Cakupan mikroba prokaryot

Mikroba terdiri dari 3 domain dan 7 kingdom (awalnya 5 kingdom)

Bacteria: Bacteria
Archaeota: Archaea
Eucaryota: Protista, Chromista, Fungi, Plantae, Animalia (urutan evolusi)
Mikroba ada di 3 domain dan 5 kingdom
Domain Bacteria
Didominasi oleh filum Proteobacteria (variabilitas keragaman yang ada di filum
ini mendominasi) hampir semuanya gram negative, Gram-positive bacteria,
Cyanobacteria, Chlamydia, etc
Proteobacteria bds karakterisasi marka DNA/genotip > 6 kelas Alpa, beta,
gama, deta, epsilon, teta
Ada juga pengelompokan berdasarkan sifat/fenotip (mis metabolisme, sumber
organic atau anorganik, kimiawi atau fototropik, kondisi lingkungan, dll)
Bakteri fototropik / NON KEMOORGANOTORF
Mampu menggunakan energi cahaya sebagai sumber energi (gel
elektromagnetik)
Hidup di daerah yang terekspos cahaya (alami maupun buatan)
Menghasilkan output yang beda dengan kelompok fototrop
Ada anoksigenik dan oksigenik
Menggunakan agen fotosintetik bakterioklorofil (beda dengan klorofil alga dan
plantae) dengan pigmen pycobillin dan catenoid
Kalau gen diisolasi, akan menghasilkan pigmen warna warni
Genus: Chromatium (menghasilkan granul(?) sulfur), Thiospirillum
(menggunakan sulfur dalam belum tiosulfat), Thiopedia, Rhodobacter (rhodo
pigmen merah), Rhodospirilum (spiral = spirillum)
Habitat biasa di peraairan/basah, kaya dengan bahan kimia tergantung spesies,
bs menggunakan sumber organic maupun anorganik. Bisa diamati koloni dari
warnanya yang berbeda2 tergantung dengan klorofilnya.
Penelitian yg dilakukan: fototropik anoxygenic backteria mempromote
development of soil (pembentukan tanah dipercepat, dll) denga nada cahaya
maka bs memanfaatkan fototropik bakeri untuk upaya remediasi lahan
tambang. Fungsi bakteri in situ, memanipulasi lahan pertambangan, kondisikan
fisika kimianya.
Penelitian lagi: pemanfaatan bioteknologi anoxygenic cphototropic bakteria,
tidak mengugnkana senyawa organic sebagai sumber, menghasilkan produk yg
bisa jadi bahan baku plastic yang biodegradable, biofertilizer, dll
Missal di batuan bekas lahan pertambangan, lapisan2 yang merupakan
konsorsium mikroba, merupakan tempat anoxygenic phototropic bacteria
Bakteri nitrifikasi
Menggunakan sumber nitrogen dalam bentuk NH3 dan NO2 (ammonia dan
nitrit) baik dari ammonia > nitrit > nitrat
Ada yang pengoksidasi nitrit ada yg pengoksidasi ammonia
Nitroso > ammonia ke nitrit
Nitro > nitrit ke nitrat
Penting untuk tanaman karena harus disupport dalma kandungan nitrogennya
Amonia ke nitrit > nitrosococcus, nitrosobacter, nitrosospira
Nitrit ke nitrat > nitrococucs, Nitrobacter, nitrospira
Bakteri kemolitotrof
Sulfur dan iron oxidizing bacteria // sulfur dan besi
Kemolitotrof menggunakan sulfur reduksi untuk donor electron
Asam, ph netral
Kelompok asam mampu menggunakan besi sebagai donor elektrpo
PENTING DALAM DUNIA PERTAMBANGAN
Thiobacillus > mengoksidasi sulfur dan menghasilkan asam sulfat, bisa
membuat ph jadi sangat asam mendekati 0
Di lahan bekas pertambangan ditemukan kelangkaan ini dan bakteri2 ini yang
bisa bertahan hidup
Proses pelarutan terhadap bahan acid, toxic metal yang ada > bisa digunakan
thiobacillus ini BIOMINUNG/BIOLEACHING > gold, iron, uranium
Acid rock drainage
Beggiatoa > pengoksidasi sulfur, habitat di tempat banyak H2S, umum di
hydrothermal vents
Bakteri sulfur oxidizing jg mengendalikan ERK yang methanogenic(?)
(mereduksi methanogenic)
Mengurangi gas methan dengan sulfur oxidizing bacteria sampai 93% mis di
lahan gambut

Bakteri pengoksidasi hydrogen

H2 satu2nya donor electron
Harus ada Ni2+ atau nickel di medium
Bakteri hydrogenase
Contoh: ralstonia di dunia pertanina, budidaya sayuran (ini penyakit) yg
memiliki kemampuan oksidasi hydrogen
Methanotrophs
Penggunaan methan / pengoksidasi methan ; methan sebagai donor electron
dan sumber karbon
Bisa membentuk methanol Ch3OH
Tumbuh aerobic dan tersebar di tanah dan air
Bakteri ini ada di rawa2, tempat limbah, ekosistem lahan basah, budidaya
tanaman basah CONTOH BAKTERI METHYLOSINUS

CHEMOORGANOTROF
Mereduksi sulfat dan sulfur (SRB) sulfate sulfur reducing bacteria
Produknya adalah H2S dari reduksi So4 dan S
Tersebar di darat dan air dan menjadi anoxic sebagai akibat dari dekomposisi
mikroba > teramati dari adanya blackening (karena menghasilkan metal2
sulfida)
Acetic Acid Bacteria
Aerob obligat, bs tumbuh di ph lebih rendah dr 5, ada di germentasi jus, hard
cider, wine, beer, ACETOBACTER ACETI DAN DAN ACETOBACTER XYLINUM
Acetobacter dapat mengoksidasi asam asetat menajdi CO2
Nitrogen Fixing Bacteria
Mengikat N2, Azotobacter (Beijenrick)
Aerob obligat, nitrogenase sangat sensitive dengan O2, ada resting structure
disebut Cysts. Resisten terhadap desiccation, mechanical disintegration, UV<
dan radiasi ion
Enteric Bacteria
Bisa menyebabkan masalah pencernaan (E coli)
Salmonella, shigella, proteus yang sangat motil
Bakteri bentuk unik
Azospirillum braziliensis bakteri pemfiksasi nitrogen, berpotensis untuk
fertilizer jagung, kedelai
Sheathed Proteobacteria (bersarung) > Sphaerotilus membentuk biofilter,
struktur banyak serat > pengolahn limbah cair
Filtrasi biologis > menyebabkan bakteri ini membentuk sarung/filament
FIRMICUTE
Merupakan bakteri gram positif kebnayakan karena mengandung
peptidoglikan yg banyak di dinding sel (berlawan dengan proteobacteria)
Firmicute tidak berspora
Micrococcus obligat aerbob, staphylococcus fakultatif aerob
Streptococcus dan lactobacillus = bakteri asam laktat
Sarcina obligat anaerob dan sangat dapat mentolerir asam
Staphylococcus bisa menyebabkan infeksi pada luka, mkanan basi
Probiotik untuk Kesehatan ini lactobacillus
Firmicute berspora
Bacillus (aerob atau fakultatif)
Clostridium (aerob)
Isolasi dengan memanaskan 80 derajat 10 menit membuat endospore tetap
hidup namun bakteri lain akan mati
Produk antibiotic: bacitracin, polymyxin, tyrocidine, gramicidin, circulin
Bacillus thurigniensis pengendali hama
Bacillus subtilis unutk penyakit tanaman
Clotridium botulinum penyebab keracunan makanan kaleng , bisa unutk kuolit
gak mengekerut
Paenibacillus popilliae juga pengendali hama
Clostridium tetani ini tetus
Sporosarcina ureae nutrient alkaline
Actinobacteria
berbentuk rod sampai filamen
Dapat memproduksi antibiotic atau fermentasi prduk susu
Propionibacterium untuk memberikan aroma keju
Mycobacterium menyebabkan banyak penyakit dan infeksi
Actinobacteria berfilamen
Streptomyces, actinomyces, nocardia
Anti fungi, anti virus biasnaya dari actinobacteria
Bisa ukuran 1 mikron dan bentk berbeda2
Cyanobacteria > fototrof oksigenik, ad ayang uniseluler dan filamentous
Spirulina adalh ikon cyanobacteria
Azolla macrophylla dengna paku air
Cyanobacteria sebagai solusi untuk kondisi lingkungan yang lebih harmonis
Archaea
Memlkiki keunikan dalam proses methanogenic
Bisa bertahan di kondisi ekstrem ph suhu kadar garam
Dibagi menjadi Crenarchaeota bisa kondisi hypertermofilik dan Eurychaeota
bisa di extreme halophiles atau kadar garam, dan ekstrem ph asam
Extreme halophilic archaea > halobacterium, haloferax, natronobacterium
(konsentrasi garam tinggi 9%) ditemukan di tempat buatan dengan kadar
garam tinggi, missal makanna yg diasinkan, danau asin, dll
Extreme hypersaline sangat langka, ditemukan di tempat yg panas dan kering
Danau garam > Great Salt Lake sperti air laut terkonsentrasi, Soda Lakes
dengna kadar alkaline tinggi
Methanogenic archaea > methanobacterium, methanoccus, methanosarcina
(memproduksi ch4, ditemukan di byk lingkungan), dibagi menjadi 3 kelas,
aerob obligat
Methanogenesis oleh Alessandro Volta
Hyperthermophylic > thermoplasma, ferro plasma > missal di tumpukan batu
bara yg panas > Methanococcus, Pyroccoccus, Desulfurococcus
Acidophylic > Picrophilus, NanoArchaeo
Crenarchaetota > terrestrial volcanic habitat (sulfolobus yg tumbuh di asam yg
kaya sulfur dan aerobic kemolitotrof yang bisa mengoksidasi sulfur) dan
submarine volcanic habitat (phyrodictium, pyrolobus, ignicoccus,
staphylothermus ada di air dangkal dan laut dalam hydrothermal vent harbor
Phyrodictium dan pyrolobus memliki optimum temp di atas 100, pyrolobus
fumarii bisa sampe 121 derajat
Chaperonins > protein
SSU rRNA > higher GC content
Lipid stability dibiphytanyl tetraether, form a lipid monolayer membrane