Mata Kuliah: Genetika Mikroba

SIRKULAR RNA (circRNA)

OLEH :

Besse Maqfirah Ramadhani (220013301018)

Buraeda Nur (220013301020)
Kelas Pendidikan A

DOSEN PENANGGUNGJAWAB :
Prof. Dr. Ir. Hj. Yusminah Hala, M.S.
196112121986012002

PROGRAM STUDI PENDIDIKAN BIOLOGI PASCASARJANA

UNIVERSITAS NEGERI MAKASSAR
TAHUN AJARAN 2022/2023
A. Pendahuluan
circRNA pertama kali dilaporkan sebagai viroid, yang merupakan patogen tanaman
tertentu, pada tahun 1976 dan pertama kali terdeteksi pada sel HeLa manusia dengan mikroskop
elektron pada tahun 1979. Belakangan, lebih banyak penelitian menemukan atau mensintesis
bentuk sirkular RNA pada berbagai spesies, termasuk virus, prokariota, eukariota uniseluler dan
mamalia. Baru-baru ini, semakin banyak penyelidikan telah mengidentifikasi beberapa fungsi
circRNA, termasuk berfungsi sebagai perancah protein atau spons miR dan diterjemahkan
menjadi polipeptida.
Sirkular RNA (circRNA) adalah molekul RNA non-coding (ncRNA) yang banyak
ditemukan pada eukariota. CircRNA memiliki tutup 5' dan ujung poli (A) 3' yang kemudian
membentuk struktur cincin dengan ikatan kovalen. CircRNA memiliki berbagai kekhususan
jaringan dan memainkan berbagai peran dalam pertumbuhan dan perkembangan organisme.
Molekul circRNA kaya akan situs pengikatan microRNA (miRNA) yang bertindak sebagai
spons miRNA dalam sel. CircRNA pertama kali ditemukan saat mempelajari penyakit umbi
gelendong kentang (PSTD) yang dimediasi oleh virus tanpa selubung protein, terbuat dari genom
beruntai tunggal yang membentuk molekul RNA cincin tertutup. Kemudian, dengan
menggunakan mikroskop elektron, para peneliti mengamati keberadaan circRNA dalam
sitoplasma sel eukariotik, selama transkripsi gen SRY (Sry circRNA adalah circRNA lain yang
diekspresikan tinggi yang ditemukan pada testis tikus). Temuan ini pada awalnya tidak menarik
banyak perhatian hingga munculnya teknologi pengurutan generasi berikutnya pada tahun 2012.
Sejak laporan pertama tentang circRNA, sejumlah besar molekul circRNA telah diidentifikasi.
Meskipun keberadaan circRNA dalam sel manusia telah ditemukan selama lebih dari dua
dekade, baru belakangan ini signifikansinya diakui dalam sel manusia.
Sebuah studi telah menunjukkan bahwa ekspresi dan peran circRNA terkait dengan
terjadinya perkembangan berbagai penyakit manusia (penyakit kardiovaskular, diabetes melitus,
kanker, gangguan neurologis dan penyakit autoimun), dan juga terkait dengan penyakit tanaman,
seperti bakteri yang menyebabkan kentang menjdi busuk. CircRNA juga terkait dengan
perkembangan jaringan biologis dan penuaan sel. Ekspresi circRNA spesifik dalam sampel
biologis yang menjadikannya biomarker yang ideal untuk diagnosis penyakit dan untuk menilai
perkembangan jaringan.
B. Biogenesis, Karakteristik, Struktur, dan Fungsi circRNA
1. Biogenesis
Menurut informasi anotasi struktur gen, ada lima asal utama circRNA. Asal-usul ini
adalah: 1) RNA sirkular ekson saja: Exon circRNA; 2) hanya sumber intron: Circular intronic
RNA; 3) Penyambungan kembali ekson hulu dan retensi intron: RNA sirkular ekson-intron; 4)
RNA sirkular dari Fusion Gene: f-circRNA; dan 5) RNA sirkular read-through yang dibentuk
oleh polimerase II: rt-circRNA. Meskipun asal-usul circRNA beragam, circRNA terutama
diproduksi oleh penyambungan kepala ke ekor. Pembentukan RNA sirkular diatur oleh elemen
cis-acting dan elemen trans-acting, melalui mekanisme yang tidak sepenuhnya dipahami. Saat ini
ada tiga mekanisme yang diketahui mendorong pembentukan RNA sirkular seperti pada gambar
berikut.

Gambar. (1) Mekanisme sirkulasi RNA. (A) Komplemen intron. Elemen pasangan pelengkap
seperti RCMS/ICSS/AIU mempromosikan pasangan intron mengapit dan terjadi siklisasi; (B)
Protein pengikat RNA mendorong siklisasi. Protein pengikat RNA mempromosikan siklisasi
dengan mengikat intron mengapit dari ekson sirkular; (C) Siklisasi yang digerakkan. Peristiwa
skipping ekson yang terjadi selama penyambungan prekursor mRNA menghasilkan pembentukan
perantara yang mengandung intron dan ekson, sehingga membentuk sirkular RNA.

Dalam mengapit intron reverse splicing pair drive (Gbr.1A), urutan intron pada kedua
sisi ekson saling melengkapi sehingga situs donor sambungan 5′ dari prekursor mRNA langsung
bergabung dengan situs akseptor sambungan 3′ untuk membentuk RNA sirkular. Intron pair
drive juga disebut model direct back-splicing. Studi telah menemukan bahwa intron kurang dari
100 nt dengan urutan pengulangan komplementer terbalik dapat mendorong sirkulasi ekson.
Pencocokan komplementer terbalik (RCM), sekuens komplementer intronik (ICS), dan elemen
Alu adalah sekuens pasangan komplementer yang melimpah di intron mengapit ekson yang
dapat disirkulasikan. Mereka secara efektif mempromosikan pasangan intron mengapit dan
terjadi sirkularisasi. Dalam penggerak protein pengikat RNA (Gbr.1B), protein pengikat RNA
mendorong pembentukan sirkular RNA ke jaringan spesifik. Protein pengikat RNA
berpartisipasi dalam pembentukan sirkular RNA dengan mengikat motif spesifik dalam mengapit
urutan intron. Sebagai contoh, pada Drosophila melanogaster dan manusia, ekson kedua dari gen
MBL/MBNL1 dapat membentuk RNA sirkular yang bergantung pada motif pengikatan spesifik
pada intron yang mengapit pada gen ini. Dalam siklisasi yang digerakkan (Gbr.1C), ketika
prekursor mRNA mengalami splicing GU/AG, ekson skipping menghasilkan intermediet yang
mengandung intron-exon, yang kemudian mengalami back-splicing untuk membentuk sirkular
RNA.
2. Karakteristik
CircRNA memiliki karakteristik unik yang membedakannya dari RNA non-coding linier.
Mereka diekspresikan secara luas dalam sel manusia, dan ekspresi mereka terkadang melebihi 10
kali tingkat isomer liniernya. Mereka lebih stabil dalam tubuh manusia daripada RNA linier
karena tidak mudah terdegradasi oleh RNase R. CircRNA memiliki elemen respons kecil yang
dapat berinteraksi dengan miRNA untuk mengatur ekspresi gen target. Sebagian besar circRNA
dibentuk oleh ekson, sementara beberapa hanya dari intron. Sebagian besar tidak berkode, sangat
terkonservasi, dan terletak di sitoplasma; hanya sedikit yang terletak di nukleus. Sebagian besar
circRNA dapat memainkan peran pengaturan dalam transkripsi dan pasca transkripsi, hanya
beberapa di antaranya yang berperan dalam transkripsi.
3. Struktur
Struktur circRNA dapat dibagi menjadi tiga kategori, yang mengandung circRNA intron,
circRNA ekson-intron, dan circRNA ekson. Dua subtipe pertama tetap berada di nukleus dan
dapat mengubah gen primer, sedangkan yang terakhir, yang dominan, kemudian melokalisasi
dan berfungsi di sitoplasma setelah dipindahkan dari nukleus melalui jalur yang bergantung pada
panjang. Penyambungan belakang dan penyambungan linier dapat secara mandiri menghasilkan
circRNA dan mRNA. Sebagian besar circRNA dihasilkan dari gen penyandi protein dengan
koneksi terbalik dari situs sambungan 5′ hilir dengan situs sambungan 3′ hulu. Melalui
penyambungan spesifik, circRNA adalah single-strained dan diberkati dengan struktur loop
tertutup kovalen karena kurangnya ujung 5′ dan 3′ dan ekor poli(A) yang penampilannya sama
sekali berbeda dari RNA linier yang sesuai seperti pada gambar 1A.

GAMBAR 1. Karakteristik dan fungsi circRNA. ( A ) Karakteristik circRNA. circRNA yang

dihasilkan melalui penyambungan belakang dapat dibagi menjadi circRNA intron, circRNA ekson-
intron, dan circRNA ekson. Dua jenis pertama tetap berada di nukleus, sedangkan ekson circRNA
kemudian melokalisasi ke sitoplasma untuk memainkan peran. (B) Fungsi sirkRNA. CircRNA
dapat berfungsi sebagai spons miRNA, berinteraksi dengan RBP, dan menerjemahkan protein
fungsional untuk mengambil bagian dalam aktivitas biologis yang penting.
4. Fungsi
CircRNA memiliki beberapa situs pengikatan untuk miRNA yang menghasilkan fungsi
seperti spons untuk miRNA. Pada kanker, kumpulan bukti menunjukkan bahwa circRNA, seperti
circRNA-Ctfrc, misalnya, bertindak sebagai spons untuk miRNA dan berpartisipasi dalam
regulasi transkripsi gen target. Para peneliti telah menemukan fungsi spon miRNA seperti pada
Beras, Gandum, Tomat, Tangerine , dan Arabidopsis. Beberapa circRNA juga memiliki satu atau
lebih tempat pengikatan untuk protein pengikat RNA.
CircRNA dapat mengatur penyambungan alternatif gen inang. Pada Arabidopsis thaliana
circRNA dapat berikatan kuat dengan lokus DNA gen inang untuk membentuk struktur R-loop
RNA: DNA heterozigot. Struktur R-loop dapat menghambat transkripsi wilayah ini. Peristiwa
splicing alternatif lintas ekson terjadi yang mendorong produksi varian transkrip splicing
alternatif sehingga memengaruhi fenotip perbungaan. CircRNA dapat mengatur ekspresi gen
inang. Studi awal menunjukkan bahwa EIciRNA dapat berinteraksi dengan snRNA U1 untuk
membentuk kompleks EIciRNA-U1 snRNP. Kompleks berinteraksi dengan poli transkripsi
untuk mempromosikan ekspresi gen inang.
CircRNA memiliki fungsi translasi potensial. Ada sejumlah besar motif m6A yang
konsisten pada circRNA di sel manusia. Dengan partisipasi berbagai protein, satu situs m6A
dapat mengaktifkan fungsi translasi circRNA. Dalam Drosophila melanogaster, kelas tertentu
dari circRNA ditemukan menggunakan promotor gen inang untuk bergabung dengan ribosom
dan mempromosikan translasi. Baru-baru ini, ditemukan bahwa konsentrasi tinggi RNA siklisasi
in vitro dapat menginduksi ekspresi protein pada mencit, yang menunjukkan bahwa circRNA
dapat digunakan sebagai alat ekspresi protein yang efektif. CircRNA dapat menginduksi
pembentukan pseudogen. Pseudogen berasal dari mRNA linier dengan transkripsi terbalik dan
diintegrasikan ke dalam genom. MRNA linier dapat membentuk pseudogen yang memiliki
urutan yang sama dengan ekson. SirkRNA yang stabil juga dapat ditranskripsi terbalik untuk
menghasilkan pseudogen yang memiliki urutan terbalik kemudian diintegrasikan ke dalam
genom.
C. CircRNA sebagai Biomarker Potensial untuk Gangguan dan Penyakit Neurologis
1. Gangguan perkembangan saraf
Cedera awal pada otak yang sedang berkembang dapat menyebabkan gangguan circRNA,
disfungsi perkembangan saraf baru-baru ini atau jangka panjang melalui berbagai mekanisme.
CircRNA secara berbeda diekspresikan dalam hippocampus dan korteks prefrontal di mana
pembelajaran dan memori jangka panjang berlangsung, dan penghambatan mereka dapat
menyempurnakan kinerja memori serta fungsi kognitif.
2. Kekurangan Intelektual
Kekurangan intelektual secara serius mempengaruhi kualitas hidup baik anak itu sendiri
maupun keluarganya. Circular RNA SATB2 dari corpus callosum diregulasi secara signifikan
pada tahap akhir kehamilan. Dalam sebuah laporan kasus, mutasi dari special sequence-binding
protein 2 (SATB2) kaya-AT khusus yang mengkode protein pengikat DNA dapat menyebabkan
kecacatan intelektual yang parah pada anak-anak, menunjukkan bahwa SATB2 mungkin
memainkan peran yang tidak menguntungkan dalam perkembangan saraf. Selanjutnya, hubungan
antara SATB2 dan belajar dan memori telah dibuktikan dalam percobaan tikus. Dan SATB2
secara langsung mengaktifkan transkripsi embrionik otak depan yang merupakan gen esensial
untuk perkembangan neuron subserebral. Secara kolektif, lebih banyak penelitian perlu
dilakukan untuk menjelaskan apakah dan bagaimana circSATB2 memengaruhi intelektualitas.
3. Gangguan kognitif
Kerusakan otak abu-abu dan materi putih telah dikonfirmasi terkait erat dengan kelainan
kognitif di kemudian hari bayi prematur. Exon circCdh9, yang dihasilkan oleh gen Cdh9,
divalidasi untuk mengambil bagian dalam gangguan spektrum autisme (ASD). Dengan kata lain,
circCdh9 yang diekspresikan ke bawah mungkin mencerminkan masalah kognitif. Seperti yang
telah dijelaskan sebelumnya, gen asli circHomer1 yang disebut HOMER1 dikaitkan dengan
gangguan kejiwaan. Selain itu, penurunan tingkat circHDAC9 dalam serum yang dikumpulkan
dari pasien gangguan kognitif telah dibuktikan, mewujudkan hubungan antara kognisi dan
tingkat kondisi mapan dari transkrip.
4. Gangguan Perilaku
Anak-anak dengan cedera otak akan menunjukkan perilaku abnormal sampai batas
tertentu, seperti gangguan hiperaktif defisit perhatian. CircTLK1 yang tidak memiliki ekspresi
circRNA tertentu dalam jaringan otak, menunjukkan penurunan volume infark dan kerusakan
saraf, serta peningkatan signifikan pada kelainan neurobehavioral. Pada saat yang sama,
circTLK1 sponging ke miR-335-3p menyebabkan aktivitas miRNA yang terhambat,
memperparah cedera neuron berikutnya. Akibatnya, masalah perilaku pada anak-anak dapat
diperbaiki dengan pengaturan ekspresi circRNA.
5. Epilepsi
Epilepsi dengan risiko lebih tinggi pada bayi merupakan penyakit saraf kronis, dimana
temporal lobe epilepsy (TLE) merupakan jenis epilepsi yang paling umum. Seperti namanya,
kejang, TLE dimulai di korteks lobus temporal dan kemudian sinyal kortikal abnormal
ditampilkan, ditandai dengan sklerosis hippocampal, kematian neuron, gliosis, dan sebagainya.
Namun, sedikit yang diketahui antara circRNA dan TLE dalam sinaptogenesis, saluran ion, dan
peradangan saraf. Studi sebelumnya menunjukkan analisis profil circRNA pada TLE manusia.
Meskipun circ-EFCAB2 sangat meningkat, circ-DROSHA diturunkan secara dramatis yang
dikonfirmasi dalam PCR kuantitatif. Circ-EFCAB2 dapat bergabung dengan miR-485-5p untuk
mengatur saluran kalsium. Pengikatan Circ-DROSHA ke miR-1252-5p menurunkan tingkat
subunit alfa 2 Na+, K+-ATPase (ATP1A2) yang terbukti berpartisipasi dalam mengurangi K+
ekstraseluler dan kemudian menghambat depolarisasi neuron. Eksperimen lain yang menarik
bahwa sirk-DROSHA yang diekspresikan secara berlebihan melemahkan kerusakan saraf model
sel TLE. Sebuah studi baru-baru ini juga menegaskan perubahan ekspresi circRNA selama
epileptogenesis. Jika circRNA dapat merusak pelepasan paradoks, TLE akan ditekan.
6. Penyakit Neurologis Bayi Prematur
Kerusakan otak pada awal kehidupan tidak mempengaruhi prognosis anak-anak yang
terkena dampak. Hirosuke dan rekan-rekannya menyelidiki hasil perkembangan saraf anak usia 3
tahun yang lahir <500 g. Melalui kunjungan tindak lanjut dan analisis data dari orang-orang yang
selamat ini, kelompok mereka menemukan bahwa leukomalasia periventrikular kistik, kategori
kerusakan otak yang parah pada bayi prematur, merupakan faktor risiko tinggi untuk
konsekuensi neurologis. Jadi pertama-tama kita akan fokus pada ensefalopati hipoksik-iskemik
(HIE), komponen penting dari kerusakan otak.
D. Kesimpulan
Dalam beberapa tahun terakhir, studi tentang pertumbuhan dan perkembangan tanaman,
stres abiotik, ncRNA, dan jaringan regulasi menjadi lebih spesifik dan terdokumentasi. Karena
stabilitas, spesifisitas jaringan ,dan tingkat ekspresi circRNA yang tinggi dari circRNA diketahui
telah dikaitkan dengan penyakit, membuatnya lebih mungkin menjadi biomarker yang berguna
dan target terapi pada penyakit manusia. Selain itu, circRNA dimodulasi oleh rangsangan
lingkungan, menyebabkan berbagai penyakit. Oleh karena itu, circRNA dapat menjadi biomarker
penting untuk mempelajari hubungan antara rangsangan lingkungan dan induksi penyakit
manusia. Saat ini, hubungan antara circRNA dan patogenesis penyakit masih belum jelas , tetapi
seiring berjalannya waktu fungsi dan hubungannya dengan penyakit akan lebih dipahami secara
menyeluruh.