TRANSKRIPSI

Dr. Yekti Asih Purwestri, M.Si.

Laboratorium Biokimia Fakultas Biologi UGM
 Pengaturan Transkripsi

DNA Perubahan lingkungan

Turn on/off gen

RNA

protein
Protein2 untuk menghadapi
perubahan lingkungan
Sangat penting untuk:
1. Ekspresi gen saat diperlukankan
2. Represi gen saat tidak diperlukan
3. Menjaga sumber energi; menghindari ekspresi gen2 yang tidak diperlukan
 Pengaturan Transkripsi

Tempat pengaturan :
Transkripsi
DNA Initiation
Elongation
Termination

Processing
RNA Capping
Splicing
Polyadenylation
Turnover
protein
Translasi

Protein processing
 Transkripsi Prokariotik
• Operons
Kelompok gen2 yang saling
berhubungan yang ditranskripsi
oleh promoter yang sama

• RNA polisistronik

• Gen2 multiple ditranskripsi

sebagai SATU TRANSKRIP

• Tidak punya nukleus , shg transkripsi dan

translasi dapat terjadi secara simultan
 Struktur RNA

 Mengandung ribosa
 Basa N : A,G,C,U,
 Urasil berpasangan dengan adenin
 Secara kimiawi berbeda sedikit dengan
DNA, ttp secara struktural mpy
perbedaan yang besar
 Jalin tunggal
 Kemampuannya untuk melekuk
membentuk stuktur 3D dapat
fungsional
 Variasi Struktur RNA

 RNA lebih mirip protein dari pada DNA:

domain struktur dihubungkan oleh domain yang
lebih fleksibel  shg fungsinya berbeda
 e.g. ribozymes – catalytic RNA
 SINTESIS RNA

 RNA polimerase
menempel pada DNA,
DNA melting

 Nucleosida ditambahkan
5’  3’
 Jenis RNA
 Messenger RNA (mRNA) – gene2 yang
mengkode protein

 Ribosomal RNA (rRNA) – membentuk ribosom

 Transfer RNA (tRNA) – adaptor yang

menghubungkan asam amino amino dg
mRNA selama translasi

 Small regulatory RNA – disebut juga non-

coding RNA
 Pengaturan Transkripsi

Transcription
Initiation
Elongation
Termination
Pengaturan inisiasi
biasanya Processing
Capping
paling penting Splicing
Polyadenylation
Turnover

Translation

Protein processing
 Inisiasi

 RNA polimerase α α β β’σ

 Faktor2 transkripsi

 Promoter DNA

 Sisi pengikatan RNAP

 Operator – repressor binding

 TF binding sites lain

Start transkripsi : +1
 Inisiation
 RNA polymerase
 4 subunit

 Sigma faktor (σ)–

menentukan
spesifisitas promoter
 + σ = holoenzyme

 Mengikat sekuen promoter

 Mengkatalisis “open complex” and

transkripsi DNA menjadi RNA
 RNAP mengikat sekuen
promoter spesifik

 Faktor Sigma mengenali sekuen

konsensus -10 and -35
 Promoter RNA polymerase

TTGACA TATAAT

Deviation from consensus -10 , -35 sequence leads to

weaker gene expression
 Sigma factors

Sigma subunit Type of gene controlled # of genes controlled

s70 RpoD Growth/housekeeping ~1000

s54 RpoN N2; stress response ~15

sS RpoS Stationary phase, virulence ~100
sS RpoH Heat shock ~40
sF RpoF Flagella-chemotaxis ~40
s32 RpoE Extreme ?heat shock, unfolded proteins ~5

FecI Ferric citrate transport ~5

E. coli can choose between 7 sigma factors and about 350

transcription factors to fine tune its transcriptional output
An Rev Micro Vol. 57: 441-466 T. M. Gruber
 Lac operon control

• Repressor binding prevents RNAP binding promoter

• An activating transcription factor found to be

required for full lac operon expression: CAP (or Crp)
 lac operon – activator and
repressor

CAP = catabolite
activator protein

CRP = cAMP receptor

protein
Faktor2 yang mengaktifkan
transkripsi
Crp dimer w/ DNA
 Helix-turn-helix
(HTH) mengikat
major groove
DNA
 HTH merupakan
salah satu dari
banyak
TF motif
 Pengikatan kofaktor mengubah konformasi

 Crp binds cAMP, induces allosteric

changes glucose glucose

cAMP cAMP

Crp Crp

lac operon

CRP: cAMP reseptor

no mRNA mRNA protein/ CAP
catabolite gene
activator protein
Cooperative binding of Crp and RNAP

Pengikatan lebih stabil daripada hanya protein saja

 Enhancers
• activating regions not
necessarily close to RNAP
binding site
NtrC (nitrogen assimilation
regulatory protein) example:

• NtrC required for RNAP to

form open complex
• NtrC activated by P

• P NtrC binds DNA, forms loop

that folds back onto RNAP,
initiating transcription
signature of sigma 54
Transcriptional Control
Transcription
Initiation
Elongation
Termination

Processing
Capping
Splicing
Polyadenylation
Turnover

Translation

Protein processing
 Terminasi Transkripsi

 Bakteri perlu mengakhiri transkripsi pada

ujung gen
 2 mekanisme terminasi transkripsi pada
bakteri:
 Rho-independent (lebih umum)
 Rho-dependent
Rho-independent termination

• Sekuen terminasi mempunyai 2 ciri :

Serial Residu U
Daerah kaya GC yang saling komplimen
• sekuen kaya GC membentuk loop
• Stem-loop menyebabkan RNAP pause
• Residu U tidak stabil  rantai RNA dilepaskan
 Rho-dependent termination
 Rho merupakan protein
heksamer
 Melingkupi 70-80 basa RNA
 Rho mempunyai aktivitas
ATPase, bergerak
sepanjang RNA sampai sisi
RNAP, membuka rantai
ganda DNA/RNA hybrid
 Transkripsi Eukariotik
• Faktor2 transkripsi mengikat daerah
promoter dari gen.
• RNA polymerase II kemudian mengikat
promoter untuk memulai transkripsi pada
start site (+1).
• Enhancers adalah sekuen DNA dimana faktor
transkripsi spesifik (activators) terikat untuk
meningkatkan laju transkripsi.

26
27
 Transkripsi Eukariotik
• Coactivators dan mediators juga diperlukan
untuk fungsi faktor2 transkripsi.
– coactivators and mediators mengikat faktor2
transkripsi dan bagian lain dari
komponen/aparatus transkripsi

28
29
 Struktur kromosom Eukariotik
• DNA eukariot dikemas dalam chromatin.
• Struktur Chromatin berhubungan secara
langsung dengan pengaturan ekspresi gen.
• Struktur Chromatin mulai dengan organisasi
DNA dalam nukleosom.
• Nukleosom mungkin memblok RNA
polymerase II untuk bergabung dengan
promoter.

30
 Struktur kromosom Eukariotik
• Metilasi (penambahan –CH3) pada DNA atau
protein histon juga berhubungan dengan
pengaturan ekspresi gen.
• Kelompok nukleotida sitosin yang termetilasi
mengikat protein yang menghambat aktivator
untuk binding dengan DNA.
• Metilasi pada protein histon berhubungan
dengan inaktivasi daerah chromatin

31
32
33
 Regulasi post transkripsional
• Pengaturan ekspresi gen biasanya melibatkan
pengaturan inisiasi transkripsi.
• Tetapi ekspresi gen dapat dikontrol setelah
transkripsi, dengan mekanisme berikut :
– RNA interference
– alternative splicing
– RNA editing
– mRNA degradation

34
 Posttranscriptional Regulation
• RNA interference melibatkan pemakaian
molekul small RNA
• Enzim Dicer memotong double stranded RNA
menjadi potongan2 kecil RNA
– micro-RNAs bind to complementary RNA to
prevent translation
– small interfering RNAs degrade particular mRNAs
before translation

35
36
 Posttranscriptional Regulation
• Introns are spliced out of pre-mRNAs to produce
the mature mRNA that is translated.
• Alternative splicing recognizes different splice
sites in different tissue types.
• The mature mRNAs in each tissue possess
different exons, resulting in different
polypeptide products from the same gene.

37
38
 Posttranscriptional Regulation
• RNA editing creates mature mRNA that are
not truly encoded by the genome.
• For example –
– apolipoprotein B exists in 2 isoforms
– one isoform is produced by editing the mRNA to
create a stop codon
– this RNA editing is tissue-specific

39
 Posttranscriptional Regulation
• Mature mRNA molecules have various half-
lives depending on the gene and the location
(tissue) of expression.
• The amount of polypeptide produced from a
particular gene can be influenced by the half-
life of the mRNA molecules.

40
41
Senyawa Penghambat Transkripsi
Actinomycin D
 Dari Streptomyces
 Mengikat erat pada dupleks DNA menyisipkan diri antara
pasangan basa G=C
 Menghalangi pergerakan polymerase sepanjang rantai
 Menghambat baik prokariotik maupun eukariotik

Acridine
 Menghambat dengan jalan yang sama dengan Actinomycin D
Senyawa Penghambat Transkripsi
Rifampicin
 Dari Streptomyces
 Menghalangi pembentukan ikatan fosfodiester
pertama
 Tidak menghalangi pemanjangan rantai
 Mengikat pada sub unit β polymerase RNA
 Tidak menghambat sintesis RNA pada eukariot
Senyawa Penghambat Transkripsi
α-amanitin
 spesifik inhibitor pada sel hewan
 dari jamur Amanita phalloides
 menghambat enzim polymerase RNA II pada
eukariot
 tidak menghambat sintesis RNA prokariot dan
jamurnya sendiri