IDENTIFIKASI BAKTERI

Cintobacter braakii
(Microbank No.112)

Disusun oleh:
dr. Maharita Pandikasari
21/491741/PKU/20142

Program Pendidikan Dokter Spesialis I Patologi Klinik

Fakultas Kedokteran, Kesehatan Masyarakat, dan Keperawatan
Universitas Gadjah Mada, Yogyakarta
2023
Identifikasi Kuman
Nama kuman : Citrobacter braakii
Sumber Bahan : Dasar luka

Prosedur identifikasi bakteri Citrobacter braakii

1. Melakukan Penanaman Sampel

Melakukan penanaman sampel dasar luka ditanam pada media padat bentuk plate.
Jenis media yang digunakan pada proses identifikasi ini adalah Agar Coklat dan Agar Mac
Conkey.
Alat dan bahan yang diperlukan
- Agar coklat dalam plate
- Agar McConkey dalam plate
- Ose steril
- Sampel dasar luka.
Langkah kerja penanaman bakteri:
1) Siapkan alat dan bahan
2) Ambil sampel kemudian inokulasi pada media padat bentuk plate di empat
kuadran. Langkah membuat inokulasi di keempat kuadran yaitu:
a. Ose dipulaskan pada satu tepi dari sisi media (jangan sampai menyentuh
dinding plate) lalu pulasan tersebut digores-goreskan sejajar pada salah
satu tepi media.
b. Putar media 90º, lalu lanjutkan goresan-goresan sejajar dari yang
pertama. Ulang kembali langkah ini sampai di ke-empat kuadran. Hasil
goresan seperti ditampilkan pada gambar 1.

Gambar 1. Pola inokulasi empat kuadran

 3) Inkubasi media yang sudah diinokulasi ke dalam inkubator suhu 37°C selama
24-48 jam
4) Amati hasil pertumbuhan setelah inkubasi 24 jam.
5) Amati hasil pertumbuhan setelah inkubasi 48 jam.

Pertumbuhan koloni bakteri dalam media agar cokelat dan McConkey sesudah inkubasi 24
jam. Pada agar cokelat didapatkan koloni berbentuk bulat, ukuran kecil, berwarna putih
permukaan halus, tepi rata. Pada agar McConkey didapatkan koloni berbentuk bulat, ukuran
kecil, berwarna pink dengan permukaan halus, tepi rata . Hasil pertumbuhan pada kedua agar
sesudah inkubasi dapat dilihat pada gambar 2.

Gambar 2. Pertumbuhan pada media agar cokelat (kiri) dan agar McConkey (kanan)

2. Melakukan pemeriksaan pengecatan Gram.

Pemeriksaan pengecatan Gram dilakukan untuk melihat morfologi sel, sifat sel (Gram positif
atau Gram negatif), dan juga untuk mengetahui kemurnian sel dari koloni yang diambil atau
dipilih. Cara melakukan pengecatan Gram adalah sebagai berikut:
Alat dan bahan:
- Isolat bakteri yang akan diidentifikasi
- Cat Gram A, B, C, dan D
- Kaca objek dan label identitas
- Ose steril
 - Kapas alkohol
- NaCl 0,9%
- Rak pengecatan
- Sumber air mengalir

Langkah kerja pengecatan:

1) Siapkan alat dan bahan
2) Bersihkan kaca objek dengan kapas alkohol, biarkan mengering. Beri label
identitas.
3) Ambil isolat bakteri dari plate McConkey menggunakan ose steril, taruh di
bagian tengah kaca objek. Tambahkan satu tetes NaCl 0,9% dan ratakan
hingga membentuk daerah dengan diameter kurang lebih 2 cm.
4) Kemudian biarkan di udara terbuka hingga kering, fiksasi sediaan tersebut
diatas api bunsen.
5) Genangi sediaan dengan larutan cat Gram A dan diamkan selama 1 menit.
6) Cat dibuang, lalu sediaan dicuci dengan air mengalir.
7) Genangi sediaan dengan larutan cat Gram B dan diamkan selama 1 menit.
8) Cat dibuang, lalu sediaan dicuci dengan air mengalir.
9) Genangi sediaan dengan larutan cat Gram C dan diamkan selama ± 30 detik,
sampai tidak terlihat adanya warna merah yang luntur
10) Cat dibuang, lalu sediaan dicuci dengan air mengalir.
11) Genangi sediaan dengan larutan cat Gram D dan diamkan selama 30 detik.
12) Cat dibuang, lalu sediaan dicuci dengan air mengalir.
13) Keringkan preparat di udara terbuka.
14) Amati menggunakan mikroskop dengan perbesaran kuat (lensa objektif 100x
dengan minyak imersi).

Pemeriksaan mikroskopis hasil pengecatan Gram ditemukan bakteri Gram negative

(berwarna merah), berbentuk coccobasil, susunan dua-dua, banyak (Gambar 3).
 Gambar 3. Mikroskopis hasil pengecatan Gram:
Gram negatif (berwarna merah), berbentuk coccobasil, susunan dua – dua.

3. Melakukan Uji Biokimiawi dengan menggunakan API (Analytical Profile Index)

Selanjutkan melakukan uji biokimiawi dengan media API (Analytical Profile Index), dimana
API yang digunakan adalah API 20 E.

Langkah kerja uji kimia dengan API:

1. Menyiapkan alat dan bahan API 20 E

2. Menyiapkan API tray, isi dengan NaCl 0,9% ± 5 ml pada honey combed wells untuk
untuk menciptakan keadaan lembab.
3. Membuat suspensi kuman: ambil beberapa koloni yang tumbuh pada media agar
McConkey menggunakan ose steril, masukkan ke dalam tabung berisi NaCl 0,9%
steril, kemudian homogenkan hingga kekeruhan McFarland; suspensi harus segera
digunakan setelah selesai dibuat.
4. Memasukkan suspensi kuman yang telah dibuat dengan menggunakan pipet,
masukkan dengan hati-hati melalui dinding, jangan sampai terbentuk gelembung.
5. Tutup box, inkubasi pada suhu 37 °C selama 24 jam
6. Membaca hasil perubahan warna pada API 20 E setelah 24 jam
7. Input hasil dan intepretasi melalui database https://apiweb.biomerieux.com
 Gambar 4. Kontrol negatif dan control positif pada API 20 E

Gambar 5. Hasil uji biokimiawi dengan API 20 E

ONPG Positif GEL (Gelatinase) Negatif

ADH (arginine digidrolase) Positif GLU (glukose) Positif
LDC (lysine decarboxylase) Negatif MAN (mannitol) Positif
ODC (ornithine decarboxylase) Positif INO (inositol) Negatif
CIT (citrat ) Positif SOR (sorbitol) Positif
H2S Positif RHA (rhmanose) Positif
URE (Urea) Negatif SAC (sucrose) Negatif
TDA (triptophan deaminase) Negatif MEL (melibiose) Positif
IND (Indol) Negatif AMY(Amygdalin) Positif
VP Negatif ARA (arabinose) Positif

Gambar 6. Hasil input uji biokimiawi dengan API 20E di https://apiweb.biomerieux.com/

 Gambar 7. Hasil intepretasi analysis API

4. Pemeriksaan Biokimia Manual

Selanjutnya dilakukan pemeriksaan biokimia manual untuk konfirmasi, yakni pemeriksaan

oksidase. Didapatkan hasil tes oksidase negatif.
5. Menyimpan kuman dalam media microbank.

Langkah selanjutnya adalah menyimpan kuman dalam media microbank. Caranya ambil
koloni dari agar coklat lalu masukan ke dalam tabung microbank sampai cairan berubah
warna. Tabung tersebut kemudian diberi label nomor dan nama kuman lalu dimasukkan ke
dalam freezer minus 80oC.
Langkah kerja penyimpanan kuman di microbank:
1) Beri identitas pada tabung
2) Ambil koloni Citrobacter braakii dengan menggunakan ose steril.
3) Masukkan ke dalam microbank lalu larutkan bersama microbeads hingga cairan
menjadi keruh (seperti membuat suspensi bakteri).
4) Tutup tabung microbank dengan rapat dan beri identitas atau kode.
5) Simpan pada suhu minus 80ºC.
Gambar 8. Proses menyimpan kuman dalam media microbank dilanjutkan penyimpanan dalam freezer -80ºC.
 Citrobacter braakii
1. Taksonomi
Berikut taksonomi Citrobacter braakii:

Kingdom : Bacteria
Phylum : Proteobacteria
Class : Gamma Proteobacteria
Order : Eubacteriales
Family : Enterobacteriaceae
Genus : Citrobacter
Species : Citrobacter braakii

2. Epidemiologi
Genus Citrobacter, yang termasuk dalam famili Enterobacteriaceae, pertama kali
dideskripsikan pada tahun 1932. Citrobacter sp diisolasi dan diidentifikasi pada tahun 1932
dari ekstrak tanah. C. braakii diidentifikasi pada tahun 1993 sebagai anggota kompleks C.
freundii, dan jarang dilaporkan sebagai patogen penyebab pada manusia sebelumnya. 1

Spesies ini kadang-kadang salah diidentifikasi sebagai Citrobacter spp. lainnya karena
keterbatasan metode fenotipik konvensional yang tersedia secara komersial. 2
Namun,
identifikasi C. braakii yang akurat telah difasilitasi oleh pengenalan metode pengurutan gen
rumah tangga seperti 16S ribosomal RNA (16S rRNA). Sampai saat ini, 18 spesies
Citrobacter telah diidentifikasi dari berbagai sumber seperti tanah, air, limbah, feses dan usus
hewan dan manusia.1 Citrobacter adalah bakteri enterik Gram-negatif dan koliform berbentuk
batang. Beberapa spesies Citrobacter sp adalah Citrobacter freundii, C. braakii, C.
amanolaticus, C. koseri, C. diversus, C. selakii, C. gillenii, C. farmeri, C. murliniae, C.
rodentium, C. werkmanii dan C. youngae.2 Beberapa strain Citrobacter merupakan patogen
oportunistik dan berhubungan dengan infeksi antara lain infeksi saluran kemih (ISK),
pneumonia, abses otak, septikemia, meningitis dan endokarditis pada pasien neonatus dan
immunocompromised.3

Infeksi akibat C. braakii hanya terjadi pada 3 (3,8%) dari 78 pasien (70 orang dewasa)
dengan isolat Citrobacter spp. studi kohort retrospektif selama 11,5 tahun. Dalam
penyelidikan, diagnosis yang paling umum adalah infeksi saluran kemih (52,6%), serta intra-
abdomen (14,1%), tempat pembedahan (7,7%), kulit dan jaringan lunak kulit dan jaringan
lunak (6,4%), saluran pernapasan (6,4%), bakteremia (5,1%), dan infeksi tulang dan infeksi
sendi (3,8%) [2]. Isolat asal Citrobacter braakii yang berasal dari dasar luka sebanyak
(15,1%). Mereka mengidentifikasi C. braakii dengan menggunakan tes biokimia. Di rumah
sakit, Citrobacter spp. mungkin menyumbang 3 - 6% dari semua Enterobacteriaceae yang
menyebabkan infeksi nosokomial. 4

3. Karakteristik dan Identifikasi

Citrobacter spp. adalah aerobik Gram negatif basil. Bakteri ini berbentuk batang
panjang dengan panjang biasanya dari 1-5 µm. Kebanyakan Citrobacter sp memiliki sel
dikelilingi oleh beberapa flagela digunakan untuk bergerak, tetapi beberapa di antaranya non
motil.1,5
4. Penatalaksanaan
Spesies Citrobacter yang berbeda menunjukkan profil kepekaan antimikroba yang
berbeda. Tidak ada studi perbandingan terapi antibiotik untuk infeksi Citrobacter. Dengan
demikian, pengobatan infeksi Citrobacter mengikuti prinsip-prinsip untuk pengobatan infeksi
Enterobacteriaceae lainnya.
Setelah strain tertentu diisolasi dari pasien, agen terapeutik harus dipilih sesuai
dengan hasil kepekaan in vitro dari strain tersebut. Untuk strain yang rentan terhadap
beberapa agen yang berbeda, tidak ada studi komparatif yang menunjukkan keunggulan satu
agen di atas yang lain. Hanya ada sedikit perbedaan di antara berbagai agen yang aktif secara
in vitro. Namun, pengobatan dengan agen yang aktif secara in vitro memberikan hasil yang
lebih baik daripada pengobatan dengan agen yang resisten secara in vitro. Tentu saja, lokasi
infeksi mempengaruhi pilihan agen. Misalnya, agen dengan penetrasi sawar darah-otak lebih
cocok untuk infeksi Citrobacter CNS. Kombinasi b-laktam dan aminoglikosida memberikan
hasil terapi yang lebih baik dibandingkan dengan agen tunggal untuk bakteremia Citrobacter.
Pilihan antibiotik untuk isolat Citrobacter
 DAFTAR PUSTAKA

1. Doran, T. I. 1999. The role of Citrobacter in clinical disease of children: review. Clin.
Infect. Dis. 28, 384-394. Doi:10.1086/515106
2. H. Chart, 2012. Medical Microbiology (Eighteenth Edition), 290-297.
3. Julianne V. Kus, Lori L. Burrows, 2007. xPharm: The Comprehensive Pharmacology
Reference.
4. J.V. Kus, 2014. Reference Module in Biomedical Sciences.
5. L. Rogers, K. Power, P.Ó. Gaora, S. Fanning,2016. Escherichia coli and Other
Enterobacteriaceae: Occurrence and Detection,545-551.