PENGANTAR TEORI MATA KULIAH BIOTEKNOLOGI PERTANIAN

POLITEKNIK PEMBANGUNAN PERTANIAN YOGYAKARTA MAGELANG

JURUSAN PERTANIAN

Mata Kuliah : Bioteknologi Pertanian

Peserta : Mahasiswa Semester V(Lima)

Program Studi : Teknologi Benih Polbangtan Yo-Ma

OLEH :

*) Ir. Pranowo Singgihsandjojo

Asesor Kompetensi / Ahli Kultur In vitro
MET. 000.004806.2018
V&M Biotechnology
(Traning Centre, Consultancy and Growing Instructions)
jl. Pemuda no. 183, Muntilan 56415Kabupaten Magelang, Jawa Tengah
HP. 081 668 7526 (WA/LINE) : 081392041709
IG :@pranowosinggihsandjojo
e-mail :pranowo.singgih@gmail.com

KEMENTERIAN PERTANIAN
BADAN PENYULUHAN DAN PENGEMBANGAN SDM PERTANIAN
POLITEKNIK PEMBANGUNAN PERTANIAN YOGYAKARTA - MAGELANG
JURUSAN PERTANIAN YOGYAKARTA
2021
PENDAHULUAN.

Kultur Jaringan sekarang diganti dengan istilah Kultur In Vitro, apabila kita menanam biji steril
atau tabur biji anggrek dapat masuk didalamnya.Sudah sejak lama Kultur in vitro tidak hanya
merupakan ilmu pengetahuan atau science saja, tetapi sudah merupakan Bioteknologi.

Dalam bidang peranggrekan kultur in vitro sudah merupakan bioteknologi dan masa produksinya
sudah lama diterima masyarakat peranggrekan. Kultur in vitro meneukan aplikasinya dalam
kloning. Hasil yang diproduksi dinamakan mericlone. Dari satu mata tunas secara teori dapat
dihasilkan berpuluh puluh ribu klon yang seragam. Aplikasi lain dalan kultur in vitro adalah
menghasilakan metabolit sekunder. Tidak dari tanamannya tetapi dari kalus hasil kultur in vitro.

Saat ini perkebunan yang menghasilkan tanaman obat obatan dari areal perkebuanan yang
berhektar hektar akan dapat digantikan dengan laboratorium yang hanya berupa gedung dan
luasnya bisa hanya setengah sampai satu hektar saja. Tidak hanya menghemat lahan, tetapi
waktu dapat dihemat juga.Tanaman berkayu baik rempah maupun tanaman obat, dapat dipanen
setelah 5 sampai 10 tahun, dengan kultur in vitro dalam waktu 1-1,5 bulan dapat menghasilkan
kalus yang telah siap untuk diambil metabolit sekundernya.

Kultur in vitro sudah banyak menghasilkan tanaman yang toleran terhadap stres garam atau air
laut, toleran dengan temperatur panas dan dingin, juga toleran terhadap pestisida dan seterusnya.

Kultur in vitro juga telah berhasil menumbuhkan kepala sari (anther culture) dan Polen yang
akan membuka bidang baru dalam hal genetika maupun pemuliaan tanaman. Kultur in vitro
berkembang terus, bukan saja budidaya jaringan tetapi sudah protoplas.

KULTUR PROTOPLAS

Protoplas adalah sel hidup yang dipisahkan dari dinding sel nya. Teknik
menghilangkannya menggunakan enzimatik. Dua protoplas dari beda jenis atau beda suku
dapat disatukan, difusikan, maka terjadi fusi protoplas. Apabila yang digunakan adalah jaringan
tubuh / soma, maka hasilnya dinamakan somatic cross.

Sebelum kita menuju fusi protopas, harus dipahami dulu apa itu protoplas seperti diatas.
Langkah awal adalah mengkulturkan protoplas, dimana ini merupakan langkah lanjutan dari
kultur suspensi sel. Diding sel dari kultur suspensi sel dihilangkan dengan menggunakan enzim
untuk mencerna selulosa dan didapatkan protoplasma. Dengan menghilangkan diding sel, maka
materi asing dapat dimasukkan termasuk materi gnetik dasar sperti DNA, RNA atau mem fusi
kan sel sel dari spesies tanaman yang berbeda.

Kultur suspensi sel merupakan hasil dari kultur kalus. Kalus adalah kumpulan sel sel jaringan
yang membelah diri secara terus menerus. Dalam keadaan in vivo, kalus pada umumnya
terbentuk pada bekas bekas luka, misal akbiat serangan serangga, luka goresan benda tajam spt
mencangkok kan juga keluar kalus nya. Kultur kalus bertujuan untuk mendapatkan kalus dari
eksplan yang diisolasi dan tumbuh dalam lingkungan terkendali. Kalus diharapkan
memperbanyak dirinya (massa sel nya) secara terus menerus. Potensi penggunaan kultur kalus
adalah dimana sel sel kalus dapat dipisahkan dan diinduksi untuk berdeferensiasi menjadi embrio
somatik. Secara umum aplikasi kultur kalus adalah untuk menghasilkan variasi somaklonal,
sebagai bahan awal kultur protoplas dan kultur suspensi, untuk metabolit sekunder, dapat
digunakan sebagai seleksi in vitro, untuk mutasi tanaman. Dalam perbanyakan in vitro, banyak
dihindari proses melalui kalus, karena banyak penyimpangannya.

Pada peleburan protoplas, yang biasa saya lakukan hanya ada 2 metode saja (meskipun ada
banyak metode) yang mudah dan sudah terbiasa, yaitu :1. Secara kimiawi, 2. Dengan elektro.
Dapat dilakukan dengan media padat maupun cair.

KULTUR ANTHER dan POLEN

Produksi kalus dan embrio somatik dari kultur anther sudah berhasil dilakukan pada berbagai
spesies. Produksi embrio haploid ini yang menarik, yaitu embrio yang hanya memiliki satu set
dari pasangan kromosom normal dan ini dihasilkan dari jaringan gametofitik anther. Jumlah
kromoson dapat digandakan dengan memberikan perlakuan bahan kimia seperti kolkisin dan
tanaman yang dihasilkan akan memiliki pasaangan kromosom identik, homozigot maka bisa
dikatakan “true to type”.

Anther : kepala sari. Bagian terminal dari benang sari yang mengandung serbuk sari dalam
kantung serbuk sari.

Polen : serbuk sari, gametofit jantan bersifiat haploid dan mengandung gamet jantan (sperma)

Kegunaan haploid dalam pemuliaan tanaman : 1. Tanaman haploid dapat digunakan untuk
mendeteksi mutasi, karena mutasi yang resesif tidak muncul dalam keadaan diploid, tanaman
variegata. 2. Pada pengadaan jumlah kromosom akan diperoleh tanaman yang homozigot.
Tanaman homozigot sangat penting untuik mnghasilkan hibrida terkendali, seperti pada tanaman
Asparagus. Tanaman Asparagus offinalis merupakan tanaman dioecious yang menghasilkan
bunga betina dan bunga jantan pada tanaman yang berlainan. Tanaman jantan lebih disukai
karena produksi rebung yang tinggi, besar, kualitas rebungnya bagus. Usaha penyilangan hanya
50% yang bagus. Jika melalui kultur anther diperoleh tanaman YY yang disebut super male.
Penyilangan super male YY dengan betina XX akan menghasilakn yang 100% XY

Untuk mendapatkan tanaman haploid secara in vitro dapat diperoleh melalui :

1. Kultur anther

Keuntungan : teknik isolasinya lebih mudah

Kerugian : ada kemungkinan tanaman berasal dari jaringan sporofik seperti : dinding anther dan
connective tissue
 2. Kultur Polen

Keuntungan :

- kepastian haploid lebih tinggi

- Perkembangan androgenesis dapat diikuti

- studi transformasi dan mutagenesis baik kimiawi maupun fisik mudah dilakukan karena polen
terdiri dari sel tunggal

Kerugian : - Keberhasilan masih rendah

3. Kultur Ovule yang belum diserbuk (unpolinated ovules)

Keuntungan : Sebagai alternatif untuk spesies yang haploid, yang tidak dapat diinduksi dari
anther atau cara cara yang lain

Kerugian : sulit mengisolasi sel telur

EMBRIOGENESIS SOMATIK / Somatic Embryogenesis

Embriogenesis somatik adalah proses dimana sel somatik (haploid maupun diploid) berkembang
membentuk tumbuhan baru melalui tahapan perkembangan embrio yang spesifik tanpa melalui
fusi gamet. Regenerasi tanaman melalui SE memliliki beberapa keunggulan karena mampu
menghasilkan embrio bipolar dari sel atau jaringan vegetatif. Embrio adalah suatu struktur awal
tanaman terdiri atas banyak sel yang sudah memiliki bakal akar dan bakal tajuk. Apabila embrio
tanaman ditumbuhkan, maka akan menjadi individu tanaman yang mempunyai tajuk dan akar.
Jadi, embrio bersifat bipolar yang terdiri dari sel sel dimana mempunyai bakal tajuk dan bakal
akar.

Ada 2 jenis embrio tanaman, yaitu embrio zigotik dan embrio non zigotik. Embrio zigotik adalah
embrio hasil pertumbuhan maupun perkembangan satu sel yang merupakan hasil perpaduan
antara sel gamet jantan dan sel gamet betina, yang kemudian tumbuh menjadi zigot dan menjadi
embrio. Embrio nonzigotik adalah embrio yang merupakan hasil pertumbuhan dan
perkembangan suatu struktur bukan zigot. Struktur bukan zigot misalnya sel somatik (sel daun,
sel akar, sel hipokotil, dan lain lain), sehingga embrio yang terbentuk disebut embrio somatik.
Proses pembentukan embrio zigotik disebut embriogenesis zigotik (zygotic embryogenesis).
Proses pembentukan embrio somatik disebut embriogenesis somatik (somatic embryogenesis).

Berdasarkan proses pembentukannya, embriogenesis somatik dibagi menjadi 2 (dua), yaitu tidak
langsung dan langsung.
1. Embriogenesis somatik tidak langsung
Embriogenesis somatik tidak langsung adalah suatu proses dimana sel somatik (baik
haploid maupun diploid) berkembang membentuk tumbuhan baru melalui tahap
perkembangan embrio yang spesifik tanpa melalui fusi gamet. Keuntungan dan
keterbatasan embriogenesis somatik tidak langsung sebagai berikut :
a. Keuntungan embriogenesis somatik tidak langsung :
- Mendukung program pemuliaan melalui rekayasa genetik
- Mempercepat proses keberhasilan embriogenesis somatik
- Untuk penyimpanan jangka pendek dan jangka panjang
- Variasi yang dihasilkan sering anggap menguntungkan karena dapat digunakan
sebagai sumber keragaman genetik
b. Keterbatasan embriogenesis somatik tidak langsung :
- Peluang terjadinya mutasi lebih tinggi
- Metode nya lebih sulit
- Penurunan daya morfogenesis dari kalus embrio-genik karena sub-kultur berulang
- Penanganan lebih intensif karena kultur lebih rapuh

Ciri embriogenesis somatik tidak langsung adalah struktur yang bipolar artinya
mempunyai 2 calon meristem, yaitu meristem akar daan meristem tunas. Tahap
perkembangan embriogenesis somatik menyerupai embrio zigotik sebagai berikut:
1. Induksi sel dan kalus embrio-genik, 2. Pendewasaan kalus embriogenik, 3.
Perkecambahan, 4. Hardening

2. Embriogernesis somatik langsung

Embrio aseksual atau embriogenesis somatik (somatic embryogenesis) adalah embrio
yang terbentuk bukan dari penyatuan sel sel gamet jantan dan betina atau dengan kata
lain embrio yang terbentuk dari jaringan vegetatif/somatik. Embrio ini dapat terbentuk
dari jaringan tanaman yang dikulturkan tanpa melalui proses yang dikenal dengan nama
“somatic embryogenesis”. Jika proses ini terbentuk langsung pada eksplan tanpa melalui
proses pembetukan kalus terlebih dahulu, maka prosesnya disebut embriogenesis somatik
langsung (direct somatic embryogenesis)
Beberapa contoh tanaman yang secara alamiah membentuk embrio aseksual yang
membentuk biji poliembrioni, atau tanaman yang menghasilkan biji biji vegetatip
(apomixis)
KONSERVASI PLASMA NUTFAH / SUMBER DAYA GENETIK (SDG)

Konservasi SDG tanaman dapat dilakukan secara in situ (konservasi pada habitat),
konservasi ex situ (di luar habitat), misal di kebun raya, kebun koleksi, penyimpanan
benih, dan konservasi in vitro. Persyaratan utama dalam konservasi SDG yaitu
mempertahankan sifat genetik (tidak mengalami perubahan)dapat dipenuhi.
Dasar dari cara pelestarian SDG dengan kultur in vitro adalah membuat eksplan dari
suatu tumbuhan menjadi kultur steril dan menjaganya dalam kondisi lingkungan yang
bebas dari penyakit dan membuatnya menjadi cikal bakal SDG di masa mendatang.
Penyimpanan SDGdalam bentuk kultur in vitro persyaratan utama yang perlu dipahami
dan dikuasi dengan baik adalah teknik pembuatan, pemeliharaan kultur dan
regenerasinya. Jika regenerasi kultur menjadi tumbuhan lengkap belum dikuasai dengan
sempurna, berarti memungkinkan SDG itu dapat hilang atau musnah.

Konservasi SDG, secara in vitro dapat dilakukan dengan metode : 1. Pertumbuhan

normal yaitu memelihara kultur in vitro dengan pertumbuhan normal; 2. Pertumbuhan
minimal yaitu memelihara kultur in vitro dengan pertumbuihan minimal dan 3.
Cryopreservation atau penyimpanan beku yaitu cara menyimpan bahan tanaman pada
suhu -196 C. Didalam ini ada yang namanya benih sintetik.

1. Konservasi in vitro dengan pertumbuhan normal

Metode ini eksplan ditumbuhkan pada media yang cukup unsur hara. Kultur biasanya
dipindahkan ke media yang baru setuap 4-8 minggu.
2. Konservasi dengan pertumbuhan minimal
Pertumbuhan kultur minimal dapat dilakukan dengan mengubah kondisi fisik dari
kultur, misalnya dengan penurunan suhu optimal yaitu untuk tanaman tropis
kebutuhan suhu optimal 20C diturunkan menjadi 4-12C. Sering disebut juga
penyimpanan secara in vitro dengan suhu rendah/dingin. Contoh kultur anggur yang
disimpan pada suhu 1-9 C dapat bertahan 12 bulan, baru kemudian dilakukan sub-
kultur dan kultur ini dapat bertahan lenih dari 15 tahun.
3. Cryopreservation
Cara in berkembang dari keberhasilan penyimpanan sel sel binatang.Teknik ini
mempunyai potensi untuk dapat diterapkan sebagai cara pelestarian SDG jangka
panjang dan memberi harapan yang besar dimasa mendatang. Hal yang penting
diperhatikan pada penyimpanan beku adalah kemungkinan terjadi kerusakan sel yang
diakibatkan terbentuknya kristal es dalam sel diushakan sedikit mungkin.
Untuk memeperkecil kerusakan , memilih sel yang aktif, misalkan meristem, ukuran
sel relatif kecil, penurunan /penaikan suhu harus hati hati yaitu cukup lambat,
dibutuhkan cryoprotectant (pelindung), biasa dipakai DMSO (dimethyl sulfoxide),
untuk mengurangi ukuran dan kecepatan terbentuknya kristal es, merendahkan titik
beku antar sel sehingga sel mampu bertahan pada suhu yang sangat rendah tanpa
 mengalami kerusakan pada membran dan protoplasma. Bahan pelindung ini biasanya
dicampurkan pada medium kultur.
4. Biji sintetik
Teknik kultur in vitro telah memungkinkan untk membudidayakan dan mengkloning
tanaman di laboratorium, melestarikan gen tertentu dan memungkinkan perbanyakan
tanaman secara massal. Di antara berbagai teknik, embrio somatik memperoleh
banyak popularitas, kerena pembetukan embrio dari sel somatik tanaman.
Pengenalan embriogenesis somatik meningkatkan permintaan benihbuatan dan
mengarah pada konsep benih sintetis. Murashige adalah orang pertama yang
memperkenalkan benihbuatan sebagai synseed dan mendifinisikan sebagai embrio
somatik tunggal yang dikemas

Benih sintetik adalah jaringan tanaman yang di enkapsulasi, seperti embrio somatik,
tunas pucuk, tunas ketiak, agregat sel, propagul mikro lainnya yang memiliki potensi
untuk tumbuh seperti tnaman dalam kondisi in vivo maupun in vitro, ketika
ditaburkan sebagai benih.

Ada 2 jenis benih sinteik yang saaat ini sedang dikembangkan

1. Biji sintetis kering
Ini melibatkan enkapsulasi beberapa embrio somatik yang diikuti dengan
pengeringan . Bahan enkapsulasi yang digunakan adalah Polyoxethylene (Polyox)
Bahan ini tidak memungkinkan pertumbuhan mikroorganisme dan tidak beracun
bagi embrio. Campuran dibuat dengan menggunakan suspensi embrio dan plyox,
kemudian dengan menggunakan pipet suspensi diteteskan ke lembaran teflon dan
dikeringkan sampai mereka sendiri terlepas dan meninggalkan lembaran teflon
2. Benih sintetis terhidrasi
Adalah enkapsulasi embrio somatik tunggal dalam kampsul hidrogel. Teknik ini
digunakan pada tanaman yang sulit untuk embriogenesis somatik dan sensitif
terhadap pengeringan.]
Metode yang paling populer untukmembuat benih sintetk terhidrasi menggunakan
enkapsulasi Calsium alginat. Prosedur untuk menghasilkan benih sintetik
terhidrasi melibatkan pencampuran embrio somatik dengan larutan Sodiun
Alginat, kemudian embrio dijatuhkan ke dalam larutan Calsium nitrat dengan
menggunakan pipet.

Dari kedua jenis benih sintetik tersebut, benih sintetik yang telah dikeringkan memiliki
Potensi yang lebih besar untuk membentuk synseed dan lebih dekat dengan benih
sebenarnya.
Pada enkapsulasi benih, pemilihan bahan enkapsulasi merupakan faktor penting untuk
menentukan produksi benih sintetik.

1. Tidak boleh merusak embrio

2. Lapisannya harus lembut untuk melindungi embrio
3. Lapisan tersebut harus tahan lama untuk penanganan yang agak keras selama
pembuatan, penyimpanan, pengangkutan dan penanaman.
4. Harus mengandung semua bahan pertumbuhan pentinmg seperti nutrisi dan zat
pengatur tumbuh
5. Synseed yang terbentuk harus dapat ditransplantasikan dengan mengguanakn
teknik yang ada

Bahan enkapsulasi yang paling banyak digunakan adalah sodium alginat. Namun ada
beberapa bahan lain yang dapat digunakan juga dengan sodium alginat untuk
enkapsulasi, yaitu, gelatin, kalium alginat, natrium pektat, karagenan.

Keuntungan dari produksi synseed :

1. Penanganan yang mudah

2. Kapasitas penyimpanan jangka pendek dan panjang
3. Keragaman genetik
4. Memungkinkan pengangkutan an pertukaran plasma nutfah/SDG antara
laboratorium nasional dan internasional

Dalam aplikasi nya :

1. Produksi synseed memfasilitasi pertumbuhan beberapa tanaman yang memiliki

viabilitas benih rendah, bauh tanpa biji, daan tingkat pekecambahan yang buruk
dan bergantung pada simbiosis jamur mikoriza untuk perkecambahan
2. Sangat berguna dalam hal pemilihan genotipe, pengawetan SDG, dan
perbanyakan in vitro tanaman yang terancam punah, langka dan penting secara
komersial.
3. Memungkinkan konservasi spesies tumbuhan melalui pengawetan jangka pendek
dan menengah.

Keuntungan konservasi secara in vitro :

1. Memerlukan ruang yang relatif kecil

2. SDG yang disimpan bebas dari hama dan penyakit, termasuk virus
3. Penyimpanan jangka pendek, menengah dan panjang sangat dimungkinkan
4. Kemungkinan kerusakan SDG karena bencana alam, angin, hujan, kekeringan,
serangan hama dan penyakit dapat dihindari
5. Memudahkan dalam pertukaran SDG
6. Dapat diperbanyak dengan cepat apabila diperlukan
7. Pemeliharaan, penyiangan, penyiraman, pemangkasan, pemberantasan hama dan
penyakit tidak diperlukan

Kerugian konservasi secara in vitro :

1. Perlu biaya yang relatif besar

2. Perlu keahlian yang lebih tinggi
3. Jika tidak hati hati, teknik ini memungkinkan tersebarnya virus tanaman dengan
cepat
4. Stabilitas kultur kadang kadang terjamin, akibat perunahan genetik yang terjadi
karena proses yang abnormal pada pembetukan dan pembelahan sel