ARCHAEA

Seperti organisme dalam domain bakteri, organisme dari domain Archaea semuanya
adalah organisme uniseluler. Namun archaea berbeda secara struktural dari bakteri. Secara
ringkas Archaea memiliki membran sel archaeal terdiri dari ikatan eter dengan rantai isoprena
bercabang (berlawanan dengan bakteri yang memiliki ikatan ester dengan asam lemak tidak
bercabang). Dinding sel archaea terdiri dari lapisan-S (S-layers) dan tidak memiliki molekul
peptidoglikan dengan pengecualian metanobakteri yang memiliki zat secara struktural mirip
yang disebut pseudopeptidoglikan atau pseudomurein di dinding selnya. Archaea memiliki
dinding sel semi-kaku yang dapat melindungi mereka dari lingkungan ekstrim, dan
membantu sel mempertahankan bentuk serta keseimbangan kimia tubuhnya.
Perbedaan kimia yang paling mencolok dari membran archaea dengan semua sel lain
yaitu :
1. Kiralitas ikatan gliserol, antara kepala fosfolipid dan
2. Ikatan eter
3. Rantai isoprenoid
4. Percabangan rantai samping
Archaea dipisahkan dari Eubacteria setelah penemuan spesifik di membran luar sel.
Analisis filogenetik yang diperkenalkan oleh Karl Woese mendukung pemisahan tersebut,
sehingga saat ini, hanya ada dua filum Crenarchaeota dan Euryarchaeota. Semua spesies dari
filum Crenarchaeota secara eksklusif hipertermofilik, sedangkan dari filum Euryarchaeotae
tidak hanya mencakup spesies termofilik, tetapi mesofilik dan bahkan psikrotoleran.

Gambar 1. Filogeni Klasifikasi Tiga Domain

B. Struktur Archaea

Archaea memiliki berbagai macam struktur permukaan yang berkontribusi pada

kelangsungan hidupnya di ligkungan yang sangat ekstrim. Hal tersebut menunjukkan bahwa

strukturnya sangat stabil terhadap tekanan seperti garam yang tinggi, suhu yang tinggi dan pH

rendah. Mekanisme tersebut dimungkinkan adanya N-glikosilasi yang sering ditemui dari

subunit utama struktur archaea. Berikut akan dijelaskan beberapa struktur dari Archaea :

Dinding Sel
Dinding sel Archaea mirip dengan bakteri, yaitu memiliki sitoplasma dan membran
sitoplasma yang terdiri dari fosfolipid gliserol fosfat dan memiliki sedikit perbedaan dalam
komposisi lipid pada membran. Dinding sel Archaea di lapisi oleh lapisan S berprotein.
Selubung membran sel Archaea terdiri atas protein atau glikoprotein yang disebut lapisan S.
Lapisan S biasanya terdiri atas protein yang membentuk unit kristal pusat. Tiga, empat atau
enam subunit yang masing-masing setara dengan p2-, p3-, p4-, atau p6- simetri. Susunan
protein pada membran memiliki struktur seperti tangkai yang membentuk ruang kuasi-
periplasma. Berikut struktur lapisan S pada Archaea:
Glikoprotein adalah protein lapisan S dari Halobacterium salinarum. Fungsi glikolisis protein
lapisan S Halofilik meningkatkan stabilitas protein dan mencegah degredasi. Glikolisis
protein juga berfungsi pada stabilisasi termal protein lapisan S. Fungsi lapisan S adalah untuk
perlindungan terhadap suhu tinggi, salinitas, pH rendah dan pemeliharaan bentuk sel.
Stabilitas suhu tinggi diperlukan karena beberapa Archaea harus tahan pada suhu sekitar 80
0
C dan di bawah 2, contohnya pada Archae kelompok termofilik genus Sulfolobales. Pada
kelompok Archae metanogen yaitu Mathanosarcina menghasilkan zat yang disebut
methanochondroitin yang menutupi lapisan S dalam sel tunggal. Methanochondroitin terdiri
dari trimer berulang dari dua N-asetilgalaktosamin dan asam glukuronat. Lapisan S yang
dilapisi Methanochondroiton berfungsi sebagai saringan mikro. Keistimewaan selubung ini
mengelilingi seluruh rantai dan bukan hanya sel tunggal. Setiap sel dikelilingi secara terpisah
oleh dinding sel bagian dalam terdiri dari lapisan S (Ng et al., 2008).
Dinding sel terdiri dari membran dalam dan luar atau disebut juga membran ganda. Lapisan
luar dan dalam membrane memiliki struktur yang khas dan masing-masing memiliki
ketebalan rata-rata 5-6 nm, berfungsi untuk menggantikan peran dinding sel yang tidak
dimiliki beberapa Archaea, yaitu pada Ferroplasma acidophilum yang tidak memiliki dinding
sel (Perras et al., 2014).
 Gambar 2. Jenis dinding sel Archaea
Hami
Hami memiliki struktur susunan seperti Mutiara yang terlihat secara mikrokopis diantara
filamen. Berfungsi agar Archaea dapat tumbuh ditempat dingin (10 0C) dan mata air sulfida
(67). Hami dapat mencapai diameter hingga 8 mm. Pada setiap sel Archae terdapat 100 hami
berserabut. Masing-masing panjang hami 1-3 nm dan diameter 7-8 nm. Filamen memiliki
struktur dasar heliks dengan tiga duri yang berasal dari filamen. Hamus terdiri dari protein
120-kDa yang berfungsi agar hami tetap stabil pada suhu 0-700C dan pH 0,5-11,5. Hami
berfungsi sebagai mediator pelekatan permukaan sel dan inisialisasi biofilm, seperti peran pili
dan flagella pada bakteri (Jarrel et al., 2013).

Gambar 3. Hami pada Archaea

Flagella
Flagella merupakan struktur yang ada pada semua permukaan archaea termasuk pada halofili,
haloalkalifil, metanogen, hipertermofil, dan termosidofil. Flagel archaea sementara digunakan
untuk motilitas. Persamaan antara flagel bakteri dengan flagel archaea adalah keduanya
digunakan untuk bergerak dimana sel di dorong oleh rotasi filamen kaku yang memanjang
dari sel. Pada tingkatan morfologi secara kasar, flagela archaea memiliki struktur berputar
dengan filamen seperti yang terlihat pada flagel bakteri. Namun archaea tidak memiliki gen
homolog yang ditemukan pada bakteri untuk perakitan struktur dari flagel bakteri itu sendiri.
Kemudian apa perbedaannya? Rotasi flagel archaea didukung oleh ATP, berlawanan dengan
gaya gerak proton yang digunakan pada bakteri. Protein yang membentuk flagel archaea
mirip dengan protein yang ditemukan di pili bakteri tipe IV, bukan flagel bakteri. Filamen
flagel archaea tidak berongga sehingga pertumbuhan terjadi ketika protein flagelin
dimasukkan ke dasar filamen, bukan ditambahkan ke ujung. Filamen terdiri dari beberapa
jenis flagelin yang berbeda, sementara hanya satu jenis yang digunakan untuk filamen flagel
bakteri. Rotasi searah jarum jam mendorong sel archaea ke depan, sedangkan rotasi
berlawanan arah jarum jam menarik sel archaea ke belakang.
Kanula (Cannule)
Anggota genus pirodiktium diisolasi dari berbagai lingkungan laut hidroternal
dengan suhu pertumbuhan berkisar antara 80-110˚C. Struktur unik dari kelompok organisme
ini adalah terdapatnya kanula. Kanula merupakan struktur unik untuk archaea yang berbentuk
seperti tabung berongga kosong untuk menghubungkan sel satu sama lain. Kanula berbentuk
tabung berongga dengan diameter luar 25 nm, panjang akhir kanula bervariasi antara 30 dan
150 µm. Kanula terdiri dari tiga subunit glikoprotein yang berbeda tetapi homolog. N-
terminal 25 asam amino dari setiap protein identik dengan massa molekul yang berbeda dari
20, 22, dan 24 kDa. Struktur kanula sangat tahan panas serta agen denaturasi, karena tidak
ada perubahan morfologi yang diamati setelah 60 menit inkubasi pada 140˚C, 10 menit pada
100˚C dan 2% natrium dodesil sulfat. Rekonstruksi tiga dimensi koneksi sel kanula
menunjukkan bahwa kanula dengan jelas memasuki ruang periplasmik tetapi tidak sampai ke
sitoplasma, sementara beberapa kanula lain hampir tidak menyentuh lapisan-s. Hal tersebut
memungkinkan bahwa kanula berfungsi sebagai koneksi antar ruang sel periplasma dan
menghubungkan sel satu dengan yang lain sebagai sarana komunikasi untuk pertukaran baik
antar nutrisi atau bahkan genetik. Saat ini masih sedikit yang diektahui mengenai mekanisme
dan kinetika difusi bahan biologis dalam tubuh kanula.
Gambar 4. Scanning mikrograf elektron dari jaringan Pyrodictium sel dan kanula = 2 µm
 Referensi

Jarrel, K. F., Ding, Y., & Nair, D. B. (2013). Surface Appendages of Archaea: Structures,
Function, Genetics and Assembly. Journal Life, 3, 86–117.
Ng, S. Y., Zolghadr, B., Driessen, A. J., Albers, S. V., & Jarrel, K. F. (2008). Cell Surface
Structures of Archaea. Journal of Bacteriology, 190(18), 6039–6047.
Perras, A. K., Wanner, G., & Klingl, A. (2014). Grappling Archaea: Ultrastructural Analyses of
An Unculltivited, Cold-Loving Archeon, and Its Biofilm. Original Research Article, 5, 1–10.