Bab 2

Enzim dan Metabolisme Sel

 Mengapa energi
diperlukan?

 untuk menjaga struktural sel dengan memperbaiki kerusakan

 untuk mensintesis komponen seluler baru seperti asam nukleat dan enzim
 untuk mengangkut zat-zat tertentu ke dalam sel dari lingkungannya
 untuk tumbuh dan berkembang biak sel
 untuk pergerakan sel
 Metabolisme

 istilah yang digunakan untuk menggambarkan

semua reaksi biokimia yang terjadi di dalam sel.
 termasuk reaksi yang melepaskan energi dan reaksi
yang memanfaatkannya.

Katabolisme
• reaksi pemecahan molekul
besar, menjadi molekul yang
lebih sederhana.
Anabolisme
• reaksi yang terlibat dalam sintesis makromolekul
(reaksi penyusunan dari senyawa-senyawa
sederhana menjadi lebih kompleks).

3
 Metabolisme nutrisi dapat mengekstraksi energi dalam bentuk adenosin trifosfat (ATP).

4
 Enzim

 Reaksi biokimia, meskipun sangat terorganisir dan

kompleks, tidak dapat berlangsung tanpa protein khusus
yang disebut enzim.
 Enzim berfungsi sebagai biokatalisator.
 Membuat reaksi biokimia berlangsung berkali-kali lebih
cepat daripada jika tidak terkatalisasi.
 Nama enzim diakhiri dengan “ase” kecuali beberapa enzim
proteolitik yang diakhiri dengan“in”, seperti papain, bromelin,
pepsin.
 Berdasarkan tempat bekerjanya: enzim intraseluler dan
ekstraseluler.

5
 Sifat-Sifat Enzim

1. Memiliki sifat seperti protein

2. Bekerja secara spesifik
3. Berfungsi sebagai katalis
4. Dapat digunakan berulang
kali
5. Diperlukan dalam jumlah sedikit
6.
Reversible
Reaksi pemecahan pati menjadi glukosa.
a) Beberapa ikatan akan putus tanpa
adanya enzim, prosesnya sangat
lambat.
b) Penambahan enzim (E) dapat
mempercepat reaksi sehingga
pemutusan ikatan terjadi sangat
cepat.

7
 Komponen Enzim

Enzim terdiri dari senyawa protein dan nonprotein

 Apoenzim merupakan penyusun utama enzim, yaitu bagian enzim aktif yang terdiri atas protein yang bersifat
tidak stabil dan mudah berubah.
 Bagian non protein disebut gugus prostetik, untuk menjaga fungsi enzim tetap stabil dan normal.
• kofaktor  terdiri atas ion logam (anorganik).
• koenzim  terdiri atas molekul organik nonprotein.

8
 Cara Kerja Enzim

 Enzim memiliki sisi aktif, tempat terjadinya reaksi dengan substrat.

 Sisi aktif sebuah enzim bersifat spesifik terhadap substrat.
 Bentuk dan lingkungan kimiawi dalam sisi aktif memungkinkan reaksi kimia dapat berlangsung dengan jauh
lebih mudah.

9
 Untuk terjadinya suatu reaksi kimiawi diperlukan adanya input energi minimum yaitu Energi Aktivasi.
 Pada reaksi kimia umumnya, meningkatkan temperatur dapat mempercepat gerak molekul sehingga
reaksi lebih cepat terjadi.

10

Tetapi, sistem biologis
sangat sensitif terhadap
kenaikan temperatur.
Menurunkan Energi
Meningkatkan laju/
Aktivasi untuk
kecepatan reaksi tanpa
mempercepat
menaikkan temperatur
terjadinya reaksi

Menciptakan jalur (pathway) baru untuk terjadinya suatu reaksi  membentuk kompleks enzim-substrat.
11
 Model Mekanisme Kerja Enzim

Enzim merupakan katalis yang bekerja spesifik.

LOCK AND KEY MODEL

 Adanya kesesuaian antara sisi aktif enzim dan bentuk ruang substrat menyebabkan terjadinya reaksi katalisis.

 Molekul substrat yang relatif kecil, cocok dengan sisi aktif enzim.

 Substrat (kunci) masuk ke dalam sisi aktif enzim (gembok) sehingga terjadi kompleks enzim-substrat.

12
 Model Mekanisme Kerja Enzim
INDUCED FIT MODEL

 Penyempurnaan Lock and Key Model.

 Sisi aktif enzim pada mulanya belum sesuai dengan bentuk substrat, namun setelah substrat menempel pada
bagian tertentu dari sisi aktif, hal ini akan menginduksi sisi aktif untuk menyesuaikan bentuknya dengan
substrat.

13
LOCK AND KEY MODEL

INDUCED FIT MODEL

14
 Faktor Yang Mempengaruhi Kerja Enzim

Laju atau kecepatan enzim mengubah substratnya menjadi produk, dipengaruhi oleh:

1. SUHU

2. PH

3. KONSENTRASI SUBSTRAT

4. INHIBITOR

15
 1. Suhu

 Pada reaksi enzimatis, laju reaksi meningkat seiring kenaikan suhu, hingga
tercapainya suhu optimal.
 Di atas suhu optimal, laju reaksi akan turun drastis.
 Hal ini menyebabkan terjadinya denaturasi protein, rusaknya struktur, terbukanya
lipatan-lipatan 3D protein enzim.
 Terjadi perubahan dalam konfigurasi situs aktif, dan hilangnya sifat katalitik.

16
 Di atas Topt , terjadi
Laju reaksi meningkat
seiring kenaikan suhu penurunan tajam dari
(sebelum Topt tercapai) laju reaksi karena
denaturasi termal.
17
 2. pH

 Menyebabkan perubahan struktur protein 3D.

 Perubahan pH mempengaruhi ionisasi gugus asam amino di situs aktif 
denaturasi, perubahan dalam bentuk enzim dan penurunan sifat katalitik.
 Enzim memiliki nilai pH optimal yang paling efektif untuk reaksi.
 Toleransi suatu mikroba terhadap suhu dan pH, diturunkan ke enzim turunannya.

18
 3. konsentrasi substrat

 Saat sisi aktif dari enzim belum mencapai tingkat jenuh, kenaikan konsentrasi
substrat akan seiring dengan laju reaksi enzimatis.
 Ada masa dimana penambahan substrat tidak berpengaruh terhadap laju reaksi.
 Hal ini terjadi karena semua situs aktif telah ditempati  enzim jenuh  laju reaksi
maksimum (Vmax)

19
 Saat sisi aktif enzim jenuh terhadap
substrat, laju reaksi maksimum tercapai.

 Laju tidak bisa meningkat, tidak peduli

berapa banyak substrat yang
ditambahkan.

Km = konstanta Michaelis-Menten
(Ukuran afinitas yang dimiliki enzim untuk substratnya)
S = konsentrasi substrat
V = laju reaksi
Vmax = laju maksimum
20
 4. inhibitor

 Inhibitor: Zat yang dapat mengganggu kemampuan enzim untuk mengkatalisasi

suatu reaksi.

 Ada 2 jenis inhibisi reversible:

 Competitive

 Non-competitive

 Jenis inhibisi irreversible disebabkan oleh pembentukan ikatan kovalen yang kuat
antara inhibitor dan asam amino pada enzim.

21
 COMPETITIVE INHIBITION

 Inhibitor bersaing dengan substrat untuk akses menuju ke sisi aktif enzim.

 Struktur molekul inhibitor cukup mirip dengan substrat sehingga dapat masuk ke sisi
aktif. Mengurangi afinitas enzim terhadap substrat (Km naik).

 Jika situs aktif ditempati oleh molekul inhibitor  membentuk kompleks enzim-
substrat [EI].

 Vm tetap, Km naik (afinitas enzim thd substrat menurun) 22

 COMPETITIVE INHIBITION

 Adanya inhibitor kompetitif ditunjukkan pada kurva bawah.

 Vmax dapat tercapai, tetapi nilai Km actual-nya meningkat.

 Artinya: berkurangnya (menurunnya) afinitas enzim terhadap substratnya

berkurang. 23
NONCOMPETITIVE INHIBITION

 Inhibitor bertindak dengan mengikat bagian enzim selain sisi aktif.

 Tidak mengurangi afinitas enzim pada substrat (Km tetap), tapi mengurangi laju
pembentukan produk (Vm turun).

 Dapat berikatan dengan kompleks [EI] atau enzim bebas [E].

24
NONCOMPETITIVE INHIBITION

 Digambarkan dengan kurva yang lebih rendah (cetak tebal).

 Karena produk tidak terbentuk maksimal, karena adanya inhibitor non-kompetitif.

 Vmax tidak tercapai, dan nilai Km tidak berubah

25
 Katabolisme
• Katabolisme karbohidrat adalah reaksi penguraian atau pemecahan molekul glukosa menjadi unit
molekul yang lebih sederhana serta menghasilkan energi. Tahapan reaksi tersebut adalah sebagai
berikut:

• Katabolisme karbohidrat terdiri dari 4 tahap, yakni: (1) glikolisis, (2) dekarboksilasi oksidatif, (3) siklus kreb, dan (4)
transpor elektron.
 1. Glikolisis
• Tahapan memerlukan energi (langkah 1-3).
• Tahapan pemecahan atom karbon / lisis
(Langkah 4).
• Tahapan pelepasan energi (Langkah 5-9). Pada
tahapan ini terjadi pelepasan energi berupa ATP.

1.Glukosa (G) 6. 1,3 Bifosfogliserat (1,3BPG)
2.Glukosa-6 Fosfat (G6F) 7. 3 Fosfogliserat (3PG)
3.Fruktosa-6 Fosfat (F6P) 8. 2 Fosfogliserat (2PG)
4.Fruktosa-1,6 Bifosfat (F1,6BP) 9. Fosfoenol Piruvat (PEP)
5.Fosfogliseraldehid (PGA) 10. Asam Piruvat (AP)
 2. Dekarboksidasi Oksidatif

• Tempat terjadinya dekarboksilasi

oksidatif yakni di matriks
mitokondria. Hasil dekarboksilasi
oksidatif berupa 2 senyawa
NADH, 2 CO2 dan asetil ko-A
 3. Siklus Krebs

• Keterangan:
Si (Sitrat) – Iso (Isositrat) -Ke (Ketoglutarat) –
Su (Suksinil) – Nat (Suksinat) – Fu (Fumarat)-
Ma (Malat) – Ok (Oksaloasetat

Hasil siklus krebs yakni 6 NADH, 2 FADH, 2

ATP, dan 4 CO2.
4. Transpor Elektron
6 ATP
Kuis (1)

Reaksi di atas termasuk reaksi katabolisme atau bukan?

Jelaskan!
Kuis (2)
Senyawa yang tepat dihasilkan pada tahap reaksi
yang tepat adalah . . . .
A. X = 4 NADH2 + CO2
B. X = 2 NADH2 + 2 ATP
C. Y = 2 NADH2 + FADH2
D. Y = 2 ATP + 2 CO2
E. Z = 4 NADH2 + 2 FADH2 + 4 ATP
Kuis (3)

Perhatikan skema respirasi aerob disamping ini!

Dari bagan nomor 2 dan 1 menunjukan tahapan .
. . dan . . . secara berturut-turut.
Kuis (4)

Perhatikan diagram tahapan proses katabolisme

glukosa di bawah ini!
Hasil dari proses yang berlangsung di X adalah
….

a. ATP, FADH2, dan 3 NADH

b. 2 ATP, FADH2, dan 2 NADH
c. 2 ATP, 2 FADH2, dan 6 NADH
d. 2 ATP, FADH2, dan 6 NADH
e. ATP, 2 FADH2, dan 3 NADH
Respirasi
Anaerob
Respirasi
Anaerob
 Sistein

Melalui tahapan
deaminasi
Tirosin
Anabolisme
• Fotosintesis
Reaksi Terang
Aliran elektron siklik Aliran Elektron nonsiklik
Reaksi Gelap