Sintesis Protein Prokariotik

A. ORGANISASI GEN PROKARIOTIK Sequence consensus ada dua, yakni daerah

-35 dan -10 (pribnow/TATA box)
Situs inisiasi transkripsi
Situs terminator
RNA polymerase dan faktor sigma
RNA polymerase digunakan untuk
Gen prokariotik dapat digunakan semua
memisahkan double heliks DNA, mengcopy
bagiannya, tidak perlu RNA processing
DNA template menjadi mRNA, serta
Komponen transkripsi : promotor, terminator,
menyatukan U=A (ikatan hydrogen
situs inisiasi transkripsi
rangkap 2) dan G=C (ikatan hydrogen
Komponen translasi : RBS (ribosomal binding
rangkap 3) dgn ikatan fosfodiester. Terdiri
site), kodon start, coding sequence (open
dari 4 subunit (core enzyme) , yakni .
reading frame), kodon stop
RNA polymerase yang berikatan dgn faktor
sigma akan membentuk holoenzyme.
B. TRANSKRIPSI
1) Komponen
DNA Template
Pembentukan mRNA dengan cetakan DNA.
mRNA adl komplemen dr template strand
NOTES : core enzim tanpa sigma dpt
A U
menempel di DNA, namun tdk tepat pada
T A
bagian promotor.
G C
2) Proses Transkripsi
C G
Inisiasi
- RNA polymerase pada promotor. Core
enzim yang telah bergabung dg
faktor sigma membentuk holoenzim
Promotor dapat mengenali promotor karena
keberadaan daerah -35 (TTGACA)
- Pembukaan sebagian unting DNA
(sekitar 17bp) berawal di daerah -10
(TATA box).
- Sintesis beberapa basa nitrogen dan
dibentuk ikatan fosfodiester
- Faktor sigma lepas dari holoenzim
(faktor sigma yg berbeda, mengenali
promoter yg berbeda jg)

Daerah dgn sekuens tertentu (sekuens

consensus) tempat RNA polymerase
menempel dan memulai transkripsi.
 - Aminoasil tRNA : formil
metionin
- Initiation factors (IF) : IF 1-3
Elongasi - Elongation factor
- Enzim peptidyl transferase
Terminasi - Stop kodon
- RF I

3) Proses translasi

- tRNA inisiator membawa formil metionin

- tRNA f-met tsb dibawa oleh IF 2 membentuk
kompleks inisiasi
- Ribosom subunit kecil menempel pada mRNA
melibatkan IF 3
- IF 1 dan GTP bergabung pada kompleks
- IF 3 terlepas agar ribosom unit besar dapat
bergabung
- GTP dipecah menjadi GDP dan gugus fosfat,
sementara IF1 dan IF2 terlepas
Inisiasi - Hasil iniasi terbentuk kompleks ribosom,
mRNA, dan tRNA inisiator yang diletakkan di P
site
- Terdapat interaksi rRNA dari ribosom subunit
kecil dgn mRNA

Elongasi
 Sintesis Protein Eukariotik
A. EKSPRESI GEN EUKARIOTIK dan subunit RNA polymerase II
Transkripsi terjadi di nucleus untuk menghubungkan TFIID dan
Translasi terjadi di sitoplasma RNA polymerase II
Tidak semua bagian dapat ditranslasi. Bagian TFIID Mengenali sekuens spesifik pada
yang dapat ditranslasi disebut CDS atau sekuens promotor.
ekson, sedangkan bagian yg tidak dapat TFIIE Pada titik awal transkripsi berperan
ditranslasi disebut intron. dalam disosiasi untai ganda DNA.
TFIIF Membawa RNA polymerase
B. KOMPONEN berikatan dengan kompleks
1) Komponen Transkripsi inisiasi.
RNA Polimerase
Promotor
Masing-masing RNA polymerase
mentranskripsi gen yang berbeda serta
memiliki sensitivitas yang berbeda terhadap
toksin jamur -amatinin
Promotor umumnya memiliki empat elemen, yakni :
Enzim Lokasi Substrat -amatinin
RNAP Nucleolus Sebagian besar rRNA Tidak TATA box
I sensitive Initiator Element (Inr)
RNAP Nucleoplas Semua gen pengkode Sangat Downstream Core Promoter Element
II ma protein dan beberapa sensitive CAAT box dan GC box (-40 s/d -150)
gen RNA nuclear kecil 2) Komponen Translasi
(snRNA) Inisiasi
RNAP Nucleoplas Gen-gen tRNA, 5S rRNA, Agak sensitive
Start kodon (AUG)
III ma U6 snRNA, dan beberapa
Aminoasil tRNA : metionin
RNA kecil lainnya
Eukariot initiation factors (eIF) : eIF 1-6
Ribosom 80s
Elongasi
Elongation Factor (EF)-Tu
Enzim peptidyl transferase
EF-G
Faktor Transkripsi Terminasi
Stop kodon (UAA,UGA,UAG)
Nama Keterangan eRF 1 dan 3
TFIIA melakukan interaksi dengan
subunit TBD dan TFIID. C. TRANSKRIPSI
Membantu pengikatan TBP pada 1) Inisiasi
sekuens promoton yang Ditandai dengan menempelnya RNA
mengandung TATA box polymerase pada promotor
TFIIB Membentuk interaksi antara TBP
 2) Elongasi

inisiasi Terbentuk ikatan peptide dgn bantuan

Ribosom subunit kecil nempel di RBS
(ribosomal binding site)
tRNA membawa asam amino metionin dan
menempel dgn kodon start
Ribosom subunit besar menempel pada P
site
enzim peptidyl transferase
tRNA terus membawa asam amino yg cocok
untuk tiap triplet kodon
Pergerakan tRNA dari A site ke P site lalu
ke E site
3) Terminasi
Terjadi ketika bertemu stop kodon (UAG,
UAA, UGA)
Release factor menempel pada A site,
proses pembentukan ikatan peptide
berhenti
Ikatan peptide terlepas
Ribosom dan faktor lain terlepas

Perbedaan Sintesis Protein Prokariot dan Eukariot

A. PERBEDAAN TRANSKRIPSI

No Eukariotik Prokariotik

1. Pada organisme eukariotik transkripsi terjadi di inti Pada organisme prokariotik terjadi di sitoplasma
 Nukleus dan Ribosom
A. NUKLEUS
Bagian terbesar sel, pengatur segala
aktivitas sel
Pusat kendali metabolisme sel
Penyimpan informasi gen dalam kromosom
Replikasi DNA dan sintesis protein
Kromosom dapat terlihat jelas ketika akan
membelah pada saat metafase (kromatin yg
memendek dan memadat)
1) Nukleolus
Organel tanpa membrane untuk memproduksi
ribosom, tempat sintesis RNA
mRNA : duta pengirim informasi berupa
kodon dari DNA ke ribosom untuk sintesis
protein
rRNA : merakit ribosom
tRNA : translasi kodon yg dibawa mRNA
2) Kromatin
Kromatin mengandung kromosom yang telah
digulung oleh binding protein :
Protein histon : menggulung kromosom,
ukuran besar dan jumlahnya sedikit
Protein non histon : menggulung
kromosom, memperbaiki kromosom yg
rusak (mutasi), ukuran kecil dan
jumlahnya banyak
3) Nukleoplasma/nuclear sap/karyolymph
Ruang antara membrane luar dan
nucleolus
Cairan inti sel berupa granular2 bersifat
asidofilik yang terdiri dari nucleoprotein,
serta zat organic dan non-organik,
seperti asam nukleat (DNA dan RNA),
enzim, protein, dan mineral
Mengatur turgiditas untuk menjaga
bentuk nukleus
4) Membrane inti (nuclear envelope)
Membatasi lingkungan luar (sitoplasma)
dengan nukleoplasma
Ketebalan tiap membrane sekitar 75-90
Amstrong yang terdiri dari lipoprotein
Double-layered : outer membrane dan
inner membrane
Celah antara dua membrane disebut
perinuclear space
Ribosom dapat terikat di permukaan
outer membrane
Kromatin dalam nukleoplasma berbatasan
langsung dgn inner membrane
Envelope hilang saat pembelahan sel,
namun muncul lg saat reorganisasi
nucleus
Di membrane inti, ada membrane
pendukung dgn ketebalan 300 A : fibrous
lamina
Memiliki nuclear pores sebagai jalan
pertukaran molekul antara nukleoplasma
dan sitoplasma
5) Nuclear matrix
Berbentuk criss-crossing (menyilang)
Berada di pinggir, di bawah membrane
inti
Asymmetrical Model (J.A. Lake 1981)

- Exit site (E-site)

- Peptidyl site (P-site)
- Aminoacyl site (A-site)

3D Model of 80S Ribosomes

Ribosom memiliki 3 tempat berkaitan

dgn molekul RNA :
 Berperan dlm sintesis dan Struktur berupa kantong-kantong pipih dan
metabolism lemak (lipid), contoh vesikel. Kerja badan golgi berhubungan dgn
kolesterol, hormone, dll RE
Detoksifikasi oleh sitokrom, yakni 1) Fungsi
mengubah suatu substansi yang Memodifikasi protein yg dibuat sel
berbahaya bagi sel menjadi Membungkus dan mengekspor protein
substansi yang tidak berbahaya Protein disintesis di RE dipindah ke
yang nantinya akan diekspresikan badan golgi dimodifikasi/ditambahkan
ke luar sel. Dilakukan oleh sel-sel karbohidrat agar dapat digunakan dan
pada organ hati, ginjal, usus, paru2, disekresikan ke luar sel dan
dan kulit dimanfaatkan oleh sel lain protein yg
Metabolism glikogen, pembentukan dimodifikasi dikeluarkan dlm bentuk
glikogen pada sel hati dan otot vesikel
Metabolism mineral
Transpor lipid pada sel epitel usus C. LISOSOM
Transport ion kalsium dlm sel otot
Sintesis antibody pada sel plasma
5) Ruang RE
Sisterna : pipih, berlapis-lapis, saling
berhubungan
Tubuler : tabung / saluran yg saling
berhubungan (atas ke bawah)
Vesikuler : gelembung yg terpisah satu
sama lain untuk menghantarkan
material/substansi hasil sintesis RE ke
badan golgi

B. BADAN GOLGI

Organel pencernaan intrasel berupa

gelembung-gelembung oval yg bebas di
sitoplasma. Berukuran kecil dan dilapisi
membrane yg tahan terhadap penguraian.
Membran lisosom berfungsi mencegah tidak
adanya pertukaran enzim dari ataupun ke
dalam lisosom. Hal ini dikarenakan enzim dlm
lisosom dpaat menghancurkan molekul2
tertentu.
 Peroksisom, Sitoskeleton, dan Mitokondria
A. MITOKONDRIA
Organel tempat respirasi seluler, yakni proses
metabolisme yang menghasilkan ATP (adenosine
triphosphate) sebagai energi sel.
Berada di hampir semua sel eukariotik
Memiliki outer membrane dan inner
membrane yang dilipat membentuk cristae
Cristae berfungsi untuk memperluas area
permukaan untuk enzim menyintesis ATP
Antara outer dan inner membrane
intermembrane space
Di dalam inner membrane, metabolic step
untuk respirasi seluler dikatalisis di matriks
mitokondria
B. KLOROPLAS
Tempat terjadinya fotosintesis, memproses CO2
menjadi O2 dengan mengambil C sebagai sumber
karbon untuk membangun sel tumbuhan
Bagian organel yang disebut juga plastid
Mengandung pigmen hijau klorofil, enzyme,
dan molekul untuk fotosintesis
Ditemukan dalam daun, organ hijau
tumbuhan, dan algae
Struktur kloroplas terdiri dari :
1) Tilakoid-tilakoid yang ditumpuk menjadi
granum (reaksi terang)
2) Stroma, yakni cairan internal (reaksi
gelap)
Ciri khas mitokondria dan kloroplas :
Bukan merupakan bagian system endomembrane
Memiliki double membrane
Memiliki protein yang dihasilkan oleh ribosom
bebas
Mengandung DNA nya sendiri
C. PEROKSISOM
Organel oksidatif, mendaur ulang organel-
organel yang sudah tidak berfungsi dalam sel.
Single membrane
Memproduksi toksik oksigen, yakni hydrogen
peroksida (H2O2) dan mengubahnya menjadi
air
Oksigen digunakan untuk membongkar
berbagai macam molekul
D. SITOSKELETON
Jejaring serat yang meluas di seluruh
sitoplasma
Befungsi sebagai rangka untuk
mempertahankan bentukan struktur sel
Memiliki protein motor untuk pergerakan sel
Sebagai monorail untuk vesikel-vesikel yang
akan dikeluarkan dari sel
 3) Intermediate filaments Berbeda pada pola menyibaknya
Protein subunit umumnya keratin
Struktur protein berserat yang
disupercoil menjadi bentuk kabel
yang tebal
Diameter 8-12 nm (sedang)
Posisi lebih permanen
Berfungsi untuk mempertahankan
bentuk sel, sbg jangkar untuk
memposisikan organel di tempatnya
masing2, tempat nucleus dan organel
lain berhubungan, membentuk
nuclear lamina (lapisan di bawah
nuclear envelope spt jarring untuk Struktur cilia dan flagella :
mempertahankan struktur tetap
kokoh)

E. SENTROSOM DAN SENTRIOL (di pusat

skeleton)

- Inti mikrotubulus yang dilapisi

membrane plasma
- A basal body that anchor the cilium
or flagellum
Sentrosom : organel sel untuk - Protein motornya bernama dynein.
pembelahan sel - Cara dynein menggerakkan cilia dan
Sentriol : sbg kutub2 pembelahan sel flagella :
Mikrotubulus tumbuh dari sentrosom
dekat nucleus
Dalam sel hewan, sentrosom punya
sepasang sentriol, masing-masing punya
9 triplets mikrotubulus yang disusun
menjadi bentuk cincin.

F. CILIA DAN FLAGELLA

Mikrotubulus mengontrol beating cilia
dan flagella, pelengkap lokomotor
beberapa sel
 Metabolisme
A. METABOLISME
Berasal dari kata berarti
perubahan. Totalitas reaksi kimia perubahan
molekul yg ada di dalam organisme. Metabolisme
adalah ciri penting kehidupan. Proses metabolism
organisme dipelajari di bidang bioenergetics.
Jalur metabolism diawali dgn molekul tertentu,
dikatalisis oleh enzim tertentu, dan berakhir dg
produk
Dua arah metabolism :
1) Catabolic pathways : menyederhanakan molekul
kompleks menjadi lebih sederhana disertai
pelepasan energi Contoh respirasi sel (pemecahan
glukosa karena adanya oksigen yg terjadi di
mitokondria)
2) Anabolic pathways : pembentukan molekul
kompleks dari molekul2 yg lebih sederhana
disertai konsumsi energi. Contoh : sintesis protein
dari asam amino, fotosintesis
B. BENTUK ENERGI
Energi adalah kemampuan untuk membuat
perubahan, memiliki berbagai bentuk dan dapat
melakukan kerja. Energi dapat diubah dari satu
bentuk ke bentuk yang lain.
Energi kinetic : energi relative pada benda
yang bergerak
Energi panas : energi kinetic yang terkait
dengan gerakan acak suatu atom/molekul
Energi potensial : energi yang ada karena
struktur dan lokasi suatu materi
Energi kimia : energi potensial yang berguna
dalam reaksi kimia
C. TERMODINAMIKA
Ilmu yang mempelajari tentang transformasi
energi
System tertutup terisolasi dari lingkungan,
sedangkan system terbuka antara system dan
lingkungan dapat terjadi transfer energi
Organisme merupakan system terbuka
Hukum pertama termodinamika (prinsip
konservasi energi) : Energi dapat berpindah dan
berubah bentuk, tetapi tidak dapat diciptakan
maupun dihancurkan
Hukum kedua termodinamika : Setiap transfer
atau transformasi meningkatkan entropi (ukuran
ketidakteraturan) di alam semesta
Sel hidup selalu akan melepaskan energi dalam
bentuk panas yang dapat meningkatkan entropi
semesta
Transformasi energi dapat terjadi secara
spontan tanpa adanya energi dari luar.
Energi bebas : energi yang dapat digunakan
untuk melakukan suatu kerja pada suhu dan
tekanan yang sama. Energi Gibbs adalah selisih
dari perubahan entalpi (perubahan total energi)
dengan perubahan entropi dikalikan
temperature dalam Kelvin
= spontaneous process
Arah energi bebas memiliki kecenderungan
untuk mengarah pada kestabilan /
kesetimbangan.
Pada perubahan spontan, energi bebas akan
menurun hingga tercapai stabilitas.
Equilibrium adalah puncak stabilitas
maksimum
 Enzim mengkatalisis reaksi dengan
menurunkan halangan energi aktivasi
Enzim hanya mempercepat reaksi, tidak
mempengaruhi perubahan energi bebas ( )

Pelepasan energi berasal dari perubahan kimia

yang mengarah pada energi bebas yang lebih
rendah, bukan dari ikatan fosfatnya.
ATP mengarahkan reaksi endergonic melalui
fosforilasi, mentransfer gugus fosfat ke molekul
lain.
Enzim berikatan dengan substrat (bahan awal
/ reaktan) membentuk enzyme-substrate
complex
Substrat akan menempel pada sisi aktif enzim.
Enzim menyesuaikan sisi aktif dengan bentuk
substrat (induced fit)

K. KATALISIS PADA SISI AKTIF ENZIM

I. REGENERASI ATP

ATP dapat dibentuk kembali dengan

menambahkan 1 gugus fosfat ke ADP
(Adenosine Diphosphate)
Energi untuk membuat ATP dari reaksi
katabolisme di sel

J. ENZIM
Pembentukan ikatan dan pemutusan ikatan Sisi aktif bisa menurunkan halangan EA dengan :
memerlukan energi bebas aktivasi (EA), yakni
Mengorientasikan substrat dengan benar
energi bebas pada keadaan transisi antara
Meregangkan ikatan substrat
reaktan dan pembentukan produk
 Kooperatif : pengaruh di satu subunit dapat
berpengaruh ke semua, meningkatkan kerja
satu grup enzim

P. FEEDBACK INHIBITION
Hasil akhir (produk) dari metabolisme
menghentikan reaksi. Feedback inhibition
mencegah sel membuang-buang chemical
resources dengan mensintesis produk lebih dari
yang dibutuhkan