Tugas MKDU PPDS Juli 2021

Kuliah Protein
Mata Kuliah Biologi Molekuler

Disusun oleh
Crisnah Indah 04042782125009
Yonis ismed 04042782125022
Murti Putri Utami 04042782125021
Agus Mahendra 04042782125020
Dian cahaya Utami 04042782125019
Muhammad Ikhsan Amadea 04042782125011

Program Studi
Sp-1 Ilmu Penyakit Dalam

PEMBIMBING
dr. Subandrate, M.Biomed

Fakultas Kedokteran Universitas Sriwijaya

Rumah Sakit Mohammad HoesinPalembang
2021
Pemicu Evolusi Bentuk Protein
Gareth Shannon1, Callum R. Marples2, Rudesh D.Toofanny3 & Philip M.Williams2
Gerakan difusi dalam lingkungan sel yang padat diketahui sangat penting untuk fungsi seluler
karena memicu interaksi protein. Namun, hubungan antara difusi protein, bentuk dan
interaksi, dan mekanisme seleksi evolusioner yang muncul sebagai konsekuensinya,
belumdiinvestigasi. Di sini, kami mempelajari dinamika elipsoid triaksial dari volume sterik
setara (equivalen) dengan protein pada rasio aspek dan fraksi volume yang berbeda
menggunakan kombinasi dinamika molekul Brown dan pengemasan geometris. Secara
umum, protein ditemukan memiliki bentuk, perkiraan baku emas dalam aspek rasio, yang
menimbulkan fraksi volume kritis tertinggi dalam menolak gelasi, sesuai dengan self-difusion
tercepat dalam sel. Bentuk ellipsoidal juga mengarahkan tabrakan acak antara protein
menjauh dari situs yang akan mendorong agregasi dan hilangnya fungsi ke regio nonsticky
yang berkembang lebih cepat di permukaan, dan selanjutnya memberikan toleransi yang lebih
besar terhadap mutasi.

Interaksi antara protein yang berdifusi merupakan pusat fungsi sel. Laju reaksi protein yang
terjadi di dalam sel sebanding dengan produk konsentrasi dan laju difusinya 1. Ketika
konsentrasi protein meningkat, difusi translasinya Dt0 melambat karena interaksi di
lingkungan yang semakin padat2. Untuk sistem bola keras, yang mengalami transisi gelas
pada fraksi volume φc≈0.583 , konstanta difusi translasi turun dengan fraksi volume φ kira-
kira sebagai Dt=Dt0 (1- φ/ φc)24. Produk konstanta difusi dan konsentrasi maksimum Ketika φ
=19%1,2 , nilai yang mirip dengan protein dalam sel5–7.

Konstanta difusi suatu protein tergantung pada ukuran dan bentuknya dan pada bentuk
makromolekul lain di lingkungannya8. Konstanta difusi translasi dari partikel bola sebanding
dengan radius hidrodinamiknya, dan konstanta difusi lebih kecil untuk partikel asferis
dibandingkan dengan bola dengan volume yang sama. Oleh karena itu, protein sferis dengan
konstanta difusinya yang lebih besar diharapkan menghasilkan laju reaksi biokimia yang
lebih tinggi daripada protein asferis dengan volume ekuivalen. Protein, bagaimanapun,
umumnya tidak bulat9.

Titik transisi gelas φc juga bergantung pada bentuk partikel. Teori berpasangan mode
memprediksi bahwa φclebih tinggi untuk sferoid (elipsoid revolusi) daripada bentuk bola,
disarankan sferoid mencegah kristalisasi dengan menaikkan titik transisi kaca 10, dan bahwa
φcpartikel berbentuk halter meningkat dengan asimetri hingga maksimum ketika
panjang/diameter sekitar 1,411–13. Simulasi transisi fase cair-ke-padat juga menunjukkan
bahwa φc lebih tinggi untuk bola daripada bola14,15. Kenaikan nilai φc protein akan
meningkatkan konstanta difusi dan laju reaksi biokimia. Mempelajari hubungan antara
bentuk partikel dan Dt dan φc dan karenanya memungkinan hubungan antara bentuk protein,
konsentrasi dan reaksinya di dalam sel adalah pokok bahasan dari jurnal ini.
Di sini, pertama-tama kami mempelajari rasio aspek protein globular dengan melakukan
pengukuran kaliper dan menentukan elipsoid triaksial dengan volume sterik yang setara dan
sifat difusi. Menggunakan kombinasi dinamika molekul dan simulasi pengemasan dan
pembongkaran ellipsoidal, kami menunjukkan bagaimana fraksi volume kritis dan difusi
translasi dari ellipsoid triaksial ini bergantung pada bentuk dan konsentrasinya. Dengan
asumsi difusi protein mengikuti prediksi untuk model ellipsoidal ini, simulasi ini
menunjukkan bahwa protein telah berevolusi menjadi bentuk ellipsoidal yang membatasi
agregasi dan gelasi dalam situasi konsentrasi tinggi, dan untuk memaksimalkan proses
pembatasan difusi di dalam sel.

Bahan dan metode

47.677 struktur dari Protein Data Bank yang dikelompokkan pada 95% urutan identifikasi
menggunakan CD-HIT diunduh dari RCSB.org pada 23/01/2018. Protein dalam set ini
diambil sebagai rantai tunggal, dan multimerisasi diabaikan. 3D Complex16 (protein rantai
tunggal dan dimer protein), seleksi PDB (unit asimetris) 17, Dynameomic18, dan subset
spesies19 juga dipelajari.
Pengukuran kaliper.
Untuk menentukan tingkat asferisitas protein Diameter Feret diukur dengan menentukan
perbedaan terbesar dan terkecil antara nilai koordinat atom maksimum dan minimum pada
bidang x, y, dan z untuk semua orientasi protein di sekitar bidang x dan y antara 0 danπ/2
dalam peningkatanπ/180. Kesalahan maksimum dalam estimasi ini adalah
1−cos(π/180)=0,02%.
Elipsoid dengan volume sterik ekivalen.
Untuk menghitung jari-jari prinsip ellipsoid dari volume sterik ekuivalen dengan protein,
kami menghitung momen inersia suatu benda yang mewakili atom20

di mana x, y, dan z adalah posisi atom N dalam protein, dan r adalah jari-jari vdW (C 1.7Å; N
1.55Å; O 1.52Å; S 1.8Å; H 1.2Å; other 1.7Å) . Tensor ini didiagonalisasi untuk
menghasilkan tiga vektor eigen dari sumbu utama dan nilai eigennya 1≥λ2≥λ3. Panjang a, b,
dan c dari semi-sumbu ellipsoid dengan volume sterik ekivalen kemudian ditemukan sebagai
dimana . Di sini, kami menyatakan rasio panjang sumbu ini dengan parameter
α=a/c, rasio aspek ellipsoid, dan αβ=b/c, yang menggambarkan bentuk dari prolate (β=0)
hingga oblate (β=1) berbentuk bulat. Kode untuk ini ditulis dalam C menggunakan rutinitas
diagonalisasi Kopp21 (http://arXiv:physics/0610206).
Dinamika Brown dan Langevin.
HOOMD-blue (v2.1.1-92)22,23digunakan untuk mensimulasikan gerakan difusif dari spheroids
halus pada fraksi volume antara 0,001% dan 55%. Konfigurasi awal awal dihasilkan dengan
mengemas 300 spheroid yang diorientasikan secara acak ke fraksi volume 30% menggunakan
PackLSD (lihat di bawah). Posisi dan orientasi spheroid yang dikemas kemudian digunakan
untuk menghasilkan 8100 partikel Gay-Berne dengan mereplikasi dalam himpunan 3x3x3.
Potensi pasangan anisotropik Te Gay-Berne yang digunakan dalam HOOMD-blue adalah 24

dengan|| and ⊥diatur

sedemikian rupa sehingga
V(2a)=V(2c)=1
Dinamika bola satuan
volume dilakukan untuk 10.000 langkah dengan kBT=1, faktor gesekan translasi dan rotasi
γ=1, langkah waktu δt=0,0001 sedangkan ukuran kotak periodik diubah untuk mencapai
fraksi volume tertentu, sistem diseimbangkan untuk 10.000 langkah lebih lanjut dan
kemudian difusi partikel dipantau lebih dari 250.000 langkah (t=25). Difusi translasi
ditentukan dari perpindahan rata-rata kuadrat d dari partikel Dt= <d 2>/6t. Persamaan. (14)
dipasangkan ke data difusi simulasi untuk menentukan φc menggunakan OriginPro
(OriginLab Corporation, Northampton, MA 01060).
Kode in-house digunakan untuk mempelajari lokasi tumbukan antara ellipsoid dalam gerak
Brown yang dijelaskan oleh Persamaan (5) dan Persamaan(6). Di sini, titik x, y, z pada
permukaan ellipsoid dalam kerangka acuan tubuhnya (yaitu sumbu a sejajar dengan x, b
dengan y dan c dengan z) didefinisikan oleh dua sudut θ danϕ, di mana x=t cos(θ), y=t sin
cos(ϕ), z=t sin(θ) sin (ϕ) dengan t diberikan oleh

Pengepakan dan pembongkaran. Pengepakan ellipsoid yang macet secara acak secara
maksimal dihasilkan menggunakan algoritma dinamika molekul berbasis “daftar tabrakan
yang berdampingan” PackLSD dari Donev25. Pembongkaran dilakukan dengan
menjalankan PackLSD pada susunan ellipsoid yang dipesan, seperti yang dijelaskan dalam
referensi’.26, untuk dekompresi ke fraksi volume akhir dari 35%.
Estimasi fraksi volume kritis φc untuk ellipsoid. Untuk memperkirakan fraksi volume
kritis φc kami mempelajari transisi fase liquid-ke-solid dari ellipsoid triaksial. Untuk sistem
bola keras, diagram fase tekanan sebagai fungsi fraksi volume menunjukkan titik beku
φF≈0,494, di bawahnya suspensi adalah cairan27. Antara φF dan φsaya≈ 0,545, titik leleh,
untuk sistem dalam kesetimbangan padat dan cair hidup berdampingan dan system diatasnya
adalah kristal. Memaksa sistem di atas φF cukup cepat untuk menghalangi keseimbangan
melihat sistem memasuki keadaan cair yang sangat dingin sampai transisi kaca φG≈0,58
tercapai, dan antara ini dan kemacetan acak maksimal yang dinyatakan dengan φMRJ≈0,64
sistem berbentuk seperti kaca14. Ada beberapa perdebatan tentang nilai mana yang terbaik
untuk transisi kaca, yaitu : nilai φG≈0,58 atau nilai status macet maksimal φMRJ≈0,64.
Sebagian besar eksperimen menunjukkan φG≈0,58, misalnya -multimer α- kristalin lensa
bola mata (φG=0,579±0,004)28,29, meskipun beberapa menyarankan nilai 0,64 adalah nilai
sebenarnya 30,31. Santamaria-Holek dan Mendoza menggunakan φc=φMRJ ketika
memprediksi viskositas relatif ellipsoids32. Di sini, kami berasumsi φc=φG, terlepas dari
nilainya.
Untuk memperkirakan φc untuk ellipsoid triaksial kami mengikuti metode Donev di
mana susunan kristal padat dari ellipsoid yang dikemas dibongkar dan parameter urutannya
serta tekanan sistem dipantau 26. sebagai sistem yang dibongkar, titik di mana keteraturan
hilang secara drastis diambil sebagai titik beku, φF, yang juga sesuai dengan peningkatan
tekanan 15,25. Kami mengambil titik leleh, φM, sebagai fraksi volume yang dibongkar
ellipsoids yang memberikan tekanan yang sama dengan kenaikan nilai titik beku ini. Nilai
dari φMRJ ditentukan dengan mengemas ellipsoid dari keadaan acak (cair) yang diperoleh
pada akhir pembongkaran. Kami kemudian belajar bagaimana difusi ellipsoid bervariasi
ketika mengambil nilai yang ditemukan untuk φF, φM dan φMRJ sebagai φc.

Pemetaan. Peta lokasi kontak antara ellipsoid dan tipe residu dihasilkan dengan mewakili
masing-masing θφ titik kontak sebagai titik Gaussian. Untuk menghitung Gaussian, jarak
geodesik pada permukaan ellipsoid antara dua bilangan bulat θφ titik diperkirakan dengan
mempertimbangkan peta sebagai gambar dengan 180 × 360 piksel, di mana masing-masing
mewakili nilai derajat bilangan bulat dari sudut. Semua nilai piksel awalnya disetel ke titik
nol. Mulai dari piksel yang sesuai dengan titik pertama, jarak kartesian ke pusat piksel yang
berdampingan yang belum dikunjungi dihitung pada jarak terdekat yang ditemukan. Piksel
terdekat kemudian diberi nilai penjumlahan nilai saat ini dan jarak ini. Selanjutnya, piksel
dengan nilai terendah dan dengan tetangga berdampingan yang belum dikunjungi dipilih.
Proses ini diulang sampai nilai piksel yang sesuai dengan titik kedua ditetapkan, yang
merupakan perkiraan jarak geodesik dari yang pertama.

Tingkat Posisi Evolusi. Tingkat evolusi residu dihitung untuk 382 urutan ortologis yang
diambil dari genom Saccharomyces cerevisiae dan sembilan spesies yang berkerabat
dekat: Saccharomyces paradoxus, Saccharomyces mikatae, Saccharomyces bayanus,
Candida glabrata, Saccharomyces castellii, Saccharomyces kluyveri, Kluyveromyces
lactis, Kluyveromyces waltii, dan Asbya gossypii menggunakan Rate4Site33 seperti yang
dijelaskan dalam ref.34. Seperti dalam pekerjaan itu, tingkat evolusi dinormalisasi ke rata-
rata di semua posisi di semua protein pada set, dan disajikan sebagai Log2[tingkat
normalisasi].

Persamaan difusi. Konstanta rotasi dan difusi dari ellipsoid triaksial. Banyak metode telah
digunakan untuk memprediksi difusi translasi dan rotasi protein . Pada penelitian ini,
35-39

menggunakan panjang semi-sumbu ellipsoid dengan volume sterik ekivalen, kami

menghitung translasi Dta,b,c , dan rotasi Dra,bc, koefisien difusi di sepanjang dan di sekitar setiap
semi-sumbu seperti (dalam contoh a)40

( 5, 6)
masing-masing, untuk protein di mana a′, b′ dan c′ adalah panjang semi-sumbu dari ellipsoid
setara yang dinaikkan sejumlah H untuk mencerminkan lebar lapisan hidrasi stasioner yang
mengelilingi protein, dan RF dan RD adalah simetri Carlson integral elips dari jenis RF(x, y, z)
pertama, dan RD(x, y, z) kedua

( 7, 8 )

Algoritma untuk menyelesaikan ini diambil dari Resep Numerik 41. Konstanta difusi
translasi dan rotasi waktu lama adalah rata-rata aritmatika dari nilai untuk setiap
sumbu

( 9, 10 , 11 )
Difusi pada konsentrasi terbatas. Interaksi antara benda-benda yang menyebar
menyebabkan gerakan difusi yang bergantung pada skala waktu dan konsentrasi42. Ada
beberapa deskripsi korelasi antara viskositas intrinsik atau difusi bola dalam waktu lama dan
fraksi volume, semuanya berbagi fraksi volume kritis pada.titik divergen 43-45
. Tokuyama
dkk. menggambarkan difusi diri bola dalam waktu singkat dengan4

( 12 )
dimana φ adalah fraksi volume partikel dalam suspensi dan L() didefinisikan sebagai

( 13 )
dengan B=(9/8)1/2 dan C =11/16. Pada waktu yang lebih lama, efek sangkar dari protein
yang mengelilingi yang lain menurunkan difusi lebih lanjut dengan protein yang perlu
berpindah dari sangkar ke sangkar. Koefisien difusi diri lama dari partikel halus dijelaskan
dengan baik oleh ekspresi

( 14 )

dimana φc adalah titik tunggal dari penghentian difusi diri yang lama; fraksi volume kritis.
Persamaan (12) dan (14) dengan nilai =2 telah ditunjukkan untuk menggambarkan
ketergantungan fraksi volume dari difusi translasi untuk sejumlah protein, di mana
fungsinya telah dipasang pada data eksperimen untuk menentukan nilai φc 44,46-48.

Hasil dan Diskusi

Protein secara alami berbentuk asferis dan memiliki rasio aspek sekitar 1,6. Rasio
aspek protein, dihitung sebagai rasio diameter kaliper terbesar hingga terkecil,
didistribusikan secara luas sekitar 1,6 dan berkisar dari 1,2 hingga 18,6 (Gbr. 1). Distribusi
rasio aspek rantai tunggal dari 47.677 struktur PDB berkerumun pada 95% kesamaan urutan
diwakili dengan baik oleh log-lognormal dengan nilai modal 1,639 (±0,001). Kami
membagi distribusi rasio aspek menjadi protein yang umumnya prolate dan yang umumnya
oblate dengan menentukan momen inersia protein yang diwakili oleh atomnya sebagai bola
radius van-der Waals dengan kerapatan satuan dan menentukan panjang semi-sumbu a≥b≥c
dari ellipsoid dengan inersia yang sama; yang disebut ellipsoid dengan volume sterik
ekivalen20. Kami menemukan rasio aspek pengukuran kaliper dari prolate yang terpanjang
hingga terpende dan oblate terpendek ke terpanjang yang didistribusikan sekitar 1,6 dan
0.7(1/1.6), masing-masing (Gbr. 1 Semua). Rasio aspek modal mirip dengan Golden ratio =
(1 + 5)/2 = 1,618…, dan timbal baliknya Φ-1. Distribusi rasio aspek dari 13 052 monomer
(3DMonomer), 19 148 komponen dimer (3D Dimer AB) dan 9574 kompleks dimernya (3D
Dimer AB) dari struktur dalam database Kompleks 3D 16, 3272 unit asimetris rantai tunggal
dalam database PDBselect17, 701 protein dalam database Dynameomic18, dan 1243 protein
dari spesies yang berbeda (667H. sapiens; 396 E.coli; 180 S.cerevisiae)19 memiliki bentuk
yang sama (Gbr. 1). Modus distribusi ini diberikan pada Tabel1.

Pemisahan distribusi ini menunjukkan bahwa sekitar 25% protein adalah oblate, nilai
yang sama dengan yang ditemukan oleh Dima dan Thirumalai yang mempelajari protein
dalam PDBselect17 bagian dari Bank Data Protein 9. Karena rantai yang tidak dilipat
umumnya prolate, kita mungkin mempertanyakan mengapa beberapa protein terlipat menjadi
struktur oblate seperti itu perlu mengalami perubahan signifikan dalam volume dan/atau luas
permukaan pada lipatan49-51. Kesalahpahaman ini muncul dari pendekatan spheroids murni
revolusi oblate dan prolate yang menunjukkan perubahan antara keduanya memerlukan
transisi melalui keadaan bola dengan perbedaan yang sesuai pada luas permukaan atau
volume. Distribusi bentuk protein lebih baik direpresentasikan dalam dua dimensi:, dimana
=a/c dan α=b/c. Angka 2 menunjukkan distribusi 2D ini untuk 47.677 rantai protein. Garis
putus-putus=(ln(+1)-ln(2))/ln() untuk >1 menunjukkan batas antara prolat (=0; lebih rendah)
dan oblat (=1; atas) protein. Kami juga memplot (bertitik) kontur dari hasil bagi isoperimetri
(36πV2/SEBUAH3) yang mewakili ellipsoid dengan luas permukaan dan volume yang setara
equivalent52 Rasio aspek protein didistribusikan secara luas di sekitar nilai modal α = 1.65
dan β = 0,34. Nilai rasio aspek ini sesuai dengan parameter aspericity Δ ≈ 0.1yang dilaporkan
dalam referensi.

Luas permukaan A dari elipsoid yang didefinisikan oleh α, β dan c dengan volume
kira-kira
.

Gambar 1. Rasio aspek protein yang diambil dari pengukuran kaliper Ac dan bc
didistribusikan di sekitar nilai modal 1.6. Rasio pengukuran kaliper terpanjang hingga
terpendek untuk 47.677 struktur (rantai monomer tunggal) yang diambil dari basis data PDB
membentuk distribusi di sekitar nilai modal 1,639. Dengan menentukan ellipsoid dengan
volume sterik ekivalen, protein dapat dipisahkan menjadi struktur berbentuk prolate dan
oblate. Itu distribusi rasio aspek protein dalam himpunan bagian dari database PDB (lihat
teks) ditampilkan untuk oblate sebagai bc/ac dan prolate sebagai ac /bc protein.

dengan p=1.6075, dimana untuk semua nilai meningkat secara monoton dengan dari
nilai α =1. Untuk ellipsoid dengan volume tetap dan luas permukaan ada nilai unik untuk
setiap nilai antara 0 dan 1. Meskipun ada kendala karena penataan ulang rantai polipeptida
yang diperlukan, globul cair dapat berubah dari prolat menjadi oblat dengan mempertahankan
volume dan permukaan konstan daerah (yaitu sepanjang kontur isoperimetri). Ini
menunjukkan, oleh karena itu, bahwa bentuk protein yang terlipat mungkin tidak selalu
mencerminkan bentuk umum dari keadaan terdenaturasinya. Menariknya, A memiliki
minimum β antara 0 dan 1 untuk nilai >1, sehingga transisi antara spheroid prolate dan oblate
pada volume dan luas permukaan konstan membutuhkan peningkatan aspek rasio yang
tampaknya paradoks. Nilai >1, di mana luas permukaan protein lebih besar dari volume
ekivalen, memberikan toleransi yang lebih besar terhadap mutasi daripada protein sferis,
karena setiap mutasi yang menyebabkan perubahan volume dapat diakomodasi tanpa
perubahan luas permukaan, dan sebaliknya53. Volume pendekatan elipsoidal protein
ditemukan berskala dengan jumlah residu N sebagai V≈203N 3 (Gbr. 3C), sama dengan
radius ekivalen 3,1Å-per-residu pada kerapatan pengepakan 0,64, dan

Tabel 1. Rasio aspek kaliper dan parameter bentuk yang diukur untuk berbagai subset
protein dalam PDB
 gambar 2. Distribusi rasio aspek untuk ellipsoid dengan volume sterik ekivalen dari
47.677 struktur yang diambil dari database PDB (rantai tunggal berkerumun pada kemiripan
urutan 95%). Untuk setiap ellipsoid dengan panjang setengah sumbu a≥b≥c, =a/c dan =b/c.
Distribusi Te Gaussian-smooth memiliki maksimum pada .=1,65, =0,34. Garis putus-putus
dari kiri ke kanan untuk >1 menunjukkan batas antara struktur umumnya prolate (β=0) dan
umumnya oblate (β=1). 75% dari struktur umumnya prolate. Garis kontur isoperimetri putus-
putus antara nilai mewakili elipsoid dengan volume dan luas permukaan yang sama.
luas permukaan ellipsoid dengan volume sterik ekivalen ini mendekati A≈47NsÅ2
(radius ekivalen 3,7Å-per-residu pada kerapatan pengepakan cakram maksimum 0,9), di
mana Ns adalah jumlah residu di permukaan. Temuan ini sesuai dengan temuan lainnya9,54.
Seperti yang diharapkan, sejauh mana asam amino terkubur ditemukan berkorelasi dengan
hidrofobisitasnya dan, secara umum, antikorelasi dengan 'kelengketannya' seperti yang
didefinisikan dalam ref.19 (Gbr. 3A, B). Tingkat radial fraksional rata-rata dari karbon alfa
masing-masing residu menuju permukaan elipsoid ekivalen memberikan perkiraan
kemungkinan bahwa suatu jenis asam amino akan berada di permukaan. Dengan
menjumlahkan produk dari nilai-nilai ini dengan jumlah setiap jenis residu dalam protein,
kita dapat memperkirakan Ns, dan karenanya luas permukaan (Gbr. 3D). Estimasi ini dapat
ditingkatkan dengan menggunakan frekuensi aktual dari setiap jenis residu yang ada di
permukaan. Oleh karena itu, dimungkinkan untuk memperkirakan volume dan luas
permukaan elipsoid setara protein, dan oleh karena itu, dari Persamaan. (15) aspek rasionya
dari pengetahuan kandungan asam amino saja. Karena volume protein berhubungan dengan
jumlah asam amino dan luas permukaannya berhubungan dengan komposisi asam amino,
Persamaan. (15) mengungkapkan bahwa rasio aspek protein bergantung pada kandungan
fraksional dari residu yang terpapar permukaan. Ini menunjukkan bahwa untuk rantai dengan
panjang tertentu ada komposisi asam amino yang jauh lebih berbeda yang menimbulkan
ellipsoid daripada menimbulkan bola, dan oleh karena itu menunjukkan bahwa protein secara
alami berbentuk ellipsoid terlepas dari struktur sekunder. Untuk mendukung ini, kami
menghitung parameter urutan S = 5 2 di mana adalah sudut antara setiap unit struktural
sekunder (heliks atau lembaran) dan sumbu protein (semua, dan

Gambar 3. (A,B) Jarak radial fraksional rata-rata Cα dari setiap jenis residu dari inti
ke permukaan protein (A oranye) tidak bergantung pada bentuk protein dan diurutkan serupa
dengan frekuensi di mana mereka berada ditemukan di permukaan (A magenta; B simbol
tertutup), dan berlawanan dengan kelengketannya (A violet; B simbol terbuka)19. (C)
Volume ellipsoid dengan volume sterik ekivalen dapat diprediksi secara akurat dari jumlah
residu. (D) Jumlah residu pada permukaan protein dapat diprediksi dari jumlah setiap
kandungan residu dan kecenderungan permukaannya (kuadrat terkecil parsial dengan satu
komponen, simbol tertutup; Bayesian Regularized Neutral Network dengan 20 neuron,
simbol terbuka).
Dipisahkan menjadi struktur prolate dan oblate) dan tidak menemukan korelasi
keselarasan antara struktur sekunder dan bentuk ellipsoidal protein secara keseluruhan
 (S = . 0 159, S S = . 0 183, 0 = .072 all prolate oblate )
(Fig. 4).Dengan mempertimbangkan volume protein terkait dengan panjang rantainya
dan luas permukaannya terkait dengan komposisinya, kami menyarankan bahwa bentuk
elipsoidal umum dari protein (dan globul cairnya) melekat. Fakta bahwa protein dapat
melipat dengan sukses tanpa bantuan pendamping, dan dapat berhasil melipat kembali berikut
 Denaturasi dan karenanya tidak ko-translasi proksimal ke ruang depan ribosom.
menunjukkan bahwa bentuknya adalah tidak dibatasi oleh lingkungan fisik di mana mereka
melipat. Kami memperkirakan sejauh mana eliptisitas protein inidengan mempertimbangkan
rantai polipeptida urutan acak sebagai urutan biner baik permukaan (kutub) atau terkubur
(hidrofobik), mirip dengan model polimer HP, yang juga terlihat runtuh menjadi bentuk elips.
Teorema binomial menunjukkan bahwa jumlah kombinasi terbesar dari H dan P adalah ketika
mereka sama jumlah. Ketergantungan rasio aspek pada panjang rantai model sederhana ini
ketika =0,5 ditunjukkan pada Gambar 5A.Untuk rantai 400 residu, sama dengan panjang rata-
rata dalam proteom manusia, komposisi yang paling sering memiliki 200 residu yang terbuka
di permukaan sehingga menimbulkan rasio aspek elipsoid untuk berbagai
β of αβ=0=1.57 to αβ=0.4=1.66 to αβ=1=1.52
(bertepatan dengan garis kontur melalui distribusi maksimum pada Gambar 2).
Kemampuan dari protein model ini untuk mengakomodasi mutasi yang menyebabkan
perubahan volume dan/atau luas permukaan ditunjukkan pada Gambar 5B.Mengambil Ns/N
menjadi 0,55, nilai yang paling banyak ditemukan dalam protein dan sama dengan sebelas
dari dua puluh residu yang memiliki nilai preferensi permukaan melebihi 0,5 (Gbr. 3A), kami
menemukan panjang protein di mana permukaan yang diprediksiluas paling tidak sama
dengan luas bola yang volume ekivalennya adalah 36π(203)2 /0.553 473=270 (the value of N
when in Eq. 1 A=47(0.55N), V=203N, and α=1) residu. Protein yang mempertahankan rasio
residu 0,55/0,45 permukaan/inti diperkirakan, oleh karena itu, setidaknya memiliki panjang
sekitar 270 residu. Protein yang lebih besar dapat dibentuk mempertahankan rasio
permukaan/inti ini dengan menjadi elips, tetapi protein yang lebih kecil hanya terbentuk
melalui peningkatanprevalensi residu yang disukai permukaan. Eukarya memiliki panjang
protein rata-rata lebih panjang pada 361 residu, bakteri pada 267 residu, dan archaea lebih
pendek pada 247 residu.
Elipsoid dengan volume sterik ekivalen memungkinkan prediksi difusi protein yang
akurat. Nilai yang dihitung dari konstanta difusi translasi dan rotasi dari elipsoid triaksial
sterik setara protein, menggunakan Persamaan (5) dan (6), masing-masing, cocok dengan
nilai yang ditentukan secara eksperimental setelah meningkatkan panjang semi-sumbu
ellipsoid sebesar 2,32Å, untuk struktur PDB tanpa hidrogen, atau 2,30Å untuk struktur
dengan (terjemahan rRMSE=4,7%, rotasi rRMSE=9,1%) (Gbr. . 6A)36,39. Jadi, ellipsoid
dengan volume sterik ekivalen dengan lapisan hidrasi 2,3Å, ekivalen dengan tingkat hidrasi
0,38 g/g (volume ekivalen
 Gambar 8. Menggunakan fraksi volume kritis o sebagai titik membeku atau (kiri,
biru), titik meleleh ou (tengah, merah), dan titik yang kemacetan (kanan, gren) maksimum
produk (baris bawah) dari prediksi kecepatan difusi (baris tengah) dan pecahan volume (baris
atas) untuk setiap elips soid yang ditemukan. Maksimal produk ini diperlihatkan sebagai
bintang kuning dan dapat dibandingkan dengan nilai modai yang ditemukan untuk The 47677
protein set (bintang biru).
Difusi karena keramaian membutuhkan banyak perhatian, meskipun kita
mengharapkan ketergantungan pada rasio aspek partikel difusi mirip dengan yang ditemukan
di sini.Protein elips untuk memaksimalkan penyebaran terjemahan mereka di sel yang sesak.
Reaksi abiomolekular yang dibatasi oleh difusi memiliki tingkat sebanding dengan produk
konstan difusi relatif (contohnya Jumlah konstanta difusi dari reaksi) dan konsentrasi reaktan.
Dengan menggabungkan Eqs (11) (12) dan (14) kita melihat oD produk (e, e) maksimum
pada ao=1.58 dan o= 0.19 untuk spheroids prolate, dan o= 0.5, B=0. 18 menggunakan e-, dan
maksimum ketika n=1.60, 3=05, -0 20 untuk o=ay (Fig. 8). Dengan demikian, menggunakan
e, dari suspensi elips sebagai baik dy atau oag dan dengan asumsi sikap yang diekfusif
Gambar 8. Menggunakan fraksi volume kritis o sebagai titik membeku atau (kiri, biru), titik
meleleh ou (tengah, merah), dan titik yang kemacetan (kanan, gren) maksimum produk (baris
bawah) dari prediksi kecepatan difusi (baris tengah) dan pecahan volume (baris atas) untuk
setiap elips soid yang ditemukan. Maksimal produk ini diperlihatkan sebagai bintang kuning
dan dapat dibandingkan dengan nilai modai yang ditemukan untuk The 47677 protein set
(bintang biru).
Difusi karena keramaian membutuhkan banyak perhatian, meskipun kita
mengharapkan ketergantungan pada rasio aspek partikel difusi mirip dengan yang ditemukan
di sini.Protein elips untuk memaksimalkan penyebaran terjemahan mereka di sel yang sesak.
Reaksi abiomolekular yang dibatasi oleh difusi memiliki tingkat sebanding dengan produk
konstan difusi relatif (contohnya Jumlah konstanta difusi dari reaksi) dan konsentrasi reaktan.
Dengan menggabungkan Eqs (11) (12) dan (14) kita melihat oD produk (e, e) maksimum
pada ao=1.5 dan o= 0.19 untuk spheroids prolate, dan o= 0.5, B=0. 18 menggunakan e-, dan
maksimum ketika n=1.60, 3=05, -0 20 untuk o=ay (Fig. 8). Dengan demikian, menggunakan
e, dari suspensi elips sebagai baik dy atau oag dan dengan asumsi sikap yang diekfusif dari
protein pada konsentrasi terbatas tetap sama dengan soids elips volume sterik setara, kita
memulihkan volume sel volume 19% dan tambahan protein optimum perbandingan
perbandingan alcs 1,7 dan BLCS 13, mirip yang med protein yang membentuk dimers (tabel
1).
Prediksi pengentasan terjemahan protein pada pecahan volume 19% adalah 35% dari
nilainya pada penyusutan tak terbatas, memberikan ekspresi sederhana untuk perkiraan
pengdifusi x 10-7cm- an protein di sel tersebut pada 37 celcius, p= 0,6913 ma sof
Bentuk elips soidal membantu protein menghindari interaksi non-fungsional. Gambar
98 menunjukkan distribusi frekuensi normal dalam ruang operasi tabrakan uf lokasi antara
ellispoids (a= 1,78, 3= 0,44) yang mengalami brown dinamika. Setiap tabrakan pada 0p pada
permukaan elips diwakili oleh Gaussian spot dengan varian busur 10. Lokasi tabrakan
didistribusikan secara tidak merata di permukaan dengan tabrakan yang paling sedikit
dilakukan di kutub poros c.
Pendistribusian serupa dalam bentuknya dengan pendalaman penyebaran terjemahan
yang efektif dalam waktu singkat (contohnya Didominasi oleh rotasi) D(x y, z) titik-titik di
permukaan elips (gambar 9A), yang dihitung sebagai
 Gambar 9. Protein memiliki permukaan yang tidak lengket pada tempat yang paling
memungkinkan terjadinya tabrakan selama difusi. (A) pengacak terjemahan yang efektif atas
waktu singkat berupa titik-titik pada permukaan elips yang jatuh, yang didefinisikan oleh dua
sudut 0 dari sumbu A dan p dari b, adalah yang terendah (terang) di kutub kaxis, wajah datar,
dan tertinggi (gelap) di kutub poros A. (B) alur penyebaran yang normal dari frekuensi
tabrakan (rendah sampai gelap) untuk titik pada permukaan elips difus. (C) alur penyebaran
frekuensi lokasi titik-titik di pusat antarmuka antara monomers dalam limer protein (cahaya
rendah hingga gelap tinggi). (D) alur nilai jangkauan radial rata-rata (ara 3A) untuk residu
yang terdapat pada permukaan monomers dalam dimets protein. (E) sisa-sisa yang paling
berguna pada permukaan ofhomologs adalah insiden dengan pusat kutub di c di mana lokasi
yang mengikat dan aktif adalah umum. (F) alc cross-section melalui data laju evolusi
mengungkapkan bahwa mutasi sisa-sisa yang berevolusi cepat pada permukaan jauh dari
situs aktif memfasilitasi perubahan dalam inti.
Poin-poin yang menerjemahkan tabung panah, yaitu tiang-tiang pada sumbu,
membuat lebih banyak kontak daripada yang menerjemahkan paling lambat, yaitu kutub pada
sumbu c. Simulasi molekuler dinamika mendukung pentingnya nya penyebaran rotasional
dalam mengarahkan tabrakan antara protein.
Kami membandingkan kemungkinan tabrakan dengan titik pusat dari pengikat protein
yang diukur dari database kompleks 3D ". Kami menghitung elips volume setara steric
masing-masing mitra dalam kompleks biner dan menentukan pusat kontak mereka dengan
menyusut soids elips sampai permukaan mereka hanya menyentuh angka 9C menunjukkan
distribusi 8p titik kontak dari 9958 pasangan protein, di mana setiap titik dipetakan asa
Gaussian-spot dengan variasi 10 lengkungan di atas sarface. Gambar 9D menunjukkan peta
sejauh rata-rata asam amino pada titik kontak biasanya ditemukan di permukaan (ara. 3A),
yang mencerminkan kekomtan patch sebagaimana dihitung oleh Levy et al." Situs-situs
interaksi Protein-protein ditemukan secara dominan di permukaan galah-kutub, di residu
yang umumnya lebih banyak ditemukan dalam protein. Sementara wajah di c menyajikan
luas permukaan terbesar itu adalah daerah yang terlibat dalam tabrakan yang paling berani
difusi. Bentuk elips soidal menjadi protein mengarahkan tabrakan acak antara mereka ke
daerah lengket permukaan dan dengan demikian membatasi pembentukan interaksi non-
fungsional dan agregasi.
Interaksi atau situs aktif sebuah protein diyakini sebagai yang paling dilestarikan
selama evolusi, karena mutasi residu di situs lebih cenderung menyebabkan hilangnya fungsi
daripada mutasi di tempat lain di permukaan oleh karena itu.
Kami berharap residu pada kutub poros c akan paling dilestarikan dalam homologs di
spesies yang dikenal filokgeny. Dengan mengikuti metode Toth-Petroczy dan Tawfik — *
kami menghitung tingkat evolusi — per posisi dari 382 domil protein dari struktur yang
dikenal dalam orthologs dalam 10 spesies ragi. Dalam ara kita merencanakan rata-rata laju
sisa-sisa permukaan yang dipetakan ke fe (protein diputar sekitar 0 derajat atau 180 celcius
sehingga wajah di c dengan kecepatan penabur adalah 0<< 180). The residu di sekitar pusat c
wajah di e=90. =90, bertepatan dengan lokasi situs aktif yang paling sering ditemukan
memiliki tingkat evolusi sekitar setengah dari sisa-sisa permukaan yang lain. Penampang
melintang yang diambil melalui data yang diambil di p=90 kutub menyoroti keterkaitan
tingkat evolusi antara residu di permukaan dan yang di tengah. Laju perubahan residu
berkurang dengan jarak mereka dari permukaan dengan pertukaran residu core rata-rata
empat kali lebih lambat daripada yang di permukaan (away frorm pusat kucing 8-90, -90).
Bagian inti protein yang paling awet adalah offset dari pusat protein menuju antarmuka. Ini
juga adalah sebagai diharapkan berikut asosiasi surface-core af tingkat evolusi diungkapkan
oleh Toth-Petroczy dan Tawik, mutasi dari perubahan yang lebih cepat berkembang pada
permukaan jauh dari situs aktif memfasilitasi perubahan dalam inti. Tingkat evolusi menurun
dengan jarak dari permukaan, konvergen pada titik yang diimbangi.

Rangkuman
Kami telah menunjukkan bahwa protein pada umumnya berbentuk bulat dengan rasio
asprect yang didistribusikan sekitar 1,6; Sebuah nilai dlose untuk rasio emas. Kami telah
menunjukkan dari protein urutan acak lebih dari 270 residu dalam panjang kemungkinan
akan elips soidal tidak sesuai dengan struktur sekunder dan bahwa model sederhana dari
protein 400 residu memiliki bentuk yang sama dengan yang paling umum di PDB.
Kami telah menunjukkan bahwa terjemahan dan perputaran difusi protein dapat
secara akurat dimodelkan dengan mempertimbangkan protein sebagai elips triaksial dari
volume volume yang setara. Kami telah menunjukkan bahwa pengacak terjemahan setelah
elips tersebut berkurang dengan konsentrasi yang meningkat dan bahwa pecahan volume
kritis yang sesuai dengan transisi kaca, di mana penyebaran terjemahan menjadi diabaikan,
bergantung pada bentuk setelah elips soid. Kami menemukan bahwa bentuk elips yang
memberikan nilai prediksi tertinggi untuk fraksi volume kritis adalah coincident dengan
modal nilai yang ditemukan untuk protein. Oleh karena itu, kami menduga bahwa protein
memiliki bentuk yang merandasi penyebaran penerjemahannya di dalam sel dan membatasi
kemungkinan gelekatan pada konsentrasi tinggi.
Kami mempelajari lokasi kontak antara difusi elips dan menemukan korelasi antara
lokasi di mana tabrakan cenderung terjadi dan di mana antarmuka protein/protein ditemukan
dalam dimers protein. Kami menemukan keterkaitan yang sama antara jenis residu yang
ditemukan di situs-situs interaksi seperti yang lain ", dan menunjukkan dalam serangkaian
protein bahwa residu yang ditemukan di situs-situs ini telah berevolusi lebih cepat daripada
yang ada di daerah lain dari proteirs di mana kontak lokal lokal lokal lebih mungkin terjadi.
Kami menyarankan bahwa protein telah berevolusi bentuk yang mengarahkan tabrakan acak
acak jauh dari situs interaksi mereka untuk residu non-lengket yang paling tidak dilestarikan.