Biokimia: mempelajari unsur-unsur Denaturasi protein :

kimia beserta proses-proses yang

 Rusaknya struktur Protein ke
berlangsung terhadap unsur-unsur
4, 3 dan 2
tersebut di dalam tubuh makhluk
hidup Bahan-bahan yang membuat
denaturasi :
→meliputi
- panas
- pemecahan molekul menjadi
bentuk yang sederhana - pelarut organik
(katabolisme)
- pembentukan senyawa- - basa atau asam kuat
senyawa penting yang - detergents
berperan untuk
perkembangan sel/ - logam berat (Pb,Hg)
pertumbuhan (anabolisme)
 Proses-proses tersebut Sifat-sifat enzim :
berlangsung sangat lambat
sehingga tidak bisa 1. Merobah substrat menjadi
menopang kehidupan jika produk
tidak dikatalisis oleh enzim.
2. Tidak turut dalam reaksi,
 Enzim: biokatalisator yang hanya mempercepat reaksi
dibentuk dari makromolekul (katalisator)
protein dengan BM bervariasi
3. Mempunyai Active site
memiliki karakter sama
(catalytic site)
dengan protein
4. Catalytic efficiency tinggi :
103 - 108
STRUKTUR PROTEIN
5. Specificity tinggi : hanya
 Struktur Primer : Susunan untuk 1 jenis reaksi
asam amino
6. Mempunyai Cofactor
 Struktur Sekunder : -helix, (ion) /Coenzyme (vitamin)
lipatan  7. Dapat diregulasi :
 Struktur Tertier : satu sub- distimulasi atau diinhibisi.
unit protein 8. Lokasi didalam sel : tertentu
 Struktur Kwaterner :
keseluruhan protein
(gabungan 2 atau lebih
tertier)
TATA NAMA ENZIM kelas (digit pertama), sub kelas
(digit kedua) dan sub kelas (digit
 Berdasarkan tipe dan mekanisme ketiga)
reaksi Nama enzim dikenal
dengan menambahkan akhiran
ase pada substrat yang
Klasifikasi Enzim
dihidrolisis
1. Oxidoreductase : mengkatalisir
Lipase : menghidrolisis lipid
reaksi oksidasi – reduksi .
Amilase : menghidrolisis amilum
Protease : menghidrolisis protein
 Gugus enzim mengkatalisis
reaksi yang sama diberi nama
sesuai jenis reaksi yang
dikatalisisnya
dehidrogenase : mengkatalisis reaksi
dehidrogenasi
transferase : mengkatalisis reaksi
pemindahan gugus 2. Transferase : mengkatalisir
transfer dari gugus yang
mengandung C, N, P.
 Sistem IUB : dengan garis
besar sistem:
1. Reaksi dan enzim yang
mengkatalisis terdiri dari 6 kelas
utama,masing – masing mempunyai
4-13 sub kelas
2. Nama enzim terdiri dari 2 bagian,
nama pertama menunjukkan
substrat,nama kedua berakhiran
3. Hydrolase : mengkatalisir
-ase,menyatakan reaksi yang
pemecahan ikatan dengan
dikatalisis
penambahan air.
3. Keterangan tambahan untuk
menerangkan reaksi. Bila diperlukan
dapat ditulis dalam tanda kurung pada
bagian akhir
4. Setiap enzim punya kode sistemik
yang mencirikan tipe reaksi kedalam

4. Lyase : addisi dari suatu gugus
pada suatu ikatan rangkap atau
sebaliknya tanpa menggunakan air
5. Isomerase : mengkatalisis
interkonversi isomer-isomer optik,
geometri atau posisi
6. Ligase : catalyze formation of
bonds between carbon and O, S, N
coupled to hydrolysis of
A. Collision Theory
 Untuk bereaksi molekul-
molekul harus saling
membentur
 Untuk satu benturan yang
berhasil (menghasilkan
reaksi) molekul-molekul
harus punya cukup energi
untuk mengatasi
sawar/barrier energi
 Faktor-faktor yang
meningkatkan kecepatan
reaksi harus :
- menaikkan energi kinetika
pada pada molekul yang
bereaksi
- menurunkan rintangan
energi untuk menaikkan
reaksi
-meningkatkan frekwensi
benturan
B. Lock and Key Theory
 Sifat enzim dalam
mengkatalisis berbagai reaksi
kimia karena kemampuannya
berikatan dengan berbagai
macam molekul
 Menurut Emil Fischer lewat
teori ”Lock and Key” enzim
harus berikatan dengan
substrat pada tempat yang
tepat sehingga menghasilkan
reaksi
 Tempat pada enzim berikatan
dengan substratnya untuk
melakukan proses katalitik
disebut ”Tempat
Katalitik/Tempat Aktif”
 Tempat aktif berupa celah
atau retakan berupa kesatuan
tiga dimensi terbentuk oleh
gugus yang berasal dari
berbagai bagian urutan asam
amino
  Bagian lain dari protein
pembentuk enzim diluar
tempat aktif disebut sebagai
“Tempat Allosterik”
 Ciri yang kurang
menguntungkan dari model
lock and key ini adalah
kekakuan tempat aktif
 Model ini masih dipakai
untuk memahami tempat sifat
tertentu enzim
mis;pengikatan secara
berurutan dua atau lebih
substrat
C. Induced Fit Theory
 Model yang lebih umum dari
Daniel Koshland:Induced Fit
(kesesuaian terinduksi)
 Substrat
menimbulkan/menginduksi
perubahan bentuk dalam
enzim
Molekul Non Protein Pendukung
Enzim
 Selain komponen protein,
banyak enzim memerlukan
penyusun “non protein”guna
berfungsi sebagai katalis
 Beberapa enzim
membutuhkan kofaktor
(contohnya ion Cl) agar
aktifitasnya tidak menurun
 Koenzim merupakan molekul
organik yang terikat pada
bagian protein enzim tertentu,
diperlukan untuk aktifitas
enzim tertentu
 Kadang-kadang berfungsi
juga sebagai Co-Substrat
 Terikat secara kovalent (grup
Prosthetic) atau nonkovalent
dengan Apoenzim
 Reaksi Lysis termasuk
Hydrolisa, tidak
membutuhkan Coenzim
 Coenzim dibagi atas
fungsinya untuk
mentransfer : transfer
Hidrogen :
 NAD+, NADP+
 FMN, FAD
 Lipoic acid
 Coenzyme Q
 Transfer grup selain
Hidrogen :
 CoA.SH
 Thiamin
pyrophosphate
 Pyridoxal phosphate
 Folate coenzym
 Cobamide (B12)
coenzym
 Lipoic Acid
 Merupakan derivat vitamin
yang larut dalam air (B
kompleks) setelah
dimodifikasi.
  Kompleks fungsional protein bekerja pada daerah pH yang
ditambah dengan faktor sempit
pelengkap koenzim disebut
• Jika suatu enzim diberi pH
”holoenzim”
ekstrim tinggi atau rendah
 Bagian protein yang bebas maka akan terdenaturasi
dari kofaktor disebut
• Kepekaan terhadap
”apoenzim”
pHfaktor pengaturan pH
 Jenis enzim yang tubuh
membutuhkan ko-enzim dilakukan sangat hati-hati
mencakup enzim yang
mengkatalisis reaksi: • Penyimpangan pH akan
membawa akibat buruk
- Oksidasi reduksi
- Pemindahan gugus
- Isomerisasi
- Reaksi pembentukan ikatan
kovalen

Faktor yang mempengaruhi

aktifitas enzim
 Keasaman atau pH
 Suhu
SUHU
 Konsentrasi enzim
 Konsentrasi substrat
 Ada tidaknya senyawa
inhibitor
Pengaruh Keasaman / pH
• pH optimal setiap enzim
berbeda
• Kebanyakan enzim punya pH
optimal antara 4-8
• Beberapa enzim punya
keluwesan terhadap
perubahan pH, yang lain
 Faktor yang menyebabkan
peningkatan laju proses
biologik untuk kenaikan suhu
10°C disebut Koefisien suhu
atau Q1
 Kenaikan suhu sampai
dicapai suhu optimum enzim
yang bersangkutan akan
menyebabkan aktifitas
katalisis optimal
 Jika dipanaskan ± 50°C
kebanyakan (tapi tidak
semua) enzim akan
terdenaturasi
 Ini menyebabkan terjadinya KONSENTRASI ENZIM
kerusakan pada struktur
Kecepatan awal suatu reaksi yang di
sekunder, tertier dan
katalisasi oleh enzim dengan
kuaterner dari molekul
konsentrasi enzim hanya berlaku
enzim enzim kehilangan
pada kecepatan awal atau inisial
kemampuan katalitik
reaksi
 Beberapa protease dan
fosfolipase dapat bertahan
pada suhu mendididih tanpa
atau hanya sedikit kehilangan
aktifitasnya
 Enzim jenis tertentu jika
diisolasi dari berbagai
jaringan yang berbeda meski
mengkatalisis reaksi yang  Konsentrasi substrat
sama, berbeda kapasitasnya
Jika konsentrasi substrat
bertahan terhadap denaturasi
meningkat, kondisi lain konstan,
panas
kecepatan reaksi akan meningkat
 Contohnya enzim hingga mencapai keadaan dimana
dehidrogenase laktat dari enzim dikatakan jenuh oleh
jantung, hati, paru-paru, substrat
ginjal
 Ini bermanfaat terhadap
Inhibitor
diagnosa penyakit dari organ
tertentu seperti sterilisasi  Inhibisi aktifitas enzim dapat
pangan, alat bedah, berupa molekul kecil spesifik
pasteurisasi susu atau ion, obat dan bahan
memanfatkan denaturasi beracun
enzim m.o kontaminan
 Inhibisi enzim dapat
berlangsung secara reversibel
atau irreversibel, kompetitif
dan non kompetitif
 Inhibitor kompetitif
membentuk molekul yang
mirip dengan substrat untuk
enzim tersebut, akibatnya
enzim mengikat inhibitor
membentuk kompleks EnzI
  Inhibitor kompetitif ditandai
dengan ikatan yang sangat
erat dengan enzim sasaran
 Suatu enzim dapat dihambat
secara kompetitif oleh
produknya sendiri
 Enzim bisfosfogliserat
Sintase, enzim yang
mengkatalisis isomerisasi 1,3
bisfosfogliserat menjadi 2,3
Bisfosfogliserat
 Enzim ini akan diinhibisi
secara kompetitif oleh 2,3
bisfosfogliserat (produknya)
walau konsentrasi rendah
 Pada inhibisi non kompetitif,
enzim dapat mengikat
substrat dan inhibitor secara
serentak
 Tidak terdapat persaingan
antara substrat dan inhibitor
 Tempat pengikatan keduanya
berbeda
 Ikatan ESI dapat terurai
membentuk produk dengan
kecepatan yang lebih lama
dari penguraian EnzS
KINETIKA ENZIM
 Tahun 1913, Leonor
Michaeles dan Maud Menten
mengajukan model
sederhana untuk menjelaskan
kinetika enzim
 Dalam model ini enzim akan
mengikat substrat
membentuk kompleks EnzS,
selanjutnya diolah menjadi P
atau terurai kembali menjadi
E dan S
REGULASI ENZIM
Pengaturan enzim dapat dengan cara:
A.Pengendalian oleh protein pengatur
- Aktifitas banyak enzim diatur oleh
protein kalmodulin
- Kalmodulin bertindak sebagai
pengindra Ca
- Pengikatan Ca pada molekul
Kalmodulin  mengubah protein ini
menjadi bentuk aktif
- Kalmodulin aktif mengikatkan diri
ke bagian enzim dan mengubah
aktifitas enzim
B.Modifikasi kovalen
- Pengikatan gugus fosfat secara
reversibel ke residu tironin atau serin
tertentu
- Aktifitas enzim yang membentuk
atau memecah glikogen diatur dengan
cara ini
- Enzim Kinase mengkatalisis
pemindahan gugus fosfat
- Enzim fosfatase mengkatalisis
hidrolisis ikatan fosfat
C.Pengaktifan enzim pada saat dan
tempat enzim diperlukan
- Sejumlah enzim diproduksi dalam
bentuk belum aktif (zimogen)
- Cara pengaktifan dilakukan oleh
enzim proteolitik
- Hal sama terjadi pada serangkaian
reaksi pembekuan darah
D. Hambatan umpan balik
- Enzim yang mengkatalisis reaksi
langkah pertama suatu jalur
biosintesis biasanya dihambat oleh
produk akhirnya
- Produk akhir Z bertindak sebagai
effektor allosteric negatif/inhibisi
umpan balik (feedback inhibitor
- Produk Z berikatan dengan enzim
pada tempat allosterik jauhdari
tempat aktif
REGULASI ENZIM
- Sifat kinetik inhibisi umpan
balik:bersifat kompetitif,
nonkompetitif, kompetitif sebagian,
tak terangkai atau bercampur
- Biosintesis isoleusin dari tironin
dalam 5 langkah reaksi dapat
melukiskan hambatan umpan balik
- Enzim tironin deaminase
mengkatalisis reaksi pertama
dihambat oleh isoleusin bila asam
amino ini mencapai konsentrasi yang
cukup
- Hambatan ini terjadi melalui
interaksi allosteric yang reversible
ENZIM ALLOSENTRIK
 Enzim yang aktifitasnya
diatur oleh effektor
allosterik(inhibitor umpan
balik) akan mengikat effektor
pada tempat allosterik yang
berbeda dengan tempat
aktif enzim allosterik
 Jika kecepatan reaksi enzim
allosterik digambarkan sbg
fungsi substrat akan didapat
kurva sigmoid Kurva
pengikatan O2 pada
mioglobin berbentuk
hiperbola tapi pada
haemoglobin berbentuk
sigmoid
DISTRIBUSI ENZIM
 Enzim bisa terdapat di
intraseluler dan ekstraselluler
 Lokasi enzim intaselluler
berdasarkan fungsi organella
di intaselluler tersebut
 Enzim yang berhubungan
dengan nukleus berperan
dalam pemeliharaan,
pembaharuan dan pengunaan
aparatus genetik
 Enzim mitokhondria
berhubungan dengan reaksi
pengumpul energi atau reaksi
oksidatif
 Enzim yang berhubungan
dengan ribosom
memperkembangkan
biosintesis protein
 Lisosom mengandung enzim-
enzim yang mengkatalitis
 hidrolisis bahan-bahan yang
diperlukan sel
 Enzim sitoplasma
mengkatalisis jenis
metabolisme KH(glikolisis)
biosintesis asam lemak
 Kompartmentasi enzim ini
memudahkan pengaturan
proses metabolik
 Enzim dengan aktifitas
katalitik yang sama,tapi
dalam bentuk fisik yang
berbeda,kompartment
berbeda  Isozim

Enzim dalam plasma darah

1. Enzim fungsional
- Melakukan fungsi fisiologis dalam
darah
- Terdapat dalam darah dalam
konsentrasi sama atau lebih tinggi
dari dalam jaringan C/Enzim
pembekuan darahTrombin
2. Enzim non fungsional
- Tidak melakukan fungsi fisiologis
dalam darah
- Kadar dalam darah sampai sejuta
kali lipat lebih rendah dari di jaringan