GEN BERPAUTAN DAN PEMETAAN KROMOSOM

(Laporan Praktikum Genetika)

Oleh :

Siti Nurlela Wati

2017061020

JURUSAN BIOLOGI

FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM

UNIVERSITAS LAMPUNG

2021
 LEMBAR PENGESAHAN

Judul Praktikum : Gen Berpautan dan Pemetaan Kromosom

Tanggal praktikum : Kamis,7 oktober 2021

Tempat Praktikum : Laboraturium Botani 1

Tujuan Praktikum : Untuk mengetahui gen-gen yang berpautan serta pemetaan

kromosom.

Nama : Siti Nurlela Wati

NPM : 2017061020

Jurusan :Biologi

Fakultas :Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam

Kelompok : 2 (Dua)

Bandar Lampung ,7 Oktober 2021

Menyetuhui,

Asisten

Aura Priscilla Sabatini

NPM:1817021009
 I.PENDAHULUAN

A. Latar belakang

Peristiwa dimana beberapa gen bukan alel terdapat pada satu

kromosom yang sama dinamakan berangkai. Berangkai ada 2
macam yaitu berangkai sempurna dan berangkai tidak sempurna.
Berangkai sempurna terjadi apabila tidak ada pindah silang antara
gen-gen pada satu kromosom, sedangkan berangkai tidak
sempurna terjadi bila ada pindah silang(crossing over ) antara
gen-gen dalam satu kromosom. Dua gen dikatakan saling
terangkai apabila kedua gen tersebut terletak di dalam satu
kromosom dan dalam proses pembelahan meiosis, kedua gen
tersebut tidak sepenuhnya terpisah secara bebas mengikuti
Hukum Mendel. Hal ini disebabkan karena kedua gen tersebut
menunjukkan tendensi saling menempel satu sama lain.

Pindah silang merupakan salah satu kejadian dalam ilmu genetika

dimana kromosom tidak berpasanngan dengan kromosom
homolognya. Peristiwa pindah silang sangat umum terjadi pada
saat pembentukan gamet pada kebanyakan makhluk. Pindah
silang terjadi pada akhir profase I atau awal metafase I yang
terjadi pada saat kromosom telah mengganda menjadi dua
kromatid. Pindah silang umumnya terjadi pada kromatid-
 kromatid tengah yaitu kromatid nomor dua dan tiga dari tetrad
kromatid.

Tetapi tidak menutup kemungkinan adanya pindah silang pada

kromatidkromatid yang lain. Peristiwa pindah silang
memungkinkan untuk terjadinya semakin banyak variasi antar
individu.Dengan adanya pindah silang maka terbentuk genotip
tipe parental dan tipe rekombinan dan didapatkan nilai pindah
silang.Untuk mengetahui terjadinya pindah silang dan
persentasenya maka dilakukan imitasi yang menggambarkan
peristiwa pindah silang.

B. Tujuan
Adapun tujuan dari praktikum ini adalah sebagai berikut:
1. Untuk mengetahui gen-gen yang saling berpautan.
2. Untuk mengetahui perhitungan dari gen berpautan dan pemetaan
kromosom.
 II.TINJAUAN PUSTAKA

Materi genetik suatu individu akan diturunkan kepada keturunannya dengan

tujuan untuk mempertahankan sifat-sifat indukan yang dimiliki. Pewarisan
sifat tersebut terjadi melalui proses reproduksi yang melibatkan induk jantan
dan betina. Dimana induk betina maupun jantan membawa sifatnya (gen)
masing-masing. Gen dianggap sebagai satu unit keturunan dan tidak dapat
membelah, yang diwariskan dari ke generasi-generasi berikutnya. Gen dikenal
sebagai suatu daerah kecil pada kromosom. Di mana tidak terlihat adanya
pindah silang atau pematahan kromosom. Suatu gen tertentu dari suatu
individu dapat diwariskan melalui gametnya kepada 50 persen dari
keturunanya (Nusantari 2014).Dengan adanya reproduksi maka gen-gen induk
betina dan jantan akan berkombinasi sehingga terdapat kemungkinan
keturunan yang dihasilkan mempunyai gen-gen baru yang merupakan gen
rekombinan dari gen-gen yang dibawa oleh induk betina dan jantan. Dalam
sebuah kromosom dapat dijumpai gen lebih dari satu. Gen-gen yang terdapat
pada kromosom yang sama disebut gen-gen berangkai (linked genes)
sedangkan fenomenanya disebut berangkai (linkage) (Susanto, 2011: 76).

Crossing over atau pindah silang adalah proses pemilihan posisi string secara
acak dan menukar karakter-karakter stringnya. Fungsi crossing over adalah
menghasilkan kromosom anak dari kombinasi materi-materi dua gen
kromosom induk. Probabilitas crossing over (Pc) ditentukan untuk
mengendalikan frekuensi crossing over (Hardi et al. 2014). Menurut
(Alfadianto et al. 2017)
Rekombinasi dan pindah silang akan menghasilkan rekombinasi antara gen
yang disebabkan oleh perubahan segmen kromosom homolog. Pindah silang
(crossing over) adalah peristiwa penukaran segmen dari kromatid-kromatid
bukan saudara dari sepasang kromosom homolog. Peristiwa pindah silang
sangat umum terjadi pada saat pembentukan gamet pada kebanyakan
makhluk. Pindah silang terjadi pada akhir profase I atau awal metafase I yang
terjadi pada saat kromosom telah mengganda menjadi dua kromatid
 (Campbell,2011). Pada waktu kromosom hendak memisah (yaitu pada
anafase I), kromatid-kromatid yang bersilang itu melekat dan putus pada
bagian kiasma, kemudian tiap potongan itu melekat pada kromatid sebelahnya
secara timbal balik. Berhubung dengan itu gen-gen yang terletak di bagian
yang pindah itu akan berpindah pula ke tempat kromatid sebelahnya (Suryo,
2013).

Setiap cerossing over menampakkan suatu ciasma atau konvigurasi bentuk

persialngan antara kromosom homolog yang bisa diamati selama meiosis
(Jonnes, 2010). Chiasma (jamak: Chiasmata) adalah suatu kondisi yang
menyebabkan terjadinya segregasi kromosom-kromosom homolog yang akan
menyebabkan perubahan kromosom dari diploid menjadi haploid (Petter
Portin, 2012). Dalam pindah silang, yang terjadi ketika kromosom-kromosom
homolog tereplikasi berpasangan saat profase meiosis I, sekumpulan protein
mengontrol pertukaran segmen-segmen bersesuaian dari satu kromatid
maternal dan satu kromatid paternal. Akibatnya, bagian-bagian ujung dua
kromatid nonsaudara bertukar tempat setiap kali pindah silang. Pindah silang
terjadi pada akhir profase I atau awal metafase I yang terjadi pada saat
kromosom telah mengganda menjadi dua kromatid (Campbell, 2011).

Pindah silang terjadi pasca duplikasi kromosom, pada profase 1 meiosis kedua
kromosom homolog mengalami duplikasi menjadi empat buah kromatid.
Empat buah kromatid membentuk sinapsis yang dinamakan tetrad. Saat tetrad
102 _ Buku Ajar terbentuk, pindah silang terjadi. Bukti pindah silang terjadi
sesudah kromosom homolog mengalami duplikasi diperoleh dari hasil analisis
genetik pada percobaan kapang. Kapang Neurospora crassa. sering digunakan
dalam keperluan analisis genetik karena dalam fase reproduksi aseksual
terjadi askosopra haploid yang akan mengalami mitosis sehingga
berkecambah dan tumbuh menjadi miselium multisel yang juga haploid
(Zukiaturrahman 2011).
 III.METODELOGI

A. Alat dan Bahan

Adapun alat dan bahan yang digunakan dalam percobaan ini adalah data hasil
simulasi computer.

B. Prosedur kerja
Adapun cara kerja yang dilakukan pada percobaan ini sebagai berikut:
1. Hitunglah jumlah genotip hasil uji silang antar dua atau tiga lokus gen
hasil stimulasi computer yang telah disiapkan. Catat hasilnya kedalam
tabel yang disediakan.
2. Dari hasil yang diperoleh,uji apakah setiap pasang gen bebas atau tidak
satu sama lain. Jika gen tersebut berpautan ,hitung konsekuensi
rekombinan dan jarak antar gen-gen tersebut.
3. Gambarkan pada kromosomnya.
4. Untuk tiga gen ,jika terjadi pindah silang antar dua ruas kromosom yang
berdampingan,hitung coidence dan interferensinya.
 IV.DATA PENGAMATAN DAN PEMBAHASAN

A. Data Pengamatan

Adapun data pengamatan yang diperoleh dari praktikum ini sebagai berikut:
No. Nama Pemetaan Hasil
1. Parental Gl VaBa 103
gl va ba 91
2. PST I Gl Va Ba 25
Gl va ba 6
3. PST II Gl va Ba 6
Gl Va ba 26
4. PSG Gl Va Ba 48
Gl Va ba 46

B. Perhitungan

1. jarak Gl-Va = PST I + PSG x 100%

Jumlah total
= 31 +94 x 100%
351
=0,356 x 100%
2. jarak Va-Ba = PST II + PSG x 100%
Jumlah total
= 31 + 94 x 100%
351
= 0,358 x 100 %
3. Jarak Gl-Ba = PST I + PST II x 100%
Jumlah total
= 31 + 31 x 100%
351
=0,179 x 100%
4. DCOo = PSG x 100%
 Jumlah total
= 94 x 100%
351
= 0,267
5. DCOe = (NPS Gl-Va) (NPS V a –Ba)
=0,356 x 0,358
=0,1274
6. C =DCOo
DCOe
=0,267 x 100%
0,127
=2,102
7. I =1-2,102
=-1,102.

C. Pembahasan
Dari data yang telah diperoleh bahwa parental pemetaan dengan G1 Va Ba
dengan total 103,91, PST I, Gl Va Ba,Gl va ba total 25,6) PST II, Gl va Ba Gl
Va ba,total 26,6), PSG, Gl Va Ba Gl Va ba,48,46).hasil dari jarak G1-Va
0,356 x100,jarak Va-Ba adalah 0. 358 x 100%,jarak G1-Ba hasil 0.179 x
100%,jarak DCOo dengan hasil 0,267,DCOe hasil 0,1274,C dengan nilai
2,102,terahir I dengan nilai 1,102.
 Apa itu gen berpautan
hukum Mendel menjelaskan bahwa sifat-sifat yang terpaut pada kromosom
yang sama, akan cenderung untuk diwariskan pada keturunannya secara
bersama-sama. Hukum segregasi bebas menyatakan bahwa tiap-tiap individu
diploid memiliki 2 alel pada sebuah lokus yang akan memisah pada saat
pembelahan meiosis dimana masing-masing alel akan memisah pada sel
gamet yang berbeda. Sedangkan prinsip asortasi bebas (Independent
assortment), memperjelas bahwa proses pemisahan 2 alel yang terdapat pada
lokus yang sama, terjadi secara bebas tidak terpengaruh oleh alel alel lainnya
(pada lokus yang berbeda). Pemisahan secara bebas alel-alel ini menghasilkan
rekombinan baru yakni kombinasi-kombinasi alel-alel yang berkumpul pada
gamet-gamet secara acak.

Rekombinasi sebagai konsekuensi asortasi bebas alel-alel Genetika Dasar _ 99

Persilangan antara individu yang melibatkan dua alel yang berbeda (AA BB X
 aa bb) dalam keadaan homozigot. Induk AA BB, menghasilkan gamet dengan
alel A B, dan induk kedua, aa bb, menghasilka gamet dengan alel a b,
menghasilkan keturuanan F1 dengan genotip Aa Bb. Rekombinasi diartikan
pada kasus ini adalah ketika keturunan F1 menghasilkan gamet yang
mengandung kombinasi alel yang berbeda dengan kombinasi alel gamet
induknya. Atau dengan kata lain, keturunan F1 selain menghasilkan gamet
AB dan ab, juga menghasilkan gamet dengan kombinasi alel Ab dan aB.
Mendel menjelaskan prinsip hukum segregrasi dan asrtasi bebas dengan cara
mengamati fenotip keturunan dari persilangan genetik yagn dibuatnya, tanpa
mengetahui penjelasan proses biologi yang mendasari peristiwa tersebut.
Sampai tahun 1903 an, Walter Sutton mengajukan penjelasan dasar biologi
dari prinsip Mendel melalui terori kromosom dari hereditas.

Teori menyatakan bahwa gen-gen terletak pada kromosom. Teori ini secara
sederhana dapat menjelaskan prinsip Mendel dengan mudah. Pada prinsip
segregasi misalnya, dimana individu diploid yang memiliki 2 alel pada satu
sifatnya yang masing-masing alel tersebut terletak pada lokus yang sama atau
pada 2 kromosom homolog. Kromosom-kromosom homolog ini akan
bersegregasi pada pembelahan meiosis, dimana masing-masing gamet
menerima satu kromosom homolog. Pada prinsip asortasi bebas (independent
assortment), yang juga terjadi pada peristiwa pembelahan meiosis, masing-
masing kromosom homolog akan memilih pasangannya secara bebas tanpa
terikat dengan kromosom homolog lainnya. Sehingga kombinasi yang alel
yang ada pada gamet tercipta secara bebas dan jika kombinasi tersebut
berbeda dengan kombinasi alel gamet induk, maka ini yang disebut dengan
rekombinan. Oleh karena gen-gen terletak pada kromosom, maka gen-gen
yang terletak pada kromosom yang sama akan cenderung diwariskan bersama-
sama pula dan cenderung tidak akan berpisah secara bebas dalam menentukan
pasasangan alel nya pada saat pembentukan gamet. Gen-gen yang terletak
berdekatan pada kromosom yang sama dikatakan gen-gen yang terpaut dan
berada pada kelompok pautan yang sama. Gen-gen yang terpaut 100 akan
bergerak secara bersama-sama pada proses meiosis dan pada akhirnya akan
berkumpul pada lokasi yang sama (gamet yang sama).

 pemetaan kromosom.
 Pemetaan genetik (genetik mapping) merupakan suatu usaha untuk
mengetahui lokus atau posisi suatu gen/penanda genetik secara relatif
terhadap gengen atau penanda genetik lainnya. Hasil yang diperoleh adalah
suatu urutan posisi sejumlah lokus pada suatu kelompok pautan (linkage
 group). Kelompok pautan dapat dianggap sebagai bagian dari suatu
kromosom. Prinsipnya, susunan atau urutan marka dalam suatu keterpautan
dihitung berdasarkan konsep segregasi dan rekombinasi. Ketersediaan peta
genetik dengan resolusi tinggi akan mempermudah penentuan lokus suatu gen
dalam kromosom, jumlah gen dan kekuatan gen yang bertanggung jawab
terhadap karakter tertentu. Pemetaan genetik merupakan tahapan yang penting
dalam genomika. Perbandingan genom pada berbagai jenis organisme dapat
dilakukan dan hasilnya dapat dimanfaatkan dalam bidang forensik, pertanian,
kedokteran serta antropologi. Terdapat dua cara melakukan pemetaan genetik,
yaitu pemetaan pautan dan pemetaan fisik.

 Peta kromosom adalah gambar yang menyatakan jarak gen-gen yang terletak
pada lokus yang berderet-deret dalam suatu kromosom.
Pemetaan genetik (genetik mapping) berguna untuk menunjukkan posisi gen
dan fitur urutan lain pada genom. Pautan genetik (genetik linkage) yaitu
kecenderungan alel-alel pada dua atau lebih lokus suatu berkas kromosom
yang sama (kromatin) untuk bersegregasi bersama. Pautan genetik dapat
dideteksi secara statistik dengan analisis asosiasi antara dua atau lebih sifat
yang menjadi ekspresi gen pada lokus yang terlibat. ada dua fase yang terjadi
antara dua lokus yang terpaut :
1. Fase bergandengan (cis atau coupling), terjadi jika dua gen dengan
arah pengaruh yang sama (umpannya dominan) berpautan.
2. Fase berseberangan (trans atau repulsion), terjadi jika dua gen dengan
arah pengaruh yang berbeda yang berpautan.
Pautan terjadi ketika dua gen yang berdekatan pada kromosom yang sama.
Seperti gen yang terletak dekat, yang bergaul secara independen yang disebut
pautan gen. Pautan gen ditransmisikan bersama dengan gamet yang sama. jika
dua gen terpisah jauh pada kromosom yang sama maka mereka cenderung
bergaul secara independen dan sama sama lolos ke gamet yang sama atau
berbeda. Pemetaan fisik (physical mapping) yaitu teknik biologi molekuler
untuk memeriksa molekul DNA secara langsung dengan rangka untuk
mengontruksi peta yang menunjukan posisi urutan termasuk gen. pemetaan
genetik biasa memiliki resolusi yang relatif buruk dan cenderung tidak akurat.
untuk menyempurnakannya dibutuhkan pemetaan fisik jika peta tersebut akan
digunakan dalam pengurutan genom. pemetaan fisik dihasilkan oleh metode
yang menemukan posisi urutan tertentu pada molekul DNA kromosom. teknik
yang penting :
- Restriction mapping
- Fluorescent in situ hybridization (FISH)
 - Sequence tagged site (STS) mapping
Pemetaan genetik didasari pada prinsip bahwa gen (marka atau lokus)
bersegregasi melalui rekombinasi kromosom selama proses meiosis jadi
memungkinkan pemulia melakukan analisis segregasi gen pada individu-
individu tetuanya Gen atau marka DNA yang berdekatan (tightly-linked
markers) diwariskan bersama dari tetua kepada progeninya dengan frekuensi
yang lebih tinggi dibandingkan gen yang letaknya berjauhan satu sama lain.
Genotip tetua maupun genotip heterozigot (rekombinan) akan diwariskan
sebagai hasil persilangan dari kedua tetua. Maka dapat dihitung fraksi
rekombinasi dalam menghitung jarak genetik di antara marka DNA yang
dipetakan. Fraksi rekombinasi dikonversi menggunakan suatu fungsi
(mapping function) dalam satuan peta map yang dikenal dengan centiMorgan
(cM). Nilai frekuensi rekombinasi antara dua marka yang makin kecil
menunjukan kedekatan lokasi kedua marka dalam suatu kromosom. Marka
atau gen dikatakan terpaut jika memiliki nilai frekuensi rekombinasi kurang
dari 50%, jika diatas 50% maka dianggap tidak terpaut satu sama lain. Jumlah
marka digunakan dalam mengonstruksi peta genetik yang akan menentukan
kelompok pautan yang dapat dikonstruksi. Marka DNA dengan jumlah besar
akan sangat membantu dalam kesuksesan konstruksi peta genetik dengan
kerapatan tinggi (Reflinur & Puji 2015).
 V.KESIMPULAN

Adapun kesimpulan dari praktikum ini adalah sebagai berikut:

1. Gen-gen terletak pada kromosom, maka gen-gen yang terletak pada

kromosom yang sama akan cenderung diwariskan bersama-sama pula dan
cenderung tidak akan berpisah secara bebas dalam menentukan pasasangan
alel nya pada saat pembentukan gamet. Gen-gen yang terletak berdekatan
pada kromosom yang sama dikatakan gen-gen yang terpaut dan berada pada
kelompok pautan yang sama. Gen-gen yang terpaut 100 akan bergerak secara
bersama-sama pada proses meiosis dan pada akhirnya akan berkumpul pada
lokasi yang sama (gamet yang sama).

2. Pemetaan genetik didasari pada prinsip bahwa gen (marka atau lokus)
bersegregasi melalui rekombinasi kromosom selama proses meiosis.

3. Dua fase yang terjadi antara dua lokus yang terpaut :

a. Fase bergandengan (cis atau coupling), terjadi jika dua gen dengan
arah pengaruh yang sama (umpannya dominan) berpautan.
b. Fase berseberangan (trans atau repulsion), terjadi jika dua gen dengan
arah pengaruh yang berbeda yang berpautan.
 DAFTAR PUSTAKA

Alfandianto, A., Nugroho, Y. A., Setiafindari, W. 2017. Penjadwalan Produksi

Menggunakan Pendekatan Algoritma Genetika di PT Pertani (PERSERO)
Cabang I Yogyakarta. Jurnal Disprotek 8(2): 1-7

Effendi,Yunus,2020, Buku Ajar Genetika Dasar, ISBN: 978-623-7961-58-1 E-ISBN:

978-623-7961-59-8 EBook, Penerbit Pustaka Rumah C1nta, Sawitan, Kota
Mungkid, Kabupaten Magelang, Jawa Tengah.

Mardiyah, R., Romdhini, M.U., Irwansyah. 2018. Penerapan Algoritma Genetika

dalam Penjadwalan Penerbangan di Bandara Internasional Lombok. Eiden
Mathematics Journal.

Mustami, M.K. 2013. Genetika. Makassar: Universitas Islam Negeri Alauddin.

Nusantari, Elya. 2014. Genetika: Belajar Genetika dengan Mudah dan Komprehensif.
Yogyakarta : Depublish Publisher.

Reflinur dan Puji L. 2015. Penentuan Lokus Gen dalam Kromosom Tanaman dengan
Bantuan Marka DNA. Jurnal Litbang pert 34 (4): 177-186.

Zukiaturrahman A. 2011. Mekanisme Berangkai dan Pindah Silang pada Alel.

Program Studi Kedokteran Hewan. Fakultas Kedokteran Hewan. Malang:
Universitas Brawijaya.

Buku Suryo,2008-2011.
LAMPIRAN