Kemudian empat kampung tersebut sepakat membuat kerajaan tetapi kala itu
raja dan rakyatnya belum diketahui agamanya. Setelah dilakukan musyawarah,
para Momole sepakat menunjuk Momole Ciko sebagai raja. Momole Ciko resmi
menjadi raja pertama Kerajaan Ternate dengan gelar Baab Mashur Malamo sejak
1257 M.
Pada awalnya, kesultanan yang dulunya bernama Kerajaan Gapi ini belum
bercorak Islam. Agama Islam mulai menyebar pada abad ke-14, keluarga kerajaan
baru memeluk Islam pada masa pemerintahan Raja Kolano Marhum (1432-1486
M).
Saat Kolano Mahrum berkuasa, datang seorang dari Jawa bernama Maulana
Husein yang mengajarkan membaca Al Quran dan menulis huruf Arab. Hal ini
yang membuat raja, keluarga kerajaan, dan masyarakat Ternate tertarik untuk
memeluk Islam.
Kolano Marhum menjadi Raja Ternate pertama yang memeluk Islam. Putranya
yakni Zainal Abidin yang berkuasa pada 1486-1500 M mulai memberlakukan
hukum-hukum Islam. Setelah bertransformasi menjadi kesultanan Islam, gelar
kolano atau raja kemudian diganti menjadi sultan.
Sejak saat itu, VOC memegang hak atas monopoli perdagangan dan mulai
mendirikan benteng di Ternate. Menjelang akhir abad ke-17, Kerajaan Ternate
sepenuhnya berada di bawah kendali VOC.