W,+

a?;

BAB

ffi

ffi4
4"L
PENGENATAN

ARCHAEA, BAKTERIA DAN VIRUS

Archaeabacteria (arkea) dan eubacteria (bakteria) dahulunya termasuk di dalam kumpulan bakteria. Dalam sistem pengelasan lima alam. kedua-dua jenis bakteria ini di kelaskan ke dalam satu alam iaitu alam monera. Alam monera kerap juga dipanggil alam prokariot. Namun, dalam sistem pengelasan yang terkini iaitu enam alam, bakteria dipisahkan kepada domain archaea dan domain bacteria ataupun lebih dikenali sebagai alam areheabacteria dan alam eubakteria. Perbincangan alam prokariot, kerap .iuga memasukkan virus sebagai organisma tambahan walaupun ianya tidak dapat dikelaskan ke dalam alam tersebut atau pun mana-mana alam. Status virus masih tidak jelas samada ianya organisma hidup atau pun bukan, organisma ini boleh membiak bila berada di dalam perumahnya. Perbincangan tentang virus dikemukakan di bahagian akhir topik ini.
Antnrus*s

Furyt,rytrffi

o*Try*&du, t, Plsfihn \F*

*i rj

ii-ffiff?surturbe$re#s r

Fr#**s*f# **li*-*"
l
X.*x*ggm$wgffi'
H*rrywrr

\-,iJ,: Fif\K

I :4'.+5*

*w'}af,***#{}**'',**'""1**

\.*

}*-* ."3'

d "f

"/ R -.

Y***drwhffibc
E

g*,

*-t*
S4

jd--- Frmobgffif**

dE--__

*g,*n**g*#*
*.$**e*{ss* &m*s}

*wt*
4

-*sf
P*w*s
*ts,*

**S*txtte#

w,tts

&n$S*re**vgs

Rajah 4.1: Pokok filogenetik menunjukkan hubungan di antara Archaea dan dornain yang lain. Crenarchaeota, Nanoarchaeota dan Euryarchaeota adalah Archaea, Protozoa hingga Fungi adalah Eukaryotes dan yang lain-lain adalah domain Bacteria. (http : //en.wikipedia. or.g/wiki lArchaea)

TC

BAB 4: ARCHAEA, BAKTERIA DAN VIRUS

Archaea, bakteria dan eukariot mempunyai hubungan filogenetik yang agak rapat dalam.sistem organisma hidup. Rajah 4.1 menunjukkan hubungan filogenetik di antara archaea, bakteria dan organisma eukariotik.

4.2

ARCHAEA

4.2.L Pengenalan
Archaea dahulunya dikenali sebagai archaeabacteria adalah organisma satu sel yang boleh hidup dalam keadaan persekitaran yang melampau. Archaea adalah bentuk hidupan pertama yang ditemui di muka bumi.

4.2.2 Bentuk Dan Struktur

Sel

Struktur sel dan metabolisma archaea adalah menyamai bakteria. Ciri utama yang membezakan di antara archaea dan bakteria ialah seperti berikut; 1. archaea tidak mempunyai peptidoglycan pada dinding sel 2" archaea tidak mempunyai RNA polymerase enzime 3. archaea ditemui mendiami di persekitaran melampau
Umumnya, archaea adalah menyamai eukariotik dalam "mentranskrip" dan "mentranslasi" bahan genetik. Kedua-dua mekanisma ini terlibat dalam mensintesis protein. "Transkripsi" merupakan proses menyalin urutan DNA dengan polymerase RNA untuk menghasilkan RNA komplimentari. Sementara itu, "translation" merupakan proses menukarkan maklumat yang dikandungi dalam RNA komplimentari kepada urutan asid amino.

4-2.3 Pembiakan

Archaea membiak secara aseksual melalui pembelahan berganda, pemecahan atau penunasan. Proses meiosis tidak berlaku. Archaea tidak
boleh membentuk spora sebagaimana bakteria yang mempunyai keupayaan

untuk membentuk spora dorman selama beberapa tahun.

pembahagian selnya, selepas kromosom sel direplikasi sel membahagi kepada dua sel anak yang berasingan. Proses replikasinya menggunakan polymerase DNA yang menyerupai enzim yang digunakan oleh organisma eukariotik. Walau bagaimanapun, komponen-komponen yang dibina oleh archaea hampir menyamai dengan bakteria. 4"2.4 Nutrisi
Archaea menunjukkan kepelbagaian tindakbalas kimia dalam metabolisma dengan menggunakan banyak sumber tenaga. Tindakbalas ini dikelaskan rnengikut kumpulan nutrisi yang bergantung kepada jenis sumber tenaga

Dalam

BAB 4: ARCHAEA, BAKTERIA DAN VIRUS

il

phototrophs atau pun sebatian organik dikenali sebalai

Jadual 4.1: Jenis nutrisi dalam metabolisma archaea

dan karbon. Sebagai contoh, Archaea yang mendapatkan tenaga daripada sebatian bukan organik seperti sulfur atau ammonia, dikenali sebagai archaea lithotrophs. Archaea ini termasuk nitrifiers, methanogens agen pengoksidaan metana dan anaerobic. Dalam proses tindakbalas (pengoksidaan - tindakbalas redok), satu komponen elektron dilepaskan untuk aktiviti sel bahan bakar. Satu sebatian bertindak sebagai penderma elektron dan satu lagi sebagai penerima elektron. Tenaga yang dibebaskan menghasilkan adenosin trifosfat (ATP) melalui proses "chemiosmosis,,. Proses ini berlaku sama seperti di dalam mitokondria sel eukariotik. Kumpulan-kumpulan archaea yang lain dalam tindakbalas metabolismanya menggunakan sumber tenaga matahari dikenali sebagai archaea
archaea

organotrophs. Jadual 4.1 menunjukkan senarai jenis nutrisi archaea.

Jenis nutrisi dalam metabolisma archaea Sumber Jenis nutrisi Sumber karbon Contoh tenaga
Phototrophs Lithotrophs
Cahaya Sebatian

matahari
Sebatian

organik

Halobacteria

bukan organik
Sebatian

Sebatian organik Ferroglobus, Methanob atau penetapan acteria ar.au Pyrolobus karbon Sebatian organik Pyrococcus, Sulfolobus atau penetapan atau karbon Methanosarcinales

Organotrophs

organik

4"2.5 Kepentingan Ekonomi Eanyak kepentingan archaea yang telah pun dapat dikenalpasti. Antaranya ktlmpulan archaea yang boleh menghasilkan gas metana telah dieksploitasi

untuk menjana tenaga etektrik.

dalam industri biodegradasi sisa-sisa buangan seperti sisa industri termasuk sisa ternakan haiwan. Hasilan gas metananya pula digunakan

Selain itu, archaea juga penting di dalam sistem ekologi dunia. Sesetengah archaea terlibat di dalam kitaran nutrien. Umpamanya archaea methanogen tenlibat di dalam penyingkiran hidogen berlebihan di persekitaran.

TE

BAB 4: ARCHAEA, BAKTERIA DAN VIRUS

4.2.6 Pengelasan
Archaea dikelaskan kepada tiga filum iaitu Crenarchaeota, Nanoarchaeota (Korarchaeota) dan Euryarchaeota. Walau bagaimanapun archaea juga kerap dikelaskan mengikut habitat atau fisiologi masing-masing. Filum Crenarchaeota merupakan archaea termofilik dan hyperthermophiles yang bergantung kepada sulfur dan acidophiles. Filum Euryarchaeota termasuk archaea yang hidup dalam kawasan pencerriaan haiwan yang menghasilkan gas metana dan tinggal dalam kepekatan garam yang melampau. Sementara filum Korarchaeota walau pun telah dapat dikesan tetapi masih gagal dikulturkan. Berdasarkan habitatnya archaea telah dibahagikan kepada tiga kumpulan iaitu Methanogens (Archaea yang hidup dalam persekitaran anaerobik dan menghasilkan gas metana), Halophiles (Archaea yang hidup dalam persekitaran yang sangat masin) dan Thermophiles (Archaea yang hidup dalam persekitaran suhu yang tinggi).

4.2.6.1

Methanogens

Organisma ini menghasilkan gas metana sebagai produk akhirnya. Ia hidup dalam persekitaran yang bebas daripada oksigen seperti tinggal dalam tanah yang dalam, sedimen marin dan air tawar, kawasan usus haiwan dan manusia, air kumbahan dan paya. Organisma ini tidak boleh hidup dalam kehadiran oksigen. Ia menggunakan karbon dioksida sebagai sumber karbon dan hidrogen sebagai sumber tenaga. Methanogens penting dalam sistem ekologi dunia kerana ia membantu menyingkirkan hidrogen berlebihan daripada persekitaran melalui proses metabolisma methanogen dengan menghasilkan gas asli yang boleh digunakan oleh manusia untuk keperluan domestik dan industri. Pada masa ini, penghasilan gas metana daripada najis haiwan dan air sisa buangan industri juga menggunakan organisma ini sedang giat diusahakan terutamanya untuk menjana sumber tenaga elektrik baru. 4.2.6,2

Halophiles

Halophiles merupakan archaea yang boleh hidup dalam persekitaran garam yang tinggi. Kebanyakan organisma ini adalah aerobik dan boleh berfotosentisis kerana mempunyai pigmen fotosentisis. Organisma ini mempunyai kebolehan untuk mengimbangi tekanan osmotik dan menentang kesan kemusnahan oleh garam. Bahan kimia seperti kalium, alkohol dan asid amino boleh mengimbangi kesan tekanan osmosis. Halohiles yang rnelampau boleh tinggal dalam air sehingga 10 kali kemasinan air laut biasa. Garam diperlukan di dalam pertumbuhannya. Sesetengah halophiles naelampau menyesuaikan diri untuk persekitaran garam tinggi dengan

BAB 4: ARCHAEA, BAKTERIA DAN VIRUS

il

mempunyai pigmen ungu dalam membran plasma. Pigmen boleh bertindak balas dengan cahaya untuk membentuk ATP (adenosin trifosfat). Sesetengah halophiles digunakan untuk membaiki tanah yang tidak sesuai untuk
tanaman"

4.2.6.3

Thermophiles

Thermophiles adalah organisma yang dapat hidup dan berkembang dalam persekitaran suhu yang sangat panas. Ia boleh hidup dalam suhu yang tinggi antara 60"C hingga 100"C dan persekitaran yang sangat berasid di antara pH t hingga 2. Ia mempunyai struktur membran dan protein yang berkeupayaan untuk menahan suhu melampau. Walau baagimanapun, ia tidak boleh hidup di persekitaran suhu di bawah 20'C. Thermophiles biasanya mendiami secara semulajadi di persekitaran panas seperti air sulfur panas dan tapak pelupusan sampah. Sesetengah thermophiles digunakan dalam pengesanan cap jari kerana keupayaannya membekalkan enzim, pembersih biologi dan menukar bahan organik kepada nutrien untuk tumbuh-tumbuhan.

4.3

BAKTERIA

4.3.I Pengenalan
Bakteria dahulunya dikenali sebagai eubacteria merupakan organisma yang kecil, biasanya berukuran tidak melebihi 10 um, bersel tunggal, dalam bentuk koloni atau filemen. Ia paling banyak ditemui di dalam tanah, air dan
udara.

4.3.2 Bentuk Dan Struktur Sel

Bakteria merupakan organisma prokariot yang organelnya seperti rnitokondria dan kloroplas tidak dibatasi oleh membran. Bentuk luaran
bakteria merupakan salah satu kriteria yang paling penting dalam mengenal pasti spesies bakteria. Bakteria mempunyai pelbagai bentuk termasuk bacillus (bentuk rod), coccus (bentuk sfera), spirilla (bentuk heliks) dan vibrio (bentuk keluk). Bakteria biasanya dinamakan berdasarkan kepada ciriciri morfologi dengan diberi nama,awalan khas seperti Diplo, Streptococcus dan staphylo. Rajah 4.2 di bawah menunjukkan bentuk-bentuk bakteria.

BAB 4: ARCHAEA, BAKTERIA DAN VIRUS

$*rh&{br*sk&*M#$

Mpk&tk*ffiltbl$rr
,

Benfu

ft

ontuf Bitt*{l $plrtlla

fll'
frl

]ri

W ffiffi
W WA
ffi-i

--w. strrr!

Vlbds

iliit

%p

ffillrl[.

:ti: tr

l:l'; |t.
Mli . gp[fi
rllt fr

MN*S

ffi

ffi

$tu*

fit
il:
:lit'

tr

ffitl
llli

rl

Rajah 4.2: Bentuk-bentuk bakteria (h!Ip; //www. ardianri

so i.

om)

ffil ill
;l

a. Bakteria bentuk bulat

Bakteria berbentuk
dari bacillus yang bererti batang. Pelbagai bentuk basil adalah seperti berikut; l" Basil tunggal iaitu bakteria yang hanya berbentuk satu batang tunggal, misalnya Salmonella typhi, penyebab penyakit tipus. 2" Diplobasil iaitu bakteria berbentuk batang yang bergandingan dua-dua. 3- Streptobasil iaitu bakteria berbentuk batang yang bergandingan memanjang membentuk rantai misalnya Bacillus anthracis penyebab penyakit antraks.

$lr

ii
iill

bulat dikenal sebagai basil. Kata basil

berasal

$ltt

ii
il
.li.

$t Y
1l

$l
llrl

$1,

I
ili

fil:
Ni

til
iu
1l

b. Bakteria bentuk bola

Bakteria berbentuk bola dikenali sebagai coccus. Bakteria ini adalah seperti berikut; 1. Monokokus, iaitu bakteria berbentuk bota tunggal, misalnya Neisseria gonorrhoeae, penyebab penyakit kencing nanah. 2- Diplokokus, iaitu bakteria berbentuk bola yang bergandingan dua-dua, misalnya Diplococcus pneumonia penyebab penyakit pneumonia atau radang paru-paru. 2 J" Sarkina, iaitu bakteria berbentuk bola yang berkelompok empat-empat sehingga bentuknya mirip kubus. 4. Streptokokus, iaitu bakteria bentuk bola yang berkelompok memanjang membentuk rantai. 5" Stafilokokus, iaitu bakteria berbentuk bola yang berkoloni membentuk sekelompok sel tidak teratur sehingga bentuknya mirip-sekelompok buah anggur. 6. Tetracoccus, iaitu berbentuk 4 sel membentuk seperti bujur sangkar

li

]{

li
1:

ll
ill

$
il

llr
il:
N:

iljt

li
tl,

[,
li
il il

ll'

i
il

ii

I
il

Li,

I
il

lll
il,

if
il
j

Il li
il

lLs l1r K ri n
p

i,^

BAB 4: ARCHAEA, BAKTERIA DAN VIRUS

f,fl

c.

Bakteria bentuk spiral

Ada tiga mcam bentuk spiral, iaitu 1. Spiral, iaitu golongan bakteria yang bentuknya seperti spiral misalnya Spirillum. 2. Vibrio, ini dianggap sebagai bentuk spiral tak sempurna, misalnya Vibrio cholera penyebab penyakit kolera. 3. Spiroseta, iaitu golongan bakteria berbentuk spiral yang besifat lentur. Pada masa bergerak, tubuhnya dapat memanjang dan mengecut.

Struktur luaran bakteria kerapkali mengandungi matriks bendalir, kapsul, dinding sel, flagelum dan fimbria (pilus), sementara struktur dalamannya ialah protoplas. Dalam struktur dalamannya sitoplasma dikelilingi oleh membran sitoplasma yang mengandungi protein dan lipid. Sebahagian bakteria mempunyai struktur gelembung daripada lengokan membran sitoplasma yang dipanggil mesosom. Zarah yang paling kerap ditemui dalam sel bakteria ialah volutin fasad metakron) dan glikogen (makanan simpanan). Bakteria tidak mempunyai mitokondria, plastid, badan golgi, vakuol dan nukleus jati. Nukleusnya tidak mempunyai nukleolus tetapi rnasih mengandungi DNA (gen). Nukleusnya tidak selengkap organisma lain menyebabkan bakteria tidak pernah mengalami proses pembahagian meiosis dan mitosis. Bakteria boleh dibahagikan kepada dua kumpulan iaitu bakteria Gram positif dan bakteria Gram negatif berdasarkan perbe zaan antara struktur dinding selnya selepas didedahkan kepada pewarna Gram. Bakteria Gram
peptidoglikan yang tebal "murein" serta asid teikoik, sedangkan bakteria

positif mempunyai dinding sel yang terdiri daripada

mempunyai

lapisan

Gram negatif

selaput luar yang

mengandungi

{ipopolisakarida serta selapis peptidoglikan yang nipis yang terletak di clalam periplasma (kawasan antara selaput luar dan selaput sitoplasma). Kumpulan bakteria Gram negatif adalah lebih patogen berbanding kumpulan 'bakteria Gram positif.

Rajah 4.3 menunjukkan struktur asas bakteria. Sementara Jadual menunjukkan perbezaan ciri-ciri bakteria Gram positif dan Gram negatif.

4.2

BAB 4: ARCHAEA, BAKTERIA DAN VIRUS

tu**ws{l

ffi@

@e
ffi&{qqw}M W{*i*ffiMW *

Rajah 4.3: Struktur asas bakteria

Jadual 4.2: Perbezaan bakteria Gram positif dan Gram negatif (http : //id,wikipedia. orglwiki/Gram-ne gatif)
Ciri.ciri

'r ' Homogen dan tebal tzO-so ;;l t;piil;iik.; ir-l ;tii";.;;;' : ' lserta sebahagian besar membran dalam dan luar, serta adanya membran luar (7-8 nm tebalnya) yang Dindin! ser " ;:Tl"TJ,,1Tiff 1.:X""1i:" terdiri dari lipid, protein, dan

Gram negatif

: :teikoat dapat ikut menyusun

dinding sel.
Bulat, batang atau

lipopolisakarida
Bulat, oval, batang lurus atau melingkar

filamen

Bentuk sel

seperti tand koma, heliks atau filamen;

beberapa mempunyai selubung atau

kapsul

r i :

Reproduksi Metabolisma

Pembelahan dua

Pembelahan dua, kadang-kadang

pertunasan

kemoorganoheterotrof
Kebanyakan nonmotil,

Fototrof, kemolitoautotrof, atau kemoorganoheterotrof Motil atau nonmotil. Benruk flagela dapat (Iophtrichous), petritrikus (petritrichous).
Dapat memiliki

Motiliti

motiltipeflagelanyaadalah :bervariasi-polar, lopotrikus

petritrikus

bila

(petritrichous) dapat

Anggota tubuh Biasanya tidak memiliki

(apendase)
Endospora

pili, fimbriae, tangkai

apendase Beberapa kumpulan

:Tidak dapat membentuk endospora

membentuk endspora

BAB 4: ARCHAEA, BAKTERIA DAN VIRUS

re[

4.3.3 Pembiakan Bakteria membiak dengan cepat secara aseksual melalui pembelahan dua, penunasan dan pemecahan, ia juga mempunyai keupayaan unik untuk membentuk spora kekal dorman selama beberapa tahun. Pembiakan dalam bakteria membawa maksud kepada pertambahan bilangan sel bakteria. Pertumbuhan atau pertambahan sel bakteria berlaku dalam tiga fasa iaitu fasa lag apabila sel-sel menyesuaikan diri dengan persekitaran baru, fasa log yang menandakan pertumbuhan eksponen dan fasa pegun apabila nutrien semakin berkurangan. 4.3.4 Nutrisi Bakteria memerlukan bahan organik yang terdiri daripada karbon untuk hidup dan membiak. Berdasarkan kepada keperluan dan kemampuan rnensentisis makanan, bakteria dibahagikan kepada dua kelompok iaitu bakteria litotrophs dan bakteria organotrophs.
4"3.5 Kepentingan Ekonomi

Eakteria mempunyai banyak kepentingan bukan sahaja memberi keroskan kepada umat manusia menerusi penyakit yang disebarkannya tetapi ada .iuga yang memberi kebaikan. Di antara peranan utamanya ialah; 1". agen pereputan bahan organik contohnay actinomycetes 2. berperanan dalam kitaran nutrien alam semulajadi seperti dalam kitar nitrogen dan oksigen -3 penghasilan utama fotosentisis 4. membawa penyakit seperti Streptococcus sp - batuk, Tuberculossis sp TB

4.3"6 Pengelasan Bakteria dikelaskan kepada beberapa kumpulan mengikut pokok filogenetik. Fllumnya ialah Acidobacteria (Acidobacterium), Actinobacteria {Actinomyces), Caldisericia (Caldisericum), Elusimicrobia (Elusimicrobium), (Fusobacterium), $;usobacteria Thermodesulfobacteria (-[hermodesulfobacterium), Thermotogae (Thermotoga), Aquificae iAquifica), Chlamydiae (Chlamydia), Chloroflexi (Chloroflexus), Chrysiogenetes (Chrysiogenes), Gemmatimonadetes (Gemmatimonas) dan Deferribacteres (Deferribacter). Walau bagaimanapun dalam topik ini kuinpr.rlan bakteria yang dianggap penting dan utama sahaja yang akan ,dihincangkan iaitu Proteobacteria, Cyanobacteria, Gram-Positive Bacteria, Chlarnydias dan Spirochetes.

ffire

BAB 4: ARCHAEA, BAKTERIA DAN VIRUS

4.3.6.1

Proteobakteria

Proteobactlria adalah filum yang paling pelbagai di kalangan domain Eubacteria. Kebanyakan mikroorganisma dalam kumpulan ini adalah jenis patogen seperti Escherichia, Salmonella dan Vibrio. Ia dikategorikan sebagai organisma Gram-negatif. Proteobacteria bergantung kepada flagella untuk pergerakannya. organisma proteobacteria dibahagikan kepada tiga
subkumpulan utama. 1. Bakteria Ungu: organisma photoautotrophic atau photoheterotrophic organisma. Kebanyakan spesiesnya adalah anaerobik dan boleh didapati di sedimen kolam, tasik dan lumpur. 2. Proteobacteria chemoautotrophic: Ia ada yang hidup bebas dan ada yang bersimbiotik. Ia berperanan penting dalam kitaran nitrogen suatu ekosistem. 3. Proteobacteria Chemoheterotrophic: Ia mendiami kawasan usus haiwan. ia merupakan bakteria fakultatif anaerobik dan majoriti daripadanya berbentuk rod.

4"3.6.2

Cyanobacteria

Istilah ini biasanya dikaitkan dengan tumbuh-tumbuhan

Cyanobacteria adalah organisma photoautotrophic yang bermaksud organisma ini menggunakan cahaya matahari untuk menjana makanan.

mempunyai flagella. Sesetengah filamen Cyanobacteria adalah mobil dengan cara meluncur atau berputar. Sesetengah Cyanobacteria adalah unicellular, manakala sebahagiannya mempunyai filamen bercabang. Beberapa daripada mereka juga membentuk koloni yang tidak teratur.

phycobilins dan melepaskan gas oksigen sebagai produk. Makanan simpanan utama Cyanobacteria adalah produk glikogen. Cyanobacteria mempunyai dinding sel yang tebal dan berbentuk agar-agar. Ia tidak

hijau. Cyanobacteria menggunakan mekanisma photosystem untuk memecahkan molekul air. Ia mempunyai pigmen seperti pigmen klorofil-a, karotenoid dan

Biasanya, sel-sel cyanobacteria membahagi dengan cara pembelahan penduaan. Kadang-kadang, filamen boleh memecah membentuk serpihan yang membentuk bakteria baru. Ini dipanggil hormogonia. Sesetengah filarnen Cyanobacteria boleh menetapkan nitrogen. Ini sering berlaku dalam heterocysts, khusus sel bakteria bagi penetapan nitrogen. Sesetengah spesis bakteria boleh membentuk akinetes, iaitu spora yan mempunyai ketahanan tinggi seperti ketahanan terhadap haba, pembekuan dan kekeringan. Cyanobacteria tersebar secara meluas di dalam air segar walaupun sesetengahnya boleh didapati di dalam ekosistem marin. Contoh eyanobacteria yang biasa ialah Oscillatoria (spesies filamen biasa di air tawar), Nostoc dan Anabaena (spesies penetapan nitrogen) dan Arthrospira

BAB 4: ARCHAEA, BAKTERIA DAN VIRUS

il

platensis (atau lebih dikenali sebagai Spirulina) yang kerap digunakan dalam makanan tambahan manusia.

4.3.6.3

Bakteria Gram-Positif

Majoriti bakteria gram-positif adalah chemoheterotrophs walaupun

sesetengah spesies adalah fotosintesis. Bakteria Gram-positif termasuk aktinomiset, asid laktik bakteria, mycobacteria, streptococci, staphylococci dan clostridia. Actinomycete adalah spesis bakteria berfilamen. Aktinomiset menghasilkan kulat seperti spora dan majoriti daripadanya merupakan organisma saprotroph (saprophytes). Ia adalah penting dalam penguraian bahan-bahan di dalam tanah. Beberapa spesies aktinomiset adalah juga penting dalam pengeluaran antibiotik. Rasa ciri-ciri susu yogurt, jeruk dan acidophilus adalah disebabkan oleh tindakan bakteria asid laktik.

4.3.6.4

Chlamydias

Chlamydias adalah parasit intrasel haiwan. Chlamydias adalah bergantung sepenuhnya kepada perumahnya untuk medapatkan tenaga. Dinding sel Chlamydias kurang dengan peptidoglycan. Ini adalah salah satu ciri-ciri penting yang diperhatikan dalam spesies chlamydias. Penyakit yang paling terkenal disebabkan oleh chlamydias adalah penyakit Chlamydia. Ia adalah sejenis penyakit kelamin. Chlamydia boleh merosakkan organ-organ pembiakan perempuan dan menyebabkan pneumonia kepada bayi yang baru lahir melalui ibu yang dijangkiti.

4.3.6"5

Spirochetes

Spirochetes chemoheterotroph mempunyai bentuk seperti lingkaran. Ia mernpunyai struktur nipis dan bergerak melalui filamen paksi (endoflagella). Filamen flex atau memutar menyebabkan sel-sel bergerak dalam gerakan gabus seperti skru. Spirochetes boleh membantu atau rnerosakkan perumahnya contohnya, sesetengah Spirochetes membantu Xembu dalam memproses selulosa dan sesetengahnya menyebabkan beberapa penyakit seperti sifilis dan penyakit Lyme.
Secara ringkas kumpulan bakteria dan Jadual 4.3 di bawah.

ciri-cirinya ditunjukkan seperti dalam

;E

BAB 4: ARCHAEA, BAKTERIA DAN VIRUS

Jadual 4'3: Kumpulan Filum Bakteria dan ciri-cirinya berdasarkan kesamaan

DNA

f lr','Prllil

llP t g'-'pyltl

photoautotrophs atau
photoheterotrophs,

teriochlorophyll
Bakteria unggu dalam membran sel, menggunakan bahan bukan organik seperti
H,S sebagai penderma

ebanyakan

pesies adalah Chromatium, anaerobik, tinggal I Rhodospirillum di kolam, tasik dan sedimen

j I
! r
i

ll

lchemoautotrophic ldan bersimbiotik,

ffi

i'l^, :

_
:l

tumbuhan lRhizobium, penring p.rut haiwan ,1:;:l::#"^, lproreobacreria lsebahagiannya ldun .i'"":""""':' .r:@F*.,
lta.rurr,

'

i-

l9lgTqgn.,1pun_ry,.,1.
.

,!

Chemoheterorrophic anaerobik, itanah, lEscherichia lLhemoheterotrophic lfacultatifanaerobik, ftanah, tumbuhan lEscherichia, proteobacteria lfacultatif p".rt adalah rsu' Jsebahagiannya i lsalmonella - - -'--.-idun perut PLr qr haiwan lsarmonella lproteobacteria lsebahagiannya ldan i 'qr"q'

,lpatogen lpatogen

i-

utama

: j

l*: i
Bakteria

Itruuq'q'rr?'( i I I ,, | j , :

l;l:#;" 'uacre'a

I I icu"r,n_ itiud" I

|th;toautotrophs ff** lseperri rumbuhan I jberforosentisis, i ., am, l. Nostoc -- i::*:!oh1'_^,^lono dan n daratan d lAnabaena, laaatat'-N'';t"o'|marin isebahagiannya lsebahagiannya il ,jberkoloni ,berkoloni
I I I
I I

tl l

l;;;;;;;,1.,'.,

j --:;**--* i f i I I i I i *

:positif I
:

l_ ._-,-- - , L,ernDenruKan Dembentukan '(rranl* Uf am! lr hemnhator re

lphotoautotrophs, ikebanvakan I l---- -

iendospor i

ltanah dan

JmembentuK lsemasa sekitaran yang jtidak sesuai

i:-l"T"n".tttotro.phs' enoospora

il;;;' I

perUt

tBaCiIIuS,

lClostridium

j I
_i
I

---W;1"** jl:,?::1a]<an3athol"nt' jt"nur,, j:*:lrrym::"ilil1n, u"u., ipembentukar :sebahagian :r-.'.^--, t:tilf!"'fi,,,',X; endospore j::?:*1?11ff,';'it",,' l-"u"'".,.-u."" iLukan
lmembentuk koloni fbercabane, sesetensah
I

kr,. {,::yI:
'

l--""""-"*.-'-.:

lpercabangan

'spesres

ot;i'"i":'l't"il

I
ltanatr'

akuatik
^

'chlamydiasl,
,

----

_,jp"ngt'asilanantibiotik

p'*1t" it't*i"ir"rut i*l;;r,-;h

;::*;:li];,il;^*_._::.:r:ri;.ri*...

i::::"::#;:;t'
i

^lcniiiaio",
,...:.:rrr.r:.1

litl,Treponemal j I ,
{
Spirocheles

I
I i j***
jkebanyakan pathogens

I
skrew),

i(satu

sPesie'

I :

itiada ;

ltseperti

; ,i I

pada :haiwan

:parasir

jmenyebabkan

isyphyllis), ltsorrelia ,(saruspesies

i
I

I
I

ilvme)

BAB 4: ARCHAEA, BAKTERIA DAN VIRUS

Eil

4.4

VIRUS

4.4.I Pengenalan
Virus berasal daripada perkataan Latin yang bererti "racun". Perkataan ini dikaitkan dengan kemampuan virus yang boleh menyebabkan penyakit. Asal usul virus tidak diketahui dengan jelas.Virus hanya mula diketahui pada tahun L796 apabila Dr Edward Jenner berjaya melakukan pemvaksinan penyakit cacar. Perkembangan bidang berkaitan virus iaitu virologi semakin pesat sejak kebelakangan ini terutamanya dengan penemuan mikroskop elektron, teknik fisiologi dan serologi terkini.

kerana ia memainkan peranan yang sangat penting dalam tumbuhan dan haiwan. Walau bagaimanapun, persoalan yang kerap dilontarkan mengenai virus ialah samada virus itu benda hidup atau benda mati. Ada dua pandangan mengenai virus. Sebahagian mengatakan virus adalah benda mati kerana belum mencukupi sifat-sifat asas benda hidup. Virus dikatakan sebagai
Pengetahuan tentang virus sekumpulan bahan organik yang sangat kompleks kerana mempunyai berat moiekul yang tinggi dan boleh dihablurkan. Virus tidak mempunyai sistem enzim khas, maka boleh dikatakan bahawa virus tidak akan hidup di luar sel perumahnya. Sesetengah pendapat menyatakan virus adalah benda hidup. Ia merupakan benda hidup yang paling ringkas. Pendapat ini berdasarkan kepada kebolehannya menyebabkan penyakit pada sel hidup, mempunyai enzim dan boleh membiak hanya semasa berada dalam sel perumah yang irieiup. Virus tidak boleh ditumbuhkan dalam sebarang medium bukan sel fridup, selalunya virus dipelihara di dalam embrio ayam, kulit arnab, daun rembakau, bakteria atau tisu-tisu hidup yang lain.

ini perlu didedahkan

Cleh kerana ciri virus sedemikian maka virus kerap dinamakan sebagai parasit obligat kerana ia boleh memparasit atau menjangkiti sel hidup sahaja. Walaupun ia boleh membiak ia bergantung kepada sel hidup yang lain" Semasa membiak virus menggunakan asid nukleik perumahnya untuk membina asid nukleik dan bahagian-bahagian yang lain seterusnya untuk membentuk zarah virus yang baru.
4"4,2 Saiz, Bentuk Dan Struktur Satu zarah virus yang boleh menjangkiti dipanggil viron. Saiznya sangat kecil antara 10 - 30 nm (nanometer), ini menyebabkan virus boleh rnenembusi alat penuras bakteria. Secara am virus terdiri daripada sejenis asid nukleik, samada asid ribonukleik (RNA) atau asid deoksiribonukleik {DNA) yang diselubungi oleh satu lapisan pelindung yang 'dinamakan kapsid. Kapsid terdiri daripada banyak unit yang dipanggil kapsomer. Pada

BAB 4: ARCHAEA, BAKTERIA DAN VIRUS

dasarnya kapsomer tersusun dalam bentuk heliks atau ikasohedron. Setiap kapsomer terdiri daripada protein dan lipoprotein. Kadang-kadang terdapat karbohidrat dan glikoprotein pada kapsid tersebut. Kapsid bertindak sebagai melekatkan zarah pada dinding sel perumah dan melindungi asid nukleiknya. Sebahagian virus mempunyai satu lapisan yang menyelubungi kapsid dipanggil salut.

Virus mempunyai pelbagai bentuk; sfera - kumpulan virus selsema, heliks anjing gila, batang - TMV, peluru - virus vesikal stomatitis, sigmoid - virus kuning bit dan sebagainya. Rajah 4.4 menunjukkan contoh virus HIV.

Rajah 4.4: Virus HIV

h?

4.4.3 Pembiakan
Cara pembiakan virus adalah berbeza berbanding dengan sel hidup yang lain. oleh kerana virus tidak mempunyai sistem enzim, maka virus memerlukan sistem enzim respirasi perumah untuk memperolehi tenaga dalam aktiviti pembiakannya. Dalam pembentukan asid nukleik (reptikasi) dan bahan lain untuk virus yang infektif, virus hanya mengawal, mengarahkan dan menjadikan asid nukleik perumah kepada asid nukleik virus. Mekanisma pembiakan virus boleh dilihat dalam pembiakan bakteriofaj. Peringkatnya meliputi penjerapan, kemasukan asid nukleik, replikasi dan pelepasan. Penjerapan Serabut faj mencengkam dinding sel nbakteria yang akan dijankiti sehingga zarah faj terjerap pada dinding sel bakteria tersebut. Dengan bantuan enzim lisozim, faj akan mencernakan dan menghuraikan dinding sel perumahnya pada tempat jerapan tersebut. Proses penguraian dan pembocoran dinding sel bakteria dinamakan lisis

a.

BAB 4: ARCHAEA, BAKTERIA DAN VIRUS

Elf

b.

Kemasukan asid nukleik

seteiah terjadinya lisis, selaput leher faj memendek dan selanjutnya mencengkam dinding sel perumah dengan lebih kuat lagi untuk memudahkan faj memasukkan asid nukleiknya ke dalam sel perumah
tersebut.

c. Replikasi
Fada masa ini asid nukleik faj mengawal kegiatan dan mengarahkan asid nukleik perumahnya untuk mensentisis asid nukleik faj. Bahan-bahan lain sperti kapsid, leher, serabut dan lain-lain yang diperlukan untuk membina

disentisiskan dengan cara yang sama. Pembinaan zarah faj yang lengkap berlaku di dalam perumah.

zarah

faj yang lengkap juga

d.

Pelepasan

Dinding sel perumah akan pecah dan melepaskan zarah-zarah yang baru apabila bilangan faj mencukupi untuk meletus. Ini dikenali sebagai peenbiakan lisis. Kejadian ini berlaku di dalam beberapa minit sahaja dan menyebabkan kemusnahan sel perumah. Kitar hidup ini biasanya berlaku disebabkan faj mempunyai genom aktif. Faj ini dikenali sebagai faj virulen
atau mempunyai daya jangkitan. Bagi virus yang tidak mempunyai faj genom aktif, asid nukleik virus yang mempunyai genom tak aktif tersebut masuk ke dalam badan perumah tetapi tidak mengawal kegiatan asid nukleik perumah. Asid nukleik faj bergabung dengan asid nukleik perumah dan turut berada dalam sel anak perumah setelah terjadi pembelahan dua. Ini secara tidak langsung asid nukleik faj rlttrut terbelah dua. Pola pembiakan ini dikenali sebagai lisogen dan fajnya ctli<enali sebagai faj temperat iaitu faj yang kurang virulen kerana tidak rnematikan sel perumahnya. Faj temperat memasuki fasa baru dan terlibat rlengan pola kitar hidup secara lisis dengan adanya punca rangsangan lertentu seperti sinar ultra-ungu, bahan kimia atau perubahan fizik.

Bagi pembiakan virus tumbuhan, ringkasan di bawah boteh menjelaskan kitar kehidupannya. 1. jangkitan terhadap sel perumah 2,. pemisahan satu bebenag RNA dari selaput protein :3. penggabungan RNA virus dengan ribosom perumah 4. sintesis protein aruhan virus dengan sebahagiannya bersifat enzim

5. 6. 7.

aktif
transkripsi bebenang penggenap RNA
penggabungan 2 bebenang penggenap RNA, bebenang asal yang menembusi dan bebenang baru yang telah disentisis untuk membentuk molekul heliks ganda dua seperti DNA replikasi 100-200 molekul seperti DNA

BAB 4: ARCHAEA, BAKTERIA DAN VIRUS

sintesis oleh molekul bebenang RNA yang direplikasi seiras dengan bebenang yang menjalar 9. di akhir replikasi, metabolisma sel perumah diaruh untuk menghasilkan selaput protein virus 10. penyatuan selaput protein dengan hasil replikasi bebenang yang menjalar akan membentuk butir-butir virus baru
4"4.4 Kepentingan Ekonomi

8.

virus menjadi penyebab berlakunya

beberapa jenis penyakit. Ini termasuklah influenza, smallpox, hepatitis, demam kuning, polio, AIDS SARS dan sebagainya. kebanyakan virus bermula daripada satu organisma kemudian ia menjangkiti yang lain dan menyebabkan penyakit.
4.4.5 Pengelasan

Walaupun, kedudukan virus sebagai benda hidup masih diragui oleh kebanyakan saintis, sistem pengelasannya masih diperlukan terutamanya untuk memudahkan pengurusan maklumat tentang setiap virus kerana bilangan virus dijangka akan bertambah dari masa ke semasa. Beberapa sistem pengelasan telah diperkenalkan antaranya pengelasan ringkas berdasarkan jenis perumahnya. Sistem ini diperkenalkan oleh Holmes (1948)" Ia dimasukkan dalam satu order sahaja dengan dibahagikan kepada tiga suborder iaitu Phagineae (virus bakteria), Phytophagineae (virus turnbuhan) dan Zoophagineae (virus haiwan). Sistem pengelasan terbaru telah mula diperkenalkan oleh International Committe on Nomenculture of viruses (ICNV) adalah berdasarkan kepada gabungan ciri-ciri kimia dan fizik zarah virus, perumahnya, cara ditularkan dan sebaginya.
Dalam sistem pengelasan virus, terdapat 2 jenis penyebab penyakit yang dulunya dikelaskan sebagai virus tetapi kajian baru menunjukkan ia bukan virus iaitu virod dan prion. Virod ialah penyebab penyakit dalam umbi gelendong dalam kentang dan ia dinamakan dengan bererti seperti virus. Ia mengandungi satu jenis asid nukleik iaitu RNA tanpa kapsid, bertali satu dan genomnya kecil (<300 asid nukleik), Ia boleh bereplikasi dengan perumahnya. Ia boleh menular melalui persentuhan dan benih. Sementara prion pula ialah agen penyebab TSE (Transmissible spongiform
Encephalopathies)

4.5

PENUTUP

Topik ini membincangkan alam monera yang mengandungi dua kumpulan utama organisma iaitu domain Archaeabacteria dan Eubacteria yang pada

BAB 4: ARCHAEA, BAKTERIA DAN VIRUS

][

masa kini lebih dikenali sebagai Archaea dan bacteria. Secara ringkas alam monera dapat dilihat seperti dalam Jadual 4.4 berikut.

Jadual 4.4: Pengelasan alam Monera Alam

Domain Archaeabacteria
(Archaea)

Filum
Crenarchaeota, Nanoarchaeota (Korarchaeota) Eurvarchaeota Acidobacteria (Acidobacterium), Actinobacteria (Actinomyces), Caldisericia (Caldisericum),

Elusimicrobia (Elusimicrobium), Fusobacteria (Fusobacterium),

Monera
Eubacteria (Bacteria) Thermod e sulf obacteria

(Thermodesulfobacterium), Thermotogae (Thermotoga), Aquificae (Aquifica), Chlamydiae (Chlamydia), Chloroflexi (Chloroflexus), Chrysiogenetes (Chrysiogenes), Gemmatimonadetes (Gemmatimonas) Deferribacteres (Deferribacter).

Virus tidak dikelaskan ke dalam sebarang alam kerana kesukaran dalam menentukan statusnya sebagai benda hidup atau bukan, tetapi ianya kerap dibincangkan bersama-sama dalam topik alam monera.

1-

Berikut adalah benar tentang archaea KECUALI A kurang peptidoglycan B ada archaea jenis halophil
C

D
2.

sebahagiannya menghasilkan gas metana bukti mencadangkan ia berkembang daripada eukaryotes

Bakteria mempunyai pelbagai bentuk KECUATI A bacillus (bentuk rod) B coccus (bentuk sfera) C spirilla (bentuk heliks) D segmen (bentuk memanjang).

BAB 4: ARCHAEA, BAKTERIA DAN VIRUS

3.

Apakah perbezaan utama antara virus dan bakteria? A , sesetengah virus adalah parasit B tidak mempunyai RNA C tidak mempunyai organel D Semua di atas

4.

Alam monera meliputi bakteria, eubakteria dan archea. Organisma ini dianggap sebagai organisma yang paling primitif berbanding alam yang lain. a. Berikan 3 ciri bakteria yang boleh membezakannya dengan alam lain b. Alga biru tidak dikelaskan sebagai protista tetapi dikelaskan ke dalam alam monera. Kenapa? c. Berikan satu contoh bagaimana bakteria boleh terevolusi pada masa kini. kepentingan bukan sahaja kepada alam sekitar tetapi juga kepada umat manusia. Cadangkan tiga kebaikan

5. Alam monera mempunyai

archaea dan bakteria kepada alam dan manusia.