THE ARCHAEA

MAKALAH
Diajukan Untuk Memenuhi Salah Satu Tugas Mata Mikrobiologi Tumbuhan
Pada Jurusan Pendidikan Biologi, Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan,
Universitas Siliwangi

Disusun Oleh:
Kelompok 2
Parmitasari Rachmat 172154037
Nisa Zahra Fathatul Jannah 172154055
Chrisna Maulana 172154061

JURUSAN PENDIDIKAN BIOLOGI

FAKULTAS KEGURUAN DAN ILMU PENDIDIKAN

UNIVERSITAS SILIWANGI

TASIKMALAYA

2020
 KATA PENGANTAR

Puji dan syukur mari kita panjatkan kehadirat Illahi rabbi, yang mana telah
memberi Rahmat, Hidayah dan Inayah-Nya sehingga memudahkan beserta
memberi kelancaran dalam proses pembuatan makalah dengan judul “THE
ARCHAEA” Salawat serta salam terlimpah curahkan kepada junjungan kita Nabi
Muhammad SAW, para sahabatnya, serta kita selaku pengikutnya. Amin.
Makalah ini disusun untuk memahami secara mendalam mengenai kajian
mikrobiologi. Dalam penyusunan makalah, tentu kami mendapat bantuan dari
berbagai pihak. Dikarenakan hal tersebut, tak lupa kami mengucapkan terima
kasih kepada:
1. Ibu Vita Meilani,. M.Sc., dan Bapak Mufti Ali, M.Pd., selaku dosen
pengampu mata kuliah Mikrobiologi Program Studi Pendidikan Biologi,
Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan, Universitas Siliwangi;
2. Ibu Dr.Purwati Kuswarini, M.Si. selaku Ketua Jurusan Pendidikan
Biologi, Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan, Universitas Siliwangi ;
3. Rekan sekelompok yang membantu penyusunan makalah ini;
4. Teman-teman seperjuangan mahasiswa jurusan Pendidikan Biologi;
beserta
5. Orang tua kami yang selalu mendoakan serta memberi semangat kepada
kami.
Penyusun menyadari apabila ada kesalahan dari segi penyusunan, mengingat
tidak ada manusia yang sempurna di alam jagat raya ini. Untuk itu, penyusun
memohon kritik dan saran yang membangun dari pembaca. Semoga makalah ini
memberikan manfaat bagi pembaca khususnya membantu dalam kegiatan proses
mengajar di masa depan sebagai bentuk implementasi dalam pengembangan
manfaat mikroorganisme dalam menyelesaikan masalah kehidupan.

Tasikmalaya, April 202

i
 Penyusun
DAFTAR ISI

ii
 BAB I
PENDAHULUAN
A. Latar Belakang
Mikrobiologi adalah ilmu yang mempelajari mikroba. Mikrobiologi adalah
salah satu cabang ilmu dari biologi, dan memerlukan ilmu pendukung kimia,
fisika,dan biokimia. Mikrobiologi sering disebut ilmu praktek dari biokimia.
Dalam mikrobiologi dasar diberikan pengertian dasar tentang sejarah
penemuan mikroba, macam-macam mikroba di alam, struktur sel mikroba
dan fungsinya ,metabolisme mikroba secara umum, pertumbuhan mikroba
danfaktor lingkungan, mikrobiologi terapan di bidang lingkungan dan
pertanian. Mikrobiologi lanjut telah berkembang menjadi bermacam-macam
ilmu yaitu virologi, bakteriologi, mikologi, mikrobiologi pangan,
mikrobiologi tanah, mikrobiologi industri,dan sebagainya yang mempelajari
mikroba spesifik secara lebih rinci atau menurut kemanfaatannya.
Salah satu kajian dari mikrobiologi yakni arkea. Arkea merupakan satu
domain atau kerjaan mikroorganisme bersel satu. Arkea awalnya di
klasifikasikan sebagai bakter dan diberi nama archaebacteria (di kerjaan
Archaebacteria), tetapi klasifikasi ini sudah usang. Archea dam bacteria
secara umum di klasifikasikan menjadi domain Archea dan domain Bacteria
yang mengacu pada system tiga domain Woese. Kadang, arkea dan Bakteri di
klasifikasikan sebagai kingdom yang disatukan dalam empire/domain
Prokaryota. Perbedaan ini bergantung pada system klasifikasi yang digunakan
dalam kurikulum. Pemisahan yang dilakukan oleh Dr. Carl Woese dan
koleganya ini berdasarkan pendekatan sekuen gen penyandi 16S rRNA yang
bersifat universal bagi seluruh organisme.
Beberapa anggota Arkea diketahui merupakan organisme penghuni
lingkungan paling ekstrim di bumi, diantaranya, hidup di dekat kantung-
kantung gas di dasar laut, sementara lainnya berada pada sumber mata air
panas atau abhkan pada air dengan kadar garam/asam yang sangat tinggi.
Beberapa arkea juga ditemukan pada saluran pencernaan sapi dan rayap.

1
Mereka juga dapat hidup pada lumpur di dasar laut tanpa oksigen sekalipun.
Namun, saat

2
 2

ini telah ditemukan beberapa arkea yang ditemukan di berbagai habitat yakni
tanah, lautan dan rawa. Arkea juga merupakan bagian dari microbiota dari
semua organisme, dan dalam microbiota manusia arkea berperan penting di
usu besar, rongga mulut dan kult. Arkea sangat banyak di lautan dan arkea
dalam bentuk plankton mungkin adalah salah satu kelompok organsime yang
peling banyak di planet ini.
Arkea adalah bagian utama dari kehidupan bumi dan mungkin memainkan
peran dalma siklus karbon dan siklus nitrogen. Tidak ada contoh yang jelas
dari pathogen atau parasite arkea yang dikenal, tetapi arkea sering kali
mutualis atau komensal. Salah satu contoh adalah metnogen yang hidup di
saluran pencernaan manusia dan ruminansia, di mana jumlahnya yang besar
membantu pencernaan. Metanogen digunakan dalam produksi biogas dan
pengolahan limbah, dan enzim dari arkea ektremofil yang dapat bertahan
pada suhu tinggi.
Arkea dan Bakteri umumnya memiliki ukuran dan bentuk yang serupa,
meskipun beberapa arkea memiliki bentuk yang sangat aneh, seperti sel-sel
datar dan berbentuk persegi. Meskipun terdapat kesamaan morfologi antara
arkea dengan bakteri, arkea memiliki gen-gen dan beberapa jalur metabolic
yang lebih serupa dengan yang dimiliki eukariota, terutama enzim yang
terlibat dalam trasnkripsi dan translasi.
Berdasarkan latar belakang tersebut, penulis membuat makalah yang
berjudul “The Archaea” untuk mengetahui lebih dalam mengenai Arkea.

B. Rumusan Masalah
Berdasarkan latar belakang di atas, rumusan masalah yang
didapatkan adalah sebagai berikut :
1. Bagaimana karakteristik Arkea ?
2. Bagaimana susunan biologi molekuler Arkea ?
3. Bagaimana metabolisme Arkea ?
4. Bagaimana taksonomi Arkea ?
 3

C. Tujuan Makalah
Berdasarkan rumusan masalah di atas, makalah ini mempunyai
tujuan sebagai berikut :
1. Untuk mengetahui karakteristik Arkea.
2. Untuk mengetahui susunan biologi molekuler Arkea.
3. Untuk mengetahui metabolism Arkea.
4. Untuk mengetahui taksonomi Arkea.
D. Manfaat Makalah
Makalah ini disusun dengan harapan memberikan keguaan baik
secara teoritis maupun secara praktis. Secara teoritis makalah ini
ebrguna sebagai salah satu sumber pengetahuan tentang Arkea.
Secara praktis makalah in diharapkan bermanfaat bagi :
1. Penyusun, sebagai wahana penambah pengetahuan tentang
Arkea.
2. Pembaca, sebagai media informasi tentang Arkea.
4
 BAB II
KAJIAN PUSTAKA

A. Pengertian Archaea
Archaea berasal dari bahasa Yunani kuno yaitu archaios, termasuk
mikroba yang ditemukan dalam dua filum yaitu crenarchaeota, dan
euryarchaeota . Archaea cukup beragam, baik dalam morfologi dan fisiologi.
Dapat berupa noda baik positif gram atau gram negatif dan mungkin bola,
berbentuk batang, spiral, lobed, cuboidal, segitiga, piring berbentuk,
berbentuk tidak teratur, atau pleomorfik. Beberapa sel tunggal, sedangkan
yang lain membentuk filamen atau agregat. Ukurannya berkisar diameter dari
0,1 sampai lebih dari 15 m, dan beberapa filamen dapat tumbuh hingga 200 m
panjang. Perkalian mungkin dengan pembelahan biner, tunas, fragmentasi,
atau mekanisme lainnya. Itu archaea hanya sebagai beragam fisiologis.
Mereka bisa menjadi aerobik, fakultatif anaerob, atau ketat anaerobik. Nutrisi
mereka berkisar dari chemolithoautotrophs ke organotrophs. Mereka
termasuk psychrophiles, mesophiles, dan hyperthermophiles yang dapat
tumbuh di atas100 ° C.

B. Karakteristik Archaea
1. Ekologi
Jenis lingkungan di mana archaea paling sering ditemukan
didaerah dengan suhu sangat tinggi atau rendah atau pH, garam
terkonsentrasi, atau benar-benar anoxic. Ini umumnya disebut sebagai
“lingkungan yang ekstrim.” Namun, istilah-istilah seperti ekstrim dan
hypersaline mencerminkan perspektif manusia, yang berarti bahwa
mereka situasi di mana manusia tidak bisa bertahan hidup. Sebaliknya,
sebagian besar bumi (lautan) adalah “lingkungan yang ekstrim” di
mana itu sangat dingin (sekitar 4 ° C), gelap, dan di bawah tekanan
tinggi. Banyak archaea yang juga disesuaikan dengan lingkungan, di

4
 5

mana dapat tumbuh dengan angka tinggi. Misalnya, archaea

setidaknya 34% dari biomassa prokario. setidaknya beberapa perairan
pesisir Antartika. Dalam beberapa lingkungan hypersaline, populasi
archaea menjadi padat sehingga air garam yang merah dengan pigmen
archaea. Beberapa archaea yang simbion dalam saluran pencernaan
hewan. urutan gen archaea telah ditemukan di perairan tanah dan iklim
dan permukaan laut tropis.
2. Dinding sel archaea dan Membran
Archaea dapat berupa noda baik positif gram atau gram negatif,
meskipun tidak memiliki asam muramic dan D-asam amino yang
membentuk peptidoglikan. Tanpa kendala dari peptidoglikan molekul
dilestarikan, dinding sel archaea bisa sangat beragam. Misalnya,
beberapa archaea metanogen memiliki pseudomurein ( polimer
peptidoglikan-seperti itu adalah cross-linked dengan L-asam amino),
sementara yang lain mengandung polisakarida kompleks mirip dengan
kondroitin sulfat dari jaringan ikat hewan. Menariknya, beberapa
archaea hyperthermophilic dan metanogen memiliki dinding protein.
Bakteri dan Eucarya dalam memiliki bercabang rantai hidrokarbon
yang melekat pada gliserol oleh eter (bukan ester) keterkaitan. archaea
termofilik kadang-kadang menghubungkan dua kelompok gliserol
untuk membentuk tetraethers panjang. Diether rantai samping biasanya
20 karbon panjang, dan tetraether rantai mengandung 40 atom karbon.
Namun, sel-sel dapat menyesuaikan panjang rantai oleh cyclizing
rantai untuk membentuk cincin pentasiklik. cincin pentasiklik seperti
yang digunakan oleh archaea termofilik untuk membantu menjaga
keseimbangan kristal cair halus membran pada suhu tinggi. fosfolipid
polar, sulfolipids, dan glikolipid juga ditemukan dalam membran
archaea.
3. Genetika dan Biologi Molekuler
Beberapa fitur genetika archaea yang mirip dengan yang di bakteri,
sementara yang lain lebih mirip Eucarya. Genom beberapa archaea
secara signifikan lebih kecil daripada banyak bakteri. Sebagai contoh,
sementara genom Bacillus subtilis adalah 4,20 juta pasang basa (Mb),
crenarchaeote yang Pyrobaculum aerophilum genom 2.22 Mb dan
bahwa dari Methanobacterium thermoautotrophicum, euryarchaeote
sebuah, 1.75 Mb. Sebuah tanda keanekaragaman archaea adalah variasi
dalam G C konten, dari sekitar 21% menjadi 68%. Untuk saat ini,
tampak bahwa archaea memiliki beberapa plasmid. Genomik
komparatif antara genom benar-benar diurutkan dari archaea, bakteri,
dan eucaryotes menunjukkan beberapa kecenderungan jelas. Pertama,
 6

sekitar 30% dari semua gen bersama secara eksklusif antara archaea
dan eucaryotes encode protein yang terlibat dalam transkripsi,
terjemahan, atau DNAmetabolism. Sebaliknya, sejumlah besar gen
bersama hanya antara bakteri dan archaea terlibat dalam jalur
metabolisme. Selain itu, ada bukti untuk transfer gen horizontal antara
dua domain tersebut, khususnya antara bakteri termofilik dan archaea
Jumlah kecil gen yang ditemukan di semua tiga domain tampaknya
tidak cocok pola tertentu. Archaea replikasi DNA tampaknya menjadi
campuran kompleks fitur eucaryotic dan prokariot. Suka bakteri,
paling archaea memiliki kromosom melingkar dengan asal tunggal dari
replikasi, dan replikasi tampaknya dua arah. Namun, dalam genom
archaea yang telah diurutkan, asal replikasi diapit oleh gen pengkodean
eucaryotic-seperti protein inisiasi Cdc6 / Orc1 dan setidaknya beberapa
archaea memiliki beberapa origins.While itu awalnya berpikir bahwa
protein replikasi archaea yang seragam eucaryotic-seperti, analisis
genom lebih lanjut mengungkapkan bahwa beberapa protein replikasi
adalah sama dengan yang di bakteri, sementara yang lain secara unik
archaea. Beberapa kromosom archaea berbeda dari bakteri dalam
memiliki eucaryotic-seperti protein histon yang bindDNAto
membentuk nukleosom-seperti struktur. Transkripsi di archaea juga
memadukan fitur bakteri dan eukariotik. RNApolymerases archaea
terdiri dari setidaknya 10 subunit yang sangat homolog dengan subunit
eukariotik. Juga, seperti eucaryotic RNA nuklir polimerase, RNA
polimerase archaea tidak efisien mengenali daerah promoter tanpa
bantuan protein tambahan. Sebaliknya, pengakuan promotor
tergantung pada setidaknya dua protein eukariotik-seperti: T ATA-
kotak- b INDING p rotein (TBP) dan t ranscription f aktor B ( TFB).
Oleh karena itu tidak mengherankan bahwa banyak promotor archaea
yang mirip dengan promotor eucaryotic tertentu, memiliki kotak
TATA (urutan 7-bp ditemukan sekitar 25 bp sebelum situs awal
transkripsi) diawali dengan wilayah yang kaya purin yang disebut B r
esponsive e lement (BRE). Dalam eucaryotes, Bre adalah situs yang
transkripsi mengikat faktor IIB. Diperkirakan bahwa TFB archaea dan
TBP mengikat wilayah BRE DNA sebagai prasyarat untuk perakitan
RNA polimerase subunit sebelum inisiasi transkripsi ( Gambar20.2).
 7

Namun, archaea mRNA tampaknya mirip dengan mRNA bakteri

dalam bahwa itu adalah polisistronik dan tidak ada bukti untuk
mRNAsplicing. Akhirnya, mesin translasi di archaea unik. Tidak
seperti kedua bakteri dan eucaryotes, lengan TC dari archaea tRNA
tidak memiliki timin dan berisi pseudouridine atau
1methylpseudouridine. The archaea inisiator tRNA membawa
metionin seperti halnya eucaryotic inisiator tRNA. Meskipun ribosom
archaea yang 70S, mirip dengan ribosom bakteri, studi mikroskop
elektron menunjukkan bahwa bentuknya cukup bervariasi dan kadang
kali berbeda dari yang kedua ribosom bakteri dan eukariotik. Mereka
menyerupai ribosom eukariotik sensitivitas mereka terhadap
anisomycin antibiotik dan ketidakpekaan terhadap kloramfenikol dan
kanamisin. Selanjutnya, mereka faktor elongasi 2 reactswith toksin
difteri seperti eucaryotic EF-2 . Seperti sintesis protein archaea, sekresi
protein archaea memiliki kedua fitur bakteri dan eukariotik. Semua
tiga domain memiliki partikel pengakuan sinyal (SRPs) yang
menargetkan protein baru ke situs translokasi, tapi SRPdiffers archaea
dari orang-orang di dua domain lainnya. Seperti dalam bakteri, yang
SRPbinds archaea ke urutan sinyal preprotein dan dapat langsung ke
Sec tergantung sekresi protein jalur untuk transportasi melalui
membran plasma. Archaea protein jalur Sec-dependent, namun, lebih
mirip orang-orang dari jalur eucaryotic dari protein bakteri. Setelah
preprotein tersebut akan dipindahkan melintasi membran, urutan sinyal
dihapus oleh peptidase sinyal yang menyerupai subunit dari peptidase
eucaryotic. sekresi protein di procaryotes
4. Metabolisme
Dalam pandangan mereka berbagai gaya hidup, metabolisme
archaea sangat bervariasi di antara anggota kelompok yang berbeda.
Beberapa archaea yang organotrophs; lain autotrophic. Sebuah bahkan
membawa beberapa keluar phototrophy berbasis rhodopsin.
carbohydratemetabolism archaea paling baik dipahami. Enzim 6-
 8

fosfofruktokinase belum ditemukan di archaea apapun, dan mereka

tidak muncul untuk glukosa mendegradasi dengan cara jalur
EmbdenMeyerhof. Namun,mbeberapa hyperthermophiles tampaknya
memiliki dimodifikasi Embden-Meyerhof yang melibatkan beberapa
enzim baru, termasuk fosfofruktokinase ADP-dependent. halofili
ekstrim dan thermophiles catabolize glukosa menggunakan amodified
formof jalur Entner-Doudoroff inwhich intermediet awal tidak
terfosforilasi. Semua archaea yang telah dipelajari dapat mengoksidasi
piruvat ke asetil-CoA. Mereka tidak memiliki piruvat dehidrogenase
hadir kompleks dalam eucaryotes dan bakteri pernapasan dan
menggunakan oksidoreduktase enzim piruvat untuk tujuan ini. Halofili
dan thermophile ekstrim Thermoplasma tampaknya memiliki siklus
asam trikarboksilat fungsional. Metanogen tidak catabolyze glukosa
untuk setiap batas yang signifikan, dan sehingga tidak mengherankan
bahwa mereka tidak memiliki siklus asam trikarboksilat lengkap. Bukti
untuk rantai pernapasan fungsional telah diperoleh di halofili dan
thermophiles.
Sangat sedikit yang diketahui secara detail tentang jalur biosintesis
dalam Archaea. Data awal menunjukkan bahwa jalur sintetis untuk
asam amino, purin, dan pirimidin yang sama dengan yang di
organisme lain. Beberapa metanogen dapat memperbaiki dinitrogen
atmosfer. Banyak archaea, termasuk halofili dan metanogen,
menggunakan pembalikan dari jalur Embden-Meyerhof untuk glukosa
mensintesis, dan setidaknya beberapa metanogen dan thermophiles
ekstrim mempekerjakan glikogen sebagai bahan cadangan utama
mereka. Sintesis gula dan polisakarida Sintesis asam amino
Autotrophy tersebar luas di antara metanogen dan thermophiles
ekstrim, dan CO 2 fiksasi terjadi di lebih dari satu cara. Thermoproteus
dan mungkin Sulfolobus menggabungkan CO 2 oleh reduktif yang
siklus asam trikarboksilat. Jalur ini juga hadir dalam chlorobi. archaea
metanogen dan mungkin thermophiles paling ekstrim menggabungkan
CO 2 oleh asetil-koa jalur reduktif (gambar 20.3 b). Sebuah jalur yang
sama juga hadir dalam bakteri acetogenic dan bakteri sulfat-
mengurang autotrophic.
 9

C. Taksonomi archaea
Bahwa archaea cukup berbeda dari organisme hidup lainnya. Seperti
ditunjukkan dalam tabel 20.1

D. Phylum Crenarchaeota
 10

Sebagian besar crenarchaeotes yang telah dibudidayakan sangat

termofilik, dan banyak yang asidofili dan tergantung belerang. sulfur yang
dapat digunakan baik sebagai akseptor elektron dalam respirasi anaerobik
atau sebagai donor elektron oleh lithotrophs. Banyak yang anaerob yang
ketat. Tumbuh di air geothermally dipanaskan atau tanah yang
mengandung unsur sulfur. Lingkungan ini tersebar di seluruh dunia.
Contohnya adalah Kaya sulfur sumber air panas di Yellowstone National
Park dan perairan bidang kegiatan vulkanik bawah laut sekitarnya habitat
tersebut kadang-kadang disebut solfatara. archaea ini bisa sangat
termofilik dan sering diklasifikasikan sebagai hyperthermophiles .

Contoh yang paling ekstrim diisolasi dari ventilasi hidrotermal

aktif di timur laut Samudera Pasifik. Ini adalah salah satu dari tiga isolat
novel yang merupakan genus baru di Pyrodictiaceae keluarga. Tingkat
pertumbuhan optimum adalah sekitar 105 ° C, tapi bahkan autoklaf
mikroba ini pada 121 ° selama satu jam gagal untuk membunuhnya! Hal
 11

ini ketat anaerobik, dengan menggunakan Fe (III) sebagai akseptor

elektron terminal dan H 2 atau formate sebagai donor elektron .

Saat ini, crenarchaeota berisi 25 genera; dua dari genera yang lebih
baik dipelajari adalah Thermoproteus dan Sulfolobus. Anggota dari genus
Sulfolobus noda gram negatif, dan aerobik, tidak teratur lobed archaea
bola dengan suhu optimum sekitar 70 sampai 80 ° C dan optimum pH 2
sampai 3.

Thermoacidophiles tumbuh terbaik pada pH asam dan suhu tinggi.

dinding sel mereka mengandung lipoprotein dan karbohidrat. Tumbuh
lithotrophically pada butiran belerang di air asam panas dan tanah
sementara mengoksidasi sulfur untuk asam sulfat.
Oksigen adalah akseptor elektron normal, tapi besi besi dapat
digunakan. Gula dan asam amino seperti glutamat juga berfungsi sebagai
sumber karbon dan energi. Thermoproteus adalah panjang, tipis batang
yang bisa ditekuk atau bercabang dinding selnya terdiri dari glikoprotein.
Thermoproteus adalah anaerob yang ketat dan tumbuh pada suhu 70-97 °
C dan pH antara 2,5 dan 6,5. Hal ini ditemukan dalam sumber air panas
dan habitat perairan panas lainnya kaya belerang. Hal ini dapat tumbuh
organotrophically dan glukosa mengoksidasi, asam amino, alkohol, dan
asam organik dengan unsur sulfur sebagai akseptor elektron. Itu adalah,
Thermoproteus dapat melaksanakan respirasi anaerobik. Ini juga akan
 12

tumbuh chemolithotrophically menggunakan H 2 dan S 0. Karbon

monoksida atau CO 2 dapat berfungsi sebagai sumber crenarchaeota
terkenal karena kehidupan mereka pada suhu tinggi dan pH asam, analisis
urutan fragmen DNA yang berasal dari sampel lingkungan
mengungkapkan bahwa filum ini lebih luas di alam. Ingat bahwa hanya
sebagian kecil dari mikroba telah tumbuh dalam budaya, sehingga
kemampuan untuk menganalisis komunitas mikroba menggunakan teknik
molekuler merupakan cara penting untuk benar-benar memahami
keanekaragaman mikroba. Studi semacam telah mengungkapkan bahwa
crenarchaeota memiliki populasi yang signifikan dalam plankton laut dari
kutub, sedang, dan perairan tropis. Crenarchaeotes juga tampak sawah
mendiami, tanah, sedimen danau air tawar dan setidaknya dua spesies
simbiosis telah diisolasi, satu dari teripang air dingin dan lain dari spons
laut. Seperti lebih banyak belajar tentang mikroba ini, pemahaman kita
tentang filogeni archaea tak diragukan lagi akan ditingkatkan dan
kemungkinan besar dimodifikasikarbon tunggal.

E. Phylum Euryarchaeota
Euryarchaeota adalah filum sangat beragam dengan banyak
genera . Lima kelompok fisiologis utama yang terdiri euryarchaeotes yang
dibahas secara singkat.
Metanogen adalah anaerob ketat yang memperoleh energi dengan
mengkonversi CO 2, H 2, format, metanol, asetat, dan senyawa lainnya
baik metana atau metana dan CO 2. autotrophic ketika tumbuh di H 2 dan
CO 2. Ini adalah kelompok terbesar dari archaea. Ada lima
( Methanobacteriales, Methanococcales, Methanomicrobiales,
Methanosarcinales, dan Methanopyrales) dan 26 genera, yang sangat
berbeda dalam bentuk keseluruhan, 16S rRNAsequence, dinding sel kimia
dan struktur, membran lipid, dan fitur lainnya. Misalnya, metanogen
membangun tiga jenis dinding sel. Beberapa genera memiliki dinding
dengan pseudomurein; dinding lainnya berisi baik protein atau
heteropolisakarida. Semua archaea ini metanogen, methanotrophs (yaitu,
organisme yang digunakan metana sebagai sumber karbon dan energi)
baru-baru ini ditemukan di Methanosarcinales.
Methanopyri. Memiliki satu urutan, Methanopyrales, satu famili
dan genus tunggal, Methanopyrus. hyperthermophilic, metanogen batang
berbentuk ini telah diisolasi dari ventilasi hidrotermal laut. Methanopyrus
kandleri memiliki minimal suhu pada 84 ° C dan optimum 98 ° C; akan
tumbuh pada suhu sampai 110 ° C. Methanopyrus menempati cabang
terdalam dan paling kuno dari euryarchaeotes. Mungkin nenek moyang
 13

archaea metanogen termasuk di antara organisme yang paling awal.

Seperti yang disimpulkan dari kemampuan metanogen untuk
menghasilkan metana anaerob, metabolisme mereka tidak biasa.
procaryotes ini berisi beberapa kofaktor yang unik:
tetrahydromethanopterin (H 4 MPT), methanofuran (MFR), koenzim M
(asam 2-mercaptoethanesulfonic), koenzim F 420, dan koenzim F 430
(gambar 20.10)

Tiga kofaktor pertama menanggung C 1 Unit saat CO 2 direduksi

menjadi CH 4. F 420 membawa elektron dan proton, dan F 430 adalah
tetrapyrrole nikel melayani sebagai kofaktor untuk enzim metil-Com
methylreductase. Jalur untuk sintesis metana diduga fungsi seperti yang
ditunjukkan pada gambar 20.11.

Tampaknya sintesis ATP dihubungkan dengan methanogenesis

oleh transpor elektron, proton memompa, dan mekanisme kemiosmotik.
Beberapa metanogen dapat hidup autotrophically dengan membentuk
asetil-CoA dari dua molekul CO 2 dan kemudian mengubah asetil-CoA
menjadi piruvat dan produk lainnya.
Metanogen berkembang dalam anoxic lingkungan kaya bahan
organik: rumen dan sistem usus hewan, air tawar dan sedimen laut, rawa
 14

dan rawa-rawa, mata air panas, anoxic digester lumpur, dan bahkan dalam
protozoa anaerobik. Metanogen sering signifikansi ekologi. Tingkat
produksi metana bisa begitu besar bahwa gelembung metana kadang-
kadang naik ke permukaan danau atau kolam. metanogen rumen begitu
aktif bahwa sapi dapat bersendawa 200 hingga 400 liter metana per hari.
Archaea metanogen berpotensi penting praktis besar karena metana
merupakan bahan bakar bersih-pembakaran dan sumber energi yang
sangat baik. Selama bertahun-tahun pabrik pengolahan limbah telah
menggunakan metana yang mereka hasilkan sebagai sumber energi untuk
panas dan listrik. mikroba digester anaerobik mendegradasi limbah
partikel seperti lumpur limbah ke H 2, BERSAMA 2, dan asetatm.
Mengurangi metanogen membentuk CH 4 dari CO 2 dan H 2, sementara
aceticlastic metanogen memecah asetat untuk CO 2 dan CH 4 ( sekitar 2/3
dari metana yang dihasilkan oleh digester anaerobik berasal dari asetat).
Akilogram bahan organik dapat menghasilkan hingga 600 liter metana.
Hal ini sangat mungkin bahwa penelitian masa depan akan sangat
meningkatkan efisiensi produksi metana dan membuat methanogenesis
sumber penting dari energi bebas polusi.

F. Metanogen
Metanogen adalah anaerob ketat yang memperoleh energi dengan
mengkonversi CO2, H2, format, metanol, asetat, dan senyawa lainnya
metana atau metana dan CO2. Mereka autotrofik ketika tumbuh pada H2
dan CO2. Ini adalah kelompok archaea terbesar. Ada lima pesanan
(Methanobacteriales, Methanococcales, Methanomicrobiales,
Methanosarcinales, dan Methanopyrales) dan 26 genera, yang sangat
berbeda dalam bentuk keseluruhan, setelah sel dinding kimia dan struktur,
lipid membran, dan fitur lainnya. Untuk misalnya, methanogen
membangun tiga jenis dinding sel yang berbeda. Beberapa genera
memiliki dinding dengan pseudomurein; dinding lainnya berisi baik
protein atau heteropolysaccharides. Morfologi beberapa methanogen
ditunjukkan pada gambar 20.9, dan properti terpilih dari genera yang
representatif disajikan pada tabel 20.2. Ini harus diperhatikan bahwa
meskipun hampir semua archaea dalam ordo ini adalah methanogen,
methanotroph (yaitu, organisme yang menggunakan metana sebagai
karbon dan sumber energi) baru-baru ini ditemukan di Methanosarcinales
(Keanekaragaman Mikroba & Ekologi 20.2).
15
 16

Salah satu kelompok metanogenik yang paling tidak biasa adalah

kelas Methanopyri. Ini memiliki satu pesanan, Methanopyrales, satu
keluarga dan genus tunggal, Methanopyrus. Ini hipertermofilik, berbentuk
batang methanogen telah diisolasi dari lubang hidrotermal laut.
Methanopyrus kandleri memiliki suhu minimum pada 84 ° C dan optimal
98 ° C; itu akan tumbuh pada suhu hingga 110 ° C. Methanopyrus
menempati cabang terdalam dan paling kuno dari euryarchaeotes.
Mungkin nenek moyang archaneal metanogenik adalah di antara
organisme paling awal. Mereka jelas terlihat baik diadaptasi untuk hidup
dalam kondisi yang mirip dengan yang diduga telah ada di Bumi muda.
Seperti yang dapat disimpulkan dari kemampuan metanogen untuk
memproduksi metana secara anaerob, metabolisme mereka tidak biasa.
Procaryotes ini mengandung beberapa kofaktor unik:
tetrahydromethanopterin (H4MPT), methanofuran (MFR), koenzim M (2-
mercaptoethanesulfonic acid), koenzim F420, dan koenzim F430 (gambar
20.10). Tiga kofaktor pertama menanggung unit C1 saat CO2 direduksi
menjadi CH4. F420 membawa elektron dan proton, dan F430 adalah
tetrapyrrole nikel yang berfungsi sebagai kofaktor untuk enzim methyl-
CoM methylreductase. Jalur untuk sintesis metana diperkirakan berfungsi
seperti yang ditunjukkan pada gambar 20.11. Sepertinya Sintesis ATP
dikaitkan dengan metanogenesis oleh transpor elektron, memompa proton,
dan mekanisme chemiosmotic. Beberapa metanogen dapat hidup secara
autotrof dengan membentuk asetil-KoA dari dua molekul CO2 dan
kemudian mengubah asetilKoA ke piruvat dan produk lainnya (gambar
20.3b).

Metanogen tumbuh subur di lingkungan anoksik yang kaya akan

bahan organik: rumen dan sistem pencernaan hewan, air tawar dan laut
sedimen, rawa-rawa dan rawa-rawa, mata air panas, lumpur anoxic
 17

digester, dan bahkan dalam protozoa anaerob. Methanogen sering adalah

signifikansi ekologis. Laju produksi metana bisa menjadi begitu besar
sehingga gelembung metana kadang naik ke permukaan sebuah danau atau
kolam. Metanogen rumen sangat aktif sehingga seekor sapi bisa
bersendawa 200 hingga 400 liter metana sehari.
Arkea metanogenik berpotensi sangat penting secara praktis karena
metana adalah bahan bakar yang bersih dan energi yang sangat baik
sumber. Selama bertahun-tahun pabrik pengolahan limbah telah
menggunakan metana yang mereka hasilkan sebagai sumber energi untuk
panas dan listrik. Mikroba digester anaerob mendegradasi limbah partikel
seperti lumpur limbah menjadi H2, CO2, dan asetat. Methanogen
pereduksi CO2 membentuk CH4 dari CO2 dan H2, sedangkan metanogen
asetatlastik membelah asetat menjadi CO2 dan CH4 (sekitar 2/3 dari
metana yang diproduksi oleh digester anaerob berasal dari asetat).
Akilogram dari bahan organic dapat menghasilkan hingga 600 liter
metana. Sangat mungkin masa depan itu penelitian akan sangat
meningkatkan efisiensi produksi metana dan menjadikan metanogenesis
sebagai sumber penting energi bebas polusi.
Metanogenesis juga bisa menjadi masalah ekologis. Metana
menyerap radiasi inframerah dan karenanya merupakan gas rumah kaca.
Ada buktinya bahwa konsentrasi metana atmosfer telah meningkat selama
200 tahun terakhir. Produksi metana dapat meningkat secara signifikan
pemanasan global di masa depan. Baru-baru ini telah ditemukan itu
methanogen dapat mengoksidasi Fe0 dan menggunakannya untuk
menghasilkan metana dan energi. Ini berarti bahwa methanogen tumbuh di
sekitar yang terkubur atau terendam pipa besi dan benda lain dapat
berkontribusi secara signifikan korosi besi.

G. Halobakteria
Halophile atau halobacteria yang ekstrem, pesan Halobacteriales,
adalah kelompok archaeal besar lainnya, saat ini dengan 17 genera dalam
satu keluarga, Halobacteriaceae (gambar 20.12). Sebagian besar
chemoorganotrophs aerobik dengan metabolisme pernapasan. Ekstrim
halophile menunjukkan berbagai kemampuan nutrisi. Halofil pertama
diisolasi dari ikan asin di 1880-an dan membutuhkan nutrisi kompleks
seperti ekstrak ragi. Isolat yang lebih baru tumbuh terbaik di media yang
ditentukan, menggunakan karbohidrat atau senyawa sederhana seperti
gliserol, asetat, atau piruvat sebagai sumber karbon mereka. Halofil dapat
bersifat motil atau nonmotile dan ditemukan dalam berbagai bentuk sel. Ini
 18

termasuk kubus dan piramida selain batang dan cocci

Ciri pembeda yang paling jelas dari keluarga ini adalah sifatnya
yang absolut ketergantungan pada konsentrasi NaCl yang tinggi.
Procaryotes ini membutuhkan setidaknya 1,5 M NaCl (sekitar 8%, berat /
volume), dan biasanya memiliki pertumbuhan optimal sekitar 3 hingga 4
M NaCl (17 hingga 23%). Mereka akan tumbuh pada konsentrasi garam
mendekati saturasi (sekitar 36%). Dinding sel dari sebagian besar
halobacteria sangat tergantung pada Kehadiran NaCl yang mereka hancur
saat konsentrasi NaCl turun di bawah 1,5 M. Dengan demikian
halobacteria hanya tumbuh dalam kadar tinggihabitat seperti salterns laut
dan danau garam seperti Laut Mati antara Israel dan Yordania, dan Danau
Garam Besar di Utah. Halofil digunakan dalam produksi banyak makanan
asin produk, termasuk kecap. Halobacteria sering memiliki warna merah di
bawah pigmentasi dari karotenoid yang mungkin digunakan sebagai
perlindungan terhadap sinar matahari yang kuat. Mereka dapat
menjangkau populasi yang demikian tinggi tingkat yang garam danau,
salterns, dan ikan asin benar-benar memerah. Mungkin anggota keluarga
yang paling banyak dipelajari adalah Halobacterium salinarium. Archaeon
ini tidak biasa karena menghasilkan protein yang disebut
bacteriorhodopsin yang dapat memerangkap energi cahaya tanpa
keberadaan klorofil. Secara struktural mirip dengan rhodopsin ditemukan
di mata mamalia, fungsi bacteriorhodopsin sebagai pompa proton yang
digerakkan oleh cahaya. Seperti semua anggota keluarga rhodopsin,
bacteriorhodopsin memiliki dua fitur berbeda: (1) sebuah kromofor yang
merupakan turunan dari retina (aldehida vitamin A), yang secara kovalen
 19

melekat pada protein oleh basa Schiff dengan gugus amino lisin (gambar
20.13); dan (2) tujuh membrane spanning domain yang dihubungkan oleh
loop di kedua sisi dengan istirahat retina di dalam membran. Molekul
Bacteriorhodpsin membentuk agregat di daerah yang dimodifikasi dari
membran sel disebut membran ungu. Ketika retina menyerap cahaya,
ganda ikatan antara karbon 13 dan 14 berubah dari trans ke konfigurasi cis
dan markas Schiff kehilangan proton. Proton bergerak melintasi membran
plasma ke ruang periplasma selama perubahan ini, dan perubahan basis
Schiff terlibat langsung dalam hal ini pergerakan (gambar 20.13).
Bakteriorhodopsin mengalami beberapa perubahan konformasi selama
siklus foto. Konformasi ini perubahan juga terlibat dalam transportasi
proton. The lightdriven pompa proton menghasilkan gradien pH yang
dapat digunakan untuk memperkuat sintesis ATP oleh mekanisme
chemiosmotic.

Halobacterium memiliki tiga rhodopsin tambahan, masing-masing

dengan a fungsi yang berbeda. Halorhodopsin menggunakan energi cahaya
untuk transportasi ion klorida ke dalam sel dan mempertahankan 4 hingga
5 M intraseluler Konsentrasi KCl. Dua lagi disebut sensory rhodopsin I
(SRI) dan SRII. Sensory rhodopsins bertindak sebagai fotoreseptor, dalam
 20

hal ini, satu untuk lampu merah dan satu untuk biru. Mereka
mengendalikan aktivitas flagellar untuk memposisikan organisme secara
optimal di kolom air. Halobacterium pindah ke lokasi intensitas cahaya
tinggi, tetapi di satu tempat Sinar ultraviolet tidak cukup kuat untuk
mematikan.
Anehnya, sekarang tampaknya rhodopsin didistribusikan secara
luas di antara procaryotes. Analisis urutan DNA kelautan yang tidak
dibudidayakan bacterioplankton mengungkap keberadaan gen rhodopsin di
antara keduanya dan proteobacteria. Ini baru ditemukan rhodopsin disebut
proteorhodopsin. Cyanobacteria juga punya protein rhodopsin, yang
seperti SRI dan SRII dari halobacteria, merasakan kualitas spektral cahaya.
Demikianlah molekul cyanobacterial juga dianggap rhodopsin sensorik.
Procaryotic ini Rhodopsin menghemat tujuh helium transmembran melalui
membran sel dan residu lisin yang membentuk Schiff hubungan dasar
dengan retina.

H. Termoplasma
Procaryotes di kelas Thermoplasmata adalah thermoacidophiles
yang tidak memiliki dinding sel. Saat ini, tiga genera, Thermoplasma,
Picrophilus, dan Ferroplasma diketahui. Mereka cukup berbeda dari satu
sama lain untuk ditempatkan dalam keluarga yang terpisah,
Thermoplasmataceae, Picrophilaceae, dan Ferroplasmataceae.
Thermoplasma tumbuh di tumpukan-tumpukan sampah tambang
batubara. Ini tumpukan mengandung banyak besi pirit (FeS), yang
teroksidasi menjadi asam sulfat oleh bakteri chemolithotrophic. Hasil dari
tumpukan menjadi sangat panas dan asam. Ini adalah habitat yang ideal
untuk Termoplasma karena tumbuh paling baik pada suhu 55 hingga 59 °C
dan pH 1 hingga 2. Meskipun tidak memiliki dinding sel, membran
plasmanya diperkuat dengan jumlah besar tetraeter diglycerol,
mengandung lipid polisakarida, dan glikoprotein. DNA organisme
distabilkan oleh asosiasi dengan histone archaeal yang menyingkat DNA
menjadi struktur menyerupai nukleosom eukariotik. Di 59°C,
Thermoplasma berbentuk filamen tidak teratur, sedangkan pada suhu yang
lebih rendah berbentuk bulat (gambar 20.14). Itu sel mungkin ditandai
flagel dan motil.
 21

Picrophilus bahkan lebih tidak biasa daripada Thermoplasma.

Awalnya diisolasi dari bidang solfatarik yang cukup panas di Jepang.
Meskipun tidak memiliki dinding sel biasa, Picrophilus memiliki lapisan-S
di luar membran plasma nya. Sel-sel tumbuh sebagai cocci berbentuk tidak
teratur, berdiameter sekitar 1 hingga 1,5 m, dan memiliki rongga
sitoplasma yang besar yang tidak dibatasi membran. Picrophilus bersifat
aerob dan tumbuh antara 47 dan 65 ° C dengan optimal 60 ° C. Ini sangat
luar biasa dalam persyaratan pH-nya: hanya tumbuh di bawah pH 3,5 dan
memiliki pertumbuhan optimal pada pH 0,7. Pertumbuhan bahkan terjadi
pada sekitar pH 0!

I. Termofilik Ekstrem S0-

Kelompok fisiologis ini berisi kelas Thermococci, dengan satu
urutan, termokopel. Thermococcal sangat ketat anaerob dan dapat
mengurangi sulfur menjadi sulfida. Mereka motil oleh flagella dan
memiliki suhu pertumbuhan optimal sekitar 88 hingga 100°C. Urutan
berisi satu keluarga dan tiga genera, Thermococcus, Paleococcus, dan
Pyrococcus.

J. Euryarchaeota Mengurangi Sulfat

Pereduksi sulfat Euryarchaeal ditemukan di kelas Archaeoglobi
dan urutan Archaeoglobales. Pesanan ini hanya memiliki satu keluarga dan
tiga genera. Archaeoglobus mengandung pewarnaan gram negatif, sel
coccoid tidak teratur dengan dinding sel yang terdiri dari glikoprotein
subunit. Itu dapat mengekstraksi elektron dari berbagai donor elektron
(mis., H2, laktat, glukosa) dan mengurangi sulfat, sulfit, atau tiosulfat
 22

untuk sulfida. Unsur belerang tidak digunakan sebagai akseptor.

Archaeoglobus sangat termofilik (yang optimal adalah sekitar 83 ° C) dan
telah diisolasi dari ventilasi hidrotermal laut. Itu organisme tidak hanya
luar biasa karena mampu mengurangi sulfat, tidak seperti archaea lain,
tetapi juga memiliki koenzim methanogen F420 dan methanopterin.
 BAB III
PENUTUP
A. Simpulan
Archaea sangat beragam sehubungan dengan morfologi,
reproduksi, fisiologi, dan ekologi. Meskipun terkenal karena pertumbuhan
mereka dalam anoksik, hipersalin, dan habitat bersuhu tinggi mereka juga
mendiami arktik laut, beriklim sedang, dan perairan tropis. Dinding sel
archaeal tidak mengandung peptidoglikan dan berbeda dari bakteri dinding
dalam struktur. Mereka dapat terdiri dari pseudomurein, polisakarida, atau
glikoprotein dan protein lainnya. Lipid membran archaeal berbeda dari
yang dimiliki organisme lain hidrokarbon rantai bercabang yang terhubung
ke gliserol melalui tautan eter. Bakteri dan lipid eukariotik memiliki
gliserol yang terhubung dengan asam lemak melalui ikatan ester. tRNA
mereka, ribosom, faktor perpanjangan, RNA polimerase, dan lainnya
komponen membedakan Archaea dari Bacteria dan eukaryotes. Meskipun
banyak metabolisme archaeal tampak mirip dengan organisme lain,
Archaea berbeda sehubungan dengan katabolisme glukosa, jalur untuk
Fiksasi CO2, dan kemampuan beberapa orang untuk mensintesis metana
(gambar 20.3). Archaea dapat dibagi menjadi lima kelompok: archanea
metanogenik, reduksi sulfat, halofil ekstrim, archaea tanpa dinding sel, dan
sangat termofilik Metabolisme S0 (tabel 20.1). Edisi kedua Bergey's
Manual membagi Archaea menjadi dua filum, Crenarchaeota dan
Euryarchaeota, masing-masing dengan beberapa ordo (gambar 20.4 dan
20.8). Halophile atau halobacteria ekstrem adalah kemoheterotrof aerobik
yang membutuhkan setidaknya 1,5 M NaCl untuk pertumbuhan. Mereka
ditemukan di habitat seperti garam, danau garam, dan ikan asin.
Halobacterium salinarum dapat melakukan fototropi tanpa klorofil atau
bacteriochlorophyll dengan menggunakan bacteriorhodopsin, yang
menggunakan retina untuk pompa proton melintasi membran plasma
(gambar 20.13). Thermoplasma archaeon Thermoplasma tumbuh dalam
panas, sampah batubara asam tumpukan dan bertahan hidup meskipun
kekurangan dinding sel. Termoplasma lain, Picrophilus, dapat tumbuh
pada pH 0. Thermococci kelas mengandung organisme termofilik yang
sangat mengurangi sulfur menjadi sulfida. Archaea pereduksi sulfat
ditempatkan di kelas Archaeoglobi. Ekstrem thermophile Archaeoglobus
berbeda dari archaea lain dalam menggunakan berbagai donor elektron
untuk mengurangi sulfat. Ini juga mengandung kofaktor metanogen F420
dan methanopterin.

23
 24

B. Saran
Adapun saran penulis yaitu pembaca dapat menggali lebih dalam lagi
mengenai materi Arkea ini. Selain itu, diharapkan makalah ini dapat menjadi
sarana pengetahuan dan perlu perbaikan lebih lanjut.
 25

DAFTAR PUSTAKA

Willey, J. M., Sherwood, L. M., & Woolverton, C. J. (2008). Prescott, Harley,

and Klein’s Microbiology Seventh Edition. McGraw-Hill.