BIOKIMIA DASAR
(Prodi Kimia dan Pendidikan Kimia)
OLEH:
TIM BIOKIMIA
LABORATORIUM BIOKIMIA
JURUSAN KIMIA
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
UNIVERSITAS NEGERI PADANG
2021
i
PEDOMAN UMUM PRAKTIKUM
B. Kewajiban praktikan
1. Mempelajari penuntun praktikum dan bersiap untuk di tes
2. Tidak diperkenankan masuk laboratorium sebelum ada izin dari pembimbing praktikum atau
asisten praktikum
3. Membuat jurnal setiap kali praktikum dengan urutan sebagai berikut:
• Judul praktikum
• Tujuan praktikum
• Teori dasar
• Alat dan bahan yang diperlukan
• Prosedur praktikum dalam bentuk skema atau diagram alir
• Pengamatan dalam bentuk tabel
• Jawaban pertanyaan (jika ada)
• Daftar pustaka
4. Membawa lap atau tisu
5. Mengganti alat yang hilang atau rusak
6. Melaporkan setiap terjadi kecelakaan di laboratorium pada asisten atau pembimbing
praktikum
7. Menyerahkan surat keterangan dari dokter jika sakit
8. Menyerahkan laporan lengkap pada waktu praktikum berikutnya pada asisten atau
pembimbing praktikum dengan isi laporan praktikum sebagai berikut:
• Judul praktikum
• Tujuan praktikum
• Teori dasar
• Alat dan bahan
• Prosedur kerja dalam bentuk diagram alir atau skema
• Pengamatan
• Pembahasan
• Kesimpulan
• Daftar pustaka
• Jawaban pertanyaan
ii
DAFTAR ISI
Hal
Cover…………………………………………………………………………… i
Pedoman Umum Praktikum Biokimia ………………………..……………….. ii
Daftar Isi ……………………………………………………………..………... iii
1. Pengenalan Teknik Dasar Mikroorganisme ……………………………… 1
2. Penentuan Kadar Vitamin C ………………………………………….….. 6
3. Ekstraksi DNA dari Buah …………………………………....................... 8
4. Penentuan Aktivitas Enzim Lipase……………………………………….. 10
iii
iv
Praktikum Biokimia
Percobaan 01 dan 02
A. Standar Kompetensi
Mahasiswa dapat membuat media pertumbuhan mikroorganisme dan membiakkan
mikroorgansime secara aseptik
B. Tujuan
Mahasiswa dapat
1. Menggunakan autoclave yang benar
2. Bekerja aseptik
3. Menyiapkan media padat pada cawan petri dan tabung reaksi
4. Menanam mikroorganisme pada media padat menggunakan teknik streak-plate
5. Menanam mikroorganisme pada media cair
C. Teori
Sekarang, banyak vitamin dan protein penting telah diproduksi di dalam sel
mikroorganisme. Dengan kata lain, mikroorganisme telah dijadikan “pabrik hidup” untuk
memproduksi vitamin dan senyawa-senyawa yang penting bagi manusia. Protein penting
yang pertama diproduksi pada mikroorganisme adalah insulin manusia. Tahukan anda
apakah fungi insulin bagi tubuh kita? Oleh sebab itu, pengetahuan teknik dasar
mikrobiologi adalah bagian penting pula pada pelajaran biokimia.
Metoda aseptik merupakan suatu keharusan jika bekerja dengan mikroorganisme.
Tujuan aseptik adalah agar mikroorganisme tersebut tidak terkontaminasi oleh jenis
mikroorganisme lain. Mikroorganisme merupakan kontaminan tertinggi yang hanya dapat
dicegah dengan teknik aseptik yang benar. Pada prinsipnya bekerja aseptik adalah bekerja
dengan teknik steril. Setiap langkah pekerjaan diusahakan tidak membawa
mikroorganisme jenis lain selain mikroorganisme yang diinginkan. Untuk mencapai tujuan
ini semua peralatan, bahan-bahan, termasuk media pertumbuhan dan air, meja kerja dan
tangan kita harus disuci-hamakan terlebih dahulu.
Beberapa metoda untuk mensuci-hamakan antara lain adalah sterilisasi. Pada
percobaan ini, semua peralatan dan bahan-bahan yang tidak rusak sampai suhu 121ºC
disucihamakan dengan pengukusan pada suhu 121ºC selama 15-20 menit menggunakan
autoclave. Sterilisasi dapat juga dilakukan secara kering yang dinamakan dry-heat
sterilized yang dilakukan dalam oven pada suhu 160-170ºC. Meja kerja, tangan dan
beberapa peralatan tertentu disucihamakan dengan alkohol teknis 70%.
Selama bekerja aseptik, pekerjaan selalu dilakukan di dekat api (jarak sekitar 10 cm).
Jika harus memindahkan suatu media kultur dari satu wadah ke wadah lain, diusakan agar
penutup masing-masing wadah dibuka dalam waktu sesingkat mungkin di dekat api.
Penutup wadah tersebut tetap dipegang dan tidak ditaruh di meja.
Media untuk tumbuhnya mikroorgansime dinamakan media kultur. Media kultur
dapat dibuat padat atau cair. Keduanya hanya dibedakan oleh agar yang ditambahkan pada
media tersebut. Media kultur dapat ditempatkan pada tabung reaksi (tube) atau petri plate
(petri disk). Berdasarkan wadah dan wujud media dikenal broth tube, agar miring, agar
dalam dan agar plate (Gambar 1).
1
Gambar 1. Media Kultur
Teknik yang dapat digunakan untuk memperoleh kultur murni suatu bakteri adalah
gabungan streak-plate technique dan spread-plate technique. Spread-plate technique
digunakan juga untuk menghitung jumlah bakteri pada volume tertentu kultur murni.
Penyediaan kultur murni suatu bakteri/mikroorganisme, tanpa terkontaminasi dengan
mikroba lain dengan streak-plate technique. Streak-plate technique adalah langkah awal
yang sangat penting dalam pekerjaan molekuler seperti perbanyakan fragmen DNA
tertentu secara in vitro (secara PCR) dengan template DNA genom mikroorganisme.
Kedua teknik ini akan menghasikan koloni bakteri pada permukaan media padat. Koloni
bakteri merupakan onggokan bakteri yang pada awalnya berasal dari satu sel bakteri.
Onggokan bakteri tersebut demikian besarnya sehingga dengan mata telanjang (tanpa alat
bantu penglihatan) kita dapat melihatnya. Satu koloni dapat mengandung lebih dari 10 juta
(107) sel bakteri. Setiap koloni bakteri menunjukkan karakteristik tertentu.
D. Alat dan Bahan
1. Alat
Cawan petri 2 (satu telah berisi media padat steril)
Gelas Kimia 100 ml 1 buah
Pemanas (lampu spiritus) 1 set
Autoklav 1 set
Tabung reaksi 6 buah
Kain kasa, kapas, plastik wrap secukupnya
Jarum Ose 1 buah
Shacker 1 set
Botol semprot 1 buah
Erlenmeyer 50 mL 4 buah
2. Bahan
Glukosa 2,0 %
Yeast ekstrak 0,5 – 1,0 %
Agar bakto 3,0 – 4,0 %
Pepton 1,0 %
Alkohol teknis 70% 100 mL
Aquades
2
Kultur
Acetobacter xylinum disingkat A.xylinum
Saccharomyces cerevisiae disingkat S.cerevisiae
E. Prosedur Kerja
Membuat media cair steril S.cerevisiae dan A. xylinum
1. Timbang bahan media cair (tanpa agar) untuk 10 mL air masing-masing untuk
S.cerevisiae (glukosa, yeast ekstrak), dan A.xylinum (glukosa, yeast ekstrak,
pepton)
2. Larutkan masing-masing media di dalam 10 mL air dalam tabung reaksi atau
Erlenmeyer (boleh dipanaskan agar cepat larut)
3. Label tabung reaksi dengan nama kultur
4. Media sebanyak 5 mL dituang ke dalam tabung reaksi sesuai label. Dengan demikian
anda mempunyai 4 buah media cair (2 untuk S.cerevisiae atau 2 untuk A.xylinum).
5. Tabung reaksi ditutup dan disterilkan dalam autoklav pada 15 lb selama 15 menit
(dalam pengawasan asisten!) Satu media steril S.cerevisiae digunakan untuk
pertumbuhan S.cerevisiae satu untuk ‘kontrol’nya (tidak ditambahkan S.cerevisiae).
Begitu juga untuk media cair A.xylinum.
Gambar 2. Pola goresan ose pada media agar plate (b) dan agar miring (d)
4
Perhatian
Jangan lupa memberi nama. tanggal percobaan dan keterangan sampel sebelum
menyimpan di dalam inkubator. Setelah selesai bekerja dengan mikroba, jangan lupa
sterilkan kembali meja kerja dan semua peralatan. Buang sampah mikrobiologi pada
tempat khusus (yang mengandung desinfektan).
Alkohol mudah terbakar, dijauhkan dari api.
Cuci tangan sebelum dan setelah bekerja.
F. Pertanyaan
1. Amati koloni yang tumbuh pada biakan yang telah anda tanam. Kalau perlu gunakan lup
2. Apakah terdapat kontaminan ? Kalau ya, jelaskan. Kalau tidak, jelaskan.
3. Jika terjadi kontaminasi pada tugas praktikum yang anda kerjakan. Pada bagian mana
kemungkinan besar yang ‘tidak steril’ yang telah anda lakukan? Mengapa demikian ?
Bagaimana cara mengatasinya ?
4. Apa perbedaan media cair dan media padat ?
5. Jejak apakah yang anda lihat pada permukaan agar streak plate ?
6. Bagaimana anda yakin bahwa bakteri yang anda biakan telah tumbuh pada streak plate dan
bakteri tersebut bukan kontaminan ?
7. Mengapa menyimpan media padat pada petri, dan menumbuhkan mikroorganisme pada
petri, petri diletakkan pada posisi terbalik?
8. Apa tujuan meletakkan tabung reaksi ‘miring’ ketika proses pemadatan media pada tabung
reaksi ?
9. Jelaskan langkah menggunakan autoclave untuk sterilisasi.
10. Untuk membuat ‘koloni tunggal’ pada permukaan media padat di petri sebaiknya
permukaan media dan tutup petri bebas dari uap air. Jelaskan mengapa demikian?
11. Perhatikan koloni bakteri pada media padat di petri. Manakah yang merupakan kultur
murni?
G.Tugas pendahuluan
1. Jelaskan kegunakan Acetobacter xylinum dan Saccharomyces cerevisiae
2. Jelaskan tujuan dan metoda sterilisasi ?
3. Bagaiman mensterilkan zat yang rusak karena panas ?
4. Apakah yang dimaksud kultur murni dan kultur campuran ?
5. Jelaskan kegunaan streak-plate technique dan spread-plate technique
6. Telusuri gambar karakteristik koloni bakteri yang meliputi bentuk koloni, elepasi koloni,
margin koloni.
Referensi
1. Laboratory exercises in microbiology fifth edition by Harley and Prescott. MC Grow Hill
2002
2. Brock Biology of Microorganisms by Madikan et al. Benjamin Cummings, 2012.
5
Praktikum Biokimia
Percobaan 03
PENENTUAN KADAR VITAMIN C
A. Standar Kompetensi
Mahasiswa dapat menentukan kadar vitamin C dari berbagai jenis bahan
makanan/buah-buahan.
B. Kompetensi Dasar
1. Mahasiswa dapat membuat reagen untuk penentuan kadar vitamin C.
2. Mahasiswa dapat mengunakan alat titrasi untuk penentuan kadar vitamin C.
3. Mahasiswa dapat mengumpulkan, menganalisa data, menuliskan kesimpulan.
4. Mahasiswa dapat mengkomunikasikan hasil percobaan.
C. Dasar Teori
Vitamin dapat digolongkan atas kelarutannya yaitu vitamin yang larut dalan air,
dan vitamin yang larut dalam lemak/minyak. Vitamin yang larut dalam air adalah
vitamin B dan C, sedangkan vitamin yang larut dalam lemak adalah A, D, E, dan K.
Vitamin yang larut dalam air bila dikonsumsi berlebihan akan dibuang ke luar tubuh
bersama urine dan keringat. Penentuan kadar vitamin C dapat dilakukan dengan dua
cara yaitu cara titrasi dan spektrofotometri. Vitamin C sangat mudah teroksidasi
sehingga vitamin ini mudah rusak.
E. Prosedur Kerja.
1. Bahan dihancurkan sampai diperoleh slury.
2. Timbang 10 gram slury, masukkan ke dalam labu takar 100 mL, dan encerkan
sampai tanda batas.
3. Saring dengan menggunakan kapas, filtrat yang diperoleh dimasukkan ke dalam
Erlenmeyer sebanyak 10 mL.
4. Tambahkan larutan kanji 1% titrasi dengan cepat dengan menggunakan larutan
Yodium 0,01 N sampai timbul perubahan warna (warna biru kehitaman).
6
A = mL Iod 0,01 N x 0,88 x p
Perhitungan:
gram sampel
F. Pertanyaan
1. Apa tujuan penambahan larutan kanji pada percobaan ini ?
2. Apa guna larutan Yodium pada percobaan ini ?
3. Apakah larutan Yodium dapat diganti dengan zat lain? Jelaskan jawaban anda ?
4. Bagaimana tingkat ketelitian penentuan kadar vitamin C antara metoda titrasi
dengan spektrofotometri ? Jelaskan jawaban anda !
G. Tugas Pendahuluan
1. Tuliskan rumus molekul dan struktur vitamin C ?.
2. Tuliskan sifat fisika dan sifat kimia vitamin C ?
3. Apa kaitan antara struktur Vitamin C dengan sifatnya?
4. Tuliskan reaksi oksidasi vitamin C?
5. Berapa kebutuhan vitamin C setiap hari untuk orang dewasa ?
H. Daftar Pustaka
Less, R. 1975. Food Analysis: Analytical and Qualitative Control Methode for the
Food Manufactore and Buyer. London: Leonard Hill Book.
Praktikum Biokimia
Percobaan 05
7
ESTRAKSI DNA DARI BUAH
A. Standar Kompetensi
Mahasiswa dapat mengektraksi DNA dan menentukan komposisi nukleotida pada
asam nukleat.
B. Kompetensi Dasar
1. Mahasiswa dapat mendiskripsikan tentang DNA
2. Mahasiswa dapat membuat reagen yang terkait dengan percobaan ini.
3. Mahasiswa dapat mengumpulkan data, menganalisis dan merumuskan
kesimpulan.
4. Mahasiswa dapat mengkomunikasikan hasil percobaan.
C. Dasar Teori
Asam nukleat adalah suatu polinukleotida yang berfungsi sebagai pembawa,
penyimpan dan pentransfer informasi genetika pada makhluk hidup. Monomer asam
nukleat adalah nukleotida. Komponen penyusun nukleotida adalah basa nitrogen,
monosakarida dengan lima atom C dan gugus fosfat. Asam nukleat ada dua yaitu DNA
dan RNA. Untuk memperoleh DNA dapat dilakukan dengan mengekstraknya dari suatu
bahan dengan menggunakan beberapa reagen. Komponen DNA adalah basa nitrogen
(Adenin, Timin, Guanin, dan Sitosin), deoksiribosa (monosakarida dengan lima atom
C), dan gugus fosfat, sedangkan komponen RNA adalah basa nitrogen (Adenin, Urasil,
Guanin , dan sitosin), ribosa (monosakarida dengan lima atom C), dan gugus fosfat.
E. Prosedur Kerja
1. Ekstraksi DNA dari buah Kiwi (boleh diganti dengan buah-buahan yang
lunak).
Kuliti buah kiwi dan potong empat, hancurkan buah kiwi tersebut di dalam gelas
kimia 250 mL. Tambahkan 3 gram NaCl, aduk, kemudian tambahkan 10 mL detergen
sambil diaduk dan tambahkan aquades sampai volumenya 100 mL. Hancurkan kiwi
kembali dengan lumpang. Saring dengan kain kasa dan filtratnya dikumpulkan. Apakah
filtratnya terdapat DNA ?. Lakukan pengujian sebagai berikut. Biarkan filtratnya
beberapa menit, kemudian pindahkan 6 mL sampel yang jernih ke tabung reaksi.
Dinginkan filtrat pada tabung reaksi dengan cara membenamkan tabung reaksi tersebut
ke dalam bongkahan es kira-kira 5 menit. Tambahkan 9 mL etanol 95% dingin dengan
perlahan-lahan pada sisi tabung. Tunggu beberapa menit agar DNA memasuki lapisan
etanol sebagai kabut atau benang halus yang putih. Ambil DNA menggunakan batang
pengaduk secara perlahan-lahan. Jika filtrat mengandung DNA lakukan uji komponen
penyusun DNA untuk percobaan ini.
2. Pengujian ekstrak Asam Nukleat (DNA).
1) Ambil ekstrak asam nukleat lakukan pengujian sebagai berikut.
a. Ribosa.
Ambil 5 mL ekstrak asam nukleat, tambahkan 4 mL reagen Bennedict, kocok dan
panaskan pada penangas air. Amati apa yang terjadi!
b. Fosfat
Ambil 2 mL ekstrak asam nukleat, tambahkan 1 mL HNO3, panaskan pada
penangas air. Kemudian tambahkan 2 mL larutan amonium molibdat 5 %. Amati
apa yang terjadi !.
c. Basa Nitrogen
Ambil 2 mL ekstrak asam nukleat, tambahkan beberapa tetes asam asetat 5%,
panaskan pada panangas air. Selanjutnya tambahkan 1 mL larutan CuSO4 , dan 1
mL larutan NaHSO3.
2). Dengan cara yang sama uji lilitan DNA
F. Pertanyaan
1. Apa guna penambahan NaCl, detergen dan etanol dingin pada percobaan ini?
2. Apa yang terjadi jika ke dalam filtrat yang mengandung DNA ditambahkan
reagen Benedict.
3. Tulis reaksi jika posfat pada ekstrak asam nukleat direaksikan dengan HNO3.
G. Tugas Pendahuluan
1. Gambarkan struktur double helix-DNA, tujukkan ikatan hidrogen, ikatan
posfodiester.
2. Jelaskan perbedaan antara DNA dengan RNA !
3. Tuliskan kembali penemuan Watson – Crick tentang DNA
H. Daftar Pustaka
Plummer, David T. (1977). An Introduction to Practical Biochemistry.Second edition.
New Delhi: Tata Mc.Graw-Hill Publishing Company Ltd. pp. 231
Praktikum Biokimia
Percobaan 07
9
PENENTUAN AKTIVITAS ENZIM LIPASE
A. Standar Kompetensi
Mahasiswa dapat melakukan penentuan aktivitas enzim lipase
B. Kompetensi Dasar
1. Mahasiswa dapat membuat reagen penentuan aktivitas enzim lipase.
2. Mahasiswa dapat menggunakan peralatan penentuan aktivitas enzim lipase
3. Mahasiswa dapat melakukan percobaan
4. Mahasiswa dapat menganalisa dan mengambil kesimpulan hasil percobaan
5. Mahasiswa dapat mengkomunikasikan hasil percobaan
C. Dasar Teori
Trigliserida termasuk lipid. Trigliserida merupakan ester antara asam lemak
dengan gliserol. Minyak dan lemak merupakan trigliserida. Minyak dapat dihidrolisa
secara kimiawi dan enzimatik. Secara kimiawi dapat digunakan asam atau basa,
sedangkan secara enzimatik menggunakan enzim lipase. Aktivitas enzim sangat
ditentukan oleh beberapa faktor seperti suhu, pH. Enzim akan bekerja maksimum pada
suhu dan pH optimum. Hidrolisa minyak oleh enzim lipase akan menghasilkan asam
lemak dan gliserol. Enzim lipase merupakan salah satu enzim yang sangat besar
peranannya dalam pencernaan dan juga salah satu penyebab rusaknya minyak.
Aktivitas lipase ini dihitung berdasarkan kemampuan enzim ini untuk menghidrolisa
minyak menjadi asam lemak dan gliserol yang setara dengan jumlah mmol KOH 0,5 N
pada kondisi reaksi tertentu.
E. Prosedur Kerja
1.Pembuatan emulsi minyak.
Sebanyak 25 mL minyak ditambahkan 25 mL gum arab, ditambahkan aquades
sebanyak 50 mL, kemudian diblender sampai diperoleh emulsi yang stabil (kira-kira
15 menit).
2. Penentuan aktivitas enzim lipase terhadap waktu.
Sediakan 6 buah tabung reaksi besar (masing-masing diberi nomor 1 sampai 6)
dimasukkan 1 mL enzim lipase, ditambahkan 1 mL buffer pH 6,8. Masing-masing
tabung reaksi dimasukkan 10 mL emulsi minyak. Kemudian tabung 1 dipanaskan
selama 15 menit sampai mendidih, tabung 2 sampai tabung 6 diinkubasi selama
masing-masing 5, 10, 15, 20, dan 25 menit pada temperatur 370C. Setiap tabung
ditambah 3 tetes indikator pp, titrasi dengan KOH 0,5 N. Hitung aktivitas lipase pada
masing-masing waktu inkubasi. Buat grafik waktu vs aktivitas enzim.
F. Pertanyaan
1. Pada percobaan ini mana yang merupakan substrat enzim lipase ?. Jelaskan
jawaban anda!. Berapakah konsentrasi substrat yang saudara gunakan?
2. Jelaskan kenapa substrat harus dibuat dalam bentuk emulsi ?
3. Jelaskan grafik yang diperoleh dari hasil percobaan !
4. Apa guna penambahan buffer fosfat 6,8 pada percobaan ini ?.
5. Apa guna indikator pp, larutan KOH pada percobaan ini ?
6. Apa guna gum arab pada percobaan ini
7. Pada percobaan yang saudara lakukan faktor apakah yang mempengaruhi
aktivitas enzim lipase, jelaskan jawaban saudara
8. Apa definisi aktivitas enzim lipase pada percobaan ini
G. Tugas Pendahuluan
1. Tulislah struktur trigliserida
2. Tulislah persamaan reaksi hidrolisis trigliserida
3. Enzim adalah protein. Jelaskan mengapa suatu enzim digolongkan ke dalam
protein
4. Jelaskan perbedaan katalis enzim dengan katalis anorganik ?
5. Jelaskan faktor-faktor yang mempengaruhi aktivitas enzim ?.
6. Jelaskan klasifikasi enzim berdasarkan reaksi yang dikatalisnya, dan enzim
lipase yang saudara gunakan termasuk golongan yang mana ?
7. Berapakah pH dan suhu optimum dari enzim lipase ?
H. Daftar pustaka
Wakil, S.J. (1970). Lipid Metabolisme. New York; Academic Pree. pp. 281-282.
11