10419035 I Gede Santana Wiratmaja

PENGENALAN BAKTERI DAN ARCHAEA

Praktikum Biosistematika Mikroba Modul 6

A. Latar Belakang
Perkembangan sistem klasifikasi tertinggi, dikembangkan oleh ilmuwan
bernama Carl Woese. Melalui hipotesanya, Carl Woese membentuk sistem 3 domain
kehidupan. Domain-domain tersebut adalah Bacteria, Archaea, dan Eukarya. Ketiga
domain tersebut berasal dari satu common ancestor yang disebut sebagai LUCA (Last
Universal Common Ancestor) (Doolittle, 2020). Seiring berjalannya waktu, diversitas
antara 3 domain tersebut sangat tinggi. Sistem pengelompokkan dalam 3 domain
adalah sebuah alat yang dapat mempermudah para peneliti mengetahui identitas suatu
organisme yang dipelajari. Pada praktikum ini, akan dipelajari tentang diversitas
bakteri dan archaea pada lingkungan yang berbeda-beda. Selain itu, akan ditentukan
pengaruh keadaan lingkungan terhadap diversitas bakteri dan archaea.

B. Tujuan
Tujuan dari praktikum ini, yaitu :
1. Mengisolasi bakteri dari sampel tanah dan air pada ekosistem hutan, perkebunan,
rawa, kawah, dan sumber air panas di daerah Kawah Putih dan Punceling.
2. Menentukan karakteristik morfologi, makroskopis, dan mikroskopis serta
mengkonfirmasi keberadaan bakteri pada daerah rawa di kawasan Punceling.
3. Menentukan karakteristik morfologi, makroskopis, dan mikroskopis serta
mengkonfirmasi keberadaan archaea pada daerah rawa di kawasan Punceling.
4. Mengkultivasi bakteri anaerob dari sampel air kawah dan sampel mata air panas.

C. Hipotesis
Hipotesis pada percobaan ini, yaitu :
1. Diversitas bakteri yang ditemukan pada ekosistem hutan dan perkebunan akan sangat
banyak, kemudian pada daerah kawah dan pemandian air panas akan memiliki jumlah
diversitas bakteri yang sedikit karena kondisi lingkungan yang ekstrem.
2. Ditentukan terdapat banyak jenis bakteri dengan bentuk mikroskopis dan morfologis
koloni yang unik dari kawasan rawa di Punceling.
3. Ditentukan terdapat banyak jenis archaea dengan bentuk mikroskopis dan morfologis
koloni yang unik dari kawasan rawa di Punceling.

1
10419035 I Gede Santana Wiratmaja

4. Ditemukan banyak bakteri anaerob pada daerah kawah dan sumber mata air panas.

D. Langkah Kerja
Langkah kerja yang dilakukan dalam praktikum, yaitu

Gambar 1. Teknik persiapan apusan basah pengamatan archaea.

2
10419035 I Gede Santana Wiratmaja

Gambar 2. Pembuatan preparat kering untuk pengamatan archaea.

3
10419035 I Gede Santana Wiratmaja

Gambar 3. Proses pembuatan kultur murni untuk pengamatan bakteri dan aktinomiset.

4
10419035 I Gede Santana Wiratmaja

Gambar 4. Pengamatan bakteri pengoksidasi sulfur.

5
10419035 I Gede Santana Wiratmaja

Gambar 5. Konfirmasi keberadaan bakteri pengoksidasi sulfur dengan Starkey Broth.

6
10419035 I Gede Santana Wiratmaja

Gambar 6. Kultivasi bakteri anaerob pada medium cair.

7
10419035 I Gede Santana Wiratmaja

Gambar 7. Teknik preservasi kultur murni bakteri dan archaea.

8
10419035 I Gede Santana Wiratmaja

E. Literatur
Organisme prokariot dibedakan menjadi bakteri dan archaea. Bakteri adalah
organisme sel tunggal primitif, namun archaea dianggap lebih primitif dibandingkan
bakteri. Keduanya memiliki banyak perbedaan. Bakteri penghuni banyak relung
dalam habitat, namun pada habitat ekstrim paling sering dijumpai adalah keberadaan
archaea. Selain itu, struktur sel mereka berdua juga sangat berbeda. Mulai dari
dinding sel, bakteri memiliki dinding sel yang terdiri dari peptidoglikan sedangkan
archaea memiliki pseudopeptidoglikan. Selain itu membran sel bakteri tersusun atas
gliserol yang berikatan dengan membentuk ikatan ester, sedangkan archaea memiliki
membran yang tersusun atas gliserol yang berikatan dengan membentuk ikatan ether.
Kemudian secara fisiologis terdapat perbedaan mekanisme metabolisme. Bakteri
menggunakan jalur glikolisis dan siklus kreb, sedangkan archaea tidak menggunakan
dua jalur tersebut namun menggunakan jalur berbeda yang mirip (Sapkota, 2020).
Domain bakteri terdiri atas 4 filum utama. Filum-filum tersebut, yaitu
Proteobacteria, Cyanobacteria, Firmicutes, dan Actinobacteria. Filum Proteobacteria
adalah filum paling melimpah hingga terdapat 6 kelas. Golongan Proteobacteria
umumnya didominasi oleh bakteri Gram-negatif. Filum Cyanobacteria adalah filum
khusus pada bakteri yang bersifat fotosintetik dan autotrof. Filum Firmicutes adalah
filum yang anggotanya adalah bakteri Gram-positif dengan kandungan GC content
yang rendah. Bakteri ini dikenal juga dengan bakteri yang dapat membentuk
endospora. Terakhir, filum Actinobacteria adalah bakteri yang termasuk jenis
Gram-positif dengan ciri khas memiliki BC content yang tinggi serta membentuk
filamen mirip hifa fungi (Swanson dkk., 2016).
Domain archaea terdiri atas dua filum utama. Filum pertama Crenarchaeota
dan filum kedua Euryarchaeota. Crenarchaeota terdiri atas mikroba yang berasal dari
jenis termofilik dan asidofilik. Bakteri termofilik hidup pada lingkungan dengan suhu
tinggi yang ekstrim. Sedangkan, bakteri asidofilik hidup pada lingkungan dengan pH
yang rendah. Filum Euryarchaeota terdiri atas mikroba yang bersifat metanogen dan
halofilik (Swanson dkk., 2016).
Kelompok bakteri yang unik adalah bakteri yang dapat menggunakan sulfur
dalam metabolisme. Kelompok bakteri tersebut dibedakan menjadi bakteri Sulfur
Oxidizing Bacteria (SOB) dan bakteri Sulfate Reducing Bacteria (SRB). Bakteri SOB
dapat menggunakan sulfur, thiosulfat, dan sulfite sebagai sumber energi. Bakteri SOB

9
10419035 I Gede Santana Wiratmaja

melakukan metabolisme secara aerob. Mekanisme metabolisme SOB dapat terjadi

dengan kemolitotrof atau fotoautotrof. Secara kemolitotrof, sulfur dioksidasi menjadi
sulfat. Sedangkan secara fotoautotrof, sulfida bisa dioksidasi dan menghasilkan sulfur
(Rana dkk., 2020). Sedangkan, SRB adalah bakteri yang bersifat anaerob. Proses
reduksi melibatkan energi berupa ATP. Kemudian terbentuk phophosulfate (APS)
yang dapat dipecahkan dengan enzim disulfida reduktase. Sehingga terbentuk kembali
senyawa sulfat (Cypionka dkk., 2011).
SOB dan SRB adalah bakteri sedimen pada dasar laut. SOB dan SRB
memerlukan 50% material organik agar dapat melakukan mineralisasi sulfur (Zhang,
2017). SOB dapat hidup dengan baik pada lingkungan dengan temperatur 45-55°C
dan pH 7,5-7,8 (Hidayat dkk., 2017). Sedangkan, SRB mampu hidup dengan baik
pada lingkungan dengan pH 2.0–3.5 dan suhu 70-80 °C (Ulloa dkk., 2020). Agar
dapat mengetahui keberadaan SOB dan SRP pada sampel, perlu dilakukan kultivasi
mikroba. Sebelum kultivasi, perlu dilakukan konfirmasi. Proses konfirmasi
menggunakan medium Stakey. Prinsip medium ini adalah menemukan adanya
gelembung udara dan uap yang disebabkan oleh oksigen yang terbentuk dalam
kondisi anaerob (Eaton dkk., 2005). Hasil tersebut akan menunjukan keberadaan
bakteri anaerob, yaitu SOB atau SRB. Setelah itu dilakukan kultivasi pada medium.
Proses kultivasi SOB dan SRB dilakukan dengan cara anaerob. Kultivasi dilakukan
pada medium Postgate. Medium Postgate mengandung : agar, 2 g ; KH2PO4, 0,5 g ;
NH4Cl, 1 g ; Na2SO4, 1 g ; CaCl2, 1 g ; MgCl2·6H2O, 1,83 g ; yeast extract, 1 g ;
ascorbic acid, 0,1 g ; sodium thioglycolate, 0,013 g ; sodium citrate, 6,38 g ; sodium
lactate 1,75 mL; NaCl 3,5%, resazurin, ,.0 mL ; 0,025% P/V, FeSO4·7H2O, 0,5 g.
Medium Postgate akan berubah warna menjadi hitam akibat pertumbuhan bakteri
SOB dan SRB (Bernardez & de Andrade Lima, 2015).

F. Daftar Pustaka
Anupama Sapkota. (2020, July 12). Archaea vs Bacteria- Definition, 15 Major

Differences, Examples. Microbe Notes.

https://microbenotes.com/archaea-vs-bacteria/

10
10419035 I Gede Santana Wiratmaja

Bernardez, L. A., & de Andrade Lima, L. R. P. (2015). Improved method for

enumerating sulfate-reducing bacteria using optical density. MethodsX, 2,

249–255. https://doi.org/10.1016/j.mex.2015.04.006

Cypionka, H. (2011). Sulfate-Reducing Bacteria. Encyclopedia of Earth Sciences

Series, 853–855. doi:10.1007/978-1-4020-9212-1_197

Doolittle, W. F. (2020). Evolution: Two Domains of Life or Three? Current Biology,

30(4), R177–R179. https://doi.org/10.1016/j.cub.2020.01.010

Eaton A. D., Clesceri L. S. and Greenberg A. E., Rice E. W., (Eds.), 2005, Standard

Methods for the Examination of Water and Wastewater, 21st Ed., APHA,

Washington, D.C.

Hidayat, M. Y., Saud, H. M., & Samsudin, A. A. (2017). Isolation and characterisation

of Sulphur oxidizing bacteria isolated from hot spring in Malaysia for biological

deodorisation of hydrogen sulphide in chicken manure. Media Peternakan,

40(3), 178-187.

Rana, K., Rana, N., & Singh, B. (2020). Applications of sulfur oxidizing bacteria.

Physiological and Biotechnological Aspects of Extremophiles, 131–136.

doi:10.1016/b978-0-12-818322-9.00010-1

Swanson, M., Reguera, G., Moselio Schaechter, & Neidhardt, F. C. (2016). Microbe.

Asm Press.

https://www.wiley.com/en-us/Microbe%2C+2nd+Edition-p-9781555819125

Hidalgo-Ulloa, A., Sánchez-Andrea, I., Buisman, C., & Weijma, J. (2020). Sulfur

Reduction at Hyperthermoacidophilic Conditions with Mesophilic Anaerobic

Sludge as the Inoculum. Environmental science & technology, 54(22),

14656-14663.

11
10419035 I Gede Santana Wiratmaja

Zhang, Y., Wang, X., Zhen, Y., Mi, T., He, H., & Yu, Z. (2017). Microbial Diversity

and Community Structure of Sulfate-Reducing and Sulfur-Oxidizing Bacteria in

Sediment Cores from the East China Sea. Frontiers in Microbiology, 8.

https://doi.org/10.3389/fmicb.2017.02133

12