysporum, Rhizoctonia
solanic, dan Pythium ultimum. Strain bakteri endofit Paenibacillus sp. IIRAC-30 adalah
Machine Translated by Google

Agronomi 2020, 10, 1325 13 dari 18

diisolasi dari singkong dan menekan pertumbuhan Rhizoctonia solani [56]. Bacillus amyloliquefaciens diisolasi dari
tanaman obat Cina Scutellaria baicalensis Georgi. Ekstrak kasar dari galur ini menunjukkan efek antagonistik
terhadap beberapa patogen tanaman, mikroorganisme patogen yang terbawa makanan dan pembusuk [53].

Sifat PGP bakteri telah diteliti untuk menyeleksi bakteri yang berpotensi tinggi untuk digunakan sebagai pupuk
hayati. Tes ini sangat penting mengingat fakta bahwa mereka mengidentifikasi bakteri dengan manfaat lebih tinggi
untuk tanaman sebelum mengujinya di lapangan [57]. Produksi amonia dan IAA, serta pelarutan P, adalah beberapa
mekanisme yang ditunjukkan oleh bakteri yang meningkatkan pertumbuhan tanaman [58].
Di sini, sebagian besar isolat bakteri endofit mampu menghasilkan jumlah amonia yang berbeda. Sering dijumpai
bahwa bakteri penghasil amonia dapat menyuplai amonia sebagai sumber nitrogen bagi pertumbuhan tanaman
[59]. Bakteri endofit dapat meningkatkan pertumbuhan tanaman melalui produksi amonia melalui hidrolisis urea
menjadi amonia dan karbon dioksida [60]. Sehubungan dengan P-pelarutan, sebagian besar endofit terisolasi
menunjukkan kapasitas variabel untuk melarutkan fosfat. Rodrigues dkk. [61] menemukan bahwa sekitar 47%
bakteri endofit yang diisolasi dari tebu memiliki indeks P-pelarut yang rendah.
Pada tanah dengan suplai fosfat rendah, inokulasi bakteri endofit pelarut P menyebabkan peningkatan kinerja
pertumbuhan celana.
Indole-3-acetic acid (IAA) adalah fitohormon yang dapat diproduksi oleh tumbuhan dan berbagai
mikroorganisme. Hormon ini tidak hanya meningkatkan pertumbuhan tanaman tetapi juga berkontribusi
dalam interaksi antara tanaman dan mikroorganisme [62]. Dalam penelitian ini, semua strain bakteri
endofit memiliki kemampuan untuk menghasilkan IAA tanpa kehadiran triptofan, prekursor untuk produksi IAA.
Meskipun sebagian besar mikroorganisme memanfaatkan triptofan dalam sintesis IAA [63,64], keuntungan bakteri
endofit adalah dapat menghasilkan IAA tanpa suplementasi triptofan. Rodrigues dkk. [61] menunjukkan bahwa 57%
bakteri endofit mengeluarkan konsentrasi IAA yang tinggi sebesar 21,05–139,21 µg mLÿ1 dalam 72 jam dengan
adanya triptofan 5 mM. Strain bakteri endofit terbukti menghasilkan konsentrasi IAA yang lebih tinggi daripada strain
rizosfer, menunjukkan hubungan yang lebih dekat, dan simbiosis potensial, antara endofit dan inangnya [12].
Dengan demikian, dalam penelitian ini, kapasitas yang lebih tinggi untuk menghasilkan IAA digunakan untuk memilih
lima galur bakteri untuk menentukan pengaruhnya terhadap kinerja pertumbuhan jagung.
Bokhari dkk. [65] mengisolasi Bacillus circulans PK3-138 dari tanaman yang ditanam di gurun Pakistan, melaporkan
potensi isolat ini untuk produksi IAA. Demikian pula, empat bakteri endofit (Sphingomonas sp., Bacillus sp., Pantoea
sp., dan Enterobacterc sp.) yang diisolasi dari akar rumput gajah menunjukkan sifat PGP yang berharga termasuk
produksi IAA pada kisaran 10,50–759,19 mg/L, dan amonia. kapasitas produksi . Jadi, inokulan ini dapat digunakan
untuk meningkatkan hasil panen secara berkelanjutan [58].
Kami menemukan bahwa tanaman yang diinokulasi menghasilkan lebih banyak biomassa daripada tanaman yang
tidak diinokulasi. Interaksi tanaman-mikroba diketahui mempengaruhi transfer nutrisi antara mikroorganisme dan tanaman [66].
Oleh karena itu, dimungkinkan bahwa produksi biomassa tanaman bervariasi dengan kumpulan taksa mikroba yang
berbeda di akar karena berbagai kemampuannya untuk memasok nutrisi ke inangnya. Hasil penelitian menunjukkan
bahwa konsentrasi P pucuk meningkat secara nyata pada tanaman yang diinokulasi dengan Fm.3, Fm.4, dan Fm.6
dibandingkan dengan tanaman yang tidak diinokulasi. Bakteri pelarut P membantu tanaman untuk mengakses
bentuk fosfat yang tidak larut, seperti apatit, melalui ekskresi proton dan asam organik, terutama asam glukonat,
menjadikan fosfat tersedia bagi tanaman untuk diserap [11,67]. Bakteri ini juga dapat menghasilkan enzim yang
memineralisasi fosfor organik, yang juga membuatnya tersedia untuk tanaman [67]. Kapasitas mikroorganisme
untuk menyerap unsur hara tak bergerak seperti P dari tanah dan memindahkannya ke tanaman inangnya
merupakan salah satu efek utama dari simbiosis mikroba; Namun, kapasitas mikroba untuk transfer nutrisi bervariasi
dengan mikroorganisme yang berbeda [68]. Pada dasarnya, akar tanaman dapat dikolonisasi secara bersamaan
oleh beberapa mikroorganisme, yang dapat memberikan manfaat positif atau negatif bagi tanaman inangnya [69,70].
Yang penting, tidak hanya spesies Bacillus dan Brevibacillus endofit yang terisolasi menunjukkan tingkat
produksi IAA dan amonia tertinggi, tetapi mereka juga memiliki berbagai sifat pemacu pertumbuhan tanaman .
Bakteri yang diisolasi dan dikarakterisasi dalam penelitian ini adalah kandidat potensial untuk bioinokulasi tanaman
dalam praktik pertanian, khususnya bakteri yang menghambat patogen dan menyimpan tingkat produksi IAA dan
serapan nutrisi tertinggi.
Machine Translated by Google

Agronomi 2020, 10, 1325 14 dari 18

5. Kesimpulan

Sangat sedikit isolat yang diperoleh di sini untuk mengklaim bahwa, bakteri endofit yang menghuni dua
tanaman obat yang dipelajari, F mollis dan A. fragranceissima, sebagian besar milik Bacillus dan Brevibacillus spp.
Karakterisasi endofit bakteri termasuk aktivitas enzimatik ekstraseluler, aksi antimikroba, aktivitas pelarutan P,
amonia, dan produksi IAA dilakukan dalam hal kemampuan mempromosikan pertumbuhan tanaman secara in-
vitro dan pada tanaman. Lima strain bakteri teridentifikasi sebagai Brevibacillus agri Af.13, dan Af.14, Bacillus
sp. Fm3, Bacillus sp. Fm.4, dan Bacillus sp. Fm.6 dipilih dan diinokulasikan ke dalam tanaman jagung untuk
meningkatkan kinerja pertumbuhannya dalam kondisi normal. Isolat bakteri endofit tersebut secara nyata
mendorong pertumbuhan tanaman dan meningkatkan kandungan P dan N pucuk tanaman jagung. Namun,
untuk menunjukkan peran menguntungkan dari endofit bakteri ini dalam promosi pertumbuhan tanaman
tanaman inangnya, khususnya dalam kondisi lapangan nyata, diperlukan penyelidikan lebih lanjut tentang
mekanisme kolonisasi dan persaingan mereka terhadap komunitas mikroba tanah lainnya .

Kontribusi Penulis: Konseptualisasi, AF, AME, EE-DE, SE-DH, KAAA, YMH, KAA dan MDFA; metodologi,
AF, AME, EE-DE, SE-DH, KAAA, YMH, KAA dan MDFA; perangkat lunak, AF, AME, FA-O., MH, MS-A.,
EE-DE, SE-DH, KAAA, YMH, KAA dan MDFA; analisis formal, AF, AME, EE-DE, SE-DH, FA-O., MH, MS-
A., KAAA, YMH, KAA, AME dan NK; investigasi, AF, AME, EE-DE, SE-DH, FA-O., MH, MS-A., KAAA, dan
NK; sumber daya, AF, AME, EE-DE, SE-DH, KAAA, YMH; kurasi data, AF, AME, EE-DE, SE-DH, FA-O.,
MH, MS-A., KAAA, YMH dan KAA; penulisan—persiapan draf asli, AF, AME, EE-DE, FA-O., MH, MS-A.,
SE-DH dan KAAA; menulis—review dan editing, AF, AME, EE-DE, SE-DH, KAAA, YMH, KAA, AME, MA
dan NK; visualisasi, AF, AME, EE-DE, SE-DH, KAAA, YMH dan KAA; akuisisi pendanaan, MDFA, KAA,
YM dan KAAA Semua penulis memiliki kontribusi yang sama. Semua penulis telah membaca dan
menyetujui versi naskah yang diterbitkan.

Pendanaan: Penelitian ini didanai oleh Dekanship of Scientific Research di Princess Nourah bint Abdulrahman University melalui Fast-track
Research Funding Program.

Ucapan Terima Kasih: Penulis menyampaikan penghargaan kepada Dekan Riset Ilmiah Universitas Putri Nourah binti Abdulrahman yang
telah mendanai penelitian ini melalui Program Pendanaan Riset Jalur Cepat.
Konflik Kepentingan: Para penulis menyatakan tidak ada konflik kepentingan.

Referensi

1. Matahari, R.; Zhang, X.; Guo, X.; Wang, D.; Chu, H. Keanekaragaman bakteri di tanah yang mengalami pemupukan kimia jangka panjang
dapat dipertahankan lebih stabil dengan penambahan kotoran ternak daripada jerami gandum.
Bio Tanah. Biokimia. 2015, 88, 9–18. [Referensi Silang]
2. Zhou, J.; Jiang, X.; Zhou, B.; Zhao, B.; Bu, M.; Guan, D.; Li, J.; Chen, S.; Cao, F.; Shen, D.; et al. Tiga puluh empat tahun pemupukan
nitrogen menurunkan keanekaragaman jamur dan mengubah komposisi komunitas jamur di tanah hitam di Cina timur laut. Bio Tanah.
Biokimia. 2016, 95, 135–143. [Referensi Silang]
3. Rafi, MM; Krishnaveni, MS; Charyulu, Mikroorganisme Pelarut Fosfat PBBN dan Perannya yang Muncul dalam Pertanian Berkelanjutan. Dalam

Perkembangan Terkini dalam Mikrobiologi Terapan dan Biokimia; Buddolla, V., Ed.; Pers Akademik: Cambridge, MA, AS; Elsevier: Amsterdam, Belanda,

2019; Volume 17, hal. 223–233. [Referensi Silang]

4. De La, T.; Neyser, VR; Clara, IR; Martha, R.; Carlos, A.; Federico, AG; Hector, P.; Reiner, R. Pengaruh bakteri
pemacu pertumbuhan tanaman terhadap pertumbuhan dan produksi fruktan Agave americana L. Brazilian J. Microbiol.
2016, 47, 587–596. [Referensi Silang] [PubMed]
5. Gamez, R.; Cardinale, M.; Montes, M.; Ramirez, S.; Schnell, S.; Rodriguez, F. Skrining, pemacu pertumbuhan tanaman dan pola kolonisasi
akar dua rhizobakteri (Pseudomonas fluorescens Ps006 dan Bacillus amyloliquefaciens Bs006) pada pisang cv. Williams (Musa
acuminata Colla). Mikrobiol. Res. 2019, 220, 12–20.
[Referensi Silang] [PubMed]

6. Abdelaal, KAA; Tawfik, SF Respon Tanaman Gula Bit (Beta vulgaris L.) terhadap Pemupukan Nitrogen Mineral dan Pupuk Hayati. Int. J.Curr.
Mikrobiol. Aplikasi Sains. 2015, 4, 677–688.
7. Abdelaal, KAA Peran Penting Kombinasi Pupuk Bio dan Mineral Terhadap Karakter Morfologi, Anatomi dan Hasil Tanaman Bit Gula (Beta
vulgaris L.). Timur Tengah J. Agric. Res. 2015, 4, 717–734.
Machine Translated by Google

Agronomi 2020, 10, 1325 15 dari 18

8. Abdelaal, KAA; Badawy, SA; Abdel Aziz, RM; Neana, SMM Pengaruh kadar nitrogen mineral dan PGPR terhadap karakter morfologi tiga varietas
sorgum manis (Sorghum bicolor L. Moench).
J. Tanaman Produk. 2015, 6, 189–203. [Referensi Silang]

9. Hasan, SE; Salem, SS; Fouda, A.; Awad, MA; El-Gamal, MS; Abdo, AM Pendekatan baru untuk aktivitas antimikroba dan biokontrol berbagai
patogen dengan biosintesis nanopartikel tembaga menggunakan endofit aktinomisetes. J. Radiasi Res. Aplikasi Sains. 2018, 11, 262–270.
[Referensi Silang]
10. Hassan, SE Kegiatan pemacu pertumbuhan tanaman untuk endofit bakteri dan jamur diisolasi dari tanaman obat Teucrium porium LJ Adv. Res.
2017, 8, 687–695. [Referensi Silang]
11. Naseem, H.; Ahsan, M.; Syahid, MA; Khan, N. Exopolysaccharides memproduksi rizobakteri dan perannya dalam pertumbuhan tanaman dan
toleransi kekeringan. J. Mikrobiol Dasar. 2018, 58, 1009–1022. [Referensi Silang]
12. Taktek, S.; St-Arnaud, M.; Yves Piche, J.; Fortin, A.; Antoun, H. Pelarutan batuan beku fosfat oleh
mikorizobakteri pembentuk biofilm dan hipobakteri yang berasosiasi dengan Rhizoglomus irregulare DAOM 197198.
Mikoriza 2017, 27, 13–22. [Referensi Silang] [PubMed]
13.Abbamondi , GR; Tommonaro, G.; Weyens, N.; Thijs, S.; Sillen, W.; Gkorezis, P.; Iodice, C.; Rangel, M.; Nikolaus, B.; Vangronsveld, J. Efek
pemacu pertumbuhan tanaman dari bakteri rizosfer dan endofit yang terkait dengan kultivar tomat berbeda dan hibrida tomat baru. kimia Biol.
Technol. Pertanian. 2016, 3, 1.
[Referensi Silang]

14. Hafez, YM; Attia, KA; Kamel, S.; Alamery, S.; El-Gendy, S.; Al-Dosse, A.; Mehiar, F.; Ghazy, A.; Abdelaal, KAA Bacillus subtilis sebagai bio-agent
yang dikombinasikan dengan molekul nano dapat mengendalikan penyakit embun tepung melalui perubahan histokimia dan fisiobiokimia pada
tanaman mentimun. Fisik. Mol.
Jalur tanaman. 2020, 111, 101489. [Referensi Silang]
15. Hafez, Y.; Emeran, A.; Esmail, S.; Mazrou, Y.; Abdrabbo, D.; Abdelaal, KAA Perlakuan alternatif meningkatkan karakter fisiologis, hasil dan

toleransi tanaman gandum di bawah cekaman penyakit karat daun.

Lingkungan Fresenius. Banteng. 2020, 29, 4738–4748.

16. St-Arnaud, M.; Vujanovic, V. Pengaruh simbiosis mikoriza arbuskula pada penyakit tanaman dan hama.
Pada Mikoriza pada Produksi Tanaman; Hamel, C., Plenchette, C., Eds.; Haworth Press: Binghampton, NY, AS, 2007; hal. 67–122.

17. Hafez, YM; Abdelaal, KAA; Badr, MM; Esmaeil, RA Pengendalian Puccinia triticina agen penyebab penyakit karat daun gandum menggunakan
safety resistance inducers berkorelasi dengan enzim antioksidan endogen up-regulasi. Mesir J. Biol. Pengendalian Hama 2017, 27, 1–10.

18. Fouda, A.; Abdel-Maksoud, G.; Abdel-Rahman, MA; Idul Fitri, AM; Barghoth, MG; El-Sadany, MA
Memantau efek biosintesis nanopartikel terhadap biodeteriorasi bahan berbasis selulosa oleh Aspergillus niger. Selulosa 2019, 26, 6583–
6597. [Referensi Silang]
19. Fouda, A.; Abdel-Maksoud, G.; Abdel-Rahman, MA; Salem, SS; Hasan, SE; El-Sadany, MA Pendekatan ramah lingkungan memanfaatkan
nanopartikel hijau yang disintesis untuk konservasi kertas terhadap mikroba yang terlibat dalam biodeteriorasi manuskrip arkeologi. Int. Biodet.
Biodegr. 2019, 142, 160–169. [Referensi Silang]
20. Fouda, A.; Hasan, SE; Salem, SS; Shaheen, TI Sifat sitotoksisitas In-Vitro, antibakteri, dan perlindungan UV dari nanopartikel seng oksida
terbiosintesis untuk aplikasi tekstil medis. Mikroba. Patog.
2018, 125, 252–261. [Referensi Silang]

21. Cherif, H.; Marasco, R.; Rolli, E.; Ferjani, R.; Fusi, M.; Soussi, A.; Mapelli, F.; Blilou, saya.; Borin, S.; Boudabous, A.; et al. Pertanian gurun Oasis
memilih komunitas endofit akar kurma yang spesifik lingkungan dan bakteri yang dapat dibudidayakan yang meningkatkan ketahanan terhadap
kekeringan. Mengepung. Mikroba. Reputasi. 2015, 7, 668–678. [Referensi Silang]

22. Khan, N.; Bano, A.; Rahman, MA; Rathinasabapathi, B.; Babar, MA Profiling metabolik tak bertarget berbasis UPLC-HRMS mengungkapkan
perubahan metabolisme buncis (Cicer arietinum) setelah stres kekeringan jangka panjang. Lingkungan Sel Tumbuhan. 2019, 42, 115–132.
[Referensi Silang]

23. Koberl, M.; Müller, H.; Ramadhan, EM; Berg, G. Desert Farming Manfaat dari Potensi Mikroba di Gersang
Tanah dan Mempromosikan Keanekaragaman dan Kesehatan Tanaman. PLoS SATU 2011, 6, e24452. [Referensi Silang] [PubMed]
24. Khan, N.; Bano, A.; Babar, MA Efek stimulasi pertumbuhan tanaman yang mempromosikan rhizobakteria dan zat pengatur tumbuh pada fisiologi
gandum yang tumbuh di tanah berpasir. Lengkungan. Mikrobiol. 2019, 201, 769–785. [Referensi Silang]
[PubMed]

25. Hanna, AL; Youssef, HH; Amer, W.M.; Monib, M.; Fayez, M.; Hegazi, NA Keanekaragaman bakteri bersarang di tanaman penutup gurun Sinai
utara, Mesir. J.Adv. Res. 2013, 4, 13–26. [Referensi Silang] [PubMed]
Machine Translated by Google

Agronomi 2020, 10, 1325 16 dari 18

26. Selim, KA; El-Beih, AA; AbdEl-Rahman, TM; El-Diwany, AI Keanekaragaman hayati dan aktivitas antimikroba dari
endofit yang terkait dengan tanaman obat Mesir. Mycosphere 2011, 2, 669–678. [Referensi Silang]
27. ALKahtani, MDF; Attia, KA; Hafez, YM; Khan, N.; Idul Fitri, AM; Ali, MAM; Abdelal, KAA
Parameter Fluoresensi Klorofil dan Sistem Pertahanan Antioksidan Dapat Menampilkan Toleransi Garam dari Tanaman
Lada Manis Aklimasi Garam yang Diperlakukan dengan Chitosan dan Rhizobakteria Pendorong Pertumbuhan Tanaman.
Agronomi 2020, 10, 1180. [Ref Silang]
28. Kiarie, S.; Nyasani, J.O.; Gohole, LS; Maniania, NK; Subramanian, S. Dampak Kolonisasi Jamur Endofit Jagung (Zea mays L.)
terhadap Induced Resistance to Thrips and Aphid-Transmitted Viruses. Tumbuhan 2020, 9, 416. [Ref Silang]

29. Abd el Fatah, HY; Mohamed, E.A.; Hasan, MB; Mohamed, K. A. Analisis Ekonomi Pasar Jagung di Mesir. Timur Tengah J.
Agric. Res. 2015, 4, 873–878.
30. Berg, G.; Grube, M.; Schloter, M.; Smalla, K. Mengurai microbiome tanaman: Melihat ke belakang dan masa depan
perspektif. Depan. Mikrobiol. 2014, 5, 148. [Referensi Silang]
31. Arora, S.; Patel, PN; Vanza, MJ; Rao, GG Isolasi dan karakterisasi bakteri endofit yang mengkolonisasi halofit dan spesies
tanaman lain yang toleran garam dari pantai Gujarta. Af. J. Mikrob. Res. 2014, 8, 1779–1788.
32. Miller, DN; Bryant, JE; Madsen, EL; Ghiorse, WC Evaluasi dan optimalisasi prosedur ekstraksi dan pemurnian DNA untuk
sampel tanah dan sedimen. Aplikasi Mengepung. Mikrobiol. 1999, 65. [Ref Silang]
33. Jalur, pengurutan DJ 16S/23S rRNA. Dalam Teknik Asam Nukleat dalam Sistematika Bakteri; Stackebrandt, E.,
Goodfellow, M., Eds.; John Wiley & Sons: Chichester, Inggris, 1991.
34. Lv, Y.; Zhang, F.; Chen, J.; Cui, J.; Xing, Y.; Li, X.; Guo, S. Keanekaragaman dan aktivitas antimikroba jamur endofit yang
terkait dengan tanaman alpine Saussurea involucrata. Biol. Farmasi. Banteng. 2010, 33, 1300–1306. [Referensi Silang]
35. Yadav, R.; Chauhan, N.; Chouhan, SEBAGAI; Soni, VK; Omray, L. Skrining antimikroba dari berbagai ekstrak
Kulit batang Aphanmixis polystachya. Int. J.Adv. Farmasi. Sains. 2010, 1, 147–150.
36. Muhammad, AA; Fouda, A.; Abdel-Rahman, MA; Hasan, SE; El-Gamal, MS; Salem, SS; Shaheen, TI
Strain jamur memengaruhi bentuk, bioaktivitas, dan sifat multifungsi dari nanopartikel seng oksida hijau yang disintesis.
Biocat. Pertanian. Biotek. 2019, 19, 101103. [Ref Silang]
37. Syaraf, OM; Al-Gamal, MS; Ibrahim, GA; Dabiza, NM; Salem, SS; El-ssayad, M.F.; Yusuf, AM
Evaluasi dan karakterisasi beberapa metabolit kultur pelindung dalam bentuk bebas dan bermuatan nano-kitosan terhadap
kontaminan umum keju Mesir. Karbohidrat. Polim. 2019, 223, 115094. [Referensi Silang]
[PubMed]
38. Alsyarif, SM; Salem, SS; Abdel-Rahman, MA; Fouda, A.; Idul Fitri, AM; Hasan, SE; Awad, MA; Mohamed, AA Sifat multifungsi
dari nanopartikel perak bulat yang dibuat oleh taksa mikroba yang berbeda. Heliyon 2020, 6, 3943. [Ref Silang]

39. Fouda, A.; Hassan, SE-D.; Abdo, AM; El-Gamal, MS Aktivitas Antimikroba, Antioksidan dan Larvisidal dari Nanopartikel Perak
Bulat yang Disintesis oleh Endophytic Streptomyces spp. Biol. Elemen Jejak Res. 2020, 195, 707–724. [Referensi Silang]

40. Jasim, B.; John, C.; Jyothis, M.; Radhakrishnan, EK Pertumbuhan tanaman yang mendorong potensi bakteri endofit
diisolasi dari Piper nigrum. Peraturan Pertumbuhan Tanaman 2013, 71, 1–11. [Referensi Silang]
41. Singh, P.; Kumar, V.; Agrawal, S. Evaluasi bakteri penghasil fitase untuk pemacu pertumbuhan tanaman
kegiatan. Antar. J. Mikrobiol. 2014, 426483. [Ref Silang]
42. Marag, PS; Suman, A. Tahap pertumbuhan dan kolonisasi spesifik jaringan bakteri endofit yang memiliki sifat pemacu
pertumbuhan tanaman pada jagung hibrida dan komposit (Zea mays L.). Mikrobiol. Rese 2018, 214, 101–113.
[Referensi Silang]

43.AOAC . Metode Analisis Resmi Internasional AOAC International. Dalam Metode Analisis Resmi AOAC International; George,
W., Ed.; Asosiasi Ahli Kimia Analitik Resmi: Rockville, MD, USA, 2016; P. 3172.

44. Beras, EW; Baird, RB; Eaton, Metode Standar AD untuk Pemeriksaan Air dan Air Limbah, edisi ke-23; Asosiasi Kesehatan
Masyarakat Amerika, Asosiasi Pekerjaan Air Amerika: Washington, DC, AS, 2017.
45. Idul Fitri, AA; Ziegler, M.; Lafi, F F; Michell, CT; Voolstra, CR; Hirt, H.; Saad, MM Bakteri tanaman gurun mengungkapkan
pengaruh inang dan sifat pertumbuhan tanaman yang bermanfaat. PLoS SATU 2018, 13, e0208223. [Referensi Silang] [PubMed]
46. Lebaran, AM; Salim, SS; Hasan, SS; Ismail, MA; Fouda, A. Peran Endofit dalam Kesehatan Tanaman dan Manajemen Stres
Abiotik. Dalam Microbiome dalam Kesehatan dan Penyakit Tumbuhan: Tantangan dan Peluang; Kumar, V., Prasad, R.,
Kumar, M., Choudhary, DK, Eds.; Springer: Singapura, 2019; hal. 119–144.
Machine Translated by Google

Agronomi 2020, 10, 1325 17 dari 18

47. Fouda, A.; Hasan, SE; Idul Fitri, AM; Ewais, EE Interaksi Tumbuhan dan Bakteri Endofit Pada Stres Salinitas. Dalam Endofit dan Metabolit
Sekunder; Jha, S., Ed.; Sifat Springer: Cham, Swiss, 2019; hal. 591–607.

48. Choi, YW; Hodgkiss, saya.; Hyde, K. Produksi enzim oleh endofit dari Brucea javanica. J.Agri. Tek. 2005,
1, 55–66.

49. Glick, BR Bakteri pemacu pertumbuhan tanaman: Mekanisme dan aplikasi. Scientifica 2012, 1–15. [Referensi Silang]
[PubMed]
50. Castro, RA; Quecine, MC; Lacava, PT; Batista, BD; Luvizotto, DM; Marcon, J.; Ferreira, A.; Melo, IS; Azevedo, JL Isolasi dan bioprospeksi
enzim bakteri endofit yang berasosiasi dengan tanaman ekosistem bakau Brasil. SpringerPlus 2014, 3, 382. [Referensi Silang] [PubMed]

51. Vurukonda, SSP; Giovanardi, D.; Stefani, E. Pemacu pertumbuhan tanaman dan aktivitas biokontrol Streptomyces spp. sebagai endofit. Antar.
J.Mol. Sains. 2018, 19, 952. [Ref Silang] [PubMed]
52. Chow, YY; Rahman, S.; Ting, ASY Memahami potensi kolonisasi dan proliferasi endofit dan patogen di planta melalui plating, polymerase
chain reaction, dan ergosterol assay. J.Adv. Res. 2017, 8, 13–21. [Referensi Silang]

53. Khan, N.; Zandi, P.; Ali, S.; Mehmood, A.; Adnan Shahid, M.; Yang, J. Dampak asam salisilat dan PGPR terhadap toleransi kekeringan dan
potensi fitoremediasi Helianthus annus. Depan. Mikrobiol. 2018, 9, 2507.
[Referensi Silang]

54. Asraful, I.; Md, S.; Matematika, R.K.; Kim, JM; Yun, MG; Cho, JJ; Kim, EJ; Lee, YH; Yun, HD Pengaruh umur tanaman terhadap keragaman
bakteri endofit akar bunga balon (Platycodon grandiflorum) dan aktivitas antimikrobanya . Kur. Mikrobiol. 2010, 61, 346–356. [Referensi
Silang]

55. Sun, L.; Lu, Z.; Baik, X.; Lu, F.; Yang, S. Isolasi dan karakterisasi co-produser fengycins dan surfactins, Bacillus amyloliquefaciens ES-2
endofit, dari Scutellaria baicalensis Georgi. Dunia J. Mikrobiol. Bioteknologi.
2006, 22, 1259–1266. [Referensi Silang]

56. Canova, SP; Petta, T.; Reyes, LF; Zucchi, T.; Moraes, LA; Melo, I. Karakterisasi lipopeptida dari Paenibacillus sp. (IIRAC30) menekan
Rhizoctonia solani. Dunia J. Mikrobiol. Bioteknologi. 2010, 26, 2241–2247.
[Referensi Silang]

57. Biasolo, G.; Kucmanski, DA; Salamoni, SP; Gardin, JP; Minotto, E.; Baratto, C.M. Isolasi, karakterisasi dan seleksi bakteri pemacu
pertumbuhan tanaman anggur (Vitis sp.). J.Agri. Sains. 2017, 9, 184–194.
[Referensi Silang]

58. Li, X.; Geng, X.; Xie, R.; Fu, L.; Jiang, J.; Gao, L.; Sun, J. Bakteri endofit diisolasi dari rumput gajah (Pennisetum purpureum Schumach)
mendorong pertumbuhan tanaman dan meningkatkan toleransi garam dari Pennisetum hibrida.
Biotek. Biofuel 2016, 9, 190. [Ref Silang] [PubMed]
59. Banik, A.; Dash, GK; Swain, P.; Kumar, U.; Mukhopadhyay, SK; Dangar, TK Aplikasi beras (Oryza sativa L.) akar endofit diazotropik
Azotobacter sp. strain Avi2 (MCC 3432) dapat meningkatkan hasil padi di bawah kondisi rumah kaca dan lapangan. Mikrobiol. Res. 2019,
219, 56–65. [Referensi Silang] [PubMed]
60. Khan, N.; Bano, A.; Curá, JA Peran Mikroorganisme Bermanfaat dan Asam Salisilat dalam Meningkatkan Pertanian Tadah Hujan dan
Keamanan Pangan Masa Depan. Mikroorganisme 2020, 8, 1018. [Ref Silang] [PubMed]
61. Rodrigues, A.A.; Forzani, MV; Soares, R.; Sibov, ST; Vieira, J. Isolasi dan pemilihan bakteri pemacu pertumbuhan tanaman yang berasosiasi
dengan tebu. Pertanian. Res. Tropis 2016, 46, 149–158. [Referensi Silang]
62. Lin, L.; Zhengyi, L.; Chunjin, H.; Zhang, X.; Chang, S.; Yang, L.; Yangrui, L.; Qianli, A. Enterobakteri pengikat nitrogen yang mendorong
pertumbuhan tanaman berasosiasi dengan tanaman tebu yang tumbuh di Guangxi, Cina.
Lingkungan Mikroba. 2012, 27, 391–398. [Referensi Silang]

63. Fouda, A.; Hasan, SE; Idul Fitri, AM; Ewais, EE Aplikasi bioteknologi jamur endofit yang berasosiasi dengan tanaman obat Asclepias sinaica
(Bioss). Ann. Pertanian. Sains. 2015, 60, 95–104. [Referensi Silang]
64. Hasan, SE; Fouda, A.; Radwan, AA; Salem, SS; Barghoth, MG; Awad, MA; Abdo, AM; El-Gamal, MS
Endophytic actinomycetes Streptomyces spp memediasi biosintesis nanopartikel oksida tembaga sebagai alat yang menjanjikan untuk
aplikasi bioteknologi. JBIC 2019, 24, 377–393. [Referensi Silang]
65. Bokhari, A.; Essack, M.; Lafi, F F; Andres-Barrao, C.; Jalal, R.; Alamoudi, S.; Saad, MM Bioprospeksi strain endofit tanaman gurun Bacillus
untuk potensinya dalam meningkatkan toleransi cekaman tanaman. Sains. Reputasi. 2019, 9.
[Referensi Silang]

66. Orozco, M.; Ma del, C.; Ma del, CR; Bernard, RG; Gustavo, S. Rekayasa mikrobioma untuk ditingkatkan
biokontrol dan mekanisme pemacu pertumbuhan tanaman. Mikrobiol. Res. 2018, 208, 25–31. [Referensi Silang]
Machine Translated by Google

Agronomi 2020, 10, 1325 18 dari 18

67. Khan, N.; Bano, A.; Babar, MA Pertumbuhan akar tanaman gandum, konservasi air dan status kesuburan tanah
berpasir dipengaruhi oleh rhizobakteria pemacu pertumbuhan tanaman. Simbiosis 2017, 72, 195–205. [Referensi Silang]
68. Gyaneshwar, P.; Naresh, KG; Parekh, LJ; Poole, PS Peran mikroorganisme tanah dalam meningkatkan nutrisi P tanaman.
Tanaman Tanah 2002, 245, 83–93. [Referensi Silang]
69. Hijri, M. Analisis dataset besar percobaan lapangan inokulasi mikoriza pada kentang menunjukkan peningkatan hasil yang
sangat signifikan. Mikoriza 2016, 26, 209–214. [Referensi Silang] [PubMed]
70. Baca, A.; Louise, F.; Taylor, H. Ekologi Infeksi Genetik Beraneka Ragam. Sains 2001, 292, 1099.
[Referensi Silang] [PubMed]

© 2020 oleh penulis. Penerima Lisensi MDPI, Basel, Swiss. Artikel ini adalah artikel akses terbuka
yang didistribusikan berdasarkan syarat dan ketentuan Atribusi Creative Commons
(CC BY) lisensi (http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/).