Diversitas dan Klasifikasi

Mikroba
KULIAH-2
Diversitas/Keanekaragaman Mikroba
 merupakan hasil evolusi yg terjadi selama hampir 4 miliar tahun .
 Keanekaragam dapat dilihat dari filogeni, morfologi (bentuk) termasuk
ukuran sel, fisiologi, motilitas, mekanisme pembelahan sel, patogenisitas,
perkembangan biologi dan adaptasi terhadap lingkungannya.
 
Metabolic diversity (Keanekaragaman metabolik)
Semua sel membutuhkan energi untuk melakukan metabolisme dalam
kehidupannya. Energi berasal dari bahan kimia organik, anorganik dan cahaya.
Keanekaragaman metabolik tersebut yaitu :
 Chemoorganotrophs: organisme yang memperoleh elektron dari senyawa
organik.
Energi diperoleh dari oksidasi senyawa yang disimpan dalam sel yang memiliki
ikatan energi dg senyawa ATP. Beberapa organisme mendapatkan energi dari
senyawa organik dengan adanya oksigen (aerob) dan tanpa adanya oksigen
(anaerob).
 Chemolithotrophs/kemolitotrof
Banyak prokariota yang bisa memanfaatkan energi dari oksidari
senyawa anorganik yaitu H2O, hidrogen sulfida, amonia dan Fe2+.

 Phototrophs
Phototrophs merupakan organisme yang melakukan fotosintesis
untuk memperoleh energy, adanya pigmen untuk mengubah cahaya
menjadi energi.
Pada prokariota, phototrophs memiliki dua bentuk fotosintesis yaitu :
- fotosintesis oksigenik: Oksigen diproduksi (O2), contohnya
cyanobacteria dan alga
- fotosintesis anoksigenik: tidak menghasilkan O2, contohnya pada
bakteri ungu dan hijau serta heliobakteria
 Heterotrof dan Autotrof
Heterotrof membutuhkan senyawa organik sebagai
sumber karbonnya sedangkan autotrof menggunakan
karbondioksida sebagai sumber karbonnya.

 Habitat dan Lingkungan Ekstrem

 Habitat mikroorganisme antara lain tanah, air, hewan,
dan tumbuhan - serta hampir semua bangunan yang
dibuat oleh manusia.
 Beberapa mikroba dapat bertahan hidup pada kondisi
yang ekstrim (suhu tinggi, suhu rendah, pH rendah, kadar
garam tinggi).
a. The organisms listed are the current
“record holders” for growth at a
particular extreme condition.
b. Anaerobe showing growth at 122°C
only under several atmospheres of
pressure.
c. P. oshimae is also a thermophile,
growing optimally at 60°C.
d. N. gregoryi is also an extreme
halophile, growing optimally at 20%
NaCl.
e. M. yayanosii is also a psychrophile,
growing optimally near 4°C.
 Bakteri
• Proteobacteria
Proteobacteria ini termasuk spesies pseudomonas yang dapat mensintesi dan mendegradasi
senyawa alami. Contohnya :Escherichia coli, beberapa spesies phototrofic dan
chemolithothofic.

• Bakteri Gram-Positif
Contoh: Clostridium, Streptomyces (bakteri pembentuk spora), bakteri asam laktat, bakteri
pada produk susu termasuk Lactobacilus dan Streptococcus dan mikoplasma yg tidak
berdinding sel.
• Cyanobacteria
Cyanobacteria merupakan fotorotrf oksigenik yg pertama berevolusi di bumi
Kemudian diikuti hewan dan tumbuhan ketika bumi sudah memiliki lingkungan yg memiliki
banyak oksigen. Sel dari cyanobacteria bergabung membentuk filamen.
Bentuk morfologi cyanobacteria yaitu uniselular, kolonial, dan heterosistik.
(a)
(b)

Figure 2.20 Phototrophic and chemolithotrophic Proteobacteria.

(a) The phototrophic purple sulfur bacterium Chromatium (the large, red orange,
rod-shaped cells in this photomicrograph of a natural microbial community). A cell is about 10 µ m wide.
(b) The large chemolithotrophic sulfur-oxidizing bacterium Achromatium. A cell is about 20 µ m wide.
Globules of elemental sulfur can be seen in the cells (arrows). Both of these organisms oxidize hydrogen
sulfide (H2S).
 (a) (b)

Figure 2.21 Gram-positive bacteria. (a) The rod-shaped endospore forming bacterium Bacillus.
Note the presence of endospores (bright refractile structures) inside the cells. Endospores are
extremely resistant to heat, chemicals, and radiation. Cells are about 1.6 µm in diameter.
(b) Streptococcus, a spherical cell that forms cell chains. Streptococci are widespread in dairy
products, and some are potent pathogens. Cells are about 0.8 µ m in diameter.
 (a) Oscillatoria (b) Spirulina.

Figure 2.22 Filamentous Cyanobacteria. (a) Oscillatoria, (b) Spirulina. Cells of both
organisms are about 10 µ m wide. Cyanobacteria are oxygenic phototrophs.
Filum Utama Bakteri
• Beberapa filum Bakteri mempunyai morfologi yang unik. Contohnya Planctomyces
berbentuk roset Spirochetes berbentuk heliks.
• Dua filum utama Bakteri lainnya bersifat fototrofik seperti bakteri hijau sulfur dan
bakteri hijau nonsulfur (Chloroflexus grup). Kedua spesies ini mengandung pigmen
fotosintesis.
• Filum utama Bakteri lainnya yaitu Chlamydiae dan kelompok Deinococcus-Thermus.
• Filum Chlamydiae patogen pd manusia karena merupakan parasit intraseluler yang
bisa hidup di dalam sel organisme tingkat tinggi.
• Beberapa bakteri patogen lainnya (misalnya, Rickettsia,dan Mycobacterium gram
positif). Deinococcus radiodurans adalah spesies utama di grup ini. Organisme ini
dapat bertahan dalam dosis radiasi tinggi (dosis yang dpt membunuh manusia ).
Figure 2.23 The morphologically unusual Figure 2.24 Spirochetes. Scanning
stalked bacterium Planctomyces. Shown are several electron micrograph of a cell of
cells attached by their stalks to form a rosette. Cells Spirochaeta zuelzerae. The cell is about 0.3 µ m
are about 1.4 µ m wide. wide and tightly coiled.
 (a) Chlorobium (b)Chloroflexus

Figure 2.25 Phototrophic green bacteria.

(a) Chlorobium (green sulfur bacteria). A single cell is about 0.8 µ m wide.
(b)Chloroflexus (green nonsulfur bacteria). A filament is about 1.3 µ m wide. Despite
sharing many features such as pigments and photosynthetic membrane structures, these
two genera are phylogenetically distinct (Figure 2.19).
 Figure 2.27 The hyperthermophile Aquifex. This hot
Figure 2.26 The highly radiation-resistant
spring organism uses H2 as its energy source and can grow
bacterium Deinococcus radiodurans. Cells of
in temperatures up to 95°C.
D. radiodurans divide in two planes to yield
Transmission electron micrograph using a technique
clusters of cells. A single cell is about 2.5 µ m
called freezeetching, where a frozen replica of the cell is
wide.
made and then visualized. The cell is about 0.5 µ m wide.
Archaea
 Filum yg masuk Archaea yaitu Euryarchaeota dan Crenarchaeota.
 Ekstremofil masuk kedalam filum Archaea dg spesies yg mampu tumbuh pd suhu,
salinitas, dan pH ekstrem tinggi.
 Senyawa organik digunkan Archaea untuk metabolisme energinya sedangkan
chemolithotrophs menggunakan gas hidrogen (H2) dengan jumlah yang banyak.
Archae terdiri dari : Euryarchaeota dan Crenarchaeota
a. Euryarchaeota
• Empat kelompok Euryarchaeota yaitu metanogen, ekstreme halofil (mikroba yang dapat
hidup pd kadar garam tinggi), termoasidofil, dan beberapa hipertermofil.
• Beberapa di antaranya membutuhkan oksigen (aerob).
• Euryarchaeota dapat tumbuh pada pH ekstrem misalnya dari jenis metanogen seperti
Methanobacterium bakteri anaerob )
• Metabolisme metanogen unik karena energi disimpan selama produksi metana(gas alam).
Metanogen adalah organisme penting di dalam degradasi anaerobik bahan organik di alam,
dan sebagian besar gas alam yang ditemukan di Bumi adalah hasil metabolisme mereka.
 Figure 2.30 Extremely halophilic
Archaea. A vial of brine with
precipitated salt crystals contains
cells of the extreme halophile,
Halobacterium.
The organism contains red and
purple pigments that
absorb light and lead to ATP
production.
Cells of Halobacterium can also live
within salt crystals themselves
( Microbial Sidebar, Chapter 3, “Can
an Endospore Live Forever?”).
Figure 2.29 Pyrolobus. This
hyperthermophile grows optimally
above the boiling point of water. The
cell is 1.4 µ m wide.
Figure 2.31 Extremely acidophilic Archaea. The organism
Thermoplasma lacks a cell wall. The cell measures 1 µ m wide.
• Ekstreme halofil merupakan kerabat dari metanogen, tetapi secara
fisiologis berbeda dari keduanya, kebanyakan ekstremehalofil
membutuhkan oksigen
• Kelompok ketiga Euryarchaeota adalah thermoacidophiles yaitu
organisme yg tumbuh paling baik pada suhu tinggi ditambah pH asam.
Contohnya: Termoplasma, suhu optimal 60-70 oC dan pH 2. Contoh
lainnya: Picrophilus yang paling asidofilik (menyukai asam)
• Kelompok terakhir Euryarchaeota terdiri dari spesies hipertermofilik yaitu
organisme yang suhu pertumbuhan optimum di atas 80 oC. Organisme
yang termasuk kelompok ini menunjukkan berbagai macam fisiologi yaitu:
metanogenesis (Methanopyrus), reduksi sulfat (Archaeoglobus), oksidasi
besi (Ferroglobus) dan reduksi sulfur (Pyrococcus). Sebagian besar
organisme ini autotrof (CO2 sebagai sumber karbon)
b. Crenarchaeota
• Sebagian besar Crenarchaeota adalah
hipertermofil (organisme yang tumbuh di
lingkungan suhu tinggi seperti mata air panas)
• Beberapa Crenarchaeota mendiami
lingkungan yg sangat kontras dg lingkungan
termal  misalnya hidup di lautan terbuka
seperti Crenarchaeota yg hidup di lingkungan
yg sepenuhnya oksik dan dingin.
 Mikroba Eukariyotik

• Mikroorganisme
Eukariyotik
berhubungan dg
struktur sel dan sejarah
filogenetik.
• Filogeni pada
eukaryotik berdasarkan
pada urutan RNA-
ribosom

Pohon Filogeni
Keragaman Mikroba Eukaryota
 Kelompok utama mikroba eukriyota:
1. Protista (alga dan protozoa)
2. Jamur
3. Jamur lendir

Alga
 Beberapa Protista seperti Alga bersifat fototropik
 Alga mengandung kloroplas dan mampu hidup di tempat-tempat yg rendah
kandungan mineral, rendah kandungan air, dan rendah cahayanya.
 Alga bisa hidup di tanah dan di air yang merupakan produsen utama di
alam. Contohnya: Volvox  pada setiap bolanya mengandung klorofil.
Jamur
• tidak memiliki klorofil.
• Sebagian ada yang uniseluler seperti ragi dan ada yang
mempunyai hifa.
• Jamur adalah agen utama dekomposisi di alam dan
mendaur ulang sebagian besar bahan organik di tanah
serta ekosistem lainnya.

 Sel alga dan jamur memiliki dinding sel, sedangkan

protozoa dan jamur lendir tidak.
 Protozoa biasanya motil (mudah bergerak), dan
merupakan spesies yang beragam dan hidup di perairan,
patogen pada manusia, ataupun hewan lainnya.
Gambar 2.33 Mikroba Eukarya. (a) Alga, foto mikrograf bidang gelap dari alga volvox hijau kolonial.
Setiap sel bola mengandung beberapa kloroplas, organel fotosintesis eukariota fototrofik.
(b) Jamur: fotomikrograf kontras interferensi dari spora jamur khas. Setiap spora dapat memunculkan
jamur berfilamen baru.
(c) Fotomikrograf kontras fase protozoa dari protozoa Paramecium bersilia. Fungsi silia seperti dayung
di perahu, memberikan motilitas pada sel.
• Jamur lendir menyerupai protozoa karena bersifat motil
tidak memiliki dinding sel.
• Organisme ini memiliki tubuh seperti lendir, bergerak seperti
amoeba dan bersifat heterotrof.
• Myxomycota berasal dari kata myxo yang artinya lendir, dan
mykes yg artinya cendawan
 Gambar 2.34. Lichens
(a) Lichens berpigmen oranye yang
tumbuh di atas batu, dan
(b) (b) Lichens berpigmen kuning
yang tumbuh di tunggul pohon
mati, Taman Nasional Yellowstone,
AS. Warna Lichens berasal dari
komponen berpigmen (alga).
Selain klorofil, Lichens juga
mengandung pigmen karotenoid,
yang bisa berwarna kuning,
oranye, coklat, merah, hijau, atau
• Lumut kerak (Lichenes) adalah contoh simbiosis mutualisme
mikroba, suatu hubungan timbal balik di mana dua
organisme hidup bersama untuk saling menguntungkan.
• Lichenes terdiri dari jamur yang bekerja sama dengan
organisme fototrofik, baik alga (eukariota), cyanobacterium
(prokariota).
• Fototrofik adalah produsen utama sedangkan jamur
menyediakan tempat bagi organisme fototrofik,
perlindungan dari gangguan luar, dan sarana menyerap
nutrisi.
Penjelasan keanekaragaman ini dijelaskan secara umum.
Selain itu, virus itu dikecualikan karena mereka bukan sel.
Meski demikian, virus menunjukkan keanekaragaman genetik
yang sangat besar.
KLASIFIKASI MIKROORGANISMA
 Kingdoms Organisme
Klasifikasi Tumbuhan Bakteri, fungi, alga dan tumbuhan
Organisme Linnaeus (1735)

Hewan Protozoa dan Hewan

Tumbuhan Alga multiseluler, tumbuhan
Hewan Hewan
Haeckel (1866)
Protista Mikroba (bakteri, protozoa, alga)

Tumbuhan Alga multiseluler, tumbuhan

Hewan Hewan
Whittaker (1969) Protista Protozoa, alga bersel tunggal
Fungi Kapang, Khamir
Monera Semua bakteri (prokariotik)
Archaeobacteria Bakteri yang memproduksi gas
metan, memerlukan garam tinggi
dan suhu yang tinggi
 Sistem 3 Domain (The tree domains)

 Tahun 1978, Carl R. Woese  mengusulkan untuk mengangkat tiga jenis sel ke
tingkat di atas kingdom, yang disebut domain.
 Organisme diklasifikasikan menurut jenis sel dalam tiga sistem domain 
perbedaan rRNA, berbeda dalam struktur lipid membran, molekul RNA transfer,
dan kepekaan terhadap antibiotik.
 Domain Eukarya ------ Hewan, tumbuhan, jamur, dan protist.
 Domain Bakteri ----- prokariota patogen & nonpatogenik yang ditemukan di
tanah dan air.
 Domain Archaea ----- prokariota yang tidak memiliki peptidoglikan di dinding
selnya (hidup di lingkungan yang ekstrim).
 Archaea mencakup tiga kelompok utama:
1. Metanogen, anaerob yang menghasilkan metana
(CH) dari karbon dioksida dan hidrogen.
2. Halofil ekstrim, yang membutuhkan konsentrasi
garam tinggi untuk bertahan hidup.
3. Hyperthermophiles, yang biasanya tumbuh di
tempat di lingkungan yang sangat panas
 The Three-Domain System

Klasifikasi Organisme Menurut Woese

(1977)
The Three-Domain System
Hierarki Filogenik
• Pengelompokan organisme menurut sifat umum menyiratkan bahwa
sekelompok organisme berevolusi dari nenek moyang yg sama.
• Bbrp informasi yg digunakan untuk mengklasifikasikan dan
menentukan hubungan filogenetik pada organisme tingkat tinggi
berasal dari fosil.
• Struktur mikroorganisme tidak mudah menjadi fosil. Beberapa
pengecualian adalah sebagai berikut:
a) Protista laut yang koloni fosilnya membentuk White Cliffs of Dover,
Inggris.
b) Stromatolit, sisa-sisa fosil dari bakteri dan sedimen berserabut yang
tumbuh subur antara 0,5 dan 2 miliar tahun yang lalu
c) Fosil mirip Cyanobacteria ditemukan di bebatuan di Australia barat
yang berusia 3,0 hingga 3,5 miliar tahun.
Untuk mikroorganisme prokariotik ditentukan oleh squensing rRNA.
 Scientific nomenclature Tatanama

• Penggunaan nama ilmiah sangat penting karena jika menggunakan

nama yang umum bisa jadi nama yang sama digunakan untuk nama
organisme berbeda ditempat yang berbeda.
• Dalam sistem penamaan nomenklatur setiap organisme diberikan
dua nama, atau binomial.
• Kedua nama tersebut dicetak dengan garis bawah atau miring.
• Nama genus selalu menggunakan huruf besar selalu kata benda.
Nama spesies menggunakan huruf kecil dan biasanya merupakan
kata sifat .
• Contoh : Rhizopus stolonifer
Rhizo- (root) mendeskripsikanstruktur mirip akar pada jamur;
stolon- (tunas) menggambarkan hifa panjang.
Aturan untuk menentukan nama ilmiah:

• International Code of Zoological Nomenclature

(protozoa dan cacing parastik)
• International Code of Batanical Nomenclature
(jamur dan ganggang)
• Committee on Systematic of procaryotes
(penamaan prokariota yang baru diklasifikasikan
dan untuk menetapkan prokariota ke taksa) dan
di terbitkan Bacteriological Code International
Journal of Systematic and Evolutionary
Microbiology
 Hirarki Taksonomi
•Kata taksonomi diambil dari bahasa Yunani tassein yang
berarti untuk mengelompokkan dan nomos yang
berarti aturan.
•Taksonomi dapat diartikan sebagai pengelompokan suatu hal
berdasarkan hierarki (tingkatan) tertentu.
•Di mana taksonomi yang lebih tinggi bersifat lebih umum dan
taksonomi yang lebih rendah bersifat lebih spesifik.
Klasifikasi Prokariota
 Dalam Bergey’s manual of determinative bacteriology yang
merupakan buku yang dijadikan acuan standar tentang
klasifikasi bakteri meyatakan prokariota dibagi menjadi dua
domain yaitu Bakteri dan Archaea.
 Klasifikasi tersebut didasarkan pada kesamaan nukleotida
urutan di rRNA. Setiap domain dibagi menjadi filum, class,
ordo, familiy, genus, dan species.
Klasifikasi Eukarya
 Pd th 1969, organisme eukariotik sederhana, kebanyakan
uniseluler, dikelompokkan sebagai Kingdom Protista.
 Sejauh ini sekitar 200.000 spesies protista telah diidentifikasi.
 Jamur, tumbuhan, dan hewan termasuk organisme eukariotik
yg lebih kompleks, yg sebagian besar multiseluler.
 Kingdom Fungi mencakup ragi uniseluler dan jamur
multiseluler
 Kingdom Plantae (tumbuhan) mencakup beberapa alga dan
semua lumut, pakis dan tumbuhan berbunga.
 Kingdom Animalia (hewan) meliputi spons, berbagai cacing,
serangga, dan hewan dengan tulang punggung (vertebrata).
Klasifikasi Virus
 Virus tidak diklasifikasikan sebagai bagian dari salah
satu dari tiga domain.
 Virus adalah parasit obligat, jadi virus tidak dapat
tumbuh tanpa sel inang.
 Ada dua hipotesis tentang asal mula virus:
(1). Virus muncul dari untaian asam nukleat yang
mereplikasi secara independen (seperti plasmid),
(2). Virus berkembang dari sel-sel degeneratif yg melalui
banyak generasi, secara bertahap kehilangan
kemampuan untuk bertahan hidup secara mandiri
tetapi bisa bertahan jika dikaitkan dengan sel lain.
 
A.METODE KLASIFIKASI
Klasifikasi bakteri berpatokan pada buku” Bergey’s manual of determinative
bacteriology”
Bbrp cara untuk melakukan metode klasifikasi diantaranya :
1. Karakteristik Morfologi
• Karakteristik struktural morfologis telah membantu dalam
mengklasifikasikan organisme selama 200 tahun.
• Menggunakan mikroskop sebagai alat bantu agar pengamatan dapat lebih
teliti.
2. Pewarnaan Diferensial
Pewarnaan diferensial merupakan langkah pertama untuk mengidentifikasi bakteri.
 membedakan antara bakteri Gram positif dan Gram negatif.
Setelah dilakukan pewarnaan akan didapatkan warna yang berbeda pada bakteri,
hal ini disesuaikan dg komposisi dinding sel bakteri.
3. Biochemical Test
• Aktivitas enzimatik banyak digunakan untuk membedakan
bakteri. Misalnya, bakteri yang dapat mengikat gas nitrogen dan
mengoksidasi unsur sulfur akan memberikan nutrisi penting bagi
tumbuhan dan hewan.
• Bakteri enterik, Gram negatif adalah kelompok mikroba yg
habitat aslinya adalah saluran usus manusia dan hewan bbrp
bakteri patogen penyebab penyakit diare.

4. Serologi
• Serologi adalah ilmu yang mempelajari respons serum dan imun.
• Uji serologis melibatkan reaksi mikroorganisme dg antibodi
spesifik yg berguna untuk menentukan identitas galur dan spesies
serta hubungan antar organisme.
• Contoh tes serologi adalah ELISA dan Westers Blotting.
5. Phage Typing
• Phage typing adalah tes untuk menentukan fag mana yang
rentan terhadap bakteri  sangat terspesialisasi karena
biasanya hanya menginfeksi anggota spesies tertentu, atau
bahkan strain tertentu dalam suatu spesies.
6. Fatty Acid Profile
• Bakteri mensintesis berbagai macam asam lemak, dan secara
umum, asam lemak ini konstan untuk spesies tertentu.
• Fatty acid profile dapat digunakan untuk mengidentifikasi
beberapa organisme.
7. Flow Citometry
• Flow cytometry digunakan untuk mengidentifikasi bakteri dalam
sampel tanpa membiakkan bakteri.
• Identifikasi dapat berupa mengukur karakteristik fisik dan
kimiawi sel.
8. DNA Base Composition
Presentase pasangan basa Guanin dan Citosin dalam asam nukleat sel bisa
digunakan dalam klasifikasi organisme.

9. DNA Fingerprint
Jumlah dan ukuran fragmen DNA atau sidik jari DNA diproduksi oleh enzim
retriksi yang digunakan untuk menentukan kesamaan genetik.

10. PCR (polymerase chain reaction) dapat digunakan untuk meningkatkan

jumlah DNA mikroba ke tingkat yang dapat diuji dengan elektroforesis gel.

11. Hibridasi Asam Nukleat yaitu untaian tunggal DNA dan RNA dari suatu
organisme yg berikatan dG hidrogen membentuk molekul untai ganda.
Contoh teknik Hibridasi Asam Nukleat adalah Southern blotting, DNA
chipsdan FISH (Fuoreschent In Situ Hybridization).