TUGAS KIMIA FARMASI

REVIEW JURNAL FARMAKOGENOMIK

OLEH :

YANTI PUSPITASARI
000312032022

MAGISTER FARMASI
PROGRAM PASCASARJANA
UNIVERSITAS MUSLIM INDONESIA
2023
 PharmGKB : The Pharmacogenomics Knowledge Base

“NIH Public Access”

Caroline F. Teri E. Klein, and Russ B. Altman

Pendahuluan
Latar belakang pada jurnal ini adalah bahwa sejak tahun 1999, PharmGKB
telah menjadi situs utama untuk pengetahuan farmakogenetika dan
farmakogenomika. Namun, ada tantangan dalam mengumpulkan dan
mengintegrasikan data yang relevan dari berbagai sumber untuk membentuk
pengetahuan yang komprehensif dalam bidang ini. Oleh karena itu, jurnal ini
bertujuan untuk menjelaskan bagaimana PharmGKB mengatasi tantangan ini
dengan menggunakan pendekatan kurasi manusia dan penggunaan teknologi
informasi untuk mengumpulkan, mengorganisir, dan menyajikan pengetahuan
farmakogenomika.

Ikhtisar
Ikhtisar pada jurnal ini menjelaskan bahwa PharmGKB adalah sebuah
database yang digunakan oleh para peneliti dalam studi farmakogenomika.
Database ini menyediakan informasi tentang gen, variasi genetik, obat, dan
penyakit yang terkait dengan farmakogenomika. Pengguna dapat mencari
informasi spesifik atau menjelajahi daftar gen, variasi genetik, obat, atau penyakit.
Database ini juga mencakup model jalur yang menunjukkan keterlibatan gen
dalam jalur obat tertentu. Secara keseluruhan, database PharmGKB merupakan
alat yang berharga bagi para peneliti di bidang farmakogenomika.
Interaksi Awal dengan Situs Web PharmGKB : Halaman Gen, Obat, dan
Penyakit
Penjelasannya adalah bahwa pada PharmGKB, gen, obat, dan penyakit
dikatalogkan dan dapat diakses melalui halaman-halaman yang khusus untuk
masing-masing kategori tersebut. Halaman gen menampilkan informasi tentang
gen, termasuk nama dan simbol gen, serta tab-tab yang berisi informasi klinis
farmakogenomika, penelitian farmakogenomika, ringkasan, Very Important
Pharmacogene (VIP), haplotipe, jalur, gen terkait, obat, penyakit, dataset, dan
unduhan atau tautan keluar. Halaman obat dan penyakit juga memiliki tab-tab
yang serupa dengan informasi yang relevan untuk masing-masing kategori.
Pengguna dapat melakukan pencarian langsung atau menjelajahi daftar gen,
variasi genetik, obat, atau penyakit. Halaman-halaman ini memberikan akses
cepat dan mudah bagi pengguna untuk menemukan informasi yang mereka cari.
Pengetahuan Terkurasi
PharmGKB mengumpulkan pengetahuan farmakogenomika dari berbagai
sumber dan melakukan kurasi manusia untuk memastikan kualitas data. Proses
kurasi ini melibatkan penilaian artikel ilmiah yang mengandung informasi tentang
gen, obat, dan penyakit terkait farmakogenomika. Kurator menggunakan metode
pemrosesan bahasa alami (NLP) untuk mengidentifikasi gen, obat, dan penyakit
yang relevan dalam artikel tersebut, namun keputusan akhir tetap diambil oleh
kurator setelah membaca artikel tersebut. Data yang dikurasi meliputi hubungan
antara gen dan obat, serta hubungan antara gen dan penyakit. Informasi ini
disimpan dalam format terstruktur dan dapat diakses melalui database
PharmGKB. Kurasi manusia ini penting untuk memastikan kualitas data dan
memungkinkan pengguna untuk mengakses pengetahuan farmakogenomika yang
terpercaya.
Anotasi Literatur
Pada PharmGKB, proses kurasi dimulai dengan melakukan anotasi literatur.
Anotasi literatur ini mencakup penandaan gen, obat, dan penyakit yang terlibat
dalam sebuah artikel dari Pubmed, serta kategori bukti yang menggambarkan
jenis hubungan yang diukur. Proses anotasi literatur saat ini menggunakan
pemrosesan bahasa alami (NLP) untuk mengusulkan gen, obat, dan penyakit yang
mungkin relevan kepada kurator, namun keputusan akhir tetap diambil oleh
kurator setelah membaca artikel tersebut. Anotasi literatur ini penting untuk
mengumpulkan informasi tentang hubungan gen, obat, dan penyakit dalam
farmakogenomika.
Anatosi Varian Genom dan Farmakogen Sangat Penting
Dalam PharmGKB, terdapat proses anotasi varian genomik yang melibatkan
penandaan artikel untuk hubungan dasar antara gen, varian, dan respons obat.
Anotasi ini mencakup penandaan identifikasi varian dengan menggunakan dbSNP
identifier dan penggunaan vokabulari terkontrol untuk mendefinisikan alel atau
genotipe yang diamati dalam artikel serta responsnya terhadap obat dalam
populasi yang diteliti. Informasi tentang ukuran populasi, lokasi atau ras dan
etnisitas, frekuensi alel, dan ukuran statistik dapat dikumpulkan dan disimpan
dalam database. Anotasi varian genomik ini penting untuk analisis komputasional
yang lebih lanjut. Saat ini, PharmGKB memiliki lebih dari 5.000 anotasi varian
genomik. Selain itu, PharmGKB juga menyediakan ringkasan Very Important
Pharmacogene (VIP) yang berfungsi sebagai mini-review untuk gen dan varian
yang telah banyak diteliti dalam farmakogenomika. VIP ini memberikan
informasi penting tentang gen dan varian yang relevan dalam farmakogenomika.
Saat ini, PharmGKB menyediakan VIP untuk 47 gen [April 2013] dan terus
mengembangkan daftar VIP untuk gen lainnya.
Anotasi Klinis
Setelah terdapat cukup bukti dari anotasi varian untuk kombinasi varian gen
dan obat tertentu, dilakukan penulisan anotasi klinis. Anotasi klinis ini berupa
ringkasan tentang relevansi klinis untuk setiap genotipe individu yang mungkin
diamati untuk kombinasi varian gen dan obat tertentu. Anotasi klinis dalam
PharmGKB mencerminkan konsensus ahli berdasarkan bukti klinis dan literatur
yang telah melalui proses peer-review pada saat penulisannya. Anotasi klinis ini
ditujukan untuk membantu klinisi dalam pengambilan keputusan dan
mengidentifikasi pertanyaan-pertanyaan untuk penelitian lebih lanjut. Skor
kekuatan bukti diberikan untuk anotasi klinis berdasarkan jenis studi, jumlah
subjek studi, dan signifikansi statistik yang dilaporkan.
Jalur
Dalam PharmGKB, terdapat 99 jalur yang merupakan representasi grafis dari
jalur-jalur yang terlibat dalam farmakogenomika. Jalur ini berfokus pada gen-gen
kandidat yang terlibat dalam studi farmakogenetika dan farmakogenomika. Jalur
ini disusun secara konsensus oleh para peneliti dan mencerminkan pengetahuan
saat ini tentang hubungan antara gen, obat, dan jalur metabolik. Informasi dalam
jalur ini disimpan dalam format yang kompatibel dengan Biopax dan dapat
diunduh untuk analisis jalur. Jalur yang ditampilkan di situs web PharmGKB
bersifat interaktif, sehingga pengguna dapat mengklik ikon gen atau obat untuk
membuka halaman terkait. Jalur ini memberikan gambaran yang komprehensif
tentang interaksi gen-obat dalam farmakogenomika.
Arah Masa Depan
PharmGKB memiliki beberapa arah pengembangan yang direncanakan untuk
lima tahun mendatang. Prioritas-prioritas ini didasarkan pada penilaian terhadap
perkembangan bidang farmakogenomika dan umpan balik dari pengguna.
Beberapa arah pengembangan yang direncanakan adalah sebagai berikut:
1. Mendukung konsorsium berbagi data: PharmGKB akan mendukung
konsorsium yang melibatkan beberapa peneliti untuk mengumpulkan dan
menganalisis data dalam skala besar yang tidak biasanya tersedia bagi
kelompok penelitian tunggal.
2. Pengembangan algoritma text mining: PharmGKB akan mengembangkan
algoritma untuk melakukan text mining dan mengidentifikasi literatur
farmakogenomika yang relevan. Algoritma ini akan membantu dalam
mengekstraksi gen, varian, obat, dan fenotipe penting dari artikel ilmiah yang
menjadi dasar anotasi kurator.
3. Analisis varian langka: PharmGKB akan mengembangkan algoritma untuk
menganalisis varian langka yang muncul dari upaya sekuensing genomik
lengkap. Sebagian besar penelitian farmakogenomika saat ini berfokus pada
analisis varian umum, namun dengan adanya sekuensing genomik, tantangan
utama akan menjadi interpretasi varian langka atau baru yang ditemukan dalam
genom individu.
4. Implementasi klinis farmakogenomika: PharmGKB akan berperan dalam
mengimplementasikan pengetahuan farmakogenomika dalam pengaturan
klinis. Isi PharmGKB dapat menjadi dasar informasi yang telah melalui
tinjauan sejawat untuk membangun pedoman klinis.
5. Studi mekanisme molekuler dan seluler respons obat: PharmGKB akan
melakukan studi untuk memahami mekanisme molekuler dan seluler respons
obat. Pengetahuan ini akan menjadi dasar untuk memahami efek sistemik obat,
efek samping, dan interaksi yang tidak terduga.
Kesimpulan
Kesimpulan dari jurnal ini adalah bahwa PharmGKB merupakan sumber
pengetahuan yang penting dalam bidang farmakogenomika dan farmakogenetika.
PharmGKB menyediakan anotasi varian genomik, Very Important
Pharmacogenes (VIP), anotasi klinis, dan jalur yang berguna dalam memahami
hubungan antara gen, varian, dan respons obat. PharmGKB juga memiliki rencana
pengembangan di masa depan, termasuk dukungan terhadap konsorsium berbagi
data, pengembangan algoritma text mining, analisis varian langka, implementasi
klinis farmakogenomika, dan studi mekanisme molekuler dan seluler respons obat
Kelebihan
Kelebihan dari jurnal adalah sebagai berikut ;
1. Sumber informasi yang terpercaya: Jurnal ilmiah melalui proses peer-review
yang ketat, di mana artikel-artikelnya ditinjau oleh para ahli dalam bidang yang
relevan sebelum diterbitkan. Hal ini memastikan bahwa informasi yang
disajikan dalam jurnal telah melalui penilaian kualitas dan keakuratan.
2. Pengetahuan terkini: Jurnal ilmiah sering kali menerbitkan penelitian-
penelitian terbaru dan temuan-temuan terkini dalam bidang tertentu. Dengan
membaca jurnal, pembaca dapat mengakses pengetahuan terkini dan terbaru
dalam disiplin ilmu yang diminati.
3. Rujukan yang lengkap: Jurnal ilmiah sering kali mencantumkan daftar rujukan
yang lengkap, yang memungkinkan pembaca untuk melacak sumber-sumber
informasi tambahan dan memperdalam pemahaman mereka tentang topik yang
dibahas.
4. Metode dan hasil yang terperinci: Jurnal ilmiah menyajikan metode penelitian
yang digunakan dan hasil yang diperoleh secara terperinci. Hal ini
memungkinkan pembaca untuk memahami dengan jelas bagaimana penelitian
dilakukan dan apa yang telah ditemukan.
5. Validitas dan keandalan: Jurnal ilmiah sering kali menjalani proses peer-review
yang ketat, yang membantu memastikan validitas dan keandalan penelitian
yang dilaporkan. Ini memberikan keyakinan kepada pembaca bahwa informasi
yang disajikan dapat dipercaya.
Kekurangan
Kekurangan dari jurnal adalah sebagai berikut:
1. Terbatasnya akses: Beberapa jurnal hanya dapat diakses oleh pelanggan atau
institusi tertentu yang berlangganan, sehingga tidak semua orang dapat
mengakses informasi yang terdapat dalam jurnal tersebut.
2. Biaya tinggi: Biaya untuk mengakses jurnal ilmiah dapat sangat mahal,
terutama bagi individu atau institusi yang tidak memiliki langganan. Hal ini
dapat menjadi hambatan bagi peneliti atau mahasiswa yang ingin mengakses
informasi yang terdapat dalam jurnal.
3. Keterbatasan ruang: Jurnal memiliki batasan ruang fisik untuk publikasi,
sehingga tidak semua penelitian atau temuan dapat dimasukkan dalam satu
jurnal. Hal ini dapat menyebabkan informasi yang penting atau relevan
terlewatkan atau tidak dipublikasikan.
4. Keterlambatan publikasi: Proses peer-review dan penerbitan jurnal dapat
memakan waktu yang lama, sehingga informasi yang terdapat dalam jurnal
mungkin sudah tidak lagi terbaru atau relevan ketika diterbitkan.
5. Bias penerbitan: Beberapa jurnal mungkin memiliki kecenderungan untuk
menerbitkan penelitian yang memiliki hasil yang signifikan atau positif,
sementara penelitian dengan hasil negatif atau tidak signifikan cenderung sulit
untuk dipublikasikan. Hal ini dapat menyebabkan bias dalam literatur ilmiah